База даних «Особливості функціонального онкогеному» як основа сучасної діагностики і лікування хворих зі злоякісними пухлинами. Повідомлення 1

Представлено огляд основних інформаційно-пошукових ресурсів Internet, що використовуються в галузі біології та медицини, у тому числі онкології. Обґрунтована необхідність розробки структури та створення бази даних на засаді інтеграції характеристики генів, особливостей їх експресії на рівні мРНК...

Full description

Saved in:

Bibliographic Details
Date:	2009
Main Authors:	Чехун, В.Ф., Бучинська, Л.Г., Глущенко, Н.М., Соляник, Г.І., Сидоренко, С.П., Бабич, Ю.М.
Format:	Article
Language:	Ukrainian
Published:	Iнститут експериментальної патології, онкології і радіобіології ім. Р. Є. Кавецького 2009
Subjects:	Обмен опытом
Online Access:	https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/11991
Tags:	Add Tag No Tags, Be the first to tag this record!
Journal Title:	Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
Cite this:	База даних «Особливості функціонального онкогеному» як основа сучасної діагностики і лікування хворих зі злоякісними пухлинами. Повідомлення 1 / В.Ф. Чехун, Л.Г. Бучинська, Н.М. Глущенко, Г.І. Соляник, С.П. Сидоренко, Ю.М. Бабич // Онкологія. — 2009. — Т.11, № 1. — С. 55-58. — Бібліогр.: 70 назв. — укр.

Institution

Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine

id	nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-11991
record_format	dspace
spelling	Чехун, В.Ф. Бучинська, Л.Г. Глущенко, Н.М. Соляник, Г.І. Сидоренко, С.П. Бабич, Ю.М. 2010-09-10T12:28:40Z 2010-09-10T12:28:40Z 2009 База даних «Особливості функціонального онкогеному» як основа сучасної діагностики і лікування хворих зі злоякісними пухлинами. Повідомлення 1 / В.Ф. Чехун, Л.Г. Бучинська, Н.М. Глущенко, Г.І. Соляник, С.П. Сидоренко, Ю.М. Бабич // Онкологія. — 2009. — Т.11, № 1. — С. 55-58. — Бібліогр.: 70 назв. — укр. 1562-1774,0204-3564 https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/11991 Представлено огляд основних інформаційно-пошукових ресурсів Internet, що використовуються в галузі біології та медицини, у тому числі онкології. Обґрунтована необхідність розробки структури та створення бази даних на засаді інтеграції характеристики генів, особливостей їх експресії на рівні мРНК та білка в нормальних та злоякісно трансформованих клітинах. Створення такої бази даних сприятиме удосконаленню диференційної діагностики пухлин різного генезу та оптимізації терапії хворих зі злоякісними пухлинами. The report includes the review of basic Internet Life science informatics resourses, used in the bio-medical field, especially in oncology. The database formation and development of its structure is based on gene features, their expression on the level of mRNA and protein in normal and malignant cells. This database will promote the improvement of tumor differential diagnostics and optimize therapy of patients with malignant tumors. uk Iнститут експериментальної патології, онкології і радіобіології ім. Р. Є. Кавецького Обмен опытом База даних «Особливості функціонального онкогеному» як основа сучасної діагностики і лікування хворих зі злоякісними пухлинами. Повідомлення 1 Database «Features of functional oncogenomics» as the foundation of modern diagnostics and treatment of patients with cancer (malignant tumors). report 1 Article published earlier
institution	Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
collection	DSpace DC
title	База даних «Особливості функціонального онкогеному» як основа сучасної діагностики і лікування хворих зі злоякісними пухлинами. Повідомлення 1
spellingShingle	База даних «Особливості функціонального онкогеному» як основа сучасної діагностики і лікування хворих зі злоякісними пухлинами. Повідомлення 1 Чехун, В.Ф. Бучинська, Л.Г. Глущенко, Н.М. Соляник, Г.І. Сидоренко, С.П. Бабич, Ю.М. Обмен опытом
title_short	База даних «Особливості функціонального онкогеному» як основа сучасної діагностики і лікування хворих зі злоякісними пухлинами. Повідомлення 1
title_full	База даних «Особливості функціонального онкогеному» як основа сучасної діагностики і лікування хворих зі злоякісними пухлинами. Повідомлення 1
title_fullStr	База даних «Особливості функціонального онкогеному» як основа сучасної діагностики і лікування хворих зі злоякісними пухлинами. Повідомлення 1
title_full_unstemmed	База даних «Особливості функціонального онкогеному» як основа сучасної діагностики і лікування хворих зі злоякісними пухлинами. Повідомлення 1
title_sort	база даних «особливості функціонального онкогеному» як основа сучасної діагностики і лікування хворих зі злоякісними пухлинами. повідомлення 1
author	Чехун, В.Ф. Бучинська, Л.Г. Глущенко, Н.М. Соляник, Г.І. Сидоренко, С.П. Бабич, Ю.М.
author_facet	Чехун, В.Ф. Бучинська, Л.Г. Глущенко, Н.М. Соляник, Г.І. Сидоренко, С.П. Бабич, Ю.М.
topic	Обмен опытом
topic_facet	Обмен опытом
publishDate	2009
language	Ukrainian
publisher	Iнститут експериментальної патології, онкології і радіобіології ім. Р. Є. Кавецького
format	Article
title_alt	Database «Features of functional oncogenomics» as the foundation of modern diagnostics and treatment of patients with cancer (malignant tumors). report 1
description	Представлено огляд основних інформаційно-пошукових ресурсів Internet, що використовуються в галузі біології та медицини, у тому числі онкології. Обґрунтована необхідність розробки структури та створення бази даних на засаді інтеграції характеристики генів, особливостей їх експресії на рівні мРНК та білка в нормальних та злоякісно трансформованих клітинах. Створення такої бази даних сприятиме удосконаленню диференційної діагностики пухлин різного генезу та оптимізації терапії хворих зі злоякісними пухлинами. The report includes the review of basic Internet Life science informatics resourses, used in the bio-medical field, especially in oncology. The database formation and development of its structure is based on gene features, their expression on the level of mRNA and protein in normal and malignant cells. This database will promote the improvement of tumor differential diagnostics and optimize therapy of patients with malignant tumors.
issn	1562-1774,0204-3564
url	https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/11991
citation_txt	База даних «Особливості функціонального онкогеному» як основа сучасної діагностики і лікування хворих зі злоякісними пухлинами. Повідомлення 1 / В.Ф. Чехун, Л.Г. Бучинська, Н.М. Глущенко, Г.І. Соляник, С.П. Сидоренко, Ю.М. Бабич // Онкологія. — 2009. — Т.11, № 1. — С. 55-58. — Бібліогр.: 70 назв. — укр.
work_keys_str_mv	AT čehunvf bazadanihosoblivostífunkcíonalʹnogoonkogenomuâkosnovasučasnoídíagnostikiílíkuvannâhvorihzízloâkísnimipuhlinamipovídomlennâ1 AT bučinsʹkalg bazadanihosoblivostífunkcíonalʹnogoonkogenomuâkosnovasučasnoídíagnostikiílíkuvannâhvorihzízloâkísnimipuhlinamipovídomlennâ1 AT gluŝenkonm bazadanihosoblivostífunkcíonalʹnogoonkogenomuâkosnovasučasnoídíagnostikiílíkuvannâhvorihzízloâkísnimipuhlinamipovídomlennâ1 AT solânikgí bazadanihosoblivostífunkcíonalʹnogoonkogenomuâkosnovasučasnoídíagnostikiílíkuvannâhvorihzízloâkísnimipuhlinamipovídomlennâ1 AT sidorenkosp bazadanihosoblivostífunkcíonalʹnogoonkogenomuâkosnovasučasnoídíagnostikiílíkuvannâhvorihzízloâkísnimipuhlinamipovídomlennâ1 AT babičûm bazadanihosoblivostífunkcíonalʹnogoonkogenomuâkosnovasučasnoídíagnostikiílíkuvannâhvorihzízloâkísnimipuhlinamipovídomlennâ1 AT čehunvf databasefeaturesoffunctionaloncogenomicsasthefoundationofmoderndiagnosticsandtreatmentofpatientswithcancermalignanttumorsreport1 AT bučinsʹkalg databasefeaturesoffunctionaloncogenomicsasthefoundationofmoderndiagnosticsandtreatmentofpatientswithcancermalignanttumorsreport1 AT gluŝenkonm databasefeaturesoffunctionaloncogenomicsasthefoundationofmoderndiagnosticsandtreatmentofpatientswithcancermalignanttumorsreport1 AT solânikgí databasefeaturesoffunctionaloncogenomicsasthefoundationofmoderndiagnosticsandtreatmentofpatientswithcancermalignanttumorsreport1 AT sidorenkosp databasefeaturesoffunctionaloncogenomicsasthefoundationofmoderndiagnosticsandtreatmentofpatientswithcancermalignanttumorsreport1 AT babičûm databasefeaturesoffunctionaloncogenomicsasthefoundationofmoderndiagnosticsandtreatmentofpatientswithcancermalignanttumorsreport1
first_indexed	2025-11-25T20:30:01Z
last_indexed	2025-11-25T20:30:01Z
_version_	1850521383885340672
fulltext	ÎÁÌÅÍ ÎÏÛÒÎÌ 55Î Í Ê Î Ë Î Ã È ß • Ò. 1 1 • ¹ 1 • 2 0 0 9 На сьогодні системи інформаційного забезпечен- ня із застосуванням сучасних засобів обчислювальної техніки мають на увазі не тільки електронний збір і обробку інформації, але і представлення останньої у компактному вигляді, що створює підґрунтя для оперативного її використання як науковцями, так і спеціалістами профільних установ [1, 2]. Сучасна інтенсифікація досліджень у галузі біології і медицини забезпечує отримання велико- го об’єму нових даних, у результаті чого виникає необхідність їх аналізу, систематизації та створення баз даних (БД), що інтегрує цю інформацію [3, 4]. Під БД слід розуміти сукупність даних велико- го об’єму і складної структури, комплексу засобів їх обробки, збереження і обслуговування, що забезпечує здійснення заданого набору вимог і об- межень. Ці вимоги охоплюють різні аспекти даних, програм функціонування БД і, зокрема, включають: різноманітність даних та можливість їх зв’язування в довільні структури; уникнення дублювання да- них; незалежність даних; можливість захисту від ви- падкового або навмисного руйнування інформації і відповідно забезпечення доцільного корегування да- них; забезпечення секретності; технологічність об- робки даних та ін. Обробка даних повинна включати їх оновлення, підтримку, перетворення для запитів, що змінюються в дуже широких межах. Таким чи- ном, створюється можливість динамічного розвит- ку інформаційних систем, що не потребує зміни в програмному забезпеченні, яке обслуговує дану систему [5]. У загальному вигляді схема типової БД зображе- на на рисунку. Існуючі БД по суті є проблемно-орієнтованими автоматизованими інформаційно-пошуковими сис- темами. Накопичені в профiльних БД дані основані на конкретних знаннях, а програми, що призначені для вирішення деякої сукупності схожих по змісту задач, дозволяють для їх інформаційного забезпе- чення створювати комплексну близькотематич- ну БД. Рисунок. Схема типової БД *СКБД — система керування БД. На сьогодні основні інформаційні ресурси в біологічній та медичних галузях, у тому числі онкології, які представлені в Internet можна розподілити на 4 умовних категорії: 1. Генетичні та протеомні (білкові): National Center for Biotechnology Information (NCBI) [6, 7] — по- шукова система, що надає доступ до БД, таких як GenBank — БД послідовностей ДНК, РНК та білків, що має літературні посилання щодо їх біологічної інформації [8, 9]; BLAST (The Basic Local Alignment Tool) — [10, 11]; також БД, які можна знайти через сис- тему NCBI Entrez [12]; dbGaP — БД генотипу та фено- типу [13, 14]; Protein Clusters database — БД зв’язаних послідовностей (кластерів) білків [15]; The Cancer Genom Anatomy Project (CGAP) — елект ронний ре- сурс, що надає доступ до БД, які містять інформацію про гени, хромосомні аберації і ви значення генно- го профілю нормальних та пухлинних клітин [16, 17]; Cancer Chromosomes database — БД, що надає дані ци- тогенетичних досліджень про аберації, що виникають у хромосомах при раку [18, 19] та інші, що стосують- ся інформації про нуклеотидні послідовності генів, структури білків [7]; The Protein Data Bank (PDB) — банк даних тривимірних структур біологічних макро- молекул, визначених експериментальними методами [20, 21]; The Universal Protein Resource (UniProt) — БД БАЗА ДАНИХ «ОСОБЛИВОСТІ ФУНКЦІОНАЛЬНОГО ОНКОГЕНОМУ» ЯК ОСНОВА СУЧАСНОЇ ДІАГНОСТИКИ І ЛІКУВАННЯ ХВОРИХ ЗІ ЗЛОЯКІСНИМИ ПУХЛИНАМИ. ПОВІДОМЛЕННЯ 1 Резюме. Представлено огляд основних інформаційно-пошукових ресурсів Internet, що використовуються в галузі біології та медицини, у тому числі онкології. Обґрунтована необхідність розробки структури та створення бази даних на засаді інтеграції характеристики генів, особливостей їх експресії на рівні мРНК та білка в нормальних та злоякісно трансформованих клітинах. Створення такої бази даних сприятиме удосконаленню диференційної діагностики пухлин різного генезу та оптимізації терапії хворих зі злоякісними пухлинами. В.Ф. Чехун Л.Г. Бучинська Н.М. Глущенко Г.І. Соляник С.П. Сидоренко Ю.М. Бабич Інститут експериментальної патології, онкології і радіобіології ім. Р.Є. Кавецького НАН України, Київ, Україна Ключові слова: медико- біологічні, інформаційно- пошукові ресурси Internet, база даних, геном, протеом, діагностика, терапія. ÎÁÌÅÍ ÎÏÛÒÎ Ì 56 Î Í Ê Î Ë Î Ã È ß • Ò. 1 1 • ¹ 1 • 2 0 0 9 послідовностей білків [22, 23]; InterPro — інтегрований ресурc, який надає доступ до інформації щодо сімейств, областей, сайтів білків [24, 25]; BioLit — пошукова сис- тема біологічної літератури і надає доступ до БД щодо інформації про білки [26, 27]; Enzyme — номенклатур- на БД ферментів [28]; The Restriction Enzyme Database (REBASE) — БД надає інформацію про рестрикційні ферменти [29, 30]; Database of Protein Disorder (DisProt) — БД, яка забезпечує інформацію про 3D структуру білків [31, 32]; Familial Cancer Database (FaCD) — сімейна БД, яка допомагає у вирішенні пи- тань генетичної диференційної діагностики [33]; IARC (The International Agency for Research on Cancer) TP53 Mutation Database — БД ТР53 соматичних мутацій, що виникають у новоутвореннях людини і клітинних лініях [34, 35]; Pancreatic Expression database — БД, що містить інформацію про гени, експресія яких змінюється у пухлинних клітинах підшлункової зало- зи [36, 37]; The Tumor Gene Family of Databases — БД містить інформацію про гени, мутації яких виклика- ють рак, і включає понад 2600 фактів відносно 300 генів [38]; HGNC (HUGO Gene Nomenclature Committee) — містить скорочені та повні назви 24 000 генів люди- ни [39, 40]; Transcription Regulatory Regions Database (TRRD) — БД містить опис регулювання транскрипції гена [41, 42]; Breast Cancer Mutation Database — БД надає інформацію відносно мутацій та поліморфізму у генах при раку молочної залози [43]. 2. Клінічні дослідження: PDQ (Physician Data Query) database — різнобічна БД Національного інституту раку США містить інформацію по профілактиці, ранній діагностиці злоякісних пух- лин та лікуванню і догляду за хворими. Крім того, БД містить довідники для лікарів, спеціалістів по генетиці, інформацію щодо організацій, що спеціалізуються у лікуванні раку [44, 45]; National Cancer Data Base (NCDB) — ресурс клінічних спо- стережень раку в США [46]; CenterWatch (Clinical Trials Listing Service) — довідковий ресурс призна- чений для лікарів і пацієнтів, у якому представле- на медична інформація спостережень клінічних досліджень та випробувань препаратів, у тому числі і протипухлинних [47]; eCancerTrials — БД надає сучасну інформацію щодо клінічних випробувань препаратів в онкології, які можуть бути використані в оцінці нових методів лікування хворих [48], а також DynaMed (Dynamic Medical Information Systems) — медична інформаційна БД надає короткі клінічні звіти і має список гіперпосилань на медичні жур- нали [49, 50]. 3. Бібліографічні або бібліотечні: PubMed — літературний пошук резюме та повних текстів статей у найбільшій світовій бібліографічній БД публікацій по біології та медицині MEDLINE (MEDlars onLINE, MEDLARS -MEDical Literature Analysis and Retrieval System) [51]; PubMed Central (PMC) — надає дос- туп до електронного архіву біомедичної літератури [7, 52]; Elsevier Bibliographic Databases (EBD) — надає доступ до міжнародних медико-біологічних журналів [53]; Amedeo (медико-літературний гід) — надає можливість пошуку рефератів опублікованих робіт за бібліографічними списками стосовно но- вих наукових публікацій і коротких оглядів медичної літератури [54]; Hardin Library of Electronic Journals (Hardin MD, TheUniversity of Iowa) — у БД містяться усі доступні в мережі Internet журнали по профілю онкології з можливістю доступу до повних текстів статей [55]; Пантелеймон — БД публікацій медико- біологічного, хіміко-фармацевтичного та хімічного характеру, надрукованих у періодичних наукових і науково-практичних виданнях України та Російської Федерації [56, 57]; BioMed Central — інформаційний ресурс надає доступ до наукових журналів [58], BioMed Central Databases — надає доступ до БД [59]; Cancer Management Guidelines (British Columbia Cancer Agency (BCCA)) — online-підручник, який включає інформацію про сучасні методи діагностики та підходи до лікування раку [60]; Library of Congress Online Catalog — інформаційний ресурс бібліотеки конгресу США (Washington), який надає доступ до пошуку наукових статей, у тому числі і в медико- біологічних журналах [61]; The Merck Manuals Online Medical Library — інформаційний ресурс по діагностиці і терапії, що включає розділ з гематології і онкології [62]; Spencer S. Eccles Health Science Library (University of Utah) — наукова бібліотека здоров’я, що є освітницькою і призначена надава- ти інформацію в галузі клінічних досліджень ме- дичним працівникам, науковцям та студентам [63]; HighWire Press (HighWire Library of the Sciences and Medicine, Stanford University Libraries) — портал, що дозволяє доступ до великої кількості опублікованих робіт [64]. 4. Інші електронні ресурси: @Cancer — пошуко- вий сайт медичної інформації [65]; CancerBACUP — інформаційний ресурс по онкології у Великобританії, містить рекомендації по лікуванню онкологічних хворих [66]; MEDICINE OnLine — інформаційний ме- дичний ресурс по онкології [67]; OncoLink (Abramson Cancer Center of the University of Pennsylvania) — сервер Онкологічного центру університету Пенсильванії, містить широке коло питань з експериментальної та клінічної онкології [68]; Database of Cancer Research in Australia (CARA) — наведені результати досліджень новоутворень в Австралії [69]; Carcinogenic Potency Database (CPDB) — представлені результати довго- тривалих досліджень новоутворень у тварин [70]. Таким чином, існує багато електронних інфор- маційних ресурсів, що включають дані фундамен- тальних досліджень у галузях біології і медицини та надають інформацію щодо методів діагностики і лікування різних захворювань, і в тому числі онкологічних. Але інформація, що є в різноманітних банках і БД представлена в різних форматах та різним ступенем деталізації, що обґрунтовує доцільність створення інтегрованої БД, спрямованої на розши- рення можливостей диференційної та уточнюючої діагностики передпухлинних і пухлинних процесів ÎÁÌÅÍ ÎÏÛÒÎÌ 57Î Í Ê Î Ë Î Ã È ß • Ò. 1 1 • ¹ 1 • 2 0 0 9 та оцінці ефективності і коректності лікування хво- рих із пухлинами різного генезу. В Інституті експериментальної патології, онкології і радіобіології ім. Р.Є. Кавецького НАН України розроблена БД, що відповідає на- ступним критеріям: • Висвітлює фундаментальні аспекти та клінічні проблеми канцерогенезу. • Проблемно-орієнтована автоматизована інформаційно-пошукова система фактографічного типу, яка дає можливість знайти не тільки докумен- ти чи довідки, а безпосередньо факти, які містяться у цих документах. Середовищем програмуван- ня системи керування БД є Borland Delphi v.7.0. Система орієнтована на роботу як у автономній (мережевій), так і локальній версії без обмеження кількості користувачів за умови, що платформою є Windows 95.../NT/XP. • Сервіс дозволяє розширювати і поповнювати БД новою інформацією і розрахований на наукових працівників, лікарів, аспірантів та студентів, що не є фахівцями в галузі інформаційних технологій. На цьому етапі продовжується робота по на- повненню БД та створенню додаткових модулів. Принципи системи керування та структури, а також основні властивості створеної БД буде представле- но у наступному повідомленні. ПОДЯКА Автори щиро вдячні д-ру мед. наук, проф. Н.М. Бережній; д-ру біол. наук, проф. М.Ф. Гамалії; д-ру мед. наук, проф. Д.Ф. Глузману; д-ру мед. наук, проф. Г.І. Кулик; д-ру мед. наук, проф. В.Г. Ніколаєву; д-ру мед. наук, проф. С.П. Осинсь- кому; д-ру біол. наук, проф. П.В. Погрібному; д-ру мед. наук, проф. Є.П. Сидорику; д-ру мед. наук, проф. В.О. Шляховенку; д-ру біол. наук М.О. Дружині; д-ру біол. наук С.П. Залєток; д-ру біол. наук Ю.Й. Кудрявцю; д-ру мед. наук Г.П. Потебні; канд. біол. наук В.М. Михайлен- ку; канд. біол. наук О.О. Фільченкову за плідні дискусії, цінні поради та інформаційне наповнен- ня БД. Робота виконана за підтримки гранта НАН України «Особливості функціонування онкогеному» II-01-02, № держреєстрації 0102U003228. ЛІТЕРАТУРА 1. Кальниш ВВ. Роль информационных технологий в ин- теллектуализации здравоохранения. Клин информ телемеди- цина 2004; 1: 28–34. 2. Brazhnik O, Jones JF. Anatomy of data integration. J Biomed Inform 2007; 40 (3): 252–69. 3. Горобец СВ, Горобец ОЮ, Дереча ДО. Биоинформатика как основной инструмент нанобиотехнологии и наномеди- цины. Клин информ телемедицина 2008; 4 (5): 41–9. 4. Гельфанд МС. Апология биоинформатики 2005; 50 (4): 752–66. 5. Система автоматизации библиотек ИРБИС. АРМ «Ка- талогизатор». Руководство пользователя. Москва: ГПНТБ России, 2000. 76 с. 6. http://www.ncbi.nlm.nih.gov 7. Wheeler DL, Barrett T, Benson DA, et al. Database resources of the National Center for Biotechnology Information. Nucleic Acids Res 2008; 36 (27): 13–21. 8. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/ 9. Benson DA, Karsch-Mizrachi I, Lipman DJ, et al. GenBank. Nucleic Acids Res 2008; 36: 25–30. 10. http://ncbi.nlm.nih.gov/blast 11. Johnson M, Zaretskaya I, Raytselis Y, et al. NCBI BLAST: a better web interface. Nucleic Acids Res 2008, 36 (2): 5–9. 12. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/gquery?itool=toolbar 13. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=gap 14. Mailman MD, Feolo M, Jin Y, et al. The NCBI dbGaP database of genotypes and phenotypes. Nat Genet 2007; 39 (10): 1181–86. 1 5 . h t t p : / / w w w . n c b i . n l m . n i h . g o v / s i t e s / entrez?db=proteinclusters 16. http://cgap.nci.nih.gov 17. Riggins GJ, Strausberg RL. Genome and genetic resources from the Cancer Genome Anatomy Project. Hum Mol Genet 2001; 10 (7): 663–7. 1 8 . h t t p : / / w w w . n c b i . n l m . n i h . g o v / s i t e s / entrez?db=cancerchromosomes 19. Knutsen T, Gobu V, Knaus R, et al. The Interactive Online SKY/M-FISH & CGH Database and the Entrez Cancer Chromosomes Search Database: Linkage of Chromosomal Aberrations whith the Genome Sequence. Gen Chromosom Cancer 2005; 44 (1): 52–64. 20. http://www.wwpdb.org/index.html 21. Dutta S, Burkhardt K, Swaminathan GJ, et al. Data deposition and annotation at the worldwide protein data bank. Methods Mol Biol 2008; 426: 81–101. 22. http://www.uniprot.org/ 23. UniProt Consortium. The universal protein resource (UniProt). Nucleic Acids Res 2008; 36: 190–5. 24. http://www.ebi.ac.uk/interpro 25. Mulder NJ, Apweiler R, Attwood TK, et al. New developments in the InterPro database. Nucleic Ascids Res 2007; 35: 224–8. 26. http://biolit.ucsd.edu 27. Fink JL, Kushch S, Williams PR, Bourne PE. Nucleic Acids Res 2008; 36: 385–9. 28. http://au.expasy.org/enzyme/ 29. http://rebase.neb.com/rebase/rebase.html 30. Roberts RJ, Vincze T, Postai J, Macelis D. REBASE — enzymes and genes for DNA restriction and modification. Nucleic Acids Res 2007; 35: 269–70. 31. http://www.disprot.org/ 32. Sickmeier M, Hamilton JA, LeGall T, et al. DisProt: the Database of Disordered Proteins. Nucleic Acids Res 2007; 35: 786–93. 33. http://www.familialcancerdatabase.nl/ 34. http://www-p53.iarc.fr 35. Olivier M, Eeles R, Hollstein M, et al. The IARC TP53 database: new online mutation analysis and recommendations to users. Hum Mutat 2002; 19 (6): 607–14. 36. http://www.pancreasexpression.org/ 37. Chelala C, Hahn SA, Whiteman HJ, et al. Pancreatic Expression database: a generic model for the organization, integration and mining of complex cancer datasets. BMC Genomics 2007; 28 (8): 1471–2164. 38. http://www.tumor-gene.org 39. http://www.genenames.org/ 40. Bruford EA, Lush MJ, Wright MW, et al. NC Database in 2008: a resource for the human genome. Nucleic Acids Res 2008; 36: 445–8. 41. http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/gnw/trrd// 42. Kolchanov NA, Ignatieva EV, Ananko EA, et al. Transcription Regulatory Regions Database (TRRD): its status in 2002. Nucleic Acids Res 2002; 30 (1): 312–7. 43. http://www.genome.gov/10001504 ÎÁÌÅÍ ÎÏÛÒÎ Ì 58 Î Í Ê Î Ë Î Ã È ß • Ò. 1 1 • ¹ 1 • 2 0 0 9 44. http://www.cancer.gov/cancertopics/pdq 45. Fare C, Ugolini D. The PDQ (Physician Data Query), the cancer database, in oncological clinical practice. Cancer Treat Rev 1991; 18 (2): 137–43. 46. http://www.facs.org/cancer/ncdb 47. http://www.centerwatch.com 48. http://www.ecancertrials.com 49. http://www.ebscohost.com/dynamed/default.php 50. Barton H. DynaMed. J Med Libr Associat 2005; 93 (3): 412–4. 51. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ 52. http://www.pubmedcentral.nih.gov 53. http://www.elsevier.com/wps/find/bibliographic_browse. cws_home 54. http://amedeo.com/index.htm 55. http://www.lib.uiowa.edu/hardin/md/ej.html 56. http://www.panteleimon.org 57. Kumar A, Wright J, Adams CE. Searching a biomedical bibliographic database from the Ukraine: the Panteleimon database. Health Info Libr J 2005; 22 (3): 223–7. 58. http://www.biomedcentral.com/browse/journals 59. http://databases.biomedcentral.com/ 60. http://www.bccancer.bc.ca/HPI/CancerManage- mentGuidelines/default.htm 61. http://catalog.loc.gov/ 62. http://www.merck.com/mmpe/index.html 63. http://library.med.utah.edu/index.php 64. http://highwire.stanford.edu 65. http://www.mymedline.com/cancer/ 66. http://www.cancerbackup.org.uk/Home 67. http://www.meds.com 68. http://oncolink.upenn.edu 69. http://www.ludwig.edu.au 70. http://potency.berkeley.edu/cpdb.html DATABASE «FEATURES OF FUNCTIONAL ONCOGENOMICS» AS THE FOUNDATION OF MODERN DIAGNOSTICS AND TREATMENT OF PATIENTS WITH CANCER (MALIGNANT TUMORS). REPORT 1 V.F. Chekhun, L.G. Buchynska, N.M. Glushchenko, G.I. Solyanik, S.P. Sidorenko, Yu.M. Babich Summary. The report includes the review of basic Internet Life science informatics resourses, used in the bio-medical field, especially in oncology. The database formation and development of its structure is based on gene features, their expression on the level of mRNA and protein in normal and malignant cells. This database will promote the improvement of tumor differential diagnostics and optimize therapy of patients with malignant tumors. Key Words: Internet, bio-medical informatics resources, database, genome, proteome, diagnostics, therapy. Адреса для листування: Чехун В.Ф. 03022, Київ, вул. Васильківська, 45 Інститут експериментальної патології, онкології і радіобіології ім. Р.Є. Кавецького НАН України

База даних «Особливості функціонального онкогеному» як основа сучасної діагностики і лікування хворих зі злоякісними пухлинами. Повідомлення 1

Institution

Similar Items