Master equation approach to protein folding
The dynamics of two 12-monomer heteropolymers on the square lattice is
 studied exactly within the master equation approach. The time evolution
 of the occupancy of the native state is determined. At low temperatures,
 the median folding time follows the Arrhenius law and is...
Збережено в:
| Опубліковано в: : | Condensed Matter Physics |
|---|---|
| Дата: | 1999 |
| Автори: | , , |
| Мова: | Англійська |
| Опубліковано: |
Інститут фізики конденсованих систем НАН України
1999
|
| Онлайн доступ: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/120399 |
| Теги: |
Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
|
| Назва журналу: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Цитувати: | Master equation approach to protein folding / M. Cieplak, M. Henkel, J.R. Banavar // Condensed Matter Physics. — 1999. — Т. 2, № 2(18). — С. 369-378. — Бібліогр.: 17 назв. — англ. |
Репозитарії
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| _version_ | 1862568193353056256 |
|---|---|
| author | Cieplak, M. Henkel, M. Banavar, J.R. |
| author_facet | Cieplak, M. Henkel, M. Banavar, J.R. |
| citation_txt | Master equation approach to protein folding / M. Cieplak, M. Henkel, J.R. Banavar // Condensed Matter Physics. — 1999. — Т. 2, № 2(18). — С. 369-378. — Бібліогр.: 17 назв. — англ. |
| collection | DSpace DC |
| container_title | Condensed Matter Physics |
| description | The dynamics of two 12-monomer heteropolymers on the square lattice is
studied exactly within the master equation approach. The time evolution
of the occupancy of the native state is determined. At low temperatures,
the median folding time follows the Arrhenius law and is governed by the
longest relaxation time. For both good and bad folders, significant kinetic
traps appear in the folding funnel and the kinetics of the two kinds of folders
are quite similar. What distinguishes between the good and bad folders are
the differences in their thermodynamic stabilities.
За допомогою методу керуючого рівняння точно проаналізована динаміка двох 12-мономерних гетерополімерів на квадратній гратці.
Визначена часова еволюція зайнятості нативного стану. При низьких температурах середній час скручування підлягає закону Ареніуса і визначається найдовшим часом релаксації. Для білків, що добре скручуються, з’являються суттєві кінетичні пастки у наборі послідовних конформацій, у той час як для білків, що погано скручуються,
пастки присутні також і в ділянках, що не відповідають нативній конформації.
|
| first_indexed | 2025-11-26T01:39:30Z |
| fulltext | |
| id | nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-120399 |
| institution | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| issn | 1607-324X |
| language | English |
| last_indexed | 2025-11-26T01:39:30Z |
| publishDate | 1999 |
| publisher | Інститут фізики конденсованих систем НАН України |
| record_format | dspace |
| spelling | Cieplak, M. Henkel, M. Banavar, J.R. 2017-06-12T06:53:00Z 2017-06-12T06:53:00Z 1999 Master equation approach to protein folding / M. Cieplak, M. Henkel, J.R. Banavar // Condensed Matter Physics. — 1999. — Т. 2, № 2(18). — С. 369-378. — Бібліогр.: 17 назв. — англ. 1607-324X DOI:10.5488/CMP.2.2.369 PACS: 87.15.By, 87.10.+e https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/120399 The dynamics of two 12-monomer heteropolymers on the square lattice is
 studied exactly within the master equation approach. The time evolution
 of the occupancy of the native state is determined. At low temperatures,
 the median folding time follows the Arrhenius law and is governed by the
 longest relaxation time. For both good and bad folders, significant kinetic
 traps appear in the folding funnel and the kinetics of the two kinds of folders
 are quite similar. What distinguishes between the good and bad folders are
 the differences in their thermodynamic stabilities. За допомогою методу керуючого рівняння точно проаналізована динаміка двох 12-мономерних гетерополімерів на квадратній гратці.
 Визначена часова еволюція зайнятості нативного стану. При низьких температурах середній час скручування підлягає закону Ареніуса і визначається найдовшим часом релаксації. Для білків, що добре скручуються, з’являються суттєві кінетичні пастки у наборі послідовних конформацій, у той час як для білків, що погано скручуються,
 пастки присутні також і в ділянках, що не відповідають нативній конформації. We thank Jan Karbowski for collaboration and T. X. Hoang for discussions. This
 work was supported by KBN (Grant No. 2P03B-025-13), Polonium, CNRS-UMR
 7556, NASA, and the Applied Research Laboratory at Penn State. en Інститут фізики конденсованих систем НАН України Condensed Matter Physics Master equation approach to protein folding Метод керуючого рівняння у явищі скручування білків published earlier |
| spellingShingle | Master equation approach to protein folding Cieplak, M. Henkel, M. Banavar, J.R. |
| title | Master equation approach to protein folding |
| title_alt | Метод керуючого рівняння у явищі скручування білків |
| title_full | Master equation approach to protein folding |
| title_fullStr | Master equation approach to protein folding |
| title_full_unstemmed | Master equation approach to protein folding |
| title_short | Master equation approach to protein folding |
| title_sort | master equation approach to protein folding |
| url | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/120399 |
| work_keys_str_mv | AT cieplakm masterequationapproachtoproteinfolding AT henkelm masterequationapproachtoproteinfolding AT banavarjr masterequationapproachtoproteinfolding AT cieplakm metodkeruûčogorívnânnâuâviŝískručuvannâbílkív AT henkelm metodkeruûčogorívnânnâuâviŝískručuvannâbílkív AT banavarjr metodkeruûčogorívnânnâuâviŝískručuvannâbílkív |