Молекулярний докінг похідних 1,3-оксазолу в активному центрі тубуліну
Досліджено in silico вплив похідних 1,3-оксазолу на колхіцинзв'язуючий сайт (КЗС) β-тубуліну, проведено
 молекулярний докінг похідних 1,3-оксазолу в КЗС β-тубуліну та наведено результати аналізу ліганд-рецепторних комплексів. Створено адекватну модель КЗС Б-субодиниці β-тубуліну, яку пе...
Gespeichert in:
| Veröffentlicht in: | Доповіді НАН України |
|---|---|
| Datum: | 2017 |
| Hauptverfasser: | , , , |
| Format: | Artikel |
| Sprache: | Ukrainisch |
| Veröffentlicht: |
Видавничий дім "Академперіодика" НАН України
2017
|
| Schlagworte: | |
| Online Zugang: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/126342 |
| Tags: |
Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
|
| Назва журналу: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Zitieren: | Молекулярний докінг похідних 1,3-оксазолу в активному центрі тубуліну / І.В. Семенюта, В.Ю. Танчук, Є.О. Лобко, Л.О. Метелиця // Доповіді Національної академії наук України. — 2017. — № 1. — С. 103-108. — Бібліогр.: 13 назв. — укр. |
Institution
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| _version_ | 1862570900280311808 |
|---|---|
| author | Семенюта, І.В. Танчук, В.Ю. Лобко, Є.О. Метелиця, Л.О. |
| author_facet | Семенюта, І.В. Танчук, В.Ю. Лобко, Є.О. Метелиця, Л.О. |
| citation_txt | Молекулярний докінг похідних 1,3-оксазолу в активному центрі тубуліну / І.В. Семенюта, В.Ю. Танчук, Є.О. Лобко, Л.О. Метелиця // Доповіді Національної академії наук України. — 2017. — № 1. — С. 103-108. — Бібліогр.: 13 назв. — укр. |
| collection | DSpace DC |
| container_title | Доповіді НАН України |
| description | Досліджено in silico вплив похідних 1,3-оксазолу на колхіцинзв'язуючий сайт (КЗС) β-тубуліну, проведено
молекулярний докінг похідних 1,3-оксазолу в КЗС β-тубуліну та наведено результати аналізу ліганд-рецепторних комплексів. Створено адекватну модель КЗС Б-субодиниці β-тубуліну, яку перевірено редокінгом
колхіцину в КЗС і отримано стабільний ліганд-білковий комплекс (Езв = –8,1 ккал/моль, RMSD = 1,2042 Å).
Методом молекулярного докінгу обгрунтовано високу цитотоксичну активність сполук 1, 3 та 4, які утворюють стійкі ліганд-білкові комплекси (Езв = –7,7, –5,5, –6,2, –5,8 ккал/моль). Показано, що ці сполуки
зв'язуються з амінокислотними залишками КЗС, подібно до колхіцину, за допомогою водневих зв'язків та
π—σ зв'язків. Отримані результати дають підставу рекомендувати сполуки 1, 3 і 4 для подальшого вивчення як перспективних антимітотичних агентів.
Исследовано in silico влияние производных 1,3-оксазола на колхицинсвязывающий сайт (КСС) β-тубулина,
проведён молекулярный докинг производных 1,3-оксазола в КСС β-тубулина и приведены результаты анализа лиганд-рецепторных комплексов. Создана адекватная модель КСС Б-субъединицы β-тубулина, которая проверена редокингом колхицина в КСС и получен стабильный лиганд-белковый комплекс (Есв = −8,1
ккал/моль, RMSD = 1,2042 Å). Методом молекулярного докинга обоснована высокая цитотоксическая активность соединений 1, 3 и 4, которые образуют устойчивые лиганд-белковые комплексы (Есв = −7,7, −5,5,
−6,2, −5,8 ккал/моль). Показано, что эти соединения связываются с аминокислотными остатками КСС, подобно колхицину, с помощью водородных связей и π−σ связей. Полученные результаты позволяют рекомендовать соединения 1, 3 и 4 для дальнейшего изучения в качестве перспективных антимитотических агентов.
The effect of 1,3-oxazole in the colchicine binding site (CBS) of β-tubulin is studied in silico, the molecular docking
of 1,3-oxazole in the CBS of β-tubulin is performed, and the results of the analysis of ligand-receptor complexes
are shown. An adequate model of the CBS of B-subunit of β-tubulin is created. The model is checked by
the redocking of colchicine into the CBS, and the stable ligand-protein complex (Еbind = −8 kcal/mol, RMSD =
= 1.2042 Å) is obtained. The high cytotoxic activity of compounds 1, 3, and 4, which form a stable ligand-protein
complexes (Еbind = −7.7, −5.5, −6.2, −5.8 kcal/mol), is justified by the molecular docking. It is shown that these
compounds bind to amino acid residues of CBS via hydrogen bonds and π−σ bonds, like colchicine. Compounds
1, 3, and 4 can be recommended for the further study as promising antimitotic agents.
|
| first_indexed | 2025-11-26T03:03:45Z |
| format | Article |
| fulltext | |
| id | nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-126342 |
| institution | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| issn | 1025-6415 |
| language | Ukrainian |
| last_indexed | 2025-11-26T03:03:45Z |
| publishDate | 2017 |
| publisher | Видавничий дім "Академперіодика" НАН України |
| record_format | dspace |
| spelling | Семенюта, І.В. Танчук, В.Ю. Лобко, Є.О. Метелиця, Л.О. 2017-11-20T13:57:49Z 2017-11-20T13:57:49Z 2017 Молекулярний докінг похідних 1,3-оксазолу в активному центрі тубуліну / І.В. Семенюта, В.Ю. Танчук, Є.О. Лобко, Л.О. Метелиця // Доповіді Національної академії наук України. — 2017. — № 1. — С. 103-108. — Бібліогр.: 13 назв. — укр. 1025-6415 DOI: doi.org/10.15407/dopovidi2017.01.103 https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/126342 615.277 : 004.94 Досліджено in silico вплив похідних 1,3-оксазолу на колхіцинзв'язуючий сайт (КЗС) β-тубуліну, проведено
 молекулярний докінг похідних 1,3-оксазолу в КЗС β-тубуліну та наведено результати аналізу ліганд-рецепторних комплексів. Створено адекватну модель КЗС Б-субодиниці β-тубуліну, яку перевірено редокінгом
 колхіцину в КЗС і отримано стабільний ліганд-білковий комплекс (Езв = –8,1 ккал/моль, RMSD = 1,2042 Å).
 Методом молекулярного докінгу обгрунтовано високу цитотоксичну активність сполук 1, 3 та 4, які утворюють стійкі ліганд-білкові комплекси (Езв = –7,7, –5,5, –6,2, –5,8 ккал/моль). Показано, що ці сполуки
 зв'язуються з амінокислотними залишками КЗС, подібно до колхіцину, за допомогою водневих зв'язків та
 π—σ зв'язків. Отримані результати дають підставу рекомендувати сполуки 1, 3 і 4 для подальшого вивчення як перспективних антимітотичних агентів. Исследовано in silico влияние производных 1,3-оксазола на колхицинсвязывающий сайт (КСС) β-тубулина,
 проведён молекулярный докинг производных 1,3-оксазола в КСС β-тубулина и приведены результаты анализа лиганд-рецепторных комплексов. Создана адекватная модель КСС Б-субъединицы β-тубулина, которая проверена редокингом колхицина в КСС и получен стабильный лиганд-белковый комплекс (Есв = −8,1
 ккал/моль, RMSD = 1,2042 Å). Методом молекулярного докинга обоснована высокая цитотоксическая активность соединений 1, 3 и 4, которые образуют устойчивые лиганд-белковые комплексы (Есв = −7,7, −5,5,
 −6,2, −5,8 ккал/моль). Показано, что эти соединения связываются с аминокислотными остатками КСС, подобно колхицину, с помощью водородных связей и π−σ связей. Полученные результаты позволяют рекомендовать соединения 1, 3 и 4 для дальнейшего изучения в качестве перспективных антимитотических агентов. The effect of 1,3-oxazole in the colchicine binding site (CBS) of β-tubulin is studied in silico, the molecular docking
 of 1,3-oxazole in the CBS of β-tubulin is performed, and the results of the analysis of ligand-receptor complexes
 are shown. An adequate model of the CBS of B-subunit of β-tubulin is created. The model is checked by
 the redocking of colchicine into the CBS, and the stable ligand-protein complex (Еbind = −8 kcal/mol, RMSD =
 = 1.2042 Å) is obtained. The high cytotoxic activity of compounds 1, 3, and 4, which form a stable ligand-protein
 complexes (Еbind = −7.7, −5.5, −6.2, −5.8 kcal/mol), is justified by the molecular docking. It is shown that these
 compounds bind to amino acid residues of CBS via hydrogen bonds and π−σ bonds, like colchicine. Compounds
 1, 3, and 4 can be recommended for the further study as promising antimitotic agents. Автори висловлюють вдячність співробітникам Інституту біоорганічної хімії та нафтохімії НАН України д-ру хім. наук В.С. Броварцю, канд. хім. наук В.С. Зябрєву та С.Г. Пільо за надані зразки хімічних сполук для дослідження. uk Видавничий дім "Академперіодика" НАН України Доповіді НАН України Біохімія Молекулярний докінг похідних 1,3-оксазолу в активному центрі тубуліну Молекулярный докинг производных 1,3-оксазола в активном центре тубулина Molecular docking of 1,3-oxazole derivatives into the active site of tubulin Article published earlier |
| spellingShingle | Молекулярний докінг похідних 1,3-оксазолу в активному центрі тубуліну Семенюта, І.В. Танчук, В.Ю. Лобко, Є.О. Метелиця, Л.О. Біохімія |
| title | Молекулярний докінг похідних 1,3-оксазолу в активному центрі тубуліну |
| title_alt | Молекулярный докинг производных 1,3-оксазола в активном центре тубулина Molecular docking of 1,3-oxazole derivatives into the active site of tubulin |
| title_full | Молекулярний докінг похідних 1,3-оксазолу в активному центрі тубуліну |
| title_fullStr | Молекулярний докінг похідних 1,3-оксазолу в активному центрі тубуліну |
| title_full_unstemmed | Молекулярний докінг похідних 1,3-оксазолу в активному центрі тубуліну |
| title_short | Молекулярний докінг похідних 1,3-оксазолу в активному центрі тубуліну |
| title_sort | молекулярний докінг похідних 1,3-оксазолу в активному центрі тубуліну |
| topic | Біохімія |
| topic_facet | Біохімія |
| url | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/126342 |
| work_keys_str_mv | AT semenûtaív molekulârniidokíngpohídnih13oksazoluvaktivnomucentrítubulínu AT tančukvû molekulârniidokíngpohídnih13oksazoluvaktivnomucentrítubulínu AT lobkoêo molekulârniidokíngpohídnih13oksazoluvaktivnomucentrítubulínu AT metelicâlo molekulârniidokíngpohídnih13oksazoluvaktivnomucentrítubulínu AT semenûtaív molekulârnyidokingproizvodnyh13oksazolavaktivnomcentretubulina AT tančukvû molekulârnyidokingproizvodnyh13oksazolavaktivnomcentretubulina AT lobkoêo molekulârnyidokingproizvodnyh13oksazolavaktivnomcentretubulina AT metelicâlo molekulârnyidokingproizvodnyh13oksazolavaktivnomcentretubulina AT semenûtaív moleculardockingof13oxazolederivativesintotheactivesiteoftubulin AT tančukvû moleculardockingof13oxazolederivativesintotheactivesiteoftubulin AT lobkoêo moleculardockingof13oxazolederivativesintotheactivesiteoftubulin AT metelicâlo moleculardockingof13oxazolederivativesintotheactivesiteoftubulin |