Докинг низкомолекулярных лигандов на молекуле растительного FtsZ-белка: применение технологии cuda для ускорения расчетов
Приведен обзор и анализ возможностей применения технологии CUDA для ускорения расчетов в области структурной биологии и биоинформатики. На примере работы с программой HEX 6.1 выполнен сравнительный анализ прироста производительности и качества результатов жесткого докинга низкомолекулярных соединени...
Saved in:
| Published in: | Цитология и генетика |
|---|---|
| Date: | 2012 |
| Main Authors: | , , |
| Format: | Article |
| Language: | Russian |
| Published: |
Інститут клітинної біології та генетичної інженерії НАН України
2012
|
| Subjects: | |
| Online Access: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/126471 |
| Tags: |
Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
|
| Journal Title: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Cite this: | Докинг низкомолекулярных лигандов на молекуле растительного FtsZ-белка: применение технологии cuda для ускорения расчетов / О.Н. Демчук, П.А. Карпов, Я.Б. Блюм // Цитология и генетика. — 2012. — Т. 46, № 3. — С. 55-64. — Бібліогр.: 54 назв. — рос. |
Institution
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| id |
nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-126471 |
|---|---|
| record_format |
dspace |
| spelling |
Демчук, О.Н. Карпов, П.А. Блюм, Я.Б. 2017-11-24T16:24:50Z 2017-11-24T16:24:50Z 2012 Докинг низкомолекулярных лигандов на молекуле растительного FtsZ-белка: применение технологии cuda для ускорения расчетов / О.Н. Демчук, П.А. Карпов, Я.Б. Блюм // Цитология и генетика. — 2012. — Т. 46, № 3. — С. 55-64. — Бібліогр.: 54 назв. — рос. 0564-3783 DOI: 10.3103/S0095452712030048 https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/126471 577.112.7(577.332+004.42) Приведен обзор и анализ возможностей применения технологии CUDA для ускорения расчетов в области структурной биологии и биоинформатики. На примере работы с программой HEX 6.1 выполнен сравнительный анализ прироста производительности и качества результатов жесткого докинга низкомолекулярных соединений различных классов на поверхности FtsZ белка из Arabidopsis thaliana. Идентифицировано несколько потенциальных сайтов связывания бензимидазолов с растительным FtsZ. Наводиться огляд та аналіз можливостей застосування технології CUDA для прискорення обчислень в галузі структурної біології та біоінформатики. На прикладі роботи з програмою Hex 6.1 здійснено порівняльний аналіз приросту продуктивності та якості результатів жорсткого докінгу низькомолекулярних сполук різних класів на поверхні FtsZ-білка із Arabidopsis thaliana. Ідентифіковано декілька потенційних сайтів зв’язування бензімідазолів із рослинним FtsZ. The opportunities to apply the CUDA technology for faster computations in structural biology and bioinformatics are reviewed and analyzed. Using HEX 6.1 software, we performed a comparative analysis of the efficiency and the increase in quality after CUDA application. The work was conducted on the example of rigid docking of low-molecular-weight compounds of different classes on the surface of the Arabidopsis thaliana FtsZ. Several potential binding sites of benzimidazoles to the plant FtsZ were identified. ru Інститут клітинної біології та генетичної інженерії НАН України Цитология и генетика Оригинальные работы Докинг низкомолекулярных лигандов на молекуле растительного FtsZ-белка: применение технологии cuda для ускорения расчетов Докінг низькомолекулярних лігандів на поверхні рослинного FtsZ білка: застосування технології cuda для прискорення обчислень Docking small ligands to molecule of the plant FtsZ protein: Application of the CUDA technology for faster computations Article published earlier |
| institution |
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| collection |
DSpace DC |
| title |
Докинг низкомолекулярных лигандов на молекуле растительного FtsZ-белка: применение технологии cuda для ускорения расчетов |
| spellingShingle |
Докинг низкомолекулярных лигандов на молекуле растительного FtsZ-белка: применение технологии cuda для ускорения расчетов Демчук, О.Н. Карпов, П.А. Блюм, Я.Б. Оригинальные работы |
| title_short |
Докинг низкомолекулярных лигандов на молекуле растительного FtsZ-белка: применение технологии cuda для ускорения расчетов |
| title_full |
Докинг низкомолекулярных лигандов на молекуле растительного FtsZ-белка: применение технологии cuda для ускорения расчетов |
| title_fullStr |
Докинг низкомолекулярных лигандов на молекуле растительного FtsZ-белка: применение технологии cuda для ускорения расчетов |
| title_full_unstemmed |
Докинг низкомолекулярных лигандов на молекуле растительного FtsZ-белка: применение технологии cuda для ускорения расчетов |
| title_sort |
докинг низкомолекулярных лигандов на молекуле растительного ftsz-белка: применение технологии cuda для ускорения расчетов |
| author |
Демчук, О.Н. Карпов, П.А. Блюм, Я.Б. |
| author_facet |
Демчук, О.Н. Карпов, П.А. Блюм, Я.Б. |
| topic |
Оригинальные работы |
| topic_facet |
Оригинальные работы |
| publishDate |
2012 |
| language |
Russian |
| container_title |
Цитология и генетика |
| publisher |
Інститут клітинної біології та генетичної інженерії НАН України |
| format |
Article |
| title_alt |
Докінг низькомолекулярних лігандів на поверхні рослинного FtsZ білка: застосування технології cuda для прискорення обчислень Docking small ligands to molecule of the plant FtsZ protein: Application of the CUDA technology for faster computations |
| description |
Приведен обзор и анализ возможностей применения технологии CUDA для ускорения расчетов в области структурной биологии и биоинформатики. На примере работы с программой HEX 6.1 выполнен сравнительный анализ прироста производительности и качества результатов жесткого докинга низкомолекулярных соединений различных классов на поверхности FtsZ белка из Arabidopsis thaliana. Идентифицировано несколько потенциальных сайтов связывания бензимидазолов с растительным FtsZ.
Наводиться огляд та аналіз можливостей застосування технології CUDA для прискорення обчислень в галузі структурної біології та біоінформатики. На прикладі роботи з програмою Hex 6.1 здійснено порівняльний аналіз приросту продуктивності та якості результатів жорсткого докінгу низькомолекулярних сполук різних класів на поверхні FtsZ-білка із Arabidopsis thaliana. Ідентифіковано декілька потенційних сайтів зв’язування бензімідазолів із рослинним FtsZ.
The opportunities to apply the CUDA technology for faster computations in structural biology and bioinformatics are reviewed and analyzed. Using HEX 6.1 software, we performed a comparative analysis of the efficiency and the increase in quality after CUDA application. The work was conducted on the example of rigid docking of low-molecular-weight compounds of different classes on the surface of the Arabidopsis thaliana FtsZ. Several potential binding sites of benzimidazoles to the plant FtsZ were identified.
|
| issn |
0564-3783 |
| url |
https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/126471 |
| citation_txt |
Докинг низкомолекулярных лигандов на молекуле растительного FtsZ-белка: применение технологии cuda для ускорения расчетов / О.Н. Демчук, П.А. Карпов, Я.Б. Блюм // Цитология и генетика. — 2012. — Т. 46, № 3. — С. 55-64. — Бібліогр.: 54 назв. — рос. |
| work_keys_str_mv |
AT demčukon dokingnizkomolekulârnyhligandovnamolekulerastitelʹnogoftszbelkaprimenenietehnologiicudadlâuskoreniârasčetov AT karpovpa dokingnizkomolekulârnyhligandovnamolekulerastitelʹnogoftszbelkaprimenenietehnologiicudadlâuskoreniârasčetov AT blûmâb dokingnizkomolekulârnyhligandovnamolekulerastitelʹnogoftszbelkaprimenenietehnologiicudadlâuskoreniârasčetov AT demčukon dokíngnizʹkomolekulârnihlígandívnapoverhníroslinnogoftszbílkazastosuvannâtehnologíícudadlâpriskorennâobčislenʹ AT karpovpa dokíngnizʹkomolekulârnihlígandívnapoverhníroslinnogoftszbílkazastosuvannâtehnologíícudadlâpriskorennâobčislenʹ AT blûmâb dokíngnizʹkomolekulârnihlígandívnapoverhníroslinnogoftszbílkazastosuvannâtehnologíícudadlâpriskorennâobčislenʹ AT demčukon dockingsmallligandstomoleculeoftheplantftszproteinapplicationofthecudatechnologyforfastercomputations AT karpovpa dockingsmallligandstomoleculeoftheplantftszproteinapplicationofthecudatechnologyforfastercomputations AT blûmâb dockingsmallligandstomoleculeoftheplantftszproteinapplicationofthecudatechnologyforfastercomputations |
| first_indexed |
2025-12-07T18:37:20Z |
| last_indexed |
2025-12-07T18:37:20Z |
| _version_ |
1850875723246469120 |