Докинг низкомолекулярных лигандов на молекуле растительного FtsZ-белка: применение технологии cuda для ускорения расчетов
Приведен обзор и анализ возможностей применения технологии CUDA для ускорения расчетов в области структурной биологии и биоинформатики. На примере работы с программой HEX 6.1 выполнен сравнительный анализ прироста производительности и качества результатов жесткого докинга низкомолекулярных соединени...
Збережено в:
| Опубліковано в: : | Цитология и генетика |
|---|---|
| Дата: | 2012 |
| Автори: | , , |
| Формат: | Стаття |
| Мова: | Російська |
| Опубліковано: |
Інститут клітинної біології та генетичної інженерії НАН України
2012
|
| Теми: | |
| Онлайн доступ: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/126471 |
| Теги: |
Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
|
| Назва журналу: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Цитувати: | Докинг низкомолекулярных лигандов на молекуле растительного FtsZ-белка: применение технологии cuda для ускорения расчетов / О.Н. Демчук, П.А. Карпов, Я.Б. Блюм // Цитология и генетика. — 2012. — Т. 46, № 3. — С. 55-64. — Бібліогр.: 54 назв. — рос. |
Репозитарії
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| _version_ | 1862722721684652032 |
|---|---|
| author | Демчук, О.Н. Карпов, П.А. Блюм, Я.Б. |
| author_facet | Демчук, О.Н. Карпов, П.А. Блюм, Я.Б. |
| citation_txt | Докинг низкомолекулярных лигандов на молекуле растительного FtsZ-белка: применение технологии cuda для ускорения расчетов / О.Н. Демчук, П.А. Карпов, Я.Б. Блюм // Цитология и генетика. — 2012. — Т. 46, № 3. — С. 55-64. — Бібліогр.: 54 назв. — рос. |
| collection | DSpace DC |
| container_title | Цитология и генетика |
| description | Приведен обзор и анализ возможностей применения технологии CUDA для ускорения расчетов в области структурной биологии и биоинформатики. На примере работы с программой HEX 6.1 выполнен сравнительный анализ прироста производительности и качества результатов жесткого докинга низкомолекулярных соединений различных классов на поверхности FtsZ белка из Arabidopsis thaliana. Идентифицировано несколько потенциальных сайтов связывания бензимидазолов с растительным FtsZ.
Наводиться огляд та аналіз можливостей застосування технології CUDA для прискорення обчислень в галузі структурної біології та біоінформатики. На прикладі роботи з програмою Hex 6.1 здійснено порівняльний аналіз приросту продуктивності та якості результатів жорсткого докінгу низькомолекулярних сполук різних класів на поверхні FtsZ-білка із Arabidopsis thaliana. Ідентифіковано декілька потенційних сайтів зв’язування бензімідазолів із рослинним FtsZ.
The opportunities to apply the CUDA technology for faster computations in structural biology and bioinformatics are reviewed and analyzed. Using HEX 6.1 software, we performed a comparative analysis of the efficiency and the increase in quality after CUDA application. The work was conducted on the example of rigid docking of low-molecular-weight compounds of different classes on the surface of the Arabidopsis thaliana FtsZ. Several potential binding sites of benzimidazoles to the plant FtsZ were identified.
|
| first_indexed | 2025-12-07T18:37:20Z |
| format | Article |
| fulltext | |
| id | nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-126471 |
| institution | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| issn | 0564-3783 |
| language | Russian |
| last_indexed | 2025-12-07T18:37:20Z |
| publishDate | 2012 |
| publisher | Інститут клітинної біології та генетичної інженерії НАН України |
| record_format | dspace |
| spelling | Демчук, О.Н. Карпов, П.А. Блюм, Я.Б. 2017-11-24T16:24:50Z 2017-11-24T16:24:50Z 2012 Докинг низкомолекулярных лигандов на молекуле растительного FtsZ-белка: применение технологии cuda для ускорения расчетов / О.Н. Демчук, П.А. Карпов, Я.Б. Блюм // Цитология и генетика. — 2012. — Т. 46, № 3. — С. 55-64. — Бібліогр.: 54 назв. — рос. 0564-3783 DOI: 10.3103/S0095452712030048 https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/126471 577.112.7(577.332+004.42) Приведен обзор и анализ возможностей применения технологии CUDA для ускорения расчетов в области структурной биологии и биоинформатики. На примере работы с программой HEX 6.1 выполнен сравнительный анализ прироста производительности и качества результатов жесткого докинга низкомолекулярных соединений различных классов на поверхности FtsZ белка из Arabidopsis thaliana. Идентифицировано несколько потенциальных сайтов связывания бензимидазолов с растительным FtsZ. Наводиться огляд та аналіз можливостей застосування технології CUDA для прискорення обчислень в галузі структурної біології та біоінформатики. На прикладі роботи з програмою Hex 6.1 здійснено порівняльний аналіз приросту продуктивності та якості результатів жорсткого докінгу низькомолекулярних сполук різних класів на поверхні FtsZ-білка із Arabidopsis thaliana. Ідентифіковано декілька потенційних сайтів зв’язування бензімідазолів із рослинним FtsZ. The opportunities to apply the CUDA technology for faster computations in structural biology and bioinformatics are reviewed and analyzed. Using HEX 6.1 software, we performed a comparative analysis of the efficiency and the increase in quality after CUDA application. The work was conducted on the example of rigid docking of low-molecular-weight compounds of different classes on the surface of the Arabidopsis thaliana FtsZ. Several potential binding sites of benzimidazoles to the plant FtsZ were identified. ru Інститут клітинної біології та генетичної інженерії НАН України Цитология и генетика Оригинальные работы Докинг низкомолекулярных лигандов на молекуле растительного FtsZ-белка: применение технологии cuda для ускорения расчетов Докінг низькомолекулярних лігандів на поверхні рослинного FtsZ білка: застосування технології cuda для прискорення обчислень Docking small ligands to molecule of the plant FtsZ protein: Application of the CUDA technology for faster computations Article published earlier |
| spellingShingle | Докинг низкомолекулярных лигандов на молекуле растительного FtsZ-белка: применение технологии cuda для ускорения расчетов Демчук, О.Н. Карпов, П.А. Блюм, Я.Б. Оригинальные работы |
| title | Докинг низкомолекулярных лигандов на молекуле растительного FtsZ-белка: применение технологии cuda для ускорения расчетов |
| title_alt | Докінг низькомолекулярних лігандів на поверхні рослинного FtsZ білка: застосування технології cuda для прискорення обчислень Docking small ligands to molecule of the plant FtsZ protein: Application of the CUDA technology for faster computations |
| title_full | Докинг низкомолекулярных лигандов на молекуле растительного FtsZ-белка: применение технологии cuda для ускорения расчетов |
| title_fullStr | Докинг низкомолекулярных лигандов на молекуле растительного FtsZ-белка: применение технологии cuda для ускорения расчетов |
| title_full_unstemmed | Докинг низкомолекулярных лигандов на молекуле растительного FtsZ-белка: применение технологии cuda для ускорения расчетов |
| title_short | Докинг низкомолекулярных лигандов на молекуле растительного FtsZ-белка: применение технологии cuda для ускорения расчетов |
| title_sort | докинг низкомолекулярных лигандов на молекуле растительного ftsz-белка: применение технологии cuda для ускорения расчетов |
| topic | Оригинальные работы |
| topic_facet | Оригинальные работы |
| url | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/126471 |
| work_keys_str_mv | AT demčukon dokingnizkomolekulârnyhligandovnamolekulerastitelʹnogoftszbelkaprimenenietehnologiicudadlâuskoreniârasčetov AT karpovpa dokingnizkomolekulârnyhligandovnamolekulerastitelʹnogoftszbelkaprimenenietehnologiicudadlâuskoreniârasčetov AT blûmâb dokingnizkomolekulârnyhligandovnamolekulerastitelʹnogoftszbelkaprimenenietehnologiicudadlâuskoreniârasčetov AT demčukon dokíngnizʹkomolekulârnihlígandívnapoverhníroslinnogoftszbílkazastosuvannâtehnologíícudadlâpriskorennâobčislenʹ AT karpovpa dokíngnizʹkomolekulârnihlígandívnapoverhníroslinnogoftszbílkazastosuvannâtehnologíícudadlâpriskorennâobčislenʹ AT blûmâb dokíngnizʹkomolekulârnihlígandívnapoverhníroslinnogoftszbílkazastosuvannâtehnologíícudadlâpriskorennâobčislenʹ AT demčukon dockingsmallligandstomoleculeoftheplantftszproteinapplicationofthecudatechnologyforfastercomputations AT karpovpa dockingsmallligandstomoleculeoftheplantftszproteinapplicationofthecudatechnologyforfastercomputations AT blûmâb dockingsmallligandstomoleculeoftheplantftszproteinapplicationofthecudatechnologyforfastercomputations |