Потенційні температурно-чутливі рибоперемикачі в геномі сальмонел

На цей час відомо низку температурно-чутливих елементів – РНК-термометрів, що відрізняються структурно та функціонально, – які контролюють розмаїття біологічних процесів бактерій, включаючи вірулентність. Відомі РНК-термометри є структурами, що являють собою або одну протяжну шпилькову структуру, аб...

Full description

Saved in:

Bibliographic Details
Published in:	Цитология и генетика
Date:	2013
Main Authors:	Лиманська, О.Ю., Муртазаєва, Л.О., Лиманський, О.П.
Format:	Article
Language:	Ukrainian
Published:	Інститут клітинної біології та генетичної інженерії НАН України 2013
Subjects:	Оригинальные работы
Online Access:	https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/126590
Tags:	Add Tag No Tags, Be the first to tag this record!
Journal Title:	Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
Cite this:	Потенційні температурно-чутливі рибоперемикачі в геномі сальмонел / О.Ю. Лиманська, Л.О. Муртазаєва, О.П. Лиманський // Цитология и генетика. — 2013. — Т. 47, № 5. — С. 12-21. — Бібліогр.: 36 назв. — укр.

Institution

Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine

id	nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-126590
record_format	dspace
spelling	Лиманська, О.Ю. Муртазаєва, Л.О. Лиманський, О.П. 2017-11-27T19:31:38Z 2017-11-27T19:31:38Z 2013 Потенційні температурно-чутливі рибоперемикачі в геномі сальмонел / О.Ю. Лиманська, Л.О. Муртазаєва, О.П. Лиманський // Цитология и генетика. — 2013. — Т. 47, № 5. — С. 12-21. — Бібліогр.: 36 назв. — укр. 0564-3783 DOI: 10.3103/S009545271305006X https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/126590 579.842.14 : 577.213.216 На цей час відомо низку температурно-чутливих елементів – РНК-термометрів, що відрізняються структурно та функціонально, – які контролюють розмаїття біологічних процесів бактерій, включаючи вірулентність. Відомі РНК-термометри є структурами, що являють собою або одну протяжну шпилькову структуру, або декілька шпильок, які можуть бути як досконалими, так і недосконалими. На основі комп’ютерного та термодинамічного аналізів повністю секвенованих геномів 25 ізолятів Salmonella enterica встановлено алгоритм та критерії пошуку потенційних РНК-термометрів, що дозволить в подальшому провести пошук потенційних РНК-термометрів в геномі інших соціально значимих патогенів. Для S. enterica на додаток до відомого 4U-РНК-термометра визначено чотири шпилькові структури, які можуть бути новими РНК-термометрами. Вони відповідають необхідним та достатнім умовам утворення РНК-термометрів та є висококонсервативними неканонічними структурами, оскільки присутні в геномі всіх досліджених ізолятів S. enterica. Проаналізовано температурно-чутливий мотив в плазміді pXO1 збудника сибірки Bacillus anthracis, а досконалі шпильки, що утворюють хрестоподібну структуру в суперспіральній плазміді pUC8, візуалізовано за допомогою атомно-силової мікроскопії. В настоящее время известен ряд структурно и функционально отличающихся температурочувствительных элементов – РНК-термометров, которые контролируют разнообразие биологических процессов бактерий, включая вирулентность. Известные РНК-термометры являются структурами, представляющими или одну протяженную шпилечную структуру, или несколько шпилек, которые могут быть как совершенными, так и несовершенными. На основе компьютерного и термодинамического анализов полностью секвенированных геномов 25 изолятов Salmonella enterica установлены алгоритмы и критерии поиска потенциальных РНК-термометров, что позволит в дальнейшем провести поиск потенциальных РНК-термометров в геноме других социально значимых патогенов. Для S. enterica в дополнение к известному 4U-РНК-термометру определены четыре шпилечные структуры (две из них локализованы в 5′-нетранслируемой области регуляторов вирулентности gltB и yaeQ), которые могут быть новыми РНК-термометрами. Они соответствуют необходимым и достаточным условиям образования РНК-термометров и являются высоко-консервативными неканоническими структурами, поскольку присутствуют в геноме всех исследованных изолятов S. enterica. Совершенные шпильки, образующие крестообразную структуру в суперспиральной плазмиде pUC8, визуализированы посредством атомно-силовой микроскопии. Currently, a number of structurally and functionally different temperature-sensitive elements like as RNA thermometers which control a variety of biological processes of bacteria, including virulence, are known. Well-known RNA thermometers correspond to one long step-loop structure or few hairpins which can be matched or mismatched. Based on the computer and thermodynamical analysis of 25 isolates of Salmonella enterica with complete genome, algorithm and the criteria of search for putative RNA thermometers were developed. It will permit to perform the search of potential riboswitchers in genome of socially significant pathogens in the future. For S. enterica, in addition to well-known 4U RNA thermometer, four step-loop structures that may be new RNA thermometers were identified and two of them are localized in 5'-UTR of virulence regulators gltB and yaeQ. They correspond to necessary and sufficient conditions of RNA thermometer formation as far as these highly conservative structures are found in genome of all 25 isolates of S. enterica. Matched hairpins forming cruciform structure in supercoiled pUC8 plasmid were visualized by atomic force microscopy. Роботу частково підтримано Національною академією медичних наук України (грант АМН 95/2010). Автори висловлюють подяку рецензенту за критичні зауваження, ідеї та пропозиції, спрямовані на поліпшення статті. uk Інститут клітинної біології та генетичної інженерії НАН України Цитология и генетика Оригинальные работы Потенційні температурно-чутливі рибоперемикачі в геномі сальмонел Потенциальные термочувствительные рибопереключатели в геноме сальмонелл Potential thermosensitive riboswitches in the genome of Salmonella Article published earlier
institution	Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
collection	DSpace DC
title	Потенційні температурно-чутливі рибоперемикачі в геномі сальмонел
spellingShingle	Потенційні температурно-чутливі рибоперемикачі в геномі сальмонел Лиманська, О.Ю. Муртазаєва, Л.О. Лиманський, О.П. Оригинальные работы
title_short	Потенційні температурно-чутливі рибоперемикачі в геномі сальмонел
title_full	Потенційні температурно-чутливі рибоперемикачі в геномі сальмонел
title_fullStr	Потенційні температурно-чутливі рибоперемикачі в геномі сальмонел
title_full_unstemmed	Потенційні температурно-чутливі рибоперемикачі в геномі сальмонел
title_sort	потенційні температурно-чутливі рибоперемикачі в геномі сальмонел
author	Лиманська, О.Ю. Муртазаєва, Л.О. Лиманський, О.П.
author_facet	Лиманська, О.Ю. Муртазаєва, Л.О. Лиманський, О.П.
topic	Оригинальные работы
topic_facet	Оригинальные работы
publishDate	2013
language	Ukrainian
container_title	Цитология и генетика
publisher	Інститут клітинної біології та генетичної інженерії НАН України
format	Article
title_alt	Потенциальные термочувствительные рибопереключатели в геноме сальмонелл Potential thermosensitive riboswitches in the genome of Salmonella
description	На цей час відомо низку температурно-чутливих елементів – РНК-термометрів, що відрізняються структурно та функціонально, – які контролюють розмаїття біологічних процесів бактерій, включаючи вірулентність. Відомі РНК-термометри є структурами, що являють собою або одну протяжну шпилькову структуру, або декілька шпильок, які можуть бути як досконалими, так і недосконалими. На основі комп’ютерного та термодинамічного аналізів повністю секвенованих геномів 25 ізолятів Salmonella enterica встановлено алгоритм та критерії пошуку потенційних РНК-термометрів, що дозволить в подальшому провести пошук потенційних РНК-термометрів в геномі інших соціально значимих патогенів. Для S. enterica на додаток до відомого 4U-РНК-термометра визначено чотири шпилькові структури, які можуть бути новими РНК-термометрами. Вони відповідають необхідним та достатнім умовам утворення РНК-термометрів та є висококонсервативними неканонічними структурами, оскільки присутні в геномі всіх досліджених ізолятів S. enterica. Проаналізовано температурно-чутливий мотив в плазміді pXO1 збудника сибірки Bacillus anthracis, а досконалі шпильки, що утворюють хрестоподібну структуру в суперспіральній плазміді pUC8, візуалізовано за допомогою атомно-силової мікроскопії. В настоящее время известен ряд структурно и функционально отличающихся температурочувствительных элементов – РНК-термометров, которые контролируют разнообразие биологических процессов бактерий, включая вирулентность. Известные РНК-термометры являются структурами, представляющими или одну протяженную шпилечную структуру, или несколько шпилек, которые могут быть как совершенными, так и несовершенными. На основе компьютерного и термодинамического анализов полностью секвенированных геномов 25 изолятов Salmonella enterica установлены алгоритмы и критерии поиска потенциальных РНК-термометров, что позволит в дальнейшем провести поиск потенциальных РНК-термометров в геноме других социально значимых патогенов. Для S. enterica в дополнение к известному 4U-РНК-термометру определены четыре шпилечные структуры (две из них локализованы в 5′-нетранслируемой области регуляторов вирулентности gltB и yaeQ), которые могут быть новыми РНК-термометрами. Они соответствуют необходимым и достаточным условиям образования РНК-термометров и являются высоко-консервативными неканоническими структурами, поскольку присутствуют в геноме всех исследованных изолятов S. enterica. Совершенные шпильки, образующие крестообразную структуру в суперспиральной плазмиде pUC8, визуализированы посредством атомно-силовой микроскопии. Currently, a number of structurally and functionally different temperature-sensitive elements like as RNA thermometers which control a variety of biological processes of bacteria, including virulence, are known. Well-known RNA thermometers correspond to one long step-loop structure or few hairpins which can be matched or mismatched. Based on the computer and thermodynamical analysis of 25 isolates of Salmonella enterica with complete genome, algorithm and the criteria of search for putative RNA thermometers were developed. It will permit to perform the search of potential riboswitchers in genome of socially significant pathogens in the future. For S. enterica, in addition to well-known 4U RNA thermometer, four step-loop structures that may be new RNA thermometers were identified and two of them are localized in 5'-UTR of virulence regulators gltB and yaeQ. They correspond to necessary and sufficient conditions of RNA thermometer formation as far as these highly conservative structures are found in genome of all 25 isolates of S. enterica. Matched hairpins forming cruciform structure in supercoiled pUC8 plasmid were visualized by atomic force microscopy.
issn	0564-3783
url	https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/126590
citation_txt	Потенційні температурно-чутливі рибоперемикачі в геномі сальмонел / О.Ю. Лиманська, Л.О. Муртазаєва, О.П. Лиманський // Цитология и генетика. — 2013. — Т. 47, № 5. — С. 12-21. — Бібліогр.: 36 назв. — укр.
work_keys_str_mv	AT limansʹkaoû potencíinítemperaturnočutlivíriboperemikačívgenomísalʹmonel AT murtazaêvalo potencíinítemperaturnočutlivíriboperemikačívgenomísalʹmonel AT limansʹkiiop potencíinítemperaturnočutlivíriboperemikačívgenomísalʹmonel AT limansʹkaoû potencialʹnyetermočuvstvitelʹnyeribopereklûčatelivgenomesalʹmonell AT murtazaêvalo potencialʹnyetermočuvstvitelʹnyeribopereklûčatelivgenomesalʹmonell AT limansʹkiiop potencialʹnyetermočuvstvitelʹnyeribopereklûčatelivgenomesalʹmonell AT limansʹkaoû potentialthermosensitiveriboswitchesinthegenomeofsalmonella AT murtazaêvalo potentialthermosensitiveriboswitchesinthegenomeofsalmonella AT limansʹkiiop potentialthermosensitiveriboswitchesinthegenomeofsalmonella
first_indexed	2025-12-07T18:46:00Z
last_indexed	2025-12-07T18:46:00Z
_version_	1850876268793298944

Потенційні температурно-чутливі рибоперемикачі в геномі сальмонел

Institution

Similar Items