Потенційні температурно-чутливі рибоперемикачі в геномі сальмонел
На цей час відомо низку температурно-чутливих елементів – РНК-термометрів, що відрізняються структурно та функціонально, – які контролюють розмаїття біологічних процесів бактерій, включаючи вірулентність. Відомі РНК-термометри є структурами, що являють собою або одну протяжну шпилькову структуру, аб...
Gespeichert in:
| Veröffentlicht in: | Цитология и генетика |
|---|---|
| Datum: | 2013 |
| Hauptverfasser: | , , |
| Format: | Artikel |
| Sprache: | Ukrainisch |
| Veröffentlicht: |
Інститут клітинної біології та генетичної інженерії НАН України
2013
|
| Schlagworte: | |
| Online Zugang: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/126590 |
| Tags: |
Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
|
| Назва журналу: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Zitieren: | Потенційні температурно-чутливі рибоперемикачі в геномі сальмонел / О.Ю. Лиманська, Л.О. Муртазаєва, О.П. Лиманський // Цитология и генетика. — 2013. — Т. 47, № 5. — С. 12-21. — Бібліогр.: 36 назв. — укр. |
Institution
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| _version_ | 1860253325736280064 |
|---|---|
| author | Лиманська, О.Ю. Муртазаєва, Л.О. Лиманський, О.П. |
| author_facet | Лиманська, О.Ю. Муртазаєва, Л.О. Лиманський, О.П. |
| citation_txt | Потенційні температурно-чутливі рибоперемикачі в геномі сальмонел / О.Ю. Лиманська, Л.О. Муртазаєва, О.П. Лиманський // Цитология и генетика. — 2013. — Т. 47, № 5. — С. 12-21. — Бібліогр.: 36 назв. — укр. |
| collection | DSpace DC |
| container_title | Цитология и генетика |
| description | На цей час відомо низку температурно-чутливих елементів – РНК-термометрів, що відрізняються структурно та функціонально, – які контролюють розмаїття біологічних процесів бактерій, включаючи вірулентність. Відомі РНК-термометри є структурами, що являють собою або одну протяжну шпилькову структуру, або декілька шпильок, які можуть бути як досконалими, так і недосконалими. На основі комп’ютерного та термодинамічного аналізів повністю секвенованих геномів 25 ізолятів Salmonella enterica встановлено алгоритм та критерії пошуку потенційних РНК-термометрів, що дозволить в подальшому провести пошук потенційних РНК-термометрів в геномі інших соціально значимих патогенів. Для S. enterica на додаток до відомого 4U-РНК-термометра визначено чотири шпилькові структури, які можуть бути новими РНК-термометрами. Вони відповідають необхідним та достатнім умовам утворення РНК-термометрів та є висококонсервативними неканонічними структурами, оскільки присутні в геномі всіх досліджених ізолятів S. enterica. Проаналізовано температурно-чутливий мотив в плазміді pXO1 збудника сибірки Bacillus anthracis, а досконалі шпильки, що утворюють хрестоподібну структуру в суперспіральній плазміді pUC8, візуалізовано за допомогою атомно-силової мікроскопії.
В настоящее время известен ряд структурно и функционально отличающихся температурочувствительных элементов – РНК-термометров, которые контролируют разнообразие биологических процессов бактерий, включая вирулентность. Известные РНК-термометры являются структурами, представляющими или одну протяженную шпилечную структуру, или несколько шпилек, которые могут быть как совершенными, так и несовершенными. На основе компьютерного и термодинамического анализов полностью секвенированных геномов 25 изолятов Salmonella enterica установлены алгоритмы и критерии поиска потенциальных РНК-термометров, что позволит в дальнейшем провести поиск потенциальных РНК-термометров в геноме других социально значимых патогенов. Для S. enterica в дополнение к известному 4U-РНК-термометру определены четыре шпилечные структуры (две из них локализованы в 5′-нетранслируемой области регуляторов вирулентности gltB и yaeQ), которые могут быть новыми РНК-термометрами. Они соответствуют необходимым и достаточным условиям образования РНК-термометров и являются высоко-консервативными неканоническими структурами, поскольку присутствуют в геноме всех исследованных изолятов S. enterica. Совершенные шпильки, образующие крестообразную структуру в суперспиральной плазмиде pUC8, визуализированы посредством атомно-силовой микроскопии.
Currently, a number of structurally and functionally different temperature-sensitive elements like as RNA thermometers which control a variety of biological processes of bacteria, including virulence, are known. Well-known RNA thermometers correspond to one long step-loop structure or few hairpins which can be matched or mismatched. Based on the computer and thermodynamical analysis of 25 isolates of Salmonella enterica with complete genome, algorithm and the criteria of search for putative RNA thermometers were developed. It will permit to perform the search of potential riboswitchers in genome of socially significant pathogens in the future. For S. enterica, in addition to well-known 4U RNA thermometer, four step-loop structures that may be new RNA thermometers were identified and two of them are localized in 5'-UTR of virulence regulators gltB and yaeQ. They correspond to necessary and sufficient conditions of RNA thermometer formation as far as these highly conservative structures are found in genome of all 25 isolates of S. enterica. Matched hairpins forming cruciform structure in supercoiled pUC8 plasmid were visualized by atomic force microscopy.
|
| first_indexed | 2025-12-07T18:46:00Z |
| format | Article |
| fulltext |
12 ISSN 0564–3783. Öèòîëîãèÿ è ãåíåòèêà. 2013. Ò. 47. ¹ 5
Íà öåé ÷àñ â³äîìî íèçêó òåìïåðàòóðíî-÷óòëèâèõ
åëåìåíò³â – ÐÍÊ-òåðìîìåòð³â, ùî â³äð³çíÿþòüñÿ
ñòðóêòóðíî òà ôóíêö³îíàëüíî, – ÿê³ êîíòðîëþþòü
ðîçìà¿òòÿ á³îëîã³÷íèõ ïðîöåñ³â áàêòåð³é, âêëþ÷àþ÷è
â³ðóëåíòí³ñòü. ³äîì³ ÐÍÊ-òåðìîìåòðè º ñòðóêòó-
ðàìè, ùî ÿâëÿþòü ñîáîþ àáî îäíó ïðîòÿæíó øïèëü-
êîâó ñòðóêòóðó, àáî äåê³ëüêà øïèëüîê, ÿê³ ìîæóòü
áóòè ÿê äîñêîíàëèìè, òàê ³ íåäîñêîíàëèìè. Íà îñíîâ³
êîìï’þòåðíîãî òà òåðìîäèíàì³÷íîãî àíàë³ç³â ïîâí³ñ-
òþ ñåêâåíîâàíèõ ãåíîì³â 25 ³çîëÿò³â Salmonella enteri-
ca âñòàíîâëåíî àëãîðèòì òà êðèòå𳿠ïîøóêó ïîòåí-
ö³éíèõ ÐÍÊ-òåðìîìåòð³â, ùî äîçâîëèòü â ïîäàëüøîìó
ïðîâåñòè ïîøóê ïîòåíö³éíèõ ÐÍÊ-òåðìîìåòð³â â ãå-
íîì³ ³íøèõ ñîö³àëüíî çíà÷èìèõ ïàòîãåí³â. Äëÿ S. en-
terica íà äîäàòîê äî â³äîìîãî 4U-ÐÍÊ-òåðìîìåòðà
âèçíà÷åíî ÷îòèðè øïèëüêîâ³ ñòðóêòóðè, ÿê³ ìîæóòü
áóòè íîâèìè ÐÍÊ-òåðìîìåòðàìè. Âîíè â³äïîâ³äàþòü
íåîáõ³äíèì òà äîñòàòí³ì óìîâàì óòâîðåííÿ ÐÍÊ-
òåðìîìåòð³â òà º âèñîêîêîíñåðâàòèâíèìè íåêàíîí³÷-
íèìè ñòðóêòóðàìè, îñê³ëüêè ïðèñóòí³ â ãåíîì³ âñ³õ
äîñë³äæåíèõ ³çîëÿò³â S. enterica. Ïðîàíàë³çîâàíî òåì-
ïåðàòóðíî-÷óòëèâèé ìîòèâ â ïëàçì³ä³ pXO1 çáóäíè-
êà ñèá³ðêè Bacillus anthracis, à äîñêîíàë³ øïèëüêè, ùî
óòâîðþþòü õðåñòîïîä³áíó ñòðóêòóðó â ñóïåðñï³ðàëü-
í³é ïëàçì³ä³ pUC8, â³çóàë³çîâàíî çà äîïîìîãîþ àòîìíî-
ñèëîâî¿ ì³êðîñêîﳿ.
Êëþ÷îâ³ ñëîâà: ðèáîïåðåìèêà÷, ÐÍÊ-òåðìîìåòð, ïî-
ñë³äîâí³ñòü Øàéí-Äàëüãàðíî, øïèëüêîâà ñòðóêòóðà,
Salmonella enterica, ÀÑÌ, àòîìíî-ñèëîâà ì³êðî-
ñêîï³ÿ.
Âñòóï. Çã³äíî ç öåíòðàëüíîþ äîãìîþ ìîëåêó-
ëÿðíî¿ á³îëî㳿 ìîëåêóëàì ÐÍÊ â³äâåäåíà ðîëü
ïàñèâíîãî ïîñåðåäíèêà ì³æ á³ëêàìè òà ìîëå-
êóëàìè ÄÍÊ. Íà öåé ÷àñ âñòàíîâëåíî, ùî ìî-
ëåêóëè ÐÍÊ ìîæóòü íå ò³ëüêè çáåð³ãàòè ãåíå-
òè÷íó ³íôîðìàö³þ, àëå é âèêîíóâàòè ³íø³ ôóíê-
ö³¿. Îá’ºêòîì ïèëüíî¿ óâàãè íèçêè íàóêîâî-
äîñë³äíèõ ëàáîðàòîð³é º ðåãóëÿòîðí³ ÐÍÊ ïðî-
êàð³îò³â, ¿õíÿ ñòðóêòóðà, á³îëîã³÷í³ ôóíêö³¿,
³äåíòèô³êàö³ÿ, à òàêîæ ìîæëèâîñò³ âèêîðèñ-
òàííÿ â ãàëóç³ ìåäèöèíè òà á³îòåõíîëî㳿.
Âñòàíîâëåíî, ùî ðåãóëÿòîðí³ ÐÍÊ ìîæóòü
ïðîÿâëÿòè êàòàë³òè÷íó àêòèâí³ñòü çà â³äñóò-
íîñò³ êîôàêòîð³â òà ðîçðèâàòè ôîñôîä³åô³ðí³
çâ’ÿçêè (ðèáîç³ìè); çâ’ÿçóâàòè ìàë³ ìîëåêóëè
(ë³ãàíäè) òà ³îíè ç âèñîêîþ àô³íí³ñòþ ³ ñïå-
öèô³÷í³ñòþ, çä³éñíþþ÷è ìîí³òîðèíã ìåòàáî-
ë³÷íîãî ñòàíó êë³òèíè òà êîíòðîëþþ÷è åêñ-
ïðåñ³þ ãåí³â, åôåêòèâí³ñòü òðàíñëÿö³¿, òåðì³íà-
ö³þ òðàíñêðèïö³¿ òà ñòàá³ëüí³ñòü ìÐÍÊ; ðå-
ãóëþâàòè òðàíñëÿö³þ ãåí³â, ùî êîäóþòü á³ëêè
òåïëîâîãî òà õîëîäîâîãî øîêó, à òàêîæ ãåí³â
â³ðóëåíòíîñò³ ïðè çì³í³ òåìïåðàòóðè íàâêî-
ëèøíüîãî ñåðåäîâèùà [1–3].
̳êðîîðãàí³çìè, ùî â³ëüíî æèâóòü, ïåð³î-
äè÷íî ï³ääàþòüñÿ çì³í³ óìîâ íàâêîëèøíüîãî
ñåðåäîâèùà – òåìïåðàòóðà, ðÍ, íàÿâí³ñòü æè-
âèëüíèõ ðå÷îâèí ïîñò³éíî çì³íþþòüñÿ. Äëÿ
çàïîá³ãàííÿ íàñë³äê³â òåìïåðàòóðíèõ êîëèâàíü
ó áàêòåð³é ðîçâèíóòî ñêëàäíó ñ³òêó çàõèñíèõ
ìåõàí³çì³â. ßê ïîòåíö³éí³ òåìïåðàòóðíî-÷óò-
ëèâ³ åëåìåíòè ó ïðèðîä³ âèêîðèñòîâóþòüñÿ êîì-
ïîíåíòè â³ä ìåìáðàíè äî ìîëåêóë ÄÍÊ, ÐÍÊ
òà á³ëê³â. Ïàòîãåíí³ ì³êðîîðãàí³çìè ÷àñòî ðåà-
ãóþòü íà òåìïåðàòóðó áëèçüêî 37 ºÑ ³íäóêö³ºþ
åêñïðåñ³¿ ãåí³â â³ðóëåíòíîñò³. Ðåãóëÿö³ÿ ãåí³â,
ùî êîíòðîëþþòü ñåðåäîâèùå, ìîæå çä³éñ-
íþâàòèñÿ íà ð³âí³ òðàíñêðèïö³¿ ÷åðåç âçàºìîä³þ
ç ðåãóëÿòîðíèìè ïðîòå¿íàìè. Ïðîòå íåäàâíî
â³äêðèòî äåê³ëüêà ïîñòòðàíñêðèïö³éíèõ ìåõàí³ç-
ì³â, ùî áàçóþòüñÿ íà ìîëåêóëàõ ÐÍÊ [3]. Ñòà-
ëî çðîçóì³ëèì, ùî ïåâí³ ìîëåêóëè òÐÍÊ º íå
ò³ëüêè ñóáñòðàòîì äëÿ ðèáîñîì, àëå é ì³ñòÿòü
êîíòðîëüí³ åëåìåíòè, ÿê³ ìîäóëþþòü ¿õíþ âëàñ-
íó åêñïðåñ³þ çàëåæíèì â³ä óìîâ ÷èíîì. Ñòðóê-
òóðí³ çì³íè â òàêèõ ñåíñîðíèõ ÐÍÊ îáóìîâëåí³
ñïåöèô³÷íèìè íàâêîëèøí³ìè çì³íàìè.
Ðîçð³çíÿþòü äâà ïðèíöèïîâî ð³çíèõ êëàñè:
öèñ-ä³þ÷³ ÐÍÊ-åëåìåíòè, ðåãóëÿòîðíèé ïîòåí-
© Î.Þ. ËÈÌÀÍÑÜÊÀ, Ë.Î. ÌÓÐÒÀÇÀªÂÀ,
Î.Ï. ËÈÌÀÍÑÜÊÈÉ, 2013
УДК 579.842.14 : 577.213.216
О.Ю. ЛИМАНСЬКА 1,2, Л.О. МУРТАЗАЄВА 3,
О.П. ЛИМАНСЬКИЙ 1
1 ДУ «Інститут мікробіології та імунології ім. І.І. Мечникова НАМН України», Харків
E-mail: olga.limanskaya@mail.ru
2 Національний науковий центр «Інститут експериментальної
і клінічної ветеринарної медицини» НААН України, Харків
3 Медичний центр «Авіценна», Сімферополь
ПОТЕНЦІЙНІ ТЕМПЕРАТУРНО-ЧУТЛИВІ
РИБОПЕРЕМИКАЧІ В ГЕНОМІ САЛЬМОНЕЛ
13
Ïîòåíö³éí³ òåìïåðàòóðíî-÷óòëèâ³ ðèáîïåðåìèêà÷³ â ãåíîì³ ñàëüìîíåë
ISSN 0564–3783. Öèòîëîãèÿ è ãåíåòèêà. 2013. Ò. 47. ¹ 5
ö³àë ÿêèõ çíàõîäèòüñÿ âñåðåäèí³ ïîñë³äîâíîñò³
ìÐÍÊ, òà òðàíñ-ä³þ÷³, ìàë³, íåêîäóþ÷³ ìîëå-
êóëè ÐÍÊ, ÿê³ ôóíêö³îíóþòü ÷åðåç ñïàðþ-
âàííÿ íóêëåîòèä³â ç êîìïëåìåíòàðíèìè ïîñë³-
äîâíîñòÿìè ìÐÍÊ, ëîêàë³çîâàíèìè â ³íøèõ
ëîêóñàõ ãåíîìó [4].
Íà â³äì³íó â³ä êëàñè÷íèõ àòåíþàòîð³â, ÿê³
ðåãóëþþòü ñòðóêòóðó ë³äåðíî¿ ïîñë³äîâíîñò³
ÐÍÊ â³äïîâ³äíî äî ïîçèö³¿ òðàíñëþþ÷î¿ ðè-
áîñîìè, öèñ-ä³þ÷³ ÐÍÊ çì³íþþòü ñâîþ êîí-
ôîðìàö³þ ó â³äïîâ³äü íà ô³çè÷í³ àáî õ³ì³÷í³
ñèãíàëè. Òàê çâàí³ ðèáîïåðåìèêà÷³ çä³éñíþþòü
ìîí³òîðèíã ìåòàáîë³÷íîãî ñòàíó êë³òèíè ÷å-
ðåç çâ’ÿçóâàííÿ ç âèñîêîþ ñïåöèô³÷í³ñòþ òà
àô³íí³ñòþ ç ìåòàáîë³òàìè. Âîíè ëîêàë³çîâàí³
â ä³ëÿíö³ 5’-UTR (untranslated region, íåòðàíñ-
ëþþ÷à îáëàñòü) ãåí³â, ùî êîäóþòü á³îñèíòåç,
ïîãëèíàííÿ àáî äåãðàäàö³þ ìàëèõ ìåòàáîë³ò³â
òà çàáåçïå÷óþòü êîíòðîëü çâîðîòíîãî çâ’ÿçêó
äëÿ öèõ øëÿõ³â ìåòàáîë³çìó.
Çâ’ÿçóâàííÿ ìàëî¿ ìîëåêóëè øòîâõຠêîí-
ôîðìàö³éíèé ïåðåìèêà÷, ùî çì³íþº åêñïðåñ³þ
ãåíà îäíèì ç òðüîõ ìîæëèâèõ ìåõàí³çì³â: à) ïå-
ðåä÷àñíîþ òåðì³íàö³ºþ òðàíñêðèïö³¿; á) ³í³ö³à-
ö³ºþ òðàíñëÿö³¿; â) ïðîöåñèíãîì ìÐÍÊ. Á³ëü-
ø³ñòü ðèáîïåðåìèêà÷³â âèêëþ÷àþòü åêñïðåñ³þ
ó çâ’ÿçàíîìó ñòàí³, ïðîòå çíàéäåíî íåçíà÷íó
ê³ëüê³ñòü ïåðåìèêà÷³â, ùî âêëþ÷àþòü åêñïðå-
ñ³þ ãåí³â.
Íà â³äì³íó â³ä âèñîêîñïåöèô³÷íèõ ðèáî-
ïåðåìèêà÷³â, ùî çâ’ÿçóþòüñÿ ç ìåòàáîë³òàìè,
áëèçüêîñïîð³äíåíèé òèï ñåíñîðíèõ ìÐÍÊ –
ÐÍÊ-òåðìîìåòðè – ä³þòü ó â³äïîâ³äü íà çà-
ãàëüíèé ô³çè÷íèé ñèãíàë, à ñàìå íà âíóò-
ð³øíüîêë³òèííó òåìïåðàòóðó, ÿêà º âàæëèâèì
ïàðàìåòðîì, ùî âïëèâຠçîêðåìà íà åêñïðåñ³þ
ãåí³â, ÿê³ êîäóþòü ïðîòå¿íè òåïëîâîãî òà õî-
ëîäîâîãî øîêó, ³ ãåí³â â³ðóëåíòíîñò³ òà çíà-
õîäèòüñÿ ï³ä ïîñò³éíèì êîíòðîëåì äóïëåêñ³â
(óòâîðþâàíèõ, íàïðèêëàä, ñòåáëîì øïèëüêè
ÐÍÊ-òåðìîìåòðà). Äîáðå â³äîìîþ õàðàêòåðèñ-
òèêîþ íóêëå¿íîâèõ êèñëîò º òå, ùî âîíè ïëàâ-
ëÿòüñÿ ïðè ï³äâèùåíí³ òåìïåðàòóðè. Îòæå,
çñóâ òåìïåðàòóðè çäàòíèé ìîäóëþâàòè êîíôîð-
ìàö³þ ðåãóëÿòîðíèõ ìîëåêóë ÐÍÊ, òîáòî ïå-
ðåõ³ä ôðàãìåíò³â ìîëåêóëè ç êîíôîðìàö³¿ âíóò-
ð³øíüîìîëåêóëÿðíî¿ øïèëüêè äî îäíîëàíöþ-
ãîâîãî ñòàíó.
Íàðàç³ â³äîìî íèçêó ÐÍÊ-òåðìîìåòð³â, ùî
ñòðóêòóðíî òà ôóíêö³îíàëüíî â³äð³çíÿþòüñÿ,
ÿê³ êîíòðîëþþòü ðîçìà¿òòÿ êë³òèííèõ ïðîöå-
ñ³â. Âñ³ â³äêðèò³ ìîëåêóëÿðí³ òåðìîìåòðè, ÿê³
ìîæóòü áóòè öèñ- àáî òðàíñ-ä³þ÷èìè, çä³éñ-
íþþòü êîíòðîëü òðàíñëÿö³¿ ÷åðåç ³çîëÿö³þ ä³-
ëÿíêè, ùî çâ’ÿçóº ðèáîñîìó, òà á³ëüø³ñòü ç
íèõ ëîêàë³çîâàí³ â 5 -UTR áàêòåð³àëüíèõ ãåí³â
òåïëîâîãî øîêó àáî ãåí³â â³ðóëåíòíîñò³. Ïðè
íèçüê³é òåìïåðàòóð³ ïîñë³äîâí³ñòü Øàéí-Äàëü-
ãàðíî (SD-ïîñë³äîâí³ñòü; 5 -aaggag-3 ; 5 -rrag-
gak-3 – êîíñåíñóñíà ïîñë³äîâí³ñòü äëÿ ïðî-
êàð³îò³â; 5 -uygcu-3 – äëÿ ãðàìíåãàòèâíèõ áàê-
òåð³é) [4] ìàñêóºòüñÿ (çíàõîäèòüñÿ âñåðåäèí³
øïèëüêîâî¿ ñòðóêòóðè). ϳäâèùåííÿ òåìïåðà-
òóðè äåñòàá³ë³çóº øïèëüêîâó ñòðóêòóðó òàêèì
÷èíîì, ùî ñàéò çâ’ÿçóâàííÿ ðèáîñîìè (SD-
ïîñë³äîâí³ñòü) ñòຠäîñòóïíèì, ³ öå äîçâîëÿº
³í³ö³àö³þ òðàíñëÿö³¿ (AUG – ñòàðòîâèé êîäîí
³í³ö³àö³¿ òðàíñëÿö³¿).
Ïåðøèé ÐÍÊ-òåðìîìåòð, ùî 䳺 ÷åðåç ìåõà-
í³çì ïëàâëåííÿ, çíàéäåíî â ãåí³ rpoH E. ñoli,
ÿêèé êîäóº àëüòåðíàòèâíèé ñèãìà-ôàêòîð 32,
àáî RpoH [5]. Àëüòåðíàòèâíèé ñèãìà-ôàêòîð
RpoS â³ä³ãðຠöåíòðàëüíó ðîëü â ðåãóëÿö³¿ àñî-
ö³éîâàíèõ ç â³ðóëåíòí³ñòþ çîâí³øí³õ ïîâåðõíå-
âèõ ïðîòå¿í³â OspC òà OspA ïðè çàõâîðþâàíí³
Ëàéìà (Lyme disease), âèêëèêàíîìó ñï³ðîõåòîþ
Borrelia burgdorferi. Òåìïåðàòóðà º îäíèì ç êëþ-
÷îâèõ ïàðàìåòð³â íàâêîëèøíüîãî ñåðåäîâèùà,
ùî êîíòðîëþºòüñÿ RpoS, à íåâåëèêà íåêîäó-
þ÷à ìîëåêóëà ÐÍÊ, DsrABb, ðåãóëþº çá³ëüøåííÿ
ê³ëüêîñò³ RpoS â ðåçóëüòàò³ çì³íè òåìïåðàòóðè.
Lybecker et al. [6] âèñëîâèëè ã³ïîòåçó, ùî DsrABb
çíàõîäèòüñÿ ó ñòàá³ëüí³é âòîðèíí³é ñòðóêòóð³
çà t = 23 ºÑ, ïðè ÿê³é íå â³äáóâàºòüñÿ ñïàðþ-
âàííÿ íóêëåîòèä³â ç rpoS-òðàíñêðèïòîì. ϳñëÿ
ï³äâèùåííÿ òåìïåðàòóðè âòîðèííà ñòðóêòóðà
ìàëî¿ ìîëåêóëè ÐÍÊ ÷åðåç ïëàâëåííÿ ðóéíó-
ºòüñÿ, ùî âåäå äî çâ’ÿçóâàííÿ àíòè-SD-ä³ëÿíêè
rpoS ìÐÍÊ. Öå ìîæå ñòèìóëþâàòè òðàíñëÿö³þ
÷åðåç âèõ³ä SD-ïîñë³äîâíîñò³ òà ñàéòó ³í³ö³àö³¿
òðàíñëÿö³¿ ç âòîðèííî¿ ñòðóêòóðè â rpoS ìÐÍÊ
â óìîâàõ â³ðóëåíòíîñò³ (37 ºÑ).
Ìîæëèâî, íàéðîçïîâñþäæåí³øèì áàêòåð³-
àëüíèì ÐÍÊ-òåðìîìåòðîì º ROSE-åëåìåíò
(Repression Of heat-Shock gene Expression),
ÿêèé ïðèãí³÷óº åêñïðåñ³þ ãåí³â òåïëîâîãî
øîêó. ³í áóâ çíàéäåíèé ó áàãàòüîõ - òà
-ïðîòåîáàêòåð³é, â òîìó ÷èñë³ äëÿ E. coli òà
Salmonella enterica [7]. ROSE-åëåìåíò, ìàþ÷è
äîâæèíó â³ä 60 äî 100 íóêëåîòèä³â, ëîêàë³-
14
Î.Þ. Ëèìàíñüêà, Ë.Î. Ìóðòàçàºâà, Î.Ï. Ëèìàíñüêèé
ISSN 0564–3783. Öèòîëîãèÿ è ãåíåòèêà. 2013. Ò. 47. ¹ 5
çîâàíèé, ÿê ïðàâèëî, â 5 -UTR ãåí³â òåïëîâîãî
øîêó. Éîãî äîâîë³ ñêëàäíà ñòðóêòóðà âêëþ÷àº
2–4 øïèëüêîâ³ ñòðóêòóðè, îäíà ç ÿêèõ ì³ñòèòü
SD-ïîñë³äîâí³ñòü òà â äåÿêèõ âèïàäêàõ òàêîæ
ñòàðòîâèé êîäîí AUG. ²íøèì øèðîêî ðîçïîâ-
ñþäæåíèì ÐÍÊ-òåðìîìåòðîì º 4U-åëåìåíò,
ÿêèé ñïî÷àòêó áóëî çíàéäåíî â ãåí³ òåïëîâîãî
øîêó agsA S. enterica [8]. Ïåðåäáà÷åíà ñòðóêòóðà
ì³ñòèòü äâ³ øïèëüêè, ïðè öüîìó ÷îòèðè óðè-
äèíîâèõ çàëèøêè óòâîðþþòü êîìïëåìåíòàðí³
ïàðè ç SD-ïîñë³äîâí³ñòþ (ðèñ. 1). Åêñïåðèìåí-
òàëüíî ï³äòâåðäæåíî çàëåæíå â³ä òåìïåðàòóðè
ïëàâëåííÿ îäí³º¿ ç³ øïèëüîê, à çâ’ÿçóâàííÿ ðè-
áîñîìè ç SD-ïîñë³äîâí³ñòþ â³äáóâàºòüñÿ ò³ëüêè
çà òåìïåðàòóð òåïëîâîãî øîêó.
4U-åëåìåíò ÷àñòî âèêîðèñòîâóþòü äëÿ êîí-
òðîëþ ãåí³â òåïëîâîãî øîêó òà â³ðóëåíòíîñò³
áàêòåð³é, îñê³ëüêè â³í ìîæå çâ’ÿçóâàòèñÿ ç ôðàã-
ìåíòîì 5 -agga-3 SD-ïîñë³äîâíîñò³ [8]. Òàê, ïîâ-
í³ñòþ ï³äòâåðäæåíî ã³ïîòåçó êîíòðîëþ çà äî-
ïîìîãîþ ÐÍÊ-òåðìîìåòðà äëÿ ãåíà lcrF (virF)
Yersinia sp., ÿêèé êîäóº ðåãóëÿòîð â³äãóêó â³-
ðóëåíòíîñò³ [9]. Òðàíñëÿö³ÿ ãåíà íå â³äáóâà-
ºòüñÿ çà òåìïåðàòóðè 26 ºÑ, àëå ³íäóêóºòüñÿ
çà t = 37 ºÑ.
Àíàë³ç ðåãóëÿòîðíèõ ïðèíöèï³â â³äîìèõ
ÐÍÊ-òåðìîìåòð³â ïîêàçàâ, ùî äëÿ ¿õíüîãî
ôóíêö³îíóâàííÿ íåîáõ³äíî, ùîá ò³ëüêè äåê³ëüêà
íóêëåîòèä³â óòâîðþâàëè êîìïëåìåíòàðí³ çâ’ÿç-
êè ç íóêëåîòèäàìè SD-ïîñë³äîâíîñò³ àáî ôëàí-
êóþ÷î¿ îáëàñò³ äëÿ çàïîá³ãàííÿ çâ’ÿçóâàííÿ
ðèáîñîìè. Öå îçíà÷àº, ùî â ïðèðîä³ ïîâèíí³
³ñíóâàòè ³íø³, ùå íåâ³äîì³ òèïè ÐÍÊ-òåðìî-
ìåòð³â. ² çà äîïîìîãîþ á³î³íôîðìàòè÷íîãî àíà-
ë³çó îòðèìàíî ï³äòâåðäæåííÿ ö³º¿ ã³ïîòåçè [10].
Ñèíòåç åôåêòèâíèõ øòó÷íèõ ÐÍÊ-òåðìîìåòð³â
ñòàâ ³íøèì äîêàçîì öüîãî ïðèïóùåííÿ [11,
12]. Àëå â áàãàòüîõ âèïàäêàõ ìîëåêóëÿðí³ äåòàë³
ìåõàí³çìó ÷óòëèâîñò³ áàêòåð³é äî çì³íè òåìïå-
ðàòóðè º ùå íå ïîâí³ñòþ çðîçóì³ëèìè.
Ðåçóëüòàòè ïðîâåäåíîãî íàìè êîìï’þòåð-
íîãî àíàë³çó ñåêâåíîâàíèõ ïîñë³äîâíîñòåé õðî-
ìîñîìíî¿ ÄÍÊ ð³çíèõ ³çîëÿò³â S. enterica ç áàç
äàíèõ ñâ³ä÷àòü ïðî â³äñóòí³ñòü 4U-òåðìîìåòðà,
àíàëîã³÷íîãî ïåðåäáà÷åíîìó äëÿ ãåíà agsA
S. enterica òà ï³äòâåðäæåíîìó â åêñïåðèìåíòàõ
in vivo òà in vitro Waldminghaus et al. [8] (ðèñ. 1),
äëÿ òðüîõ ç 25 àíàë³çîâàíèõ ³çîëÿò³â (íîìåðè
CP001138, FM200053, NC_006511). Íåîáõ³ä-
í³ñòü ïðèñòîñîâóâàòèñÿ òà ðåïë³êóâàòèñÿ çà
ð³çíèõ óìîâ, âêëþ÷àþ÷è òåìïåðàòóðí³ êîëè-
âàííÿ, â òîìó ÷èñë³ ì³æ çîâí³øí³ì ñåðåäîâè-
ùåì òà îðãàí³çìîì õàçÿ¿íà, âåäå äî íåîáõ³ä-
íîñò³ âèíèêíåííÿ ó ïàòîãåí³â â³äïîâ³äíèõ ìå-
õàí³çì³â, ùî ðåãóëþþòü åêñïðåñ³þ ãåí³â, äî ÷èñ-
ëà åëåìåíò³â ÿêèõ íàëåæàòü ÐÍÊ-òåðìîìåòðè.
³äñóòí³ñòü 4U-ÐÍÊ-òåðìîìåòð³â ó äåÿêèõ ³çî-
ëÿò³â ñàëüìîíåë ñâ³ä÷èòü ïðî ìîæëèâ³ñòü ³ñíó-
âàííÿ â íèõ òåðìî÷óòëèâèõ åëåìåíò³â, ùî â³ä-
ð³çíÿþòüñÿ â³ä 4U-òåðìîìåòð³â òà, ìîæëèâî,
ROSE-åëåìåíò³â. Àâòîðè ðîáîòè [8] ïðîâåëè
ïîøóê íîâèõ, ðàí³øå íåâ³äîìèõ, ïîòåíö³éíèõ
ÐÍÊ-òåðìîìåòð³â â ïîñë³äîâíîñòÿõ õðîìîñîì-
íî¿ ÄÍÊ ³çîëÿò³â ãðàìíåãàòèâíî¿ áàêòå𳿠Sal-
monella enterica.
Ìàòåð³àëè ³ ìåòîäè. Ïîøóê øïèëüêîâèõ ñòðóê-
òóð. Äëÿ êîìï’þòåðíîãî àíàë³çó áóëè âèáðà-
í³ ïîâí³ñòþ ñåêâåíîâàí³ ïîñë³äîâíîñò³ õðîìî-
ñîìíî¿ ÄÍÊ 25 ³çîëÿò³â S. enterica, ïðåäñòàâ-
Ðèñ. 1. Âòîðèííà ñòðóêòóðà, ùî ì³ñòèòü ïåðåäáà÷å-
íèé òà ï³äòâåðäæåíèé 4U-ÐÍÊ-òåðìîìåòð â ãåí³
agsA Salmonella enterica çà t = 20 ºC [8]. Âèä³ëåíî
ïîñë³äîâí³ñòü Øàéí-Äàëüãàðíî, ùî çíàõîäèòüñÿ ó ñòåá-
ë³ øïèëüêè, òà ñàéò ³í³ö³àö³¿ òðàíñëÿö³¿
15
Ïîòåíö³éí³ òåìïåðàòóðíî-÷óòëèâ³ ðèáîïåðåìèêà÷³ â ãåíîì³ ñàëüìîíåë
ISSN 0564–3783. Öèòîëîãèÿ è ãåíåòèêà. 2013. Ò. 47. ¹ 5
ëåí³ íà ìîìåíò ïðîâåäåííÿ äîñë³äæåíü ó áàç³
äàíèõ GenBank.
Ïîøóê ôðàãìåíò³â õðîìîñîìíî¿ ÄÍÊ áàê-
òåð³é ç ïîòåíö³àëîì óòâîðåííÿ øïèëüêîâèõ
ñòðóêòóð çä³éñíþâàëè çà ôîðìóëîþ
5’-aaggag(n)katg-3’,
äå aaggag – SD-ïîñë³äîâí³ñòü; n – áóäü-ÿêèé
ç ìîæëèâèõ íóêëåîòèä³â; k = 6–10; atg – ñàéò
³í³ö³àö³¿ òðàíñëÿö³¿ (âèêîðèñòîâóâàëè òàêîæ àëü-
òåðíàòèâí³ ñàéòè ³í³ö³àö³¿ òðàíñëÿö³¿ ttg òà gtg).
Êð³ì òîãî, äëÿ ïîøóêó ã³ïîòåòè÷íèõ 4U-
ÐÍÊ-òåðìîìåòð³â â ñåêâåíîâàíèõ ïîñë³äîâ-
íîñòÿõ «+»- òà «–»-íèòîê õðîìîñîìíî¿ ÄÍÊ
S. enterica âèêîðèñòîâóâàëè ôîðìóëè
5’-cat(n)7ctcct(n)12aaaa-3’ òà
5’-tttt(n)12aggag(n)7atg-3’.
Çíàéäåí³ ïîñë³äîâíîñò³ àíàë³çóâàëè ñòîñîâ-
íî â³äïîâ³äíîñò³ íàâåäåíèì êðèòåð³ÿì.
Äëÿ ïåðåäáà÷åííÿ âòîðèííî¿ ñòðóêòóðè çíàé-
äåíèõ ë³í³éíèõ ôðàãìåíò³â ÄÍÊ òà â³äïîâ³äíèõ
¿ì ÐÍÊ-òðàíñêðèïò³â, à òàêîæ äëÿ âèçíà÷åííÿ
òåìïåðàòóðè ïëàâëåííÿ ïîòåíö³éíèõ øïèëüîê
çà ô³ç³îëîã³÷íî¿ ³îííî¿ ñèëè (I = 0,2 M Na+,
[Mg]2+ = 0,0 ìÌ àáî I = 0,15 M Na+, [Mg]2+ =
= 0,2 ìÌ) çàñòîñîâóâàëè ïðîãðàìó Mfold (âåð-
ñ³ÿ 3.2) [13]. Äîäàòêîâî äëÿ ïîáóäîâè øïèëü-
êîâèõ ñòðóêòóð êîðèñòóâàëèñü ïðîãðàìîþ RNA2
ïàêåòà ïðîãðàì GeneBee [14].
Àòîìíî-ñèëîâà ì³êðîñêîï³ÿ. ³çóàë³çàö³þ ñó-
ïåðñï³ðàëüíî¿ ìîëåêóëè ÄÍÊ pUC8 (äîâæè-
íà 2665 ï.í.) ïðîâåäåíî íà àòîìíî-ñèëîâîìó
ì³êðîñêîï³ Nanoscope III ç D-ñêàíåðîì («Veeco
Instruments Inc.», CØA). ÀÑÌ-çîáðàæåííÿ ÄÍÊ
çàïèñóâàëè çà äîïîìîãîþ â³áðóþ÷îãî âàð³àíòà
ÀÑÌ ó ïîâ³òð³ â ðåæèì³ «âèñîòà» ³ç âèêîðèñ-
òàííÿì ñòàíäàðòíèõ íåçàãîñòðåíèõ çîíä³â (ÇÀÎ
«ÍÒ-ÌÄÒ», ÐÔ) ç ðåçîíàíñíîþ ÷àñòîòîþ 300–
360 êÃö. Ïðîöåäóðó îòðèìàííÿ àì³íîñëþäè
çä³éñíþâàëè çà äîïîìîãîþ ìîäèô³êàö³¿ ñâ³æî-
ñêîëîòî¿ ñëþäè àì³íîãðóïàìè ó ïàðàõ ïåðå-
ãíàíîãî 3-àì³íîïðîï³ëòðèåòîêñ³ñèëàíó, ÿêèé
íàäàíî ô³ðìîþ «Aldrich» (ÑØÀ). Òåõíîëîã³þ
ìîäèô³êàö³¿ äåòàëüíî îïèñàíî ðàí³øå [15].
Ðåçóëüòàòè äîñë³äæåíü òà ¿õ îáãîâîðåííÿ. Äî
òåïåð³øíüîãî ÷àñó åêñïåðèìåíòàëüíå ï³äòâåðä-
æåííÿ ôóíêö³îíóâàííÿ ROSE-òåðìîìåòð³â, îä-
íîãî ç â³äîìèõ òèï³â ÐÍÊ-òåðìîìåòð³â, îòðè-
ìàíî ëèøå äëÿ äåê³ëüêîõ ç 40 ïåðåäáà÷åíèõ
äëÿ ïðîòåîáàêòåð³é [16]. Ìîæëèâ³ñòü ³ñíóâàííÿ
4U-åëåìåíòà, ³íøîãî ïîòåíö³éíîãî ÐÍÊ-òåð-
ìîìåòðà, âñòàíîâëåíî äëÿ ãåíà dnaJ Brucel-
la melitensis òà äëÿ ä³ëÿíêè, ùî ïåðåäóº ãåíó
groES Staphylococcus aureus. Îäíàê íàðàç³ íå-
ÿñíî, ÷è áóäóòü âîíè ôóíêö³îíóâàòè ÿê ÐÍÊ-
òåðìîìåòðè [8].
Àíàë³ç îñîáëèâîñòåé ñòðóêòóðíî¿ îðãàí³çàö³¿
åêñïåðèìåíòàëüíî ï³äòâåðäæåíèõ ÐÍÊ-òåðìî-
ìåòð³â äîçâîëèâ íàì ðîçðîáèòè àëãîðèòì ïî-
øóêó â³äïîâ³äíèõ ôðàãìåíò³â â ïîñë³äîâíîñòÿõ
õðîìîñîìíèõ ÄÍÊ ïðîêàð³îò³â òà, îòæå, ÐÍÊ-
òðàíñêðèïò³â, îäíèì ³ç åëåìåíò³â ÿêîãî º
â³äñòàíü ì³æ SD-ïîñë³äîâí³ñòþ, ùî âõîäèòü
äî ñêëàäó øïèëüêîâî¿ ñòðóêòóðè, òà ñàéòîì
³í³ö³àö³¿ òðàíñëÿö³¿, ùî ñòàíîâèòü â³ä 6 (äëÿ
ROSE-åëåìåíò³â) äî 12 (äëÿ 4U-òåðìîìåòð³â)
íóêëåîòèä³â. ßê îñíîâí³ êðèòå𳿠ïîòåíö³éíèõ
ÐÍÊ-òåðìîìåòð³â âèêîðèñòîâóâàëè íàñòóïí³:
à) òåìïåðàòóðà ïëàâëåííÿ øïèëüêè – â ä³àïà-
çîí³ 32 ºÑ (çà ³îííî¿ ñèëè 0,1 M Na+) – 43 ºÑ
(çà ô³ç³îëîã³÷íî¿ ³îííî¿ ñèëè); á) ïîñë³äîâí³ñòü
Øàéí-Äàëüãàðíî ïîâí³ñòþ àáî ÷àñòêîâî çíà-
õîäèòüñÿ ó ñòåáë³ øïèëüêîâî¿ ñòðóêòóðè; â) êî-
äîíàìè ³í³ö³àö³¿ º êàíîí³÷íèé êîäîí AUG
(AÒG – äëÿ ÄÍÊ), ç ÿêîãî ó ïðîêàð³îò³â ïî-
÷èíàþòüñÿ ìàéæå 90 % âñ³õ êîäóþ÷èõ ïîñë³-
äîâíîñòåé, à òàêîæ àëüòåðíàòèâí³ êîäîíè GUG,
UUG (GTG, TTG – äëÿ ÄÍÊ) [17].
³äîì³ ÐÍÊ-òåðìîìåòðè º ñòðóêòóðàìè, ùî
ÿâëÿþòü ñîáîþ àáî îäíó ïðîòÿæíó øïèëüêó,
àáî äåê³ëüêà øïèëüêîâèõ ñòðóêòóð, ÿê³ ìî-
æóòü áóòè ÿê äîñêîíàëèìè, òàê ³ íåäîñêîíà-
ëèìè. ßê ïîêàçàëè ðåçóëüòàòè ßÌÐ-äîñë³ä-
æåíü, ñòåáëî øïèëüêè, ùî ìຠROSE-åëåìåíò,
ì³ñòèòü äåê³ëüêà íåêàíîí³÷íèõ ïàð íóêëåîòè-
ä³â [18], òîìó ïðè ïîøóêó ã³ïîòåòè÷íèõ ÐÍÊ-
òåðìîìåòð³â íàìè ïðîàíàë³çîâàíî ÿê äîñêî-
íàë³, òàê ³ íåäîñêîíàë³ øïèëüêîâ³ ñòðóêòóðè.
Ðàí³øå äëÿ ñóïåðñï³ðàëüíèõ ÄÍÊ, ÿê³ ì³ñ-
òÿòü ïàë³íäðîì, âñòàíîâëåíî, ùî çà ô³ç³îëî-
ã³÷íèõ óìîâ ìîæëèâå óòâîðåííÿ øïèëüêè ÿê
ôðàãìåíòà õðåñòîïîä³áíî¿ ñòðóêòóðè ç äîâæè-
íîþ ñòåáëà íå ìåíøå 7 ï.í. òà ïåòëåþ ðîç-
ì³ðîì íå âèùå 4–5 íóêëåîòèä³â [19–21]. Äîâ-
æèíà ñòåáëà øïèëüîê, ùî óòâîðþþòüñÿ, íà-
ïðèêëàä, â 16S rRNA, ñòàíîâèòü â ñåðåäíüî-
ìó 3–4 ï.í., ñÿãàþ÷è 10 ï.í. [22], à åíåðãå-
òè÷íî íàéâèã³äí³øîþ äëÿ øïèëüîê ìîëåêóë
ÐÍÊ º ïåòëÿ ç 6–7 íóêëåîòèä³â [23]. Ïðè öüî-
16
Î.Þ. Ëèìàíñüêà, Ë.Î. Ìóðòàçàºâà, Î.Ï. Ëèìàíñüêèé
ISSN 0564–3783. Öèòîëîãèÿ è ãåíåòèêà. 2013. Ò. 47. ¹ 5
ìó ìåòîäîì òåðì³÷íî¿ äåíàòóðàö³¿ ïîêàçàíî,
ùî øïèëüêîâ³ ñòðóêòóðè â ÐÍÊ º ñòàá³ëüí³-
øèìè ïîð³âíÿíî ç â³äïîâ³äíèìè ñòðóêòóðàìè,
ùî óòâîðþþòüñÿ â ÄÍÊ [24]. Âèõîäÿ÷è ç
ë³òåðàòóðíèõ äàíèõ, îòðèìàíèõ â åêñïåðèìåí-
òàõ ÿê in vivo, òàê in vitro [25–28], òà âðàõî-
âóþ÷è, ùî øïèëüêîâ³ ñòðóêòóðè, ÿê³ ì³ñòÿòü
SD-ïîñë³äîâí³ñòü, åôåêòèâíî âïëèâàþòü íà
òðàíñëÿö³þ ò³ëüêè â òîìó âèïàäêó, ÿêùî ¿õ
â³ëüíà åíåðã³ÿ ñòàíîâèòü áëèçüêî –6 êêàë/ìîëü
[29], äëÿ ïîäàëüøîãî àíàë³çó áóëè âèáðàí³ øïè-
ëüêè, äîâæèíà ïåòë³ ÿêèõ íå ïåðåâèùóâàëà, ÿê
ïðàâèëî, 8 íóêëåîòèä³â, äîâæèíà ñòåáëà – 7 ï.í.,
à â³ëüíà åíåðã³ÿ G ñòàíîâèëà ïðèáëèçíî â³ä
–2 äî –6 êêàë/ìîëü. Äîäàòêîâî ðîçãëÿäàëè
ëîêàë³çàö³þ ïîòåíö³éíèõ øïèëüîê â³äíîñíî ãå-
í³â á³ëê³â òåïëîâîãî øîêó hsp.
Ïåðåâàãè îá’ºäíàííÿ ìåòîäèêè ³ììîá³ë³çà-
ö³¿ ÄÍÊ íà àì³íîñëþä³ ç ìîæëèâîñòÿìè ÀÑÌ
äîçâîëèëè íàì â³çóàë³çóâàòè õðåñòîïîä³áíó ñòðóê-
òóðó, óòâîðåíó øïèëüêàìè, ñóïåðñï³ðàëüíî¿
ÄÍÊ pUC8. Àíàë³ç ÀÑÌ-çîáðàæåííÿ ÄÍÊ
pUC8 íà àì³íîñëþä³ (ðèñ. 2) ñâ³ä÷èòü, ùî
øïèëüêè âèãëÿäàþòü ÿê ð³çêî îêðåñëåí³ âèñòó-
ïè íà íèòêàõ ÄÍÊ ç äîâæèíîþ, ÿêó ìîæíà
îö³íèòè áåçïîñåðåäíüî ³ç ÀÑÌ-çîáðàæåííÿ.
Àíàë³ç íàøèõ åêñïåðèìåíòàëüíèõ ðåçóëüòàò³â
ïîêàçàâ, ùî â óòâîðåíí³ øïèëüêè áåðóòü ó÷àñòü
11–12 ï.í., à òåðìîäèíàì³÷íèé àíàë³ç ³íâåð-
òîâàíèõ ïîâòîð³â ï³äòâåðäèâ, ùî øïèëüêà óò-
âîðåíà 26 íóêëåîòèäàìè, à ¿¿ â³ëüíà åíåðã³ÿ
G ñòàíîâèòü –17,8 êêàë/ìîëü. Äëÿ ïîð³â-
íÿííÿ çàçíà÷èìî, ùî ðîçì³ð õðåñòîïîä³áíèõ
ñòðóêòóð, ÿê³ çà äîïîìîãîþ ìåòîä³â äâîâèì³ð-
íîãî åëåêòðîôîðåçó òà îáðîáêè íóêëåàçàìè
çàðåºñòðîâàí³ ó ÄÍÊ ôàãà Õ 174, ïëàçì³ä
pBR322, ColE1, pAO3, äîð³âíþº 9–13 ï.í. ó
ñï³ðàëüíèõ ä³ëÿíêàõ êîæíî¿ ç øïèëüîê õðåñòà,
à ¿õí³ ïåòë³ ì³ñòÿòü 3–5 íóêëåîòèä³â [19, 21].
³äîìî, ùî ïëàçì³äà pUC8 ì³ñòèòü äåê³ëü-
êà ïàë³íäðîì³â, ÿê³ ìîæóòü óòâîðþâàòè õðåñòî-
ïîä³áí³ ñòðóêòóðè ó âîäíèõ ðîç÷èíàõ. Çà äî-
ïîìîãîþ ïðîãðàìè Oligo [30] íàìè ç’ÿñîâàíî,
ùî òåðìîäèíàì³÷íî âèã³äí³øèì º õðåñò, ñòðóê-
Ðèñ. 2. ÀÑÌ-çîáðàæåííÿ ñóïåðñï³ðàëüíî¿ ïëàçì³äè pUC8 (äîâæèíà ñòàíîâèòü 2665 ï.í.) ó ïîâ³òð³. Ðîçì³ð
êàäðó: à – 858 × 858 íì; á – 372 × 372 íì; â – 134 × 134 íì. Ñòð³ëêàìè ïîêàçàíî äâ³ øïèëüêè, ùî óòâîðþþòü
õðåñòîïîä³áíó ñòðóêòóðó
Ðèñ. 3. Õðåñòîïîä³áíà ñòðóêòóðà ñóïåðñï³ðàëüíî¿
ïëàçì³äè pUC8, îòðèìàíà çà äîïîìîãîþ ïàêåòà
ïðèêëàäíèõ ïðîãðàì GeneBee: à – ôðàãìåíò ïî-
ñë³äîâíîñò³ ÄÍÊ pUC8 (ïîçèö³¿ 273–298), ÿêèé
íàáóâຠõðåñòîïîä³áíî¿ ñòðóêòóðè; á – õðåñò, ÿêèé
óòâîðþþòü ³íâåðòîâàí³ ïîâòîðè ÄÍÊ ïëàçì³äè pUC8
17
Ïîòåíö³éí³ òåìïåðàòóðíî-÷óòëèâ³ ðèáîïåðåìèêà÷³ â ãåíîì³ ñàëüìîíåë
ISSN 0564–3783. Öèòîëîãèÿ è ãåíåòèêà. 2013. Ò. 47. ¹ 5
òóðó ÿêîãî íàâåäåíî íà ðèñ. 3. (Êîíöåíòðàö³þ
ïëàçì³äè pUC8 ï³äáèðàëè òàêèì ÷èíîì, ùî äëÿ
çîáðàæåííÿ ðîçì³ðîì 2 × 2 ìêì â³çóàë³çóâàëè,
ÿê ïðàâèëî, 4–5 ïîîäèíîêèõ ñóïåðñï³ðàëüíèõ
ÄÍÊ, ÿê³ óòâîðþâàëè õðåñòîïîä³áíó ñòðóêòó-
ðó.) ³ëüíà åíåðã³ÿ G îäí³º¿ ç øïèëüîê, ÿê³
óòâîðþâàëè õðåñò, ñòàíîâèëà –17,8 êêàë/ìîëü.
Ïîøóê ñàìîêîìïëåìåíòàðíèõ ôðàãìåíò³â ó
ïîñë³äîâíîñò³ ÄÍÊ pUC8 çà äîïîìîãîþ ïðî-
ãðàìè RNA2 ïàêåòà ïðîãðàì GeneBee [14] òà-
êîæ ï³äòâåðäèâ, ùî øïèëüêó óòâîðþþòü 11
ïàð íóêëåîòèä³â, à ïåòëÿ ìຠäîâæèíó 4 íóê-
ëåîòèäè. Ìîäåëü ñóïåðñï³ðàëüíî¿ ÄÍÊ pUC8
ç óòâîðåíîþ õðåñòîïîä³áíîþ ñòðóêòóðîþ íà-
âåäåíî íà ðèñ. 3.
²ñíóþòü äåê³ëüêà âàð³àíò³â óòâîðåííÿ øïèëü-
êè õðåñòà. Íàïðèêëàä, âîíà ìîæå áóòè óòâîðåíà
ÿê êîìïëåìåíòàðíèìè ³íâåðòîâàíèìè ïîâòîðà-
ìè îäíîãî ëàíöþãà, òàê ³ ïîâòîðàìè, ùî íàëå-
æàòü êîìïëåìåíòàðíèì íèòêàì ÄÍÊ. Ïîäàëü-
øå óäîñêîíàëåííÿ ÀÑÌ-òåõíîëî㳿 äîçâîëèòü,
íà íàøó äóìêó, âèçíà÷èòè äåòàëüíó ñòðóêòóðó
õðåñòà, à ñàìå – ÿê³ ä³ëÿíêè â ëàíöþãó ÄÍÊ º
êîìïëåìåíòàðíèìè ³ç äåê³ëüêîõ ìîæëèâèõ âà-
ð³àíò³â óòâîðåííÿ ö³º¿ íåêàíîí³÷íî¿ ñòðóêòóðè.
Çàçíà÷èìî, ùî ïðè â³çóàë³çàö³¿ çà äîïîìî-
ãîþ ÀÑÌ ìîëåêóëè ÐÍÊ ó á³ëüøîñò³ äîñë³ä-
æåíü âèãëÿäàþòü ÿê êîíäåíñîâàí³ ñòðóêòóðè.
Ðàí³øå íàìè â³çóàë³çîâàíî ÐÍÊ-òðàíñêðèïòè,
³ììîá³ë³çîâàí³ íà ñëþä³, ÿê³ óòâîðþþòü äæãóòî-
ïîä³áí³ êîíäåíñîâàí³ ñòðóêòóðè äîâæèíîþ
122 ± 10 íì ³ç ñï³ââ³äíîøåííÿì äîâæèíè
òà øèðèíè 4,5–5 [31]. Íà íàøó äóìêó, äëÿ
â³çóàë³çàö³¿ âèòÿãíóòèõ íåêîíäåíñîâàíèõ ìî-
ëåêóë ÐÍÊ, ùî ì³ñòÿòü øïèëüêîâ³ ñòðóêòóðè,
íåîáõ³äíî çì³íèòè ïîâåðõíåâ³ âëàñòèâîñò³ ñóá-
ñòðàòó (ñëþäè). Çàçíà÷åí³ ìîðôîëîã³÷í³ îñîá-
ëèâîñò³ ìîëåêóë ÐÍÊ, â³çóàë³çîâàíèõ çà äîïî-
ìîãîþ ÀÑÌ, ìîæíà ïîÿñíèòè çíà÷íèì âïëè-
âîì ïîâåðõíåâèõ âëàñòèâîñòåé ñëþäè, íà ÿê³é
ÐÍÊ-òðàíñêðèïòè ³ììîá³ë³çîâàí³. Ïîâåðõíåâ³
âëàñòèâîñò³ ñóáñòðàòó, â ñâîþ ÷åðãó, âèçíà÷à-
þòüñÿ ã³äðîôîáí³ñòþ òà ù³ëüí³ñòþ êàò³îí³â,
ëîêàë³çîâàíèõ íà ïîâåðõí³ ñëþäè. Ñïðàâà â
òîìó, ùî äëÿ â³çóàë³çàö³¿ ìîëåêóë ÐÍÊ âè-
êîðèñòîâóþòü òó æ ñëþäó, ùî ³ äëÿ â³çóàë³çà-
ö³¿ ìîëåêóë ÄÍÊ, òîáòî ñëþäó ç òàêîþ ã³äðî-
ôîáí³ñòþ òà ïîâåðõíåâîþ ù³ëüí³ñòþ êàò³îí³â,
çà ÿêî¿ ë³í³éí³ òà ñóïåðñï³ðàëüí³ äâîëàíöþãîâ³
ìîëåêóëè ÄÍÊ íå óòâîðþþòü êîíäåíñîâàí³
ñòðóêòóðè ïðè ³ììîá³ë³çàö³¿ íà ïîâåðõí³ ñëþäè,
à õàðàêòåðèçóþòüñÿ ð³âíîì³ðíèì ðîçïîä³ëîì
ôðàãìåíò³â ÄÍÊ. Ðàí³øå íàìè âñòàíîâëåíî,
ùî íàâ³òü íåçíà÷íà çì³íà ã³äðîôîáíîñò³ òà
ù³ëüíîñò³ êàò³îí³â ïîâåðõí³ ñëþäè ïðèçâîäèòü
äî çíà÷íî¿ çì³íè ìîðôîëî㳿 ³ììîá³ë³çîâàíèõ
ìîëåêóë ÄÍÊ [32, 33].
Îñê³ëüêè òåðìîìåòðè ìîæóòü ëîêàë³çóâàòèñÿ
â áóäü-ÿêîìó ëîêóñ³ ìîëåêóëè ÐÍÊ, äëÿ ïîøó-
êó øïèëüîê, îñíîâíèõ êîìïîíåíò³â íîâèõ ïî-
òåíö³éíèõ ÐÍÊ-òåðìîìåòð³â, ùî â³äð³çíÿþòüñÿ
â³ä â³äîìèõ 4U-ÐÍÊ-òåðìîìåòð³â, íà ïåðøîìó
åòàï³ íàìè ïðîàíàë³çîâàí³ ïîñë³äîâíîñò³ õðî-
ìîñîìíî¿ ÄÍÊ òðüîõ ³çîëÿò³â S. enterica, ùî íå
ì³ñòÿòü 4U-ÐÍÊ-òåðìîìåòð.
Ïðîâåäåíèé êîìï’þòåðíèé òà òåðìîäèíàì³÷-
íèé àíàë³ç ³çîëÿòó S. entericà ç ïîâí³ñòþ ñåêâåíî-
âàíèì ãåíîìîì (íîìåð FM 200053 äëÿ GenBank)
äîçâîëèâ âèÿâèòè ÷îòèðè øïèëüêîâ³ ñòðóêòóðè
(ðèñ. 4), ÿê³ çàäîâîëüíÿþòü íåîáõ³äíèì óìîâàì
ïîòåíö³éíîãî ÐÍÊ-òåðìîìåòðà: ïîñë³äîâí³ñòü
Øàéí-Äàëüãàðíî; ñàéò ³í³ö³àö³¿ òðàíñëÿö³¿, ðîç-
òàøîâàíèé íà â³äñòàí³ íå á³ëüøå 15 íóêëåî-
òèä³â; â³äïîâ³äíà òåìïåðàòóðà (áëèçüêî 40–
42 ºÑ) ïëàâëåííÿ øïèëüêè; ëîêàë³çàö³ÿ â ä³-
ëÿíö³ 5 -UTR. Íàÿâí³ñòü â³äîìèõ 13 ãåí³â òåï-
ëîâîãî øîêó (ç îäíèì ³ç ÿêèõ ç÷åïëåíèé 4U-
ÐÍÊ-òåðìîìåòð) â ³çîëÿò³ FM200053 äîçâîëÿº
ïðèïóñòèòè, ùî â ãåíîì³ ñàëüìîíåë ìîæå ³ñ-
íóâàòè äåê³ëüêà òèï³â ÐÍÊ-òåðìîìåòð³â, à íå
ò³ëüêè îäèí, íà öåé ÷àñ â³äîìèé ÿê 4U-ÐÍÊ-
òåðìîìåòð.
Âàæëèâî, ùî øïèëüêîâ³ ñòðóêòóðè (ðèñ. 4)
íå ò³ëüêè â³äïîâ³äàþòü íåîáõ³äíèì òà äîñòàòí³ì
óìîâàì óòâîðåííÿ ÐÍÊ-òåðìîìåòð³â, àëå º âè-
ñîêîêîíñåðâàòèâíèìè íåêàíîí³÷íèìè ñòðóê-
òóðàìè. Âîíè ïðèñóòí³ â ãåíîì³ âñ³õ äîñë³äæå-
íèõ 25 ³çîëÿò³â S. enterica ³ õàðàêòåðèçóþòüñÿ
100%-âîþ ïîä³áí³ñòþ äî íóêëåîòèäíèõ ïîñë³-
äîâíîñòåé.
Åêñïðåñ³ÿ òàêèõ ôàêòîð³â â³ðóëåíòíîñò³, ÿê
ãåìîë³çèí òà ë³ïîïîë³ñàõàðèäè, â ïðîòåîáàêòå-
ð³ÿõ ðåãóëþºòüñÿ ôàêòîðîì åëîíãàö³¿ òðàíñ-
êðèïö³¿ RfaH. Ãåí yaeQ S. enterica áóâ ³äåíòèô³-
êîâàíèé ÿê âèñîêîêîï³éíèé ñóïðåñîð ãåìîë³-
òè÷íîãî äåôåêòó â äåëåòîâàíîìó ëàíöþãó ãåíà
rfaH. Âèõîäÿ÷è ç öüîãî, Vicari et al. [34] ïðè-
ïóñòèëè, ùî áåçïîñåðåäíÿ ðîëü ãåíà yaeQ, ùî
êîäóº ãëóòàìàòñèíòåòàçó, ïîëÿãຠó òðàíñêðèï-
ö³éíîìó êîíòðîë³ áàêòåð³àëüíî¿ â³ðóëåíòíîñò³.
18
Î.Þ. Ëèìàíñüêà, Ë.Î. Ìóðòàçàºâà, Î.Ï. Ëèìàíñüêèé
ISSN 0564–3783. Öèòîëîãèÿ è ãåíåòèêà. 2013. Ò. 47. ¹ 5
Ðèñ. 4. Ïîòåíö³éí³ ÐÍÊ-òåðìîìåòðè, ùî ì³ñòÿòü SD-ïîñë³äîâí³ñòü ó ñòåáë³ øïèëüêè (âèä³ëåíî), òà ñòàðòî-
âèé êîäîí ³í³ö³àö³¿ (ï³äêðåñëåíî): à – òåìïåðàòóðà ïëàâëåííÿ øïèëüêè (tïë) ñòàíîâèòü 43,6 ºÑ çà ³îííî¿ ñè-
ëè I = 0,2 Ì Na+. ³ëüíà åíåðã³ÿ óááñà G = –2,0 êêàë/ìîëü. Øïèëüêîâà ñòðóêòóðà ëîêàë³çîâàíà â ä³ëÿíö³
5'-UTR ãåíà gltB, ùî êîäóº ïîïåðåäíèê ãëóòàìàòñèíòåòàçè S. enterica. ×åðâîíà ñìóãà âêàçóº íà ìÐÍÊ; á –
tïë = 44,9 ºÑ; G = –1,9 êêàë/ìîëü. Øïèëüêîâà ñòðóêòóðà ëîêàë³çîâàíà â ä³ëÿíö³ 5'-UTR ãåíà yaeQ, ùî
êîäóº îäèí ç ðåãóëÿòîð³â â³ðóëåíòíîñò³ S. enterica; â – øïèëüêîâà ñòðóêòóðà ëîêàë³çîâàíà â ä³ëÿíö³ 5'-UTR
ãåíà, ùî êîäóº ã³ïîòåòè÷íèé ïðîòå¿í. G = –9,3 êêàë/ìîëü; ã – tïë = 42,0 ºÑ; G = –2,1 êêàë/ìîëü.
Øïèëüêîâà ñòðóêòóðà ëîêàë³çîâàíà â ä³ëÿíö³ 5'-UTR ãåíà, ùî êîäóº ã³ïîòåòè÷íó ã³äðîëàçó, ïîä³áíó äî
ãàëîãåíîêèñëî¿ äåãàëîãåíàçè, S. enterica. Íàâåäåí³ øïèëüêîâ³ ñòðóêòóðè â³äïîâ³äàþòü íåîáõ³äíèì òà äîñòàò-
í³ì óìîâàì óòâîðåííÿ ÐÍÊ-òåðìîìåòð³â, º âèñîêîêîíñåðâàòèâíèìè íåêàíîí³÷íèìè ñòðóêòóðàìè òà çíàé-
äåí³ â ãåíîì³ âñ³õ 25 ïðîàíàë³çîâàíèõ ³çîëÿò³â Salmonella enterica
19
Ïîòåíö³éí³ òåìïåðàòóðíî-÷óòëèâ³ ðèáîïåðåìèêà÷³ â ãåíîì³ ñàëüìîíåë
ISSN 0564–3783. Öèòîëîãèÿ è ãåíåòèêà. 2013. Ò. 47. ¹ 5
³äîìî, ùî äëÿ ð³çíèõ ÐÍÊ-òåðìîìåòð³â
ïëàâëåííÿ â³äáóâàºòüñÿ çà ð³çíèõ òåìïåðàòóð:
ROSE-òåðìîìåòð ïëàâèòüñÿ çà 42 ºÑ, à pfrA-
òà lcrF-òåðìîìåòðè – çà 37 ºÑ [35]. Òîìó ÿê
ïîòåíö³éí³ ÐÍÊ-òåðìîìåòðè íàìè âèêîðèñòàí³
øïèëüêîâ³ ñòðóêòóðè, òåìïåðàòóðè ïëàâëåííÿ
ÿêèõ çíàõîäèëèñü ó ä³àïàçîí³ 37–42 ºÑ.
Äëÿ áàãàòüîõ 5 -UTR-ïîñë³äîâíîñòåé äîâîë³
âàæêî ïåðåäáà÷èòè ìîæëèâ³ñòü ¿õíüîãî ôóíê-
ö³îíóâàííÿ â ðîë³ ÐÍÊ-òåðìîìåòð³â. Äëÿ ï³ä-
òâåðäæåííÿ ðîáîòè øïèëüêîâî¿ ñòðóêòóðè ÿê
òåðìîäàò÷èêà íåîáõ³äíî ïðîâåñòè åêñïåðèìåíòè,
íàïðèêëàä, òåñòóâàííÿì in vivo åôåêòèâíîñò³
åêñïðåñ³¿ ðåïîðòåðñüêîãî ãåíà çà ð³çíèõ òåì-
ïåðàòóð àáî ïëàâëåííÿì øïèëüêîâî¿ ñòðóêòó-
ðè (äî ñêëàäó ÿêî¿ âõîäèòü SD-ïîñë³äîâí³ñòü).
Âèì³ðþâàííÿ ðåàëüíî¿ òåìïåðàòóðè ïëàâëåííÿ
âèçíà÷åíèõ ÐÍÊ-òåðìîìåòð³â çä³éñíþþòü, íà-
ïðèêëàä, çà äîïîìîãîþ ñïåêòðîñêîﳿ êðóãî-
âîãî äèõðî¿çìó àáî ÓÔ-ñïåêòðîñêîﳿ. Îñê³ëü-
êè òåìïåðàòóðà ïëàâëåííÿ íóêëå¿íîâèõ êèñëîò
çàëåæèòü â³ä ³îííî¿ ñèëè, ïðè îö³íö³ òåðìî-
äèíàì³÷íèõ ïàðàìåòð³â òåðìîìåòð³â ââàæàþòü,
ùî êîíöåíòðàö³ÿ ³îí³â Mg2+ â ³íòåðâàë³ 1–2 ìÌ
â³äïîâ³äຠô³ç³îëîã³÷íîìó çíà÷åííþ âñåðåäèí³
áàêòåð³àëüíèõ êë³òèí.
Ìîæëèâ³ñòü ôóíêö³îíóâàííÿ çíàéäåíèõ
øïèëüêîâèõ ñòðóêòóð ÿê òåðìîñåíñîð³â â ãåíî-
ì³ S. ånterica ï³äòâåðäæóºòüñÿ òèì ôàêòîì, ùî
Neupert et al. [11] åêñïåðèìåíòàëüíî âñòàíîâè-
ëè ôóíêö³îíóâàííÿ ÿê òåðìîñåíñîðà øïèëü-
êîâî¿ ñòðóêòóðè, ïîâí³ñòþ àíàëîã³÷íî¿ îäíîìó
³ç çíàéäåíèõ ïîòåíö³éíèõ ÐÍÊ-òåðìîìåòð³â
(ðèñ. 4, â). Ïðîâåäåíå àâòîðàìè ïîð³âíÿííÿ
çà ô³ç³îëîã³÷íèõ óìîâ åôåêòèâíîñò³ ðîáîòè 12
ñèíòåòè÷íèõ ÐÍÊ-òåðìîìåòð³â ïîêàçàëî, ùî
çàçíà÷åíèé ÐÍÊ-òåðìîìåòð (ðèñ. 4, â) º îä-
íèì ç äâîõ ÐÍÊ-òåðìîìåòð³â, íàéá³ëüø åôåê-
òèâíî êîíòðîëþþ÷èõ òåìïåðàòóðíî çàëåæíó
åêñïðåñ³þ ãåíà lacZ, ùî êîäóº -ãàëàêòîçèäàçó
â E. ñoli [11]. Çíàéäåí³ íàìè ïîòåíö³éí³ ÐÍÊ-
òåðìîìåòðè (ðèñ. 4) çíà÷íî â³äð³çíÿþòüñÿ ñâî-
ºþ âòîðèííîþ ñòðóêòóðîþ.  òîé ÷àñ ÿê ÐÍÊ-
òåðìîìåòðè õàðàêòåðèçóþòüñÿ íåâåëèêîþ ïåò-
ëåþ (4–5 í.), åêñïåðèìåíòàëüíî ï³äòâåðäæåíèé
ÐÍÊ-òåðìîìåòð (ðèñ. 4, â) ìຠäîâîë³ âåëèêó
ïåòëþ, õî÷à âñ³ çíàéäåí³ øïèëüêîâ³ ñòðóêòó-
ðè ìàþòü äîñêîíàëå ñòåáëî. Îñê³ëüêè â ðîáîò³
[11] âñòàíîâëåíî, ùî øïèëüêè, ÿê³ çíà÷íî
ð³çíÿòüñÿ, îäíàêîâî åôåêòèâíî ïåðåêëþ÷àþòü
åêñïðåñ³þ ãåíà, ìîæíà ñïîä³âàòèñÿ, ùî é ³íø³
øïèëüêîâ³ ñòðóêòóðè (ðèñ. 4) òàêîæ âèñòóïàòè-
ìóòü â ðîë³ ÐÍÊ-òåðìîìåòð³â.
Äëÿ ïåðåâ³ðêè íàä³éíîñò³ àëãîðèòìó âèç-
íà÷åííÿ âòîðèííèõ ñòðóêòóð íàìè ïðîâåäåíî
ìîäåëþâàííÿ âòîðèííî¿ ñòðóêòóðè ó ôðàãìåíò³
ìÐÍÊ Sañcharomyces cerevisiae. Äëÿ ôðàãìåíòà
äîâæèíîþ 74 ï.í. ó ðîáîò³ Lu et al. [36] ïåðåä-
áà÷åíî òðè âàð³àíòè âòîðèííî¿ ñòðóêòóðè, êî-
æåí ç ÿêèõ õàðàêòåðèçóºòüñÿ 19 êàíîí³÷íèìè
ïàðàìè íóêëåîòèä³â. Ìîäåëþâàííÿ âòîðèííî¿
ñòðóêòóðè çà äîïîìîãîþ ïàêåòà ïðîãðàì Gene-
Bee ï³äòâåðäæóº òàêîæ ìîæëèâ³ñòü óòâîðåííÿ
19 êàíîí³÷íèõ ïàð íóêëåîòèä³â. Òàêèì ÷èíîì,
ïðîâåäåíå òåñòóâàííÿ ïîêàçàëî, ùî ðåçóëüòàòè
âèçíà÷åííÿ âòîðèííèõ ñòðóêòóð äîáðå óçãîäæó-
þòüñÿ ç ë³òåðàòóðíèìè äàíèìè, îòæå ìåòîäèêó
ïåðåäáà÷åííÿ ïîòåíö³éíèõ øïèëüêîâèõ ñòðóê-
òóð ìîæíà ââàæàòè íàä³éíîþ.
²íøèì ï³äòâåðäæåííÿì íàä³éíîñò³ ìåòîäè-
êè ïîøóêó ã³ïîòåòè÷íèõ ðèáîïåðåìèêà÷³â, ÿêó
âèêîðèñòîâóâàëè â äàí³é ðîáîò³, ìîæå ñëóæè-
òè ¿õíº íàñòóïíå òåñòóâàííÿ. Âçàãàë³, áóäü-ÿê³
òåîðåòè÷í³ äîñë³äæåííÿ ìîæíà ââàæàòè óñï³ø-
íèìè ò³ëüêè ï³ñëÿ ¿õíüî¿ åêñïåðèìåíòàëüíî¿
ïåðåâ³ðêè. Òîìó â ðàìêàõ ï³ëîòíîãî ïðîåêòó
íàìè ïðîâåäåíî ïîïåðåäí³ åêñïåðèìåíòàëüí³
äîñë³äæåííÿ ç ïåðåâ³ðêè íèçêè ÐÍÊ-òåðìî-
ìåòð³â â ãåíîì³ Salmonella enterica, ðàí³øå òåî-
ðåòè÷íî âèçíà÷åíèõ íàìè. Ñèíòåçîâàí³ íóê-
ëåîòèäí³ ïîñë³äîâíîñò³ ïîòåíö³éíèõ ÐÍÊ-
òåðìîìåòð³â êëîíóâàëè â êë³òèíè E. coli ïîðÿä
ç 5 -ê³íöåì ãåíà, ùî êîäóº GFP, òà ïðîâåëè
äåê³ëüêà ïîïåðåäí³õ åêñïåðèìåíò³â ç òåìïåðà-
òóðíîãî çñóâó, ñïîñòåð³ãàþ÷è çà çì³íîþ ôëóî-
ðåñöåíö³¿ á³ëêà GFP â E. coli. Ïðè çì³í³ òåì-
ïåðàòóðè ç 22 äî 37 ºÑ ðåºñòðóâàëè ñëàáêó
³íäóêö³þ GFP, ïðîòå íå íàñò³ëüêè ñèëüíó, ÿêó
ñïîñòåð³ãàëè äëÿ ñèíòåòè÷íèõ ÐÍÊ-òåðìî-
ìåòð³â ïðè òåìïåðàòóðíî-êîíòðîëüîâàí³é åêñ-
ïðåñ³¿ ãåí³â â áàêòåð³ÿõ.
Òàêèì ÷èíîì, íà îñíîâ³ êîìï’þòåðíîãî òà
òåðìîäèíàì³÷íîãî àíàë³çó ïîâí³ñòþ ñåêâåíîâà-
íèõ ãåíîì³â 25 ³çîëÿò³â Salmonella enterica âñòà-
íîâëåíî àëãîðèòì òà êðèòå𳿠ïîøóêó íîâèõ
ïîòåíö³éíèõ ÐÍÊ-òåðìîìåòð³â, ùî äîçâîëèòü
ó ïîäàëüøîìó ïðîâåñòè ïîøóê ïîòåíö³éíèõ
ÐÍÊ-òåðìîìåòð³â ó ãåíîì³ ³íøèõ ñîö³àëüíî
çíà÷èìèõ ïàòîãåí³â. Äëÿ S. enterica íà äîäàòîê
äî â³äîìîãî 4U-ÐÍÊ-òåðìîìåòðà âèçíà÷åíî
20
Î.Þ. Ëèìàíñüêà, Ë.Î. Ìóðòàçàºâà, Î.Ï. Ëèìàíñüêèé
ISSN 0564–3783. Öèòîëîãèÿ è ãåíåòèêà. 2013. Ò. 47. ¹ 5
øïèëüêîâ³ ñòðóêòóðè, ÿê³ ìîæóòü áóòè íîâèìè
ÐÍÊ-òåðìîìåòðàìè. Âîíè â³äïîâ³äàþòü íåîá-
õ³äíèì òà äîñòàòí³ì óìîâàì óòâîðåííÿ ÐÍÊ-
òåðìîìåòð³â òà º âèñîêîêîíñåðâàòèâíèìè íåêà-
íîí³÷íèìè ñòðóêòóðàìè, îñê³ëüêè ïðèñóòí³ â
ãåíîì³ âñ³õ äîñë³äæåíèõ ³çîëÿò³â S. enterica.
Ðîáîòó ÷àñòêîâî ï³äòðèìàíî Íàö³îíàëüíîþ
àêàäå쳺þ ìåäè÷íèõ íàóê Óêðà¿íè (ãðàíò ÀÌÍ
95/2010). Àâòîðè âèñëîâëþþòü ïîäÿêó ðåöåíçåí-
òó çà êðèòè÷í³ çàóâàæåííÿ, ³äå¿ òà ïðîïîçèö³¿,
ñïðÿìîâàí³ íà ïîë³ïøåííÿ ñòàòò³.
O.Yu. Limanskaya, L.A. Murtazaeva, A.P. Limanskii
Mechnikov Institute of Microbiology and Immunology,
National Academy of Medical Sciences of Ukraine,
Kharkov
E-mail: olga.limanskaya@mail.ru
PUTATIVE TEMPERATURE SENSITIVE
RIBOSWITCHERS IN SALMONELLA GENOME
Currently, a number of structurally and functionally dif-
ferent temperature-sensitive elements like as RNA ther-
mometers which control a variety of biological processes
of bacteria, including virulence, are known. Well-known
RNA thermometers correspond to one long step-loop
structure or few hairpins which can be matched or
mismatched. Based on the computer and thermodynamical
analysis of 25 isolates of Salmonella enterica with complete
genome, algorithm and the criteria of search for putative
RNA thermometers were developed. It will permit to
perform the search of potential riboswitchers in genome of
socially significant pathogens in the future. For S. enterica,
in addition to well-known 4U RNA thermometer, four
step-loop structures that may be new RNA thermometers
were identified and two of them are localized in 5'-UTR
of virulence regulators gltB and yaeQ. They correspond to
necessary and sufficient conditions of RNA thermometer
formation as far as these highly conservative structures are
found in genome of all 25 isolates of S. enterica. Matched
hairpins forming cruciform structure in supercoiled pUC8
plasmid were visualized by atomic force microscopy.
Î.Þ. Ëèìàíñêàÿ, Ë.À. Ìóðòàçàåâà, À.Ï. Ëèìàíñêèé
ÏÎÒÅÍÖÈÀËÜÍÛÅ ÒÅÐÌÎ×ÓÂÑÒÂÈÒÅËÜÍÛÅ
ÐÈÁÎÏÅÐÅÊËÞ×ÀÒÅËÈ Â ÃÅÍÎÌÅ
ÑÀËÜÌÎÍÅËË
 íàñòîÿùåå âðåìÿ èçâåñòåí ðÿä ñòðóêòóðíî è ôóíê-
öèîíàëüíî îòëè÷àþùèõñÿ òåìïåðàòóðî÷óâñòâèòåëü-
íûõ ýëåìåíòîâ – ÐÍÊ-òåðìîìåòðîâ, êîòîðûå êîíò-
ðîëèðóþò ðàçíîîáðàçèå áèîëîãè÷åñêèõ ïðîöåññîâ
áàêòåðèé, âêëþ÷àÿ âèðóëåíòíîñòü. Èçâåñòíûå ÐÍÊ-
òåðìîìåòðû ÿâëÿþòñÿ ñòðóêòóðàìè, ïðåäñòàâëÿþùè-
ìè èëè îäíó ïðîòÿæåííóþ øïèëå÷íóþ ñòðóêòóðó,
èëè íåñêîëüêî øïèëåê, êîòîðûå ìîãóò áûòü êàê
ñîâåðøåííûìè, òàê è íåñîâåðøåííûìè. Íà îñíî-
âå êîìïüþòåðíîãî è òåðìîäèíàìè÷åñêîãî àíàëèçîâ
ïîëíîñòüþ ñåêâåíèðîâàííûõ ãåíîìîâ 25 èçîëÿòîâ
Salmonella enterica óñòàíîâëåíû àëãîðèòìû è êðèòå-
ðèè ïîèñêà ïîòåíöèàëüíûõ ÐÍÊ-òåðìîìåòðîâ, ÷òî
ïîçâîëèò â äàëüíåéøåì ïðîâåñòè ïîèñê ïîòåí-
öèàëüíûõ ÐÍÊ-òåðìîìåòðîâ â ãåíîìå äðóãèõ ñî-
öèàëüíî çíà÷èìûõ ïàòîãåíîâ. Äëÿ S. enterica â
äîïîëíåíèå ê èçâåñòíîìó 4U-ÐÍÊ-òåðìîìåòðó îï-
ðåäåëåíû ÷åòûðå øïèëå÷íûå ñòðóêòóðû (äâå èç íèõ
ëîêàëèçîâàíû â 5 -íåòðàíñëèðóåìîé îáëàñòè ðåãó-
ëÿòîðîâ âèðóëåíòíîñòè gltB è yaeQ), êîòîðûå ìîãóò
áûòü íîâûìè ÐÍÊ-òåðìîìåòðàìè. Îíè ñîîòâåò-
ñòâóþò íåîáõîäèìûì è äîñòàòî÷íûì óñëîâèÿì îá-
ðàçîâàíèÿ ÐÍÊ-òåðìîìåòðîâ è ÿâëÿþòñÿ âûñîêî-
êîíñåðâàòèâíûìè íåêàíîíè÷åñêèìè ñòðóêòóðàìè,
ïîñêîëüêó ïðèñóòñòâóþò â ãåíîìå âñåõ èññëåäî-
âàííûõ èçîëÿòîâ S. enterica. Ñîâåðøåííûå øïèëüêè,
îáðàçóþùèå êðåñòîîáðàçíóþ ñòðóêòóðó â ñóïåðñïè-
ðàëüíîé ïëàçìèäå pUC8, âèçóàëèçèðîâàíû ïîñðåä-
ñòâîì àòîìíî-ñèëîâîé ìèêðîñêîïèè.
ÑÏÈÑÎÊ Ë²ÒÅÐÀÒÓÐÈ
1. Doudna J., Cech T. The chemical repertoire of natural
ribozymes // Nature. – 2002. – 418, ¹ 6894. – P. 222–
228.
2. Watson P., Fedor M. The glmS riboswitch integrates
signals from activating and inhibitory metabolites in
vivo // Nat. Struct. Mol. Biol. – 2011. – 18, ¹ 3. –
P. 359–363.
3. Narberhaus F., Vogel J. Regulatory RNAs in pro-ka-
ryotes: here, there and everywhere // Mol. Micro-
biol. – 2009. – 74, ¹ 2. – P. 261–269.
4. Klinkert B., Narberhaus F. Microbial thermosensors //
Cell Mol. Life Sci. – 2009. – 66, ¹ 16. – P. 2661–
2676.
5. Morita M.T. Translational induction of heat shock
transcription factor r32: evidence for a built-in RNA
thermosensor // Genes Dev. – 1999. – 13, ¹ 6. –
P. 655-665.
6. Lybecker M.C., Samuels D.S. Temperature-induced
regulation of RpoS by a small RNA in Borrelia
burgdorferi // Mol. Microbiol. – 2007. – 64, ¹ 4. –
P. 1075–1089.
7. Waldminghaus T., Fippinger A., Alfsmann J., Narber-
haus F. RNA thermometers are common in alpha- and
gamma-proteobacteria // Biol. Chem. – 2005. – 386,
¹ 12. – P. 1279–1286.
8. Waldminghaus T., Heidrich N., Brantl S., Narber-
haus F. FourU: a novel type of RNA thermometer
in Salmonella // Mol. Microbiol. – 2007. – 65,
¹ 2. – P. 413–424.
9. Hoe N.P., Goguen J.D. Temperature sensing in Yer-
sinia pestis: translation of the LcrF activator protein
21
Ïîòåíö³éí³ òåìïåðàòóðíî-÷óòëèâ³ ðèáîïåðåìèêà÷³ â ãåíîì³ ñàëüìîíåë
ISSN 0564–3783. Öèòîëîãèÿ è ãåíåòèêà. 2013. Ò. 47. ¹ 5
is thermally regulated // J. Bacteriol. – 1993. – 175,
¹ 24. – P. 7901–7909.
10. Waldminghaus T., Gaubig L.C., Narberhaus F. Geno-
mewide bioinformatic prediction and experimental
evaluation of potential RNA thermometers // Mol.
Genet. Genom. – 2007. – 278. – P. 555–564.
11. Neupert J., Karcher D., Bock R. Design of simple
synthetic RNA thermometers for temperature-cont-
rolled gene expression in Escherichia coli // Nucl.
Acids Res. – 2008. – 36, ¹ 19. – P. e124.
12. Wieland M., Hartig J.S. RNA quadruplex-based
modulation of gene expression // Chem. Biol. –
2007. – 14, ¹ 7. – Ð. 757–763.
13. UNAFold: software for nucleic acid folding and
hybridization http://mfold.bioinfo.rpi.edu/cgi-bin/rna-
form1.cgi.
14. Áðîäñêèé Ë.È., Äðà÷åâ À.Ë., Òàòóçîâ Ð.Ë., ×óìà-
êîâ Ê.Ì. Ïàêåò ïðèêëàäíûõ ïðîãðàìì äëÿ àíàëèçà
ïîñëåäîâàòåëüíîñòåé áèîïîëèìåðîâ: GeneBee //
Biopolym. Cell. – 1991. – 7. – Ñ. 10–14.
15. Limanskaya O., Limanskii A. Imaging compaction of
single supercoiled DNA molecules by atomic force
microscopy // General Physiol. and Biophys. –
2008. – 27, ¹ 4. – P. 322–337.
16. Waldminghaus T., Fippinger A., Alfsmann J., Narber-
haus F. RNA thermometers are common in - and
-proteobacteria // Biol. Chem. – 2005. – 386. –
P. 1279–1286.
17. Ñïèðèí À.Ñ. Ìîëåêóëÿðíàÿ áèîëîãèÿ. Ñòðóêòóðà
ðèáîñîìû è áèîñèíòåç áåëêà. – Ì.: Âûñø. øê.,
1986. – 303 ñ.
18. Chowdhury S., Maris C., Allain F.H., Narberhaus F.
Molecular basis for temperature sensing by an RNA
thermometer // EMBO J. – 2006. – 25, ¹ 11. –
P. 2487–2497.
19. Lilley D. Hairpin-loop formation by inverted repeats
in supercoiled DNA molecules // Proc. Nat. Acad.
Sci. USA. – 1980. – 77, ¹ 11. – Ð. 6468–6472.
20. Sinden R., Pettijohn D. Cruciform transitions in
DNA // J. Biol. Chem. – 1984. – 259, ¹ 10. –
Ð. 6593–6600.
21. Lyamichev V., Panyutin I., Mirkin S. The absence
of cruciform structures from pAO3 plasmid DNA in
vivo // J. Biomol. Struct. and Dyn. – 1984. – 2,
¹ 2. – Ð. 291–301.
22. Bevilacqua P.C., Blose J.M. Structures, kinetics,
thermodynamics, and biological functions of RNA
hairpins // Annu. Rev. Phys. Chem. – 2008. – 58. –
P. 79–103.
23. Êàíòîð ×., Øèììåë Ï. Áèîôèçè÷åñêàÿ õèìèÿ : Ïåð.
ñ àíãë. Ò. 3. Ïîâåäåíèå áèîëîãè÷åñêèõ ìàêðî-
ìîëåêóë. – Ì.: Ìèð, 1985. – 536 ñ.
24. Antao V.P., Tinoco I.Jr. Thermodynamic parameters
for loop formation in RNA and DNA hairpin
tetraloops // Nucl. Acids Res. – 1992. – 20, ¹ 4. –
Ð. 819–824.
25. Panyutin I., Lyamichev V., Lyubchenko Y. A sharp
structural transition in pAO3 plasmid DNA caused
by increased superhelix density // FEBS Lett. –
1982. – 148, ¹ 2. – P. 297–301.
26. Panyutin I., Klishko V., Lyamichev V. Kinetics of
cruciform formation and stability of cruciform
structure in superhelical DNA // J. Biomol. Struct.
and Dyn. – 1984. – 1, ¹ 4. – P. 1311–1324.
27. Çàðóäíàÿ Ì., Ïîòÿãàéëî À., Ãîâîðóí Ä. Êîíñåð-
âàòèâíûå ñòðóêòóðíûå ìîòèâû â 3 -íåòðàíñëè-
ðóåìîé îáëàñòè ãåíîìíîé ÐÍÊ âèðóñà SARS-
CoV // Biopolym. Cell. – 2003. – 19, ¹ 3. –
Ñ. 298–303.
28. Ëèìàíñêèé À.Ï. Âèçóàëèçàöèÿ êðåñòîîáðàçíîé
ñòðóêòóðû ñóïåðñïèðàëüíîé ÄÍÊ ïîñðåäñòâîì
àòîìíî-ñèëîâîé ìèêðîñêîïèè // Áèîôèçèêà. –
2000. – 45, ¹ 6. – Ñ. 1039–1043.
29. De Smit M.H., van Duin J. Secondary structure of
the ribosome binding site determines translational
efficiency: a quantitative analysis // Proc. Nat. Acad.
Sci. USA. – 1990. – 87. – P. 7668–7672.
30. Rychlik W., Spencer W.J., Rhoads R.E. Optimization
of the annealing temperature for DNA amplification
in vitro // Nucl. Acids Res. – 1990. – 18, ¹ 21. –
Ð. 6409–6417.
31. Ëèìàíñêàÿ Î.Þ., Ëèìàíñêèé À.Ï. Âèçóàëèçàöèÿ
ýëîíãàöèîííûõ êîìïëåêñîâ Ò7 ÐÍÊ-ïîëèìåðàçû
ñ ïîìîùüþ àòîìíî-ñèëîâîé ìèêðîñêîïèè // Ìî-
ëåêóëÿð. áèîëîãèÿ. – 2008. – 42, ¹ 3. – Ñ. 533–542.
32. Ëèìàíñêàÿ Ë.À., Ëèìàíñêèé À.Ï. S-ôîðìà ÄÍÊ –
ñóïåðñïèðàëüíàÿ ÄÍÊ ñ 1.94–2.19 Å ðàññòîÿíèåì
ìåæäó ïàðàìè îñíîâàíèé âäîëü îñè äóïëåêñà //
Ìîëåêóëÿð. áèîëîãèÿ. – 2006. – 40, ¹ 1. –
Ñ. 122–136.
33. Ëèìàíñêàÿ Ë.À., Ëèìàíñêèé À.Ï. Êîìïàêòèçàöèÿ
åäèíè÷íûõ ìîëåêóë ñóïåðñïèðàëüíîé ÄÍÊ, àä-
ñîðáèðîâàííûõ íà àìèíîñëþäå // Áèîîðãàí.
õèìèÿ. – 2006. – 32, ¹ 5. – Ñ. 494–510.
34. Vicari D., Artsimovitch I. Virulence regulators RfaH
and YaeQ do not operate in the same pathway //
Mol. Genet. Genom. – 2004. – 272, ¹ 5. –
P. 489–496.
35. Johansson J., Mandin P., Renzoni A. et al. An RNA
thermosensor controls expression of virulence genes
in Listeria monocytogenes // Cell. – 2002. – 110. –
P. 551–561.
36. Lu Z., Turner D., Mathews D. A set of nearest neighbor
parameters for predicting the enthalpy change of
RNA secondary structure formation // Nucl. Acids
Res. – 2006. – 34, ¹ 17. – P. 4912–4924.
Íàä³éøëà 29.03.12
<<
/ASCII85EncodePages false
/AllowTransparency false
/AutoPositionEPSFiles true
/AutoRotatePages /None
/Binding /Left
/CalGrayProfile (Dot Gain 20%)
/CalRGBProfile (sRGB IEC61966-2.1)
/CalCMYKProfile (U.S. Web Coated \050SWOP\051 v2)
/sRGBProfile (sRGB IEC61966-2.1)
/CannotEmbedFontPolicy /Error
/CompatibilityLevel 1.4
/CompressObjects /Tags
/CompressPages true
/ConvertImagesToIndexed true
/PassThroughJPEGImages true
/CreateJobTicket false
/DefaultRenderingIntent /Default
/DetectBlends true
/DetectCurves 0.0000
/ColorConversionStrategy /CMYK
/DoThumbnails false
/EmbedAllFonts true
/EmbedOpenType false
/ParseICCProfilesInComments true
/EmbedJobOptions true
/DSCReportingLevel 0
/EmitDSCWarnings false
/EndPage -1
/ImageMemory 1048576
/LockDistillerParams false
/MaxSubsetPct 100
/Optimize true
/OPM 1
/ParseDSCComments true
/ParseDSCCommentsForDocInfo true
/PreserveCopyPage true
/PreserveDICMYKValues true
/PreserveEPSInfo true
/PreserveFlatness true
/PreserveHalftoneInfo false
/PreserveOPIComments false
/PreserveOverprintSettings true
/StartPage 1
/SubsetFonts true
/TransferFunctionInfo /Apply
/UCRandBGInfo /Preserve
/UsePrologue false
/ColorSettingsFile ()
/AlwaysEmbed [ true
]
/NeverEmbed [ true
]
/AntiAliasColorImages false
/CropColorImages true
/ColorImageMinResolution 300
/ColorImageMinResolutionPolicy /OK
/DownsampleColorImages true
/ColorImageDownsampleType /Bicubic
/ColorImageResolution 1200
/ColorImageDepth -1
/ColorImageMinDownsampleDepth 1
/ColorImageDownsampleThreshold 1.50000
/EncodeColorImages false
/ColorImageFilter /DCTEncode
/AutoFilterColorImages true
/ColorImageAutoFilterStrategy /JPEG
/ColorACSImageDict <<
/QFactor 0.15
/HSamples [1 1 1 1] /VSamples [1 1 1 1]
>>
/ColorImageDict <<
/QFactor 0.15
/HSamples [1 1 1 1] /VSamples [1 1 1 1]
>>
/JPEG2000ColorACSImageDict <<
/TileWidth 256
/TileHeight 256
/Quality 30
>>
/JPEG2000ColorImageDict <<
/TileWidth 256
/TileHeight 256
/Quality 30
>>
/AntiAliasGrayImages false
/CropGrayImages true
/GrayImageMinResolution 300
/GrayImageMinResolutionPolicy /OK
/DownsampleGrayImages true
/GrayImageDownsampleType /Bicubic
/GrayImageResolution 1200
/GrayImageDepth -1
/GrayImageMinDownsampleDepth 2
/GrayImageDownsampleThreshold 1.50000
/EncodeGrayImages false
/GrayImageFilter /DCTEncode
/AutoFilterGrayImages true
/GrayImageAutoFilterStrategy /JPEG
/GrayACSImageDict <<
/QFactor 0.15
/HSamples [1 1 1 1] /VSamples [1 1 1 1]
>>
/GrayImageDict <<
/QFactor 0.15
/HSamples [1 1 1 1] /VSamples [1 1 1 1]
>>
/JPEG2000GrayACSImageDict <<
/TileWidth 256
/TileHeight 256
/Quality 30
>>
/JPEG2000GrayImageDict <<
/TileWidth 256
/TileHeight 256
/Quality 30
>>
/AntiAliasMonoImages false
/CropMonoImages true
/MonoImageMinResolution 1200
/MonoImageMinResolutionPolicy /OK
/DownsampleMonoImages true
/MonoImageDownsampleType /Bicubic
/MonoImageResolution 1200
/MonoImageDepth -1
/MonoImageDownsampleThreshold 1.50000
/EncodeMonoImages false
/MonoImageFilter /CCITTFaxEncode
/MonoImageDict <<
/K -1
>>
/AllowPSXObjects false
/CheckCompliance [
/None
]
/PDFX1aCheck false
/PDFX3Check false
/PDFXCompliantPDFOnly false
/PDFXNoTrimBoxError true
/PDFXTrimBoxToMediaBoxOffset [
0.00000
0.00000
0.00000
0.00000
]
/PDFXSetBleedBoxToMediaBox true
/PDFXBleedBoxToTrimBoxOffset [
0.00000
0.00000
0.00000
0.00000
]
/PDFXOutputIntentProfile (None)
/PDFXOutputConditionIdentifier ()
/PDFXOutputCondition ()
/PDFXRegistryName ()
/PDFXTrapped /False
/CreateJDFFile false
/Description <<
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
/BGR <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>
/CHS <FEFF4f7f75288fd94e9b8bbe5b9a521b5efa7684002000410064006f006200650020005000440046002065876863900275284e8e9ad88d2891cf76845370524d53705237300260a853ef4ee54f7f75280020004100630072006f0062006100740020548c002000410064006f00620065002000520065006100640065007200200035002e003000204ee553ca66f49ad87248672c676562535f00521b5efa768400200050004400460020658768633002>
/CHT <FEFF4f7f752890194e9b8a2d7f6e5efa7acb7684002000410064006f006200650020005000440046002065874ef69069752865bc9ad854c18cea76845370524d5370523786557406300260a853ef4ee54f7f75280020004100630072006f0062006100740020548c002000410064006f00620065002000520065006100640065007200200035002e003000204ee553ca66f49ad87248672c4f86958b555f5df25efa7acb76840020005000440046002065874ef63002>
/CZE <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>
/DAN <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>
/DEU <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>
/ESP <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>
/ETI <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>
/FRA <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>
/GRE <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>
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
/HRV (Za stvaranje Adobe PDF dokumenata najpogodnijih za visokokvalitetni ispis prije tiskanja koristite ove postavke. Stvoreni PDF dokumenti mogu se otvoriti Acrobat i Adobe Reader 5.0 i kasnijim verzijama.)
/HUN <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>
/ITA <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>
/JPN <FEFF9ad854c18cea306a30d730ea30d730ec30b951fa529b7528002000410064006f0062006500200050004400460020658766f8306e4f5c6210306b4f7f75283057307e305930023053306e8a2d5b9a30674f5c62103055308c305f0020005000440046002030d530a130a430eb306f3001004100630072006f0062006100740020304a30883073002000410064006f00620065002000520065006100640065007200200035002e003000204ee5964d3067958b304f30533068304c3067304d307e305930023053306e8a2d5b9a306b306f30d530a930f330c8306e57cb30818fbc307f304c5fc59808306730593002>
/KOR <FEFFc7740020c124c815c7440020c0acc6a9d558c5ec0020ace0d488c9c80020c2dcd5d80020c778c1c4c5d00020ac00c7a50020c801d569d55c002000410064006f0062006500200050004400460020bb38c11cb97c0020c791c131d569b2c8b2e4002e0020c774b807ac8c0020c791c131b41c00200050004400460020bb38c11cb2940020004100630072006f0062006100740020bc0f002000410064006f00620065002000520065006100640065007200200035002e00300020c774c0c1c5d0c11c0020c5f40020c2180020c788c2b5b2c8b2e4002e>
/LTH <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>
/LVI <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>
/NLD (Gebruik deze instellingen om Adobe PDF-documenten te maken die zijn geoptimaliseerd voor prepress-afdrukken van hoge kwaliteit. De gemaakte PDF-documenten kunnen worden geopend met Acrobat en Adobe Reader 5.0 en hoger.)
/NOR <FEFF004200720075006b00200064006900730073006500200069006e006e007300740069006c006c0069006e00670065006e0065002000740069006c002000e50020006f0070007000720065007400740065002000410064006f006200650020005000440046002d0064006f006b0075006d0065006e00740065007200200073006f006d00200065007200200062006500730074002000650067006e0065007400200066006f00720020006600f80072007400720079006b006b0073007500740073006b00720069006600740020006100760020006800f800790020006b00760061006c0069007400650074002e0020005000440046002d0064006f006b0075006d0065006e00740065006e00650020006b0061006e002000e50070006e00650073002000690020004100630072006f00620061007400200065006c006c00650072002000410064006f00620065002000520065006100640065007200200035002e003000200065006c006c00650072002000730065006e006500720065002e>
/POL <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>
/PTB <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>
/RUM <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>
/RUS <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>
/SKY <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>
/SLV <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>
/SUO <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>
/SVE <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>
/TUR <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>
/UKR <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>
/ENU (Use these settings to create Adobe PDF documents best suited for high-quality prepress printing. Created PDF documents can be opened with Acrobat and Adobe Reader 5.0 and later.)
>>
/Namespace [
(Adobe)
(Common)
(1.0)
]
/OtherNamespaces [
<<
/AsReaderSpreads false
/CropImagesToFrames true
/ErrorControl /WarnAndContinue
/FlattenerIgnoreSpreadOverrides false
/IncludeGuidesGrids false
/IncludeNonPrinting false
/IncludeSlug false
/Namespace [
(Adobe)
(InDesign)
(4.0)
]
/OmitPlacedBitmaps false
/OmitPlacedEPS false
/OmitPlacedPDF false
/SimulateOverprint /Legacy
>>
<<
/AddBleedMarks false
/AddColorBars false
/AddCropMarks false
/AddPageInfo false
/AddRegMarks false
/ConvertColors /ConvertToCMYK
/DestinationProfileName ()
/DestinationProfileSelector /DocumentCMYK
/Downsample16BitImages true
/FlattenerPreset <<
/PresetSelector /MediumResolution
>>
/FormElements false
/GenerateStructure false
/IncludeBookmarks false
/IncludeHyperlinks false
/IncludeInteractive false
/IncludeLayers false
/IncludeProfiles false
/MultimediaHandling /UseObjectSettings
/Namespace [
(Adobe)
(CreativeSuite)
(2.0)
]
/PDFXOutputIntentProfileSelector /DocumentCMYK
/PreserveEditing true
/UntaggedCMYKHandling /LeaveUntagged
/UntaggedRGBHandling /UseDocumentProfile
/UseDocumentBleed false
>>
]
>> setdistillerparams
<<
/HWResolution [2400 2400]
/PageSize [612.000 792.000]
>> setpagedevice
|
| id | nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-126590 |
| institution | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| issn | 0564-3783 |
| language | Ukrainian |
| last_indexed | 2025-12-07T18:46:00Z |
| publishDate | 2013 |
| publisher | Інститут клітинної біології та генетичної інженерії НАН України |
| record_format | dspace |
| spelling | Лиманська, О.Ю. Муртазаєва, Л.О. Лиманський, О.П. 2017-11-27T19:31:38Z 2017-11-27T19:31:38Z 2013 Потенційні температурно-чутливі рибоперемикачі в геномі сальмонел / О.Ю. Лиманська, Л.О. Муртазаєва, О.П. Лиманський // Цитология и генетика. — 2013. — Т. 47, № 5. — С. 12-21. — Бібліогр.: 36 назв. — укр. 0564-3783 DOI: 10.3103/S009545271305006X https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/126590 579.842.14 : 577.213.216 На цей час відомо низку температурно-чутливих елементів – РНК-термометрів, що відрізняються структурно та функціонально, – які контролюють розмаїття біологічних процесів бактерій, включаючи вірулентність. Відомі РНК-термометри є структурами, що являють собою або одну протяжну шпилькову структуру, або декілька шпильок, які можуть бути як досконалими, так і недосконалими. На основі комп’ютерного та термодинамічного аналізів повністю секвенованих геномів 25 ізолятів Salmonella enterica встановлено алгоритм та критерії пошуку потенційних РНК-термометрів, що дозволить в подальшому провести пошук потенційних РНК-термометрів в геномі інших соціально значимих патогенів. Для S. enterica на додаток до відомого 4U-РНК-термометра визначено чотири шпилькові структури, які можуть бути новими РНК-термометрами. Вони відповідають необхідним та достатнім умовам утворення РНК-термометрів та є висококонсервативними неканонічними структурами, оскільки присутні в геномі всіх досліджених ізолятів S. enterica. Проаналізовано температурно-чутливий мотив в плазміді pXO1 збудника сибірки Bacillus anthracis, а досконалі шпильки, що утворюють хрестоподібну структуру в суперспіральній плазміді pUC8, візуалізовано за допомогою атомно-силової мікроскопії. В настоящее время известен ряд структурно и функционально отличающихся температурочувствительных элементов – РНК-термометров, которые контролируют разнообразие биологических процессов бактерий, включая вирулентность. Известные РНК-термометры являются структурами, представляющими или одну протяженную шпилечную структуру, или несколько шпилек, которые могут быть как совершенными, так и несовершенными. На основе компьютерного и термодинамического анализов полностью секвенированных геномов 25 изолятов Salmonella enterica установлены алгоритмы и критерии поиска потенциальных РНК-термометров, что позволит в дальнейшем провести поиск потенциальных РНК-термометров в геноме других социально значимых патогенов. Для S. enterica в дополнение к известному 4U-РНК-термометру определены четыре шпилечные структуры (две из них локализованы в 5′-нетранслируемой области регуляторов вирулентности gltB и yaeQ), которые могут быть новыми РНК-термометрами. Они соответствуют необходимым и достаточным условиям образования РНК-термометров и являются высоко-консервативными неканоническими структурами, поскольку присутствуют в геноме всех исследованных изолятов S. enterica. Совершенные шпильки, образующие крестообразную структуру в суперспиральной плазмиде pUC8, визуализированы посредством атомно-силовой микроскопии. Currently, a number of structurally and functionally different temperature-sensitive elements like as RNA thermometers which control a variety of biological processes of bacteria, including virulence, are known. Well-known RNA thermometers correspond to one long step-loop structure or few hairpins which can be matched or mismatched. Based on the computer and thermodynamical analysis of 25 isolates of Salmonella enterica with complete genome, algorithm and the criteria of search for putative RNA thermometers were developed. It will permit to perform the search of potential riboswitchers in genome of socially significant pathogens in the future. For S. enterica, in addition to well-known 4U RNA thermometer, four step-loop structures that may be new RNA thermometers were identified and two of them are localized in 5'-UTR of virulence regulators gltB and yaeQ. They correspond to necessary and sufficient conditions of RNA thermometer formation as far as these highly conservative structures are found in genome of all 25 isolates of S. enterica. Matched hairpins forming cruciform structure in supercoiled pUC8 plasmid were visualized by atomic force microscopy. Роботу частково підтримано Національною академією медичних наук України (грант АМН 95/2010). Автори висловлюють подяку рецензенту за критичні зауваження, ідеї та пропозиції, спрямовані на поліпшення статті. uk Інститут клітинної біології та генетичної інженерії НАН України Цитология и генетика Оригинальные работы Потенційні температурно-чутливі рибоперемикачі в геномі сальмонел Потенциальные термочувствительные рибопереключатели в геноме сальмонелл Potential thermosensitive riboswitches in the genome of Salmonella Article published earlier |
| spellingShingle | Потенційні температурно-чутливі рибоперемикачі в геномі сальмонел Лиманська, О.Ю. Муртазаєва, Л.О. Лиманський, О.П. Оригинальные работы |
| title | Потенційні температурно-чутливі рибоперемикачі в геномі сальмонел |
| title_alt | Потенциальные термочувствительные рибопереключатели в геноме сальмонелл Potential thermosensitive riboswitches in the genome of Salmonella |
| title_full | Потенційні температурно-чутливі рибоперемикачі в геномі сальмонел |
| title_fullStr | Потенційні температурно-чутливі рибоперемикачі в геномі сальмонел |
| title_full_unstemmed | Потенційні температурно-чутливі рибоперемикачі в геномі сальмонел |
| title_short | Потенційні температурно-чутливі рибоперемикачі в геномі сальмонел |
| title_sort | потенційні температурно-чутливі рибоперемикачі в геномі сальмонел |
| topic | Оригинальные работы |
| topic_facet | Оригинальные работы |
| url | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/126590 |
| work_keys_str_mv | AT limansʹkaoû potencíinítemperaturnočutlivíriboperemikačívgenomísalʹmonel AT murtazaêvalo potencíinítemperaturnočutlivíriboperemikačívgenomísalʹmonel AT limansʹkiiop potencíinítemperaturnočutlivíriboperemikačívgenomísalʹmonel AT limansʹkaoû potencialʹnyetermočuvstvitelʹnyeribopereklûčatelivgenomesalʹmonell AT murtazaêvalo potencialʹnyetermočuvstvitelʹnyeribopereklûčatelivgenomesalʹmonell AT limansʹkiiop potencialʹnyetermočuvstvitelʹnyeribopereklûčatelivgenomesalʹmonell AT limansʹkaoû potentialthermosensitiveriboswitchesinthegenomeofsalmonella AT murtazaêvalo potentialthermosensitiveriboswitchesinthegenomeofsalmonella AT limansʹkiiop potentialthermosensitiveriboswitchesinthegenomeofsalmonella |