Структурные механизмы взаимодействия цианоакрилатов с тубулином растений
Структурные механизмы, обусловливающие специфическое связывание соединений цианоакрилатной природы тубулином высших растений, исследованы на примере взаимодействия этил-(2Z)-3-амино-2-циано-4-этилгекса-2-еноата (СА1) и изопропил-(2Z)-3-амино-2-циано-4-этилгекса-2-еноата (СА2) с α-тубулином Arabidops...
Gespeichert in:
| Veröffentlicht in: | Цитология и генетика |
|---|---|
| Datum: | 2014 |
| Hauptverfasser: | , |
| Format: | Artikel |
| Sprache: | Russian |
| Veröffentlicht: |
Інститут клітинної біології та генетичної інженерії НАН України
2014
|
| Schlagworte: | |
| Online Zugang: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/126613 |
| Tags: |
Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
|
| Назва журналу: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Zitieren: | Структурные механизмы взаимодействия цианоакрилатов с тубулином растений / А.Ю. Ныпорко, Я.Б. Блюм // Цитология и генетика. — 2014. — Т. 48, № 1. — С. 10-17. — Бібліогр.: 31 назв. — рос. |
Institution
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| id |
nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-126613 |
|---|---|
| record_format |
dspace |
| spelling |
Ныпорко, А.Ю. Блюм, Я.Б. 2017-11-28T19:10:38Z 2017-11-28T19:10:38Z 2014 Структурные механизмы взаимодействия цианоакрилатов с тубулином растений / А.Ю. Ныпорко, Я.Б. Блюм // Цитология и генетика. — 2014. — Т. 48, № 1. — С. 10-17. — Бібліогр.: 31 назв. — рос. 0564-3783 DOI: 10.3103/S009545271401006X https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/126613 577.322.4: 5: 7+576.311.348.7 Структурные механизмы, обусловливающие специфическое связывание соединений цианоакрилатной природы тубулином высших растений, исследованы на примере взаимодействия этил-(2Z)-3-амино-2-циано-4-этилгекса-2-еноата (СА1) и изопропил-(2Z)-3-амино-2-циано-4-этилгекса-2-еноата (СА2) с α-тубулином Arabidopsis thaliana. Выявлено, что цианогруппа в составе цианоакрилатов является функциональным аналогом нитрильной группы, определяющей процессы специфического взаимодействия с тубулином растений у динитроанилиновых соединений. На основании данных флуктуации пространственной структуры, динамики водородных связей и энергии взаимодействия СА1 и СА2 выявлен наиболее вероятный тип связывания этих соединений с растительным α-тубулином и охарактеризован соответствующий сайт взаимодействия. При этом 7 из 10 остатков в составе этого сайта (Глн-133, Асн-249, Вал-250, Асп-251, Вал-252, Асн-253 и Глу-254) являются облигатными компоненттами сайта связывания динитроанилинов на поверхности α-тубулина растений. Таким образом, охарактеризованный нами сайт связывания на поверхности α-тубулина способен распознавать и специфически связывать вещества, кардинально отличные по своей химической природе и не имеющие общих фармакофорных групп, при условии определенного сходства их электростатической топологии. The structural mechanisms underlying the specific binding of cyanoacrylate compounds with tubulin of higher plants have been studied by the example of the interaction of ethyl-(2Z)-3-amino-2-cyano-4-ethylhex-2-enoate (CA1) and isopropyl-(2Z)-3-amino-2-cyano-4-ethylhex-2-enoate (CA2) with Arabidopsis thaliana α-tubulin. It was revealed that the cyano group of cyanoacrylates is a functional analogue of the nitrile group, which determines the processes of specific interaction with plant tubulin for dinitroaniline compounds. Based on data on spatial structure fluctuations, the dynamics of hydrogen bonds and the interaction energy of CA1 and CA2 (the most probable binding mode for these compounds with plant α-tubulin) was identified and the appropriate site of interaction was characterized. Seven out of ten residues composing this site (Gln-133, Asn-249, Val-250, Asp-251, Val-252, Asn-253, and Glu-254) are obligatory components of dinitroanilines’ binding site on the plant α-tubulin surface. Thus, the binding site on the α-tubulin surface characterized by us is able to recognize and specifically bind substances, which are cardinally different by their chemical nature and have no common pharmacophore groups, under the condition of a certain similarity of their electrostatic topology. ru Інститут клітинної біології та генетичної інженерії НАН України Цитология и генетика Оригинальные работы Структурные механизмы взаимодействия цианоакрилатов с тубулином растений Structural mechanisms of interaction of cyanolcrylates with plant tubulin Article published earlier |
| institution |
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| collection |
DSpace DC |
| title |
Структурные механизмы взаимодействия цианоакрилатов с тубулином растений |
| spellingShingle |
Структурные механизмы взаимодействия цианоакрилатов с тубулином растений Ныпорко, А.Ю. Блюм, Я.Б. Оригинальные работы |
| title_short |
Структурные механизмы взаимодействия цианоакрилатов с тубулином растений |
| title_full |
Структурные механизмы взаимодействия цианоакрилатов с тубулином растений |
| title_fullStr |
Структурные механизмы взаимодействия цианоакрилатов с тубулином растений |
| title_full_unstemmed |
Структурные механизмы взаимодействия цианоакрилатов с тубулином растений |
| title_sort |
структурные механизмы взаимодействия цианоакрилатов с тубулином растений |
| author |
Ныпорко, А.Ю. Блюм, Я.Б. |
| author_facet |
Ныпорко, А.Ю. Блюм, Я.Б. |
| topic |
Оригинальные работы |
| topic_facet |
Оригинальные работы |
| publishDate |
2014 |
| language |
Russian |
| container_title |
Цитология и генетика |
| publisher |
Інститут клітинної біології та генетичної інженерії НАН України |
| format |
Article |
| title_alt |
Structural mechanisms of interaction of cyanolcrylates with plant tubulin |
| description |
Структурные механизмы, обусловливающие специфическое связывание соединений цианоакрилатной природы тубулином высших растений, исследованы на примере взаимодействия этил-(2Z)-3-амино-2-циано-4-этилгекса-2-еноата (СА1) и изопропил-(2Z)-3-амино-2-циано-4-этилгекса-2-еноата (СА2) с α-тубулином Arabidopsis thaliana. Выявлено, что цианогруппа в составе цианоакрилатов является функциональным аналогом нитрильной группы, определяющей процессы специфического взаимодействия с тубулином растений у динитроанилиновых соединений. На основании данных флуктуации пространственной структуры, динамики водородных связей и энергии взаимодействия СА1 и СА2 выявлен наиболее вероятный тип связывания этих соединений с растительным α-тубулином и охарактеризован соответствующий сайт взаимодействия. При этом 7 из 10 остатков в составе этого сайта (Глн-133, Асн-249, Вал-250, Асп-251, Вал-252, Асн-253 и Глу-254) являются облигатными компоненттами сайта связывания динитроанилинов на поверхности α-тубулина растений. Таким образом, охарактеризованный нами сайт связывания на поверхности α-тубулина способен распознавать и специфически связывать вещества, кардинально отличные по своей химической природе и не имеющие общих фармакофорных групп, при условии определенного сходства их электростатической топологии.
The structural mechanisms underlying the specific binding of cyanoacrylate compounds with tubulin of higher plants have been studied by the example of the interaction of ethyl-(2Z)-3-amino-2-cyano-4-ethylhex-2-enoate (CA1) and isopropyl-(2Z)-3-amino-2-cyano-4-ethylhex-2-enoate (CA2) with Arabidopsis thaliana α-tubulin. It was revealed that the cyano group of cyanoacrylates is a functional analogue of the nitrile group, which determines the processes of specific interaction with plant tubulin for dinitroaniline compounds. Based on data on spatial structure fluctuations, the dynamics of hydrogen bonds and the interaction energy of CA1 and CA2 (the most probable binding mode for these compounds with plant α-tubulin) was identified and the appropriate site of interaction was characterized. Seven out of ten residues composing this site (Gln-133, Asn-249, Val-250, Asp-251, Val-252, Asn-253, and Glu-254) are obligatory components of dinitroanilines’ binding site on the plant α-tubulin surface. Thus, the binding site on the α-tubulin surface characterized by us is able to recognize and specifically bind substances, which are cardinally different by their chemical nature and have no common pharmacophore groups, under the condition of a certain similarity of their electrostatic topology.
|
| issn |
0564-3783 |
| url |
https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/126613 |
| citation_txt |
Структурные механизмы взаимодействия цианоакрилатов с тубулином растений / А.Ю. Ныпорко, Я.Б. Блюм // Цитология и генетика. — 2014. — Т. 48, № 1. — С. 10-17. — Бібліогр.: 31 назв. — рос. |
| work_keys_str_mv |
AT nyporkoaû strukturnyemehanizmyvzaimodeistviâcianoakrilatovstubulinomrastenii AT blûmâb strukturnyemehanizmyvzaimodeistviâcianoakrilatovstubulinomrastenii AT nyporkoaû structuralmechanismsofinteractionofcyanolcrylateswithplanttubulin AT blûmâb structuralmechanismsofinteractionofcyanolcrylateswithplanttubulin |
| first_indexed |
2025-12-01T13:22:24Z |
| last_indexed |
2025-12-01T13:22:24Z |
| _version_ |
1850860312437194752 |