P element temperature-specific transposition: a model for possible regulation of mobile elements activity by pre-mRNA secondary structure

P element temperature-specific transposition: a model for possible regulation of mobile elements activity by pre-mRNA secondary structure

P element is a DNA transposon, known to spread in genome using transposase activity. Its activity is tissue-specific and normally observed at high temperatures within 24°C to 29°C. Here, we present a predicted RNA secondary structure domain of P element pre-mRNA which could potentially regulate the...

Ausführliche Beschreibung

Gespeichert in:
Bibliographische Detailangaben
Veröffentlicht in:Цитология и генетика
Datum:2014
Hauptverfasser: Gultyaev, A., Redchuk, T., Korolova, A., Kozeretska, I.P
Format: Artikel
Sprache:English
Veröffentlicht: Інститут клітинної біології та генетичної інженерії НАН України 2014
Schlagworte:
Оригинальные работы
Online Zugang:https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/126673
Tags: Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
Назва журналу:Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
Zitieren:P element temperature-specific transposition: a model for possible regulation of mobile elements activity by pre-mRNA secondary structure / A. Gultyaev, T. Redchuk, A. Korolova, I.P Kozeretska // Цитология и генетика. — 2014. — Т. 48, № 6. — С. 40-44. — Бібліогр.: 30 назв. — англ.

Institution

Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
id nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-126673
record_format dspace
spelling Gultyaev, A.
Redchuk, T.
Korolova, A.
Kozeretska, I.P
2017-12-01T12:30:03Z
2017-12-01T12:30:03Z
2014
P element temperature-specific transposition: a model for possible regulation of mobile elements activity by pre-mRNA secondary structure / A. Gultyaev, T. Redchuk, A. Korolova, I.P Kozeretska // Цитология и генетика. — 2014. — Т. 48, № 6. — С. 40-44. — Бібліогр.: 30 назв. — англ.
0564-3783
DOI: 10.3103/S009545271406005X
https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/126673
P element is a DNA transposon, known to spread in genome using transposase activity. Its activity is tissue-specific and normally observed at high temperatures within 24°C to 29°C. Here, we present a predicted RNA secondary structure domain of P element pre-mRNA which could potentially regulate the temperature sensitivity of the P element activity. In canonical P elements, the structure is a small hairpin with double-helical part interrupted by a symmetric loop and a mismatch. In M type P elements, the A.A mismatch is substituted by an A-U base pair, stabilizing the structure. The hairpin structure covers the region involving the IVS-3 5′ splice site and both pseudo-splice sites F1 and F2. While the IVS-3 and F1 binding sites of U1 snRNA are located in the double-stranded part of the structure, the F2 site is exposed in the hairpin loop. The formation of this structure may interfere with landing of U1 snRNA on IVS-3 site, while F2 is positioned for the interaction. Alignment of P element sequences supports the proposed existence of the hairpin, showing high similarity for this region. The hairpin structure, stable at low temperatures, may prevent correct IVS-3 splicing. Conversely, temperature-induced destabilization of the hairpin structure may result in the splicing at the proper IVS-3 splice site. Taking into account the increasing amount of data demonstrating the important influence of RNA folding on phenotypes determined by alternative splicing a model for possible regulation of the activity of mobile elements by pre-mRNA secondary structure seems intriguing.
Предсказана вторичная структура пре-мРНК P-элемента, которая, возможно, регулирует его активность и температурную чувствительность. Структура представляет собой шпильку, более стабильную в Р-элементах М-типа, в сравнении с каноническими. Регион, образующий шпильку, находится в области 5’ сайта сплайсинга третьего интрона (IVS-3), включая оба описанных псевдо-сайта сплайсинга - F1 и F2. В то время как истинный сайт и F1 расположены, главным образом, в двухцепочечной области шпильки, F2 - экспонирован в петле. Выравнивание последовательностей Р-элементов продемонстрировало высокую степень сходства для указанного региона, что свидетельствует в пользу существования предсказанной структуры. Формирование шпильки, по нашему мнению, может препятствовать связыванию U1 snRNA с истинным сайтом сплайсинга, и, напротив, индуцированная температурой дестабилизация шпильки может приводить к корректному сплайсингу IVS-3. Таким образом, предложена гипотеза о влиянии вторичной структуры пре-мРНК мобильного элемента на его активность.
Передбачена вторинна структура пре-мРНК Р-елемента, що, можливо, регулює його активність та температурну чутливість. Структура являє собою шпильку, більш стабільну у Р-елементах М-типу, порівняно з канонічними. Регіон, що утворює шпильку розташований в області 5’ сайта сплайсинга третього інтрону (IVS-3), включає обидва відомих псевдо-сайта сплайсингу - F1 та F2. При цьому 5’ сайт сплайсингу IVS-3 та F1псевдо-сайт знаходяться у дволанцюговій частині шпильки, а F2 є єкспонованим у петлі. Вирівнювання послідовностей Р-елементів продемонструвало високий рівень подібності для вказаного регіону, що свідчить на користь існування передбаченої структури. Формування шпильки, на нашу думку, може перешкоджати зв’язуванню U1 snRNA з 5’ сайтом сплайсингу IVS-3, і, навпаки, індукована температурою дестабілізація шпильки може сприяти корректному сплайсингу третього інтрону. Таким чином, запропонована гіпотеза про вплив вторинної структури пре-мРНК мобільного елементу на його активність.
en
Інститут клітинної біології та генетичної інженерії НАН України
Цитология и генетика
Оригинальные работы
P element temperature-specific transposition: a model for possible regulation of mobile elements activity by pre-mRNA secondary structure
Температурозависимая транспозиция р элемента: модель регуляции активности мобильных элементов вторичной структурой пре-мРНК
Article
published earlier
institution Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
collection DSpace DC
title P element temperature-specific transposition: a model for possible regulation of mobile elements activity by pre-mRNA secondary structure
spellingShingle P element temperature-specific transposition: a model for possible regulation of mobile elements activity by pre-mRNA secondary structure
Gultyaev, A.
Redchuk, T.
Korolova, A.
Kozeretska, I.P
Оригинальные работы
title_short P element temperature-specific transposition: a model for possible regulation of mobile elements activity by pre-mRNA secondary structure
title_full P element temperature-specific transposition: a model for possible regulation of mobile elements activity by pre-mRNA secondary structure
title_fullStr P element temperature-specific transposition: a model for possible regulation of mobile elements activity by pre-mRNA secondary structure
title_full_unstemmed P element temperature-specific transposition: a model for possible regulation of mobile elements activity by pre-mRNA secondary structure
title_sort p element temperature-specific transposition: a model for possible regulation of mobile elements activity by pre-mrna secondary structure
author Gultyaev, A.
Redchuk, T.
Korolova, A.
Kozeretska, I.P
author_facet Gultyaev, A.
Redchuk, T.
Korolova, A.
Kozeretska, I.P
topic Оригинальные работы
topic_facet Оригинальные работы
publishDate 2014
language English
container_title Цитология и генетика
publisher Інститут клітинної біології та генетичної інженерії НАН України
format Article
title_alt Температурозависимая транспозиция р элемента: модель регуляции активности мобильных элементов вторичной структурой пре-мРНК
description P element is a DNA transposon, known to spread in genome using transposase activity. Its activity is tissue-specific and normally observed at high temperatures within 24°C to 29°C. Here, we present a predicted RNA secondary structure domain of P element pre-mRNA which could potentially regulate the temperature sensitivity of the P element activity. In canonical P elements, the structure is a small hairpin with double-helical part interrupted by a symmetric loop and a mismatch. In M type P elements, the A.A mismatch is substituted by an A-U base pair, stabilizing the structure. The hairpin structure covers the region involving the IVS-3 5′ splice site and both pseudo-splice sites F1 and F2. While the IVS-3 and F1 binding sites of U1 snRNA are located in the double-stranded part of the structure, the F2 site is exposed in the hairpin loop. The formation of this structure may interfere with landing of U1 snRNA on IVS-3 site, while F2 is positioned for the interaction. Alignment of P element sequences supports the proposed existence of the hairpin, showing high similarity for this region. The hairpin structure, stable at low temperatures, may prevent correct IVS-3 splicing. Conversely, temperature-induced destabilization of the hairpin structure may result in the splicing at the proper IVS-3 splice site. Taking into account the increasing amount of data demonstrating the important influence of RNA folding on phenotypes determined by alternative splicing a model for possible regulation of the activity of mobile elements by pre-mRNA secondary structure seems intriguing. Предсказана вторичная структура пре-мРНК P-элемента, которая, возможно, регулирует его активность и температурную чувствительность. Структура представляет собой шпильку, более стабильную в Р-элементах М-типа, в сравнении с каноническими. Регион, образующий шпильку, находится в области 5’ сайта сплайсинга третьего интрона (IVS-3), включая оба описанных псевдо-сайта сплайсинга - F1 и F2. В то время как истинный сайт и F1 расположены, главным образом, в двухцепочечной области шпильки, F2 - экспонирован в петле. Выравнивание последовательностей Р-элементов продемонстрировало высокую степень сходства для указанного региона, что свидетельствует в пользу существования предсказанной структуры. Формирование шпильки, по нашему мнению, может препятствовать связыванию U1 snRNA с истинным сайтом сплайсинга, и, напротив, индуцированная температурой дестабилизация шпильки может приводить к корректному сплайсингу IVS-3. Таким образом, предложена гипотеза о влиянии вторичной структуры пре-мРНК мобильного элемента на его активность. Передбачена вторинна структура пре-мРНК Р-елемента, що, можливо, регулює його активність та температурну чутливість. Структура являє собою шпильку, більш стабільну у Р-елементах М-типу, порівняно з канонічними. Регіон, що утворює шпильку розташований в області 5’ сайта сплайсинга третього інтрону (IVS-3), включає обидва відомих псевдо-сайта сплайсингу - F1 та F2. При цьому 5’ сайт сплайсингу IVS-3 та F1псевдо-сайт знаходяться у дволанцюговій частині шпильки, а F2 є єкспонованим у петлі. Вирівнювання послідовностей Р-елементів продемонструвало високий рівень подібності для вказаного регіону, що свідчить на користь існування передбаченої структури. Формування шпильки, на нашу думку, може перешкоджати зв’язуванню U1 snRNA з 5’ сайтом сплайсингу IVS-3, і, навпаки, індукована температурою дестабілізація шпильки може сприяти корректному сплайсингу третього інтрону. Таким чином, запропонована гіпотеза про вплив вторинної структури пре-мРНК мобільного елементу на його активність.
issn 0564-3783
url https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/126673
citation_txt P element temperature-specific transposition: a model for possible regulation of mobile elements activity by pre-mRNA secondary structure / A. Gultyaev, T. Redchuk, A. Korolova, I.P Kozeretska // Цитология и генетика. — 2014. — Т. 48, № 6. — С. 40-44. — Бібліогр.: 30 назв. — англ.
work_keys_str_mv AT gultyaeva pelementtemperaturespecifictranspositionamodelforpossibleregulationofmobileelementsactivitybypremrnasecondarystructure
AT redchukt pelementtemperaturespecifictranspositionamodelforpossibleregulationofmobileelementsactivitybypremrnasecondarystructure
AT korolovaa pelementtemperaturespecifictranspositionamodelforpossibleregulationofmobileelementsactivitybypremrnasecondarystructure
AT kozeretskaip pelementtemperaturespecifictranspositionamodelforpossibleregulationofmobileelementsactivitybypremrnasecondarystructure
AT gultyaeva temperaturozavisimaâtranspoziciârélementamodelʹregulâciiaktivnostimobilʹnyhélementovvtoričnoistrukturoipremrnk
AT redchukt temperaturozavisimaâtranspoziciârélementamodelʹregulâciiaktivnostimobilʹnyhélementovvtoričnoistrukturoipremrnk
AT korolovaa temperaturozavisimaâtranspoziciârélementamodelʹregulâciiaktivnostimobilʹnyhélementovvtoričnoistrukturoipremrnk
AT kozeretskaip temperaturozavisimaâtranspoziciârélementamodelʹregulâciiaktivnostimobilʹnyhélementovvtoričnoistrukturoipremrnk
first_indexed 2025-12-07T17:41:47Z
last_indexed 2025-12-07T17:41:47Z
_version_ 1850872229065129984

Ähnliche Einträge