Моделирование комплексов металлотионеина МТ-2 крысы с различными ионами металлов полуэмпирическим методом PM7
Сочетание у металлотионеина (МТ) детоксикационных функций по отношению к токсичным d¹⁰-металлам (Cd, Hg) и функций направленного транспорта по отношению к эссенциальным d¹⁰-металлам (Zn, Cu), ставит на повестку дня поиск структурных предпосылок, позволяющих на молекулярном уровне проводить распознав...
Збережено в:
| Опубліковано в: : | Актуальні проблеми транспортної медицини |
|---|---|
| Дата: | 2014 |
| Автори: | , , |
| Формат: | Стаття |
| Мова: | Російська |
| Опубліковано: |
Фізико-хімічний інститут ім. О.В. Богатського НАН України
2014
|
| Теми: | |
| Онлайн доступ: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/134739 |
| Теги: |
Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
|
| Назва журналу: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Цитувати: | Моделирование комплексов металлотионеина МТ-2 крысы с различными ионами металлов полуэмпирическим методом PM7 / П.Г. Полищук, Е.Г. Пыхтеева, Т.М. Христова // Актуальні проблеми транспортної медицини. — 2014. — № 1 (35). — С. 79-86. — Бібліогр.: 11 назв. — рос. |
Репозитарії
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| _version_ | 1862712460355567616 |
|---|---|
| author | Полищук, П.Г. Пыхтеева, Е.Г. Христова, Т.М. |
| author_facet | Полищук, П.Г. Пыхтеева, Е.Г. Христова, Т.М. |
| citation_txt | Моделирование комплексов металлотионеина МТ-2 крысы с различными ионами металлов полуэмпирическим методом PM7 / П.Г. Полищук, Е.Г. Пыхтеева, Т.М. Христова // Актуальні проблеми транспортної медицини. — 2014. — № 1 (35). — С. 79-86. — Бібліогр.: 11 назв. — рос. |
| collection | DSpace DC |
| container_title | Актуальні проблеми транспортної медицини |
| description | Сочетание у металлотионеина (МТ) детоксикационных функций по отношению к токсичным d¹⁰-металлам (Cd, Hg) и функций направленного транспорта по отношению к эссенциальным d¹⁰-металлам (Zn, Cu), ставит на повестку дня поиск структурных предпосылок, позволяющих на молекулярном уровне проводить распознавание по-разному нагруженных молекул МТ, направляя их в лизосомы для утилизации и выведения в случае связывания с токсичными металлами или к рибосомам, ядру и эндоплазматическому ретикулуму в случае связывания с эссенциальными металлами. Основой для такого распознавания может являться структурное различие образуемых комплексов. Для построенных комплексов Zn₇-MT, Cd₇-MT, Hg₇ -MT была проведена оптимизация их геометрии с помощью полуэмпирического квантово-химического пакета MOPAC® методом PM7 с учетом воды как растворителя в виде континуальной модели COSMO. В качестве исходного был выбран металотионенин-2 (МТ-2) крысы, для которого имеются данные рентгеноструктурного анализа и 3D структура которого свободно доступна в ProteinDataBank под кодом 4MT2. Сравнение комплексов Zn₇-MT, Cd₇-MT, Hg₇ -MT показывает их структурную близость, при наличии областей, в которых существуют значительные отличия, которые, вероятно, могут быть основой для внутриклеточного распознавания и транспорта по-разному нагруженных комплексов в соответствующие компартменты для выведения (в случае токсичных металлов) или использования (в случае цинка).
Поєднання у металотіонеїні (МТ) детоксикаційних функцій по відношенню
до токсичних d¹⁰- металів (Cd, Hg) і
функцій спрямованого транспорту по
відношенню до есенціальних d¹⁰-металів
(Zn, Cu), ставить на порядок денний пошук структурних передумов, що дозволяють на молекулярному рівні проводити розпізнавання по-різному навантажених молекул МТ, направляючи їх в лізосоми для утилізації та виведення у разі
зв’язування з токсичними металами або
до рибосом, ядра і ендоплазматичного
ретикулуму у разі зв’язування з ессенціальними металами. Основою для такого
розпізнавання може бути структурна
відмінність утворених комплексів. Для
побудованих комплексів Zn₇-MT, Cd₇-MT,
Hg₇ -MT була проведена оптимізація їх
геометрії за допомогою напівемпіричного квантово-хімічного пакету MOPAC®
методом PM7 з урахуванням води як
розчинника у вигляді континуальної моделі COSMO. В якості вихідного був обраний металотіонеїн-2 (МТ-2) щури, для
якого є дані рентгеноструктурного аналізу і 3D структура якого вільно доступна в ProteinDataBank під кодом 4MT2. Порівняння комплексів Zn₇-MT, Cd₇-MT,
Hg₇ -MT показує їх структурну близькість, при
наявності областей, в яких існують значні
відмінності, які, ймовірно, можуть бути
основою для внутрішньоклітинного розпізнавання і транспорту по-різному навантажених комплексів у відповідні компартменти для виведення (у разі токсичних металів) або використання (у разі
цинку).
Nowadays it is urgent to consider the
combination of the metallothionein‘s (MT)
detoxification functions relatively to the
toxic d – 10 — metals (Cd, Hg) and
functions of the directed transportation
relatively to the essential d 10 –metals (Zn,
Cu) that puts on the agenda the research
of structural conditions, which allow to
recognize on the molecular level the
differently loaded molecules MT, directing
them into the lysosomes for the utilization
and excretion in case of binding with toxic
metals or with ribosomes, nucleuses and
endoplasmic reticulum in case of binding
with essential metals. The base of such
recognition may be the structural difference
of the established complexes. For the
formed complexes Zn7-MT, Cd7-MT, Hg7-
MT has been hold an optimization of their
geometry by the aid of semi-empirical
quantum-chemical program Molecular
Orbital PACkage (MOPAC®) by the method
of PM7 considering the water as solvent in
the form of continuum model COSMO. The
metallothionein-2 (MT-2) of the rat has
been chosen as an initial, for which there
are the data of X-ray diffraction analysis and 3D structure of which is freely available in
the ProteinDataBank under the code 4MT2.
The comparison between complexes Zn7-
MT, Cd7-MT, Hg7-MT demonstrates their
structural proximity, in the presence of
areas, in which there are significant
differences that probably might be
fundamental for the intracellular recognition
and transportation of differently loaded
complexes into the appropriate compartments for the excretion (in case of
toxic metals) and usage (in case of Zinc).
|
| first_indexed | 2025-12-07T17:37:35Z |
| format | Article |
| fulltext | |
| id | nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-134739 |
| institution | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| issn | 1818-9385 |
| language | Russian |
| last_indexed | 2025-12-07T17:37:35Z |
| publishDate | 2014 |
| publisher | Фізико-хімічний інститут ім. О.В. Богатського НАН України |
| record_format | dspace |
| spelling | Полищук, П.Г. Пыхтеева, Е.Г. Христова, Т.М. 2018-06-14T07:45:56Z 2018-06-14T07:45:56Z 2014 Моделирование комплексов металлотионеина МТ-2 крысы с различными ионами металлов полуэмпирическим методом PM7 / П.Г. Полищук, Е.Г. Пыхтеева, Т.М. Христова // Актуальні проблеми транспортної медицини. — 2014. — № 1 (35). — С. 79-86. — Бібліогр.: 11 назв. — рос. 1818-9385 https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/134739 544.13 Сочетание у металлотионеина (МТ) детоксикационных функций по отношению к токсичным d¹⁰-металлам (Cd, Hg) и функций направленного транспорта по отношению к эссенциальным d¹⁰-металлам (Zn, Cu), ставит на повестку дня поиск структурных предпосылок, позволяющих на молекулярном уровне проводить распознавание по-разному нагруженных молекул МТ, направляя их в лизосомы для утилизации и выведения в случае связывания с токсичными металлами или к рибосомам, ядру и эндоплазматическому ретикулуму в случае связывания с эссенциальными металлами. Основой для такого распознавания может являться структурное различие образуемых комплексов. Для построенных комплексов Zn₇-MT, Cd₇-MT, Hg₇ -MT была проведена оптимизация их геометрии с помощью полуэмпирического квантово-химического пакета MOPAC® методом PM7 с учетом воды как растворителя в виде континуальной модели COSMO. В качестве исходного был выбран металотионенин-2 (МТ-2) крысы, для которого имеются данные рентгеноструктурного анализа и 3D структура которого свободно доступна в ProteinDataBank под кодом 4MT2. Сравнение комплексов Zn₇-MT, Cd₇-MT, Hg₇ -MT показывает их структурную близость, при наличии областей, в которых существуют значительные отличия, которые, вероятно, могут быть основой для внутриклеточного распознавания и транспорта по-разному нагруженных комплексов в соответствующие компартменты для выведения (в случае токсичных металлов) или использования (в случае цинка). Поєднання у металотіонеїні (МТ) детоксикаційних функцій по відношенню
 до токсичних d¹⁰- металів (Cd, Hg) і
 функцій спрямованого транспорту по
 відношенню до есенціальних d¹⁰-металів
 (Zn, Cu), ставить на порядок денний пошук структурних передумов, що дозволяють на молекулярному рівні проводити розпізнавання по-різному навантажених молекул МТ, направляючи їх в лізосоми для утилізації та виведення у разі
 зв’язування з токсичними металами або
 до рибосом, ядра і ендоплазматичного
 ретикулуму у разі зв’язування з ессенціальними металами. Основою для такого
 розпізнавання може бути структурна
 відмінність утворених комплексів. Для
 побудованих комплексів Zn₇-MT, Cd₇-MT,
 Hg₇ -MT була проведена оптимізація їх
 геометрії за допомогою напівемпіричного квантово-хімічного пакету MOPAC®
 методом PM7 з урахуванням води як
 розчинника у вигляді континуальної моделі COSMO. В якості вихідного був обраний металотіонеїн-2 (МТ-2) щури, для
 якого є дані рентгеноструктурного аналізу і 3D структура якого вільно доступна в ProteinDataBank під кодом 4MT2. Порівняння комплексів Zn₇-MT, Cd₇-MT,
 Hg₇ -MT показує їх структурну близькість, при
 наявності областей, в яких існують значні
 відмінності, які, ймовірно, можуть бути
 основою для внутрішньоклітинного розпізнавання і транспорту по-різному навантажених комплексів у відповідні компартменти для виведення (у разі токсичних металів) або використання (у разі
 цинку). Nowadays it is urgent to consider the
 combination of the metallothionein‘s (MT)
 detoxification functions relatively to the
 toxic d – 10 — metals (Cd, Hg) and
 functions of the directed transportation
 relatively to the essential d 10 –metals (Zn,
 Cu) that puts on the agenda the research
 of structural conditions, which allow to
 recognize on the molecular level the
 differently loaded molecules MT, directing
 them into the lysosomes for the utilization
 and excretion in case of binding with toxic
 metals or with ribosomes, nucleuses and
 endoplasmic reticulum in case of binding
 with essential metals. The base of such
 recognition may be the structural difference
 of the established complexes. For the
 formed complexes Zn7-MT, Cd7-MT, Hg7-
 MT has been hold an optimization of their
 geometry by the aid of semi-empirical
 quantum-chemical program Molecular
 Orbital PACkage (MOPAC®) by the method
 of PM7 considering the water as solvent in
 the form of continuum model COSMO. The
 metallothionein-2 (MT-2) of the rat has
 been chosen as an initial, for which there
 are the data of X-ray diffraction analysis and 3D structure of which is freely available in
 the ProteinDataBank under the code 4MT2.
 The comparison between complexes Zn7-
 MT, Cd7-MT, Hg7-MT demonstrates their
 structural proximity, in the presence of
 areas, in which there are significant
 differences that probably might be
 fundamental for the intracellular recognition
 and transportation of differently loaded
 complexes into the appropriate compartments for the excretion (in case of
 toxic metals) and usage (in case of Zinc). ru Фізико-хімічний інститут ім. О.В. Богатського НАН України Актуальні проблеми транспортної медицини Экспериментальные исследования Моделирование комплексов металлотионеина МТ-2 крысы с различными ионами металлов полуэмпирическим методом PM7 Моделювання комплексів металотіонеїну МТ-2 щура з різними іонами металів напівемпіричним методом PM7 The modeling of complexes of rat metallothionein MT-2 with the variable metal ions by the application of semi-empirical method PM7 Article published earlier |
| spellingShingle | Моделирование комплексов металлотионеина МТ-2 крысы с различными ионами металлов полуэмпирическим методом PM7 Полищук, П.Г. Пыхтеева, Е.Г. Христова, Т.М. Экспериментальные исследования |
| title | Моделирование комплексов металлотионеина МТ-2 крысы с различными ионами металлов полуэмпирическим методом PM7 |
| title_alt | Моделювання комплексів металотіонеїну МТ-2 щура з різними іонами металів напівемпіричним методом PM7 The modeling of complexes of rat metallothionein MT-2 with the variable metal ions by the application of semi-empirical method PM7 |
| title_full | Моделирование комплексов металлотионеина МТ-2 крысы с различными ионами металлов полуэмпирическим методом PM7 |
| title_fullStr | Моделирование комплексов металлотионеина МТ-2 крысы с различными ионами металлов полуэмпирическим методом PM7 |
| title_full_unstemmed | Моделирование комплексов металлотионеина МТ-2 крысы с различными ионами металлов полуэмпирическим методом PM7 |
| title_short | Моделирование комплексов металлотионеина МТ-2 крысы с различными ионами металлов полуэмпирическим методом PM7 |
| title_sort | моделирование комплексов металлотионеина мт-2 крысы с различными ионами металлов полуэмпирическим методом pm7 |
| topic | Экспериментальные исследования |
| topic_facet | Экспериментальные исследования |
| url | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/134739 |
| work_keys_str_mv | AT poliŝukpg modelirovaniekompleksovmetallotioneinamt2krysysrazličnymiionamimetallovpoluémpiričeskimmetodompm7 AT pyhteevaeg modelirovaniekompleksovmetallotioneinamt2krysysrazličnymiionamimetallovpoluémpiričeskimmetodompm7 AT hristovatm modelirovaniekompleksovmetallotioneinamt2krysysrazličnymiionamimetallovpoluémpiričeskimmetodompm7 AT poliŝukpg modelûvannâkompleksívmetalotíoneínumt2ŝurazríznimiíonamimetalívnapívempíričnimmetodompm7 AT pyhteevaeg modelûvannâkompleksívmetalotíoneínumt2ŝurazríznimiíonamimetalívnapívempíričnimmetodompm7 AT hristovatm modelûvannâkompleksívmetalotíoneínumt2ŝurazríznimiíonamimetalívnapívempíričnimmetodompm7 AT poliŝukpg themodelingofcomplexesofratmetallothioneinmt2withthevariablemetalionsbytheapplicationofsemiempiricalmethodpm7 AT pyhteevaeg themodelingofcomplexesofratmetallothioneinmt2withthevariablemetalionsbytheapplicationofsemiempiricalmethodpm7 AT hristovatm themodelingofcomplexesofratmetallothioneinmt2withthevariablemetalionsbytheapplicationofsemiempiricalmethodpm7 |