Природа ассоциации нуклеотидных оснований в воде: моделирование гидратации пиримидиновых оснований и их молекулярных ассоциатов методом Монте-Карло

Природа ассоциации нуклеотидных оснований в воде: моделирование гидратации пиримидиновых оснований и их молекулярных ассоциатов методом Монте-Карло

Представлены результаты моделирования гидратации молекул урацила и тимина, их стопкообразных димеров и водородно-связанных пар оснований методом Монте-Карло. Расчеты выполнены в кластерном приближении с использованием полуэмпирических атом-атомных потенциальных функций (размер кластера составляет 20...

Ausführliche Beschreibung

Gespeichert in:
Bibliographische Detailangaben
Veröffentlicht in:Биополимеры и клетка
Datum:1985
Hauptverfasser: Данилов, В.И., Толох, И.С.
Format: Artikel
Sprache:Russian
Veröffentlicht: Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 1985
Schlagworte:
Структура и функции биополимеров
Online Zugang:https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/152200
Tags: Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
Назва журналу:Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
Zitieren:Природа ассоциации нуклеотидных оснований в воде: моделирование гидратации пиримидиновых оснований и их молекулярных ассоциатов методом Монте-Карло / В.И. Данилов, И.С. Толох // Биополимеры и клетка. — 1985. — Т. 1, № 2. — С. 59-69. — Бібліогр.: 20 назв. — рос.

Institution

Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
id nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-152200
record_format dspace
spelling Данилов, В.И.
Толох, И.С.
2019-06-08T16:29:03Z
2019-06-08T16:29:03Z
1985
Природа ассоциации нуклеотидных оснований в воде: моделирование гидратации пиримидиновых оснований и их молекулярных ассоциатов методом Монте-Карло / В.И. Данилов, И.С. Толох // Биополимеры и клетка. — 1985. — Т. 1, № 2. — С. 59-69. — Бібліогр.: 20 назв. — рос.
0233-7657
DOI:http://dx.doi.org/10.7124/bc.000015
https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/152200
577.2:577.323.425:577.323.427
Представлены результаты моделирования гидратации молекул урацила и тимина, их стопкообразных димеров и водородно-связанных пар оснований методом Монте-Карло. Расчеты выполнены в кластерном приближении с использованием полуэмпирических атом-атомных потенциальных функций (размер кластера составляет 200 молекул воды). Показано, что стэкинг-взаимодействия молекул урацила и тимина в воде в основном возникают в результате увеличения взаимодействия вода – вода при переходе от мономеров к димеру. Обнаружено, что в воде стопкообразные ассоциаты оснований энергетически более предпочтительны, чем пары оснований. Эта предпочтительность в основном обусловлена энергетически более выгодной структурой воды вокруг стопки. Моделирование гидратации различных стопкообразных димеров тимина показало, что энергетически наиболее выгодным из них является тот, у которого метильные группы сближены.
Представлено результати моделювання гідратації молекул урацилу і тиміну, їхніх димерів і воднево-зв’язаних пар основ методом Монте-Карло. Розрахунки виконано в кластерному наближенні з використанням напівемпіричних атомно-атомних потенційних функцій (розмір кластера становить 200 молекул води). Показано, що стекінг-взаємодії молекул урацилу і тиміну у воді в основному виникають в результаті посилення взаємодії вода?вода при переході від мономерів до димеру. Виявлено, що у воді купкоподібні асоціати основ енергетично кращі, ніж пари основ. Ця перевага в основному обумовлена енергетично вигіднішою структурою води навколо купки. Моделювання гідратації різних купкоподібних димерів тиміну показало, що енергетично найвигіднішим з них є той, у якого метильні групи зближені.
Results of the Monte Carlo simulation of the hydration of uracil and thymine molecules, their stacked and hydrogen-bonded base pairs are presented. Simulations have been performed in a cluster approximation. The semiempirical atom-atom potential functions have been used (cluster consisting of 200 water molecules). It is shown that the stacking interactions of uracil and thymine molecules in water arise mainly due to the increase in the water-water interaction during the transition from monomers to dimer. It is found that stacked base associates are more preferable than base pairs in water. This preference is mainly due to the energetically more favourable structure of water around the slack. The simulation of the hydration of different stacked thymine dimers has shown that the most favourable of them is the one for which base methyl groups are close to each other.
ru
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
Биополимеры и клетка
Структура и функции биополимеров
Природа ассоциации нуклеотидных оснований в воде: моделирование гидратации пиримидиновых оснований и их молекулярных ассоциатов методом Монте-Карло
Природа асоціації нуклеотидних основ у воді: моделювання гідратації піримідинових основ і їхніх молекулярних асоціатів методом Монте-Карло
Nature of nucleotide base associations in water: the Monte Carlo simulation of the hydration of pyrimidine bases and their molecular associates
Article
published earlier
institution Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
collection DSpace DC
title Природа ассоциации нуклеотидных оснований в воде: моделирование гидратации пиримидиновых оснований и их молекулярных ассоциатов методом Монте-Карло
spellingShingle Природа ассоциации нуклеотидных оснований в воде: моделирование гидратации пиримидиновых оснований и их молекулярных ассоциатов методом Монте-Карло
Данилов, В.И.
Толох, И.С.
Структура и функции биополимеров
title_short Природа ассоциации нуклеотидных оснований в воде: моделирование гидратации пиримидиновых оснований и их молекулярных ассоциатов методом Монте-Карло
title_full Природа ассоциации нуклеотидных оснований в воде: моделирование гидратации пиримидиновых оснований и их молекулярных ассоциатов методом Монте-Карло
title_fullStr Природа ассоциации нуклеотидных оснований в воде: моделирование гидратации пиримидиновых оснований и их молекулярных ассоциатов методом Монте-Карло
title_full_unstemmed Природа ассоциации нуклеотидных оснований в воде: моделирование гидратации пиримидиновых оснований и их молекулярных ассоциатов методом Монте-Карло
title_sort природа ассоциации нуклеотидных оснований в воде: моделирование гидратации пиримидиновых оснований и их молекулярных ассоциатов методом монте-карло
author Данилов, В.И.
Толох, И.С.
author_facet Данилов, В.И.
Толох, И.С.
topic Структура и функции биополимеров
topic_facet Структура и функции биополимеров
publishDate 1985
language Russian
container_title Биополимеры и клетка
publisher Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
format Article
title_alt Природа асоціації нуклеотидних основ у воді: моделювання гідратації піримідинових основ і їхніх молекулярних асоціатів методом Монте-Карло
Nature of nucleotide base associations in water: the Monte Carlo simulation of the hydration of pyrimidine bases and their molecular associates
description Представлены результаты моделирования гидратации молекул урацила и тимина, их стопкообразных димеров и водородно-связанных пар оснований методом Монте-Карло. Расчеты выполнены в кластерном приближении с использованием полуэмпирических атом-атомных потенциальных функций (размер кластера составляет 200 молекул воды). Показано, что стэкинг-взаимодействия молекул урацила и тимина в воде в основном возникают в результате увеличения взаимодействия вода – вода при переходе от мономеров к димеру. Обнаружено, что в воде стопкообразные ассоциаты оснований энергетически более предпочтительны, чем пары оснований. Эта предпочтительность в основном обусловлена энергетически более выгодной структурой воды вокруг стопки. Моделирование гидратации различных стопкообразных димеров тимина показало, что энергетически наиболее выгодным из них является тот, у которого метильные группы сближены. Представлено результати моделювання гідратації молекул урацилу і тиміну, їхніх димерів і воднево-зв’язаних пар основ методом Монте-Карло. Розрахунки виконано в кластерному наближенні з використанням напівемпіричних атомно-атомних потенційних функцій (розмір кластера становить 200 молекул води). Показано, що стекінг-взаємодії молекул урацилу і тиміну у воді в основному виникають в результаті посилення взаємодії вода?вода при переході від мономерів до димеру. Виявлено, що у воді купкоподібні асоціати основ енергетично кращі, ніж пари основ. Ця перевага в основному обумовлена енергетично вигіднішою структурою води навколо купки. Моделювання гідратації різних купкоподібних димерів тиміну показало, що енергетично найвигіднішим з них є той, у якого метильні групи зближені. Results of the Monte Carlo simulation of the hydration of uracil and thymine molecules, their stacked and hydrogen-bonded base pairs are presented. Simulations have been performed in a cluster approximation. The semiempirical atom-atom potential functions have been used (cluster consisting of 200 water molecules). It is shown that the stacking interactions of uracil and thymine molecules in water arise mainly due to the increase in the water-water interaction during the transition from monomers to dimer. It is found that stacked base associates are more preferable than base pairs in water. This preference is mainly due to the energetically more favourable structure of water around the slack. The simulation of the hydration of different stacked thymine dimers has shown that the most favourable of them is the one for which base methyl groups are close to each other.
issn 0233-7657
url https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/152200
citation_txt Природа ассоциации нуклеотидных оснований в воде: моделирование гидратации пиримидиновых оснований и их молекулярных ассоциатов методом Монте-Карло / В.И. Данилов, И.С. Толох // Биополимеры и клетка. — 1985. — Т. 1, № 2. — С. 59-69. — Бібліогр.: 20 назв. — рос.
work_keys_str_mv AT danilovvi prirodaassociaciinukleotidnyhosnovaniivvodemodelirovaniegidrataciipirimidinovyhosnovaniiiihmolekulârnyhassociatovmetodommontekarlo
AT tolohis prirodaassociaciinukleotidnyhosnovaniivvodemodelirovaniegidrataciipirimidinovyhosnovaniiiihmolekulârnyhassociatovmetodommontekarlo
AT danilovvi prirodaasocíacíínukleotidnihosnovuvodímodelûvannâgídratacíípírimídinovihosnovííhníhmolekulârnihasocíatívmetodommontekarlo
AT tolohis prirodaasocíacíínukleotidnihosnovuvodímodelûvannâgídratacíípírimídinovihosnovííhníhmolekulârnihasocíatívmetodommontekarlo
AT danilovvi natureofnucleotidebaseassociationsinwaterthemontecarlosimulationofthehydrationofpyrimidinebasesandtheirmolecularassociates
AT tolohis natureofnucleotidebaseassociationsinwaterthemontecarlosimulationofthehydrationofpyrimidinebasesandtheirmolecularassociates
first_indexed 2025-12-07T15:26:04Z
last_indexed 2025-12-07T15:26:04Z
_version_ 1850863689793536000

Ähnliche Einträge