Topokaryotyping – a proposal for a novel approach to study nuclear organization
Gene positioning in the nucleus plays an important role in gene activity and genome stability, both in norm and pathology. We propose a new principle for the analysis of the large scale chromatin organization at the single-cell level, termed Topokaryotyping. It is based on coexpression in cells of (...
Збережено в:
| Дата: | 2015 |
|---|---|
| Автори: | , , |
| Формат: | Стаття |
| Мова: | Англійська |
| Опубліковано: |
2015
|
| Теми: | |
| Онлайн доступ: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/152436 |
| Теги: |
Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
|
| Назва журналу: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Цитувати: | Topokaryotyping – a proposal for a novel approach to study nuclear organization / A. Jurisic, C. Robin, V. Ogryzko // Biopolymers and Cell. — 2015. — Т. 31, № 1. — С. 72-79 . — Бібліогр.: 43 назв. — англ. |
Репозитарії
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| _version_ | 1862739078530727936 |
|---|---|
| author | Jurisic, A. Robin, C. Ogryzko, V. |
| author_facet | Jurisic, A. Robin, C. Ogryzko, V. |
| citation_txt | Topokaryotyping – a proposal for a novel approach to study nuclear organization / A. Jurisic, C. Robin, V. Ogryzko // Biopolymers and Cell. — 2015. — Т. 31, № 1. — С. 72-79 . — Бібліогр.: 43 назв. — англ. |
| collection | DSpace DC |
| description | Gene positioning in the nucleus plays an important role in gene activity and genome stability, both in norm and pathology. We propose a new principle for the analysis of the large scale chromatin organization at the single-cell level, termed Topokaryotyping. It is based on coexpression in cells of (i) biotin ligase BirA targeted to a particular intranuclear domain (via its fusion with a protein-marker of this domain) together with (ii) BAP-histone fusion. The application of biotin pulse chase followed by (i) generation of mitotic spreads, (ii) detection of the biotin label and (iii) karyotyping technique to identify the chromosomes should provide information on the association of particular chromosome regions with the nuclear domain under study. We discuss potential advantages of the proposed approach as compared to other methods to study genome topology in the nucleus.
Позиція генів в ядрі критична для їх функціонування та стабільності геному, в нормальних і патологічних станах клітини. Ми пропонуємо новий принцип аналізу організації хроматину на ядерному рівні в індивідуальних клітках, званий Топокаріотіпірованіе. Він заснований на спільній експресії в клітинах (i) Біотин лігази BirA локалізованої в конкретному ядерному домені (за рахунок її фузірованія (злиття) з білком-маркером цього домену) і (ii) гістонові гена злитого з BAP доменом (пептидом-акцептором біотину). Мічення клітин біотином і їх подальша відмивання, за якою слідують (i) створення препаратів метафазних хромосом, (ii) детектування біотіновой мітки на хромосомах і (iii) каріотипування з метою ідентифікації хромосом - повинні надати інформацію про асоціацію даного хромосомного регіону з досліджуваним ядерним доменом. Ми обговорюємо потенційні переваги запропонованого методу з іншими підходами до вивчення топології генома в клітинному ядрі.
Позиция генов в ядре критична для их функционирования и стабильности генома, в нормальных и патологических состояниях клетки. Мы предлагаем новый принцип анализа организации хроматина на ядерном уровне в индивидуальых клетках, называемый Топокариотипирование. Он основан на совместной экспрессии в клетках (i) Биотин лигазы BirA локализованной в конкретном ядерном домене (за счет ее фузирования (слияния) с белком-маркером этого домена) и (ii) гистонового гена слитого с BAP доменом (пептидом-акцептором биотина). Мечение клеток биотином и их последующая отмывка, за которой следуют (i) создание препаратов метафазных хромосом, (ii) детектирование биотиновой метки на хромосомах и (iii) кариотипирование с целью идентификации хромосом – должны предоставить информацию об ассоциации данного хромосомного региона с исследуемым ядерным доменом. Мы обсуждаем потенциальные достоинства предлагаемого метода с другими подходами к изучению топологии генома в клеточном ядре.
|
| first_indexed | 2025-12-07T20:07:10Z |
| format | Article |
| fulltext | |
| id | nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-152436 |
| institution | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| issn | 0233-7657 |
| language | English |
| last_indexed | 2025-12-07T20:07:10Z |
| publishDate | 2015 |
| record_format | dspace |
| spelling | Jurisic, A. Robin, C. Ogryzko, V. 2019-06-11T17:19:24Z 2019-06-11T17:19:24Z 2015 Topokaryotyping – a proposal for a novel approach to study nuclear organization / A. Jurisic, C. Robin, V. Ogryzko // Biopolymers and Cell. — 2015. — Т. 31, № 1. — С. 72-79 . — Бібліогр.: 43 назв. — англ. 0233-7657 DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.0008CF https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/152436 576.315+66.03 Gene positioning in the nucleus plays an important role in gene activity and genome stability, both in norm and pathology. We propose a new principle for the analysis of the large scale chromatin organization at the single-cell level, termed Topokaryotyping. It is based on coexpression in cells of (i) biotin ligase BirA targeted to a particular intranuclear domain (via its fusion with a protein-marker of this domain) together with (ii) BAP-histone fusion. The application of biotin pulse chase followed by (i) generation of mitotic spreads, (ii) detection of the biotin label and (iii) karyotyping technique to identify the chromosomes should provide information on the association of particular chromosome regions with the nuclear domain under study. We discuss potential advantages of the proposed approach as compared to other methods to study genome topology in the nucleus. Позиція генів в ядрі критична для їх функціонування та стабільності геному, в нормальних і патологічних станах клітини. Ми пропонуємо новий принцип аналізу організації хроматину на ядерному рівні в індивідуальних клітках, званий Топокаріотіпірованіе. Він заснований на спільній експресії в клітинах (i) Біотин лігази BirA локалізованої в конкретному ядерному домені (за рахунок її фузірованія (злиття) з білком-маркером цього домену) і (ii) гістонові гена злитого з BAP доменом (пептидом-акцептором біотину). Мічення клітин біотином і їх подальша відмивання, за якою слідують (i) створення препаратів метафазних хромосом, (ii) детектування біотіновой мітки на хромосомах і (iii) каріотипування з метою ідентифікації хромосом - повинні надати інформацію про асоціацію даного хромосомного регіону з досліджуваним ядерним доменом. Ми обговорюємо потенційні переваги запропонованого методу з іншими підходами до вивчення топології генома в клітинному ядрі. Позиция генов в ядре критична для их функционирования и стабильности генома, в нормальных и патологических состояниях клетки. Мы предлагаем новый принцип анализа организации хроматина на ядерном уровне в индивидуальых клетках, называемый Топокариотипирование. Он основан на совместной экспрессии в клетках (i) Биотин лигазы BirA локализованной в конкретном ядерном домене (за счет ее фузирования (слияния) с белком-маркером этого домена) и (ii) гистонового гена слитого с BAP доменом (пептидом-акцептором биотина). Мечение клеток биотином и их последующая отмывка, за которой следуют (i) создание препаратов метафазных хромосом, (ii) детектирование биотиновой метки на хромосомах и (iii) кариотипирование с целью идентификации хромосом – должны предоставить информацию об ассоциации данного хромосомного региона с исследуемым ядерным доменом. Мы обсуждаем потенциальные достоинства предлагаемого метода с другими подходами к изучению топологии генома в клеточном ядре. The work was supported by the ARC grant n° SFI 20121205936. en Methods Topokaryotyping – a proposal for a novel approach to study nuclear organization Топокаріотипування – принцип нового підходу для дослідження ядерної організації Топокариотипирование – принцип нового подхода к изучению ядерной организации Article published earlier |
| spellingShingle | Topokaryotyping – a proposal for a novel approach to study nuclear organization Jurisic, A. Robin, C. Ogryzko, V. Methods |
| title | Topokaryotyping – a proposal for a novel approach to study nuclear organization |
| title_alt | Топокаріотипування – принцип нового підходу для дослідження ядерної організації Топокариотипирование – принцип нового подхода к изучению ядерной организации |
| title_full | Topokaryotyping – a proposal for a novel approach to study nuclear organization |
| title_fullStr | Topokaryotyping – a proposal for a novel approach to study nuclear organization |
| title_full_unstemmed | Topokaryotyping – a proposal for a novel approach to study nuclear organization |
| title_short | Topokaryotyping – a proposal for a novel approach to study nuclear organization |
| title_sort | topokaryotyping – a proposal for a novel approach to study nuclear organization |
| topic | Methods |
| topic_facet | Methods |
| url | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/152436 |
| work_keys_str_mv | AT jurisica topokaryotypingaproposalforanovelapproachtostudynuclearorganization AT robinc topokaryotypingaproposalforanovelapproachtostudynuclearorganization AT ogryzkov topokaryotypingaproposalforanovelapproachtostudynuclearorganization AT jurisica topokaríotipuvannâprincipnovogopídhodudlâdoslídžennââdernoíorganízacíí AT robinc topokaríotipuvannâprincipnovogopídhodudlâdoslídžennââdernoíorganízacíí AT ogryzkov topokaríotipuvannâprincipnovogopídhodudlâdoslídžennââdernoíorganízacíí AT jurisica topokariotipirovanieprincipnovogopodhodakizučeniûâdernoiorganizacii AT robinc topokariotipirovanieprincipnovogopodhodakizučeniûâdernoiorganizacii AT ogryzkov topokariotipirovanieprincipnovogopodhodakizučeniûâdernoiorganizacii |