Chromatin in fractal globule state: evidence from comet assay

Chromatin in fractal globule state: evidence from comet assay

At higher order levels chromatin is organized into loops that appear as a result of contacts between distant loci. The aim of this work was to investigate the length distribution of the DNA loops in nucleoids obtained after lysis of either whole cells or isolated cell nuclei. Methods. We used single...

Повний опис

Збережено в:
Бібліографічні деталі
Опубліковано в: :Вiopolymers and Cell
Дата:2015
Автори: Afanasieva, K.S., Chopei, M.I., Sivolob, A.V.
Формат: Стаття
Мова:English
Опубліковано: Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 2015
Теми:
Structure and Function of Biopolymers
Онлайн доступ:https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/152439
Теги: Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
Назва журналу:Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
Цитувати:Chromatin in fractal globule state: evidence from comet assay / K.S. Afanasieva, M.I. Chopei, A.V. Sivolob // Вiopolymers and Cell. — 2015. — Т. 31, № 2. — С. 97-103. — Бібліогр.: 29 назв. — англ.

Репозитарії

Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
id nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-152439
record_format dspace
spelling Afanasieva, K.S.
Chopei, M.I.
Sivolob, A.V.
2019-06-11T17:23:25Z
2019-06-11T17:23:25Z
2015
Chromatin in fractal globule state: evidence from comet assay / K.S. Afanasieva, M.I. Chopei, A.V. Sivolob // Вiopolymers and Cell. — 2015. — Т. 31, № 2. — С. 97-103. — Бібліогр.: 29 назв. — англ.
0233-7657
DOI: http://biopolymers.org.ua/doi/bc.0008D2
https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/152439
577.323:576.08
At higher order levels chromatin is organized into loops that appear as a result of contacts between distant loci. The aim of this work was to investigate the length distribution of the DNA loops in nucleoids obtained after lysis of either whole cells or isolated cell nuclei. Methods. We used single cell gel electrophoresis to analyze the kinetics of the DNA loop migration from the two nucleoid types. Results. The kinetics of the DNA exit was found to have specific features for the two types of nucleoids. At the same time, in both cases, the DNA amount in the electrophoretic track depends linearly on the length of the longest loops in the track. Conclusions. We have concluded that for the loops up to ~ 100 kb the length distribution appears to be consistent with the fractal globule organization.
В інтерфазному ядрі хроматин організований у вигляді петельних доменів, що виникають у результаті контактів між віддаленими локусами. Мета роботи полягала у дослідженні розподілу за довжиною петельних доменів ДНК у нуклеоїдах, отриманих шляхом лізису клітин або ізольованих ядер. Методи. Ми застосовували метод електрофорезу ДНК ізольованих клітин для аналізу кінетики міграції петель ДНК із двох типів нуклеоїдів. Результати. Кінетичні криві, що описують вихід ДНК із двох типів нуклеоїдів, відрізнялися декількома особливостями. У той самий час, в обох випадках кількість ДНК в електрофоретичному треку лінійно залежить від розміру найдовших петель у ньому. Висновки. Отримані результати свідчать, що для петель до ~100 kb їхній розподіл за довжиною узгоджуються зі структурою фра­ктальної глобули.
В интерфазном ядре хроматин организован в виде петельных доменов, возникающих в результате контактов между отдаленными локусами. Цель работы заключалась в исследовании распределения по длине петельных доменов ДНК в нуклеоидах, полученных путем лизиса клеток или изолированных ядер. Методы. Мы использовали электрофорез ДНК изолированных клеток для анализа кинетики миграции петель ДНК из двух типов нуклеоидов. Результаты. Кинетические кривые, описывающие выход ДНК из двух типов нуклеоидов, отличались рядом особенностей. В то же время, в обоих случаях количество ДНК в электрофоретическом треке линейно зависит от длины наибольших петель в нем. Выводы. Полученные результаты указывают, что для петель до ~ 100 kb их распределение по длине согласуется со структурой фрактальной глобулы.
en
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
Вiopolymers and Cell
Structure and Function of Biopolymers
Chromatin in fractal globule state: evidence from comet assay
Хроматин у стані фрактальної глобули: підтвердження за допомогою кометного електрофорезу
Хроматин в состоянии фрактальной глобулы: подтверждение при помощи кометного электрофореза
Article
published earlier
institution Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
collection DSpace DC
title Chromatin in fractal globule state: evidence from comet assay
spellingShingle Chromatin in fractal globule state: evidence from comet assay
Afanasieva, K.S.
Chopei, M.I.
Sivolob, A.V.
Structure and Function of Biopolymers
title_short Chromatin in fractal globule state: evidence from comet assay
title_full Chromatin in fractal globule state: evidence from comet assay
title_fullStr Chromatin in fractal globule state: evidence from comet assay
title_full_unstemmed Chromatin in fractal globule state: evidence from comet assay
title_sort chromatin in fractal globule state: evidence from comet assay
author Afanasieva, K.S.
Chopei, M.I.
Sivolob, A.V.
author_facet Afanasieva, K.S.
Chopei, M.I.
Sivolob, A.V.
topic Structure and Function of Biopolymers
topic_facet Structure and Function of Biopolymers
publishDate 2015
language English
container_title Вiopolymers and Cell
publisher Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
format Article
title_alt Хроматин у стані фрактальної глобули: підтвердження за допомогою кометного електрофорезу
Хроматин в состоянии фрактальной глобулы: подтверждение при помощи кометного электрофореза
description At higher order levels chromatin is organized into loops that appear as a result of contacts between distant loci. The aim of this work was to investigate the length distribution of the DNA loops in nucleoids obtained after lysis of either whole cells or isolated cell nuclei. Methods. We used single cell gel electrophoresis to analyze the kinetics of the DNA loop migration from the two nucleoid types. Results. The kinetics of the DNA exit was found to have specific features for the two types of nucleoids. At the same time, in both cases, the DNA amount in the electrophoretic track depends linearly on the length of the longest loops in the track. Conclusions. We have concluded that for the loops up to ~ 100 kb the length distribution appears to be consistent with the fractal globule organization. В інтерфазному ядрі хроматин організований у вигляді петельних доменів, що виникають у результаті контактів між віддаленими локусами. Мета роботи полягала у дослідженні розподілу за довжиною петельних доменів ДНК у нуклеоїдах, отриманих шляхом лізису клітин або ізольованих ядер. Методи. Ми застосовували метод електрофорезу ДНК ізольованих клітин для аналізу кінетики міграції петель ДНК із двох типів нуклеоїдів. Результати. Кінетичні криві, що описують вихід ДНК із двох типів нуклеоїдів, відрізнялися декількома особливостями. У той самий час, в обох випадках кількість ДНК в електрофоретичному треку лінійно залежить від розміру найдовших петель у ньому. Висновки. Отримані результати свідчать, що для петель до ~100 kb їхній розподіл за довжиною узгоджуються зі структурою фра­ктальної глобули. В интерфазном ядре хроматин организован в виде петельных доменов, возникающих в результате контактов между отдаленными локусами. Цель работы заключалась в исследовании распределения по длине петельных доменов ДНК в нуклеоидах, полученных путем лизиса клеток или изолированных ядер. Методы. Мы использовали электрофорез ДНК изолированных клеток для анализа кинетики миграции петель ДНК из двух типов нуклеоидов. Результаты. Кинетические кривые, описывающие выход ДНК из двух типов нуклеоидов, отличались рядом особенностей. В то же время, в обоих случаях количество ДНК в электрофоретическом треке линейно зависит от длины наибольших петель в нем. Выводы. Полученные результаты указывают, что для петель до ~ 100 kb их распределение по длине согласуется со структурой фрактальной глобулы.
issn 0233-7657
url https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/152439
citation_txt Chromatin in fractal globule state: evidence from comet assay / K.S. Afanasieva, M.I. Chopei, A.V. Sivolob // Вiopolymers and Cell. — 2015. — Т. 31, № 2. — С. 97-103. — Бібліогр.: 29 назв. — англ.
work_keys_str_mv AT afanasievaks chromatininfractalglobulestateevidencefromcometassay
AT chopeimi chromatininfractalglobulestateevidencefromcometassay
AT sivolobav chromatininfractalglobulestateevidencefromcometassay
AT afanasievaks hromatinustanífraktalʹnoíglobulipídtverdžennâzadopomogoûkometnogoelektroforezu
AT chopeimi hromatinustanífraktalʹnoíglobulipídtverdžennâzadopomogoûkometnogoelektroforezu
AT sivolobav hromatinustanífraktalʹnoíglobulipídtverdžennâzadopomogoûkometnogoelektroforezu
AT afanasievaks hromatinvsostoâniifraktalʹnoiglobulypodtverždeniepripomoŝikometnogoélektroforeza
AT chopeimi hromatinvsostoâniifraktalʹnoiglobulypodtverždeniepripomoŝikometnogoélektroforeza
AT sivolobav hromatinvsostoâniifraktalʹnoiglobulypodtverždeniepripomoŝikometnogoélektroforeza
first_indexed 2025-12-07T16:21:51Z
last_indexed 2025-12-07T16:21:51Z
_version_ 1850867199765381120

Схожі ресурси