Chromatin in fractal globule state: evidence from comet assay
At higher order levels chromatin is organized into loops that appear as a result of contacts between distant loci. The aim of this work was to investigate the length distribution of the DNA loops in nucleoids obtained after lysis of either whole cells or isolated cell nuclei. Methods. We used single...
Saved in:
| Published in: | Вiopolymers and Cell |
|---|---|
| Date: | 2015 |
| Main Authors: | , , |
| Format: | Article |
| Language: | English |
| Published: |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
2015
|
| Subjects: | |
| Online Access: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/152439 |
| Tags: |
Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
|
| Journal Title: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Cite this: | Chromatin in fractal globule state: evidence from comet assay / K.S. Afanasieva, M.I. Chopei, A.V. Sivolob // Вiopolymers and Cell. — 2015. — Т. 31, № 2. — С. 97-103. — Бібліогр.: 29 назв. — англ. |
Institution
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| _version_ | 1862694272212402176 |
|---|---|
| author | Afanasieva, K.S. Chopei, M.I. Sivolob, A.V. |
| author_facet | Afanasieva, K.S. Chopei, M.I. Sivolob, A.V. |
| citation_txt | Chromatin in fractal globule state: evidence from comet assay / K.S. Afanasieva, M.I. Chopei, A.V. Sivolob // Вiopolymers and Cell. — 2015. — Т. 31, № 2. — С. 97-103. — Бібліогр.: 29 назв. — англ. |
| collection | DSpace DC |
| container_title | Вiopolymers and Cell |
| description | At higher order levels chromatin is organized into loops that appear as a result of contacts between distant loci. The aim of this work was to investigate the length distribution of the DNA loops in nucleoids obtained after lysis of either whole cells or isolated cell nuclei. Methods. We used single cell gel electrophoresis to analyze the kinetics of the DNA loop migration from the two nucleoid types. Results. The kinetics of the DNA exit was found to have specific features for the two types of nucleoids. At the same time, in both cases, the DNA amount in the electrophoretic track depends linearly on the length of the longest loops in the track. Conclusions. We have concluded that for the loops up to ~ 100 kb the length distribution appears to be consistent with the fractal globule organization.
В інтерфазному ядрі хроматин організований у вигляді петельних доменів, що виникають у результаті контактів між віддаленими локусами. Мета роботи полягала у дослідженні розподілу за довжиною петельних доменів ДНК у нуклеоїдах, отриманих шляхом лізису клітин або ізольованих ядер. Методи. Ми застосовували метод електрофорезу ДНК ізольованих клітин для аналізу кінетики міграції петель ДНК із двох типів нуклеоїдів. Результати. Кінетичні криві, що описують вихід ДНК із двох типів нуклеоїдів, відрізнялися декількома особливостями. У той самий час, в обох випадках кількість ДНК в електрофоретичному треку лінійно залежить від розміру найдовших петель у ньому. Висновки. Отримані результати свідчать, що для петель до ~100 kb їхній розподіл за довжиною узгоджуються зі структурою фрактальної глобули.
В интерфазном ядре хроматин организован в виде петельных доменов, возникающих в результате контактов между отдаленными локусами. Цель работы заключалась в исследовании распределения по длине петельных доменов ДНК в нуклеоидах, полученных путем лизиса клеток или изолированных ядер. Методы. Мы использовали электрофорез ДНК изолированных клеток для анализа кинетики миграции петель ДНК из двух типов нуклеоидов. Результаты. Кинетические кривые, описывающие выход ДНК из двух типов нуклеоидов, отличались рядом особенностей. В то же время, в обоих случаях количество ДНК в электрофоретическом треке линейно зависит от длины наибольших петель в нем. Выводы. Полученные результаты указывают, что для петель до ~ 100 kb их распределение по длине согласуется со структурой фрактальной глобулы.
|
| first_indexed | 2025-12-07T16:21:51Z |
| format | Article |
| fulltext | |
| id | nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-152439 |
| institution | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| issn | 0233-7657 |
| language | English |
| last_indexed | 2025-12-07T16:21:51Z |
| publishDate | 2015 |
| publisher | Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
| record_format | dspace |
| spelling | Afanasieva, K.S. Chopei, M.I. Sivolob, A.V. 2019-06-11T17:23:25Z 2019-06-11T17:23:25Z 2015 Chromatin in fractal globule state: evidence from comet assay / K.S. Afanasieva, M.I. Chopei, A.V. Sivolob // Вiopolymers and Cell. — 2015. — Т. 31, № 2. — С. 97-103. — Бібліогр.: 29 назв. — англ. 0233-7657 DOI: http://biopolymers.org.ua/doi/bc.0008D2 https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/152439 577.323:576.08 At higher order levels chromatin is organized into loops that appear as a result of contacts between distant loci. The aim of this work was to investigate the length distribution of the DNA loops in nucleoids obtained after lysis of either whole cells or isolated cell nuclei. Methods. We used single cell gel electrophoresis to analyze the kinetics of the DNA loop migration from the two nucleoid types. Results. The kinetics of the DNA exit was found to have specific features for the two types of nucleoids. At the same time, in both cases, the DNA amount in the electrophoretic track depends linearly on the length of the longest loops in the track. Conclusions. We have concluded that for the loops up to ~ 100 kb the length distribution appears to be consistent with the fractal globule organization. В інтерфазному ядрі хроматин організований у вигляді петельних доменів, що виникають у результаті контактів між віддаленими локусами. Мета роботи полягала у дослідженні розподілу за довжиною петельних доменів ДНК у нуклеоїдах, отриманих шляхом лізису клітин або ізольованих ядер. Методи. Ми застосовували метод електрофорезу ДНК ізольованих клітин для аналізу кінетики міграції петель ДНК із двох типів нуклеоїдів. Результати. Кінетичні криві, що описують вихід ДНК із двох типів нуклеоїдів, відрізнялися декількома особливостями. У той самий час, в обох випадках кількість ДНК в електрофоретичному треку лінійно залежить від розміру найдовших петель у ньому. Висновки. Отримані результати свідчать, що для петель до ~100 kb їхній розподіл за довжиною узгоджуються зі структурою фрактальної глобули. В интерфазном ядре хроматин организован в виде петельных доменов, возникающих в результате контактов между отдаленными локусами. Цель работы заключалась в исследовании распределения по длине петельных доменов ДНК в нуклеоидах, полученных путем лизиса клеток или изолированных ядер. Методы. Мы использовали электрофорез ДНК изолированных клеток для анализа кинетики миграции петель ДНК из двух типов нуклеоидов. Результаты. Кинетические кривые, описывающие выход ДНК из двух типов нуклеоидов, отличались рядом особенностей. В то же время, в обоих случаях количество ДНК в электрофоретическом треке линейно зависит от длины наибольших петель в нем. Выводы. Полученные результаты указывают, что для петель до ~ 100 kb их распределение по длине согласуется со структурой фрактальной глобулы. en Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Вiopolymers and Cell Structure and Function of Biopolymers Chromatin in fractal globule state: evidence from comet assay Хроматин у стані фрактальної глобули: підтвердження за допомогою кометного електрофорезу Хроматин в состоянии фрактальной глобулы: подтверждение при помощи кометного электрофореза Article published earlier |
| spellingShingle | Chromatin in fractal globule state: evidence from comet assay Afanasieva, K.S. Chopei, M.I. Sivolob, A.V. Structure and Function of Biopolymers |
| title | Chromatin in fractal globule state: evidence from comet assay |
| title_alt | Хроматин у стані фрактальної глобули: підтвердження за допомогою кометного електрофорезу Хроматин в состоянии фрактальной глобулы: подтверждение при помощи кометного электрофореза |
| title_full | Chromatin in fractal globule state: evidence from comet assay |
| title_fullStr | Chromatin in fractal globule state: evidence from comet assay |
| title_full_unstemmed | Chromatin in fractal globule state: evidence from comet assay |
| title_short | Chromatin in fractal globule state: evidence from comet assay |
| title_sort | chromatin in fractal globule state: evidence from comet assay |
| topic | Structure and Function of Biopolymers |
| topic_facet | Structure and Function of Biopolymers |
| url | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/152439 |
| work_keys_str_mv | AT afanasievaks chromatininfractalglobulestateevidencefromcometassay AT chopeimi chromatininfractalglobulestateevidencefromcometassay AT sivolobav chromatininfractalglobulestateevidencefromcometassay AT afanasievaks hromatinustanífraktalʹnoíglobulipídtverdžennâzadopomogoûkometnogoelektroforezu AT chopeimi hromatinustanífraktalʹnoíglobulipídtverdžennâzadopomogoûkometnogoelektroforezu AT sivolobav hromatinustanífraktalʹnoíglobulipídtverdžennâzadopomogoûkometnogoelektroforezu AT afanasievaks hromatinvsostoâniifraktalʹnoiglobulypodtverždeniepripomoŝikometnogoélektroforeza AT chopeimi hromatinvsostoâniifraktalʹnoiglobulypodtverždeniepripomoŝikometnogoélektroforeza AT sivolobav hromatinvsostoâniifraktalʹnoiglobulypodtverždeniepripomoŝikometnogoélektroforeza |