Development of MLPA approach for SNP detection in MTHFR, F5 and F2 genes
Single nucleotide polymorphism (SNP) is an important and valuable form of DNA variation among individuals. Various methods for SNP genotyping have been developed, but a few are suitable for the flexible and low-cost applications. Aim. To design probes and develop diagnostic methods for the analysis...
Gespeichert in:
| Veröffentlicht in: | Вiopolymers and Cell |
|---|---|
| Datum: | 2015 |
| Hauptverfasser: | , , , , |
| Format: | Artikel |
| Sprache: | English |
| Veröffentlicht: |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
2015
|
| Schlagworte: | |
| Online Zugang: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/152560 |
| Tags: |
Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
|
| Назва журналу: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Zitieren: | Development of MLPA approach for SNP detection in MTHFR, F5 and F2 genes / S.A. Kravchenko, S.Yu. Chernushyn, A.M. Kucherenko, O.O. Soloviov, L.A. Livshits // Вiopolymers and Cell. — 2015. — Т. 31, № 4. — С. 309-315. — Бібліогр.: 20 назв. — англ. |
Institution
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| id |
nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-152560 |
|---|---|
| record_format |
dspace |
| spelling |
Kravchenko, S.A. Chernushyn, S.Yu. Kucherenko, A.M. Soloviov, O.O. Livshits, L.A. 2019-06-12T12:19:20Z 2019-06-12T12:19:20Z 2015 Development of MLPA approach for SNP detection in MTHFR, F5 and F2 genes / S.A. Kravchenko, S.Yu. Chernushyn, A.M. Kucherenko, O.O. Soloviov, L.A. Livshits // Вiopolymers and Cell. — 2015. — Т. 31, № 4. — С. 309-315. — Бібліогр.: 20 назв. — англ. 0233-7657 DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.0008F0 https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/152560 575.22 + 57.088.5 Single nucleotide polymorphism (SNP) is an important and valuable form of DNA variation among individuals. Various methods for SNP genotyping have been developed, but a few are suitable for the flexible and low-cost applications. Aim. To design probes and develop diagnostic methods for the analysis of polymorphic variants of the genes MTHFR, F5, F2 using the multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA). Methods. Hybridization and ligation approaches. Results. The specific LPO and RPO probes and primers were designed, the composition and concentration of key components of the mixture for the MLPA reaction, as well as the temperature conditions were selcted. Conclusions. The developed methods are ideally suited for the small-scale SNP genotyping, routinely performed in the medium-sized research laboratories, and can be used for the creation of different test systems for DNA markers. Однонуклеотидні поліморфізми є важливою та вагомою формою генетичної варіабельності ДНК серед індивідів. Наразі розроблено велику кількість методів для генотипування даних поліморфізмів, але кількість універсальних та недорогих обмежена. Мета. Дизайн олігонукленидних зондів та розробка діагностичних методик для аналізу поліморфних варіантів генів MTHFR, F5, F2 з використанням мультиплексної лігазної реакції. Методи. Гібридизація, лігазна реакція. Результати. Розроблено дизайн специфічних LPO та RPO олігонуклеотидних зондів та праймерів, підібрано склад та концентрації ключових компонентів реакційної суміші для MLPA реакції, а також оптимальні температурно-часові режими. Розроблені методики апробовані на зразках ДНК з різними алельними варіантами досліджуваних поліморфізмів з використанням референсних зразків ДНК. Висновки. Розроблені методики ідеально підходять для генотипування вибіркових SNP, яке, зазвичай, проводиться в невеликих науково-дослідних лабораторіях, а також можуть бути використані створення різних тест-систем ДНК-маркерів. Однонуклеотидные полиморфизмы являются важной и весомой формой генетического разнообразия ДНК среди индивидов. В настоящее время разработано большое число методов для генотипирования этих полиморфизмов, но среди них мало универсальных и недорогих. Цель. Дизайн олигонуклеотидных зондов и разработка диагностических методик для анализа полиморфных вариантов генов MTHFR, F5, F2 с использованием мультиплексной лигазной реакции. Методы. Гибридизация, лигазная реакция. Результаты. Разработан дизайн специфических LPO и RPO олигонуклеотидных зондов и праймеров, подобран состав и концентрации ключевых компонентов реакционной смеси для MLPA реакции, а также оптимальные температурно-временные режимы. Разработанные методики апробированы на образцах ДНК с различными аллельными вариантами изучаемых полиморфизмов с использованием референсных образцов ДНК. Выводы. Разработанные методики идеально подходят для генотипирования выборочных SNP, которое обычно проводится в небольших научно-исследовательских лабораториях, а также могут быть использованы создания различных тест-систем ДНК-маркеров. en Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Вiopolymers and Cell Methods Development of MLPA approach for SNP detection in MTHFR, F5 and F2 genes Розробка мультиплексної лігазної реакції для аналізу однонуклеотидних поліморфізмів генів MTHFR, F5, F2 Разработка мультиплексной лигазной реакции для анализа однонуклеотидных полиморфизмов генов MTHFR, F5, F2 Article published earlier |
| institution |
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| collection |
DSpace DC |
| title |
Development of MLPA approach for SNP detection in MTHFR, F5 and F2 genes |
| spellingShingle |
Development of MLPA approach for SNP detection in MTHFR, F5 and F2 genes Kravchenko, S.A. Chernushyn, S.Yu. Kucherenko, A.M. Soloviov, O.O. Livshits, L.A. Methods |
| title_short |
Development of MLPA approach for SNP detection in MTHFR, F5 and F2 genes |
| title_full |
Development of MLPA approach for SNP detection in MTHFR, F5 and F2 genes |
| title_fullStr |
Development of MLPA approach for SNP detection in MTHFR, F5 and F2 genes |
| title_full_unstemmed |
Development of MLPA approach for SNP detection in MTHFR, F5 and F2 genes |
| title_sort |
development of mlpa approach for snp detection in mthfr, f5 and f2 genes |
| author |
Kravchenko, S.A. Chernushyn, S.Yu. Kucherenko, A.M. Soloviov, O.O. Livshits, L.A. |
| author_facet |
Kravchenko, S.A. Chernushyn, S.Yu. Kucherenko, A.M. Soloviov, O.O. Livshits, L.A. |
| topic |
Methods |
| topic_facet |
Methods |
| publishDate |
2015 |
| language |
English |
| container_title |
Вiopolymers and Cell |
| publisher |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
| format |
Article |
| title_alt |
Розробка мультиплексної лігазної реакції для аналізу однонуклеотидних поліморфізмів генів MTHFR, F5, F2 Разработка мультиплексной лигазной реакции для анализа однонуклеотидных полиморфизмов генов MTHFR, F5, F2 |
| description |
Single nucleotide polymorphism (SNP) is an important and valuable form of DNA variation among individuals. Various methods for SNP genotyping have been developed, but a few are suitable for the flexible and low-cost applications. Aim. To design probes and develop diagnostic methods for the analysis of polymorphic variants of the genes MTHFR, F5, F2 using the multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA). Methods. Hybridization and ligation approaches. Results. The specific LPO and RPO probes and primers were designed, the composition and concentration of key components of the mixture for the MLPA reaction, as well as the temperature conditions were selcted. Conclusions. The developed methods are ideally suited for the small-scale SNP genotyping, routinely performed in the medium-sized research laboratories, and can be used for the creation of different test systems for DNA markers.
Однонуклеотидні поліморфізми є важливою та вагомою формою генетичної варіабельності ДНК серед індивідів. Наразі розроблено велику кількість методів для генотипування даних поліморфізмів, але кількість універсальних та недорогих обмежена. Мета. Дизайн олігонукленидних зондів та розробка діагностичних методик для аналізу поліморфних варіантів генів MTHFR, F5, F2 з використанням мультиплексної лігазної реакції. Методи. Гібридизація, лігазна реакція. Результати. Розроблено дизайн специфічних LPO та RPO олігонуклеотидних зондів та праймерів, підібрано склад та концентрації ключових компонентів реакційної суміші для MLPA реакції, а також оптимальні температурно-часові режими. Розроблені методики апробовані на зразках ДНК з різними алельними варіантами досліджуваних поліморфізмів з використанням референсних зразків ДНК. Висновки. Розроблені методики ідеально підходять для генотипування вибіркових SNP, яке, зазвичай, проводиться в невеликих науково-дослідних лабораторіях, а також можуть бути використані створення різних тест-систем ДНК-маркерів.
Однонуклеотидные полиморфизмы являются важной и весомой формой генетического разнообразия ДНК среди индивидов. В настоящее время разработано большое число методов для генотипирования этих полиморфизмов, но среди них мало универсальных и недорогих. Цель. Дизайн олигонуклеотидных зондов и разработка диагностических методик для анализа полиморфных вариантов генов MTHFR, F5, F2 с использованием мультиплексной лигазной реакции. Методы. Гибридизация, лигазная реакция. Результаты. Разработан дизайн специфических LPO и RPO олигонуклеотидных зондов и праймеров, подобран состав и концентрации ключевых компонентов реакционной смеси для MLPA реакции, а также оптимальные температурно-временные режимы. Разработанные методики апробированы на образцах ДНК с различными аллельными вариантами изучаемых полиморфизмов с использованием референсных образцов ДНК. Выводы. Разработанные методики идеально подходят для генотипирования выборочных SNP, которое обычно проводится в небольших научно-исследовательских лабораториях, а также могут быть использованы создания различных тест-систем ДНК-маркеров.
|
| issn |
0233-7657 |
| url |
https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/152560 |
| citation_txt |
Development of MLPA approach for SNP detection in MTHFR, F5 and F2 genes / S.A. Kravchenko, S.Yu. Chernushyn, A.M. Kucherenko, O.O. Soloviov, L.A. Livshits // Вiopolymers and Cell. — 2015. — Т. 31, № 4. — С. 309-315. — Бібліогр.: 20 назв. — англ. |
| work_keys_str_mv |
AT kravchenkosa developmentofmlpaapproachforsnpdetectioninmthfrf5andf2genes AT chernushynsyu developmentofmlpaapproachforsnpdetectioninmthfrf5andf2genes AT kucherenkoam developmentofmlpaapproachforsnpdetectioninmthfrf5andf2genes AT soloviovoo developmentofmlpaapproachforsnpdetectioninmthfrf5andf2genes AT livshitsla developmentofmlpaapproachforsnpdetectioninmthfrf5andf2genes AT kravchenkosa rozrobkamulʹtipleksnoílígaznoíreakcíídlâanalízuodnonukleotidnihpolímorfízmívgenívmthfrf5f2 AT chernushynsyu rozrobkamulʹtipleksnoílígaznoíreakcíídlâanalízuodnonukleotidnihpolímorfízmívgenívmthfrf5f2 AT kucherenkoam rozrobkamulʹtipleksnoílígaznoíreakcíídlâanalízuodnonukleotidnihpolímorfízmívgenívmthfrf5f2 AT soloviovoo rozrobkamulʹtipleksnoílígaznoíreakcíídlâanalízuodnonukleotidnihpolímorfízmívgenívmthfrf5f2 AT livshitsla rozrobkamulʹtipleksnoílígaznoíreakcíídlâanalízuodnonukleotidnihpolímorfízmívgenívmthfrf5f2 AT kravchenkosa razrabotkamulʹtipleksnoiligaznoireakciidlâanalizaodnonukleotidnyhpolimorfizmovgenovmthfrf5f2 AT chernushynsyu razrabotkamulʹtipleksnoiligaznoireakciidlâanalizaodnonukleotidnyhpolimorfizmovgenovmthfrf5f2 AT kucherenkoam razrabotkamulʹtipleksnoiligaznoireakciidlâanalizaodnonukleotidnyhpolimorfizmovgenovmthfrf5f2 AT soloviovoo razrabotkamulʹtipleksnoiligaznoireakciidlâanalizaodnonukleotidnyhpolimorfizmovgenovmthfrf5f2 AT livshitsla razrabotkamulʹtipleksnoiligaznoireakciidlâanalizaodnonukleotidnyhpolimorfizmovgenovmthfrf5f2 |
| first_indexed |
2025-12-07T21:02:33Z |
| last_indexed |
2025-12-07T21:02:33Z |
| _version_ |
1850884860128788480 |