NGS-based identification of druggable alterations and signaling pathways – hepatocellular carcinoma case report
Aim. To identify potential cancer driving or clinically relevant molecular events for a patient with hepatocellular carcinoma. Methods. In order to achieve this goal, we performed RNA-seq and exome sequencing for the tumor tissue and its matched control. We annotated the alterations found using seve...
Збережено в:
| Опубліковано в: : | Вiopolymers and Cell |
|---|---|
| Дата: | 2015 |
| Автори: | , , , , , , , , , , , , , , , , , |
| Формат: | Стаття |
| Мова: | English |
| Опубліковано: |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
2015
|
| Теми: | |
| Онлайн доступ: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/152692 |
| Теги: |
Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
|
| Назва журналу: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Цитувати: | NGS-based identification of druggable alterations and signaling pathways – hepatocellular carcinoma case report / E.A. Kotelnikova, M.D. Logacheva, E.R. Nabieva, M.A. Pyatnitskiy, D.V. Vinogradov, A.S. Makarova, A.V. Demin, A.G. Paleeva, O.S. Kremenetskaya, A.A. Penin, A.V. Klepikova, A.S. Kasianov, D.A. Shavochkina, N.E. Kudashkin, Yu.I. Patyutko, N.S. Mugue, A.S. Kondrashov, N.L Lazarevich // Вiopolymers and Cell. — 2015. — Т. 31, № 6. — С. 436-446. — Бібліогр.: 33 назв. — англ. |
Репозитарії
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| id |
nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-152692 |
|---|---|
| record_format |
dspace |
| spelling |
Kotelnikova, E.A. Logacheva, M.D. Nabieva, E.R. Pyatnitskiy, M.A. Vinogradov, D.V. Makarova, A.S. Demin, A.V. Paleeva, A.G. Kremenetskaya, O.S. Penin, A.A. Klepikova, A.V. Kasianov, A.S. Shavochkina, D.A. Kudashkin, N.E. Patyutko, Yu.I. Mugue, N.S. Kondrashov, A.S. Lazarevich, N.L 2019-06-12T16:08:02Z 2019-06-12T16:08:02Z 2015 NGS-based identification of druggable alterations and signaling pathways – hepatocellular carcinoma case report / E.A. Kotelnikova, M.D. Logacheva, E.R. Nabieva, M.A. Pyatnitskiy, D.V. Vinogradov, A.S. Makarova, A.V. Demin, A.G. Paleeva, O.S. Kremenetskaya, A.A. Penin, A.V. Klepikova, A.S. Kasianov, D.A. Shavochkina, N.E. Kudashkin, Yu.I. Patyutko, N.S. Mugue, A.S. Kondrashov, N.L Lazarevich // Вiopolymers and Cell. — 2015. — Т. 31, № 6. — С. 436-446. — Бібліогр.: 33 назв. — англ. 0233-7657 1993-6842 DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.000901 https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/152692 57.032 Aim. To identify potential cancer driving or clinically relevant molecular events for a patient with hepatocellular carcinoma. Methods. In order to achieve this goal, we performed RNA-seq and exome sequencing for the tumor tissue and its matched control. We annotated the alterations found using several publicly available databases and bioinformatics tools. Results. We identified several differentially expressed genes linked to the classical sorafenib treatment as well as additional pathways potentially druggable by therapies studied in clinical trials (Erlotinib, Lapatinib and Temsirolimus). Several germline mutations, found in XRCC1, TP53 and DPYD, according to the data from other clinical trials, could be related to the increased sensitivity to platinum therapies and reduced sensitivity to 5-Fluorouracil. We also identified several potentially driving mutations that could not be currently linked to therapies, like deletion in CIRBP, SNVs in BTG1, ERBB3, TCF7L2 et al. Conclusions. The presented study shows the potential usefulness of the integrated approach to the NGS data analysis, including the analysis of germline mutations and transcriptome in addition to the cancer panel or the exome sequencing data. Мета. Ідентифікувати потенційно онкодрайверні або клінічно значущі молекулярні події у пацієнта з гепатоклітинною карциномою. Методи. РНК- та екзомне секвенування пухлинної тканини та відповідного контролю. Анотування знайдених змін, використовуючи декілька загальнодоступних баз даних та біоінформатичних програм. Ми також порівняли транскрипційний профіль досліджуваної пухлини з транскриптомами клітинних ліній з бази даних Genomics of Drug Sensitivity in Cancer. Результати. Ідентифіковано кілька генів, що дифференційно експресуються, і пов’язані як з класичною терапією сорафенібом, так і з додатковими сигнальними шляхами, що потенційно вразливі до терапії препаратами, які досліджувались у клініческих випробуваннях (ерлотініб, лапатініб та темсіролімус). Декілька гермінативних мутацій, знайдених в XRCC1, TP53 та DPYD, згідно з даними інших клінічних випробувань, можуть бути пов’язані з підвищеною чутливістю до платинових терапій та зменшеною чутливістю до 5-фторурацилу. Ми також ідентифікували декілька потенційно драйверних мутацій, які на цей час не можуть бути пов’язані з терапіями, наприклад делеції у CIRBP, заміни в BTG1, ERBB3, TCF7L2 тощо. Висновки. Запропоноване дослідження демонструє потенційну корисність інтегрованого підходу до NGS аналізу даних, в тому числі аналізу гермінативних мутацій та транскриптому у додаток до використання онкологічних генних панелей або даних секвенування екзому. Цель. Выявлении ключевых или клинически значимых молекулярных событий для пациента с гепатоцеллюлярной карциномой. Методы. РНК- и экзомное секвенирования опухолевой и нормальной ткани. Мы проаннотировали найденные генетические нарушения, используя несколько общедоступных баз данных и биоинформатических инструментов. Результаты. Мы определили несколько дифференциально экспрессированных генов, связанных с классической схемой лечения препаратом сорафениб, а также дополнительные пути потенциально поддающиеся терапии препаратами, включенными в клинические испытания (Эрлотиниб, Лапатиниб и Темсиролимус). Несколько герминативных мутаций, найденных в XRCC1, TP53 и DPYD, по данным из других клинических испытаний, могут быть связаны с повышенной чувствительностью к препаратам платины и пониженной чувствительностью к 5-фторурацилу. Мы также определили несколько потенциально драйверных мутаций в генах CIRBP, замены в BTG1, ErbB3, TCF7L2 и др., которые в настоящее время не связаны с терапией. Выводы. Данное исследование показывает потенциальную значимость комплексного подхода к анализу данных NGS, в том числе анализа герминативных мутаций и транскриптома в дополнение к данным из генных панелей или секвенирования экзома. The work was partly supported by grant from Russian Ministry of Education and Science (contract 14.607.21.0049, RFMEFI60714X0049). en Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Вiopolymers and Cell Genomics, Transcriptomics and Proteomics NGS-based identification of druggable alterations and signaling pathways – hepatocellular carcinoma case report Ідентифікація клінічно значущих порушень і сигнальних каскадів на основі NGS на прикладі клінічного випадку гепатоцелюлярної карциноми Идентификация клинически значимых нарушений и сигнальных каскадов на основе NGS на примере клинического случая гепатоцеллюлярной карцином Article published earlier |
| institution |
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| collection |
DSpace DC |
| title |
NGS-based identification of druggable alterations and signaling pathways – hepatocellular carcinoma case report |
| spellingShingle |
NGS-based identification of druggable alterations and signaling pathways – hepatocellular carcinoma case report Kotelnikova, E.A. Logacheva, M.D. Nabieva, E.R. Pyatnitskiy, M.A. Vinogradov, D.V. Makarova, A.S. Demin, A.V. Paleeva, A.G. Kremenetskaya, O.S. Penin, A.A. Klepikova, A.V. Kasianov, A.S. Shavochkina, D.A. Kudashkin, N.E. Patyutko, Yu.I. Mugue, N.S. Kondrashov, A.S. Lazarevich, N.L Genomics, Transcriptomics and Proteomics |
| title_short |
NGS-based identification of druggable alterations and signaling pathways – hepatocellular carcinoma case report |
| title_full |
NGS-based identification of druggable alterations and signaling pathways – hepatocellular carcinoma case report |
| title_fullStr |
NGS-based identification of druggable alterations and signaling pathways – hepatocellular carcinoma case report |
| title_full_unstemmed |
NGS-based identification of druggable alterations and signaling pathways – hepatocellular carcinoma case report |
| title_sort |
ngs-based identification of druggable alterations and signaling pathways – hepatocellular carcinoma case report |
| author |
Kotelnikova, E.A. Logacheva, M.D. Nabieva, E.R. Pyatnitskiy, M.A. Vinogradov, D.V. Makarova, A.S. Demin, A.V. Paleeva, A.G. Kremenetskaya, O.S. Penin, A.A. Klepikova, A.V. Kasianov, A.S. Shavochkina, D.A. Kudashkin, N.E. Patyutko, Yu.I. Mugue, N.S. Kondrashov, A.S. Lazarevich, N.L |
| author_facet |
Kotelnikova, E.A. Logacheva, M.D. Nabieva, E.R. Pyatnitskiy, M.A. Vinogradov, D.V. Makarova, A.S. Demin, A.V. Paleeva, A.G. Kremenetskaya, O.S. Penin, A.A. Klepikova, A.V. Kasianov, A.S. Shavochkina, D.A. Kudashkin, N.E. Patyutko, Yu.I. Mugue, N.S. Kondrashov, A.S. Lazarevich, N.L |
| topic |
Genomics, Transcriptomics and Proteomics |
| topic_facet |
Genomics, Transcriptomics and Proteomics |
| publishDate |
2015 |
| language |
English |
| container_title |
Вiopolymers and Cell |
| publisher |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
| format |
Article |
| title_alt |
Ідентифікація клінічно значущих порушень і сигнальних каскадів на основі NGS на прикладі клінічного випадку гепатоцелюлярної карциноми Идентификация клинически значимых нарушений и сигнальных каскадов на основе NGS на примере клинического случая гепатоцеллюлярной карцином |
| description |
Aim. To identify potential cancer driving or clinically relevant molecular events for a patient with hepatocellular carcinoma. Methods. In order to achieve this goal, we performed RNA-seq and exome sequencing for the tumor tissue and its matched control. We annotated the alterations found using several publicly available databases and bioinformatics tools. Results. We identified several differentially expressed genes linked to the classical sorafenib treatment as well as additional pathways potentially druggable by therapies studied in clinical trials (Erlotinib, Lapatinib and Temsirolimus). Several germline mutations, found in XRCC1, TP53 and DPYD, according to the data from other clinical trials, could be related to the increased sensitivity to platinum therapies and reduced sensitivity to 5-Fluorouracil. We also identified several potentially driving mutations that could not be currently linked to therapies, like deletion in CIRBP, SNVs in BTG1, ERBB3, TCF7L2 et al. Conclusions. The presented study shows the potential usefulness of the integrated approach to the NGS data analysis, including the analysis of germline mutations and transcriptome in addition to the cancer panel or the exome sequencing data.
Мета. Ідентифікувати потенційно онкодрайверні або клінічно значущі молекулярні події у пацієнта з гепатоклітинною карциномою. Методи. РНК- та екзомне секвенування пухлинної тканини та відповідного контролю. Анотування знайдених змін, використовуючи декілька загальнодоступних баз даних та біоінформатичних програм. Ми також порівняли транскрипційний профіль досліджуваної пухлини з транскриптомами клітинних ліній з бази даних Genomics of Drug Sensitivity in Cancer. Результати. Ідентифіковано кілька генів, що дифференційно експресуються, і пов’язані як з класичною терапією сорафенібом, так і з додатковими сигнальними шляхами, що потенційно вразливі до терапії препаратами, які досліджувались у клініческих випробуваннях (ерлотініб, лапатініб та темсіролімус). Декілька гермінативних мутацій, знайдених в XRCC1, TP53 та DPYD, згідно з даними інших клінічних випробувань, можуть бути пов’язані з підвищеною чутливістю до платинових терапій та зменшеною чутливістю до 5-фторурацилу. Ми також ідентифікували декілька потенційно драйверних мутацій, які на цей час не можуть бути пов’язані з терапіями, наприклад делеції у CIRBP, заміни в BTG1, ERBB3, TCF7L2 тощо. Висновки. Запропоноване дослідження демонструє потенційну корисність інтегрованого підходу до NGS аналізу даних, в тому числі аналізу гермінативних мутацій та транскриптому у додаток до використання онкологічних генних панелей або даних секвенування екзому.
Цель. Выявлении ключевых или клинически значимых молекулярных событий для пациента с гепатоцеллюлярной карциномой. Методы. РНК- и экзомное секвенирования опухолевой и нормальной ткани. Мы проаннотировали найденные генетические нарушения, используя несколько общедоступных баз данных и биоинформатических инструментов. Результаты. Мы определили несколько дифференциально экспрессированных генов, связанных с классической схемой лечения препаратом сорафениб, а также дополнительные пути потенциально поддающиеся терапии препаратами, включенными в клинические испытания (Эрлотиниб, Лапатиниб и Темсиролимус). Несколько герминативных мутаций, найденных в XRCC1, TP53 и DPYD, по данным из других клинических испытаний, могут быть связаны с повышенной чувствительностью к препаратам платины и пониженной чувствительностью к 5-фторурацилу. Мы также определили несколько потенциально драйверных мутаций в генах CIRBP, замены в BTG1, ErbB3, TCF7L2 и др., которые в настоящее время не связаны с терапией. Выводы. Данное исследование показывает потенциальную значимость комплексного подхода к анализу данных NGS, в том числе анализа герминативных мутаций и транскриптома в дополнение к данным из генных панелей или секвенирования экзома.
|
| issn |
0233-7657 |
| url |
https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/152692 |
| citation_txt |
NGS-based identification of druggable alterations and signaling pathways – hepatocellular carcinoma case report / E.A. Kotelnikova, M.D. Logacheva, E.R. Nabieva, M.A. Pyatnitskiy, D.V. Vinogradov, A.S. Makarova, A.V. Demin, A.G. Paleeva, O.S. Kremenetskaya, A.A. Penin, A.V. Klepikova, A.S. Kasianov, D.A. Shavochkina, N.E. Kudashkin, Yu.I. Patyutko, N.S. Mugue, A.S. Kondrashov, N.L Lazarevich // Вiopolymers and Cell. — 2015. — Т. 31, № 6. — С. 436-446. — Бібліогр.: 33 назв. — англ. |
| work_keys_str_mv |
AT kotelnikovaea ngsbasedidentificationofdruggablealterationsandsignalingpathwayshepatocellularcarcinomacasereport AT logachevamd ngsbasedidentificationofdruggablealterationsandsignalingpathwayshepatocellularcarcinomacasereport AT nabievaer ngsbasedidentificationofdruggablealterationsandsignalingpathwayshepatocellularcarcinomacasereport AT pyatnitskiyma ngsbasedidentificationofdruggablealterationsandsignalingpathwayshepatocellularcarcinomacasereport AT vinogradovdv ngsbasedidentificationofdruggablealterationsandsignalingpathwayshepatocellularcarcinomacasereport AT makarovaas ngsbasedidentificationofdruggablealterationsandsignalingpathwayshepatocellularcarcinomacasereport AT deminav ngsbasedidentificationofdruggablealterationsandsignalingpathwayshepatocellularcarcinomacasereport AT paleevaag ngsbasedidentificationofdruggablealterationsandsignalingpathwayshepatocellularcarcinomacasereport AT kremenetskayaos ngsbasedidentificationofdruggablealterationsandsignalingpathwayshepatocellularcarcinomacasereport AT peninaa ngsbasedidentificationofdruggablealterationsandsignalingpathwayshepatocellularcarcinomacasereport AT klepikovaav ngsbasedidentificationofdruggablealterationsandsignalingpathwayshepatocellularcarcinomacasereport AT kasianovas ngsbasedidentificationofdruggablealterationsandsignalingpathwayshepatocellularcarcinomacasereport AT shavochkinada ngsbasedidentificationofdruggablealterationsandsignalingpathwayshepatocellularcarcinomacasereport AT kudashkinne ngsbasedidentificationofdruggablealterationsandsignalingpathwayshepatocellularcarcinomacasereport AT patyutkoyui ngsbasedidentificationofdruggablealterationsandsignalingpathwayshepatocellularcarcinomacasereport AT muguens ngsbasedidentificationofdruggablealterationsandsignalingpathwayshepatocellularcarcinomacasereport AT kondrashovas ngsbasedidentificationofdruggablealterationsandsignalingpathwayshepatocellularcarcinomacasereport AT lazarevichnl ngsbasedidentificationofdruggablealterationsandsignalingpathwayshepatocellularcarcinomacasereport AT kotelnikovaea ídentifíkacíâklíníčnoznačuŝihporušenʹísignalʹnihkaskadívnaosnovíngsnaprikladíklíníčnogovipadkugepatocelûlârnoíkarcinomi AT logachevamd ídentifíkacíâklíníčnoznačuŝihporušenʹísignalʹnihkaskadívnaosnovíngsnaprikladíklíníčnogovipadkugepatocelûlârnoíkarcinomi AT nabievaer ídentifíkacíâklíníčnoznačuŝihporušenʹísignalʹnihkaskadívnaosnovíngsnaprikladíklíníčnogovipadkugepatocelûlârnoíkarcinomi AT pyatnitskiyma ídentifíkacíâklíníčnoznačuŝihporušenʹísignalʹnihkaskadívnaosnovíngsnaprikladíklíníčnogovipadkugepatocelûlârnoíkarcinomi AT vinogradovdv ídentifíkacíâklíníčnoznačuŝihporušenʹísignalʹnihkaskadívnaosnovíngsnaprikladíklíníčnogovipadkugepatocelûlârnoíkarcinomi AT makarovaas ídentifíkacíâklíníčnoznačuŝihporušenʹísignalʹnihkaskadívnaosnovíngsnaprikladíklíníčnogovipadkugepatocelûlârnoíkarcinomi AT deminav ídentifíkacíâklíníčnoznačuŝihporušenʹísignalʹnihkaskadívnaosnovíngsnaprikladíklíníčnogovipadkugepatocelûlârnoíkarcinomi AT paleevaag ídentifíkacíâklíníčnoznačuŝihporušenʹísignalʹnihkaskadívnaosnovíngsnaprikladíklíníčnogovipadkugepatocelûlârnoíkarcinomi AT kremenetskayaos ídentifíkacíâklíníčnoznačuŝihporušenʹísignalʹnihkaskadívnaosnovíngsnaprikladíklíníčnogovipadkugepatocelûlârnoíkarcinomi AT peninaa ídentifíkacíâklíníčnoznačuŝihporušenʹísignalʹnihkaskadívnaosnovíngsnaprikladíklíníčnogovipadkugepatocelûlârnoíkarcinomi AT klepikovaav ídentifíkacíâklíníčnoznačuŝihporušenʹísignalʹnihkaskadívnaosnovíngsnaprikladíklíníčnogovipadkugepatocelûlârnoíkarcinomi AT kasianovas ídentifíkacíâklíníčnoznačuŝihporušenʹísignalʹnihkaskadívnaosnovíngsnaprikladíklíníčnogovipadkugepatocelûlârnoíkarcinomi AT shavochkinada ídentifíkacíâklíníčnoznačuŝihporušenʹísignalʹnihkaskadívnaosnovíngsnaprikladíklíníčnogovipadkugepatocelûlârnoíkarcinomi AT kudashkinne ídentifíkacíâklíníčnoznačuŝihporušenʹísignalʹnihkaskadívnaosnovíngsnaprikladíklíníčnogovipadkugepatocelûlârnoíkarcinomi AT patyutkoyui ídentifíkacíâklíníčnoznačuŝihporušenʹísignalʹnihkaskadívnaosnovíngsnaprikladíklíníčnogovipadkugepatocelûlârnoíkarcinomi AT muguens ídentifíkacíâklíníčnoznačuŝihporušenʹísignalʹnihkaskadívnaosnovíngsnaprikladíklíníčnogovipadkugepatocelûlârnoíkarcinomi AT kondrashovas ídentifíkacíâklíníčnoznačuŝihporušenʹísignalʹnihkaskadívnaosnovíngsnaprikladíklíníčnogovipadkugepatocelûlârnoíkarcinomi AT lazarevichnl ídentifíkacíâklíníčnoznačuŝihporušenʹísignalʹnihkaskadívnaosnovíngsnaprikladíklíníčnogovipadkugepatocelûlârnoíkarcinomi AT kotelnikovaea identifikaciâkliničeskiznačimyhnarušeniiisignalʹnyhkaskadovnaosnovengsnaprimerekliničeskogoslučaâgepatocellûlârnoikarcinom AT logachevamd identifikaciâkliničeskiznačimyhnarušeniiisignalʹnyhkaskadovnaosnovengsnaprimerekliničeskogoslučaâgepatocellûlârnoikarcinom AT nabievaer identifikaciâkliničeskiznačimyhnarušeniiisignalʹnyhkaskadovnaosnovengsnaprimerekliničeskogoslučaâgepatocellûlârnoikarcinom AT pyatnitskiyma identifikaciâkliničeskiznačimyhnarušeniiisignalʹnyhkaskadovnaosnovengsnaprimerekliničeskogoslučaâgepatocellûlârnoikarcinom AT vinogradovdv identifikaciâkliničeskiznačimyhnarušeniiisignalʹnyhkaskadovnaosnovengsnaprimerekliničeskogoslučaâgepatocellûlârnoikarcinom AT makarovaas identifikaciâkliničeskiznačimyhnarušeniiisignalʹnyhkaskadovnaosnovengsnaprimerekliničeskogoslučaâgepatocellûlârnoikarcinom AT deminav identifikaciâkliničeskiznačimyhnarušeniiisignalʹnyhkaskadovnaosnovengsnaprimerekliničeskogoslučaâgepatocellûlârnoikarcinom AT paleevaag identifikaciâkliničeskiznačimyhnarušeniiisignalʹnyhkaskadovnaosnovengsnaprimerekliničeskogoslučaâgepatocellûlârnoikarcinom AT kremenetskayaos identifikaciâkliničeskiznačimyhnarušeniiisignalʹnyhkaskadovnaosnovengsnaprimerekliničeskogoslučaâgepatocellûlârnoikarcinom AT peninaa identifikaciâkliničeskiznačimyhnarušeniiisignalʹnyhkaskadovnaosnovengsnaprimerekliničeskogoslučaâgepatocellûlârnoikarcinom AT klepikovaav identifikaciâkliničeskiznačimyhnarušeniiisignalʹnyhkaskadovnaosnovengsnaprimerekliničeskogoslučaâgepatocellûlârnoikarcinom AT kasianovas identifikaciâkliničeskiznačimyhnarušeniiisignalʹnyhkaskadovnaosnovengsnaprimerekliničeskogoslučaâgepatocellûlârnoikarcinom AT shavochkinada identifikaciâkliničeskiznačimyhnarušeniiisignalʹnyhkaskadovnaosnovengsnaprimerekliničeskogoslučaâgepatocellûlârnoikarcinom AT kudashkinne identifikaciâkliničeskiznačimyhnarušeniiisignalʹnyhkaskadovnaosnovengsnaprimerekliničeskogoslučaâgepatocellûlârnoikarcinom AT patyutkoyui identifikaciâkliničeskiznačimyhnarušeniiisignalʹnyhkaskadovnaosnovengsnaprimerekliničeskogoslučaâgepatocellûlârnoikarcinom AT muguens identifikaciâkliničeskiznačimyhnarušeniiisignalʹnyhkaskadovnaosnovengsnaprimerekliničeskogoslučaâgepatocellûlârnoikarcinom AT kondrashovas identifikaciâkliničeskiznačimyhnarušeniiisignalʹnyhkaskadovnaosnovengsnaprimerekliničeskogoslučaâgepatocellûlârnoikarcinom AT lazarevichnl identifikaciâkliničeskiznačimyhnarušeniiisignalʹnyhkaskadovnaosnovengsnaprimerekliničeskogoslučaâgepatocellûlârnoikarcinom |
| first_indexed |
2025-12-07T17:15:56Z |
| last_indexed |
2025-12-07T17:15:56Z |
| _version_ |
1850870602411278336 |