Выявление участков ДНК, специфичных для регуляторных районов контролируемых глюкокортикоидами генов, методом компьютерного анализа

Выявление участков ДНК, специфичных для регуляторных районов контролируемых глюкокортикоидами генов, методом компьютерного анализа

Методом компьютерного анализа исследованы нуклеотидные последовательности 12 регулируемых глюкокортикоидами генов и 21 гена, не регулируемого этими гормонами. Показано, что консенсус TGTTCT, выявленный рядом авторов во фрагментах ДНК, защищенных глюкокортикоид-рецепторными комплексами от нуклеаз, не...

Full description

Saved in:
Bibliographic Details
Published in:Биополимеры и клетка
Date:1986
Main Authors: Меркулова, Т.И., Соловьев, В.В., Колчанов, Н.А., Плисов, С.Ю., Баранова, Л.В., Меркулов, В.М., Салганик, Р.И.
Format: Article
Language:Russian
Published: Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 1986
Subjects:
Клеточная биология
Online Access:https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/152735
Tags: Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
Journal Title:Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
Cite this:Выявление участков ДНК, специфичных для регуляторных районов контролируемых глюкокортикоидами генов, методом компьютерного анализа / Т.И. Меркулова, В.В. Соловьев, Н.А. Колчанов, С.Ю. Плисов, Л.В. Баранова, В.М. Меркулов, Р.И. Салганик // Биополимеры и клетка. — 1986. — Т. 2, № 2. — С.93-101. — Бібліогр.: 21 назв. — рос.

Institution

Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
id nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-152735
record_format dspace
spelling Меркулова, Т.И.
Соловьев, В.В.
Колчанов, Н.А.
Плисов, С.Ю.
Баранова, Л.В.
Меркулов, В.М.
Салганик, Р.И.
2019-06-12T17:00:41Z
2019-06-12T17:00:41Z
1986
Выявление участков ДНК, специфичных для регуляторных районов контролируемых глюкокортикоидами генов, методом компьютерного анализа / Т.И. Меркулова, В.В. Соловьев, Н.А. Колчанов, С.Ю. Плисов, Л.В. Баранова, В.М. Меркулов, Р.И. Салганик // Биополимеры и клетка. — 1986. — Т. 2, № 2. — С.93-101. — Бібліогр.: 21 назв. — рос.
0233-7657
DOI:http://dx.doi.org/10.7124/bc.0001A2
https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/152735
576.315.42
Методом компьютерного анализа исследованы нуклеотидные последовательности 12 регулируемых глюкокортикоидами генов и 21 гена, не регулируемого этими гормонами. Показано, что консенсус TGTTCT, выявленный рядом авторов во фрагментах ДНК, защищенных глюкокортикоид-рецепторными комплексами от нуклеаз, неспецифичен для глюкокортикоид-регулируемых генов. Однако только для этих генов характерна закономерность в расположении четырех остатков цитозина в районе консенсуса: один из них принадлежит самому консенсусу, три отстоят друг от друга на расстоянии 8 –10 п.н., а четвертый расположен через 6 п. н. от третьего, что обеспечивает в составе двойной спирали ДНК расположение консенсуса в тесном соседстве с двумя остатками цитозина и комплементарным четвертому цитозину остатком гуанина по одной стороне спирали. Предполагается, что гормон-рецепторный комплекс опознает этот специфичный компактный участок двойной спирали ДНК, образованный консенсусом и фланкирующими его цитозиновыми и гуаниновыми остатками.
Методом комп’ютерного аналізу досліджено нуклеотидні послідовності 12 регульованих глюкокортикоїдами генів і 21 гена, що не регулюються цими гормонами. Показано, що консенсус TGTTCT, виявлений низкою авторів у фрагментах ДНК, захищених глюкокортикоїд-рецепторними комплексами від нуклеаз, є неспецифічним для глюкокортикоїд-регульованих генів. Однак тільки для цих генів характерна закономірність у розташуванні чотирьох залишків цитозину в районі консенсусу: один з них належить власне консенсусу, три відстоять один від одного на відстані 8–10 п. н., а четвертий розташований через 6 п. н. від третього, що забезпечує в складі подвійної спіралі ДНК розташування консенсусу у тісному сусідстві з двома залишками цитозину і комплементарним четвертому цитозину залишком гуаніну по одному боку спіралі. Передбачається, що гормон-рецепторний комплекс упізнає цю специфічну компактну ділянку подвійної спіралі ДНК, утворену консенсусом і фланкуючими його цитозиновими і гуаніновими залишками.
The contextual computer analysis was used to study the nucleotide sequences of 33 eucaryotic genes, out of which 12 were regulated by glucocorticoids and 21 were not. This analysis has revealed that the consensus TGTTCT found previously in the 5-flanking regions of genes which are protected by glucocorticoid-receptor complexes from nucleases is unspecific to glucocorticoid-regulated genes. However, the analysis of the sequences flanking the TGTTCT consensus has revealed that the presence of four regularly distributed cytosine residues, one in the consensus itself and three in its vicinity, occurs only in the genes which are regulated by glucocorticoids. Three of the cytosine residues are separated by 8-10 bp while one outer residue is 6 bp away from the nearest cytosine. Distances from the 8 to 10 bp between the cytosine residues in the TGTTCT itself and those in its surroundings mean that they are located in a close proximity at one side of the DNA double helix. It is supposed that in the DNA helix the consensus and the flanking cytosine residues form a specific site for interaction with the glucocorticoid-receptor complex.
ru
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
Биополимеры и клетка
Клеточная биология
Выявление участков ДНК, специфичных для регуляторных районов контролируемых глюкокортикоидами генов, методом компьютерного анализа
Виявлення ділянок ДНК, специфічних для регуляторних районів контрольованих глюкокортикоїдами генів, методом комп’ютерного аналізу
Identification of DNA fragments specific to regulatory regions of glucocorticoid-regulated genes by the computer analysis method
Article
published earlier
institution Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
collection DSpace DC
title Выявление участков ДНК, специфичных для регуляторных районов контролируемых глюкокортикоидами генов, методом компьютерного анализа
spellingShingle Выявление участков ДНК, специфичных для регуляторных районов контролируемых глюкокортикоидами генов, методом компьютерного анализа
Меркулова, Т.И.
Соловьев, В.В.
Колчанов, Н.А.
Плисов, С.Ю.
Баранова, Л.В.
Меркулов, В.М.
Салганик, Р.И.
Клеточная биология
title_short Выявление участков ДНК, специфичных для регуляторных районов контролируемых глюкокортикоидами генов, методом компьютерного анализа
title_full Выявление участков ДНК, специфичных для регуляторных районов контролируемых глюкокортикоидами генов, методом компьютерного анализа
title_fullStr Выявление участков ДНК, специфичных для регуляторных районов контролируемых глюкокортикоидами генов, методом компьютерного анализа
title_full_unstemmed Выявление участков ДНК, специфичных для регуляторных районов контролируемых глюкокортикоидами генов, методом компьютерного анализа
title_sort выявление участков днк, специфичных для регуляторных районов контролируемых глюкокортикоидами генов, методом компьютерного анализа
author Меркулова, Т.И.
Соловьев, В.В.
Колчанов, Н.А.
Плисов, С.Ю.
Баранова, Л.В.
Меркулов, В.М.
Салганик, Р.И.
author_facet Меркулова, Т.И.
Соловьев, В.В.
Колчанов, Н.А.
Плисов, С.Ю.
Баранова, Л.В.
Меркулов, В.М.
Салганик, Р.И.
topic Клеточная биология
topic_facet Клеточная биология
publishDate 1986
language Russian
container_title Биополимеры и клетка
publisher Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
format Article
title_alt Виявлення ділянок ДНК, специфічних для регуляторних районів контрольованих глюкокортикоїдами генів, методом комп’ютерного аналізу
Identification of DNA fragments specific to regulatory regions of glucocorticoid-regulated genes by the computer analysis method
description Методом компьютерного анализа исследованы нуклеотидные последовательности 12 регулируемых глюкокортикоидами генов и 21 гена, не регулируемого этими гормонами. Показано, что консенсус TGTTCT, выявленный рядом авторов во фрагментах ДНК, защищенных глюкокортикоид-рецепторными комплексами от нуклеаз, неспецифичен для глюкокортикоид-регулируемых генов. Однако только для этих генов характерна закономерность в расположении четырех остатков цитозина в районе консенсуса: один из них принадлежит самому консенсусу, три отстоят друг от друга на расстоянии 8 –10 п.н., а четвертый расположен через 6 п. н. от третьего, что обеспечивает в составе двойной спирали ДНК расположение консенсуса в тесном соседстве с двумя остатками цитозина и комплементарным четвертому цитозину остатком гуанина по одной стороне спирали. Предполагается, что гормон-рецепторный комплекс опознает этот специфичный компактный участок двойной спирали ДНК, образованный консенсусом и фланкирующими его цитозиновыми и гуаниновыми остатками. Методом комп’ютерного аналізу досліджено нуклеотидні послідовності 12 регульованих глюкокортикоїдами генів і 21 гена, що не регулюються цими гормонами. Показано, що консенсус TGTTCT, виявлений низкою авторів у фрагментах ДНК, захищених глюкокортикоїд-рецепторними комплексами від нуклеаз, є неспецифічним для глюкокортикоїд-регульованих генів. Однак тільки для цих генів характерна закономірність у розташуванні чотирьох залишків цитозину в районі консенсусу: один з них належить власне консенсусу, три відстоять один від одного на відстані 8–10 п. н., а четвертий розташований через 6 п. н. від третього, що забезпечує в складі подвійної спіралі ДНК розташування консенсусу у тісному сусідстві з двома залишками цитозину і комплементарним четвертому цитозину залишком гуаніну по одному боку спіралі. Передбачається, що гормон-рецепторний комплекс упізнає цю специфічну компактну ділянку подвійної спіралі ДНК, утворену консенсусом і фланкуючими його цитозиновими і гуаніновими залишками. The contextual computer analysis was used to study the nucleotide sequences of 33 eucaryotic genes, out of which 12 were regulated by glucocorticoids and 21 were not. This analysis has revealed that the consensus TGTTCT found previously in the 5-flanking regions of genes which are protected by glucocorticoid-receptor complexes from nucleases is unspecific to glucocorticoid-regulated genes. However, the analysis of the sequences flanking the TGTTCT consensus has revealed that the presence of four regularly distributed cytosine residues, one in the consensus itself and three in its vicinity, occurs only in the genes which are regulated by glucocorticoids. Three of the cytosine residues are separated by 8-10 bp while one outer residue is 6 bp away from the nearest cytosine. Distances from the 8 to 10 bp between the cytosine residues in the TGTTCT itself and those in its surroundings mean that they are located in a close proximity at one side of the DNA double helix. It is supposed that in the DNA helix the consensus and the flanking cytosine residues form a specific site for interaction with the glucocorticoid-receptor complex.
issn 0233-7657
url https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/152735
citation_txt Выявление участков ДНК, специфичных для регуляторных районов контролируемых глюкокортикоидами генов, методом компьютерного анализа / Т.И. Меркулова, В.В. Соловьев, Н.А. Колчанов, С.Ю. Плисов, Л.В. Баранова, В.М. Меркулов, Р.И. Салганик // Биополимеры и клетка. — 1986. — Т. 2, № 2. — С.93-101. — Бібліогр.: 21 назв. — рос.
work_keys_str_mv AT merkulovati vyâvlenieučastkovdnkspecifičnyhdlâregulâtornyhraionovkontroliruemyhglûkokortikoidamigenovmetodomkompʹûternogoanaliza
AT solovʹevvv vyâvlenieučastkovdnkspecifičnyhdlâregulâtornyhraionovkontroliruemyhglûkokortikoidamigenovmetodomkompʹûternogoanaliza
AT kolčanovna vyâvlenieučastkovdnkspecifičnyhdlâregulâtornyhraionovkontroliruemyhglûkokortikoidamigenovmetodomkompʹûternogoanaliza
AT plisovsû vyâvlenieučastkovdnkspecifičnyhdlâregulâtornyhraionovkontroliruemyhglûkokortikoidamigenovmetodomkompʹûternogoanaliza
AT baranovalv vyâvlenieučastkovdnkspecifičnyhdlâregulâtornyhraionovkontroliruemyhglûkokortikoidamigenovmetodomkompʹûternogoanaliza
AT merkulovvm vyâvlenieučastkovdnkspecifičnyhdlâregulâtornyhraionovkontroliruemyhglûkokortikoidamigenovmetodomkompʹûternogoanaliza
AT salganikri vyâvlenieučastkovdnkspecifičnyhdlâregulâtornyhraionovkontroliruemyhglûkokortikoidamigenovmetodomkompʹûternogoanaliza
AT merkulovati viâvlennâdílânokdnkspecifíčnihdlâregulâtornihraionívkontrolʹovanihglûkokortikoídamigenívmetodomkompûternogoanalízu
AT solovʹevvv viâvlennâdílânokdnkspecifíčnihdlâregulâtornihraionívkontrolʹovanihglûkokortikoídamigenívmetodomkompûternogoanalízu
AT kolčanovna viâvlennâdílânokdnkspecifíčnihdlâregulâtornihraionívkontrolʹovanihglûkokortikoídamigenívmetodomkompûternogoanalízu
AT plisovsû viâvlennâdílânokdnkspecifíčnihdlâregulâtornihraionívkontrolʹovanihglûkokortikoídamigenívmetodomkompûternogoanalízu
AT baranovalv viâvlennâdílânokdnkspecifíčnihdlâregulâtornihraionívkontrolʹovanihglûkokortikoídamigenívmetodomkompûternogoanalízu
AT merkulovvm viâvlennâdílânokdnkspecifíčnihdlâregulâtornihraionívkontrolʹovanihglûkokortikoídamigenívmetodomkompûternogoanalízu
AT salganikri viâvlennâdílânokdnkspecifíčnihdlâregulâtornihraionívkontrolʹovanihglûkokortikoídamigenívmetodomkompûternogoanalízu
AT merkulovati identificationofdnafragmentsspecifictoregulatoryregionsofglucocorticoidregulatedgenesbythecomputeranalysismethod
AT solovʹevvv identificationofdnafragmentsspecifictoregulatoryregionsofglucocorticoidregulatedgenesbythecomputeranalysismethod
AT kolčanovna identificationofdnafragmentsspecifictoregulatoryregionsofglucocorticoidregulatedgenesbythecomputeranalysismethod
AT plisovsû identificationofdnafragmentsspecifictoregulatoryregionsofglucocorticoidregulatedgenesbythecomputeranalysismethod
AT baranovalv identificationofdnafragmentsspecifictoregulatoryregionsofglucocorticoidregulatedgenesbythecomputeranalysismethod
AT merkulovvm identificationofdnafragmentsspecifictoregulatoryregionsofglucocorticoidregulatedgenesbythecomputeranalysismethod
AT salganikri identificationofdnafragmentsspecifictoregulatoryregionsofglucocorticoidregulatedgenesbythecomputeranalysismethod
first_indexed 2025-12-02T07:35:34Z
last_indexed 2025-12-02T07:35:34Z
_version_ 1850861876482670593

Similar Items