Компьютерный поиск в Аlu-повторах промотороподобных последовательностей для РНК-полимеразы II и потенциальных пептидов Alu
В первом мономере Alu-повторов компьютерным анализом обнаружены CAAT- и TATA-блоки, характерные для промоторов эукариотических генов, транскрибируемых PHK-полимеразой II. Во втором мономере Alu-повторов обнаружены открытые рамки считывания, кодирующие короткие пептиды. Два мажорных класса этих пепти...
Збережено в:
| Опубліковано в: : | Биополимеры и клетка |
|---|---|
| Дата: | 1991 |
| Автор: | |
| Формат: | Стаття |
| Мова: | Russian |
| Опубліковано: |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
1991
|
| Онлайн доступ: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/152751 |
| Теги: |
Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
|
| Назва журналу: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Цитувати: | Компьютерный поиск в Аlu-повторах промотороподобных последовательностей для РНК-полимеразы II и потенциальных пептидов Alu / С.З. Мальченко // Биополимеры и клетка. — 1991. — Т. 7, № 1. — С. 38-39 — Бібліогр.: 9 назв. — рос. |
Репозитарії
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| id |
nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-152751 |
|---|---|
| record_format |
dspace |
| spelling |
Мальченко, С.З. 2019-06-12T17:40:25Z 2019-06-12T17:40:25Z 1991 Компьютерный поиск в Аlu-повторах промотороподобных последовательностей для РНК-полимеразы II и потенциальных пептидов Alu / С.З. Мальченко // Биополимеры и клетка. — 1991. — Т. 7, № 1. — С. 38-39 — Бібліогр.: 9 назв. — рос. 0233-7657 http://dx.doi.org/10.7124/bc.0002AF https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/152751 681.142.35 + 577.15+371.24 В первом мономере Alu-повторов компьютерным анализом обнаружены CAAT- и TATA-блоки, характерные для промоторов эукариотических генов, транскрибируемых PHK-полимеразой II. Во втором мономере Alu-повторов обнаружены открытые рамки считывания, кодирующие короткие пептиды. Два мажорных класса этих пептидов составляют около 75% всех потенциальных пептидов Alu, они названы соответственно EAE- и GG-потенциальными пептидами Alu. У першому мономері Alu-повторів комп'ютерним аналізом виявлені CAAT- і TATA- блоки, які характерні промоторам еукаріотичиих генів, що транскрибуються РНК-полімеразою II. У другому мономері Alu-повторів знайдені відкриті рамки зчитування, які кодують короткі пептиди. Два мажорних класи цих пептидів складають біля 75 % усіх потенціальних пептидів Alu, їх названо відповідно EAE- та GG-потенційнимн пептидами. CAAC and TATA boxes typical on many eukaryotic RNA-polymerase II promoters are observed in the first monomer of Alu-repeats. The computer analysis has shown that these boxes are homological to corespondent functional sites. Open reading frames coding short peptides are found in the second monomer of Alu-repeats. Two major types of peptides are distinguished among these potential peptides. They contain up to 75 % of all the peptides and are called EAE and GG-peptides, respectively. ru Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Биополимеры и клетка Компьютерный поиск в Аlu-повторах промотороподобных последовательностей для РНК-полимеразы II и потенциальных пептидов Alu Комп’ютерний пошук в Alu-повторах промотороподібних послідовностях для РНК-полімерази ІІ і потенційних пептидів Alu Computer search for promoter-like sequences for RNA-polymerase II and potential peptides among Alu-repeats Article published earlier |
| institution |
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| collection |
DSpace DC |
| title |
Компьютерный поиск в Аlu-повторах промотороподобных последовательностей для РНК-полимеразы II и потенциальных пептидов Alu |
| spellingShingle |
Компьютерный поиск в Аlu-повторах промотороподобных последовательностей для РНК-полимеразы II и потенциальных пептидов Alu Мальченко, С.З. |
| title_short |
Компьютерный поиск в Аlu-повторах промотороподобных последовательностей для РНК-полимеразы II и потенциальных пептидов Alu |
| title_full |
Компьютерный поиск в Аlu-повторах промотороподобных последовательностей для РНК-полимеразы II и потенциальных пептидов Alu |
| title_fullStr |
Компьютерный поиск в Аlu-повторах промотороподобных последовательностей для РНК-полимеразы II и потенциальных пептидов Alu |
| title_full_unstemmed |
Компьютерный поиск в Аlu-повторах промотороподобных последовательностей для РНК-полимеразы II и потенциальных пептидов Alu |
| title_sort |
компьютерный поиск в аlu-повторах промотороподобных последовательностей для рнк-полимеразы ii и потенциальных пептидов alu |
| author |
Мальченко, С.З. |
| author_facet |
Мальченко, С.З. |
| publishDate |
1991 |
| language |
Russian |
| container_title |
Биополимеры и клетка |
| publisher |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
| format |
Article |
| title_alt |
Комп’ютерний пошук в Alu-повторах промотороподібних послідовностях для РНК-полімерази ІІ і потенційних пептидів Alu Computer search for promoter-like sequences for RNA-polymerase II and potential peptides among Alu-repeats |
| description |
В первом мономере Alu-повторов компьютерным анализом обнаружены CAAT- и TATA-блоки, характерные для промоторов эукариотических генов, транскрибируемых PHK-полимеразой II. Во втором мономере Alu-повторов обнаружены открытые рамки считывания, кодирующие короткие пептиды. Два мажорных класса этих пептидов составляют около 75% всех потенциальных пептидов Alu, они названы соответственно EAE- и GG-потенциальными пептидами Alu.
У першому мономері Alu-повторів комп'ютерним аналізом виявлені CAAT- і TATA- блоки, які характерні промоторам еукаріотичиих генів, що транскрибуються РНК-полімеразою II. У другому мономері Alu-повторів знайдені відкриті рамки зчитування, які кодують короткі пептиди. Два мажорних класи цих пептидів складають біля 75 % усіх потенціальних пептидів Alu, їх названо відповідно EAE- та GG-потенційнимн пептидами.
CAAC and TATA boxes typical on many eukaryotic RNA-polymerase II promoters are observed in the first monomer of Alu-repeats. The computer analysis has shown that these boxes are homological to corespondent functional sites. Open reading frames coding short peptides are found in the second monomer of Alu-repeats. Two major types of peptides are distinguished among these potential peptides. They contain up to 75 % of all the peptides and are called EAE and GG-peptides, respectively.
|
| issn |
0233-7657 |
| url |
https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/152751 |
| citation_txt |
Компьютерный поиск в Аlu-повторах промотороподобных последовательностей для РНК-полимеразы II и потенциальных пептидов Alu / С.З. Мальченко // Биополимеры и клетка. — 1991. — Т. 7, № 1. — С. 38-39 — Бібліогр.: 9 назв. — рос. |
| work_keys_str_mv |
AT malʹčenkosz kompʹûternyipoiskvalupovtorahpromotoropodobnyhposledovatelʹnosteidlârnkpolimerazyiiipotencialʹnyhpeptidovalu AT malʹčenkosz kompûterniipošukvalupovtorahpromotoropodíbnihposlídovnostâhdlârnkpolímeraziííípotencíinihpeptidívalu AT malʹčenkosz computersearchforpromoterlikesequencesforrnapolymeraseiiandpotentialpeptidesamongalurepeats |
| first_indexed |
2025-11-27T02:28:32Z |
| last_indexed |
2025-11-27T02:28:32Z |
| _version_ |
1850791462019530752 |
| fulltext |
УДК 681.142.35 + 577.15+371.24
С. З. Мальченко
КОМПЬЮТЕРНЫЙ ПОИСК В АІи-ПОВТОРАХ
ПРОМОТОРОПОДОБНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ
ДЛЯ РНК-ПОЛИМЕРАЗЫ Ц И ПОТЕНЦИАЛЬНЫХ ПЕПТИДОВ Alu
В первом мономере Alu-ηοβτοροβ компьютерным анализом обнаружены CAAT- и TATA-
блоки, характерные для промоторов эукариотических генов, транскрибируемых PHK-
полимеразой II. Во втором мономере Alu-ηοβτοροβ обнаружены открытые рамки счи-
тывания, кодирующие короткие пептиды. Два мажорных класса этих пептидов состав-
ляют около 75% всех потенциальных пептидов Alu, они названы соответственно
EAE- и GG-потенциальными пептидами Alu.
Функциональная роль Alu-повторов в настоящий момент неочевидна [1].
Показано, однако, наличие в Alu энхансероподобных структур, промо-
тора РНК-полимеразы III и ряда других функциональных сайтов [1—-
4]. В цитоплазме клеток идентифицированы poly ( A ) + и poly ( A ) - A l u +
+ P H I v размерами от 100 до 1 500 п. н., функциональная роль которых
пока не выяснена [3—5]. В связи с этим представляет определенный ин-
терес изучение возможности функционирования Alu-повторов как мат-
рицы для РНК-полимеразы II.
Материалы и методы. В работе использован минибанк Alu-попторов,
любезно предоставленный В. В. Капитоновым (Ип-т цитологии и гене-
тики Сиб. отд-ния АН СССР) . Статистическая обработка заключалась
в оценке неслучайного сходства с функциональным сайтом, предложен-
ной в работе [6].
Результаты и обсуждение. В генах, транскрибируемых РНК-поли-
меразой II, ранее обнаружены два консенсусних блока: СААТ-блок
(GGC/TCAATCT) и ТАТА-блок (ТАТАА/ТАА/Т) с относительным рас-
стоянием между ними 45—55 п. н. [1]. На выборке из 65 Alu-повторов
компьютерным анализом нами определены следующие блоки: GG/AC/
/TCAA/GCCT (уровень совпадения с СААТ-блоком 8 0 % ) и
ТАААААТАСАААА (уровень совпадения с ТАТА-блоком 90 %), находя-
щиеся соответственно в средних позициях 81 и 121 п. н. (относительное
расстояние между блоками 40 п. н.). Определен доверительный интер-
вал для встречаемости CAAT- и ТАТА-блоков в Alu, он соответственно
р а в е н PCAAT = O , 8 5 ± 0 , 1 5 и PTATA = 0 , 8 9 + 0 , 1 4 , т . е . о т 7 0 д о 100 % A l u в
генеральной совокупности Alu-повторов содержат СААТ-блок и от 75 до
100 % — ТАТА-блок. Оценка сходства ТАТА-блока Alu с консенсусом
ТАТА-блока показала его неслучайность.
С первого (после ТАААААТАСАААА-блока) ATG-кодона (средняя
позиция 165 п. н.) считаны потенциальные пептиды (ПП) . Определены
девять классов ПП, среди которых выделены два мажорных, составля-
ющих 75 % всех П П Alu-повторов. После выравнивания (вручную)
аминокислотных последовательностей выведен консенсус для этих двух
классов ПП, названных нами соответственно ЕАЕ-пептидом и GG-nen-
тидом:
M P V I / V P A T / I R E A E A G E S L E P R / G R Q / L R L Q / R Е А Е - П П
M V A H A C S P S Y S / L G G G C I - Π Π
Для выявления потенциальных функций Alu-пептидов проведен по-
иск сходства с известными последовательностями пептидов. В геноме
человека обнаружен ген son3, кодирующий ДНК-связывающий белок
[4]. В его структуре найдены тандемные повторы, обозначенные от А до
E и представляющие собой кластеры аргининов. Сравнение с С'-концом
ЕАЕ-пептида показало большое ( > 6 0 % ) сходство данных структур.
Во многих эукариотических мРНК имеются длинные лидерные последо-
вательности, которым характерно наличие коротких открытых рамок
© с . 3. МАЛЬЧЕНКО, 1991
38 ISSN 0233-7657. БИОПОЛИМЕРЫ И КЛЕТКА. 1991. Т. 7. № 1
считывания (OPC) . Предполагается, что они вовлечены в контроль ген-
ной экспрессии на разных уровнях [8]. В этой же работе определены
последовательности коротких OPC в лидериых районах м Р Н К Caulimo-
viruses. Сравнение N7-Koima D7-KopoTKofi O P C Caulimoviruses с С'-кон-
цом ЕАЕ-пептида показало высокую степень сходства данных структур.
Α-повтор son3 TPSRRSR
ЕАЕ-ПП EP-RRLRLR
С-повтор son3 SPRLRRSR
ЕАЕ-ПП SPRRLRL
OPC D7 M R R L N L E P R R R R L E
ЕАЕ-ПП GESLEPRRLRLR
LIa С'-конце РНК-полимеразы II дрожжей обнаружен блок из семи
аминокислот, тапдемио повторяющийся 26 раз. Предполагается, что он
участвует в точном узнавании промотора за счет взаимодействия с ре-
гуляторным белком типа актина [9]. Сравнение блока с GG-пептидом
Alu также выявило высокую степень сходства ( > 5 0 % ) данных
структур.
7 АК-блок P T S P S Y S
GG-ΠΠ MVAHACS PSYSGG
Р е з ю м е
У першому мономері Alu-повторів комп'ютерним аналізом виявлені CAAT- і TATA-
блоки, які характерні промоторам еукаріотичиих генів, що транскрибуються РНК-полі-
меразою II. У другому мономері Alu-повторів знайдені відкриті рамки зчитування, які
кодують короткі пептиди. Два мажорних класи цих пептидів складають біля 75 % усіх
потенціальних пептидів Alu, їх названо відповідно EAE- та GG-потенційнимн пепти-
дами.
S u m m а r у
CAAC and ТАТА boxes typical on many eukaryotic RNA-polymerase II promoters are
observed in the first monomer of Alu-repeats. The computer analysis has shown that the-
se boxes are homological to corespondent funct ional sites. Open reading f rames coding
short peptides are found in the second monomer of Alu-repeats. Two ma jo r types of pep-
tides are dist inguished among these potential peptides. They contain up to 75 % of all
the peptides and are called EAE and GG-peptides, respectively.
С П И С О К Л И Т Е Р А Т У Р Ы
1. Льюин Б. Гены.—Μ. : Мир, 1987.—544 с.
2. Эволюция повторов Alu/ И. А. Шахмурадов, Н. А. Колчанов, JL В. Омельянчук и
др.— Новосибирск, 1987.— 55 с .— (Препринт / АН СССР, Ин-т цитологии и ге-
нетики).
3. Корнеев С. А. Повторяющиеся последовательности генома человека / / Генетика.—
1988,—24, № 6,—С. 965—979.
4. Elder J. Т., Pan /., Weissman S. Μ. Transcript ional analysis of interspersed repetitive
polymerase III t ranscr ipt ion uni ts in human D N A / / N u c l . Acids Res .— 1981. — 9,
N 9 , — P . 1171—1189.
5. Limborska S. A., Korneev S. A., Mateeva N. E. Cloning of ALU-conta in ing cDNAs
from human f ibroblasts and identification of small ALU-{ -po ly (C)+RNAs in a variety
of human normal and tumor c e l l s / / F E B S Lett.— 1987.—212, N 2 . — P . 208—212.
6. Введение в теорию генетических текстов / В. В. Соловьев, Ф. Э. Кель, И. Б. Рогозин,
Н. А. Колчанов.— Новосибирск, 1987.— 92 с.
7. Бердичевский Ф. БЧумаков И. M., Киселев JI. JI. Расшифровка первичной струк-
туры участка son3 генома человека: идентификация нового белка, имеющего не-
обычную структуру и гомологию с ДНК-связывающими белками / / Молекуляр. био-
логия.— 1988.— 22, JVb 3.— С. 794—801.
8. The leading sequence of caul imovirus large RNA can be folved into a large step-loop
s t r u c t u r e / J . Futterer , K. Gordon, J . M. Bonneville et a l . / / N u c l . Acids Res.— 1988.—
16, N 17 .—P. 8377—8390.
.9. Extensive homology among the larges subunits of eukaryotic and prokaryotic RNA
polymerases / L. A. Allison, M. Moyle, M. Shales, C. J. Ingles / / Cell.— 1985,—42,
N 2 , — P . 599—610.
Ин-т молекуляр. биологии и генетики АН УССР, Киев Получено 27.08.90
ISSN 0233-7657. Б И О П О Л И М Е Р Ы И КЛЕТКА. 1991. Т. 7 № 1 39
|