Алгоритм ускоренного построения точечных матриц гомологии

• Опубліковано в: : Биополимеры и клетка
• Дата: 1991
• Автор: Шепелев, В.А.
• Формат: Стаття
• Мова: Russian
• Опубліковано: Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 1991
• Онлайн доступ: https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/152762
• Назва журналу: Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
• Цитувати: Алгоритм ускоренного построения точечных матриц гомологии / В.А. Шепелев // Биополимеры и клетка. — 1991. — Т. 7, № 1. — С. 22-24. — Бібліогр.: 3 назв. — рос.

Метод анализа гомологичных участков с помощью точечных матриц гомологии заключается в нахождении и отображении на прямоугольной матрице общих для двух последовательностей слов, в которых совпадает определенное количество букв. Предложен алгоритм ускоренного построения таких матриц с различными параметрами фильтрации. Метод аналізу гомологічних ділянок за допомогою точкових матриць гомології складається із знаходження відображення на прямокутній матриці загальних для двох послідовностей слів, цебто послідовностей довжиною W, в яких співпадають не менше M літер. Запропоновано алгоритм прискореного створення таких матриць з різними параметрами фільтрації. The method for analysis of homologous regions using dot matrices consists in finding and graphical representation of words common for two sequences on a rectangular matrix, i. e. subsequencies of length W with at least M coinciding letters. The algorithm: is suggested for accelerated calculation of dot matrices with the different filtration parameters. The time saving equals 6.8 times for parallel calculation of four windows.