Phylogenetic analysis of influenza A viruses (H1N1)pdm circulating during 2014–2015 epidemic season in Ukraine
Aim. To analyze the pandemic influenza A(H1N1) strains that circulated in Ukraine during 2014–2015 epidemic season. Methods. Real-time polymerase chain reaction (RT-PCR). The phylogenetic trees were constructed using MEGA 6 software. Results. The strains, that were circulating in Ukraine were simila...
Збережено в:
| Опубліковано в: : | Вiopolymers and Cell |
|---|---|
| Дата: | 2016 |
| Автори: | , , , |
| Формат: | Стаття |
| Мова: | English |
| Опубліковано: |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
2016
|
| Теми: | |
| Онлайн доступ: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/152841 |
| Теги: |
Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
|
| Назва журналу: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Цитувати: | Phylogenetic analysis of influenza A viruses (H1N1)pdm circulating during 2014–2015 epidemic season in Ukraine / L.V. Radchenko, O.Yu. Smutko, A.Yu. Fesenko, A.P. Mironenko // Вiopolymers and Cell. — 2016. — Т. 32, № 5. — С. 377-380. — Бібліогр.: 11 назв. — англ. |
Репозитарії
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| id |
nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-152841 |
|---|---|
| record_format |
dspace |
| spelling |
Radchenko, L.V. Smutko, O.Yu. Fesenko, A.Yu. Mironenko, A.P. 2019-06-13T08:18:07Z 2019-06-13T08:18:07Z 2016 Phylogenetic analysis of influenza A viruses (H1N1)pdm circulating during 2014–2015 epidemic season in Ukraine / L.V. Radchenko, O.Yu. Smutko, A.Yu. Fesenko, A.P. Mironenko // Вiopolymers and Cell. — 2016. — Т. 32, № 5. — С. 377-380. — Бібліогр.: 11 назв. — англ. 0233-7657 DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.000931 https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/152841 575.86 + 578.832.1 Aim. To analyze the pandemic influenza A(H1N1) strains that circulated in Ukraine during 2014–2015 epidemic season. Methods. Real-time polymerase chain reaction (RT-PCR). The phylogenetic trees were constructed using MEGA 6 software. Results. The strains, that were circulating in Ukraine were similar to those of the A/California/07/2009 (H1N1) vaccine strain. Most strains belonged to the clade 6B. The H275Y mutation in the neuraminidase (NA) gene was identified, that confers resistance to oseltamivir. Conclusions. Based on the nucleotide sequences of HA and NA genes, we constructed the influenza virus phylogenetic trees. The influenza virus isolated in 2014–2015 epidemic season had a specific mutation, associated with resistance to antiviral drugs such as oseltamivir. Мета. Молекулярний та філогенетичний аналіз пандемічних вірусів грипу A(H1N1), що циркулювали в Україні протягом сезо-ну 2014-2015 років. Методи. Зразки були проаналізовані методом полімеразної ланцюгової реакції (ПЛР) в реальному часі. Філогенетичні дерева будували в програмі MEGA 6. Результати. Сиквенси українських ізолятів вірусів грипу A(H1N1)pdm були подібними до вакцинного штаму A/California/07/2009. Більшість штамів належали до кладу 6В. Серед досліджуваних ізолятів виявили мутацію H275Y в гені нейрамінідази, яка зумовлює стійкість до озельтамівіру. Висновки. Базуючись на сиквенсах генів HA і NA вірусів грипу побудували філогенетичні дерева. Український вірус, виділений в сезоні 2014-2015 років мав специфічну мутацію, яку асоціюють з стійкістю до противірусних препаратів, таких як озельтамівір. Цель. Молекулярный и филогенетический анализ пандемических вирусов гриппа A(H1N1), которые циркулировали в Украине на протяжении 2014-2015 годов. Методы. Образцы были проанализированы методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) в реальном времени. Филогенетические деревья построили в программе MEGA 6. Результаты. Сиквенсы украинских изолятов вирусов гриппа A(H1N1)pdm были подобными к вакцинному штамму A/California/07/2009. Большинство штаммов принадлежа-ли к клайду 6В. Среди исследованных изолятов обнаружили мутацию H275Y в гене нейраминидазы. Выводы. Основываясь на сиквенсах генов HA и NA вирусов гриппа, построили филогенетические деревья. Украинский вирус, изолированный в сезоне 2014-2015 годов имел специфическую мутацию, которую ассоциируют с устойчивостью к противовирусным препаратам, таким как осельтамивир. en Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Вiopolymers and Cell Viruses and Cell Phylogenetic analysis of influenza A viruses (H1N1)pdm circulating during 2014–2015 epidemic season in Ukraine Філогенетичний аналіз вірусів грипу A (H1N1) ДПМ, епідемії 2014-2015 в Україні Филогенетический анализ вирусов гриппа A (H1N1) ДПМ, эпидемии 2014-2015 в Украине Article published earlier |
| institution |
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| collection |
DSpace DC |
| title |
Phylogenetic analysis of influenza A viruses (H1N1)pdm circulating during 2014–2015 epidemic season in Ukraine |
| spellingShingle |
Phylogenetic analysis of influenza A viruses (H1N1)pdm circulating during 2014–2015 epidemic season in Ukraine Radchenko, L.V. Smutko, O.Yu. Fesenko, A.Yu. Mironenko, A.P. Viruses and Cell |
| title_short |
Phylogenetic analysis of influenza A viruses (H1N1)pdm circulating during 2014–2015 epidemic season in Ukraine |
| title_full |
Phylogenetic analysis of influenza A viruses (H1N1)pdm circulating during 2014–2015 epidemic season in Ukraine |
| title_fullStr |
Phylogenetic analysis of influenza A viruses (H1N1)pdm circulating during 2014–2015 epidemic season in Ukraine |
| title_full_unstemmed |
Phylogenetic analysis of influenza A viruses (H1N1)pdm circulating during 2014–2015 epidemic season in Ukraine |
| title_sort |
phylogenetic analysis of influenza a viruses (h1n1)pdm circulating during 2014–2015 epidemic season in ukraine |
| author |
Radchenko, L.V. Smutko, O.Yu. Fesenko, A.Yu. Mironenko, A.P. |
| author_facet |
Radchenko, L.V. Smutko, O.Yu. Fesenko, A.Yu. Mironenko, A.P. |
| topic |
Viruses and Cell |
| topic_facet |
Viruses and Cell |
| publishDate |
2016 |
| language |
English |
| container_title |
Вiopolymers and Cell |
| publisher |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
| format |
Article |
| title_alt |
Філогенетичний аналіз вірусів грипу A (H1N1) ДПМ, епідемії 2014-2015 в Україні Филогенетический анализ вирусов гриппа A (H1N1) ДПМ, эпидемии 2014-2015 в Украине |
| description |
Aim. To analyze the pandemic influenza A(H1N1) strains that circulated in Ukraine during 2014–2015 epidemic season. Methods. Real-time polymerase chain reaction (RT-PCR). The phylogenetic trees were constructed using MEGA 6 software. Results. The strains, that were circulating in Ukraine were similar to those of the A/California/07/2009 (H1N1) vaccine strain. Most strains belonged to the clade 6B. The H275Y mutation in the neuraminidase (NA) gene was identified, that confers resistance to oseltamivir. Conclusions. Based on the nucleotide sequences of HA and NA genes, we constructed the influenza virus phylogenetic trees. The influenza virus isolated in 2014–2015 epidemic season had a specific mutation, associated with resistance to antiviral drugs such as oseltamivir.
Мета. Молекулярний та філогенетичний аналіз пандемічних вірусів грипу A(H1N1), що циркулювали в Україні протягом сезо-ну 2014-2015 років. Методи. Зразки були проаналізовані методом полімеразної ланцюгової реакції (ПЛР) в реальному часі. Філогенетичні дерева будували в програмі MEGA 6. Результати. Сиквенси українських ізолятів вірусів грипу A(H1N1)pdm були подібними до вакцинного штаму A/California/07/2009. Більшість штамів належали до кладу 6В. Серед досліджуваних ізолятів виявили мутацію H275Y в гені нейрамінідази, яка зумовлює стійкість до озельтамівіру. Висновки. Базуючись на сиквенсах генів HA і NA вірусів грипу побудували філогенетичні дерева. Український вірус, виділений в сезоні 2014-2015 років мав специфічну мутацію, яку асоціюють з стійкістю до противірусних препаратів, таких як озельтамівір.
Цель. Молекулярный и филогенетический анализ пандемических вирусов гриппа A(H1N1), которые циркулировали в Украине на протяжении 2014-2015 годов. Методы. Образцы были проанализированы методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) в реальном времени. Филогенетические деревья построили в программе MEGA 6. Результаты. Сиквенсы украинских изолятов вирусов гриппа A(H1N1)pdm были подобными к вакцинному штамму A/California/07/2009. Большинство штаммов принадлежа-ли к клайду 6В. Среди исследованных изолятов обнаружили мутацию H275Y в гене нейраминидазы. Выводы. Основываясь на сиквенсах генов HA и NA вирусов гриппа, построили филогенетические деревья. Украинский вирус, изолированный в сезоне 2014-2015 годов имел специфическую мутацию, которую ассоциируют с устойчивостью к противовирусным препаратам, таким как осельтамивир.
|
| issn |
0233-7657 |
| url |
https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/152841 |
| citation_txt |
Phylogenetic analysis of influenza A viruses (H1N1)pdm circulating during 2014–2015 epidemic season in Ukraine / L.V. Radchenko, O.Yu. Smutko, A.Yu. Fesenko, A.P. Mironenko // Вiopolymers and Cell. — 2016. — Т. 32, № 5. — С. 377-380. — Бібліогр.: 11 назв. — англ. |
| work_keys_str_mv |
AT radchenkolv phylogeneticanalysisofinfluenzaavirusesh1n1pdmcirculatingduring20142015epidemicseasoninukraine AT smutkooyu phylogeneticanalysisofinfluenzaavirusesh1n1pdmcirculatingduring20142015epidemicseasoninukraine AT fesenkoayu phylogeneticanalysisofinfluenzaavirusesh1n1pdmcirculatingduring20142015epidemicseasoninukraine AT mironenkoap phylogeneticanalysisofinfluenzaavirusesh1n1pdmcirculatingduring20142015epidemicseasoninukraine AT radchenkolv fílogenetičniianalízvírusívgripuah1n1dpmepídemíí20142015vukraíní AT smutkooyu fílogenetičniianalízvírusívgripuah1n1dpmepídemíí20142015vukraíní AT fesenkoayu fílogenetičniianalízvírusívgripuah1n1dpmepídemíí20142015vukraíní AT mironenkoap fílogenetičniianalízvírusívgripuah1n1dpmepídemíí20142015vukraíní AT radchenkolv filogenetičeskiianalizvirusovgrippaah1n1dpmépidemii20142015vukraine AT smutkooyu filogenetičeskiianalizvirusovgrippaah1n1dpmépidemii20142015vukraine AT fesenkoayu filogenetičeskiianalizvirusovgrippaah1n1dpmépidemii20142015vukraine AT mironenkoap filogenetičeskiianalizvirusovgrippaah1n1dpmépidemii20142015vukraine |
| first_indexed |
2025-11-25T23:55:27Z |
| last_indexed |
2025-11-25T23:55:27Z |
| _version_ |
1850590070037282816 |
| fulltext |
377
L. V. Radchenko, O. Yu. Smutko, A. Yu. Fesenko
© 2016 L. V. Radchenko et al.; Published by the Institute of Molecular Biology and Genetics, NAS of Ukraine on behalf of Biopolymers and Cell.
This is an Open Access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License (http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/),
which permits unrestricted reuse, distribution, and reproduction in any medium, provided the original work is properly cited
UDC: 575.86 + 578.832.1
Phylogenetic analysis of influenza A viruses (H1N1)pdm circulating
during 2014–2015 epidemic season in Ukraine
L. V. Radchenko1, O. Yu. Smutko1,2, A. Yu. Fesenko1, A. P. Mironenko1
1 Gromashevsky L. V. Institute of Epidemiology and Infection Diseases, NAMS of Ukraine
5, Amosova Str., Kyiv, Ukraine, 03038
2 Educational and Scientific Center "Institute of Biology", Taras Shevchenko National University of Kyiv
64/13, Volodymyrska Str., Kyiv, Ukraine, 01601
larysa_rad@ukr.net
Aim. To analyze the pandemic influenza A(H1N1) strains that circulated in Ukraine during 2014–2015 epi-
demic season. Methods. Real-time polymerase chain reaction (RT-PCR). The phylogenetic trees were con-
structed using MEGA 6 software. Results. The strains, that were circulating in Ukraine were similar to those
of the A/California/07/2009 (H1N1) vaccine strain. Most strains belonged to the clade 6B. The H275Y muta-
tion in the neuraminidase (NA) gene was identified, that confers resistance to oseltamivir. Conclusions. Based
on the nucleotide sequences of HA and NA genes, we constructed the influenza virus phylogenetic trees. The
influenza virus isolated in 2014–2015 epidemic season had a specific mutation, associated with resistance to
antiviral drugs such as oseltamivir.
K e y w o r d s: A(H1N1)pdm influenza viruses, mutation, phylogenetic analysis, isolate.
Introduction
The influenza A(H1N1)pdm2009 (H1N1/2009) vi-
rus that emerged in humans during March and early
April 2009 spread rapidly among humans to develop
into the first human influenza pandemic in over 40
years [1]. The introduction of a new virus with in-
creased transmissibility into a population makes it
necessary the surveillance of the pandemic strain at
the molecular level [2].
The phylogenetic analysis applied to the influenza
isolates allows monitoring the rate and intensity of
virus variations practically in real time. Furthermore,
the comparative analysis of their protein sequences
allows revealing the point amino acid substitution
providing the mechanism of virus adaptation to hu-
man immune system and resistance to antiviral
drugs [3].
Materials and Methods
Nasal-throat swabs were taken from the patients
with suspected influenza and SARI (severe acute re-
spiratory infections). Diagnosis of H1N1pdm infec-
tion was carried out for all samples by the real-time
polymerase chain reaction (RT-PCR) [4]. The influ-
enza viruses A(H1N1)pdm were isolated in MDCK
cell culture [5]. The isolates were later used for the
strain identification and sequencing.
The sequencing of influenza viruses isolates was
performed in the World Influenza Center in London
using the technology of RNA-SEQ, which allows
the sequencing of coding and noncoding mRNA.
The sequences of influenza viruses from other coun-
tries were received from web-site GISAID (the
Global Initiative on Sharing All Influenza Data –
http://platform.gisaid.org) using BLAST analysis.
Viruses and Cell ISSN 1993-6842 (on-line); ISSN 0233-7657 (print)
Biopolymers and Cell. 2016. Vol. 32. N 5. P 377–380
doi: http://dx.doi.org/10.7124/bc.000931
http://platform.gisaid.org
378
L. V. Radchenko, O. Yu. Smutko, A. Yu. Fesenko et al.
The sequences were aligned using ClustalW algo-
rithm. The phylogenetic trees were built by the
neighbor joining method [6] applying the Kimura
2-parameter model [7]. A bootstrap technique with
1000 replications was used to test statistical validity
of received data [8]. Nucleotide sequences were
translated into amino acid sequences using MEGA 6
software [9].
Results and Discussion
In this study we compared the nucleotide sequences
of influenza viruses HA and NA proteins.
Comparison of hemagglutinin (HA) genes
The genetic comparison of the influenza virus
A(H1N1)pdm hemagglutinin genes showed that all
investigated isolates were genetically related to the
reference strain A/South Africa/3626/2013 and
saved high (96 %) genetic similarity to vaccines
strain A/California/07/2009.
The majority of the viruses isolated recently
match with the genetic group 6. This group is further
subdivided into subgroups 6A, 6B and 6C. Ukrainian
isolates belong to group 6B.
Phylogenetic data are presented in Fig.1.
All discovered isolates selected substitutions P83S
and I321V, except vaccine strain A/California/07/2009,
also S203T – without A/Bayern/69/2009.
All Ukrainian isolates were substitutions E347K,
S451N and S185T. The 6B group was indicated by
existence of substitutions K163Q, K283E, and
E499K in HA1 (e.g. A/South Africa/3626/2013),
significant part of viruses also contained - V321I and
A256T, which were detected in 2012-2013 and
2013-2014 seasons. The A/Dnipro /454/2015 isolate
contained substitution D94N (aspartic acid is re-
placed by asparagines) and was the closest to isolate
from Belgium. The A/Ukraine/433/2015 was the
most related to the strains from Slovenia and was
selected substitutions R205K (arginine is replaced
by lysine) and S84N (serine is replaced by aspara-
gines). Influenza viruses circulated in 2014–2015
epidemic season had no mutation D222G, associated
with severe disease [10].
Comparison of neuraminidase (NA) genes
Genetic comparison of influenza virus A(H1N1)pdm
neuraminidase genes showed that all investigated iso-
lates were genetically related to the reference strain A/
South Africa/3626/2013 and saved high genetic simi-
larity to the vaccines strain A/California/07/2009.
The phylogenetic data are presented in Fig.2.
All discovered isolates were distinguished substitu-
tion N248D compared with the A/California/07/2009,
except the A/Bayern/69/2009 strain. The substitution
V106I identified in 2009 reverted to the wild type –
I106V in 2014-2015 epidemic season. Most viruses
were selected substitutions V241I, N369K and a
group of isolates contained the Ukrainian gain I34V,
N44S, N200S substitutions.
The influenza viruses A(H1N1)pdm isolated dur-
ing 2013-2014 season were distinguished substitu-
Fig. 1. Phylogenetic analysis of the HA gene of influenza
A(H1N1)pdm viruses isolated during 2014-2015 epidemic season
379
Phylogenetic analysis of influenza A viruses (H1N1)pdm circulating during 2014–2015 epidemic season in Ukraine
tions I34V, I321V and K432E, which attended 2013-
2014 season, but were absent in 2012-2013 season.
All Ukrainian isolates were selected substitutions
I117M and I365M. Two isolates A/Ternopil/411/2015
and A/Ukraine/399/2015 were indicated by existence
of substitution I396M (isoleucine is replaced by me-
thionine), which were the closest to isolates from
Switzerland and Netherlands. Another unique substi-
tution had the A/Ukraine/161/2015 isolate - N307S.
Two viruses from Dnipropetrovsk were selected sub-
stitution P272H (proline is replaced by histidine).
The isolates A/Ukraine/160/2015 together with A/
Khmelnitsky/461/2015 and A/England/02/2015 re-
ceived amino acid substitution S339L .
The resistant viruses possessed an H275Y [11]
substitution in the NA protein. The H275Y substitu-
tion or other known substitutions associated with the
reduced susceptibility to NA inhibitors were ob-
served in one isolate from Kiev - A/Ukraine/292/2015.
Conclusions
Etiological structure of influenza viruses in Ukraine
was different from neighboring countries and Europe an
region, where viruses A(H3N2) were dominant. Influ-
enza viruses B/Yamagata were predominant in Ukraine.
The activity of influenza viruses type A(H1N1) pdm09
and A(N3N2) was significantly lower than type B in
Ukraine during 2014-2015 epidemic season. Etiologic
process was of moderate severity.
The influenza viruses type A(H1N1)pdm isolated
in Ukraine during 2014–2015 located in group 6B and
their hemagglutinin and neuraminidase genes almost
did not change. The genetic comparison of the influ-
enza virus A(H1N1)pdm genes showed that all inves-
tigated isolates were genetically related to the refer-
ence strain A/South Africa/3626/2013 and saved high
genetic similarity to the vaccines strain A/Califor-
nia/07/2009. Among strains analyzed the H275Y mu-
tation in the neuraminidase (NA) gene was identified,
which confers resistance to oseltamivir.
REFERENCES
1. Ramos AP, Herrera BA, Ramírez OV, García AA, Jimé-
nez MM, Valdés CS, Fernández AG, González G, Fernán-
dez SI, Báez GG, Espinosa BH. Molecular and phylogenetic
analysis of influenza A H1N1 pandemic viruses in Cuba, May
2009 to August 2010. Int J Infect Dis. 2013;17(7):e565–7.
2. Barrero PR, Viegas M, Valinotto LE, Mistchenko AS. Genetic
and phylogenetic analyses of influenza A H1N1pdm virus in
Buenos Aires, Argentina. J Virol. 2011;85(2):1058–66.
3. Parida M, Dash PK, Kumar JS, Joshi G, Tandel K, Shar-
ma S, Srivastava A, Agarwal A, Saha A, Saraswat S, Karo-
thia D, Malviya V. Emergence of influenza A (H1N1)pdm09
genogroup 6B and drug resistant virus, India, January to
May 2015. Euro Surveill. 2016;21(5):6–11.
4. World Health Organization (WHO). CDC protocol of real-
time RT-PCR for infl uenza H1N1. World Health Orga ni
zation, Geneva, Switzerland. 30 April 2009.
5. Oh DY, Barr IG, Mosse JA, Laurie KL. MDCK-SIAT1 cells
show improved isolation rates for recent human influenza
viruses compared to conventional MDCK cells. J Clin Mi-
crobiol. 2008;46(7):2189–94.
6. Saitou N, Nei M. The neighbor-joining method: a new meth-
od for reconstructing phylogenetic trees. Mol Biol Evol.
1987;4(4):406–25.
7. Kimura M. A simple method for estimating evolutionary
rates of base substitutions through comparative studies of
nucleotide sequences. J Mol Evol. 1980;16(2):111–20.
Fig. 2. Phylogenetic analysis of the NA gene of influenza
A(H1N1)pdm viruses isolated during 2014-2015 epidemic season
380
L. V. Radchenko, O. Yu. Smutko, A. Yu. Fesenko et al.
8. Felsenstein J. Confidence limits on phylogenies: an ap-
proach using the bootstrap. Evolution. 1985;39(4):783–91.
9. Tamura K, Stecher G, Peterson D, Filipski A, Kumar S.
MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis ver-
sion 6.0. Mol Biol Evol. 2013;30(12):2725–9.
10. Kilander A, Rykkvin R, Dudman SG, Hungnes O. Observed
association between the HA1 mutation D222G in the 2009
pandemic influenza A(H1N1) virus and severe clinical out-
come, Norway 2009–2010. Euro Surveill. 2010;15(9). pii:
19498.
11. Lackenby A, Hungnes O, Dudman SG, Meijer A, Paget WJ,
Hay AJ, Zambon MC. Emergence of resistance to oseltami-
vir among influenza A(H1N1) viruses in Europe. Euro Sur-
veill. 2008;13(5). pii: 8026.
Філогенетичний аналіз вірусів грипу A (H1N1)pdm,
епідемії 2014–2015 в Україні
Л. В. Радченко, О. Ю. Смутько, А. Ю. Фесенко,
А. П. Міроненко
Мета. Молекулярний та філогенетичний аналіз пандемічних
вірусів грипу A(H1N1), що циркулювали в Україні протягом се-
зону 2014–2015 років. Методи. Зразки були проаналізовані ме-
тодом полімеразної ланцюгової реакції (ПЛР) в реальному часі.
Філогенетичні дерева будували в програмі MEGA 6. Результати.
Сиквенси українських ізолятів вірусів грипу A(H1N1)pdm були
подібними до вакцинного штаму A/California/07/2009.
Більшість штамів належали до кладу 6В. Серед досліджуваних
ізолятів виявили мутацію H275Y в гені нейрамінідази, яка зу-
мовлює стійкість до озельтамівіру. Висновки. Базуючись на
сиквенсах генів HA і NA вірусів грипу побудували філогенетич-
ні дерева. Український вірус, виділений в сезоні 2014–2015 ро-
ків мав специфічну мутацію, яку асоціюють з стійкістю до про-
тивірусних препаратів, таких як озельтамівір.
К л юч ов і с л ов а: віруси грипу A(H1N1)pdm, мутація, фі-
логенетичний аналіз, ізолят.
Филогенетический анализ вирусов гриппа A
(H1N1)pdm, эпидемии 2014–2015 в Украине
Л. В. Радченко, О. Ю. Смутько, А. Ю. Фесенко,
А. П. Мироненко
Цель. Молекулярный и филогенетический анализ пандемиче-
ских вирусов гриппа A(H1N1), которые циркулировали в
Украине на протяжении 2014–2015 годов. Методы. Образцы
были проанализированы методом полимеразной цепной реак-
ции (ПЦР) в реальном времени. Филогенетические деревья
построили в программе MEGA 6. Результаты. Сиквенсы укра-
инских изолятов вирусов гриппа A(H1N1)pdm были подобны-
ми к вакцинному штамму A/California/07/2009. Большинство
штаммов принадлежали к клайду 6В. Среди исследованных
изолятов обнаружили мутацию H275Y в гене нейраминидазы.
Выводы. Основываясь на сиквенсах генов HA и NA вирусов
гриппа, построили филогенетические деревья. Украинский ви-
рус, изолированный в сезоне 2014–2015 годов имел специфи-
ческую мутацию, которую ассоциируют с устойчивостью к
противовирусным препаратам, таким как осельтамивир.
К л юч е в ы е с л ов а: вирусы гриппа A(H1N1)pdm, мутация,
филогенетический анализ, изолят.
Received 29.02.2016
|