Transcriptome-based identification of PDGFA as a candidate secreted biomarker for hepatocellular carcinoma
Aim. Identification of candidate secreted biomarkers for hepatocellular carcinoma (HCC) diagnosis. Methods. Genes upregulated in HCC tissue and encoding secreted proteins were identified by RNA-seq. Gene expression changes in HCC were evaluated by RT-qPCR and meta-analysis of public databases. Bioma...
Збережено в:
| Опубліковано в: : | Вiopolymers and Cell |
|---|---|
| Дата: | 2016 |
| Автори: | , , , , , , , , , , , , , |
| Формат: | Стаття |
| Мова: | Англійська |
| Опубліковано: |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
2016
|
| Теми: | |
| Онлайн доступ: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/152852 |
| Теги: |
Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
|
| Назва журналу: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Цитувати: | Transcriptome-based identification of PDGFA as a candidate secreted biomarker for hepatocellular carcinoma / M.S. Chesnokov, O.M. Krivtsova, P.A. Skovorodnikova, A.S. Makarova, I.F. Kustova, M.D. Logacheva, A.A. Penin, A.V. Klepikova, D.A. Shavochkina, N.E. Kudashkin, E.A. Moroz, Y.I. Patyutko, E.A. Kotelnikova, N.L. Lazarevich // Вiopolymers and Cell. — 2016. — Т. 32, № 6. — С. 418-432. — Бібліогр.: 26 назв. — англ. |
Репозитарії
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| _version_ | 1862699672928256000 |
|---|---|
| author | Chesnokov, M.S. Krivtsova, O.M. Skovorodnikova, P.A. Makarova, A.S. Kustova, I.F. Logacheva, M.D. Penin, A.A. Klepikova, A.V. Shavochkina, D.A. Kudashkin, N.E. Moroz, E.A. Patyutko, Y.I. Kotelnikova, E.A. Lazarevich, N.L. |
| author_facet | Chesnokov, M.S. Krivtsova, O.M. Skovorodnikova, P.A. Makarova, A.S. Kustova, I.F. Logacheva, M.D. Penin, A.A. Klepikova, A.V. Shavochkina, D.A. Kudashkin, N.E. Moroz, E.A. Patyutko, Y.I. Kotelnikova, E.A. Lazarevich, N.L. |
| citation_txt | Transcriptome-based identification of PDGFA as a candidate secreted biomarker for hepatocellular carcinoma / M.S. Chesnokov, O.M. Krivtsova, P.A. Skovorodnikova, A.S. Makarova, I.F. Kustova, M.D. Logacheva, A.A. Penin, A.V. Klepikova, D.A. Shavochkina, N.E. Kudashkin, E.A. Moroz, Y.I. Patyutko, E.A. Kotelnikova, N.L. Lazarevich // Вiopolymers and Cell. — 2016. — Т. 32, № 6. — С. 418-432. — Бібліогр.: 26 назв. — англ. |
| collection | DSpace DC |
| container_title | Вiopolymers and Cell |
| description | Aim. Identification of candidate secreted biomarkers for hepatocellular carcinoma (HCC) diagnosis. Methods. Genes upregulated in HCC tissue and encoding secreted proteins were identified by RNA-seq. Gene expression changes in HCC were evaluated by RT-qPCR and meta-analysis of public databases. Biomarker properties were studied using ROC-curves, correlation and survival analysis. Results. PDGFA was identified by RNA-seq as an overexpressed gene encoding for a secreted protein in 5 HCC cases. PDGFA and GPC3 up-regulation was revealed in 17 of 19 HCC samples and in most cases from the public databases. Combination of PDGFA and GPC3 discerned HCC and non-tumor tissue better than PDGFA or GPC3 alone. PDGFA overexpression was associated with better overall survival of the patients at early HCC stage and with weaker tumor invasion into blood vessels. Conclusion. PDGFA is a valuable secreted biomarker for HCC that might be used in combination with GPC3 to increase its sensitivity.
Мета. Ідентифкація потенційних біомаркерів, що секретується для діагностики гепатоцелюлярної карциноми (ГК). Методи. Гени, експресія яких підвищена в тканині ГК і які кодують білки, що секретуються, виявляли РНК-секвенуванням. Експресію генів оцінювали ЗТ-ПЛР або використовували інформацію з відкритих баз даних. Біомаркерні властивості оцінювали за допомогою ROC-кривих, аналізу кореляцій і виживання. Результати. РНК-секвенування п’яти випадків ГК виявило гіперекспресію PDGFA, що кодує секретуємий білок. Підвищення експресії PDGFA та GPC3 виявлено в 17 з 19 зразків ГК та для більшого випадку зразків у базах даних. Спільне використання PDGFA та GPC3 дозволяє точніше відрізнити ГК від непухлинної тканини печінки , ніж PDGFA або GPC3 окремо. Гіперекспресія PDGFA асоційована з кращим прогнозом для пацієнтів з ранніми стадіями ГК і низькою інвазією пухлини в судини. Висновки. PDGFA – перспективний біомаркер ГК, що секретується, який може бути використаний разом з GPC3 для підвищення його чутливості.
Цель. Поиск потенциальных секретируемых биомаркеров для диагностики гепатоцеллюлярной карциномы (ГК). Методы. Гены, экспрессия которых повышена в ткани ГК и кодирующие секретируемые белки, выявляли РНК-секвенированием. Экспрессию генов оценивали ОТ-ПЦР или использовали информацию из открытых баз данных. Биомаркерные свойства оценивали с помо-щью ROC-кривых, анализа корреляций и выживаемости. Результаты. РНК-секвенирование 5 случаев ГК выявило гиперэкспрес-сию PDGFA, кодирующего секретируемый белок. Повышение экспрессии PDGFA и GPC3 выявлено в 17 из 19 образцов ГК и в большинстве случаев из баз данных. Совместное использование двух маркерных генов PDGFA и GPC3 позволяет дифференци-ровать ткань ГК от неопухолевой ткани печени лучше, чем PDGFA или GPC3 по отдельности. Гиперэкспрессия PDGFA ассо-циирована с лучшим прогнозом для пациентов с ранними стадиями ГК и низкой инвазией опухоли в сосуды. Выводы. PDGFA – перспективный секретируемый биомаркер ГК, который может быть использован вместе с GPC3 для повышения его чувстви-тельности.
|
| first_indexed | 2025-12-07T16:36:26Z |
| format | Article |
| fulltext | |
| id | nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-152852 |
| institution | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| issn | 0233-7657 |
| language | English |
| last_indexed | 2025-12-07T16:36:26Z |
| publishDate | 2016 |
| publisher | Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
| record_format | dspace |
| spelling | Chesnokov, M.S. Krivtsova, O.M. Skovorodnikova, P.A. Makarova, A.S. Kustova, I.F. Logacheva, M.D. Penin, A.A. Klepikova, A.V. Shavochkina, D.A. Kudashkin, N.E. Moroz, E.A. Patyutko, Y.I. Kotelnikova, E.A. Lazarevich, N.L. 2019-06-13T08:29:29Z 2019-06-13T08:29:29Z 2016 Transcriptome-based identification of PDGFA as a candidate secreted biomarker for hepatocellular carcinoma / M.S. Chesnokov, O.M. Krivtsova, P.A. Skovorodnikova, A.S. Makarova, I.F. Kustova, M.D. Logacheva, A.A. Penin, A.V. Klepikova, D.A. Shavochkina, N.E. Kudashkin, E.A. Moroz, Y.I. Patyutko, E.A. Kotelnikova, N.L. Lazarevich // Вiopolymers and Cell. — 2016. — Т. 32, № 6. — С. 418-432. — Бібліогр.: 26 назв. — англ. 0233-7657 DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.000939 https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/152852 57.032 Aim. Identification of candidate secreted biomarkers for hepatocellular carcinoma (HCC) diagnosis. Methods. Genes upregulated in HCC tissue and encoding secreted proteins were identified by RNA-seq. Gene expression changes in HCC were evaluated by RT-qPCR and meta-analysis of public databases. Biomarker properties were studied using ROC-curves, correlation and survival analysis. Results. PDGFA was identified by RNA-seq as an overexpressed gene encoding for a secreted protein in 5 HCC cases. PDGFA and GPC3 up-regulation was revealed in 17 of 19 HCC samples and in most cases from the public databases. Combination of PDGFA and GPC3 discerned HCC and non-tumor tissue better than PDGFA or GPC3 alone. PDGFA overexpression was associated with better overall survival of the patients at early HCC stage and with weaker tumor invasion into blood vessels. Conclusion. PDGFA is a valuable secreted biomarker for HCC that might be used in combination with GPC3 to increase its sensitivity. Мета. Ідентифкація потенційних біомаркерів, що секретується для діагностики гепатоцелюлярної карциноми (ГК). Методи. Гени, експресія яких підвищена в тканині ГК і які кодують білки, що секретуються, виявляли РНК-секвенуванням. Експресію генів оцінювали ЗТ-ПЛР або використовували інформацію з відкритих баз даних. Біомаркерні властивості оцінювали за допомогою ROC-кривих, аналізу кореляцій і виживання. Результати. РНК-секвенування п’яти випадків ГК виявило гіперекспресію PDGFA, що кодує секретуємий білок. Підвищення експресії PDGFA та GPC3 виявлено в 17 з 19 зразків ГК та для більшого випадку зразків у базах даних. Спільне використання PDGFA та GPC3 дозволяє точніше відрізнити ГК від непухлинної тканини печінки , ніж PDGFA або GPC3 окремо. Гіперекспресія PDGFA асоційована з кращим прогнозом для пацієнтів з ранніми стадіями ГК і низькою інвазією пухлини в судини. Висновки. PDGFA – перспективний біомаркер ГК, що секретується, який може бути використаний разом з GPC3 для підвищення його чутливості. Цель. Поиск потенциальных секретируемых биомаркеров для диагностики гепатоцеллюлярной карциномы (ГК). Методы. Гены, экспрессия которых повышена в ткани ГК и кодирующие секретируемые белки, выявляли РНК-секвенированием. Экспрессию генов оценивали ОТ-ПЦР или использовали информацию из открытых баз данных. Биомаркерные свойства оценивали с помо-щью ROC-кривых, анализа корреляций и выживаемости. Результаты. РНК-секвенирование 5 случаев ГК выявило гиперэкспрес-сию PDGFA, кодирующего секретируемый белок. Повышение экспрессии PDGFA и GPC3 выявлено в 17 из 19 образцов ГК и в большинстве случаев из баз данных. Совместное использование двух маркерных генов PDGFA и GPC3 позволяет дифференци-ровать ткань ГК от неопухолевой ткани печени лучше, чем PDGFA или GPC3 по отдельности. Гиперэкспрессия PDGFA ассо-циирована с лучшим прогнозом для пациентов с ранними стадиями ГК и низкой инвазией опухоли в сосуды. Выводы. PDGFA – перспективный секретируемый биомаркер ГК, который может быть использован вместе с GPC3 для повышения его чувстви-тельности. The work was partly supported by grant from Russian Ministry of Education and Science (contract 14.607.21.0049, RFMEFI60714X0049). en Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Вiopolymers and Cell Genomics, Transcriptomics and Proteomics Transcriptome-based identification of PDGFA as a candidate secreted biomarker for hepatocellular carcinoma Ідентифікація транскриптомним аналізом PDGFA що секретується як можливого біомаркера для гепатоцелюлярної карциноми Идентификация PDGFA как возможного секретируемого биомаркера гепатоцеллюлярной карциномы на основании транскриптомного анализа Article published earlier |
| spellingShingle | Transcriptome-based identification of PDGFA as a candidate secreted biomarker for hepatocellular carcinoma Chesnokov, M.S. Krivtsova, O.M. Skovorodnikova, P.A. Makarova, A.S. Kustova, I.F. Logacheva, M.D. Penin, A.A. Klepikova, A.V. Shavochkina, D.A. Kudashkin, N.E. Moroz, E.A. Patyutko, Y.I. Kotelnikova, E.A. Lazarevich, N.L. Genomics, Transcriptomics and Proteomics |
| title | Transcriptome-based identification of PDGFA as a candidate secreted biomarker for hepatocellular carcinoma |
| title_alt | Ідентифікація транскриптомним аналізом PDGFA що секретується як можливого біомаркера для гепатоцелюлярної карциноми Идентификация PDGFA как возможного секретируемого биомаркера гепатоцеллюлярной карциномы на основании транскриптомного анализа |
| title_full | Transcriptome-based identification of PDGFA as a candidate secreted biomarker for hepatocellular carcinoma |
| title_fullStr | Transcriptome-based identification of PDGFA as a candidate secreted biomarker for hepatocellular carcinoma |
| title_full_unstemmed | Transcriptome-based identification of PDGFA as a candidate secreted biomarker for hepatocellular carcinoma |
| title_short | Transcriptome-based identification of PDGFA as a candidate secreted biomarker for hepatocellular carcinoma |
| title_sort | transcriptome-based identification of pdgfa as a candidate secreted biomarker for hepatocellular carcinoma |
| topic | Genomics, Transcriptomics and Proteomics |
| topic_facet | Genomics, Transcriptomics and Proteomics |
| url | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/152852 |
| work_keys_str_mv | AT chesnokovms transcriptomebasedidentificationofpdgfaasacandidatesecretedbiomarkerforhepatocellularcarcinoma AT krivtsovaom transcriptomebasedidentificationofpdgfaasacandidatesecretedbiomarkerforhepatocellularcarcinoma AT skovorodnikovapa transcriptomebasedidentificationofpdgfaasacandidatesecretedbiomarkerforhepatocellularcarcinoma AT makarovaas transcriptomebasedidentificationofpdgfaasacandidatesecretedbiomarkerforhepatocellularcarcinoma AT kustovaif transcriptomebasedidentificationofpdgfaasacandidatesecretedbiomarkerforhepatocellularcarcinoma AT logachevamd transcriptomebasedidentificationofpdgfaasacandidatesecretedbiomarkerforhepatocellularcarcinoma AT peninaa transcriptomebasedidentificationofpdgfaasacandidatesecretedbiomarkerforhepatocellularcarcinoma AT klepikovaav transcriptomebasedidentificationofpdgfaasacandidatesecretedbiomarkerforhepatocellularcarcinoma AT shavochkinada transcriptomebasedidentificationofpdgfaasacandidatesecretedbiomarkerforhepatocellularcarcinoma AT kudashkinne transcriptomebasedidentificationofpdgfaasacandidatesecretedbiomarkerforhepatocellularcarcinoma AT morozea transcriptomebasedidentificationofpdgfaasacandidatesecretedbiomarkerforhepatocellularcarcinoma AT patyutkoyi transcriptomebasedidentificationofpdgfaasacandidatesecretedbiomarkerforhepatocellularcarcinoma AT kotelnikovaea transcriptomebasedidentificationofpdgfaasacandidatesecretedbiomarkerforhepatocellularcarcinoma AT lazarevichnl transcriptomebasedidentificationofpdgfaasacandidatesecretedbiomarkerforhepatocellularcarcinoma AT chesnokovms ídentifíkacíâtranskriptomnimanalízompdgfaŝosekretuêtʹsââkmožlivogobíomarkeradlâgepatocelûlârnoíkarcinomi AT krivtsovaom ídentifíkacíâtranskriptomnimanalízompdgfaŝosekretuêtʹsââkmožlivogobíomarkeradlâgepatocelûlârnoíkarcinomi AT skovorodnikovapa ídentifíkacíâtranskriptomnimanalízompdgfaŝosekretuêtʹsââkmožlivogobíomarkeradlâgepatocelûlârnoíkarcinomi AT makarovaas ídentifíkacíâtranskriptomnimanalízompdgfaŝosekretuêtʹsââkmožlivogobíomarkeradlâgepatocelûlârnoíkarcinomi AT kustovaif ídentifíkacíâtranskriptomnimanalízompdgfaŝosekretuêtʹsââkmožlivogobíomarkeradlâgepatocelûlârnoíkarcinomi AT logachevamd ídentifíkacíâtranskriptomnimanalízompdgfaŝosekretuêtʹsââkmožlivogobíomarkeradlâgepatocelûlârnoíkarcinomi AT peninaa ídentifíkacíâtranskriptomnimanalízompdgfaŝosekretuêtʹsââkmožlivogobíomarkeradlâgepatocelûlârnoíkarcinomi AT klepikovaav ídentifíkacíâtranskriptomnimanalízompdgfaŝosekretuêtʹsââkmožlivogobíomarkeradlâgepatocelûlârnoíkarcinomi AT shavochkinada ídentifíkacíâtranskriptomnimanalízompdgfaŝosekretuêtʹsââkmožlivogobíomarkeradlâgepatocelûlârnoíkarcinomi AT kudashkinne ídentifíkacíâtranskriptomnimanalízompdgfaŝosekretuêtʹsââkmožlivogobíomarkeradlâgepatocelûlârnoíkarcinomi AT morozea ídentifíkacíâtranskriptomnimanalízompdgfaŝosekretuêtʹsââkmožlivogobíomarkeradlâgepatocelûlârnoíkarcinomi AT patyutkoyi ídentifíkacíâtranskriptomnimanalízompdgfaŝosekretuêtʹsââkmožlivogobíomarkeradlâgepatocelûlârnoíkarcinomi AT kotelnikovaea ídentifíkacíâtranskriptomnimanalízompdgfaŝosekretuêtʹsââkmožlivogobíomarkeradlâgepatocelûlârnoíkarcinomi AT lazarevichnl ídentifíkacíâtranskriptomnimanalízompdgfaŝosekretuêtʹsââkmožlivogobíomarkeradlâgepatocelûlârnoíkarcinomi AT chesnokovms identifikaciâpdgfakakvozmožnogosekretiruemogobiomarkeragepatocellûlârnoikarcinomynaosnovaniitranskriptomnogoanaliza AT krivtsovaom identifikaciâpdgfakakvozmožnogosekretiruemogobiomarkeragepatocellûlârnoikarcinomynaosnovaniitranskriptomnogoanaliza AT skovorodnikovapa identifikaciâpdgfakakvozmožnogosekretiruemogobiomarkeragepatocellûlârnoikarcinomynaosnovaniitranskriptomnogoanaliza AT makarovaas identifikaciâpdgfakakvozmožnogosekretiruemogobiomarkeragepatocellûlârnoikarcinomynaosnovaniitranskriptomnogoanaliza AT kustovaif identifikaciâpdgfakakvozmožnogosekretiruemogobiomarkeragepatocellûlârnoikarcinomynaosnovaniitranskriptomnogoanaliza AT logachevamd identifikaciâpdgfakakvozmožnogosekretiruemogobiomarkeragepatocellûlârnoikarcinomynaosnovaniitranskriptomnogoanaliza AT peninaa identifikaciâpdgfakakvozmožnogosekretiruemogobiomarkeragepatocellûlârnoikarcinomynaosnovaniitranskriptomnogoanaliza AT klepikovaav identifikaciâpdgfakakvozmožnogosekretiruemogobiomarkeragepatocellûlârnoikarcinomynaosnovaniitranskriptomnogoanaliza AT shavochkinada identifikaciâpdgfakakvozmožnogosekretiruemogobiomarkeragepatocellûlârnoikarcinomynaosnovaniitranskriptomnogoanaliza AT kudashkinne identifikaciâpdgfakakvozmožnogosekretiruemogobiomarkeragepatocellûlârnoikarcinomynaosnovaniitranskriptomnogoanaliza AT morozea identifikaciâpdgfakakvozmožnogosekretiruemogobiomarkeragepatocellûlârnoikarcinomynaosnovaniitranskriptomnogoanaliza AT patyutkoyi identifikaciâpdgfakakvozmožnogosekretiruemogobiomarkeragepatocellûlârnoikarcinomynaosnovaniitranskriptomnogoanaliza AT kotelnikovaea identifikaciâpdgfakakvozmožnogosekretiruemogobiomarkeragepatocellûlârnoikarcinomynaosnovaniitranskriptomnogoanaliza AT lazarevichnl identifikaciâpdgfakakvozmožnogosekretiruemogobiomarkeragepatocellûlârnoikarcinomynaosnovaniitranskriptomnogoanaliza |