Similarity and dissimilarity of primary structures of some Streptomyces spp. genomes and the Streptomyces globisporus 1912-2 chromosomal DNA - Polishchuk, L.V. (Вiopolymers and Cell, 2017)
Aim. To determine the similarity and dissimilarity of the nucleotide sequences of the S. globisporus 1912-2 chromosome and primary structures of genomes of some Streptomycetes strains. Methods. NCBI tools (BLAST: blastn and bl2seq: megablast) and Internet NCBI databases (Genome, Nucleotide) were used for in silico analysis of the primary structure contigs of S. grlobisporus 1912-2. Results. A few strains with significant identity of their DNA primary structures to the nucleotide sequences of the chromosomal DNA of S. globisporus 1912-2 (identity 88–97 %) and a degree of query cover (55–82 %) were identified. Primary structures of genomes of the strains S. globisporus C-1027 and S. griseus NBRC13350 were chosen as most identical to the nucleotide sequence of the S. globisporus 1912-2 chromosomal DNA. No fragments with a homologous primary structure to seven S. globisporus 1912-2 contigs were found in Streptomycetes spp. from the NCBI databases. Conclusions. S. globisporus 1912-2 strain is a member of the S. griseus clade. We detected a high biosynthetic potential of the strain S. globisporus 1912-2 due to many unique nucleotide sequences. Мета. Визначити подібності та відмінності первинних структур геномів ряду штамів стрептоміцетів і хромосомної ДНК S. globisporus 1912-2 in silico. Методи. Використовували ресурси сервера NCBI (BLAST: blastn і bl2seq: megablast) для in silico аналізу первинної структури контигів S. grlobisporus 1912-2 і ряду Інтернет баз даних NCBI (Genome, Nucleotide). Результати. Виявлено ряд штамів зі значними показниками гомології їх первинної структури ДНК і нуклеотидної послідовності хромосомної ДНК S. globisporus 1912-2 (ступенем ідентичності (88–97 %) і ступенем покриттям (55–82 %)). Максимальна ідентичність нуклеотидній послідовності хромосомної ДНК S. globisporus 1912-2 було виявлена у геномів штамів S. globisporus C-1027 (97 %) і S. griseus NBRC13350 (96%). Жодного фрагмента з первинною структурою, гомологичною структурам семи контігов S. globisporus 1912-2 не було знайдено серед нуклеотидних послідовностей стрептоміцетів з базах даних NCBI. Висновки. Встановлено, що штам S. globisporus 1912-2 є членом клади S. griseus. Ми виявили великий біосинтетичний потенціал штаму S. globisporus 1912-2, можливий завдяки його багатьом унікальним нуклеотидним послідовностям. Цель. Определить in silico сходство и отличие первичных структур геномов ряда штаммов стрептомицетов и хромосомной ДНК S. globisporus 1912-2. Методы. Использовали ресурсы сервера NCBI (BLAST: blastn и bl2seq: megablast) для in silico анализа первичной структуры контигов S. globisporus 1912‑2 и ряда Интернет баз данных NCBI (Genome, Nucleotide). Результаты. Выявлено ряд штаммов со значительными показателями гомологии их первичной структуры ДНК и нуклеотидной последовательности хромосомной ДНК S. globisporus 1912-2 (степенью идентичности (88–97 %) и степенью покрытием (55–82 %)). Максимальная идентичность нуклеотидной последовательности хромосомной ДНК S. globisporus 1912‑2 была выявлена у геномов штаммов S. globisporus C-1027 (97 %) и S. griseus NBRC13350 (96 %). Ни одного фрагмента с первичной структурой, гомологичной структурам семи контигов S. globisporus 1912‑2 не было найдено среди нуклеотидных последовательностей стрептомицетов из базы данных NCBI. Выводы. Установлено, что штамм S. globisporus 1912‑2 является членом клады S. griseus. Мы выявили большой биосинтетический потенциал штамма S. globisporus 1912-2, возможный благодаря его многим уникальным нуклеотидным последовательностям.