Визначення генів мішеней транскрипційного фактора ISGF-3
Транскрипційний фактор ISGF-3 активується в результаті передачі сигналу від ІФНα домінуючим шляхом Jak-STAT. Мета роботи полягала у пошуку сайтів звязування ISGF-3, що дозволяє виявляти гени первинної відповіді на ІФНα. Методи. COTRASIF це веб-інструмент для всегеномного пошуку еволюційно консервтив...
Saved in:
| Published in: | Вiopolymers and Cell |
|---|---|
| Date: | 2009 |
| Main Authors: | , , , |
| Format: | Article |
| Language: | Ukrainian |
| Published: |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
2009
|
| Subjects: | |
| Online Access: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/153007 |
| Tags: |
Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
|
| Journal Title: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Cite this: | Визначення генів мішеней транскрипційного фактора ISGF-3 / Б.Т. Токовенко, О.О. Драгущенко, А.В. Куклін, М.Ю. Оболенська // Вiopolymers and Cell. — 2009. — Т. 25, № 5. — С. 398-402. — Бібліогр.: 10 назв. — укр. |
Institution
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| _version_ | 1862712358385745920 |
|---|---|
| author | Токовенко, Б.Т. Драгущенко, О.О. Куклін, А.В. Оболенська, М.Ю. |
| author_facet | Токовенко, Б.Т. Драгущенко, О.О. Куклін, А.В. Оболенська, М.Ю. |
| citation_txt | Визначення генів мішеней транскрипційного фактора ISGF-3 / Б.Т. Токовенко, О.О. Драгущенко, А.В. Куклін, М.Ю. Оболенська // Вiopolymers and Cell. — 2009. — Т. 25, № 5. — С. 398-402. — Бібліогр.: 10 назв. — укр. |
| collection | DSpace DC |
| container_title | Вiopolymers and Cell |
| description | Транскрипційний фактор ISGF-3 активується в результаті передачі сигналу від ІФНα домінуючим шляхом Jak-STAT. Мета роботи полягала у пошуку сайтів звязування ISGF-3, що дозволяє виявляти гени первинної відповіді на ІФНα. Методи. COTRASIF це веб-інструмент для всегеномного пошуку еволюційно консервтивних регуляторних ділянок у промоторах генів еукаріотів, що пропонує три методи позиційно-вагових матриць (ПВМ), гібридний метод на основі прихованих моделей Маркова (ПВМ-ПММ) та філогенетичний футпринтинг. Результати. Показано, що ме тод ПВМ-ПММ має вищу специфічність пошуку. Метод застосовано для виявлення генів мішеней транскрипційного фактора ISGF-3. Із за стосуванням філогенетичного футпринтингу сформовано групу зі 162 генів імовірної первинної відповіді на ІФНα. Розроблено та застосовано показник надійності виявлених генів-мішеней. Висновки. На основі результатів пошуку сайту звязування ISGF-3, статистичного аналізу з використанням Онтології Генів та обчислених показників надійності генів-мішеней 24 білок-кодуючих гени щура визначено як перспективні для вивчення первинної відповіді на ІФНα.
Aim. Transcription factor ISGF-3 is activated as a result of the signal transduction from IFNα via the dominating Jak-STAT pathway. The discovery of ISGF-3 binding sites will assist in identifying genes of primary response to IFNα. Methods. COTRASIF is a web-based tool for the genome-wide identification of the evolutionary-conservative regulatory sites in the promoters of eukaryotic genes. It offers 3 search methods: based on position-weight matrices (PWM), hybrid method based on hidden Markov models (PWM-HMM), and phylogenetic footprinting. Results. We have demonstrated that PWM-HMM method has higher search specificity, and used this method to identify the gene targets of ISGF-3 transcription factor. After applying phylogenetic foot-printing, we have obtained a list of 162 genes of putative primary response to IFNα. The reliability metrics to these gene targets has been developed and applied. Conclusions. Based on the search results, Gene Ontology over-representation analysis, and reliability metrics, we have identified 24 rat protein-coding genes as promising targets for further studies on the primary response to IFNα.
Транскрипционных факторов ISGF-3 активируется в результате передачи сигнала от ИФНα доминирующим путем Jak-STAT. Цель работы заключалась в поиске сайтов связывания ISGF-3, позволяет выявлять гены первичного ответа на ИФНα. Методы. COTRASIF - веб-инструмент для всегеномного поиска эволюционно консервтивних регуляторных участков в промоторов генов эукариот, предлагающий три метода позиционно-весовых матриц (ТСМ), гибридный метод на основе скрытых моделей Маркова (ТСМ-ГСМ) и филогенетический футпринтинг. Результаты. Показано, что метод ТСМ-ГСМ имеет высшую специфичность поиска. Метод применен для выявления генов мишеней транскрипционного фактора ISGF-3. С применением филогенетического футпринтинга сформирована группа из 162 генов вероятной первичного ответа на ИФНα. Разработан и применен показатель надежности выявленных генов-мишеней. Выводы. На основе результатов поиска сайта связывания ISGF-3, статистического анализа с использованием онтологии Генов и вычисленных показателей надежности генов-мишеней 24 белок-кодирующих гены крысы определены как перспективные для изучения первичного ответа на ИФНα.
|
| first_indexed | 2025-12-07T17:36:52Z |
| format | Article |
| fulltext | |
| id | nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-153007 |
| institution | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| issn | 0233-7657 |
| language | Ukrainian |
| last_indexed | 2025-12-07T17:36:52Z |
| publishDate | 2009 |
| publisher | Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
| record_format | dspace |
| spelling | Токовенко, Б.Т. Драгущенко, О.О. Куклін, А.В. Оболенська, М.Ю. 2019-06-13T12:19:11Z 2019-06-13T12:19:11Z 2009 Визначення генів мішеней транскрипційного фактора ISGF-3 / Б.Т. Токовенко, О.О. Драгущенко, А.В. Куклін, М.Ю. Оболенська // Вiopolymers and Cell. — 2009. — Т. 25, № 5. — С. 398-402. — Бібліогр.: 10 назв. — укр. 0233-7657 DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.0007F2 https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/153007 577.218 Транскрипційний фактор ISGF-3 активується в результаті передачі сигналу від ІФНα домінуючим шляхом Jak-STAT. Мета роботи полягала у пошуку сайтів звязування ISGF-3, що дозволяє виявляти гени первинної відповіді на ІФНα. Методи. COTRASIF це веб-інструмент для всегеномного пошуку еволюційно консервтивних регуляторних ділянок у промоторах генів еукаріотів, що пропонує три методи позиційно-вагових матриць (ПВМ), гібридний метод на основі прихованих моделей Маркова (ПВМ-ПММ) та філогенетичний футпринтинг. Результати. Показано, що ме тод ПВМ-ПММ має вищу специфічність пошуку. Метод застосовано для виявлення генів мішеней транскрипційного фактора ISGF-3. Із за стосуванням філогенетичного футпринтингу сформовано групу зі 162 генів імовірної первинної відповіді на ІФНα. Розроблено та застосовано показник надійності виявлених генів-мішеней. Висновки. На основі результатів пошуку сайту звязування ISGF-3, статистичного аналізу з використанням Онтології Генів та обчислених показників надійності генів-мішеней 24 білок-кодуючих гени щура визначено як перспективні для вивчення первинної відповіді на ІФНα. Aim. Transcription factor ISGF-3 is activated as a result of the signal transduction from IFNα via the dominating Jak-STAT pathway. The discovery of ISGF-3 binding sites will assist in identifying genes of primary response to IFNα. Methods. COTRASIF is a web-based tool for the genome-wide identification of the evolutionary-conservative regulatory sites in the promoters of eukaryotic genes. It offers 3 search methods: based on position-weight matrices (PWM), hybrid method based on hidden Markov models (PWM-HMM), and phylogenetic footprinting. Results. We have demonstrated that PWM-HMM method has higher search specificity, and used this method to identify the gene targets of ISGF-3 transcription factor. After applying phylogenetic foot-printing, we have obtained a list of 162 genes of putative primary response to IFNα. The reliability metrics to these gene targets has been developed and applied. Conclusions. Based on the search results, Gene Ontology over-representation analysis, and reliability metrics, we have identified 24 rat protein-coding genes as promising targets for further studies on the primary response to IFNα. Транскрипционных факторов ISGF-3 активируется в результате передачи сигнала от ИФНα доминирующим путем Jak-STAT. Цель работы заключалась в поиске сайтов связывания ISGF-3, позволяет выявлять гены первичного ответа на ИФНα. Методы. COTRASIF - веб-инструмент для всегеномного поиска эволюционно консервтивних регуляторных участков в промоторов генов эукариот, предлагающий три метода позиционно-весовых матриц (ТСМ), гибридный метод на основе скрытых моделей Маркова (ТСМ-ГСМ) и филогенетический футпринтинг. Результаты. Показано, что метод ТСМ-ГСМ имеет высшую специфичность поиска. Метод применен для выявления генов мишеней транскрипционного фактора ISGF-3. С применением филогенетического футпринтинга сформирована группа из 162 генов вероятной первичного ответа на ИФНα. Разработан и применен показатель надежности выявленных генов-мишеней. Выводы. На основе результатов поиска сайта связывания ISGF-3, статистического анализа с использованием онтологии Генов и вычисленных показателей надежности генов-мишеней 24 белок-кодирующих гены крысы определены как перспективные для изучения первичного ответа на ИФНα. uk Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Вiopolymers and Cell Біоінформатика Визначення генів мішеней транскрипційного фактора ISGF-3 Identification of gene targets of ISGF-3 transcription factor Определение генов - мишеней транскрипционного фактора ISGF-3 Article published earlier |
| spellingShingle | Визначення генів мішеней транскрипційного фактора ISGF-3 Токовенко, Б.Т. Драгущенко, О.О. Куклін, А.В. Оболенська, М.Ю. Біоінформатика |
| title | Визначення генів мішеней транскрипційного фактора ISGF-3 |
| title_alt | Identification of gene targets of ISGF-3 transcription factor Определение генов - мишеней транскрипционного фактора ISGF-3 |
| title_full | Визначення генів мішеней транскрипційного фактора ISGF-3 |
| title_fullStr | Визначення генів мішеней транскрипційного фактора ISGF-3 |
| title_full_unstemmed | Визначення генів мішеней транскрипційного фактора ISGF-3 |
| title_short | Визначення генів мішеней транскрипційного фактора ISGF-3 |
| title_sort | визначення генів мішеней транскрипційного фактора isgf-3 |
| topic | Біоінформатика |
| topic_facet | Біоінформатика |
| url | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/153007 |
| work_keys_str_mv | AT tokovenkobt viznačennâgenívmíšeneitranskripcíinogofaktoraisgf3 AT draguŝenkooo viznačennâgenívmíšeneitranskripcíinogofaktoraisgf3 AT kuklínav viznačennâgenívmíšeneitranskripcíinogofaktoraisgf3 AT obolensʹkamû viznačennâgenívmíšeneitranskripcíinogofaktoraisgf3 AT tokovenkobt identificationofgenetargetsofisgf3transcriptionfactor AT draguŝenkooo identificationofgenetargetsofisgf3transcriptionfactor AT kuklínav identificationofgenetargetsofisgf3transcriptionfactor AT obolensʹkamû identificationofgenetargetsofisgf3transcriptionfactor AT tokovenkobt opredeleniegenovmišeneitranskripcionnogofaktoraisgf3 AT draguŝenkooo opredeleniegenovmišeneitranskripcionnogofaktoraisgf3 AT kuklínav opredeleniegenovmišeneitranskripcionnogofaktoraisgf3 AT obolensʹkamû opredeleniegenovmišeneitranskripcionnogofaktoraisgf3 |