Раннє виявлення та групова ідентифікація штамів Mycobacterium tuberculosis за допомогою SNP-аналізу зі шпилькоподібними праймерами

Мета. Провести диференційне виявлення у клінічному матеріалі штамів M. tuberculosis (МБТ), що належать до 1-ї або 2/3 принципових генотипових груп (ПГГ) M. tuberculosis, для прискорення діагностики туберкульозу і раннього визначення клінічно і епідеміологічно значущих штамів. Методи. SNP (single-nuc...

Повний опис

Збережено в:

Бібліографічні деталі
Опубліковано в: :	Вiopolymers and Cell
Дата:	2013
Автори:	Чередник, Ю.О., Анопрієнко, О.В., Горовенко, Н.Г., Фещенко, Ю.І.
Формат:	Стаття
Мова:	Ukrainian
Опубліковано:	Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 2013
Теми:	Structure and Function of Biopolymers
Онлайн доступ:	https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/153176
Теги:	Додати тег Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
Назва журналу:	Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
Цитувати:	Раннє виявлення та групова ідентифікація штамів Mycobacterium tuberculosis за допомогою SNP-аналізу зі шпилькоподібними праймерами / Ю.О. Чередник, О.В. Анопрієнко, Н.Г. Горовенко, Ю.І. Фещенко // Вiopolymers and Cell. — 2013. — Т. 29, №. 5. — С. 375-381. — Бібліогр.: 17 назв. — укр.

Репозитарії

Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine

id	nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-153176
record_format	dspace
spelling	Чередник, Ю.О. Анопрієнко, О.В. Горовенко, Н.Г. Фещенко, Ю.І. 2019-06-13T15:16:45Z 2019-06-13T15:16:45Z 2013 Раннє виявлення та групова ідентифікація штамів Mycobacterium tuberculosis за допомогою SNP-аналізу зі шпилькоподібними праймерами / Ю.О. Чередник, О.В. Анопрієнко, Н.Г. Горовенко, Ю.І. Фещенко // Вiopolymers and Cell. — 2013. — Т. 29, №. 5. — С. 375-381. — Бібліогр.: 17 назв. — укр. 0233-7657 DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.00082C https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/153176 57.083.18:579.61:579.873.21:616.24-008.8.-078 Мета. Провести диференційне виявлення у клінічному матеріалі штамів M. tuberculosis (МБТ), що належать до 1-ї або 2/3 принципових генотипових груп (ПГГ) M. tuberculosis, для прискорення діагностики туберкульозу і раннього визначення клінічно і епідеміологічно значущих штамів. Методи. SNP (single-nucleotide polymorphism)-аналіз на основі полімеразної ланцюгової реакції (ПЛР) зі шпилькоподібними праймерами до групоспецифічного SNP katG463 та статистичний аналіз клініко-епідеміологічних показників застосовано для дослідження клінічних зразків мокротиння хворих на туберкульоз легень м. Києва. Результати. За допомогою ПЛР-системи диференційного групоспецифічного пошуку МБТ з використанням шпилькоподібних праймерів до SNP katG463 M. tuberculosis знайдено в 47,8 % клінічних зразків, з яких 57,6 % становлять штами ПГГ-1 і 42,4 % – ПГГ-2/3. Встановлено асоціацію між приналежністю до ПГГ-1 і резистентністю до ізоніазиду (OR [95 % CI], 5,417 [1,196–24,522], P = 0,0283) та до будь- якого з препаратів першого ряду (рифампіцин/ізоніазид) (OR [95 % CI], 7,00 [1,493–32,82], P = 0,014). Висновки. SNP-аналіз зі шпилькоподібними SNP-специфічними праймерами до локусу katG463 групової приналежності штамів МБТ дозволяє ефективно виявляти у клінічному матеріалі епідеміологічно значущі штами M. tuberculosis ПГГ-1. Цель. Провести дифференциальное выявление в клиническом материале штаммов M. tuberculosis (МБТ), относящихся к 1-й или 2/3 принципиальным генотипическим группам M. tuberculosis, для сокращения сроков диагностики туберкулеза и раннего выявления наиболее клинически и эпидемиологически значимых штаммов. Методы. SNP (single-nucleotide polymorphism)-анализ на основе полимеразной цепной реакции (ПЦР) со шпилечными праймерами к группоспецифическому SNP katG463 и статистический анализ клинико-эпидемиологических показателей применены для исследования клинических образцов мокрот больных туберкулезом легких г. Киева. Результаты. С помощью ПЦР-системы дифференциального группоспецифического выявления МБТ с использованием шпилечных праймеров к SNP katG463 M. tuberculosis обнаружена в 47,8 % клинических образцов, из которых 57,6 % составляют штаммы ПГГ-1 и 42,4 % – ПГГ-2/3. Установлена ассоциация между принадлежностью к ПГГ-1 и резистентностью к изониазиду (OR [95 % CI], 5,417 [1,196–24,522] P = 0,0283) и к любому из препаратов первого ряда (рифампицин/изониазид) (OR [95 % CI], 7,00 [1,493–32.82] P = 0,014). Выводы. SNP-анализ со шпилечными SNP-специфическими праймерами к локусу katG463 групповой принадлежности штаммов МБТ позволяет эффективно выявлять в клиническом материале эпидемиологически значимые штаммы M. tuberculosis ПГГ-1. Aim. Based on the method of single-nucleotide polymorphism (SNP) determination with hairpin primers to perform a differential identification in clinical material of M. tuberculosis (Mtb) strains, which belong to the 1st or 2/3 principal genotypic groups (PGG), with the aim of shortening the terms of tuberculosis diagnosing and early detection of most clinically and epidemiologically-significant strains. Methods. PCR with the SNP-specific hairpin primers to group-specific SNP katG463, and statistical analysis of clinical/epidemiological categories of the patients were used for study of sputum clinical samples from patients with pulmonary tuberculosis living in Kyiv. Results. PCR system of differential group-specific detection of Mtb in clinical samples using hairpin primers to SNP katG463 effectively detected Mtb in 47.8 % of samples of which 57.6 % were strains of the PGG-1 and 42.4 % – PGG-2/3. The association between belonging to the PGG-1 and resistance to iso- niazid (OR [95 % CI], 5.417 [1.196–24.522] P = 0.0283) and to any of the first-line drugs (rifampicin/isoniazid) (OR [95 % CI], 7.00 [1.493– 32.82] P = 0.014) was revealed. Conclusions. SNP-analysis with hairpin SNP-specific primers to locus katG463 of Mtb strains group membership in clinical material allows effective detection of epidemiologically-important PGG-1 strains. uk Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Вiopolymers and Cell Structure and Function of Biopolymers Раннє виявлення та групова ідентифікація штамів Mycobacterium tuberculosis за допомогою SNP-аналізу зі шпилькоподібними праймерами Раннее выявление и групповая идентификация штаммов Mycobacterium tuberculosis с помощью SNP-анализа со шпилечными праймерами Early detection and group-specific identification of Mycobacterium tuberculosis strains by method of single-nucleotide polymorphism analysis with hairpin primers Article published earlier
institution	Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
collection	DSpace DC
title	Раннє виявлення та групова ідентифікація штамів Mycobacterium tuberculosis за допомогою SNP-аналізу зі шпилькоподібними праймерами
spellingShingle	Раннє виявлення та групова ідентифікація штамів Mycobacterium tuberculosis за допомогою SNP-аналізу зі шпилькоподібними праймерами Чередник, Ю.О. Анопрієнко, О.В. Горовенко, Н.Г. Фещенко, Ю.І. Structure and Function of Biopolymers
title_short	Раннє виявлення та групова ідентифікація штамів Mycobacterium tuberculosis за допомогою SNP-аналізу зі шпилькоподібними праймерами
title_full	Раннє виявлення та групова ідентифікація штамів Mycobacterium tuberculosis за допомогою SNP-аналізу зі шпилькоподібними праймерами
title_fullStr	Раннє виявлення та групова ідентифікація штамів Mycobacterium tuberculosis за допомогою SNP-аналізу зі шпилькоподібними праймерами
title_full_unstemmed	Раннє виявлення та групова ідентифікація штамів Mycobacterium tuberculosis за допомогою SNP-аналізу зі шпилькоподібними праймерами
title_sort	раннє виявлення та групова ідентифікація штамів mycobacterium tuberculosis за допомогою snp-аналізу зі шпилькоподібними праймерами
author	Чередник, Ю.О. Анопрієнко, О.В. Горовенко, Н.Г. Фещенко, Ю.І.
author_facet	Чередник, Ю.О. Анопрієнко, О.В. Горовенко, Н.Г. Фещенко, Ю.І.
topic	Structure and Function of Biopolymers
topic_facet	Structure and Function of Biopolymers
publishDate	2013
language	Ukrainian
container_title	Вiopolymers and Cell
publisher	Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
format	Article
title_alt	Раннее выявление и групповая идентификация штаммов Mycobacterium tuberculosis с помощью SNP-анализа со шпилечными праймерами Early detection and group-specific identification of Mycobacterium tuberculosis strains by method of single-nucleotide polymorphism analysis with hairpin primers
description	Мета. Провести диференційне виявлення у клінічному матеріалі штамів M. tuberculosis (МБТ), що належать до 1-ї або 2/3 принципових генотипових груп (ПГГ) M. tuberculosis, для прискорення діагностики туберкульозу і раннього визначення клінічно і епідеміологічно значущих штамів. Методи. SNP (single-nucleotide polymorphism)-аналіз на основі полімеразної ланцюгової реакції (ПЛР) зі шпилькоподібними праймерами до групоспецифічного SNP katG463 та статистичний аналіз клініко-епідеміологічних показників застосовано для дослідження клінічних зразків мокротиння хворих на туберкульоз легень м. Києва. Результати. За допомогою ПЛР-системи диференційного групоспецифічного пошуку МБТ з використанням шпилькоподібних праймерів до SNP katG463 M. tuberculosis знайдено в 47,8 % клінічних зразків, з яких 57,6 % становлять штами ПГГ-1 і 42,4 % – ПГГ-2/3. Встановлено асоціацію між приналежністю до ПГГ-1 і резистентністю до ізоніазиду (OR [95 % CI], 5,417 [1,196–24,522], P = 0,0283) та до будь- якого з препаратів першого ряду (рифампіцин/ізоніазид) (OR [95 % CI], 7,00 [1,493–32,82], P = 0,014). Висновки. SNP-аналіз зі шпилькоподібними SNP-специфічними праймерами до локусу katG463 групової приналежності штамів МБТ дозволяє ефективно виявляти у клінічному матеріалі епідеміологічно значущі штами M. tuberculosis ПГГ-1. Цель. Провести дифференциальное выявление в клиническом материале штаммов M. tuberculosis (МБТ), относящихся к 1-й или 2/3 принципиальным генотипическим группам M. tuberculosis, для сокращения сроков диагностики туберкулеза и раннего выявления наиболее клинически и эпидемиологически значимых штаммов. Методы. SNP (single-nucleotide polymorphism)-анализ на основе полимеразной цепной реакции (ПЦР) со шпилечными праймерами к группоспецифическому SNP katG463 и статистический анализ клинико-эпидемиологических показателей применены для исследования клинических образцов мокрот больных туберкулезом легких г. Киева. Результаты. С помощью ПЦР-системы дифференциального группоспецифического выявления МБТ с использованием шпилечных праймеров к SNP katG463 M. tuberculosis обнаружена в 47,8 % клинических образцов, из которых 57,6 % составляют штаммы ПГГ-1 и 42,4 % – ПГГ-2/3. Установлена ассоциация между принадлежностью к ПГГ-1 и резистентностью к изониазиду (OR [95 % CI], 5,417 [1,196–24,522] P = 0,0283) и к любому из препаратов первого ряда (рифампицин/изониазид) (OR [95 % CI], 7,00 [1,493–32.82] P = 0,014). Выводы. SNP-анализ со шпилечными SNP-специфическими праймерами к локусу katG463 групповой принадлежности штаммов МБТ позволяет эффективно выявлять в клиническом материале эпидемиологически значимые штаммы M. tuberculosis ПГГ-1. Aim. Based on the method of single-nucleotide polymorphism (SNP) determination with hairpin primers to perform a differential identification in clinical material of M. tuberculosis (Mtb) strains, which belong to the 1st or 2/3 principal genotypic groups (PGG), with the aim of shortening the terms of tuberculosis diagnosing and early detection of most clinically and epidemiologically-significant strains. Methods. PCR with the SNP-specific hairpin primers to group-specific SNP katG463, and statistical analysis of clinical/epidemiological categories of the patients were used for study of sputum clinical samples from patients with pulmonary tuberculosis living in Kyiv. Results. PCR system of differential group-specific detection of Mtb in clinical samples using hairpin primers to SNP katG463 effectively detected Mtb in 47.8 % of samples of which 57.6 % were strains of the PGG-1 and 42.4 % – PGG-2/3. The association between belonging to the PGG-1 and resistance to iso- niazid (OR [95 % CI], 5.417 [1.196–24.522] P = 0.0283) and to any of the first-line drugs (rifampicin/isoniazid) (OR [95 % CI], 7.00 [1.493– 32.82] P = 0.014) was revealed. Conclusions. SNP-analysis with hairpin SNP-specific primers to locus katG463 of Mtb strains group membership in clinical material allows effective detection of epidemiologically-important PGG-1 strains.
issn	0233-7657
url	https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/153176
citation_txt	Раннє виявлення та групова ідентифікація штамів Mycobacterium tuberculosis за допомогою SNP-аналізу зі шпилькоподібними праймерами / Ю.О. Чередник, О.В. Анопрієнко, Н.Г. Горовенко, Ю.І. Фещенко // Вiopolymers and Cell. — 2013. — Т. 29, №. 5. — С. 375-381. — Бібліогр.: 17 назв. — укр.
work_keys_str_mv	AT čerednikûo rannêviâvlennâtagrupovaídentifíkacíâštamívmycobacteriumtuberculosiszadopomogoûsnpanalízuzíšpilʹkopodíbnimipraimerami AT anopríênkoov rannêviâvlennâtagrupovaídentifíkacíâštamívmycobacteriumtuberculosiszadopomogoûsnpanalízuzíšpilʹkopodíbnimipraimerami AT gorovenkong rannêviâvlennâtagrupovaídentifíkacíâštamívmycobacteriumtuberculosiszadopomogoûsnpanalízuzíšpilʹkopodíbnimipraimerami AT feŝenkoûí rannêviâvlennâtagrupovaídentifíkacíâštamívmycobacteriumtuberculosiszadopomogoûsnpanalízuzíšpilʹkopodíbnimipraimerami AT čerednikûo ranneevyâvlenieigruppovaâidentifikaciâštammovmycobacteriumtuberculosisspomoŝʹûsnpanalizasošpilečnymipraimerami AT anopríênkoov ranneevyâvlenieigruppovaâidentifikaciâštammovmycobacteriumtuberculosisspomoŝʹûsnpanalizasošpilečnymipraimerami AT gorovenkong ranneevyâvlenieigruppovaâidentifikaciâštammovmycobacteriumtuberculosisspomoŝʹûsnpanalizasošpilečnymipraimerami AT feŝenkoûí ranneevyâvlenieigruppovaâidentifikaciâštammovmycobacteriumtuberculosisspomoŝʹûsnpanalizasošpilečnymipraimerami AT čerednikûo earlydetectionandgroupspecificidentificationofmycobacteriumtuberculosisstrainsbymethodofsinglenucleotidepolymorphismanalysiswithhairpinprimers AT anopríênkoov earlydetectionandgroupspecificidentificationofmycobacteriumtuberculosisstrainsbymethodofsinglenucleotidepolymorphismanalysiswithhairpinprimers AT gorovenkong earlydetectionandgroupspecificidentificationofmycobacteriumtuberculosisstrainsbymethodofsinglenucleotidepolymorphismanalysiswithhairpinprimers AT feŝenkoûí earlydetectionandgroupspecificidentificationofmycobacteriumtuberculosisstrainsbymethodofsinglenucleotidepolymorphismanalysiswithhairpinprimers
first_indexed	2025-11-25T21:25:54Z
last_indexed	2025-11-25T21:25:54Z
_version_	1850557693911105536
fulltext	STRUCTURE AND FUNCTION OF BIOPOLYMERS UDC 57.083.18:579.61:579.873.21:616.24-008.8.-078 Ðàííº âèÿâëåííÿ òà ãðóïîâà ³äåíòèô³êàö³ÿ øòàì³â Mycobacterium tuberculosis çà äîïîìîãîþ SNP-àíàë³çó ç³ øïèëüêîïîä³áíèìè ïðàéìåðàìè Þ. Î. ×åðåäíèê1, Î. Â. Àíîïð³ºíêî2, Í. Ã. Ãîðîâåíêî3, Þ. ². Ôåùåíêî1 1ÄÓ «Íàö³îíàëüíèé ³íñòèòóò ôòèç³àòð³¿ ³ ïóëüìîíîëîã³¿ ³ìåí³ Ô. Ã. ßíîâñüêîãî ÍÀÌÍ Óêðà¿íè» Âóë. Ì. Àìîñîâà, 10, Êè¿â, Óêðà¿íà, 03680 2²íñòèòóò ìîëåêóëÿðíî¿ á³îëîã³¿ ³ ãåíåòèêè ÍÀÍ Óêðà¿íè Âóë. Àêàäåì³êà Çàáîëîòíîãî, 150, Êè¿â, Óêðà¿íà, 03680 3Íàö³îíàëüíà ìåäè÷íà àêàäåì³ÿ ï³ñëÿäèïëîìíî¿ îñâ³òè ³ìåí³ Ï. Ë. Øóïèêà ÌÎÇ Óêðà¿íè Âóë. Äîðîãîæèöüêà, 9, Êè¿â, Óêðà¿íà, 03112 yurach@ukr.net Ìåòà. Ïðîâåñòè äèôåðåíö³éíå âèÿâëåííÿ ó êë³í³÷íîìó ìàòåð³àë³ øòàì³â M. tuberculosis (ÌÁÒ), ùî íàëå- æàòü äî 1-¿ àáî 2/3 ïðèíöèïîâèõ ãåíîòèïîâèõ ãðóï (ÏÃÃ) M. tuberculosis, äëÿ ïðèñêîðåííÿ ä³àãíîñòèêè òóáåðêóëüîçó ³ ðàííüîãî âèçíà÷åííÿ êë³í³÷íî ³ åï³äåì³îëîã³÷íî çíà÷óùèõ øòàì³â. Ìåòîäè. SNP (single- nucleotide polymorphism)-àíàë³ç íà îñíîâ³ ïîë³ìåðàçíî¿ ëàíöþãîâî¿ ðåàêö³¿ (ÏËÐ) ç³ øïèëüêîïîä³áíèìè ïðàéìåðàìè äî ãðóïîñïåöèô³÷íîãî SNP katG 463 òà ñòàòèñòè÷íèé àíàë³ç êë³í³êî-åï³äåì³îëîã³÷íèõ ïîêàç- íèê³â çàñòîñîâàíî äëÿ äîñë³äæåííÿ êë³í³÷íèõ çðàçê³â ìîêðîòèííÿ õâîðèõ íà òóáåðêóëüîç ëåãåíü ì. Êèºâà. Ðåçóëüòàòè. Çà äîïîìîãîþ ÏËÐ-ñèñòåìè äèôåðåíö³éíîãî ãðóïîñïåöèô³÷íîãî âèÿâëåííÿ ÌÁÒ ç âèêîðè- ñòàííÿì øïèëüêîïîä³áíèõ ïðàéìåð³â äî SNP katG 463 M. tuberculosis äåòåêòîâàíî â 47,8 % êë³í³÷íèõ çðàçê³â, ç ÿêèõ 57,6 % ñòàíîâëÿòü øòàìè ÏÃÃ-1 ³ 42,4 % – ÏÃÃ-2/3. Âñòàíîâëåíî àñîö³àö³þ ì³æ ïðèíà- ëåæí³ñòþ äî ÏÃÃ-1 ³ ðåçèñòåíòí³ñòþ äî ³çîí³àçèäó (OR [95 % CI], 5,417 [1,196–24,522], P = 0,0283) òà äî áóäü-ÿêîãî ç ïðåïàðàò³â ïåðøîãî ðÿäó (ðèôàìï³öèí/³çîí³àçèä) (OR [95 % CI], 7,00 [1,493–32,82], P = = 0,014). Âèñíîâêè. SNP-àíàë³ç ç³ øïèëüêîïîä³áíèìè SNP-ñïåöèô³÷íèìè ïðàéìåðàìè äî ëîêóñó katG 463 ãðóïîâî¿ ïðèíàëåæíîñò³ øòàì³â ÌÁÒ äîçâîëÿº åôåêòèâíî âèÿâëÿòè ó êë³í³÷íîìó ìàòåð³àë³ åï³äåì³îëî- ã³÷íî çíà÷óù³ øòàìè M. tuberculosis ÏÃÃ-1. Êëþ÷îâ³ ñëîâà: SNP, Mycobacterium tuberculosis, katG, ÏËÐ-ä³àãíîñòèêà, òóáåðêóëüîç. Âñòóï. Äîñë³äæåííÿ åâîëþö³¿ ³ ìîëåêóëÿðíî¿ åï³äå- ì³îëîã³¿ M. tuberculosis (ÌÁÒ), à òàêîæ ñò³éêîñò³ áàêòåð³é äî ïðîòèòóáåðêóëüîçíèõ ïðåïàðàò³â (ÏÒÏ) ðîáèòü âñå àêòóàëüí³øèì øâèäêèé àíàë³ç òî÷êîâèõ ìóòàö³é ³ îäíîíóêëåîòèäíèõ ïîë³ìîðô³çì³â – SNP, ÿêèé äîçâîëÿº ïðîâîäèòè øèðîêîìàñøòàáí³ ñêðè- í³íãè ïîïóëÿö³¿ ÌÁÒ. ²ñíóº äîñèòü ð³çíîìàí³òíà ïà- íåëü ìåòîä³â äëÿ ïîøóêó íîâèõ ³ âñòàíîâëåííÿ âæå îõàðàêòåðèçîâàíèõ SNP: ìåòîäè íà îñíîâ³ ñåêâåíó- âàííÿ ÄÍÊ, ìåòîä ì³êðî÷èï-äåòåêö³¿, àëåëü-ñïåöè- ô³÷íà àìïë³ô³êàö³ÿ, ìóëüòèïëåêñíà ë³ãàç-çàëåæíà àìïë³ô³êàö³ÿ òà ³í. [1–3]. Äëÿ ñêðèí³íãó ìóòàö³é, àñîö³éîâàíèõ ç³ ñò³éê³ñòþ äî ÏÒÏ, ìîäèô³êîâàíî ìåòîä ARMS (Amplification Refractory Mutation System) [4]. Àëåëü-ñïåöèô³÷í³ ïðàéìåðè ñêîíñòðó- éîâàíî çà ïðèíöèïîì «ìîëåêóëÿðíèõ áóéê³â» (mole- cular beacons). Òåðìîäèíàì³÷í³ âëàñòèâîñò³ òàêèõ øïèëüêîïîä³áíèõ («hairpin») ïðàéìåð³â äîçâîëèëè çíà÷íî ï³äâèùèòè çäàòí³ñòü ðîçð³çíÿòè ìóòàíòíèé ³ «äèêèé» âàð³àíòè [5]. Ìàñøòàáíå ñåêâåíóâàííÿ ³ àíàë³ç ð³çíèõ çà ïî- õîäæåííÿì êë³í³÷íèõ ³çîëÿò³â M. tuberculosis äàëè ìîæëèâ³ñòü ïîä³ëèòè âèä íà ãðóïè ïðåäêîâèõ ³ ñó- ÷àñíèõ øòàì³â. Ïðåäêîâ³ øòàìè âêëþ÷àþòü ³çîëÿòè ðîäèíè EAI (East African-Indian), ùî ïðåâàëþþòü íà òåð³òîð³¿ Ñèíãàïóðó, Ï³âäåííî-Ñõ³äíî¿ Àç³¿ òà Ï³â- 375 ISSN 0233–7657. Biopolymers and Cell. 2013. Vol. 29. N 5. P. 375–381 doi: 10.7124/bc.00082C � Institute of Molecular Biology and Genetics, NAS of Ukraine, 2013 äåííî¿ ²íä³¿. Ñó÷àñí³ øòàìè äîì³íóþòü ó á³ëüøîñò³ ðåã³îí³â ñâ³òó, çîêðåìà, ó Êèòà¿ òà êðà¿íàõ êîëèø- íüîãî Ðàäÿíñüêîãî Ñîþçó [6]. Íà îñíîâ³ ëîêóñ³â SNP äâîõ ãåí³â – êîäîíà 463 ãåíà êàòàëàçè-ïåðîêñè- äàçè katG (katG463; CTG � CGG) ³ êîäîíà 95 ãåíà gyrA, ùî êîäóº À-ñóáîäèíèöþ ÄÍÊ-ã³ðàçè (gyrA95; AGC � ACC), – ó ìåæàõ ãðóïè ñó÷àñíèõ øòàì³â ÌÁÒ âèä³ëÿþòü òðè «ïðèíöèïîâ³ ãåíîòèïîâ³ ãðó- ïè» – ÏÃÃ [7]. ÏÃÃ-1 ñó÷àñíèõ øòàì³â ÌÁÒ ââàæà- þòü åâîëþö³éíî ñòàð³øîþ ³ ð³çíîìàí³òí³øîþ ãðó- ïîþ, ÿêà âêëþ÷àº â ñåáå ðîäèíó W-Beijing – åâî- ëþö³éíî íàéóñï³øí³øèõ ³ íàéâ³ðóëåíòí³øèõ øòà- ì³â ÌÁÒ. Äëÿ äåÿêèõ ðåã³îí³â ñâ³òó ïîêàçàíî, ùî ñå- ðåä øòàì³â ÌÁÒ ðîäèíè Beijing äîñòîâ³ðíî ÷àñò³øå çóñòð³÷àºòüñÿ ðåçèñòåíòí³ñòü äî ÏÒÏ [6, 8, 9]. Îä- íàê ó ö³ëîìó ïîâíîãî ðîçóì³ííÿ êë³í³÷íî¿ òà åï³äå- ì³îëîã³÷íî¿ çíà÷óùîñò³ ïîä³ëó íà òàê³ òðè ãåíåòè÷- í³ ãðóïè íåìàº. Íà îñíîâ³ ìåòîäó âèçíà÷åííÿ SNP çà äîïîìîãîþ øïèëüêîïîä³áíèõ ïðàéìåð³â ìè ðîçðîáèëè ïðîñòó ìåòîäèêó äèôåðåíö³éíîãî âèÿâëåííÿ ó êë³í³÷íîìó ìàòåð³àë³ øòàì³â ÌÁÒ, ùî íàëåæàòü äî 1-¿ àáî 2/3 ïðèíöèïîâèõ ãåíîòèïîâèõ ãðóï M. tuberculosis, äëÿ ïðèñêîðåííÿ ä³àãíîñòèêè òóáåðêóëüîçó ³ ïîøóêó â êë³í³÷íîìó ìàòåð³àë³ êë³í³÷íî ³ åï³äåì³îëîã³÷íî çíà- ÷óùèõ øòàì³â. Îö³íåíî ³íôîðìàòèâí³ñòü SNP-òèïó- âàííÿ íà îñíîâ³ ñòàòèñòè÷íîãî àíàë³çó àñîö³àö³¿ ãå- íîòèï³â øòàì³â ÌÁÒ ³ êë³í³÷íèõ òà åï³äåì³îëîã³÷- íèõ ïîêàçíèê³â ïàö³ºíò³â – ïðîäóöåíò³â öèõ øòàì³â. Ìàòåð³àëè ³ ìåòîäè. Êë³í³÷íèé ìàòåð³àë. Ïðî- àíàë³çîâàíî çðàçêè ìîêðîòèííÿ 69 õâîðèõ íà ëåãåíå- âèé òóáåðêóëüîç ïàö³ºíò³â, ùî ïðîæèâàþòü ó ì. Êè- ºâ³ (òàáë. 1). Ä³àãíîç âñòàíîâëåíî çà äàíèìè ðåíòãå- íîëîã³÷íî-ôëþîðîãðàô³÷íèõ ³ êë³í³÷íèõ îáñòåæåíü ï³ä ÷àñ ¿õíüîãî ïåðåáóâàííÿ â ÄÓ «Íàö³îíàëüíèé ³í- ñòèòóò ôòèç³àòð³¿ ³ ïóëüìîíîëîã³¿ ³ìåí³ Ô. Ã. ßíîâñü- êîãî ÍÀÌÍ Óêðà¿íè» â 2011 ðîö³ çã³äíî ç Íàêàçîì Ì³í³ñòåðñòâà îõîðîíè çäîðîâ’ÿ Óêðà¿íè ¹ 384 â³ä 09.06.06. Åï³äåì³îëîã³÷í³ òà êë³í³÷í³ äàí³ (ñòàòü, â³ê, ïðèíàëåæí³ñòü äî ãðóï âïåðøå ä³àãíîñòîâàíèõ âè- ïàäê³â òóáåðêóëüîçó ëåãåíü (ÂÄÒÁ) àáî ðåöèäèâóþ- ÷îãî òóáåðêóëüîçó (ÐÒÁ), ôîðìà òóáåðêóëüîçíîãî ïðîöåñó, íàÿâí³ñòü äåñòðóêòèâíèõ çì³í ó ëåãåíÿõ, äàí³ áàêòåð³îñêîï³÷íîãî àíàë³çó ³ êóëüòóðàëüíîãî ïîñ³âó) âçÿòî ç àíàìíåçó â ³ñòîð³ÿõ õâîðîáè. ×óòëè- â³ñòü øòàì³â ÌÁÒ äî ÏÒÏ (ðèôàìï³öèíó òà ³çîí³à- çèäó) âñòàíîâëþâàëè çà äîïîìîãîþ ÏËÐ òåñò-ñèñ- òåìè «Magicplex TB/MDR Real-time Test (ver.2.0)» (Seegene Inc., Êîðåÿ) [10]. SNP-òèïóâàííÿ øòàì³â ÌÁÒ ó êë³í³÷íèõ çðàç- êàõ. Ìîêðîòèííÿ îáðîáëÿëè ðîç÷èíîì N-àöåòèë- öèñòå¿íó/NaOH. ÄÍÊ âèä³ëÿëè â³äïîâ³äíî äî ïðî- òîêîëó ç ³íñòðóêö³¿ âèðîáíèêà òåñò-ñèñòåìè «DNA extraction kit» (Seegene Inc., Êîðåÿ). ÏËÐ âèêîíóâà- ëè çà äîïîìîãîþ Taq-ïîë³ìåðàçè («Fermentas», Ëèò- âà) ó 20 ìêë ðåàêö³éíî¿ ñóì³ø³, ùî ì³ñòèòü áóôåð äëÿ ïîë³ìåðàçè, 300 ìêÌ dNTP, ïî 10 ïìîëü ïðÿìî- ãî é çâîðîòíîãî ïðàéìåð³â, 1 îä. Taq-ïîë³ìåðàçè ³ äîñë³äæóâàíó ÄÍÊ. Ïðàéìåðè äî ì³øåí³ SNP katG463 ñêîíñòðóéîâà- íî çà âèêîðèñòàííÿ ïðîãðàìè Primer Express 3.0 ç ïàðàìåòðàìè àííåë³íãó â ìåæàõ òåìïåðàòóðè 60 ³ 65 °Ñ. Çîâí³øí³ ïðàéìåðè F463 (5'-ccgacgatgctggca ctgacct-3') ³ R463 (5'-cgcttgtcgctaccacggaacg-3') ïðî- äóêóâàëè ÏËÐ-ôðàãìåíò 344 ï. í. ³ îõîïëþâàëè ä³- ëÿíêó, ÿêà ì³ñòèòü SNP katG463. Ç 5'-ê³íöÿ SNP-ñïå- öèô³÷íèõ âíóòð³øí³õ ïðàéìåð³â äîäàâàëè ïîñë³äîâ- íîñò³ ç 6–7 íóêëåîòèä³â, êîìïëåìåíòàðíèõ äî 3'-ê³í- öÿ ïðàéìåðà äëÿ óòâîðåííÿ øïèëüêè: k463-g 5'- GGGCATÑgagacactcaatcccgatgccC-3' ³ k463-t 5'-TG GCATCgagacactcaatcccgatgccA-3' (âåëèêèìè ë³òåðà- ìè ç 5'-ê³íöÿ ïðàéìåðà ïîçíà÷åíî ïîñë³äîâíîñò³, äîäàí³ äëÿ óòâîðåííÿ øïèëüêè; íà 3'-ê³íö³ ï³äêðåñ- ëåí³ âåëèê³ ë³òåðè â³äïîâ³äàþòü íóêëåîòèäàì SNP). Çàì³øóâàëè äâ³ ïàðàëåëüí³ ðåàêö³éí³ ñóì³ø³ ç îä- íèì ³ç øïèëüêîïîä³áíèõ SNP-ñïåöèô³÷íèõ ïðàé- ìåð³â ³ çóñòð³÷íèì çîâí³øí³ì ïðàéìåðîì. Ðîçì³ð ÏËÐ-ôðàãìåíòà ç âíóòð³øí³ìè ïðàéìåðàìè ñòàíî- âèòü 287 ï. í. Ïàðàìåòðè øïèëüêè (â³ëüíà åíåðã³ÿ (�G) ì³æ –0,5 ³ –2,0 çà Tm 67–70 °Ñ) ïåðåâ³ðÿëè çà äîïîìîãîþ ïðîãðàìè mfold (http://www.bioinfo.rpi. edu/applications/mfold/) (ðèñ. 1). Ñòàòèñòè÷íó îáðîáêó äàíèõ ïðîâîäèëè â ïðî- ãðàì³ Statistica 6.0 (StatSoft inc.) ³ MedCalc (http:// www.medcalc.org/calc/odds_ratio.php). Ïîïàðíå ïî- ð³âíÿííÿ ÷àñòîò çä³éñíþâàëè, âèêîðèñòîâóþ÷è êðè- òåð³é � 2 ³ òî÷íèé êðèòåð³é Ô³øåðà çà íåîáõ³äí³ñòþ. Âåëè÷èíó àñîö³àö³¿ ðîçðàõîâàíî ³ç çàñòîñóâàííÿì ïîêàçíèêà â³äíîøåííÿ øàíñ³â (OR, odds ratio) ïðè 95 %-ìó äîâ³ð÷îìó ³íòåðâàë³ (95 % CI). Ð³çíèöþ ì³æ ñóêóïíîñòÿìè äàíèõ ââàæàëè â³ðîã³äíîþ çà ð³â- íÿ ñòàòèñòè÷íî¿ çíà÷óùîñò³ Ð < 0,05. 376 ×ÅÐÅÄÍÈÊ Þ. Î. ÒÀ ²Í. Ðåçóëüòàòè ³ îáãîâîðåííÿ. Çäàòí³ñòü ñêîíñòðó- éîâàíèõ øïèëüêîïîä³áíèõ ïðàéìåð³â äî SNP katG463 ðîçð³çíÿòè SNP-âàð³àíòè ïåðåâ³ðÿëè íà ÄÍÊ êîíò- ðîëüíîãî øòàìó Mycobacterium bov³s BCG, ÿêà äîç- âîëÿº ïðîäóêóâàòè ÏËÐ-ôðàãìåíò ç ïðàéìåðàìè äî ÏÃÃ-1 (463-é êîäîí CTG) ³ M. tuberculos³s H37Rv, ùî íàëåæèòü äî ÏÃÃ-3 (463-é êîäîí CGG). Âèêî- ðèñòàííÿ ïðàéìåð³â äàº ìîæëèâ³ñòü íàä³éíî â³äð³ç- íÿòè SNP-âàð³àíòè êîíòðîëüíèõ øòàì³â ³, òàêèì ÷è- íîì, âèÿâëÿòè ÌÁÒ ó êë³í³÷íîìó ìàòåð³àë³ (ðèñ. 2). Çàãàëîì 33 çðàçêè (47,8 %) âèÿâèëèñÿ ÏËÐ-ïîçè- òèâíèìè, ç íèõ 19 (57,6 %) ì³ñòèëè øòàìè, ùî íàëå- æàòü äî ÏÃÃ-1 ³ 14 (42,4 %) – äî äðóãî¿ àáî òðåòüî¿ ÏÃÃ. Áåç óðàõóâàííÿ ãðóïîñïåöèô³÷íî¿ äèôåðåí- ö³àö³¿ êatG ÿê çàãàëüíèé ä³àãíîñòè÷íèé ìàðêåð ïðî- ÿâèâ åôåêòèâí³ñòü íà ð³âí³ ³íøèõ ãåíîñïåöèô³÷íèõ ìàðêåð³â (íàïðèêëàä hsp65, hupB, mtp40), õî÷à áóâ ìåíø åôåêòèâíèì, í³æ ìàðêåð ïîâòîðþâàíîãî åëå- ìåíòà IS6110 [10]. Äëÿ 8,7 % õâîðèõ ç íåãàòèâíèìè äàíèìè ì³êðîñêîï³÷íîãî äîñë³äæåííÿ çà äîïîìîãîþ ìàðêåðà êatG ç’ÿâëÿºòüñÿ ìîæëèâ³ñòü ïðèñêîðèòè ï³äòâåðäæåííÿ ä³àãíîçó òóáåðêóëüîç ³, â³äïîâ³äíî, âèçíà÷åííÿ ðåçèñòåíòíîñò³ çáóäíèêà äî ÏÒÏ. ÏËÐ-ïîçèòèâí³ ³ ÏËÐ-íåãàòèâí³ çðàçêè äîñë³ä- æåíî çà ñîö³àëüíî-äåìîãðàô³÷íèìè òà êë³í³÷íèìè äàíèìè ïàö³ºíò³â äëÿ âñòàíîâëåííÿ ìîæëèâèõ àñî- ö³àö³é ç ÏÃÃ ³ ôàêòîð³â ðèçèêó ïîòðàïëÿííÿ ó ãðóïó ç íåï³äòâåðäæåíèì ä³àãíîçîì (ÏËÐ-íåãàòèâí³) ³, 377 ÐÀÍÍª ÂÈßÂËÅÍÍß ÒÀ ÃÐÓÏÎÂÀ ²ÄÅÍÒÈÔ²ÊÀÖ²ß ØÒÀÌ²Â Mycobacterium tuberculosis Ïîêàçíèê ÏËÐ-ïîçèòèâí³ n = 33 (47,8 %) ÏËÐ-íåãàòèâí³ n = 36 (52,2 %) OR (95 % CI) Ð n % n % Ñòàòü ×îëîâ³÷à 26 78,8 18 50,0 2,67 (0,1468–2,6614) 0,056 Æ³íî÷à 9 21,2 18 50,0 Â³êîâà ãðóïà 14\25 22 66,7 28 77,8 0,571 (0,196–1,663) 0,304 26\71 11 33,3 8 22,2 Ãðóïà õâîðèõ* ÂÄÒÁ 25 75,7 34 94,4 0,184 (0,036–0,941) 0,042 ÐÒÁ 8 24,3 2 5,6 Ôîðìà ÒÁ ²íô³ëüòðàòèâíà 24 72,7 29 80,5 1,554 (0,504–4,791) 0,443 ³íø³ 9 27,3 7 19,5 Äèñåì³íîâàíà 7 21,2 2 5,5 0,218 (0,042–1,140) 0,071 ³íø³ 26 78,8 34 94,5 Âîãíèùåâà 1 3,0 4 11,1 4,00 (0,432–-37,77) 0,226 ³íø³ 32 97,0 32 88,9 Äåñòðóêö³ÿ ³ñíóº 27 81,8 23 63,9 0,399 (0,129–1,200) 0,100 â³äñóòíÿ 6 18,2 13 36,1 Ñòàòèñòè÷íî çíà÷óù³ â³äì³ííîñò³ ïðè P < 0,05. Òàáëèöÿ 1 Õàðàêòåðèñòèêà êë³í³÷íèõ çðàçê³â çà ñîö³àëüíî-äåìîãðàô³÷íèìè òà êë³í³÷íèìè äàíèìè ïàö³ºíò³â â³äïîâ³äíî, íåâèÿâëåíîþ ðåçèñòåíòí³ñòþ àáî ÷óò- ëèâ³ñòþ äî ÏÒÏ (òàáë. 1). Íå çíàéäåíî çíà÷óùèõ â³äì³ííîñòåé ì³æ ãðóïàìè äëÿ êàòåãîð³é ñòàò³, â³êó (àíàë³çóâàëè é äð³áí³ø³ ãðóïè, í³æ ïðåäñòàâëåí³ â òàáëèö³), ôîðìîþ òóáåðêóëüîçíîãî ïðîöåñó òà ôàê- òîðîì íàÿâíîñò³ äåñòðóêòèâíèõ çì³í ó ëåãåíÿõ. Äî- ñèòü ïðîãíîçîâàíó ñòàòèñòè÷íî çíà÷óùó â³äì³í- í³ñòü âèÿâëåíî ì³æ ãðóïàìè ÂÄÒÁ ³ ÐÒÁ (çà òî÷íèì êðèòåð³ºì Ô³øåðà P = 0,04). Òîáòî ðèçèê âõîäæåí- íÿ äî ÏËÐ-íåãàòèâíî¿ ãðóïè âèùèé äëÿ âèïàäê³â ÂÄÒÐ, í³æ ÐÒÁ (OR = 0,184; CI (0,036–0,941) ç â³ðî- ã³äí³ñòþ P = 0,042). Ïðè àíàë³ç³ ãðóï ÂÄÒÁ ³ ÐÒÁ çà êë³í³÷íèìè ïî- êàçíèêàìè ó ãðóï³ ÂÄÒÁ âèùèì º ðèçèê îòðèìàòè íåãàòèâíèé ðåçóëüòàò áàêòåð³îñêîï³÷íîãî àíàë³çó òà êóëüòóðàëüíîãî ïîñ³âó (òàáë. 2). Çà ãåíåòè÷íèìè õàðàêòåðèñòèêàìè ïðèíàëåæíîñò³ øòàì³â äî ÏÃÃ-1 àáî ÏÃÃ-2/3 ãðóïè ÂÄÒÁ ³ ÐÒÁ íå ïðîäåìîíñòðóâà- ëè ñòàòèñòè÷íî çíà÷óùèõ â³äì³ííîñòåé (òàáë. 2). Íåçâàæàþ÷è íà òå, ùî â³ðîã³äí³ñòü ï³äòâåðä- æåííÿ ä³àãíîçó ³ âñòàíîâëåííÿ ñò³éêîñò³ àáî ÷óòëè- âîñò³ äî ÏÒÏ ó ãðóï³ ÐÒÁ âèùà, öÿ ãðóïà º íàéíå- áåçïå÷í³øîþ ÷åðåç á³ëüøèé ðèçèê ñïðè÷èíåííÿ ðå- öèäèâó øòàìîì, ñò³éêèì äî ë³êàðñüêèõ çàñîá³â. Àíà- ë³ç ðîçïîä³ëó êë³í³÷íèõ øòàì³â ÌÁÒ êè¿âñüêîãî ðå- ã³îíó çà ïîêàçíèêàìè ñò³éêîñò³ äî ïðîòèòóáåðêóëü- îçíèõ ïðåïàðàò³â ïåðøîãî ðÿäó – ðèôàìï³öèíó ³ ³çîí³àçèäó – ì³æ ãðóïàìè ÂÄÒÁ ³ ÐÒÁ ï³äòâåðäèâ òàêó òåíäåíö³þ äëÿ øòàì³â, ñò³éêèõ äî ðèôàìï³öè- íó (çà êðèòåð³ºì Ô³øåðà P = 0,014), òà ìóëüòèðåçèñ- òåíòíèõ øòàì³â ç îäíî÷àñíîþ ñò³éê³ñòþ äî îáîõ ïðåïàðàò³â (P = 0,047) (òàáë. 2). Âèâ÷àëè òàêîæ ðå- çóëüòàòè ì³êðîá³îëîã³÷íèõ äîñë³äæåíü ñò³éêîñò³ äî ñòðåïòîì³öèíó òà åòàìáóòîëó, ïðîòå çíà÷óùèõ â³ä- ì³ííîñòåé íå âèÿâëåíî (äàíèõ íå íàâåäåíî). Àíàë³ç ôàêòîð³â, àñîö³éîâàíèõ ç ïðèíàëåæí³ñòþ äî ÏÃÃ-1 àáî ÏÃÃ-2/3, íå âèÿâèâ ³ñòîòíîãî çâ’ÿçêó ç äåìîãðàô³÷íèìè ïîêàçíèêàìè òà êë³í³÷íèìè ïðîÿ- âàìè òóáåðêóëüîçó. Ïðîòå, ùî íàéâàæëèâ³øå, ïåð- øà ãðóïà ìàëà ñòàòèñòè÷íî çíà÷óù³ â³äì³ííîñò³ çà ê³ëüê³ñòþ øòàì³â, ðåçèñòåíòíèõ äî ³çîí³àçèäó (çà êðèòåð³ºì Ô³øåðà P = 0,036) òà äî áóäü-ÿêîãî ç ïðå- ïàðàò³â ïåðøîãî ðÿäó (R/H) (çà êðèòåð³ºì Ô³øåðà P = = 0,015). Òàêèì ÷èíîì, íåçâàæàþ÷è íà ïðèíàëåæ- í³ñòü äî ãðóï ÐÒÁ àáî ÂÄÒÁ, íàÿâí³ñòü øòàìó ÌÁÒ ÏÃÃ-1 º ôàêòîðîì ðèçèêó òîãî, ùî öåé øòàì ìàòè- ìå ñò³éê³ñòü äî ³çîí³àçèäó àáî äî ³çîí³àçèäó ÷è ðè- ôàìï³öèíó (òàáë. 3). Çà íàøèìè äàíèìè, ó ïîïóëÿö³¿ øòàì³â ÌÁÒ Êè- ¿âñüêî¿ îáëàñò³ ÷àñòêà øòàì³â ÏÃÃ-1 ñòàíîâèòü á³ëü- øå 55 %, ñåðåä ÿêèõ ùîíàéìåíø 92,6% – öå øòàìè ðîäèíè Beijing (âëàñí³ íåîïóáë³êîâàí³ äàí³). Îòæå, âèÿâëåííÿ ó êë³í³÷íîìó ìàòåð³àë³ øòàìó, ÿêèé íà- ëåæèòü äî ÏÃÃ-1, ç âåëèêîþ éìîâ³ðí³ñòþ áóäå îç- íà÷àòè ïðèñóòí³ñòü øòàìó ðîäèíè Beijing. Â³ðîã³ä- íî, àñîö³àö³ÿ ç³ ñò³éê³ñòþ äî ³çîí³àçèäó ÏÃÃ-1 ñïðè- ÷èíåíà ñàìå ïðåâàëþâàííÿì ö³º¿ ðîäèíè. Îäíàê òà- êå ïðèïóùåííÿ ïîòðåáóº ðåòåëüí³øèõ äîñë³äæåíü. Ð³çí³ ïîïóëÿö³¿ êë³í³÷íèõ øòàì³â ÌÒÁ íà òåðèòîð³¿ Óêðà¿íè âèÿâëÿþòü äåùî â³äì³íí³ àñîö³àö³¿. Òàê, ó õàðê³âñüêî¿ ïîïóëÿö³¿ çâ’ÿçîê ç ìóëüòèðåçèñòåíòí³- ñòþ âñòàíîâëåíî äëÿ øòàì³â ðîäèíè LAM (îäí³º¿ ç 378 ×ÅÐÅÄÍÈÊ Þ. Î. ÒÀ ²Í. à á Ðèñ. 1. Ð³çí³ øïèëüêîïîä³áí³ ñòðóêòóðè ïðàéìåð³â, âèâåäåí³ ïðîãðà- ìîþ mfold, ñêîíñòðóéîâàíî íà SNP katG 463 (G-àëåëü). Ïðàéìåðè à ³ á â³äð³çíÿþòüñÿ çà ïàðàìåòðîì â³ëüíî¿ åíåðã³¿ çâ’ÿçêó �G (à ³ á â³ä- ïîâ³äíî –1,83 ³ –0,63 êêàë/ìîëü çà t = 67 î Ñ ), ÿêèé çàëåæèòü â³ä ê³ëüêîñò³ òà ñêëàäó äîäàíèõ äî 5'-ê³íöÿ íóêëåîòèä³â. Ïðàéìåð á âè- êîðèñòàíî äëÿ äèôåðåíö³éíîãî âèÿâëåííÿ ÌÁÒ ó êë³í³÷íèõ çðàçêàõ 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 K� M �710 G T �328 �242 �110 �710 �328 �242 �110 Ðèñ. 2. Äèôåðåíö³éíå âèÿâëåííÿ ó êë³í³÷íîìó ìàòåð³àë³ øòàì³â, ÿê³ íàëåæàòü äî 1-¿ àáî 2/3 ïðèíöèïîâèõ ãåíîòèïîâèõ ãðóï M. tubercu- losis çà äîïîìîãîþ øïèëüêîïîä³áíèõ ïðàéìåð³â äî SNP katG 463 . Çðàç- êè ó ëóíêàõ 1, 2, 4, 7, 9, 11 âèÿâëÿëè ÌÁÒ, ùî íàëåæàòü äî ÏÃÃ-2/3; ó ëóíêàõ 3, 5, 10 – äî ÏÃÃ-1; ëóíêè 6, 8 – ÄÍÊ ÌÁÒ íå âèÿâëåíî. Çë³âà ïîêàçàíî SNP-âàð³àíòè (G àáî T), ïðàâîðó÷ ñòð³ëêàìè – ðîç- ì³ðè ñìóã ìàðêåðà (Ì, ï. í.); íåãàòèâíèé êîíòðîëü ïîçíà÷åíî Ê– íàéïîøèðåí³øèõ ðîäèí ÏÃÃ-2) [11]. Ïðîòå ï³äâè- ùåíà òðàíñì³ñèâí³ñòü øòàì³â ðîäèíè Beijing òà àá- ñîëþòíå ¿õíº äîì³íóâàííÿ ñåðåä øòàì³â ÏÃÃ-1 êè¿â- ñüêî¿ ïîïóëÿö³¿ ðîáèòü öþ ãðóïó íàéíåáåçïå÷í³øîþ ³ êë³í³÷íî òà åïäåì³îëîã³÷íî çíà÷óùîþ â ðåã³îí³. Îäíèì ³ç øâèäêèõ ³ çðó÷íèõ ìåòîä³â âèÿâëåííÿ ³ òèïóâàííÿ øòàì³â ÌÁÒ áåçïîñåðåäíüî â êë³í³÷íî- ìó ìàòåð³àë³ º ìåòîä ñïîë³ãîòèïóâàííÿ (òèïóâàííÿ çà îë³ãîíóêëåîòèäíèìè ñïåéñåðàìè), ì³øåííþ ÿêî- ãî º ëîêóñ êëàñòåðèçîâàíèõ êîðîòêèõ ïàë³íäðîìíèõ ïîâòîð³â [12]. Ïðîòå çàãàëüíîþ âëàñòèâ³ñòþ ïîâòî- ðþâàíèõ ì³øåíåé º ¿õíÿ ìåíøà ñòàá³ëüí³ñòü ïîð³â- íÿíî ç SNP-ìàðêåðàìè, ùî ðîáèòü â³ðîã³äí³øèìè êîíâåðãåíòí³ ïîä³¿, ÿê³ â ñâîþ ÷åðãó ìîæóòü ïðèçâî- äèòè äî ôàëüø-³äåíòè÷íèõ ãåíîòèï³â. Çîêðåìà, íà- êîïè÷óþòüñÿ äàí³ ùîäî âèÿâëåííÿ øòàì³â ïñåâäî- Beijing ñïîë³ãîòèï³â [13]. Òèïóâàííÿ ñòàá³ëüí³- øèõ SNP-ìàðêåð³â åôåêòèâíî âèêîðèñòîâóþòü ó äîâãîòðèâàëèõ ³ øèðîêîìàñøòàáíèõ äîñë³äæåííÿõ ïîïóëÿö³éíî¿ ñòðóêòóðè ì³êîáàêòåð³é, åâîëþö³¿ ¿õ- íüî¿ ïàòîãåííîñò³, âñòàíîâëåíí³ äæåðåë êëîíàëüíî¿ äèñåì³íàö³¿ øòàì³â ì³êîáàêòåð³é ó ñâ³ò³ [14]. Îäíàê äëÿ ïðàêòè÷íèõ ö³ëåé êë³í³÷íî¿ ìåäèöèíè êîðèñòü îäíî÷àñíîãî âèÿâëåííÿ ³ SNP-òèïóâàííÿ øòàì³â ÌÁÒ ó êë³í³÷íîìó ìàòåð³àë³ ïîëÿãàº ó ïåâí³é ìîæ- ëèâîñò³ âñòàíîâëåííÿ ëàáîðàòîðíî¿ êðîñ-êîíòàì³- 379 ÐÀÍÍª ÂÈßÂËÅÍÍß ÒÀ ÃÐÓÏÎÂÀ ²ÄÅÍÒÈÔ²ÊÀÖ²ß ØÒÀÌ²Â Mycobacterium tuberculosis Ïîêàçíèê ÂÄÒÁ n = 59 (85,5 %) ÐÒÁ n = 10 (14,5 %) OR (95 % CI) Ð n % n % Áàêòåð³îñêîï³ÿ Ïîçèòèâíèé 19 32,2 8 80,0 8,42 (1,629–43,539) 0,011 Íåãàòèâíèé 40 67,8 2 20,0 Êóëüòóðàëüíèé ïîñ³â* Ïîçèòèâíèé 28 47,5 9 90,0 9,96 (1,186–83,704) 0,034 Íåãàòèâíèé 31 52,5 1 10,0 ÏÃÃ + 1-ÏÃÃ 14 56,0 5 62,5 0,76 (0,149–3,916) 0,746 2/3-ÏÃÃ 11 44,0 3 37,5 Ñò³éê³ñòü/÷óòëèâ³ñòü ++ R-ñò³éê³* 8 22,9 6 66,6 6,75 (1,370–33,258) 0,019 R-÷óòëèâ³ 27 77,1 3 33,4 H-ñò³éê³ 14 40,0 6 66,6 3,00 (0,642–14,024) 0,1626 H-÷óòëèâ³ 21 60,0 3 33,4 RH-ñò³éê³* 7 20,0 5 55,5 5,00 (1,057–23,650) 0,042 ³íø³ 28 80,0 4 44,5 R/H-ñò³éê³ 15 42,8 7 77,8 4,67 0,846–25,754 0,077 R/H-÷óòëèâ³ 20 57,2 2 22,2 *Ñòàòèñòè÷íî çíà÷óù³ â³äì³ííîñò³ ïðè P < 0,05; + äàí³ äëÿ 33 ÏËÐ-ïîçèòèâíèõ çà ìàðêåðîì katG çðàçê³â; ++ äàí³ äëÿ 44 ³çîëÿò³â, âñòàíîâëå- íèõ çà ðåçóëüòàòàìè Real-Time PCR òåñòó; R – ðèôàìï³öèí; H – ³çîí³àçèä; RH – ìóëüòèðåçèñòåíòí³ øòàìè ç³ ñò³éê³ñòþ îäíî÷àñíî äî äâîõ ïðåïàðàò³â; R/H – ñò³éê³ñòü äî áóäü-ÿêîãî ç ïðåïàðàò³â. Òàáëèöÿ 2 Ðîçïîä³ë äåÿêèõ êë³í³÷íèõ äàíèõ ïàö³ºíò³â ³ ãåíåòè÷íèõ õàðàêòåðèñòèê øòàì³â ÌÁÒ ì³æ ãðóïàìè ÂÄÒÁ ³ ÐÒÁ íàö³¿ ïðè çì³í³ ãðóïîâî¿ ïðèíàëåæíîñò³ øòàìó ì³æ êë³í³÷íèì çðàçêîì ³ îòðèìàíîþ çãîäîì êóëüòóðîþ. Êîìïëåêñíèé àíàë³ç ìîëåêóëÿðíî-ãåíåòè÷íèõ âëàñòèâîñòåé êë³í³÷íèõ øòàì³â M. tuberculosis ³ ñó- ïóòíüî¿ êë³í³êî-åï³äåì³îëîã³÷íî¿ ³íôîðìàö³¿ º âàæ- ëèâèì ³íñòðóìåíòîì äëÿ îö³íêè ìîæëèâîãî çâ’ÿçêó ì³æ ãåíîòèïîì ì³êîáàêòåð³éíîãî øòàìó ³ êë³í³÷íè- ìè òà åï³äåì³îëîã³÷íèìè îñîáëèâîñòÿìè ïåðåá³ãó çàõâîðþâàííÿ [15, 16]. Ñó÷àñíà ñòðàòåã³ÿ áîðîòüáè ç òóáåðêóëüîçîì ³ ìîäåë³ òðàíñì³ñ³¿ ÌÁÒ çàñíîâàí³ íà ïðèïóùåíí³, ùî âñ³ êë³í³÷í³ øòàìè ì³êîáàêòåð³¿ òóáåðêóëüîçó ìàþòü á³ëüøîþ ì³ðîþ îäíàêîâ³ òðàíñ- ì³ñèâí³ ³ â³ðóëåíòí³ âëàñòèâîñò³ [15, 17]. Ïðîòå, ÿê- ùî øòàìè, ïðèíàëåæí³ äî ð³çíèõ ãåíåòè÷íèõ ãðóï àáî ðîäèí, â³äð³çíÿþòüñÿ çà á³îëîã³÷íèìè âëàñòèâî- ñòÿìè, ÿê³ â ñâîþ ÷åðãó ìàþòü íåîäíàêîâ³ åï³äåì³î- ëîã³÷í³ ³ êë³í³÷í³ ïðîÿâè, ñèñòåìè îõîðîíè ãðîìà- äñüêîãî çäîðîâ’ÿ ïîâèíí³ öå âðàõîâóâàòè. Âèñíîâêè. Ðîçðîáëåíà ìåòîäèêà SNP-àíàë³çó ç³ øïèëüêîïîä³áíèìè SNP-ñïåöèô³÷íèìè ïðàéìåðà- ìè äî ëîêóñà katG463 øòàì³â ÌÁÒ ó êë³í³÷íîìó ìà- òåð³àë³ äîçâîëÿº íà ðàíí³õ òåðì³íàõ ïðîãíîçóâàòè ÷àñòêó åï³äåì³îëîã³÷íî çíà÷óùèõ øòàì³â ïåðøî¿ ïðèíöèïîâî¿ ãåíîòèïîâî¿ ãðóïè ³ ïðèñêîðþâàòè âïðîâàäæåííÿ çàïîá³æíèõ çàõîä³â ïðîòè ðîçïîâ- ñþäæåííÿ ïîä³áíèõ øòàì³â. Ïîãëèáëåííÿ ðîçóì³í- íÿ êë³í³÷íî¿ òà åï³äåì³îëîã³÷íî¿ çíà÷óùîñò³ ãåíå- òè÷íèõ ãðóï ÌÁÒ ó ö³ëîìó ³ íàéïîøèðåí³øèõ ðî- äèí, òàêèõ ÿê Beijing, LAM òà ³í., ìîæå ñòàòè îñíî- âîþ äëÿ ñòâîðåííÿ á³ëüø åôåêòèâíî¿ ñòðàòåã³¿ áî- ðîòüáè ç òóáåðêóëüîçîì. Yu. Î. Cherednyk 1 , O. V. Anopryenko 2 , N. G. Gorovenko 3 , Yu. I. Feschenko 1 Early detection and group-specific identification of Mycobacterium tuberculosis strains by method of single-nucleotide polymorphism analysis with hairpin primers 1 State Institution «National Institute of Phthisiology and Pulmonology named after F. G. Yanovskiy, NAMS» 10, M. Amosova Str., Kyiv, Ukraine, 03680 2 Institute of Molecular Biology and Genetics, NAS of Ukraine 150, Akademika Zabolotnoho Str., Kyiv, Ukraine, 03680 3 P. L. Shupik National Medical Academy of Post-Graduate Education 9, Dorohozhytska Str., Kyiv, Ukraine, 04112 Summary Aim. Based on the method of single-nucleotide polymorphism (SNP) determination with hairpin primers to perform a differential identifica- tion in clinical material of M. tuberculosis (Mtb) strains, which belong to the 1st or 2/3 principal genotypic groups (PGG), with the aim of shor- tening the terms of tuberculosis diagnosing and early detection of most clinically and epidemiologically-significant strains. Methods. PCR with the SNP-specific hairpin primers to group-specific SNP katG 463 , and statistical analysis of clinical/epidemiological categories of the patients were used for study of sputum clinical samples from patients with pul- monary tuberculosis living in Kyiv. Results. PCR system of differential group-specific detection of Mtb in clinical samples using hairpin pri- mers to SNP katG 463 effectively detected Mtb in 47.8 % of samples of which 57.6 % were strains of the PGG-1 and 42.4 % – PGG-2/3. The as- sociation between belonging to the PGG-1 and resistance to isoniazid (OR [95 % CI], 5.417 [1.196–24.522] P = 0.0283) and to any of the first-line drugs (rifampicin/isoniazid) (OR [95 % CI], 7.00 [1.493– 32.82] P = 0.014) was revealed. Conclusions. SNP-analysis with the 380 ×ÅÐÅÄÍÈÊ Þ. Î. ÒÀ ²Í. Ñò³éê³ñòü/÷óòëèâ³ñòü Ãåíîòèï OR (95 % CI) P ÏÃÃ-1 (%) ÏÃÃ-2/3 (%) R-ñò³éê³ 7 (36,8) 3 (21,4) 2,139 (0,440–10,392) 0,346 R-÷óòëèâ³ 12 (63,1) 11 (78,6) H-ñò³éê³ 13 (68,4) 4 (28,6) 5,4167 (1,196–24,522) 0,0283 H-÷óòëèâ³ 6 (31,6) 10 (71,4) RH-ñò³éê³ 6 (31,6) 3 (21,4) 1,692 (0,341–8,396) 0,519 RH-÷óòëèâ³ 13 (68,4) 11 (78,6) R/H-ñò³éê³ 14 (73,7) 4 (28,6) 7,00 (1,493–32,82) 0,014 R/H-÷óòëèâ³ 5 (26,3) 10 (71,4) Ï ð è ì ³ ò ê à. R – ðèôàìï³öèí; H – ³çîí³àçèä; RH – ìóëüòèðåçèñòåíòí³ øòàìè ç³ ñò³éê³ñòþ îäíî÷àñíî äî äâîõ ïðåïàðàò³â; R/H – ñò³éê³ñòü äî áóäü-ÿêîãî ç ïðåïàðàò³â. Òàáëèöÿ 3 Ñò³éê³ñòü/÷óòëèâ³ñòü äî ïðîòèòóáåðêóëüîçíèõ ïðåïàðàò³â êë³í³÷íèõ øòàì³â, ùî ðîçïîä³ëåí³ çà ïðèíöèïîâèìè ãåíîòèï³÷íèìè ãðóïàìè hairpin SNP-specific primers to locus katG 463 of Mtb strains group member ship in clinical material allows effective detection of epidemio- logically important PGG-1 strains. Keywords: SNP, Mycobacterium tuberculosis, katG, PCR-diag- nostics, tuberculosis. Þ. À. ×åðåäíèê, Î. Â. Àíîïðèåíêî, Í. Ã. Ãîðîâåíêî, Þ. È. Ôåùåíêî Ðàííåå âûÿâëåíèå è ãðóïïîâàÿ èäåíòèôèêàöèÿ øòàììîâ Mycobacterium tuberculosis ñ ïîìîùüþ SNP-àíàëèçà ñî øïèëå÷íûìè ïðàéìåðàìè Ðåçþìå Öåëü. Ïðîâåñòè äèôôåðåíöèàëüíîå âûÿâëåíèå â êëèíè÷åñêîì ìà- òåðèàëå øòàììîâ M. tuberculosis (ÌÁÒ), îòíîñÿùèõñÿ ê 1-é èëè 2/3 ïðèíöèïèàëüíûì ãåíîòèïè÷åñêèì ãðóïïàì M. tuberculosis, äëÿ ñîêðàùåíèÿ ñðîêîâ äèàãíîñòèêè òóáåðêóëåçà è ðàííåãî âûÿâëå- íèÿ íàèáîëåå êëèíè÷åñêè è ýïèäåìèîëîãè÷åñêè çíà÷èìûõ øòàì- ìîâ. Ìåòîäû. SNP (single-nucleotide polymorphism)-àíàëèç íà îñíîâå ïîëèìåðàçíîé öåïíîé ðåàêöèè (ÏÖÐ) ñî øïèëå÷íûìè ïðàé- ìåðàìè ê ãðóïïîñïåöèôè÷åñêîìó SNP katG 463 è ñòàòèñòè÷åñêèé àíàëèç êëèíèêî-ýïèäåìèîëîãè÷åñêèõ ïîêàçàòåëåé ïðèìåíåíû äëÿ èññëåäîâàíèÿ êëèíè÷åñêèõ îáðàçöîâ ìîêðîò áîëüíûõ òóáåðêóëå- çîì ëåãêèõ ã. Êèåâà. Ðåçóëüòàòû. Ñ ïîìîùüþ ÏÖÐ-ñèñòåìû äèô- ôåðåíöèàëüíîãî ãðóïïîñïåöèôè÷åñêîãî âûÿâëåíèÿ ÌÁÒ ñ èñïîëü- çîâàíèåì øïèëå÷íûõ ïðàéìåðîâ ê SNP katG 463 M. tuberculosis îá- íàðóæåíà â 47,8 % êëèíè÷åñêèõ îáðàçöîâ, èç êîòîðûõ 57,6 % ñîñòàâ- ëÿþò øòàììû ÏÃÃ-1 è 42,4 % – ÏÃÃ-2/3. Óñòàíîâëåíà àññîöèàöèÿ ìåæäó ïðèíàäëåæíîñòüþ ê ÏÃÃ-1 è ðåçèñòåíòíîñ- òüþ ê èçîíèàçèäó (OR [95 % CI], 5,417 [1,196–24,522] P = 0,0283) è ê ëþ- áîìó èç ïðåïàðàòîâ ïåðâîãî ðÿäà (ðèôàìïèöèí/èçîíèàçèä) (OR [95 % CI], 7,00 [1,493–32.82] P = 0,014). Âûâîäû. SNP-àíàëèç ñî øïèëå÷íûìè SNP-ñïåöèôè÷åñêèìè ïðàéìåðàìè ê ëîêóñó katG 463 ãðóïïîâîé ïðèíàäëåæíîñòè øòàììîâ ÌÁÒ ïîçâîëÿåò ýôôåêòèâ- íî âûÿâëÿòü â êëèíè÷åñêîì ìàòåðèàëå ýïèäåìèîëîãè÷åñêè çíà÷è- ìûå øòàììû M. tuberculosis ÏÃÃ-1. Êëþ÷åâûå ñëîâà: SNP, Mycobacterium tuberculosis, katG, ÏÖÐ- äèàãíîñòèêà, òóáåðêóëåç. REFERENCES 1. Gutacker M. M., Smoot J. C., Migliaccio C. A., Ricklefs S. M., Hua S., Cousins D. V., Graviss E. A., Shashkina E., Kreiswirth B. N., Musser J. M. Genome-wide analysis of synonymous single nucleotide polymorphisms in Mycobacterium tuberculosis comp- lex organisms: resolution of genetic relationships among closely related microbial strains // Genetics.–2002.–162, N 4.– P. 1533– 1543. 2. Waterfall C. M., Cobb B. D. Single tube genotyping of sickle cell anaemia using PCR-based SNP analysis // Nucleic Acids Res.–2001.–29, N 23.–E119. 3. Bergval I. L., Vijzelaar R. N., Dalla Costa E. R., Schuitema A. R., Oskam L., Kritski A. L., Klatser P. R., Anthony R. M. Develop- ment of multiplex assay for rapid characterization of Mycobacte- rium tuberculosis // J. Clin. Microbiol.–2008.–46, N 2.–P. 689– 699. 4. Newton C. R., Graham A., Heptinstall L. E., Powell S. J., Sum- mers C., Kalsheker N., Smith J. C., Markham A. F. Analysis of any point mutation in DNA. The amplification refractory muta- tion system (ARMS) // Nucleic Acids Res.–1989.–17, N 7.– P. 2503–2516. 5. Hazbon M. H., Alland D. Hairpin primers for simplified single- nucleotide polymorphism analysis of Mycobacterium tubercu- losis and other organisms // J. Clin. Microbiol.–2004.–42, N 3.– P. 1236–1242. 6. Kruuner A., Hoffner S. E., Sillastu H., Danilovits M., Levina K., Svenson S. B., Ghebremichael S., Koivula T., Kallenius G. Spre- ad of drug-resistant pulmonary tuberculosis in Estonia // J. Clin. Microbiol.–2001.–39, N 9.–P. 3339–3345. 7. Sreevatsan S., Pan X., Zhang Y., Deretic V., Musser J. M. Ana- lysis of the oxyR-ahpC region in isoniazid-resistant and -sus- ceptible Mycobacterium tuberculosis complex organisms reco- vered from diseased humans and animals in diverse localities // Antimicrob. Agents Chemother.–1997.–41, N 3.–P. 600–606. 8. Toungoussova O. S., Sandven P., Mariandyshev A. O., Nizovtse- va N. I., Bjune G., Caugant D. A. Spread of drug-resistant Myco- bacterium tuberculosis strains of the Beijing genotype in the Ar- changel oblast, Russia // J. Clin. Microbiol.–2002.–40, N 6.– P. 1930–1937. 9. Asmolov O. K., Nikolayevskyy V. V., Kresyun V. Y., Bazhora Yu. I., Filyuk V. V., Lobanov O. K. Mycobacterium tuberculosis drug resistance in Odessa oblast of Ukraine and risk factors for drug resistant tuberculosis transmission: results of two year pros- pective study // Ukrainian Pulmonology J.–2005.–N 2.–P. 8–15. 10. Cherednyk Yu. Î., Anopriyenko O. V., Gorovenko N. G., Feschen- ko Yu. I. Assessment of genetic markers for early detection of Mycobacterium tuberculosis strains resistant to anti-TB drugs // Visn. Ukr. Soc. of Geneticists and Selectionists.–2013.–11, N 3.– P. 144–152. 11. Dymova M. A., Liashenko O. O., Poteiko P. I., Krutko V. S., Khra- pov E. A., Filipenko M. L. Genetic variation of Mycobacterium tuberculosis circulating in Kharkiv Oblast, Ukraine // BMC In- fect. Dis.–2011.–11.–P. 77. 12. Streicher E. M., Victor T. C., van der Spuy G., Sola C., Rastogi N., van Helden P. D., Warren R. M. Spoligotype signatures in the Mycobacterium tuberculosis complex // J. Clin. Microbiol.– 2007.–45, N 1.–P. 237–240. 13. Fenner L., Malla B., Ninet B., Dubuis O., Stucki D., Borrell S., Huna T., Bodmer T., Egger M., Gagneux S. «Pseudo-Beijing»: evidence for convergent evolution in the direct repeat region of Mycobacterium tuberculosis // PLoS One.–2011.–6, N 9.– e24737. 14. Huard R. C., Fabre M., de Haas P., Lazzarini L. C., van Soolin- gen D., Cousins D., Ho J. L. Novel genetic polymorphisms that further delineate the phylogeny of the Mycobacterium tubercu- losis complex // J. Bacteriol.–2006.–188, N 12.–P. 4271–4287. 15. Kong Y., Cave M. D., Zhang L., Foxman B., Marrs C. F., Bates J. H., Yang Z. H. Association between Mycobacterium tuberculo- sis Beijing/W lineage strain infection and extrathoracic tubercu- losis: Insights from epidemiologic and clinical characterization of the three principal genetic groups of M. tuberculosis clinical isolates // J. Clin. Microbiol.–2007.–45, N 2.–P. 409–414. 16. Norkina O. V., Kinsht V. N., Mokrousov I. V., Kurunov Iu. N., Krasnov V. A., Filipenko M. L. The genetic diversity of Myco- bacterium tuberculosis and an assessment of risk factors of tu- berculosis spread in Russia's Siberian region by molecular epide- miological methods // Mol. Gen. Mikrobiol. Virusol.–2003.– N 3.–P. 9–18. 17. Sreevatsan S., Pan X., Stockbauer K. E., Connell N. D., Kreis- wirth B. N., Whittam T. S., Musser J. M. Restricted structural gene polymorphism in the Mycobacterium tuberculosis comp- lex indicates evolutionarily recent global dissemination // Proc. Natl Acad. Sci. USA.–1997.–94, N 18.–P. 9869–9874. Received 28.03.13 381 ÐÀÍÍª ÂÈßÂËÅÍÍß ÒÀ ÃÐÓÏÎÂÀ ²ÄÅÍÒÈÔ²ÊÀÖ²ß ØÒÀÌ²Â Mycobacterium tuberculosis

Раннє виявлення та групова ідентифікація штамів Mycobacterium tuberculosis за допомогою SNP-аналізу зі шпилькоподібними праймерами

Репозитарії

Схожі ресурси