Раннє виявлення та групова ідентифікація штамів Mycobacterium tuberculosis за допомогою SNP-аналізу зі шпилькоподібними праймерами
Мета. Провести диференційне виявлення у клінічному матеріалі штамів M. tuberculosis (МБТ), що належать до 1-ї або 2/3 принципових генотипових груп (ПГГ) M. tuberculosis, для прискорення діагностики туберкульозу і раннього визначення клінічно і епідеміологічно значущих штамів. Методи. SNP (single-nuc...
Saved in:
| Published in: | Вiopolymers and Cell |
|---|---|
| Date: | 2013 |
| Main Authors: | , , , |
| Format: | Article |
| Language: | Ukrainian |
| Published: |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
2013
|
| Subjects: | |
| Online Access: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/153176 |
| Tags: |
Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
|
| Journal Title: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Cite this: | Раннє виявлення та групова ідентифікація штамів Mycobacterium tuberculosis за допомогою SNP-аналізу зі шпилькоподібними праймерами / Ю.О. Чередник, О.В. Анопрієнко, Н.Г. Горовенко, Ю.І. Фещенко // Вiopolymers and Cell. — 2013. — Т. 29, №. 5. — С. 375-381. — Бібліогр.: 17 назв. — укр. |
Institution
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| _version_ | 1862553944280006656 |
|---|---|
| author | Чередник, Ю.О. Анопрієнко, О.В. Горовенко, Н.Г. Фещенко, Ю.І. |
| author_facet | Чередник, Ю.О. Анопрієнко, О.В. Горовенко, Н.Г. Фещенко, Ю.І. |
| citation_txt | Раннє виявлення та групова ідентифікація штамів Mycobacterium tuberculosis за допомогою SNP-аналізу зі шпилькоподібними праймерами / Ю.О. Чередник, О.В. Анопрієнко, Н.Г. Горовенко, Ю.І. Фещенко // Вiopolymers and Cell. — 2013. — Т. 29, №. 5. — С. 375-381. — Бібліогр.: 17 назв. — укр. |
| collection | DSpace DC |
| container_title | Вiopolymers and Cell |
| description | Мета. Провести диференційне виявлення у клінічному матеріалі штамів M. tuberculosis (МБТ), що належать до 1-ї або 2/3 принципових генотипових груп (ПГГ) M. tuberculosis, для прискорення діагностики туберкульозу і раннього визначення клінічно і епідеміологічно значущих штамів. Методи. SNP (single-nucleotide polymorphism)-аналіз на основі полімеразної ланцюгової реакції (ПЛР) зі шпилькоподібними праймерами до групоспецифічного SNP katG463 та статистичний аналіз клініко-епідеміологічних показників застосовано для дослідження клінічних зразків мокротиння хворих на туберкульоз легень м. Києва. Результати. За допомогою ПЛР-системи диференційного групоспецифічного пошуку МБТ з використанням шпилькоподібних праймерів до SNP katG463 M. tuberculosis знайдено в 47,8 % клінічних зразків, з яких 57,6 % становлять штами ПГГ-1 і 42,4 % – ПГГ-2/3. Встановлено асоціацію між приналежністю до ПГГ-1 і резистентністю до ізоніазиду (OR [95 % CI], 5,417 [1,196–24,522], P = 0,0283) та до будь- якого з препаратів першого ряду (рифампіцин/ізоніазид) (OR [95 % CI], 7,00 [1,493–32,82], P = 0,014). Висновки. SNP-аналіз зі шпилькоподібними SNP-специфічними праймерами до локусу katG463 групової приналежності штамів МБТ дозволяє ефективно виявляти у клінічному матеріалі епідеміологічно значущі штами M. tuberculosis ПГГ-1.
Цель. Провести дифференциальное выявление в клиническом материале штаммов M. tuberculosis (МБТ), относящихся к 1-й или 2/3 принципиальным генотипическим группам M. tuberculosis, для сокращения сроков диагностики туберкулеза и раннего выявления наиболее клинически и эпидемиологически значимых штаммов. Методы. SNP (single-nucleotide polymorphism)-анализ на основе полимеразной цепной реакции (ПЦР) со шпилечными праймерами к группоспецифическому SNP katG463 и статистический анализ клинико-эпидемиологических показателей применены для исследования клинических образцов мокрот больных туберкулезом легких г. Киева. Результаты. С помощью ПЦР-системы дифференциального группоспецифического выявления МБТ с использованием шпилечных праймеров к SNP katG463 M. tuberculosis обнаружена в 47,8 % клинических образцов, из которых 57,6 % составляют штаммы ПГГ-1 и 42,4 % – ПГГ-2/3. Установлена ассоциация между принадлежностью к ПГГ-1 и резистентностью к изониазиду (OR [95 % CI], 5,417 [1,196–24,522] P = 0,0283) и к любому из препаратов первого ряда (рифампицин/изониазид) (OR [95 % CI], 7,00 [1,493–32.82] P = 0,014). Выводы. SNP-анализ со шпилечными SNP-специфическими праймерами к локусу katG463 групповой принадлежности штаммов МБТ позволяет эффективно выявлять в клиническом материале эпидемиологически значимые штаммы M. tuberculosis ПГГ-1.
Aim. Based on the method of single-nucleotide polymorphism (SNP) determination with hairpin primers to perform a differential identification in clinical material of M. tuberculosis (Mtb) strains, which belong to the 1st or 2/3 principal genotypic groups (PGG), with the aim of shortening the terms of tuberculosis diagnosing and early detection of most clinically and epidemiologically-significant strains. Methods. PCR with the SNP-specific hairpin primers to group-specific SNP katG463, and statistical analysis of clinical/epidemiological categories of the patients were used for study of sputum clinical samples from patients with pulmonary tuberculosis living in Kyiv. Results. PCR system of differential group-specific detection of Mtb in clinical samples using hairpin primers to SNP katG463 effectively detected Mtb in 47.8 % of samples of which 57.6 % were strains of the PGG-1 and 42.4 % – PGG-2/3. The association between belonging to the PGG-1 and resistance to iso- niazid (OR [95 % CI], 5.417 [1.196–24.522] P = 0.0283) and to any of the first-line drugs (rifampicin/isoniazid) (OR [95 % CI], 7.00 [1.493– 32.82] P = 0.014) was revealed. Conclusions. SNP-analysis with hairpin SNP-specific primers to locus katG463 of Mtb strains group membership in clinical material allows effective detection of epidemiologically-important PGG-1 strains.
|
| first_indexed | 2025-11-25T21:25:54Z |
| format | Article |
| fulltext | |
| id | nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-153176 |
| institution | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| issn | 0233-7657 |
| language | Ukrainian |
| last_indexed | 2025-11-25T21:25:54Z |
| publishDate | 2013 |
| publisher | Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
| record_format | dspace |
| spelling | Чередник, Ю.О. Анопрієнко, О.В. Горовенко, Н.Г. Фещенко, Ю.І. 2019-06-13T15:16:45Z 2019-06-13T15:16:45Z 2013 Раннє виявлення та групова ідентифікація штамів Mycobacterium tuberculosis за допомогою SNP-аналізу зі шпилькоподібними праймерами / Ю.О. Чередник, О.В. Анопрієнко, Н.Г. Горовенко, Ю.І. Фещенко // Вiopolymers and Cell. — 2013. — Т. 29, №. 5. — С. 375-381. — Бібліогр.: 17 назв. — укр. 0233-7657 DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.00082C https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/153176 57.083.18:579.61:579.873.21:616.24-008.8.-078 Мета. Провести диференційне виявлення у клінічному матеріалі штамів M. tuberculosis (МБТ), що належать до 1-ї або 2/3 принципових генотипових груп (ПГГ) M. tuberculosis, для прискорення діагностики туберкульозу і раннього визначення клінічно і епідеміологічно значущих штамів. Методи. SNP (single-nucleotide polymorphism)-аналіз на основі полімеразної ланцюгової реакції (ПЛР) зі шпилькоподібними праймерами до групоспецифічного SNP katG463 та статистичний аналіз клініко-епідеміологічних показників застосовано для дослідження клінічних зразків мокротиння хворих на туберкульоз легень м. Києва. Результати. За допомогою ПЛР-системи диференційного групоспецифічного пошуку МБТ з використанням шпилькоподібних праймерів до SNP katG463 M. tuberculosis знайдено в 47,8 % клінічних зразків, з яких 57,6 % становлять штами ПГГ-1 і 42,4 % – ПГГ-2/3. Встановлено асоціацію між приналежністю до ПГГ-1 і резистентністю до ізоніазиду (OR [95 % CI], 5,417 [1,196–24,522], P = 0,0283) та до будь- якого з препаратів першого ряду (рифампіцин/ізоніазид) (OR [95 % CI], 7,00 [1,493–32,82], P = 0,014). Висновки. SNP-аналіз зі шпилькоподібними SNP-специфічними праймерами до локусу katG463 групової приналежності штамів МБТ дозволяє ефективно виявляти у клінічному матеріалі епідеміологічно значущі штами M. tuberculosis ПГГ-1. Цель. Провести дифференциальное выявление в клиническом материале штаммов M. tuberculosis (МБТ), относящихся к 1-й или 2/3 принципиальным генотипическим группам M. tuberculosis, для сокращения сроков диагностики туберкулеза и раннего выявления наиболее клинически и эпидемиологически значимых штаммов. Методы. SNP (single-nucleotide polymorphism)-анализ на основе полимеразной цепной реакции (ПЦР) со шпилечными праймерами к группоспецифическому SNP katG463 и статистический анализ клинико-эпидемиологических показателей применены для исследования клинических образцов мокрот больных туберкулезом легких г. Киева. Результаты. С помощью ПЦР-системы дифференциального группоспецифического выявления МБТ с использованием шпилечных праймеров к SNP katG463 M. tuberculosis обнаружена в 47,8 % клинических образцов, из которых 57,6 % составляют штаммы ПГГ-1 и 42,4 % – ПГГ-2/3. Установлена ассоциация между принадлежностью к ПГГ-1 и резистентностью к изониазиду (OR [95 % CI], 5,417 [1,196–24,522] P = 0,0283) и к любому из препаратов первого ряда (рифампицин/изониазид) (OR [95 % CI], 7,00 [1,493–32.82] P = 0,014). Выводы. SNP-анализ со шпилечными SNP-специфическими праймерами к локусу katG463 групповой принадлежности штаммов МБТ позволяет эффективно выявлять в клиническом материале эпидемиологически значимые штаммы M. tuberculosis ПГГ-1. Aim. Based on the method of single-nucleotide polymorphism (SNP) determination with hairpin primers to perform a differential identification in clinical material of M. tuberculosis (Mtb) strains, which belong to the 1st or 2/3 principal genotypic groups (PGG), with the aim of shortening the terms of tuberculosis diagnosing and early detection of most clinically and epidemiologically-significant strains. Methods. PCR with the SNP-specific hairpin primers to group-specific SNP katG463, and statistical analysis of clinical/epidemiological categories of the patients were used for study of sputum clinical samples from patients with pulmonary tuberculosis living in Kyiv. Results. PCR system of differential group-specific detection of Mtb in clinical samples using hairpin primers to SNP katG463 effectively detected Mtb in 47.8 % of samples of which 57.6 % were strains of the PGG-1 and 42.4 % – PGG-2/3. The association between belonging to the PGG-1 and resistance to iso- niazid (OR [95 % CI], 5.417 [1.196–24.522] P = 0.0283) and to any of the first-line drugs (rifampicin/isoniazid) (OR [95 % CI], 7.00 [1.493– 32.82] P = 0.014) was revealed. Conclusions. SNP-analysis with hairpin SNP-specific primers to locus katG463 of Mtb strains group membership in clinical material allows effective detection of epidemiologically-important PGG-1 strains. uk Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Вiopolymers and Cell Structure and Function of Biopolymers Раннє виявлення та групова ідентифікація штамів Mycobacterium tuberculosis за допомогою SNP-аналізу зі шпилькоподібними праймерами Раннее выявление и групповая идентификация штаммов Mycobacterium tuberculosis с помощью SNP-анализа со шпилечными праймерами Early detection and group-specific identification of Mycobacterium tuberculosis strains by method of single-nucleotide polymorphism analysis with hairpin primers Article published earlier |
| spellingShingle | Раннє виявлення та групова ідентифікація штамів Mycobacterium tuberculosis за допомогою SNP-аналізу зі шпилькоподібними праймерами Чередник, Ю.О. Анопрієнко, О.В. Горовенко, Н.Г. Фещенко, Ю.І. Structure and Function of Biopolymers |
| title | Раннє виявлення та групова ідентифікація штамів Mycobacterium tuberculosis за допомогою SNP-аналізу зі шпилькоподібними праймерами |
| title_alt | Раннее выявление и групповая идентификация штаммов Mycobacterium tuberculosis с помощью SNP-анализа со шпилечными праймерами Early detection and group-specific identification of Mycobacterium tuberculosis strains by method of single-nucleotide polymorphism analysis with hairpin primers |
| title_full | Раннє виявлення та групова ідентифікація штамів Mycobacterium tuberculosis за допомогою SNP-аналізу зі шпилькоподібними праймерами |
| title_fullStr | Раннє виявлення та групова ідентифікація штамів Mycobacterium tuberculosis за допомогою SNP-аналізу зі шпилькоподібними праймерами |
| title_full_unstemmed | Раннє виявлення та групова ідентифікація штамів Mycobacterium tuberculosis за допомогою SNP-аналізу зі шпилькоподібними праймерами |
| title_short | Раннє виявлення та групова ідентифікація штамів Mycobacterium tuberculosis за допомогою SNP-аналізу зі шпилькоподібними праймерами |
| title_sort | раннє виявлення та групова ідентифікація штамів mycobacterium tuberculosis за допомогою snp-аналізу зі шпилькоподібними праймерами |
| topic | Structure and Function of Biopolymers |
| topic_facet | Structure and Function of Biopolymers |
| url | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/153176 |
| work_keys_str_mv | AT čerednikûo rannêviâvlennâtagrupovaídentifíkacíâštamívmycobacteriumtuberculosiszadopomogoûsnpanalízuzíšpilʹkopodíbnimipraimerami AT anopríênkoov rannêviâvlennâtagrupovaídentifíkacíâštamívmycobacteriumtuberculosiszadopomogoûsnpanalízuzíšpilʹkopodíbnimipraimerami AT gorovenkong rannêviâvlennâtagrupovaídentifíkacíâštamívmycobacteriumtuberculosiszadopomogoûsnpanalízuzíšpilʹkopodíbnimipraimerami AT feŝenkoûí rannêviâvlennâtagrupovaídentifíkacíâštamívmycobacteriumtuberculosiszadopomogoûsnpanalízuzíšpilʹkopodíbnimipraimerami AT čerednikûo ranneevyâvlenieigruppovaâidentifikaciâštammovmycobacteriumtuberculosisspomoŝʹûsnpanalizasošpilečnymipraimerami AT anopríênkoov ranneevyâvlenieigruppovaâidentifikaciâštammovmycobacteriumtuberculosisspomoŝʹûsnpanalizasošpilečnymipraimerami AT gorovenkong ranneevyâvlenieigruppovaâidentifikaciâštammovmycobacteriumtuberculosisspomoŝʹûsnpanalizasošpilečnymipraimerami AT feŝenkoûí ranneevyâvlenieigruppovaâidentifikaciâštammovmycobacteriumtuberculosisspomoŝʹûsnpanalizasošpilečnymipraimerami AT čerednikûo earlydetectionandgroupspecificidentificationofmycobacteriumtuberculosisstrainsbymethodofsinglenucleotidepolymorphismanalysiswithhairpinprimers AT anopríênkoov earlydetectionandgroupspecificidentificationofmycobacteriumtuberculosisstrainsbymethodofsinglenucleotidepolymorphismanalysiswithhairpinprimers AT gorovenkong earlydetectionandgroupspecificidentificationofmycobacteriumtuberculosisstrainsbymethodofsinglenucleotidepolymorphismanalysiswithhairpinprimers AT feŝenkoûí earlydetectionandgroupspecificidentificationofmycobacteriumtuberculosisstrainsbymethodofsinglenucleotidepolymorphismanalysiswithhairpinprimers |