Зображення обкладинки

Geometric filters for protein–ligand complexes based on phenomenological molecular models

Molecular docking is a widely used method of computer-aided drug design capable of accurate prediction of protein-ligand complex conformations. However, scoring functions used to estimate free energy of binding still lack accuracy. Aim. Development of computationally simple and rapid algorithms for...

Повний опис

Збережено в:

Бібліографічні деталі
Опубліковано в: :	Вiopolymers and Cell
Дата:	2013
Автори:	Sudakov, O.O., Balinskyi, O.M., Platonov, M.O., Kovalskyy, D.B.
Формат:	Стаття
Мова:	Англійська
Опубліковано:	Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 2013
Теми:	Bioinformatics
Онлайн доступ:	https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/153215
Теги:	Додати тег Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
Назва журналу:	Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
Цитувати:	Geometric filters for protein–ligand complexes based on phenomenological molecular models / O.O. Sudakov, O.M. Balinskyi, M.O. Platonov, D.B. Kovalskyy // Вiopolymers and Cell. — 2013. — Т. 29, №. 5. — С. 418-423. — Бібліогр.: 9 назв. — англ.

Репозитарії

Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine

Схожі ресурси

Geometric filters for protein–ligand complexes based on phenomenological molecular models
за авторством: O. O. Sudakov, та інші
Опубліковано: (2013)

Design of potentially active ligands for SH2 domains by molecular modeling methods
за авторством: Hurmach, V.V., та інші
Опубліковано: (2014)

New technique of identifying the hierarchy of dynamic domains in proteins using a method of molecular dynamics simulations
за авторством: Yesylevskyy, S.O.
Опубліковано: (2010)

Molecular docking and molecular dynamics simulation studies on Thermus thermophilus leucyl-tRNA synthetase complexed with different amino acids and pre-transfer editing substrates
за авторством: Rayevsky, A.V., та інші
Опубліковано: (2016)

Identification of hierarchy of dynamic domains in proteins: comparison of HDWA and HCCP techniques
за авторством: Yesylevskyy, S.O.
Опубліковано: (2010)

The mechanisms of substrates interaction with the active site of Mycobacterium tuberculosis tyrosyl-tRNA synthetase studied by molecular dynamics simulations
за авторством: Mykuliak, V.V., та інші
Опубліковано: (2014)

A link between β-catenin and hypertrophy: evaluation and meta-analysis
за авторством: Palchevska, O.L., та інші
Опубліковано: (2016)

Comparative analysis of nuclear localization signal (NLS) prediction methods
за авторством: Lisitsyna, O.M., та інші
Опубліковано: (2017)

Creation of gene expression database on preeclampsia-affected human placenta
за авторством: Lykhenko, O., та інші
Опубліковано: (2017)

Computational approaches for parameterization of aminoacyl-tRNA synthetase substrates
за авторством: Rayevsky, O.V., та інші
Опубліковано: (2018)

Bioinformatics analysis of cis-regulatory elements in Mbl1 and Mbl2 genes in Rattus norvegicus
за авторством: Bondarenko, V.S., та інші
Опубліковано: (2015)

PTI-1: novel way to oncogenicity
за авторством: Vislovukh, A.A., та інші
Опубліковано: (2012)

Mathematical modeling of folate-related processes in human placenta
за авторством: Dotsenko, V.A., та інші
Опубліковано: (2014)

Objective clustering inductive technology of gene expression profiles based on sota clustering algorithm
за авторством: Babichev, S.A., та інші
Опубліковано: (2017)

Computational analysis of microarray gene expression profiles of lung cancer
за авторством: Babichev, S.A., та інші
Опубліковано: (2016)

Cobaltand nickel-containing enzyme constructs from the sequences of methanogens
за авторством: Chellapandi P., та інші
Опубліковано: (2012)

Similarity and dissimilarity of primary structures of some Streptomyces spp. genomes and the Streptomyces globisporus 1912-2 chromosomal DNA
за авторством: Polishchuk, L.V.
Опубліковано: (2017)

Критерії оцінки результатів мікромасив-експерименту з дослідження транскриптому гепатоцитів щура під впливом інтерферону альфа
за авторством: Куклін, А.В., та інші
Опубліковано: (2013)

Flexible 3D structure of Bos taurus tyrosyl-tRNA synthetase suggests the existence of the hinge mechanism provided by conservative Gly353 at interdomain linker
за авторством: Pydiura, N.A., та інші
Опубліковано: (2012)

Біоінформатичний аналіз вторинної структури тринскриптів інтрона 1 гена whp1 кукурудзи
за авторством: Сліщук, Г.І., та інші
Опубліковано: (2012)

Design of potentially active ligands for SH2 domains by molecular modeling methods
за авторством: V. V. Hurmach, та інші
Опубліковано: (2014)

Hydration change on complexation of aromatic ligands with DNA: molecular dynamics simulations
за авторством: Kostjukov, V.V., та інші
Опубліковано: (2010)

Prediction of protein-ligand binding sites modulating activity of MAST protein kinases
за авторством: P. A. Karpov, та інші
Опубліковано: (2024)

Study of the complexation of the copper (II) nitrate with polynucleative ligand
за авторством: M. O. Plutenko, та інші
Опубліковано: (2013)

Ligand-induced variability of the FtsZ protein interdomain cleft site pocket
за авторством: D. S. Ozheriedov, та інші
Опубліковано: (2024)

Quantum dissipation and phenomenological approache
за авторством: Chattah, A.K., та інші
Опубліковано: (2000)

Phenomenological description of a spin chain system with geometrical frustration of couplings
за авторством: A. A. Zvyagin
Опубліковано: (2017)

Phenomenological description of a spin chain system with geometrical frustration of couplings
за авторством: Zvyagin, A.A.
Опубліковано: (2017)

Phenomenological description of a spin chain system with geometrical frustration of couplings
за авторством: Zvyagin, A.A.
Опубліковано: (2018)

THE STUDY OF LIGAND EXCHANGE REACTIONS IN THE MIXED-LIGAND HAFNIUM PHTHALO-CYANINE COMPLEX BY 1H NMR SPECTROSCOPY
за авторством: Tretyakova, Iryna, та інші
Опубліковано: (2026)

Cathodic reduction of copper(I) thiosulfate complexes with an excess of ligand
за авторством: E. A. Stezerjanskij, та інші
Опубліковано: (2012)

Dependence of the stability of lanthanide β-dicarbonyl complexes on the metal—ligand bond energy
за авторством: A. M. Mishchenko, та інші
Опубліковано: (2019)

Development of monoclonal antibody against protein Rictor, a component of the mTORC2 complex
за авторством: Malanchuk, O.M.
Опубліковано: (2015)

Phenomenon of spin transition in a liquid-crystalline iron (II) complex based on tripodand-type ligand
за авторством: M. L. Serediuk, та інші
Опубліковано: (2012)

New selenium-containing ligand Se 9
за авторством: O. G. Janko
Опубліковано: (2011)

STRUCTURE AND SPECTRAL EVALUATION OF COVALENCY IN ND(III) TETRAKIS COMPLEXES WITH CARBACYLAMIDOPHOSPHATE LIGANDS
за авторством: Struhatska, Mariia, та інші
Опубліковано: (2025)

Mixed-ligand complexes of gadolinium carboxylates containing unsaturated bonds in plastic scintillators
за авторством: Velmozhnaya, E.S., та інші
Опубліковано: (2015)

The complexing ability of N-substituted thiourea derivatives as chelating ligands in the reaction with PdCl2
за авторством: Yu. L. Zborovskii, та інші
Опубліковано: (2015)

Phenomenological description of neutron yields from actinide fission
за авторством: Lengyel, A.I., та інші
Опубліковано: (2011)

Dephosphorylation of tuberous sclerosis complex 2 by serine/threonine protein phosphatase 5
за авторством: Malanchuk, O.M., та інші
Опубліковано: (2008)