Genetic and epigenetic changes of GPX1 and GPX3 in human clear-cell renal cell carcinoma
Aim. To find putative diagnostic and prognostic markers of cancerogenesis. Methods. Analysis of microarray and SAGE data, quantitative PCR (Q-PCR), bisulfite sequencing, methylation-specific PCR. Results. Bioinformatic analysis of microarray and SAGE database revealed that genes, encoding the glutat...
Gespeichert in:
| Veröffentlicht in: | Вiopolymers and Cell |
|---|---|
| Datum: | 2013 |
| Hauptverfasser: | , , , , , , |
| Format: | Artikel |
| Sprache: | English |
| Veröffentlicht: |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
2013
|
| Schlagworte: | |
| Online Zugang: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/153217 |
| Tags: |
Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
|
| Назва журналу: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Zitieren: | Genetic and epigenetic changes of GPX1 and GPX3 in human clear-cell renal cell carcinoma / E.E. Rudenko, G.V. Gerashchenko, Y.V. Lapska, O.O. Bogatyrova, S.O. Vozianov, Y.M. Zgonnyk, V.I. Kashuba // Вiopolymers and Cell. — 2013. — Т. 29, №. 5. — С. 395-401. — Бібліогр.: 26 назв. — англ. |
Institution
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| id |
nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-153217 |
|---|---|
| record_format |
dspace |
| spelling |
Rudenko, E.E. Gerashchenko, G.V. Lapska, Y.V. Bogatyrova, O.O. Vozianov, S.O. Zgonnyk, Y.M. Kashuba, V.I. 2019-06-13T15:54:54Z 2019-06-13T15:54:54Z 2013 Genetic and epigenetic changes of GPX1 and GPX3 in human clear-cell renal cell carcinoma / E.E. Rudenko, G.V. Gerashchenko, Y.V. Lapska, O.O. Bogatyrova, S.O. Vozianov, Y.M. Zgonnyk, V.I. Kashuba // Вiopolymers and Cell. — 2013. — Т. 29, №. 5. — С. 395-401. — Бібліогр.: 26 назв. — англ. 0233-7657 DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.00082F https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/153217 577.218; 616.006.6 Aim. To find putative diagnostic and prognostic markers of cancerogenesis. Methods. Analysis of microarray and SAGE data, quantitative PCR (Q-PCR), bisulfite sequencing, methylation-specific PCR. Results. Bioinformatic analysis of microarray and SAGE database revealed that genes, encoding the glutathione peroxidase 1 and 3 (GPX1 and GPX3) were expressed at low levels in renal cancers. The relative gene expression of GPX1 and GPX3 that was widely inactivated in clear-cell renal cell carcinoma (ccRCC) was confirmed by Q-PCR. No correlation between expression levels and promoter methylation was found. It was found, however, that an allele with five ALA repeats in the N-terminal region of GPX1 is the most frequent polymorphic variant in ccRCC patients. Conclusions. Our data support the hypothesis that GPX1 and GPX3 are involved in tumorigenesis of ccRCC and could be putative TSGs (tumor suppressor genes) in renal cancer. Мета. Знайти можливі діагностичні і прогностичні маркери канцерогенезу. Методи. Аналіз даних SAGE і мікрочіпів, кількісна ПЛР (Q-PCR), бісульфітне секвенування, метилспецифічна ПЛР. Результати. Біоінформатичним аналізом баз даних SAGE і мікрочіпів виявлено, що гени, які кодують глутатіонпероксидазу 1 і 3 (GPX1 і GPX3), мають низький рівень експресії у тканинах раку нирок. Дані Q-PCR щодо відносної експресії генів GPX1 і GPX3 підтвердили, що зазначені гени часто інактивовані у світлоклітинній карциномі нирки (ccRCC). Кореляції між рівнем експресії і метилюванням промотoру у жодному разі не знайдено. Проте встановлено, що алель з п’ятьма ALA-повторами в N-кінцевій ділянці GPX1 є найчастіше повторюваним поліморфним варіантом у пацієнтів з ccRCC. Висновки. Наші дані підтверджують гіпотезу, що гени GPX1 і GPX3 залучені до процесу канцерогенезу ccRCC і можуть бути кандидатами на роль генів – супресорів пухлин (TSGs, tumor suppressor genes) при раку нирок. Цель. Найти предполагаемые диагностические и прогностические маркеры канцерогенеза. Методы. Анализ данных SAGE и микрочипов, количественная ПЦР (Q-PCR), бисульфитное секвенирование, метилспецифическая ПЦР. Результаты. Биоинформатическим анализом баз данных SAGE и микрочипов выявлено, что гены, кодирующие глютатионпероксидазу 1 и 3 (GPX1 и GPX3), имеют низкий уровень экспрессии в тканях рака почек. Данные Q- PCR по относительной экспрессии генов GPX1 и GPX3 подтвердили, что эти гены часто инактивированы в светлоклеточной карциноме почки (ccRCC). Корреляции между уровнем экспрессии и метилированием промотoра ни в одном случае не найдено. Однако обнаружено, что аллель с пятью ALA-повторами в N-концевом участке GPX1 является наиболее часто повторяемым полиморфным вариантом у пациентов с ccRCC. Выводы. Наши результаты подтверждают гипотезу, что гены GPX1 и GPX3 вовлечены в процесс канцерогенеза ccRCC и могут быть кандидатами на роль генов – супрессоров опухолей (TSGs, tumor suppressor genes) при раке почек. en Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Вiopolymers and Cell Genomics, Transcriptomics and Proteomics Genetic and epigenetic changes of GPX1 and GPX3 in human clear-cell renal cell carcinoma Генетичні та епігенетичні зміни в експресії генів GPX1 і GPX3 за світлоклітинної карциноми нирки людини Генетические и эпигенетические изменения в экспрессии генов GPX1 и GPX3 при светлоклеточной карциноме почки человека Article published earlier |
| institution |
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| collection |
DSpace DC |
| title |
Genetic and epigenetic changes of GPX1 and GPX3 in human clear-cell renal cell carcinoma |
| spellingShingle |
Genetic and epigenetic changes of GPX1 and GPX3 in human clear-cell renal cell carcinoma Rudenko, E.E. Gerashchenko, G.V. Lapska, Y.V. Bogatyrova, O.O. Vozianov, S.O. Zgonnyk, Y.M. Kashuba, V.I. Genomics, Transcriptomics and Proteomics |
| title_short |
Genetic and epigenetic changes of GPX1 and GPX3 in human clear-cell renal cell carcinoma |
| title_full |
Genetic and epigenetic changes of GPX1 and GPX3 in human clear-cell renal cell carcinoma |
| title_fullStr |
Genetic and epigenetic changes of GPX1 and GPX3 in human clear-cell renal cell carcinoma |
| title_full_unstemmed |
Genetic and epigenetic changes of GPX1 and GPX3 in human clear-cell renal cell carcinoma |
| title_sort |
genetic and epigenetic changes of gpx1 and gpx3 in human clear-cell renal cell carcinoma |
| author |
Rudenko, E.E. Gerashchenko, G.V. Lapska, Y.V. Bogatyrova, O.O. Vozianov, S.O. Zgonnyk, Y.M. Kashuba, V.I. |
| author_facet |
Rudenko, E.E. Gerashchenko, G.V. Lapska, Y.V. Bogatyrova, O.O. Vozianov, S.O. Zgonnyk, Y.M. Kashuba, V.I. |
| topic |
Genomics, Transcriptomics and Proteomics |
| topic_facet |
Genomics, Transcriptomics and Proteomics |
| publishDate |
2013 |
| language |
English |
| container_title |
Вiopolymers and Cell |
| publisher |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
| format |
Article |
| title_alt |
Генетичні та епігенетичні зміни в експресії генів GPX1 і GPX3 за світлоклітинної карциноми нирки людини Генетические и эпигенетические изменения в экспрессии генов GPX1 и GPX3 при светлоклеточной карциноме почки человека |
| description |
Aim. To find putative diagnostic and prognostic markers of cancerogenesis. Methods. Analysis of microarray and SAGE data, quantitative PCR (Q-PCR), bisulfite sequencing, methylation-specific PCR. Results. Bioinformatic analysis of microarray and SAGE database revealed that genes, encoding the glutathione peroxidase 1 and 3 (GPX1 and GPX3) were expressed at low levels in renal cancers. The relative gene expression of GPX1 and GPX3 that was widely inactivated in clear-cell renal cell carcinoma (ccRCC) was confirmed by Q-PCR. No correlation between expression levels and promoter methylation was found. It was found, however, that an allele with five ALA repeats in the N-terminal region of GPX1 is the most frequent polymorphic variant in ccRCC patients. Conclusions. Our data support the hypothesis that GPX1 and GPX3 are involved in tumorigenesis of ccRCC and could be putative TSGs (tumor suppressor genes) in renal cancer.
Мета. Знайти можливі діагностичні і прогностичні маркери канцерогенезу. Методи. Аналіз даних SAGE і мікрочіпів, кількісна ПЛР (Q-PCR), бісульфітне секвенування, метилспецифічна ПЛР. Результати. Біоінформатичним аналізом баз даних SAGE і мікрочіпів виявлено, що гени, які кодують глутатіонпероксидазу 1 і 3 (GPX1 і GPX3), мають низький рівень експресії у тканинах раку нирок. Дані Q-PCR щодо відносної експресії генів GPX1 і GPX3 підтвердили, що зазначені гени часто інактивовані у світлоклітинній карциномі нирки (ccRCC). Кореляції між рівнем експресії і метилюванням промотoру у жодному разі не знайдено. Проте встановлено, що алель з п’ятьма ALA-повторами в N-кінцевій ділянці GPX1 є найчастіше повторюваним поліморфним варіантом у пацієнтів з ccRCC. Висновки. Наші дані підтверджують гіпотезу, що гени GPX1 і GPX3 залучені до процесу канцерогенезу ccRCC і можуть бути кандидатами на роль генів – супресорів пухлин (TSGs, tumor suppressor genes) при раку нирок.
Цель. Найти предполагаемые диагностические и прогностические маркеры канцерогенеза. Методы. Анализ данных SAGE и микрочипов, количественная ПЦР (Q-PCR), бисульфитное секвенирование, метилспецифическая ПЦР. Результаты. Биоинформатическим анализом баз данных SAGE и микрочипов выявлено, что гены, кодирующие глютатионпероксидазу 1 и 3 (GPX1 и GPX3), имеют низкий уровень экспрессии в тканях рака почек. Данные Q- PCR по относительной экспрессии генов GPX1 и GPX3 подтвердили, что эти гены часто инактивированы в светлоклеточной карциноме почки (ccRCC). Корреляции между уровнем экспрессии и метилированием промотoра ни в одном случае не найдено. Однако обнаружено, что аллель с пятью ALA-повторами в N-концевом участке GPX1 является наиболее часто повторяемым полиморфным вариантом у пациентов с ccRCC. Выводы. Наши результаты подтверждают гипотезу, что гены GPX1 и GPX3 вовлечены в процесс канцерогенеза ccRCC и могут быть кандидатами на роль генов – супрессоров опухолей (TSGs, tumor suppressor genes) при раке почек.
|
| issn |
0233-7657 |
| url |
https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/153217 |
| citation_txt |
Genetic and epigenetic changes of GPX1 and GPX3 in human clear-cell renal cell carcinoma / E.E. Rudenko, G.V. Gerashchenko, Y.V. Lapska, O.O. Bogatyrova, S.O. Vozianov, Y.M. Zgonnyk, V.I. Kashuba // Вiopolymers and Cell. — 2013. — Т. 29, №. 5. — С. 395-401. — Бібліогр.: 26 назв. — англ. |
| work_keys_str_mv |
AT rudenkoee geneticandepigeneticchangesofgpx1andgpx3inhumanclearcellrenalcellcarcinoma AT gerashchenkogv geneticandepigeneticchangesofgpx1andgpx3inhumanclearcellrenalcellcarcinoma AT lapskayv geneticandepigeneticchangesofgpx1andgpx3inhumanclearcellrenalcellcarcinoma AT bogatyrovaoo geneticandepigeneticchangesofgpx1andgpx3inhumanclearcellrenalcellcarcinoma AT vozianovso geneticandepigeneticchangesofgpx1andgpx3inhumanclearcellrenalcellcarcinoma AT zgonnykym geneticandepigeneticchangesofgpx1andgpx3inhumanclearcellrenalcellcarcinoma AT kashubavi geneticandepigeneticchangesofgpx1andgpx3inhumanclearcellrenalcellcarcinoma AT rudenkoee genetičnítaepígenetičnízmínivekspresíígenívgpx1ígpx3zasvítloklítinnoíkarcinominirkilûdini AT gerashchenkogv genetičnítaepígenetičnízmínivekspresíígenívgpx1ígpx3zasvítloklítinnoíkarcinominirkilûdini AT lapskayv genetičnítaepígenetičnízmínivekspresíígenívgpx1ígpx3zasvítloklítinnoíkarcinominirkilûdini AT bogatyrovaoo genetičnítaepígenetičnízmínivekspresíígenívgpx1ígpx3zasvítloklítinnoíkarcinominirkilûdini AT vozianovso genetičnítaepígenetičnízmínivekspresíígenívgpx1ígpx3zasvítloklítinnoíkarcinominirkilûdini AT zgonnykym genetičnítaepígenetičnízmínivekspresíígenívgpx1ígpx3zasvítloklítinnoíkarcinominirkilûdini AT kashubavi genetičnítaepígenetičnízmínivekspresíígenívgpx1ígpx3zasvítloklítinnoíkarcinominirkilûdini AT rudenkoee genetičeskieiépigenetičeskieizmeneniâvékspressiigenovgpx1igpx3prisvetlokletočnoikarcinomepočkičeloveka AT gerashchenkogv genetičeskieiépigenetičeskieizmeneniâvékspressiigenovgpx1igpx3prisvetlokletočnoikarcinomepočkičeloveka AT lapskayv genetičeskieiépigenetičeskieizmeneniâvékspressiigenovgpx1igpx3prisvetlokletočnoikarcinomepočkičeloveka AT bogatyrovaoo genetičeskieiépigenetičeskieizmeneniâvékspressiigenovgpx1igpx3prisvetlokletočnoikarcinomepočkičeloveka AT vozianovso genetičeskieiépigenetičeskieizmeneniâvékspressiigenovgpx1igpx3prisvetlokletočnoikarcinomepočkičeloveka AT zgonnykym genetičeskieiépigenetičeskieizmeneniâvékspressiigenovgpx1igpx3prisvetlokletočnoikarcinomepočkičeloveka AT kashubavi genetičeskieiépigenetičeskieizmeneniâvékspressiigenovgpx1igpx3prisvetlokletočnoikarcinomepočkičeloveka |
| first_indexed |
2025-12-07T20:41:13Z |
| last_indexed |
2025-12-07T20:41:13Z |
| _version_ |
1850883517370597376 |