Effects of translational and rotational degrees of freedom on the properties of model water
Molecular dynamics simulations with separate thermostats for rotational and translational motions were used to study the effects of these degrees of freedom on the structure of water at a fixed density. To describe water molecules, we used the SPC/E model. The results indicate that an increase of th...
Saved in:
| Published in: | Condensed Matter Physics |
|---|---|
| Date: | 2015 |
| Main Authors: | , , |
| Format: | Article |
| Language: | English |
| Published: |
Інститут фізики конденсованих систем НАН України
2015
|
| Online Access: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/153525 |
| Tags: |
Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
|
| Journal Title: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Cite this: | Effects of translational and rotational degrees of freedom on the properties of model water / T. Mohorič, T. Mohorič, V. Vlachy // Condensed Matter Physics. — 2015. — Т. 18, № 1. — С. 13004: 1–9. — Бібліогр.: 13 назв. — англ. |
Institution
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| _version_ | 1862731208243281920 |
|---|---|
| author | Mohorič, T. Hribar-Lee, B. Vlachy, V. |
| author_facet | Mohorič, T. Hribar-Lee, B. Vlachy, V. |
| citation_txt | Effects of translational and rotational degrees of freedom on the properties of model water / T. Mohorič, T. Mohorič, V. Vlachy // Condensed Matter Physics. — 2015. — Т. 18, № 1. — С. 13004: 1–9. — Бібліогр.: 13 назв. — англ. |
| collection | DSpace DC |
| container_title | Condensed Matter Physics |
| description | Molecular dynamics simulations with separate thermostats for rotational and translational motions were used to study the effects of these degrees of freedom on the structure of water at a fixed density. To describe water molecules, we used the SPC/E model. The results indicate that an increase of the rotational temperature, TR, causes a significant breaking of the hydrogen bonds. This is not the case, at least not to such an extent, when the translational temperature, TT, is raised. The probability of finding an empty spherical cavity (no water molecule present) of a given size, strongly decreases with an increase of TR, but this only marginally affects the free energy of the hydrophobe insertion. The excess internal energy increases proportionally with an increase of TR, while an increase of TT yields a much smaller effect at high temperatures. The diffusion coefficient of water exhibits a non-monotonous behaviour with an increase of the rotational temperature.
Для вивчення впливу трансляцiйних та обертових ступенiв вiльностi на структуру води з фiксованою густиною використано метод молекулярної динамiки з двома окремими термостатами для обертових та
трансляцiйних рухiв. Для опису молекул води було використано модель SPC/E. Результати показують, що
збiльшення обертової температури, TR, призводить до значного розриву водневих зв’язкiв. Цiлком зворотнiм є випадок, принаймнi не до такої мiри, коли збiльшується трансляцiйна температура, TT. Ймовiрнiсть знайти сферичну порожнину (вiдсутня молекула води) заданого розмiру значно зменшується при
збiльшеннi TR, але це має лише незначний вплив на вiльну енергiю гiдрофобної вставки. Надлишкова
внутрiшня енергiя збiльшується пропорцiйно до збiльшення TR, в той час, як TT дає значно менший
ефект при високих температурах. Коефiцiєнт дифузiї води має немонотонну поведiнку при збiльшеннi
обертової температури.
|
| first_indexed | 2025-12-07T19:24:58Z |
| format | Article |
| fulltext | |
| id | nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-153525 |
| institution | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| issn | 1607-324X |
| language | English |
| last_indexed | 2025-12-07T19:24:58Z |
| publishDate | 2015 |
| publisher | Інститут фізики конденсованих систем НАН України |
| record_format | dspace |
| spelling | Mohorič, T. Hribar-Lee, B. Vlachy, V. 2019-06-14T10:48:31Z 2019-06-14T10:48:31Z 2015 Effects of translational and rotational degrees of freedom on the properties of model water / T. Mohorič, T. Mohorič, V. Vlachy // Condensed Matter Physics. — 2015. — Т. 18, № 1. — С. 13004: 1–9. — Бібліогр.: 13 назв. — англ. 1607-324X DOI:10.5488/CMP.18.13004 arXiv:1504.00810 PACS: 05.20.Jj, 05.70.Ln, 61.20.Ja, 61.20.Qg, 61.25.Em https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/153525 Molecular dynamics simulations with separate thermostats for rotational and translational motions were used to study the effects of these degrees of freedom on the structure of water at a fixed density. To describe water molecules, we used the SPC/E model. The results indicate that an increase of the rotational temperature, TR, causes a significant breaking of the hydrogen bonds. This is not the case, at least not to such an extent, when the translational temperature, TT, is raised. The probability of finding an empty spherical cavity (no water molecule present) of a given size, strongly decreases with an increase of TR, but this only marginally affects the free energy of the hydrophobe insertion. The excess internal energy increases proportionally with an increase of TR, while an increase of TT yields a much smaller effect at high temperatures. The diffusion coefficient of water exhibits a non-monotonous behaviour with an increase of the rotational temperature. Для вивчення впливу трансляцiйних та обертових ступенiв вiльностi на структуру води з фiксованою густиною використано метод молекулярної динамiки з двома окремими термостатами для обертових та
 трансляцiйних рухiв. Для опису молекул води було використано модель SPC/E. Результати показують, що
 збiльшення обертової температури, TR, призводить до значного розриву водневих зв’язкiв. Цiлком зворотнiм є випадок, принаймнi не до такої мiри, коли збiльшується трансляцiйна температура, TT. Ймовiрнiсть знайти сферичну порожнину (вiдсутня молекула води) заданого розмiру значно зменшується при
 збiльшеннi TR, але це має лише незначний вплив на вiльну енергiю гiдрофобної вставки. Надлишкова
 внутрiшня енергiя збiльшується пропорцiйно до збiльшення TR, в той час, як TT дає значно менший
 ефект при високих температурах. Коефiцiєнт дифузiї води має немонотонну поведiнку при збiльшеннi
 обертової температури. This study was supported by the Slovenian Research Agency fund (ARRS) through the Program 0103–
 0201, Project J1–4148, GM063592 grant of NIH U.S.A., and the Young Researchers Program (T. M.) of Republic of Slovenia. en Інститут фізики конденсованих систем НАН України Condensed Matter Physics Effects of translational and rotational degrees of freedom on the properties of model water Вплив трансляцiйних та обертових ступенiв вiльностi на властивостi моделi води Article published earlier |
| spellingShingle | Effects of translational and rotational degrees of freedom on the properties of model water Mohorič, T. Hribar-Lee, B. Vlachy, V. |
| title | Effects of translational and rotational degrees of freedom on the properties of model water |
| title_alt | Вплив трансляцiйних та обертових ступенiв вiльностi на властивостi моделi води |
| title_full | Effects of translational and rotational degrees of freedom on the properties of model water |
| title_fullStr | Effects of translational and rotational degrees of freedom on the properties of model water |
| title_full_unstemmed | Effects of translational and rotational degrees of freedom on the properties of model water |
| title_short | Effects of translational and rotational degrees of freedom on the properties of model water |
| title_sort | effects of translational and rotational degrees of freedom on the properties of model water |
| url | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/153525 |
| work_keys_str_mv | AT mohorict effectsoftranslationalandrotationaldegreesoffreedomonthepropertiesofmodelwater AT hribarleeb effectsoftranslationalandrotationaldegreesoffreedomonthepropertiesofmodelwater AT vlachyv effectsoftranslationalandrotationaldegreesoffreedomonthepropertiesofmodelwater AT mohorict vplivtranslâciinihtaobertovihstupenivvilʹnostinavlastivostimodelivodi AT hribarleeb vplivtranslâciinihtaobertovihstupenivvilʹnostinavlastivostimodelivodi AT vlachyv vplivtranslâciinihtaobertovihstupenivvilʹnostinavlastivostimodelivodi |