Моделирование пространственной структуры СООН-концевого цитокин-подобного модуля цитоплазматической тирозил-тРНК синтетазы млекопитающих

Моделирование пространственной структуры СООН-концевого цитокин-подобного модуля цитоплазматической тирозил-тРНК синтетазы млекопитающих

СООН-концевой модуль (С-модуль) цитоплазматических тирозил-тРНК синтетаз хордовых и насекомых гомологичен цитокину ЕМАР II млекопитающих (52,7 % идентичности) и в свободном состоянии обладает сходными биологическими свойствами в экспериментах in vitro. С использованием методов сравнительного моделир...

Full description

Saved in:
Bibliographic Details
Published in:Биополимеры и клетка
Date:2000
Main Authors: Голуб, А.Г., Одынец, К.А., Ныпорко, А.Ю., Корнелюк, А.И.
Format: Article
Language:Russian
Published: Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 2000
Subjects:
Структура и функции биополимеров
Online Access:https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/153624
Tags: Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
Journal Title:Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
Cite this:Моделирование пространственной структуры СООН-концевого цитокин-подобного модуля цитоплазматической тирозил-тРНК синтетазы млекопитающих / А.Г. Голуб, К.А. Одынец, А.Ю. Ныпорко, А.И. Корнелюк // Биополимеры и клетка. — 2000. — Т. 16, № 6. — С. 515-524. — Бібліогр.: 49 назв. — рос.

Institution

Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
id nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-153624
record_format dspace
spelling Голуб, А.Г.
Одынец, К.А.
Ныпорко, А.Ю.
Корнелюк, А.И.
2019-06-14T11:33:21Z
2019-06-14T11:33:21Z
2000
Моделирование пространственной структуры СООН-концевого цитокин-подобного модуля цитоплазматической тирозил-тРНК синтетазы млекопитающих / А.Г. Голуб, К.А. Одынец, А.Ю. Ныпорко, А.И. Корнелюк // Биополимеры и клетка. — 2000. — Т. 16, № 6. — С. 515-524. — Бібліогр.: 49 назв. — рос.
0233-7657
DOI:http://dx.doi.org/10.7124/bc.000592
https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/153624
25.12.0025.12.0014:057
СООН-концевой модуль (С-модуль) цитоплазматических тирозил-тРНК синтетаз хордовых и насекомых гомологичен цитокину ЕМАР II млекопитающих (52,7 % идентичности) и в свободном состоянии обладает сходными биологическими свойствами в экспериментах in vitro. С использованием методов сравнительного моделирования по гомологии создана модель пространственной структуры С-модуля тирозил-тРНК синтетазы быка (Bos taurus). Основной частью С-модуля является домен с типом пространственной укладки ЮВ-fold» (В-домен, остатки Val363-Lys470)t содержащий пять β-складок, характерных для этого типа укладки. Подобно ряду «ОВ-fold»-доменов С-модуль имеет сродство к нуклеиновым кислотам. Сравнение модели С-моду­ля с антикодон-связывающими «ОВ-fold»-доменами аспартил- и лизил-тРНК синтетаз позволило предсказать поверхность взаимодействия с РНК и возможные функционально важные аминокислотные остатки. Структурная модель С-модуля является основой для дальнейшего изучения структуры и функций тирозил-тРНК синтетазы, ее взаимодействия с тРНКТуr, а также цитокин-подобных свойств свободного С-модуля.
СООН-кінцевий модуль (С-модуль) цитоплазматичних тиро- зил-тРНК синтетаз хордових і комах є гомологічним до цитокіну EMAP II ссавців (52,7 % ідентичності) і у вільному стані має схожі біологічні властивості в експериментах in vitro. З використанням методів порівняльного моделювання за гомологією створено модель просторової структури С-модуля тирозил-тРНК синтетази бика (Bos taurus). Головною части­ною С-модуля є домен з типом просторового укладання «ОВ-fold» (В-домен, залишки Vat363-Lys470), який вміщує п'ять β-складок, що є характерними для цього типу. Подібно до ряду «ОВ-fold-доменів С-модуль має спорідненість до нуклеїнових кислот. Порівняння моделі С-модуля з антикодонзв' язу юними доменами аспартил- і лізил-тРНК синтетаз дозволило передбачити поверхню взаємодії з РНК і функ­ціонально важливі амінокислотні залишки. Структурна мо­дель С-модуля допоможе подальшому вивченню структури і функцій тирозил-тРНК синтетази, її взаємодії з тРНк , а також цитокін-подібних властивостей вільного С-модуля.
COOH-terminal module (C-module) of cytoplasmic tyrosyl-tRNA synthetases from chordate and insects is homologous to the mammalian cytokine EMAP II (52.7 % identity) and in free form has similar biological properties in experiments in vitro. The main part of C-module is a domain with «OB-fold» type of structure (B-domain, residues Val363-Lys470), containing five β-strands, which are characteristic for this fold type. Like some other «OB-fold»-containing domains C-module has affinity to nucleic acids. By using comparative homology modeling methods the C-module structure model of bovine (Bos taurus) tyrosyl-tRNA synthetase is created. The comparison of C-module model with anticodon-binding domains of aspartyl- and lysyl-tRNA synthetases allows to predict the interacting surface with RNA and some functionally important amino acid residues. The C-module structure model will help to study further the tyrosyl-tRNA synthetase structure and functions, its interaction with tRNATyr, and cytokine-like properties of the free C-module.
ru
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
Биополимеры и клетка
Структура и функции биополимеров
Моделирование пространственной структуры СООН-концевого цитокин-подобного модуля цитоплазматической тирозил-тРНК синтетазы млекопитающих
Моделювання просторової структури СООН-кінцевого цитокін-подібного модуля цитоплазматичної тирозил-тРНК синтетази ссавців
Structure modeling of the COOH-terminal cytokine-like module of the mammalian cytoplasmic tyrosyl-tRNA synthetase
Article
published earlier
institution Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
collection DSpace DC
title Моделирование пространственной структуры СООН-концевого цитокин-подобного модуля цитоплазматической тирозил-тРНК синтетазы млекопитающих
spellingShingle Моделирование пространственной структуры СООН-концевого цитокин-подобного модуля цитоплазматической тирозил-тРНК синтетазы млекопитающих
Голуб, А.Г.
Одынец, К.А.
Ныпорко, А.Ю.
Корнелюк, А.И.
Структура и функции биополимеров
title_short Моделирование пространственной структуры СООН-концевого цитокин-подобного модуля цитоплазматической тирозил-тРНК синтетазы млекопитающих
title_full Моделирование пространственной структуры СООН-концевого цитокин-подобного модуля цитоплазматической тирозил-тРНК синтетазы млекопитающих
title_fullStr Моделирование пространственной структуры СООН-концевого цитокин-подобного модуля цитоплазматической тирозил-тРНК синтетазы млекопитающих
title_full_unstemmed Моделирование пространственной структуры СООН-концевого цитокин-подобного модуля цитоплазматической тирозил-тРНК синтетазы млекопитающих
title_sort моделирование пространственной структуры соон-концевого цитокин-подобного модуля цитоплазматической тирозил-трнк синтетазы млекопитающих
author Голуб, А.Г.
Одынец, К.А.
Ныпорко, А.Ю.
Корнелюк, А.И.
author_facet Голуб, А.Г.
Одынец, К.А.
Ныпорко, А.Ю.
Корнелюк, А.И.
topic Структура и функции биополимеров
topic_facet Структура и функции биополимеров
publishDate 2000
language Russian
container_title Биополимеры и клетка
publisher Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
format Article
title_alt Моделювання просторової структури СООН-кінцевого цитокін-подібного модуля цитоплазматичної тирозил-тРНК синтетази ссавців
Structure modeling of the COOH-terminal cytokine-like module of the mammalian cytoplasmic tyrosyl-tRNA synthetase
description СООН-концевой модуль (С-модуль) цитоплазматических тирозил-тРНК синтетаз хордовых и насекомых гомологичен цитокину ЕМАР II млекопитающих (52,7 % идентичности) и в свободном состоянии обладает сходными биологическими свойствами в экспериментах in vitro. С использованием методов сравнительного моделирования по гомологии создана модель пространственной структуры С-модуля тирозил-тРНК синтетазы быка (Bos taurus). Основной частью С-модуля является домен с типом пространственной укладки ЮВ-fold» (В-домен, остатки Val363-Lys470)t содержащий пять β-складок, характерных для этого типа укладки. Подобно ряду «ОВ-fold»-доменов С-модуль имеет сродство к нуклеиновым кислотам. Сравнение модели С-моду­ля с антикодон-связывающими «ОВ-fold»-доменами аспартил- и лизил-тРНК синтетаз позволило предсказать поверхность взаимодействия с РНК и возможные функционально важные аминокислотные остатки. Структурная модель С-модуля является основой для дальнейшего изучения структуры и функций тирозил-тРНК синтетазы, ее взаимодействия с тРНКТуr, а также цитокин-подобных свойств свободного С-модуля. СООН-кінцевий модуль (С-модуль) цитоплазматичних тиро- зил-тРНК синтетаз хордових і комах є гомологічним до цитокіну EMAP II ссавців (52,7 % ідентичності) і у вільному стані має схожі біологічні властивості в експериментах in vitro. З використанням методів порівняльного моделювання за гомологією створено модель просторової структури С-модуля тирозил-тРНК синтетази бика (Bos taurus). Головною части­ною С-модуля є домен з типом просторового укладання «ОВ-fold» (В-домен, залишки Vat363-Lys470), який вміщує п'ять β-складок, що є характерними для цього типу. Подібно до ряду «ОВ-fold-доменів С-модуль має спорідненість до нуклеїнових кислот. Порівняння моделі С-модуля з антикодонзв' язу юними доменами аспартил- і лізил-тРНК синтетаз дозволило передбачити поверхню взаємодії з РНК і функ­ціонально важливі амінокислотні залишки. Структурна мо­дель С-модуля допоможе подальшому вивченню структури і функцій тирозил-тРНК синтетази, її взаємодії з тРНк , а також цитокін-подібних властивостей вільного С-модуля. COOH-terminal module (C-module) of cytoplasmic tyrosyl-tRNA synthetases from chordate and insects is homologous to the mammalian cytokine EMAP II (52.7 % identity) and in free form has similar biological properties in experiments in vitro. The main part of C-module is a domain with «OB-fold» type of structure (B-domain, residues Val363-Lys470), containing five β-strands, which are characteristic for this fold type. Like some other «OB-fold»-containing domains C-module has affinity to nucleic acids. By using comparative homology modeling methods the C-module structure model of bovine (Bos taurus) tyrosyl-tRNA synthetase is created. The comparison of C-module model with anticodon-binding domains of aspartyl- and lysyl-tRNA synthetases allows to predict the interacting surface with RNA and some functionally important amino acid residues. The C-module structure model will help to study further the tyrosyl-tRNA synthetase structure and functions, its interaction with tRNATyr, and cytokine-like properties of the free C-module.
issn 0233-7657
url https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/153624
citation_txt Моделирование пространственной структуры СООН-концевого цитокин-подобного модуля цитоплазматической тирозил-тРНК синтетазы млекопитающих / А.Г. Голуб, К.А. Одынец, А.Ю. Ныпорко, А.И. Корнелюк // Биополимеры и клетка. — 2000. — Т. 16, № 6. — С. 515-524. — Бібліогр.: 49 назв. — рос.
work_keys_str_mv AT golubag modelirovanieprostranstvennoistrukturysoonkoncevogocitokinpodobnogomodulâcitoplazmatičeskoitiroziltrnksintetazymlekopitaûŝih
AT odynecka modelirovanieprostranstvennoistrukturysoonkoncevogocitokinpodobnogomodulâcitoplazmatičeskoitiroziltrnksintetazymlekopitaûŝih
AT nyporkoaû modelirovanieprostranstvennoistrukturysoonkoncevogocitokinpodobnogomodulâcitoplazmatičeskoitiroziltrnksintetazymlekopitaûŝih
AT kornelûkai modelirovanieprostranstvennoistrukturysoonkoncevogocitokinpodobnogomodulâcitoplazmatičeskoitiroziltrnksintetazymlekopitaûŝih
AT golubag modelûvannâprostorovoístrukturisoonkíncevogocitokínpodíbnogomodulâcitoplazmatičnoítiroziltrnksintetazissavcív
AT odynecka modelûvannâprostorovoístrukturisoonkíncevogocitokínpodíbnogomodulâcitoplazmatičnoítiroziltrnksintetazissavcív
AT nyporkoaû modelûvannâprostorovoístrukturisoonkíncevogocitokínpodíbnogomodulâcitoplazmatičnoítiroziltrnksintetazissavcív
AT kornelûkai modelûvannâprostorovoístrukturisoonkíncevogocitokínpodíbnogomodulâcitoplazmatičnoítiroziltrnksintetazissavcív
AT golubag structuremodelingofthecoohterminalcytokinelikemoduleofthemammaliancytoplasmictyrosyltrnasynthetase
AT odynecka structuremodelingofthecoohterminalcytokinelikemoduleofthemammaliancytoplasmictyrosyltrnasynthetase
AT nyporkoaû structuremodelingofthecoohterminalcytokinelikemoduleofthemammaliancytoplasmictyrosyltrnasynthetase
AT kornelûkai structuremodelingofthecoohterminalcytokinelikemoduleofthemammaliancytoplasmictyrosyltrnasynthetase
first_indexed 2025-11-30T13:42:18Z
last_indexed 2025-11-30T13:42:18Z
_version_ 1850857774763737088

Similar Items