Критерії оцінки результатів мікромасив-експерименту з дослідження транскриптому гепатоцитів щура під впливом інтерферону альфа
Транскриптом первинних гепатоцитів щура, культивованих з інтерфероном альфа (ІФН) впродовж трьох і шести годин, досліджували із залученням олігонуклеотидних мікромасивів. Мета. Проведення поетапного аналізу результатів мікромасив-експерименту і визначення відповідності або невідповідності критеріїв...
Saved in:
| Published in: | Вiopolymers and Cell |
|---|---|
| Date: | 2013 |
| Main Authors: | , , |
| Format: | Article |
| Language: | Ukrainian |
| Published: |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
2013
|
| Subjects: | |
| Online Access: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/153698 |
| Tags: |
Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
|
| Journal Title: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Cite this: | Критерії оцінки результатів мікромасив-експерименту з дослідження транскриптому гепатоцитів щура під впливом інтерферону альфа / А.В. Куклін, Б.Т. Токовенко, М.Ю. Оболенська // Вiopolymers and Cell. — 2013. — Т. 29, № 6. — С. 521-526. — Бібліогр.: 15 назв. — укр. |
Institution
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| id |
nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-153698 |
|---|---|
| record_format |
dspace |
| spelling |
Куклін, А.В. Токовенко, Б.Т. Оболенська, М.Ю. 2019-06-14T13:37:15Z 2019-06-14T13:37:15Z 2013 Критерії оцінки результатів мікромасив-експерименту з дослідження транскриптому гепатоцитів щура під впливом інтерферону альфа / А.В. Куклін, Б.Т. Токовенко, М.Ю. Оболенська // Вiopolymers and Cell. — 2013. — Т. 29, № 6. — С. 521-526. — Бібліогр.: 15 назв. — укр. 0233-7657 DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.000844 https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/153698 577.218 Транскриптом первинних гепатоцитів щура, культивованих з інтерфероном альфа (ІФН) впродовж трьох і шести годин, досліджували із залученням олігонуклеотидних мікромасивів. Мета. Проведення поетапного аналізу результатів мікромасив-експерименту і визначення відповідності або невідповідності критеріїв оцінки результатів загальноприйнятим значенням. Методи. Аналіз здійснювали на файлах, отриманих після сканування мікромасивів Affymetrix, із використанням статистичного середовища R, пакетів функцій Bioconductor «affy», «simpleaffy», «affyPLM» і програми BRB Array Tools із застосуванням парного Т-тесту. Результати. Усі мікромасиви пройшли контроль якості, нормалізовані і порівнянні між собою. За результатом Т-тесту знайдено 28 і 124 диференційно експресованих гени відповідно після трьох і шести годин культивування клітин з ІФН. Висновки. Одержані дані відповідають узвичаєним критеріям якості і придатні для подальшого встановлення їхнього біологічного значення. Використані в роботі R-коди можна застосовувати при обробці результатів мікромасив-експериментів. Транскриптом первичных гепатоцитов крысы, культивированных с интерферона альфа (ИФН) в течение трех и шести часов, исследовали с привлечением олигонуклеотидных микромассивов. Цель. Поэтапный анализ результатов микромассив-эксперимента и определение соответствия или несоответствия критериев оценки результатов общепринятым значениям. Методы. Анализ осуществляли на файлах, полученных после сканирования микромассивов, с использованием статистической среды R, пакетов функций Bioconductor «affy», «simpleaffy», «affyPLM» и программы BRB Array Tools с применением парного Т-теста. Результаты. Все микромассивы прошли контроль качества, нормализованы и сравнимы между собой. По результатам Т-теста найдены 28 и 124 дифференциально экспрессированых гена соответственно после трех и шести часов культивирования клеток с ИФН. Выводы. Полученные данные отвечают общепринятым критериям качества и пригодны для дальнейшего определения их биологического значения. Использованные в работе R-коды можно применять для обработки результатов микромассив-экспериментов. The changes induced in transcriptome of rat hepatocytes treated with interferon alpha (IFN) during three and six hours were analyzed by DNA microarray. Aim. To conduct a stepwise analysis of the results of microarray experiment and to determine whether they meet/fail to the conventional requirements. Methods. The files obtained after scanning microarrays were subjected to the analysis in statistical environment R by Bioconductor’s packages «affy», «simpleaffy», «affyPLM» and BRB Array Tools software for paired T-test. Results. All microarrays had quality metrics lying within recommended ranges, passed quality control, were normalized and are comparable with each other. The T-test revealed 28 and 124 differentially expressed genes after three and six hours of cells cultivation with IFNα , respectively. Conclusions. The obtained data meet the conventional criteria of quality and are applicable for further evaluation of their biological significance. The R-codes used in this study can be used for the analysis of the microarrays data. uk Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Вiopolymers and Cell Bioinformatics Критерії оцінки результатів мікромасив-експерименту з дослідження транскриптому гепатоцитів щура під впливом інтерферону альфа Критерии оценки результатов микромассив-эксперимента при исследовании транскриптома гепатоцитов крысы под влиянием интерферона альфа Evaluation criteria of rat hepatocytes transcriptome analysis under the influence of interferon alpha by DNA microarray Article published earlier |
| institution |
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| collection |
DSpace DC |
| title |
Критерії оцінки результатів мікромасив-експерименту з дослідження транскриптому гепатоцитів щура під впливом інтерферону альфа |
| spellingShingle |
Критерії оцінки результатів мікромасив-експерименту з дослідження транскриптому гепатоцитів щура під впливом інтерферону альфа Куклін, А.В. Токовенко, Б.Т. Оболенська, М.Ю. Bioinformatics |
| title_short |
Критерії оцінки результатів мікромасив-експерименту з дослідження транскриптому гепатоцитів щура під впливом інтерферону альфа |
| title_full |
Критерії оцінки результатів мікромасив-експерименту з дослідження транскриптому гепатоцитів щура під впливом інтерферону альфа |
| title_fullStr |
Критерії оцінки результатів мікромасив-експерименту з дослідження транскриптому гепатоцитів щура під впливом інтерферону альфа |
| title_full_unstemmed |
Критерії оцінки результатів мікромасив-експерименту з дослідження транскриптому гепатоцитів щура під впливом інтерферону альфа |
| title_sort |
критерії оцінки результатів мікромасив-експерименту з дослідження транскриптому гепатоцитів щура під впливом інтерферону альфа |
| author |
Куклін, А.В. Токовенко, Б.Т. Оболенська, М.Ю. |
| author_facet |
Куклін, А.В. Токовенко, Б.Т. Оболенська, М.Ю. |
| topic |
Bioinformatics |
| topic_facet |
Bioinformatics |
| publishDate |
2013 |
| language |
Ukrainian |
| container_title |
Вiopolymers and Cell |
| publisher |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
| format |
Article |
| title_alt |
Критерии оценки результатов микромассив-эксперимента при исследовании транскриптома гепатоцитов крысы под влиянием интерферона альфа Evaluation criteria of rat hepatocytes transcriptome analysis under the influence of interferon alpha by DNA microarray |
| description |
Транскриптом первинних гепатоцитів щура, культивованих з інтерфероном альфа (ІФН) впродовж трьох і шести годин, досліджували із залученням олігонуклеотидних мікромасивів. Мета. Проведення поетапного аналізу результатів мікромасив-експерименту і визначення відповідності або невідповідності критеріїв оцінки результатів загальноприйнятим значенням. Методи. Аналіз здійснювали на файлах, отриманих після сканування мікромасивів Affymetrix, із використанням статистичного середовища R, пакетів функцій Bioconductor «affy», «simpleaffy», «affyPLM» і програми BRB Array Tools із застосуванням парного Т-тесту. Результати. Усі мікромасиви пройшли контроль якості, нормалізовані і порівнянні між собою. За результатом Т-тесту знайдено 28 і 124 диференційно експресованих гени відповідно після трьох і шести годин культивування клітин з ІФН. Висновки. Одержані дані відповідають узвичаєним критеріям якості і придатні для подальшого встановлення їхнього біологічного значення. Використані в роботі R-коди можна застосовувати при обробці результатів мікромасив-експериментів.
Транскриптом первичных гепатоцитов крысы, культивированных с интерферона альфа (ИФН) в течение трех и шести часов, исследовали с привлечением олигонуклеотидных микромассивов. Цель. Поэтапный анализ результатов микромассив-эксперимента и определение соответствия или несоответствия критериев оценки результатов общепринятым значениям. Методы. Анализ осуществляли на файлах, полученных после сканирования микромассивов, с использованием статистической среды R, пакетов функций Bioconductor «affy», «simpleaffy», «affyPLM» и программы BRB Array Tools с применением парного Т-теста. Результаты. Все микромассивы прошли контроль качества, нормализованы и сравнимы между собой. По результатам Т-теста найдены 28 и 124 дифференциально экспрессированых гена соответственно после трех и шести часов культивирования клеток с ИФН. Выводы. Полученные данные отвечают общепринятым критериям качества и пригодны для дальнейшего определения их биологического значения. Использованные в работе R-коды можно применять для обработки результатов микромассив-экспериментов.
The changes induced in transcriptome of rat hepatocytes treated with interferon alpha (IFN) during three and six hours were analyzed by DNA microarray. Aim. To conduct a stepwise analysis of the results of microarray experiment and to determine whether they meet/fail to the conventional requirements. Methods. The files obtained after scanning microarrays were subjected to the analysis in statistical environment R by Bioconductor’s packages «affy», «simpleaffy», «affyPLM» and BRB Array Tools software for paired T-test. Results. All microarrays had quality metrics lying within recommended ranges, passed quality control, were normalized and are comparable with each other. The T-test revealed 28 and 124 differentially expressed genes after three and six hours of cells cultivation with IFNα , respectively. Conclusions. The obtained data meet the conventional criteria of quality and are applicable for further evaluation of their biological significance. The R-codes used in this study can be used for the analysis of the microarrays data.
|
| issn |
0233-7657 |
| url |
https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/153698 |
| citation_txt |
Критерії оцінки результатів мікромасив-експерименту з дослідження транскриптому гепатоцитів щура під впливом інтерферону альфа / А.В. Куклін, Б.Т. Токовенко, М.Ю. Оболенська // Вiopolymers and Cell. — 2013. — Т. 29, № 6. — С. 521-526. — Бібліогр.: 15 назв. — укр. |
| work_keys_str_mv |
AT kuklínav kriterííocínkirezulʹtatívmíkromasiveksperimentuzdoslídžennâtranskriptomugepatocitívŝurapídvplivomínterferonualʹfa AT tokovenkobt kriterííocínkirezulʹtatívmíkromasiveksperimentuzdoslídžennâtranskriptomugepatocitívŝurapídvplivomínterferonualʹfa AT obolensʹkamû kriterííocínkirezulʹtatívmíkromasiveksperimentuzdoslídžennâtranskriptomugepatocitívŝurapídvplivomínterferonualʹfa AT kuklínav kriteriiocenkirezulʹtatovmikromassivéksperimentapriissledovaniitranskriptomagepatocitovkrysypodvliânieminterferonaalʹfa AT tokovenkobt kriteriiocenkirezulʹtatovmikromassivéksperimentapriissledovaniitranskriptomagepatocitovkrysypodvliânieminterferonaalʹfa AT obolensʹkamû kriteriiocenkirezulʹtatovmikromassivéksperimentapriissledovaniitranskriptomagepatocitovkrysypodvliânieminterferonaalʹfa AT kuklínav evaluationcriteriaofrathepatocytestranscriptomeanalysisundertheinfluenceofinterferonalphabydnamicroarray AT tokovenkobt evaluationcriteriaofrathepatocytestranscriptomeanalysisundertheinfluenceofinterferonalphabydnamicroarray AT obolensʹkamû evaluationcriteriaofrathepatocytestranscriptomeanalysisundertheinfluenceofinterferonalphabydnamicroarray |
| first_indexed |
2025-12-07T16:49:05Z |
| last_indexed |
2025-12-07T16:49:05Z |
| _version_ |
1850868913271734272 |