Nucleotide and amino acid sequences of a coat protein of an Ukrainian isolate of Potato virus Y: comparison with homologous sequences of other isolates and phylogenetic analysis
Aim. Identification of the widespread Ukrainian isolate(s) of PVY (Potato virus Y) in different potato cultivars and subsequent phylogenetic analysis of detected PVY isolates based on NA and AA sequences of coat protein. Methods. ELISA, RT-PCR, DNA sequencing and phylogenetic analysis. Results. PVY...
Gespeichert in:
| Veröffentlicht in: | Вiopolymers and Cell |
|---|---|
| Datum: | 2014 |
| Hauptverfasser: | , , , , |
| Format: | Artikel |
| Sprache: | Englisch |
| Veröffentlicht: |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
2014
|
| Schlagworte: | |
| Online Zugang: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/153797 |
| Tags: |
Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
|
| Назва журналу: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Zitieren: | Nucleotide and amino acid sequences of a coat protein of an Ukrainian isolate of Potato virus Y: comparison with homologous sequences of other isolates and phylogenetic analysis / I.G. Budzanivska, L.P. Ovcharenko, A.V. Kharina, I.I. Boubriak, V.P. Polischuk // Вiopolymers and Cell. — 2014. — Т. 30, № 2. — С. 141-148. — Бібліогр.: 20 назв. — англ. |
Institution
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| _version_ | 1862553946593165312 |
|---|---|
| author | Budzanivska, I.G. Ovcharenko, L.P. Kharina, A.V. Boubriak, I.I. Polischuk, V.P. |
| author_facet | Budzanivska, I.G. Ovcharenko, L.P. Kharina, A.V. Boubriak, I.I. Polischuk, V.P. |
| citation_txt | Nucleotide and amino acid sequences of a coat protein of an Ukrainian isolate of Potato virus Y: comparison with homologous sequences of other isolates and phylogenetic analysis / I.G. Budzanivska, L.P. Ovcharenko, A.V. Kharina, I.I. Boubriak, V.P. Polischuk // Вiopolymers and Cell. — 2014. — Т. 30, № 2. — С. 141-148. — Бібліогр.: 20 назв. — англ. |
| collection | DSpace DC |
| container_title | Вiopolymers and Cell |
| description | Aim. Identification of the widespread Ukrainian isolate(s) of PVY (Potato virus Y) in different potato cultivars and subsequent phylogenetic analysis of detected PVY isolates based on NA and AA sequences of coat protein. Methods. ELISA, RT-PCR, DNA sequencing and phylogenetic analysis. Results. PVY has been identified serologically in potato cultivars of Ukrainian selection. In this work we have optimized a method for total RNA extraction from potato samples and offered a sensitive and specific PCR-based test system of own design for diagnostics of the Ukrainian PVY isolates. Part of the CP gene of the Ukrainian PVY isolate has been sequenced and analyzed phylogenetically. It is demonstrated that the Ukrainian isolate of Potato virus Y (CP gene) has a higher percentage of homology with the recombinant isolates (strains) of this pathogen (approx. 98.8– 99.8 % of homology for both nucleotide and translated amino acid sequences of the CP gene). The Ukrainian isolate of PVY is positioned in the separate cluster together with the isolates found in Syria, Japan and Iran; these isolates possibly have common origin. The Ukrainian PVY isolate is confirmed to be recombinant. Conclusions. This work underlines the need and provides the means for accurate monitoring of Potato virus Y in the agroecosystems of Ukraine. Most importantly, the phylogenetic analysis demonstrated the recombinant nature of this PVY isolate which has been attributed to the strain group O, subclade N:O.
Мета. Виявлення українських ізолятів Y вірусу картоплі (PVY) у різних сортах картоплі і їхній наступний філогенетичного аналіз на основі нуклеотидних і амінокислотних послідовностей білка оболонки. Методи. ІФА, ЗТ-ПЛР, секвенування ДНК і філогенетичний аналіз. Результати. У зразках картоплі вітчизняної селекції методом ІФА ідентифіковано PVY. Оптимізовано процес виділення РНК та розроблено тест-систему на базі ПЛР для діагностики українських ізолятів PVY. Секвеновано ділянку гена капсидного білка українського ізоляту та здійснено філогенетичний аналіз. Встановлено, що зазначений ген демонструє вищий ступінь гомології з генами капсидних білків рекомбінантних ізолятів (штамів) (98,8–99,8 % гомології для нуклеотидних і амінокислотних послідовностей). Український ізолят перебуває в окремому кластері разом з рекомбінантними ізолятами із Сирії, Ірану та Японії і має з ними спільне походження. Висновки. В результаті роботи визначено засоби для точного моніторингу вірусу картоплі в агроекосистемах України. Філогенетичний аналіз продемонстрував рекомбінантну природу досліджуваного ізоляту PVY, який раніше був приписаний до групи штамів О, субклади N:О.
Цель. Выявление украинских изолятов Y вируса картофеля (PVY) в различных сортах картофеля и их последующий филогенетический анализ на основе нуклеотидных и аминокислотных последовательностей белка оболочки. Методы. ИФА, ОТ-ПЦР, секвенирование ДНК и филогенетический анализ. Результаты. В образцах картофеля отечественной селекции методом ИФА идентифицирован PVY. Оптимизирован процесс выделения РНК и разработана тест-система на базе ПЦР для диагностики украинских изолятов PVY. Секвенирован участок гена капсидного белка украинского изолята и проведен филогенетический анализ. Показано, что указанный ген демонстрирует высокую степень гомологии с генами капсидных белков рекомбинантных изолятов (штаммов) (98,8–99,8 % гомологии для нуклеотидных и аминокислотных последовательностей). Украинский изолят находится в отдельном кластере вместе с рекомбинантными изолятами из Сирии, Ирана и Японии и имеет с ними общее происхождение. Выводы. В результате работы определены средства для точного мониторинга вирусов картофеля в агроэкосистемах Украины. Филогенетический анализ продемонстрировал рекомбинантную природу исследуемого изолята PVY, который ранее был приписан к группе штаммов О, субклады N:O.
|
| first_indexed | 2025-11-25T21:26:59Z |
| format | Article |
| fulltext | |
| id | nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-153797 |
| institution | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| issn | 0233-7657 |
| language | English |
| last_indexed | 2025-11-25T21:26:59Z |
| publishDate | 2014 |
| publisher | Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
| record_format | dspace |
| spelling | Budzanivska, I.G. Ovcharenko, L.P. Kharina, A.V. Boubriak, I.I. Polischuk, V.P. 2019-06-14T16:22:44Z 2019-06-14T16:22:44Z 2014 Nucleotide and amino acid sequences of a coat protein of an Ukrainian isolate of Potato virus Y: comparison with homologous sequences of other isolates and phylogenetic analysis / I.G. Budzanivska, L.P. Ovcharenko, A.V. Kharina, I.I. Boubriak, V.P. Polischuk // Вiopolymers and Cell. — 2014. — Т. 30, № 2. — С. 141-148. — Бібліогр.: 20 назв. — англ. 0233-7657 DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.00088D https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/153797 578.85/86 Aim. Identification of the widespread Ukrainian isolate(s) of PVY (Potato virus Y) in different potato cultivars and subsequent phylogenetic analysis of detected PVY isolates based on NA and AA sequences of coat protein. Methods. ELISA, RT-PCR, DNA sequencing and phylogenetic analysis. Results. PVY has been identified serologically in potato cultivars of Ukrainian selection. In this work we have optimized a method for total RNA extraction from potato samples and offered a sensitive and specific PCR-based test system of own design for diagnostics of the Ukrainian PVY isolates. Part of the CP gene of the Ukrainian PVY isolate has been sequenced and analyzed phylogenetically. It is demonstrated that the Ukrainian isolate of Potato virus Y (CP gene) has a higher percentage of homology with the recombinant isolates (strains) of this pathogen (approx. 98.8– 99.8 % of homology for both nucleotide and translated amino acid sequences of the CP gene). The Ukrainian isolate of PVY is positioned in the separate cluster together with the isolates found in Syria, Japan and Iran; these isolates possibly have common origin. The Ukrainian PVY isolate is confirmed to be recombinant. Conclusions. This work underlines the need and provides the means for accurate monitoring of Potato virus Y in the agroecosystems of Ukraine. Most importantly, the phylogenetic analysis demonstrated the recombinant nature of this PVY isolate which has been attributed to the strain group O, subclade N:O. Мета. Виявлення українських ізолятів Y вірусу картоплі (PVY) у різних сортах картоплі і їхній наступний філогенетичного аналіз на основі нуклеотидних і амінокислотних послідовностей білка оболонки. Методи. ІФА, ЗТ-ПЛР, секвенування ДНК і філогенетичний аналіз. Результати. У зразках картоплі вітчизняної селекції методом ІФА ідентифіковано PVY. Оптимізовано процес виділення РНК та розроблено тест-систему на базі ПЛР для діагностики українських ізолятів PVY. Секвеновано ділянку гена капсидного білка українського ізоляту та здійснено філогенетичний аналіз. Встановлено, що зазначений ген демонструє вищий ступінь гомології з генами капсидних білків рекомбінантних ізолятів (штамів) (98,8–99,8 % гомології для нуклеотидних і амінокислотних послідовностей). Український ізолят перебуває в окремому кластері разом з рекомбінантними ізолятами із Сирії, Ірану та Японії і має з ними спільне походження. Висновки. В результаті роботи визначено засоби для точного моніторингу вірусу картоплі в агроекосистемах України. Філогенетичний аналіз продемонстрував рекомбінантну природу досліджуваного ізоляту PVY, який раніше був приписаний до групи штамів О, субклади N:О. Цель. Выявление украинских изолятов Y вируса картофеля (PVY) в различных сортах картофеля и их последующий филогенетический анализ на основе нуклеотидных и аминокислотных последовательностей белка оболочки. Методы. ИФА, ОТ-ПЦР, секвенирование ДНК и филогенетический анализ. Результаты. В образцах картофеля отечественной селекции методом ИФА идентифицирован PVY. Оптимизирован процесс выделения РНК и разработана тест-система на базе ПЦР для диагностики украинских изолятов PVY. Секвенирован участок гена капсидного белка украинского изолята и проведен филогенетический анализ. Показано, что указанный ген демонстрирует высокую степень гомологии с генами капсидных белков рекомбинантных изолятов (штаммов) (98,8–99,8 % гомологии для нуклеотидных и аминокислотных последовательностей). Украинский изолят находится в отдельном кластере вместе с рекомбинантными изолятами из Сирии, Ирана и Японии и имеет с ними общее происхождение. Выводы. В результате работы определены средства для точного мониторинга вирусов картофеля в агроэкосистемах Украины. Филогенетический анализ продемонстрировал рекомбинантную природу исследуемого изолята PVY, который ранее был приписан к группе штаммов О, субклады N:O. en Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Вiopolymers and Cell Viruses and Cell Nucleotide and amino acid sequences of a coat protein of an Ukrainian isolate of Potato virus Y: comparison with homologous sequences of other isolates and phylogenetic analysis Нуклеотидні і амінокислотні послідовності білка оболонки українського ізоляту Y вірусу картоплі:порівняння з гомологічними послідовностями інших ізолятів та філогенетичний аналіз Нуклеотидные и аминокислотные последовательности белка оболочки украинского изолята Y вируса картофеля: сравнение с гомологичными последовательностями других изолятов и филогенетический анализ Article published earlier |
| spellingShingle | Nucleotide and amino acid sequences of a coat protein of an Ukrainian isolate of Potato virus Y: comparison with homologous sequences of other isolates and phylogenetic analysis Budzanivska, I.G. Ovcharenko, L.P. Kharina, A.V. Boubriak, I.I. Polischuk, V.P. Viruses and Cell |
| title | Nucleotide and amino acid sequences of a coat protein of an Ukrainian isolate of Potato virus Y: comparison with homologous sequences of other isolates and phylogenetic analysis |
| title_alt | Нуклеотидні і амінокислотні послідовності білка оболонки українського ізоляту Y вірусу картоплі:порівняння з гомологічними послідовностями інших ізолятів та філогенетичний аналіз Нуклеотидные и аминокислотные последовательности белка оболочки украинского изолята Y вируса картофеля: сравнение с гомологичными последовательностями других изолятов и филогенетический анализ |
| title_full | Nucleotide and amino acid sequences of a coat protein of an Ukrainian isolate of Potato virus Y: comparison with homologous sequences of other isolates and phylogenetic analysis |
| title_fullStr | Nucleotide and amino acid sequences of a coat protein of an Ukrainian isolate of Potato virus Y: comparison with homologous sequences of other isolates and phylogenetic analysis |
| title_full_unstemmed | Nucleotide and amino acid sequences of a coat protein of an Ukrainian isolate of Potato virus Y: comparison with homologous sequences of other isolates and phylogenetic analysis |
| title_short | Nucleotide and amino acid sequences of a coat protein of an Ukrainian isolate of Potato virus Y: comparison with homologous sequences of other isolates and phylogenetic analysis |
| title_sort | nucleotide and amino acid sequences of a coat protein of an ukrainian isolate of potato virus y: comparison with homologous sequences of other isolates and phylogenetic analysis |
| topic | Viruses and Cell |
| topic_facet | Viruses and Cell |
| url | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/153797 |
| work_keys_str_mv | AT budzanivskaig nucleotideandaminoacidsequencesofacoatproteinofanukrainianisolateofpotatovirusycomparisonwithhomologoussequencesofotherisolatesandphylogeneticanalysis AT ovcharenkolp nucleotideandaminoacidsequencesofacoatproteinofanukrainianisolateofpotatovirusycomparisonwithhomologoussequencesofotherisolatesandphylogeneticanalysis AT kharinaav nucleotideandaminoacidsequencesofacoatproteinofanukrainianisolateofpotatovirusycomparisonwithhomologoussequencesofotherisolatesandphylogeneticanalysis AT boubriakii nucleotideandaminoacidsequencesofacoatproteinofanukrainianisolateofpotatovirusycomparisonwithhomologoussequencesofotherisolatesandphylogeneticanalysis AT polischukvp nucleotideandaminoacidsequencesofacoatproteinofanukrainianisolateofpotatovirusycomparisonwithhomologoussequencesofotherisolatesandphylogeneticanalysis AT budzanivskaig nukleotidnííamínokislotníposlídovnostíbílkaobolonkiukraínsʹkogoízolâtuyvírusukartoplíporívnânnâzgomologíčnimiposlídovnostâmiínšihízolâtívtafílogenetičniianalíz AT ovcharenkolp nukleotidnííamínokislotníposlídovnostíbílkaobolonkiukraínsʹkogoízolâtuyvírusukartoplíporívnânnâzgomologíčnimiposlídovnostâmiínšihízolâtívtafílogenetičniianalíz AT kharinaav nukleotidnííamínokislotníposlídovnostíbílkaobolonkiukraínsʹkogoízolâtuyvírusukartoplíporívnânnâzgomologíčnimiposlídovnostâmiínšihízolâtívtafílogenetičniianalíz AT boubriakii nukleotidnííamínokislotníposlídovnostíbílkaobolonkiukraínsʹkogoízolâtuyvírusukartoplíporívnânnâzgomologíčnimiposlídovnostâmiínšihízolâtívtafílogenetičniianalíz AT polischukvp nukleotidnííamínokislotníposlídovnostíbílkaobolonkiukraínsʹkogoízolâtuyvírusukartoplíporívnânnâzgomologíčnimiposlídovnostâmiínšihízolâtívtafílogenetičniianalíz AT budzanivskaig nukleotidnyeiaminokislotnyeposledovatelʹnostibelkaoboločkiukrainskogoizolâtayvirusakartofelâsravneniesgomologičnymiposledovatelʹnostâmidrugihizolâtovifilogenetičeskiianaliz AT ovcharenkolp nukleotidnyeiaminokislotnyeposledovatelʹnostibelkaoboločkiukrainskogoizolâtayvirusakartofelâsravneniesgomologičnymiposledovatelʹnostâmidrugihizolâtovifilogenetičeskiianaliz AT kharinaav nukleotidnyeiaminokislotnyeposledovatelʹnostibelkaoboločkiukrainskogoizolâtayvirusakartofelâsravneniesgomologičnymiposledovatelʹnostâmidrugihizolâtovifilogenetičeskiianaliz AT boubriakii nukleotidnyeiaminokislotnyeposledovatelʹnostibelkaoboločkiukrainskogoizolâtayvirusakartofelâsravneniesgomologičnymiposledovatelʹnostâmidrugihizolâtovifilogenetičeskiianaliz AT polischukvp nukleotidnyeiaminokislotnyeposledovatelʹnostibelkaoboločkiukrainskogoizolâtayvirusakartofelâsravneniesgomologičnymiposledovatelʹnostâmidrugihizolâtovifilogenetičeskiianaliz |