Hydration change on complexation of aromatic ligands with DNA: molecular dynamics simulations
Aim. Analysis of the hydration changes at formation of DNA complexes with biologically active aromatic compounds (BAC): antibiotics actinomycin D, daunomycin, nogalamycin, novantrone and mutagens ethidium bromide and proflavine. Methods. Molecular dynamics simulations. Results. The hydration indexes...
Збережено в:
| Опубліковано в: : | Вiopolymers and Cell |
|---|---|
| Дата: | 2010 |
| Автори: | , , |
| Формат: | Стаття |
| Мова: | Англійська |
| Опубліковано: |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
2010
|
| Теми: | |
| Онлайн доступ: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/153856 |
| Теги: |
Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
|
| Назва журналу: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Цитувати: | Hydration change on complexation of aromatic ligands with DNA: molecular dynamics simulations / V.V. Kostjukov, N.M. Khomutova, M.P. Evstigneev, // Вiopolymers and Cell. — 2010. — Т. 26, № 1. — С. 36-44. — Бібліогр.: 26 назв. — англ, рос. |
Репозитарії
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| _version_ | 1862568289823096832 |
|---|---|
| author | Kostjukov, V.V. Khomutova, N.M. Evstigneev, M.P. |
| author_facet | Kostjukov, V.V. Khomutova, N.M. Evstigneev, M.P. |
| citation_txt | Hydration change on complexation of aromatic ligands with DNA: molecular dynamics simulations / V.V. Kostjukov, N.M. Khomutova, M.P. Evstigneev, // Вiopolymers and Cell. — 2010. — Т. 26, № 1. — С. 36-44. — Бібліогр.: 26 назв. — англ, рос. |
| collection | DSpace DC |
| container_title | Вiopolymers and Cell |
| description | Aim. Analysis of the hydration changes at formation of DNA complexes with biologically active aromatic compounds (BAC): antibiotics actinomycin D, daunomycin, nogalamycin, novantrone and mutagens ethidium bromide and proflavine. Methods. Molecular dynamics simulations. Results. The hydration indexes for double-helical DNA and ligands in a free and complexed states were calculated. A critical analysis of modern ideas about changing water environment at binding of aromatic ligands to DNA was performed. Conclusions. It is shown that upon binding of aromatic BAC with DNA a significant (from 2.6 for novantrone to 13.1 for actinomycin D) liberation of water molecules out of hydration shells with the disruption of hydrogen bonds takes place.
Цель. Исследование изменения гидратации при образовании комплексов с ДНК ароматических биологически активных соединений (БАС): антибиотиков актиномицина D, дауномицина, ногаламицина, новантрона и мутагенов бромистого этидия и профлавина. Методы. Молекулярная динамика. Результаты. Вычислены гидратационные индексы для двуспиральной ДНК и лигандов в свободном состоянии и в составе комплекса. Проведен критический анализ современных представлений об изменении водного окружения при связывании с ДНК ароматических лигандов. Выводы. Показано, что при взаимодействии ароматических БАС с ДНК происходит значительное (от 2,6 для новантрона до 13,1 для актиномицина D) высвобождение молекул воды гидратных оболочек с разрывом водородных связей.
Мета. Дослідження зміни гідратації при утворенні комплексів з ДНК ароматичних біологічно активних сполук (БАС): антибіотиків актиноміцину D, дауноміцину, ногаламіцину, новантрону і мутагенів бромистого етидію і профлавіну. Методи. Молекулярна динаміка. Результати. Обчислено гідратаційні індекси для двоспіральної ДНК і лігандів у вільному стані та у складі комплексу. Проведено критичний аналіз сучасних уявлень щодо зміни водного оточення при зв’язуванні з ДНК ароматичних лігандів. Висновки. Показано, що при взаємодії ароматичних БАС з ДНК відбувається значне (від 2,6 для новантрону до 13,1 для актиноміцину D) вивільнення молекул води гідратних оболонок з розривом водневих зв’язків.
|
| first_indexed | 2025-11-26T01:39:41Z |
| format | Article |
| fulltext | |
| id | nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-153856 |
| institution | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| issn | 0233-7657 |
| language | English |
| last_indexed | 2025-11-26T01:39:41Z |
| publishDate | 2010 |
| publisher | Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
| record_format | dspace |
| spelling | Kostjukov, V.V. Khomutova, N.M. Evstigneev, M.P. 2019-06-14T18:21:47Z 2019-06-14T18:21:47Z 2010 Hydration change on complexation of aromatic ligands with DNA: molecular dynamics simulations / V.V. Kostjukov, N.M. Khomutova, M.P. Evstigneev, // Вiopolymers and Cell. — 2010. — Т. 26, № 1. — С. 36-44. — Бібліогр.: 26 назв. — англ, рос. 0233-7657 DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.000142 https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/153856 577.113:577.32 Aim. Analysis of the hydration changes at formation of DNA complexes with biologically active aromatic compounds (BAC): antibiotics actinomycin D, daunomycin, nogalamycin, novantrone and mutagens ethidium bromide and proflavine. Methods. Molecular dynamics simulations. Results. The hydration indexes for double-helical DNA and ligands in a free and complexed states were calculated. A critical analysis of modern ideas about changing water environment at binding of aromatic ligands to DNA was performed. Conclusions. It is shown that upon binding of aromatic BAC with DNA a significant (from 2.6 for novantrone to 13.1 for actinomycin D) liberation of water molecules out of hydration shells with the disruption of hydrogen bonds takes place. Цель. Исследование изменения гидратации при образовании комплексов с ДНК ароматических биологически активных соединений (БАС): антибиотиков актиномицина D, дауномицина, ногаламицина, новантрона и мутагенов бромистого этидия и профлавина. Методы. Молекулярная динамика. Результаты. Вычислены гидратационные индексы для двуспиральной ДНК и лигандов в свободном состоянии и в составе комплекса. Проведен критический анализ современных представлений об изменении водного окружения при связывании с ДНК ароматических лигандов. Выводы. Показано, что при взаимодействии ароматических БАС с ДНК происходит значительное (от 2,6 для новантрона до 13,1 для актиномицина D) высвобождение молекул воды гидратных оболочек с разрывом водородных связей. Мета. Дослідження зміни гідратації при утворенні комплексів з ДНК ароматичних біологічно активних сполук (БАС): антибіотиків актиноміцину D, дауноміцину, ногаламіцину, новантрону і мутагенів бромистого етидію і профлавіну. Методи. Молекулярна динаміка. Результати. Обчислено гідратаційні індекси для двоспіральної ДНК і лігандів у вільному стані та у складі комплексу. Проведено критичний аналіз сучасних уявлень щодо зміни водного оточення при зв’язуванні з ДНК ароматичних лігандів. Висновки. Показано, що при взаємодії ароматичних БАС з ДНК відбувається значне (від 2,6 для новантрону до 13,1 для актиноміцину D) вивільнення молекул води гідратних оболонок з розривом водневих зв’язків. en Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Вiopolymers and Cell Structure and Function of Biopolymers Hydration change on complexation of aromatic ligands with DNA: molecular dynamics simulations Изменение гидратации при комплексообразовании ароматических лигандов с ДНК: моделирование методом молекулярной динамики Зміна гiдратації при комплексоутворенні ароматичних лiгандів з ДНК: моделювання методом молекулярної динаміки Article published earlier |
| spellingShingle | Hydration change on complexation of aromatic ligands with DNA: molecular dynamics simulations Kostjukov, V.V. Khomutova, N.M. Evstigneev, M.P. Structure and Function of Biopolymers |
| title | Hydration change on complexation of aromatic ligands with DNA: molecular dynamics simulations |
| title_alt | Изменение гидратации при комплексообразовании ароматических лигандов с ДНК: моделирование методом молекулярной динамики Зміна гiдратації при комплексоутворенні ароматичних лiгандів з ДНК: моделювання методом молекулярної динаміки |
| title_full | Hydration change on complexation of aromatic ligands with DNA: molecular dynamics simulations |
| title_fullStr | Hydration change on complexation of aromatic ligands with DNA: molecular dynamics simulations |
| title_full_unstemmed | Hydration change on complexation of aromatic ligands with DNA: molecular dynamics simulations |
| title_short | Hydration change on complexation of aromatic ligands with DNA: molecular dynamics simulations |
| title_sort | hydration change on complexation of aromatic ligands with dna: molecular dynamics simulations |
| topic | Structure and Function of Biopolymers |
| topic_facet | Structure and Function of Biopolymers |
| url | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/153856 |
| work_keys_str_mv | AT kostjukovvv hydrationchangeoncomplexationofaromaticligandswithdnamoleculardynamicssimulations AT khomutovanm hydrationchangeoncomplexationofaromaticligandswithdnamoleculardynamicssimulations AT evstigneevmp hydrationchangeoncomplexationofaromaticligandswithdnamoleculardynamicssimulations AT kostjukovvv izmeneniegidrataciiprikompleksoobrazovaniiaromatičeskihligandovsdnkmodelirovaniemetodommolekulârnoidinamiki AT khomutovanm izmeneniegidrataciiprikompleksoobrazovaniiaromatičeskihligandovsdnkmodelirovaniemetodommolekulârnoidinamiki AT evstigneevmp izmeneniegidrataciiprikompleksoobrazovaniiaromatičeskihligandovsdnkmodelirovaniemetodommolekulârnoidinamiki AT kostjukovvv zmínagidratacííprikompleksoutvorenníaromatičnihligandívzdnkmodelûvannâmetodommolekulârnoídinamíki AT khomutovanm zmínagidratacííprikompleksoutvorenníaromatičnihligandívzdnkmodelûvannâmetodommolekulârnoídinamíki AT evstigneevmp zmínagidratacííprikompleksoutvorenníaromatičnihligandívzdnkmodelûvannâmetodommolekulârnoídinamíki |