Підвищення інформативності зонда на основі ДНК фага М13 при дослідженні геному свині
Пропонується модифікація способу приготування гібридизаційного зонда з використанням ДНКфага M13 за допомогою методу ДНК-фінгерпринту.
Gespeichert in:
| Datum: | 1996 |
|---|---|
| Hauptverfasser: | , , , , |
| Format: | Artikel |
| Sprache: | Ukrainian |
| Veröffentlicht: |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
1996
|
| Schriftenreihe: | Биополимеры и клетка |
| Online Zugang: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/153897 |
| Tags: |
Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
|
| Назва журналу: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Zitieren: | Підвищення інформативності зонда на основі ДНК фага М13 при дослідженні геному свині / К.Ф. Почерняєв, К.Н. Кияниця, Г.Д. Телегєєв, Μ.В. Дибков, С.С. Малюта // Биополимеры и клетка. — 1996. — Т. 12, № 3. — С. 64-66. — Бібліогр.: 12 назв. — укр. |
Institution
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| id |
nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-153897 |
|---|---|
| record_format |
dspace |
| spelling |
nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-1538972025-02-23T17:06:51Z Підвищення інформативності зонда на основі ДНК фага М13 при дослідженні геному свині Повышение информативности зонда на основе ДНК фага M13 при исследовании генома свиньи M13 phage DNA probe informativity rising at studying pig genome Почерняєв, К.Ф. Кияниця, К.Н. Телегєєв, Г.Д. Дибков, М.В. Малюта, С.С. Пропонується модифікація способу приготування гібридизаційного зонда з використанням ДНКфага M13 за допомогою методу ДНК-фінгерпринту. Предлагается модификация способа приготовления гибридизационного зонда с использованием ДНК фага M13 с помощью метода ДНК-фингерпринта. DNA fingerprinting method is used for solving wide spectre of questions in genetics. One of the method's variants is using DNA M13 phage as a hybridization probe, modification of preparing it being proposed. 1996 Article Підвищення інформативності зонда на основі ДНК фага М13 при дослідженні геному свині / К.Ф. Почерняєв, К.Н. Кияниця, Г.Д. Телегєєв, Μ.В. Дибков, С.С. Малюта // Биополимеры и клетка. — 1996. — Т. 12, № 3. — С. 64-66. — Бібліогр.: 12 назв. — укр. 0233-7657 DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.00042F https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/153897 575.1:577.2 uk Биополимеры и клетка application/pdf Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
| institution |
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| collection |
DSpace DC |
| language |
Ukrainian |
| description |
Пропонується модифікація способу приготування гібридизаційного зонда з використанням ДНКфага M13 за допомогою методу ДНК-фінгерпринту. |
| format |
Article |
| author |
Почерняєв, К.Ф. Кияниця, К.Н. Телегєєв, Г.Д. Дибков, М.В. Малюта, С.С. |
| spellingShingle |
Почерняєв, К.Ф. Кияниця, К.Н. Телегєєв, Г.Д. Дибков, М.В. Малюта, С.С. Підвищення інформативності зонда на основі ДНК фага М13 при дослідженні геному свині Биополимеры и клетка |
| author_facet |
Почерняєв, К.Ф. Кияниця, К.Н. Телегєєв, Г.Д. Дибков, М.В. Малюта, С.С. |
| author_sort |
Почерняєв, К.Ф. |
| title |
Підвищення інформативності зонда на основі ДНК фага М13 при дослідженні геному свині |
| title_short |
Підвищення інформативності зонда на основі ДНК фага М13 при дослідженні геному свині |
| title_full |
Підвищення інформативності зонда на основі ДНК фага М13 при дослідженні геному свині |
| title_fullStr |
Підвищення інформативності зонда на основі ДНК фага М13 при дослідженні геному свині |
| title_full_unstemmed |
Підвищення інформативності зонда на основі ДНК фага М13 при дослідженні геному свині |
| title_sort |
підвищення інформативності зонда на основі днк фага м13 при дослідженні геному свині |
| publisher |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
| publishDate |
1996 |
| url |
https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/153897 |
| citation_txt |
Підвищення інформативності зонда на основі ДНК фага М13 при дослідженні геному свині / К.Ф. Почерняєв, К.Н. Кияниця, Г.Д. Телегєєв, Μ.В. Дибков, С.С. Малюта // Биополимеры и клетка. — 1996. — Т. 12, № 3. — С. 64-66. — Бібліогр.: 12 назв. — укр. |
| series |
Биополимеры и клетка |
| work_keys_str_mv |
AT počernâêvkf pídviŝennâínformativnostízondanaosnovídnkfagam13pridoslídžennígenomusviní AT kiânicâkn pídviŝennâínformativnostízondanaosnovídnkfagam13pridoslídžennígenomusviní AT telegêêvgd pídviŝennâínformativnostízondanaosnovídnkfagam13pridoslídžennígenomusviní AT dibkovmv pídviŝennâínformativnostízondanaosnovídnkfagam13pridoslídžennígenomusviní AT malûtass pídviŝennâínformativnostízondanaosnovídnkfagam13pridoslídžennígenomusviní AT počernâêvkf povyšenieinformativnostizondanaosnovednkfagam13priissledovaniigenomasvinʹi AT kiânicâkn povyšenieinformativnostizondanaosnovednkfagam13priissledovaniigenomasvinʹi AT telegêêvgd povyšenieinformativnostizondanaosnovednkfagam13priissledovaniigenomasvinʹi AT dibkovmv povyšenieinformativnostizondanaosnovednkfagam13priissledovaniigenomasvinʹi AT malûtass povyšenieinformativnostizondanaosnovednkfagam13priissledovaniigenomasvinʹi AT počernâêvkf m13phagednaprobeinformativityrisingatstudyingpiggenome AT kiânicâkn m13phagednaprobeinformativityrisingatstudyingpiggenome AT telegêêvgd m13phagednaprobeinformativityrisingatstudyingpiggenome AT dibkovmv m13phagednaprobeinformativityrisingatstudyingpiggenome AT malûtass m13phagednaprobeinformativityrisingatstudyingpiggenome |
| first_indexed |
2025-11-24T02:41:40Z |
| last_indexed |
2025-11-24T02:41:40Z |
| _version_ |
1849637838213087232 |
| fulltext |
ISSN 0233-7657. Биополимеры и клетка. 1996. Т. 12. № 3
Підвищення інформативності зонда на основі ДНК фага
М13 при дослідженні геному свині
К. Ф· Почерняєв*, К. Н. Кияниця1, Г· Д. Телегєєв1, Μ. В. Дибков1,
С. С· Малюта1
Інститут свинарства УAAH
314006 Полтава, вул. Шведська Могила
Институт молекулярної біології і генетики HAH України
252143 Київ, вул. Академіка Заболотного, 150
Пропонується модифікація способу приготування гібридизаційного зонда з вико-
ристанням ДНКфага M13 за допомогою методу ДНК-фінгерпринту.
Вступ. Послідовності ДНК, поліморфізм яких обумовлений різною
кількістю тандемних повторів VNTR [1 ], умовно поділяють на міні- та
мікросателіти. Існує припущення [2] стосовно еволюції мінісателітів із
мікросателітів. Мікросателіти [3] мають розмір повторюваної одиниці 1—10
п. нм мінісателіти [4] — 9—65 п. н. Розмір алельних варіантів складає від
0 до 23 000 п. н. Використання зонда на основі варіабельних послідовностей
та гібридизація у м'яких умовах дозволяють виявляти одночасно споріднені
алелі різних локусів. Складний набір смуг через високу індивідуальну
своєрідність одержав назву ДНК-фінгерпринту. Успадкування алелів
VNTR-локусів відбувається за законами Менделя, алельні варіанти сома-
тично стабільні та селективно нейтральні. Така властивість VNTR-локусів
дозволяє використовувати їх як молекулярно-генетичні маркери.
Для дослідження геному свині за допомогою техніки ДНК-фінгерпринту
застосовували різні багатолокусні зонди: ρΥΝΗ24 і ρΥΝΑ23 [5],
мікросателіти 33.15 і 33.6 [6], що несуть високополіморфну ДНК людини,
тандемний повтор р53 свині та ДНК фага M13 [8]. Як найдоступніший
нами був використаний багатолокусний зонд на основі ДНК фагового
вектора M13mp8. Використання ДНК фага М13 можливе завдяки наявності
у фаговому гені III двох тандемних повторів з коровим мотивом
GAGGGTGGXGGXTCT [9].
За літературними і власними даними, стандартний метод ДНК-
фінгерпринту з використанням ДНК фага М13 дозволяє прослідкувати до
алельних варіантів геному свині, що поступається іншим зондам. Дл
підвищення інформативності даного зонда у ДНК-типуванні свиней намі
було запропоновано модифікацію методу. Суть її полягала у застосувань
гібридизаційного праймера, комплементарного послідовності у положенні
2401—2420 нуклеотидів, що відповідає фланкуючій області фагового гена
III, і розділенні матриці і міченого зонду. У попередніх методах користува-
лися універсальними праймерами, комплементарними полілінкерній об
•Correspondence address.
© Κ. Φ. ПОЧЕРНЯЄВ, Κ. H КИЯНИЦЯ, Γ. Д. ТЕЛЕГЄЄВ, Μ. В. ДИБКОВ, С. С. МАЛЮТА, 1996
64
ПІДВИЩЕННЯ ІНФОРМАТИВНОСТІ ЗОНДА НА ОСНОВІ ДНК Φ АГ Л Ml З
ласті, проводячи мічення добудовою другого ланцюга та залишаючи
вільними тандемні повтори на матриці.
Матеріали і методи. Тварини. Для дослідів були використані свині Sus
scrofa, кнури порід ландрас, дюрос та кнури, свиноматки і поросята великої
білої породи (Станція штучного осіменіння Інституту свинарства, Полтава,
колгосп «Україна», Полтавська область).
ДНК виділяли із периферійної крові за фенольним методом [10], із
сперми кнурів — власним способом [11]. Рестрикцію ДНК проводили з
використанням ендонуклеаз Aluly BsuRI, M s p I , Sau3AI та TagI за умовами
постачальника (НВО «Фермент», Вільнюс).
Електрофоретичне розділення фрагментів ДНК здійснювали в 0,8 %-му
агарозному гелі у буферній системі трис-борат — ЕДТА протягом 48 год.
Напруга становила 2 В/см2 геля. В одну лунку геля наносили в середньому
5—7 мкг ДНК.
Перенос за Саузерном на капронові фільтри проводили в 0,4 M NaOH.
Фрагменти ДНК на капронових фільтрах фіксували протягом 5 хв ульт-
рафіолетовим світлом.
Мічений а-32Р гібридизаційний зонд на основі ДНК фага M13mp8
готували з використанням специфічного гібридизаційного праймера і фраг-
мента Кленова ДНК-полімерази І. Олігонуклеотид зі структурою 5 -
TTCATААТСААААТС був синтезований в Інституті молекулярної біології
та генетики HAH України (Київ). Реакцію добудови ,другого ланцюга
фрагментом Кленова проводили протягом 5 хв і зупиняли додаванням
0,5 M ЕДТА.
Матрицю та синтезований зонд розділяли в 6 %-му акриламідному гелі.
Після одержання радіоавтографу зонд елюювали із геля. Гібридизацію
здійснювали по [12]. Облік фрагментів ДНК за розмірами на
радіоавтографах проводили в діапазоні від 4 до 20 тис. п. н.
Результати і обговорення. Структурна особливість організації VNTR-
локусів вимагає використання ферменту рестрикції, який не порушує
цілісності варіабельних локусів. Придатність тієї чи іншої рестриктази
визначали за здатністю утворювати максимальну кількість смуг на
радіоавтографі. Ефект зміни рестриктази добре виДно при гібридизації у
/ 2 J
/VUC. л; и
4*
Рис. 1. Гібридизація за Саузерном з використанням зонда ДНК фага Ml3 як монолокусної
проби: 1 — ДНК свині гідролізована HinfI; 2, 3 — ДНК, гідролізована AluI (різні особини)
Рис. 2. Фінгерпринт ДНК свиней великої білої породи, одержаний з використанням зонда ДНК
фага М13
65
ПОЧЕРНЯЄВ Κ. Φ ТА IH.
жорстких умовах, за яких зонд ДНК фага M13 «працює» як монолокусна
проба (рис. 1). Так, при заміні HinfI на AluI істотно змінилися розміри
алелей. Для HirtfI це були смуги розміром 4,6 і 6,1 тис. п. н., а для AluI —
дві смуги розміром менше за 2 тис. п. н., тобто вони знаходяться у зоні,
складній. для аналізу. Використання рестриктази MspI дозволило
ідентифікувати найбільшу кількість смуг. Гібридизаційні картини ДНК
свиней представлені на (рис. 2). Для ДНК свиней спостерігалися
індивідуальні особливості гібридизації за числом і розміщенням смуг.
Основна кількість варіабельних фрагментів містилася у діапазоні від 4 до 10
тис. п. н. Максимальну кількість алельних варіантів у вищезазначеному
діапазоні — 24 — мають деякі зразки ДНК свиней великої білої породи.
Таким чином, застосування модифікації методу з використанням
гібридизаційного праймера, комплементарного послідовності фланкуючої
області фагового гена III, і розділення матриці і міченого зонда підвищують
інформативність зонда ДНК фага M13 при дослідженні геному свині.
К Ф. Почерняев, К И. Кияница, Г. Д Телегеев, M. В. Дыбков, С. С. Малюта
Повышение информативности зонда на основе ДНК фага Ml3 при исследовании генома свиньи
Резюме
Предлагается модификация способа приготовления гибридизационного зонда с использованием
ДНК фага M13 с помощью метода ДНК-фингерпринта.
К F. Pochernayev, К I. Kiynitsa, G. D. Telegeev, М. К Dybkov, S. S. Malyuta
Ml3 phage DNA probe informativity rising at studying pig genome
Summary
DNA fingerprinting method is used for solving wide spectre of questions in genetics. One of the method's
variants is using DNA M13 phage as a hybridization probe, modification of preparing it being proposed.
СПИСОК ЛІТЕРАТУРИ
1. Nakamura Y.t Leppert M.t O'Connell P. et ai Variable number of tandem repeat (VNTR)
markers for human gent maching // Science.—1987.—285.—P. 1616—1622.
2. Wright J. M. Mutation at VNTRS: are minisatellites the evolutionary progeny of microsatellites?
/ / Genome.—1994.—37.—P. 345—347.
3. Tautz D. Hypervariability of simple sequences as general source for polymorphic DNA markers
/ / Nucl. Acids Res.—1989.—17.—P. 6463—6471.
4. Jeffreys A. /., Wilson V.t Thein S. L Hypervariable «minisatellite» regions in human DNA / /
Nature.—1985.—314.—P. 67—73.
5. Troyer D. Lt Smith J. E., Leipold H. W. Use of multiallelic human DNA probes to detect
polymorphisms in the porcine genome 11 Amer. J. Vet. Res.—1989.—50, N 3.— P. 479—481.
6. Hillel J., Schaap T.t Haberfeld A et ai DNA fingerprints applied to gene introgression in
breeding programs / / Genetics.—124.—P. 783—789.
7. Coppieters W.t Van de Weghe At Depicker A et al A hypervariable pig DNA fragment 11
Animal Genet.—1990.—21, N 1.—P. 29—38.
8. Рысков A n.t Джынчарадзе А. Г., Просняк Μ. И. и др. Геномная «дактилоскопия»
организмов различных таксономических групп: использование в качестве гибридизацион-
ной пробы ДНК фага М13 / / Генетика.-^988.-24, № 2.—С. 227—238.
9. Vassart G.t Georges M.t Monsieur R. et aL A sequence in M13 phage detects hypervariable
minisatellites in human and animal DNA / / Science.—1987.—235.—P. 683—684.
10. Mathew C. G. P. The isolation of high molecular weight eukaryotic DNA. Methods in molecular
biology / Ed. J. M. Walker.—New York; London: Humana press, 1984.—Vol. 2.—P. 31—34.
11. Почерняев Κ. Φ. Метод виділення ДНК із сперми кнурів / / Свинарство.—1995.—51.—
С. 31—32.
12. Westneat D. F.t Noon W. A, Reeve Η. Kt Aquadro С. F. Improved hybridization conditions
for DNA «fingerprints» probed with M13 / / Nucl. Acids Res.—1988.—16, N 9.— P. 4161.
удк 575.1:577.2 Надійшла до редакції 08.08.95
66
|