Рестрикционные графы и физическое картирование молекул ДНК

Рестрикционные графы и физическое картирование молекул ДНК

Построение физических карт ДНК по данным одиночных и совместных рестрикций приводит к анализу огромного числа гипотез о взаимном расположении сайтов рестрикции. При проверке и отбраковке таких гипотез возникает задача уточнения физических карт, для решения которой вводится понятие рестрикционного гр...

Full description

Saved in:
Bibliographic Details
Published in:Биополимеры и клетка
Date:1988
Main Author: Певзнер, П.А.
Format: Article
Language:Russian
Published: Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 1988
Subjects:
Структура и функции биополимеров
Online Access:https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/154046
Tags: Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
Journal Title:Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
Cite this:Рестрикционные графы и физическое картирование молекул ДНК / П.А. Певзнер // Биополимеры и клетка. — 1988. — Т. 4, № 5. — С. 233-238. — Бібліогр.: 13 назв. — рос.

Institution

Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
id nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-154046
record_format dspace
spelling Певзнер, П.А.
2019-06-15T06:26:10Z
2019-06-15T06:26:10Z
1988
Рестрикционные графы и физическое картирование молекул ДНК / П.А. Певзнер // Биополимеры и клетка. — 1988. — Т. 4, № 5. — С. 233-238. — Бібліогр.: 13 назв. — рос.
0233-7657
DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.000230
https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/154046
577.323:519.852
Построение физических карт ДНК по данным одиночных и совместных рестрикций приводит к анализу огромного числа гипотез о взаимном расположении сайтов рестрикции. При проверке и отбраковке таких гипотез возникает задача уточнения физических карт, для решения которой вводится понятие рестрикционного графа. Это позволяет применить для физического картирования методы дискретной оптимизации и перенести основные проблемы в область построения потоковых алгоритмов. Предложенный подход отбраковывает карты со значительными отклонениями от экспериментальных данных (такие отклонения на отдельных фрагментах возможны при решении задачи методом Шредера—Блаттнера).
Побудова фізичних карт ДНК за даними одиночних і спільних рестрикцій призводить до аналізу величезного числа гіпотез про взаємне розташування сайтів рестрикції. При перевірці та відбракуванні подібних гіпотез виникає завдання уточнення фізичних карт, для вирішення якого вводиться поняття рестрикційного графа. Це дозволяє застосувати для фізичного картування методи дискретної оптимізації та перенести основні проблеми в область побудови потокових алгоритмів. Запропонований підхід відбраковує карти зі значними відхиленнями від експериментальних даних (такі відхилення на окремих фрагментах можливі при вирішенні задачі методом Шредера-Блаттнера).
DNA physical mapping concluded from the single and double restrictions analysis leads to a great variety of hypotheses about order of the sites. The concept of graph of restrictions was introduced for examination and selection of such hypotheses. It allows applying methods of discrete optimization for physical mapping and solving the major problems by maximal flow-minimum cut algorithms. This approach throws away maps with significant deviations from experimental data (such deviations on individual fragments are allowed in the Schroeder-Blattner method).
ru
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
Биополимеры и клетка
Структура и функции биополимеров
Рестрикционные графы и физическое картирование молекул ДНК
Рестрикційні графи і фізичне картування молекул ДНК
Graphs of restrictions and DNA physical mapping
Article
published earlier
institution Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
collection DSpace DC
title Рестрикционные графы и физическое картирование молекул ДНК
spellingShingle Рестрикционные графы и физическое картирование молекул ДНК
Певзнер, П.А.
Структура и функции биополимеров
title_short Рестрикционные графы и физическое картирование молекул ДНК
title_full Рестрикционные графы и физическое картирование молекул ДНК
title_fullStr Рестрикционные графы и физическое картирование молекул ДНК
title_full_unstemmed Рестрикционные графы и физическое картирование молекул ДНК
title_sort рестрикционные графы и физическое картирование молекул днк
author Певзнер, П.А.
author_facet Певзнер, П.А.
topic Структура и функции биополимеров
topic_facet Структура и функции биополимеров
publishDate 1988
language Russian
container_title Биополимеры и клетка
publisher Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
format Article
title_alt Рестрикційні графи і фізичне картування молекул ДНК
Graphs of restrictions and DNA physical mapping
description Построение физических карт ДНК по данным одиночных и совместных рестрикций приводит к анализу огромного числа гипотез о взаимном расположении сайтов рестрикции. При проверке и отбраковке таких гипотез возникает задача уточнения физических карт, для решения которой вводится понятие рестрикционного графа. Это позволяет применить для физического картирования методы дискретной оптимизации и перенести основные проблемы в область построения потоковых алгоритмов. Предложенный подход отбраковывает карты со значительными отклонениями от экспериментальных данных (такие отклонения на отдельных фрагментах возможны при решении задачи методом Шредера—Блаттнера). Побудова фізичних карт ДНК за даними одиночних і спільних рестрикцій призводить до аналізу величезного числа гіпотез про взаємне розташування сайтів рестрикції. При перевірці та відбракуванні подібних гіпотез виникає завдання уточнення фізичних карт, для вирішення якого вводиться поняття рестрикційного графа. Це дозволяє застосувати для фізичного картування методи дискретної оптимізації та перенести основні проблеми в область побудови потокових алгоритмів. Запропонований підхід відбраковує карти зі значними відхиленнями від експериментальних даних (такі відхилення на окремих фрагментах можливі при вирішенні задачі методом Шредера-Блаттнера). DNA physical mapping concluded from the single and double restrictions analysis leads to a great variety of hypotheses about order of the sites. The concept of graph of restrictions was introduced for examination and selection of such hypotheses. It allows applying methods of discrete optimization for physical mapping and solving the major problems by maximal flow-minimum cut algorithms. This approach throws away maps with significant deviations from experimental data (such deviations on individual fragments are allowed in the Schroeder-Blattner method).
issn 0233-7657
url https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/154046
citation_txt Рестрикционные графы и физическое картирование молекул ДНК / П.А. Певзнер // Биополимеры и клетка. — 1988. — Т. 4, № 5. — С. 233-238. — Бібліогр.: 13 назв. — рос.
work_keys_str_mv AT pevznerpa restrikcionnyegrafyifizičeskoekartirovaniemolekuldnk
AT pevznerpa restrikcíinígrafiífízičnekartuvannâmolekuldnk
AT pevznerpa graphsofrestrictionsanddnaphysicalmapping
first_indexed 2025-12-07T13:30:25Z
last_indexed 2025-12-07T13:30:25Z
_version_ 1850856413836869632

Similar Items