Метод поиска структурных мотивов в аминокислотных последовательностях программа «site» пакета «GenBee»

• Date: 1990
• Main Authors: Кунин, Е.В., Чумаков, К.М., Горбаленя, А.Е.
• Format: Article
• Language: Russian
• Published: Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 1990
• Series: Биополимеры и клетка
• Online Access: https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/154121
• Journal Title: Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
• Cite this: Метод поиска структурных мотивов в аминокислотных последовательностях программа «site» пакета «GenBee» / Е.В. Кунин, К.М. Чумаков, А.Е. Горбаленя // Биополимеры и клетка. — 1990. — Т. 6, № 6. — С. 42-48. — Бібліогр.: 9 назв. — рос.

Предложен метод поиска структурных мотивов в аминокислотных последовательностях, основанный на построении частотного профиля группы выравненных фрагментов последовательностей. На примере сканирования банка аминокислотных последовательностей мотивом, характерным для широкого класса NTР-связывающих белков, рассмотрена работа программы «SITE», написанной на основе предложенного алгоритма. Продемонстрированы преимущества предложенного подхода по сравнению со стандартными программами поиска паттернов в отношении полноты и избирательности извлечения из банка последовательностей, содержащих участки, сходные с рассматриваемым мотивом. Представлена предположительная идентификация NTP-связывающих центров в нескольких белках, где они ранее не были обнаружены. Обсуждается применение разработанного алгоритма для классификации банков аминокислотных последовательностей.