Метод поиска структурных мотивов в аминокислотных последовательностях программа «site» пакета «GenBee»
Предложен метод поиска структурных мотивов в аминокислотных последовательностях, основанный на построении частотного профиля группы выравненных фрагментов последовательностей. На примере сканирования банка аминокислотных последовательностей мотивом, характерным для широкого класса NTР-связывающих бе...
Збережено в:
| Опубліковано в: : | Биополимеры и клетка |
|---|---|
| Дата: | 1990 |
| Автори: | , , |
| Формат: | Стаття |
| Мова: | Російська |
| Опубліковано: |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
1990
|
| Онлайн доступ: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/154121 |
| Теги: |
Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
|
| Назва журналу: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Цитувати: | Метод поиска структурных мотивов в аминокислотных последовательностях программа «site» пакета «GenBee» / Е.В. Кунин, К.М. Чумаков, А.Е. Горбаленя // Биополимеры и клетка. — 1990. — Т. 6, № 6. — С. 42-48. — Бібліогр.: 9 назв. — рос. |
Репозитарії
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| _version_ | 1862537624974000128 |
|---|---|
| author | Кунин, Е.В. Чумаков, К.М. Горбаленя, А.Е. |
| author_facet | Кунин, Е.В. Чумаков, К.М. Горбаленя, А.Е. |
| citation_txt | Метод поиска структурных мотивов в аминокислотных последовательностях программа «site» пакета «GenBee» / Е.В. Кунин, К.М. Чумаков, А.Е. Горбаленя // Биополимеры и клетка. — 1990. — Т. 6, № 6. — С. 42-48. — Бібліогр.: 9 назв. — рос. |
| collection | DSpace DC |
| container_title | Биополимеры и клетка |
| description | Предложен метод поиска структурных мотивов в аминокислотных последовательностях, основанный на построении частотного профиля группы выравненных фрагментов последовательностей. На примере сканирования банка аминокислотных последовательностей мотивом, характерным для широкого класса NTР-связывающих белков, рассмотрена работа программы «SITE», написанной на основе предложенного алгоритма. Продемонстрированы преимущества предложенного подхода по сравнению со стандартными программами поиска паттернов в отношении полноты и избирательности извлечения из банка последовательностей, содержащих участки, сходные с рассматриваемым мотивом. Представлена предположительная идентификация NTP-связывающих центров в нескольких белках, где они ранее не были обнаружены. Обсуждается применение разработанного алгоритма для классификации банков аминокислотных последовательностей.
Запропоновано метод пошуку структурних мотивів у амінокислотних послідовностях, заснований на побудові частотного профілю групи вирівняних фрагментів послідовностей. На прикладі сканування банку амінокислотних послідовностей мотивом, характерним для широкого класу NTР-зв’язувальних білків, розглянуто роботу програми «SITE», написаної на основі запропонованого алгоритму. Продемонстровано переваги запропонованого підходу порівняно зі стандартними програмами пошуку патернів щодо повноти і вибірковості вилучення з банку послідовностей, які містять ділянки, подібні до розглянутого мотиву. Представлено прогнозовану ідентифікацію NTP-зв’язувальних центрів у декількох білках, де вони раніше не були виявлені. Обговорюється застосування розробленого алгоритму для класифікації банків амінокислотних послідовностей.
A method is suggested to search for the structure motifs in amino acid sequences, based on their scanning by frequency profiles generated from aligned sequence segments. The program «SITE» implementing the proposed algorithm is discussed, exemplified by the search of an amino acid sequence database for the motif typical of a vast class of purine NTP-binding proteins. The superiorities of the proposed approach as compared to standard pattern-searching routines is demonstrated with respect to selectivity and completeness of extraction of relevant sequences.
|
| first_indexed | 2025-11-24T11:44:44Z |
| format | Article |
| fulltext | |
| id | nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-154121 |
| institution | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| issn | 0233-7657 |
| language | Russian |
| last_indexed | 2025-11-24T11:44:44Z |
| publishDate | 1990 |
| publisher | Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
| record_format | dspace |
| spelling | Кунин, Е.В. Чумаков, К.М. Горбаленя, А.Е. 2019-06-15T08:08:52Z 2019-06-15T08:08:52Z 1990 Метод поиска структурных мотивов в аминокислотных последовательностях программа «site» пакета «GenBee» / Е.В. Кунин, К.М. Чумаков, А.Е. Горбаленя // Биополимеры и клетка. — 1990. — Т. 6, № 6. — С. 42-48. — Бібліогр.: 9 назв. — рос. 0233-7657 DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.00029E https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/154121 577.112 Предложен метод поиска структурных мотивов в аминокислотных последовательностях, основанный на построении частотного профиля группы выравненных фрагментов последовательностей. На примере сканирования банка аминокислотных последовательностей мотивом, характерным для широкого класса NTР-связывающих белков, рассмотрена работа программы «SITE», написанной на основе предложенного алгоритма. Продемонстрированы преимущества предложенного подхода по сравнению со стандартными программами поиска паттернов в отношении полноты и избирательности извлечения из банка последовательностей, содержащих участки, сходные с рассматриваемым мотивом. Представлена предположительная идентификация NTP-связывающих центров в нескольких белках, где они ранее не были обнаружены. Обсуждается применение разработанного алгоритма для классификации банков аминокислотных последовательностей. Запропоновано метод пошуку структурних мотивів у амінокислотних послідовностях, заснований на побудові частотного профілю групи вирівняних фрагментів послідовностей. На прикладі сканування банку амінокислотних послідовностей мотивом, характерним для широкого класу NTР-зв’язувальних білків, розглянуто роботу програми «SITE», написаної на основі запропонованого алгоритму. Продемонстровано переваги запропонованого підходу порівняно зі стандартними програмами пошуку патернів щодо повноти і вибірковості вилучення з банку послідовностей, які містять ділянки, подібні до розглянутого мотиву. Представлено прогнозовану ідентифікацію NTP-зв’язувальних центрів у декількох білках, де вони раніше не були виявлені. Обговорюється застосування розробленого алгоритму для класифікації банків амінокислотних послідовностей. A method is suggested to search for the structure motifs in amino acid sequences, based on their scanning by frequency profiles generated from aligned sequence segments. The program «SITE» implementing the proposed algorithm is discussed, exemplified by the search of an amino acid sequence database for the motif typical of a vast class of purine NTP-binding proteins. The superiorities of the proposed approach as compared to standard pattern-searching routines is demonstrated with respect to selectivity and completeness of extraction of relevant sequences. Авторы глубоко признательны разработчикам пакета «GENBEE»
 Л. И. Бродскому, A. Л. Драчеву и Р. Л. Татузову за всестороннюю поддержку в работе; А. С. Кондрашову — за ценные замечания, сделанные
 при обсуждении описанного алгоритма, а также Μ. Н. Линьковой — за
 техническую помощь. ru Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Биополимеры и клетка Метод поиска структурных мотивов в аминокислотных последовательностях программа «site» пакета «GenBee» Метод пошуку структурних мотивів у амінокислотних послідовностях (програма «site» пакету «GenBee») A method for search of structure motifs in amlnoacid sequences program site of the GenBee package Article published earlier |
| spellingShingle | Метод поиска структурных мотивов в аминокислотных последовательностях программа «site» пакета «GenBee» Кунин, Е.В. Чумаков, К.М. Горбаленя, А.Е. |
| title | Метод поиска структурных мотивов в аминокислотных последовательностях программа «site» пакета «GenBee» |
| title_alt | Метод пошуку структурних мотивів у амінокислотних послідовностях (програма «site» пакету «GenBee») A method for search of structure motifs in amlnoacid sequences program site of the GenBee package |
| title_full | Метод поиска структурных мотивов в аминокислотных последовательностях программа «site» пакета «GenBee» |
| title_fullStr | Метод поиска структурных мотивов в аминокислотных последовательностях программа «site» пакета «GenBee» |
| title_full_unstemmed | Метод поиска структурных мотивов в аминокислотных последовательностях программа «site» пакета «GenBee» |
| title_short | Метод поиска структурных мотивов в аминокислотных последовательностях программа «site» пакета «GenBee» |
| title_sort | метод поиска структурных мотивов в аминокислотных последовательностях программа «site» пакета «genbee» |
| url | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/154121 |
| work_keys_str_mv | AT kuninev metodpoiskastrukturnyhmotivovvaminokislotnyhposledovatelʹnostâhprogrammasitepaketagenbee AT čumakovkm metodpoiskastrukturnyhmotivovvaminokislotnyhposledovatelʹnostâhprogrammasitepaketagenbee AT gorbalenâae metodpoiskastrukturnyhmotivovvaminokislotnyhposledovatelʹnostâhprogrammasitepaketagenbee AT kuninev metodpošukustrukturnihmotivívuamínokislotnihposlídovnostâhprogramasitepaketugenbee AT čumakovkm metodpošukustrukturnihmotivívuamínokislotnihposlídovnostâhprogramasitepaketugenbee AT gorbalenâae metodpošukustrukturnihmotivívuamínokislotnihposlídovnostâhprogramasitepaketugenbee AT kuninev amethodforsearchofstructuremotifsinamlnoacidsequencesprogramsiteofthegenbeepackage AT čumakovkm amethodforsearchofstructuremotifsinamlnoacidsequencesprogramsiteofthegenbeepackage AT gorbalenâae amethodforsearchofstructuremotifsinamlnoacidsequencesprogramsiteofthegenbeepackage |