Mass-spectrometric and bioinformatic analysis of eEF1Bγ interactome in the cytoplasmic fraction of A549 cells
Aim. To study protein networks containing the translation elongation factor eEF1B gamma (eEF1Bγ) in lung carcinoma cells. Methods. The protein partners of eEF1Bγ in the cytoplasmic fraction of human lung adenocarcinoma A549 cells were identified by co-immunoprecipitation (co-IP) followed by subseque...
Saved in:
| Published in: | Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
|---|---|
| Date: | 2018 |
| Main Authors: | , , , , |
| Format: | Article |
| Language: | English |
| Published: |
2018
|
| Subjects: | |
| Online Access: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/154275 |
| Tags: |
Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
|
| Journal Title: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Cite this: | Mass-spectrometric and bioinformatic analysis of eEF1Bγ interactome in the cytoplasmic fraction of A549 cells / L.M. Kapustian, I.L. Lysetsky, T.V. Bondarchuk, O.V. Novosylna, B.S. Negrutskii // Вiopolymers and Cell. — 2018. — Т. 34, № 4. — С. 292-302. — Бібліогр.: 43 назв. — англ. |
Institution
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| id |
nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-154275 |
|---|---|
| record_format |
dspace |
| spelling |
Kapustian, L.M. Lysetsky, I.L. Bondarchuk, T.V. Novosylna, O.V. Negrutskii, B.S. 2019-06-15T12:14:33Z 2019-06-15T12:14:33Z 2018 Mass-spectrometric and bioinformatic analysis of eEF1Bγ interactome in the cytoplasmic fraction of A549 cells / L.M. Kapustian, I.L. Lysetsky, T.V. Bondarchuk, O.V. Novosylna, B.S. Negrutskii // Вiopolymers and Cell. — 2018. — Т. 34, № 4. — С. 292-302. — Бібліогр.: 43 назв. — англ. 0233-7657 DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.000982 https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/154275 577.217.535 + 577.322.23 Aim. To study protein networks containing the translation elongation factor eEF1B gamma (eEF1Bγ) in lung carcinoma cells. Methods. The protein partners of eEF1Bγ in the cytoplasmic fraction of human lung adenocarcinoma A549 cells were identified by co-immunoprecipitation (co-IP) followed by subsequent liquid chromatography-tandem mass spectrometry (LC-MS/MS). The protein interaction network for eEF1Bγ was determined by a Cytoscape 3.2.0 program using a MCODE plugin. Results. 222 high-scored proteins interacting with eEF1Bγ in the cytoplasm of A549 cells have been identified. Possible functional networks involving these protein-protein interactions were predicted using bioinformatic approaches. Conclusions. Five protein networks were identified as possible targets of eEF1Bγ in lung cancer cells. Apart from translation, eEF1Bγγ was shown to be potentially involved in cell cycle regulation, nucleosome remodeling, transcription, mRNA splicing and processing, and oxidative stress response. Мета. Виявити білкові мережі, до яких може входити фактор елонгації трансляції eEF1Bγ в клітинах карциноми легені. Методи. Білки-партнери eEF1Bγ у цитоплазматичній фракції клітин аденокарциноми легені людини А549 були ідентифіковані за допомогою ко-іммунопреципітації із наступною рідинною хроматографією та тандемною мас-спектрометрією (LC-MS/MS). Білкові мережі, до яких входить eEF1Bγ, визначали за допомогою програми Cytoscape 3.2.0 із плагіном MCODE. Результати. Ідентифіковано 222 білки-партнери eEF1Bγ в цитоплазматичній фракції клітин А549. Функціональні мережі, які можуть формуватися цими білками, були визначені біоінформатично. Висновки. На основі експериментальних даних винайдено п’ять білкових мереж, у яких може брати участь eEF1Bγ в клітинах аденокарциноми легені людини. Показано, що крім трансляційних компонентів, ці мережі формуються білками, задіяними у регуляції клітинного циклу, ремоделюванні нуклеосом, транскрипції, сплайсингу і процесінгу мРНК та клітинної відповіді на оксидативний стрес. Цель. Выявить белковые сети, членом которых может быть фактор элонгации трансляции eEF1Bγ в клетках карциномы легкого. Методы. С помощью ко-иммунопреципитации с последующей жидкостной хроматографией и тандемной масс-спектрометрией были идентифицированы белки-партнеры eEF1Bγ в цитоплазматической фракции клеток аденокарциномы легкого людини А549. Белковые сети, в состав которых входит eEF1Bγ, определяли с помощью программы Cytoscape 3.2.0 с плагином MCODE. Результаты. Идентифицированы 222 белка-партнера eEF1Bγ в цитоплазматической фракции клеток А549. Функциональные сети, которые могут формироваться этими белками, были определены биоинформатически. Выводы. На основании экспериментальных данных найдено пять белкових сетей, в которых может участвовать eEF1Bγ в клетках аденокарциномы легкого человека. Показано, что кроме трансляционных компонентов, эти сети формируются белками, задействованными в регуляции клеточного цикла, ремоделировании нуклеосом, транскрипции, сплайсинга и процессинга мРНК и клеточного ответа на оксидативный стресс. en Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Вiopolymers and Cell Structure and Function of Biopolymers Mass-spectrometric and bioinformatic analysis of eEF1Bγ interactome in the cytoplasmic fraction of A549 cells Мас-спектрометричний та біоінформаційний аналіз інтерактома eEF1Bγ в цитоплазматичній фракції клітин A549 Мас-спектрометрический и биоинформационный анализ интерактома eEF1Bγ в цитоплазматической фракции клеток A549 Article published earlier |
| institution |
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| collection |
DSpace DC |
| title |
Mass-spectrometric and bioinformatic analysis of eEF1Bγ interactome in the cytoplasmic fraction of A549 cells |
| spellingShingle |
Mass-spectrometric and bioinformatic analysis of eEF1Bγ interactome in the cytoplasmic fraction of A549 cells Kapustian, L.M. Lysetsky, I.L. Bondarchuk, T.V. Novosylna, O.V. Negrutskii, B.S. Structure and Function of Biopolymers |
| title_short |
Mass-spectrometric and bioinformatic analysis of eEF1Bγ interactome in the cytoplasmic fraction of A549 cells |
| title_full |
Mass-spectrometric and bioinformatic analysis of eEF1Bγ interactome in the cytoplasmic fraction of A549 cells |
| title_fullStr |
Mass-spectrometric and bioinformatic analysis of eEF1Bγ interactome in the cytoplasmic fraction of A549 cells |
| title_full_unstemmed |
Mass-spectrometric and bioinformatic analysis of eEF1Bγ interactome in the cytoplasmic fraction of A549 cells |
| title_sort |
mass-spectrometric and bioinformatic analysis of eef1bγ interactome in the cytoplasmic fraction of a549 cells |
| author |
Kapustian, L.M. Lysetsky, I.L. Bondarchuk, T.V. Novosylna, O.V. Negrutskii, B.S. |
| author_facet |
Kapustian, L.M. Lysetsky, I.L. Bondarchuk, T.V. Novosylna, O.V. Negrutskii, B.S. |
| topic |
Structure and Function of Biopolymers |
| topic_facet |
Structure and Function of Biopolymers |
| publishDate |
2018 |
| language |
English |
| container_title |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
| format |
Article |
| title_alt |
Мас-спектрометричний та біоінформаційний аналіз інтерактома eEF1Bγ в цитоплазматичній фракції клітин A549 Мас-спектрометрический и биоинформационный анализ интерактома eEF1Bγ в цитоплазматической фракции клеток A549 |
| description |
Aim. To study protein networks containing the translation elongation factor eEF1B gamma (eEF1Bγ) in lung carcinoma cells. Methods. The protein partners of eEF1Bγ in the cytoplasmic fraction of human lung adenocarcinoma A549 cells were identified by co-immunoprecipitation (co-IP) followed by subsequent liquid chromatography-tandem mass spectrometry (LC-MS/MS). The protein interaction network for eEF1Bγ was determined by a Cytoscape 3.2.0 program using a MCODE plugin. Results. 222 high-scored proteins interacting with eEF1Bγ in the cytoplasm of A549 cells have been identified. Possible functional networks involving these protein-protein interactions were predicted using bioinformatic approaches. Conclusions. Five protein networks were identified as possible targets of eEF1Bγ in lung cancer cells. Apart from translation, eEF1Bγγ was shown to be potentially involved in cell cycle regulation, nucleosome remodeling, transcription, mRNA splicing and processing, and oxidative stress response.
Мета. Виявити білкові мережі, до яких може входити фактор елонгації трансляції eEF1Bγ в клітинах карциноми легені. Методи. Білки-партнери eEF1Bγ у цитоплазматичній фракції клітин аденокарциноми легені людини А549 були ідентифіковані за допомогою ко-іммунопреципітації із наступною рідинною хроматографією та тандемною мас-спектрометрією (LC-MS/MS). Білкові мережі, до яких входить eEF1Bγ, визначали за допомогою програми Cytoscape 3.2.0 із плагіном MCODE. Результати. Ідентифіковано 222 білки-партнери eEF1Bγ в цитоплазматичній фракції клітин А549. Функціональні мережі, які можуть формуватися цими білками, були визначені біоінформатично. Висновки. На основі експериментальних даних винайдено п’ять білкових мереж, у яких може брати участь eEF1Bγ в клітинах аденокарциноми легені людини. Показано, що крім трансляційних компонентів, ці мережі формуються білками, задіяними у регуляції клітинного циклу, ремоделюванні нуклеосом, транскрипції, сплайсингу і процесінгу мРНК та клітинної відповіді на оксидативний стрес.
Цель. Выявить белковые сети, членом которых может быть фактор элонгации трансляции eEF1Bγ в клетках карциномы легкого. Методы. С помощью ко-иммунопреципитации с последующей жидкостной хроматографией и тандемной масс-спектрометрией были идентифицированы белки-партнеры eEF1Bγ в цитоплазматической фракции клеток аденокарциномы легкого людини А549. Белковые сети, в состав которых входит eEF1Bγ, определяли с помощью программы Cytoscape 3.2.0 с плагином MCODE. Результаты. Идентифицированы 222 белка-партнера eEF1Bγ в цитоплазматической фракции клеток А549. Функциональные сети, которые могут формироваться этими белками, были определены биоинформатически. Выводы. На основании экспериментальных данных найдено пять белкових сетей, в которых может участвовать eEF1Bγ в клетках аденокарциномы легкого человека. Показано, что кроме трансляционных компонентов, эти сети формируются белками, задействованными в регуляции клеточного цикла, ремоделировании нуклеосом, транскрипции, сплайсинга и процессинга мРНК и клеточного ответа на оксидативный стресс.
|
| issn |
0233-7657 |
| url |
https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/154275 |
| citation_txt |
Mass-spectrometric and bioinformatic analysis of eEF1Bγ interactome in the cytoplasmic fraction of A549 cells / L.M. Kapustian, I.L. Lysetsky, T.V. Bondarchuk, O.V. Novosylna, B.S. Negrutskii // Вiopolymers and Cell. — 2018. — Т. 34, № 4. — С. 292-302. — Бібліогр.: 43 назв. — англ. |
| work_keys_str_mv |
AT kapustianlm massspectrometricandbioinformaticanalysisofeef1bγinteractomeinthecytoplasmicfractionofa549cells AT lysetskyil massspectrometricandbioinformaticanalysisofeef1bγinteractomeinthecytoplasmicfractionofa549cells AT bondarchuktv massspectrometricandbioinformaticanalysisofeef1bγinteractomeinthecytoplasmicfractionofa549cells AT novosylnaov massspectrometricandbioinformaticanalysisofeef1bγinteractomeinthecytoplasmicfractionofa549cells AT negrutskiibs massspectrometricandbioinformaticanalysisofeef1bγinteractomeinthecytoplasmicfractionofa549cells AT kapustianlm masspektrometričniitabíoínformacíiniianalízínteraktomaeef1bγvcitoplazmatičníifrakcííklítina549 AT lysetskyil masspektrometričniitabíoínformacíiniianalízínteraktomaeef1bγvcitoplazmatičníifrakcííklítina549 AT bondarchuktv masspektrometričniitabíoínformacíiniianalízínteraktomaeef1bγvcitoplazmatičníifrakcííklítina549 AT novosylnaov masspektrometričniitabíoínformacíiniianalízínteraktomaeef1bγvcitoplazmatičníifrakcííklítina549 AT negrutskiibs masspektrometričniitabíoínformacíiniianalízínteraktomaeef1bγvcitoplazmatičníifrakcííklítina549 AT kapustianlm masspektrometričeskiiibioinformacionnyianalizinteraktomaeef1bγvcitoplazmatičeskoifrakciikletoka549 AT lysetskyil masspektrometričeskiiibioinformacionnyianalizinteraktomaeef1bγvcitoplazmatičeskoifrakciikletoka549 AT bondarchuktv masspektrometričeskiiibioinformacionnyianalizinteraktomaeef1bγvcitoplazmatičeskoifrakciikletoka549 AT novosylnaov masspektrometričeskiiibioinformacionnyianalizinteraktomaeef1bγvcitoplazmatičeskoifrakciikletoka549 AT negrutskiibs masspektrometričeskiiibioinformacionnyianalizinteraktomaeef1bγvcitoplazmatičeskoifrakciikletoka549 |
| first_indexed |
2025-12-07T20:01:28Z |
| last_indexed |
2025-12-07T20:01:28Z |
| _version_ |
1850881017139691520 |