Genetic and epigenetic alterations of human chromosome 3, investigated by NotI-microarrays in seven types of epithelial cancers
Aim. To identify common and specific genetic/epigenetic changes of human chromosome 3, using the data of NotI-microarrays in seven types of epithelial cancers. Methods. We used descriptive statistics for the comparative analysis of NotI-microarray data from seven types of epithelial cancers. Results...
Gespeichert in:
| Veröffentlicht in: | Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
|---|---|
| Datum: | 2018 |
| Hauptverfasser: | , , |
| Format: | Artikel |
| Sprache: | English |
| Veröffentlicht: |
2018
|
| Schlagworte: | |
| Online Zugang: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/154277 |
| Tags: |
Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
|
| Назва журналу: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Zitieren: | Genetic and epigenetic alterations of human chromosome 3, investigated by NotI-microarrays in seven types of epithelial cancers / G.V. Gerashchenko, V.V. Gordiyuk, V.I. Kashuba // Вiopolymers and Cell. — 2018. — Т. 34, № 4. — С. 303-312. — Бібліогр.: 37 назв. — англ. |
Institution
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| id |
nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-154277 |
|---|---|
| record_format |
dspace |
| spelling |
Gerashchenko, G.V. Gordiyuk, V.V. Kashuba, V.I. 2019-06-15T12:15:25Z 2019-06-15T12:15:25Z 2018 Genetic and epigenetic alterations of human chromosome 3, investigated by NotI-microarrays in seven types of epithelial cancers / G.V. Gerashchenko, V.V. Gordiyuk, V.I. Kashuba // Вiopolymers and Cell. — 2018. — Т. 34, № 4. — С. 303-312. — Бібліогр.: 37 назв. — англ. 0233-7657 DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.000983 https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/154277 577.218+616.65 Aim. To identify common and specific genetic/epigenetic changes of human chromosome 3, using the data of NotI-microarrays in seven types of epithelial cancers. Methods. We used descriptive statistics for the comparative analysis of NotI-microarray data from seven types of epithelial cancers. Results. The analysis of the NotI-microarrays showed significant changes (deletion or methylation) in 74 genes/loci in seven different epithelial cancers, namely colorectal, ovarian, renal, lung, breast, cervical and prostate. Five genes from the 3p14-3p24 region (FOXP1, LRRC3B, NKiRAS1, RBSP3, ZIC4) were altered in all cancer types. For fifteen genes, deletion/methylation was found in a majority of tumors. For example, ITGA9, GORASP1, IQSEC1, CGGBP1, NBEAL2 and VHL are localized in the 3p12-3p26 region; PPP2R3A, FGF12, ALDH1L1, GATA2 and PLCL2 are localized the 3q13-3q28 region. Twenty-two genes out of 74 studied showed alterations specific for a single type of tumor. The largest number, 13 genes/loci was found in the prostate cancer. This suggests specific mechanisms of prostate cancer development. Conclusions. NotI-microarrays for human chromosome 3 allowed to identify several common genetic/epigenetic alterations and also tumor-specific changes in seven types of epithelial cancer. Мета. Знайти загальні та специфічні генетичні / епігенетичні зміни хромосоми людини 3, за допомогою NotI-мікропанелей у епітеліальних новоутвореннях семи різних локалізацій. Методи. Було використано методи дескриптивної статистики для порівняльного аналізу даних NotI-мікропанелей у семи локалізаціях злоякісних пухлин. Результати. Порівняльний аналіз даних NotI-мікропанелей показав значні зміни / метилування 74 генів / локусів у семи локалізаціях раку (товстої кишки, яєчників, нирок, легенів, молочних залоз, шийки матки, передміхурової залози). П’ять генів мають зміни у всіх 7 типах раку (FOXP1, LRRC3B, NKiRAS1, RBSP3, ZIC4). Вони були в основному з 3p14-3p24 регіону. П’ятнадцять генів мають делецію / метилювання в 6 та 5 локалізаціях раку. Серед них гени/локуси розташовані приблизно у 3p12-3p26 регіоні (ITGA9, GORASP1, IQSEC1, CGGBP1, NBEAL2, VHL), 3q13-3q28 регіоні (PPP2R3A, FGF12, ALDH1L1, GATA2, PLCL2). Двадцять два гени з 74 мають зміни тільки в одній локалізації раку. Переважна кількість їх (13 генів / локусів) зустрічається для раку передміхурової залози. Це може свідчити про специфічні механізми канцерогенезу передміхурової залози, які відрізняються від інших локалізацій. Висновки. Аналіз та узагальнення даних NotI- мікропанелей хромосоми 3 людини показали, як кілька загальних змін раку серед семи локалізацій раку, так і деякі специфічні пухлинні зміни, які могли б характеризувати особливі канцерогенезу певного виду пухлин. Цель. Установить общие и специфичные для опухолей генетические / эпигенетические изменения хромосомы 3 человека с помощью NotI-микропанелей в эпителиальных новобразованиях при семи различных локализациях. Методы. Были использованы методы дескриптивной статистики для сравнительного анализа данных NotI-микропанелей в семи локализациях злокачественых опухолей. Результаты. Анализ NotI-микропанелей показал значительные изменения делеции / метилирования 74 генов / локусов в семи локализациях рака (толстой кишки, яичника, почек, легких, груди, шейки матки, предстательной железы). Пять генов имеют изменения во всех 7 типах рака (FOXP1, LRRC3B, NKiRAS1, RBSP3, ZIC4). Они были в основном из региона 3p14-3p24. Пятнадцать генов имеют делецию / метилирование в 6 и 5 локализациях рака. Среди них есть в регионе 3p12-3p26 (ITGA9, GORASP1, IQSEC1, CGGBP1, NBEAL2, VHL), в пределах 3q13-3q28 региона (PPP2R3A, FGF12, ALDH1L1, GATA2, PLCL2). Двадцать два гена из 74 имеют изменения только в одной локализации рака. Преобладающее число из них (13 генов / локусов) обнаружено для рака предстательной железы. Это может указывать на конкретные механизмы канцерогенеза предстательной железы, которые отличаются от других локализаций. Выводы. Анализ и обобщение данных NotI-микропанели хромосомы человека 3 показало, что несколько распространенных изменений рака среди семи локализаций рака, как несколько изменений в опухоли, которые могут характеризовать его особые канцерогенные признаки.Ключевые слова: NotI-микропанели, рак толстой кишки, рак яичников, рак почки, рак легких, рак шейки матки, рак молочной железы, рак предстательной железы, гены-супрессоры роста опухолей, метилирование, делеция, хромосома 3 человека. en Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Вiopolymers and Cell Genomics, Transcriptomics and Proteomics Genetic and epigenetic alterations of human chromosome 3, investigated by NotI-microarrays in seven types of epithelial cancers Генетичні та епігенетичні порушення хромосоми 3 людини, визначені за допомогою noti-мікропанелей в сімох локалізаціях епітеліальних злоякісних пухлин Генетические и эпигенетические изменения хромосомы 3 человека, определённые с помощью noti-микропанелей в семи локализациях эпителиальных злокачественных опухолей Article published earlier |
| institution |
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| collection |
DSpace DC |
| title |
Genetic and epigenetic alterations of human chromosome 3, investigated by NotI-microarrays in seven types of epithelial cancers |
| spellingShingle |
Genetic and epigenetic alterations of human chromosome 3, investigated by NotI-microarrays in seven types of epithelial cancers Gerashchenko, G.V. Gordiyuk, V.V. Kashuba, V.I. Genomics, Transcriptomics and Proteomics |
| title_short |
Genetic and epigenetic alterations of human chromosome 3, investigated by NotI-microarrays in seven types of epithelial cancers |
| title_full |
Genetic and epigenetic alterations of human chromosome 3, investigated by NotI-microarrays in seven types of epithelial cancers |
| title_fullStr |
Genetic and epigenetic alterations of human chromosome 3, investigated by NotI-microarrays in seven types of epithelial cancers |
| title_full_unstemmed |
Genetic and epigenetic alterations of human chromosome 3, investigated by NotI-microarrays in seven types of epithelial cancers |
| title_sort |
genetic and epigenetic alterations of human chromosome 3, investigated by noti-microarrays in seven types of epithelial cancers |
| author |
Gerashchenko, G.V. Gordiyuk, V.V. Kashuba, V.I. |
| author_facet |
Gerashchenko, G.V. Gordiyuk, V.V. Kashuba, V.I. |
| topic |
Genomics, Transcriptomics and Proteomics |
| topic_facet |
Genomics, Transcriptomics and Proteomics |
| publishDate |
2018 |
| language |
English |
| container_title |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
| format |
Article |
| title_alt |
Генетичні та епігенетичні порушення хромосоми 3 людини, визначені за допомогою noti-мікропанелей в сімох локалізаціях епітеліальних злоякісних пухлин Генетические и эпигенетические изменения хромосомы 3 человека, определённые с помощью noti-микропанелей в семи локализациях эпителиальных злокачественных опухолей |
| issn |
0233-7657 |
| url |
https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/154277 |
| citation_txt |
Genetic and epigenetic alterations of human chromosome 3, investigated by NotI-microarrays in seven types of epithelial cancers / G.V. Gerashchenko, V.V. Gordiyuk, V.I. Kashuba // Вiopolymers and Cell. — 2018. — Т. 34, № 4. — С. 303-312. — Бібліогр.: 37 назв. — англ. |
| work_keys_str_mv |
AT gerashchenkogv geneticandepigeneticalterationsofhumanchromosome3investigatedbynotimicroarraysinseventypesofepithelialcancers AT gordiyukvv geneticandepigeneticalterationsofhumanchromosome3investigatedbynotimicroarraysinseventypesofepithelialcancers AT kashubavi geneticandepigeneticalterationsofhumanchromosome3investigatedbynotimicroarraysinseventypesofepithelialcancers AT gerashchenkogv genetičnítaepígenetičníporušennâhromosomi3lûdiniviznačenízadopomogoûnotimíkropaneleivsímohlokalízacíâhepítelíalʹnihzloâkísnihpuhlin AT gordiyukvv genetičnítaepígenetičníporušennâhromosomi3lûdiniviznačenízadopomogoûnotimíkropaneleivsímohlokalízacíâhepítelíalʹnihzloâkísnihpuhlin AT kashubavi genetičnítaepígenetičníporušennâhromosomi3lûdiniviznačenízadopomogoûnotimíkropaneleivsímohlokalízacíâhepítelíalʹnihzloâkísnihpuhlin AT gerashchenkogv genetičeskieiépigenetičeskieizmeneniâhromosomy3čelovekaopredelennyespomoŝʹûnotimikropaneleivsemilokalizaciâhépitelialʹnyhzlokačestvennyhopuholei AT gordiyukvv genetičeskieiépigenetičeskieizmeneniâhromosomy3čelovekaopredelennyespomoŝʹûnotimikropaneleivsemilokalizaciâhépitelialʹnyhzlokačestvennyhopuholei AT kashubavi genetičeskieiépigenetičeskieizmeneniâhromosomy3čelovekaopredelennyespomoŝʹûnotimikropaneleivsemilokalizaciâhépitelialʹnyhzlokačestvennyhopuholei |
| first_indexed |
2025-12-07T18:06:32Z |
| last_indexed |
2025-12-07T18:06:32Z |
| _version_ |
1850873785895354368 |
| description |
Aim. To identify common and specific genetic/epigenetic changes of human chromosome 3, using the data of NotI-microarrays in seven types of epithelial cancers. Methods. We used descriptive statistics for the comparative analysis of NotI-microarray data from seven types of epithelial cancers. Results. The analysis of the NotI-microarrays showed significant changes (deletion or methylation) in 74 genes/loci in seven different epithelial cancers, namely colorectal, ovarian, renal, lung, breast, cervical and prostate. Five genes from the 3p14-3p24 region (FOXP1, LRRC3B, NKiRAS1, RBSP3, ZIC4) were altered in all cancer types. For fifteen genes, deletion/methylation was found in a majority of tumors. For example, ITGA9, GORASP1, IQSEC1, CGGBP1, NBEAL2 and VHL are localized in the 3p12-3p26 region; PPP2R3A, FGF12, ALDH1L1, GATA2 and PLCL2 are localized the 3q13-3q28 region. Twenty-two genes out of 74 studied showed alterations specific for a single type of tumor. The largest number, 13 genes/loci was found in the prostate cancer. This suggests specific mechanisms of prostate cancer development. Conclusions. NotI-microarrays for human chromosome 3 allowed to identify several common genetic/epigenetic alterations and also tumor-specific changes in seven types of epithelial cancer.
Мета. Знайти загальні та специфічні генетичні / епігенетичні зміни хромосоми людини 3, за допомогою NotI-мікропанелей у епітеліальних новоутвореннях семи різних локалізацій. Методи. Було використано методи дескриптивної статистики для порівняльного аналізу даних NotI-мікропанелей у семи локалізаціях злоякісних пухлин. Результати. Порівняльний аналіз даних NotI-мікропанелей показав значні зміни / метилування 74 генів / локусів у семи локалізаціях раку (товстої кишки, яєчників, нирок, легенів, молочних залоз, шийки матки, передміхурової залози). П’ять генів мають зміни у всіх 7 типах раку (FOXP1, LRRC3B, NKiRAS1, RBSP3, ZIC4). Вони були в основному з 3p14-3p24 регіону. П’ятнадцять генів мають делецію / метилювання в 6 та 5 локалізаціях раку. Серед них гени/локуси розташовані приблизно у 3p12-3p26 регіоні (ITGA9, GORASP1, IQSEC1, CGGBP1, NBEAL2, VHL), 3q13-3q28 регіоні (PPP2R3A, FGF12, ALDH1L1, GATA2, PLCL2). Двадцять два гени з 74 мають зміни тільки в одній локалізації раку. Переважна кількість їх (13 генів / локусів) зустрічається для раку передміхурової залози. Це може свідчити про специфічні механізми канцерогенезу передміхурової залози, які відрізняються від інших локалізацій. Висновки. Аналіз та узагальнення даних NotI- мікропанелей хромосоми 3 людини показали, як кілька загальних змін раку серед семи локалізацій раку, так і деякі специфічні пухлинні зміни, які могли б характеризувати особливі канцерогенезу певного виду пухлин.
Цель. Установить общие и специфичные для опухолей генетические / эпигенетические изменения хромосомы 3 человека с помощью NotI-микропанелей в эпителиальных новобразованиях при семи различных локализациях. Методы. Были использованы методы дескриптивной статистики для сравнительного анализа данных NotI-микропанелей в семи локализациях злокачественых опухолей. Результаты. Анализ NotI-микропанелей показал значительные изменения делеции / метилирования 74 генов / локусов в семи локализациях рака (толстой кишки, яичника, почек, легких, груди, шейки матки, предстательной железы). Пять генов имеют изменения во всех 7 типах рака (FOXP1, LRRC3B, NKiRAS1, RBSP3, ZIC4). Они были в основном из региона 3p14-3p24. Пятнадцать генов имеют делецию / метилирование в 6 и 5 локализациях рака. Среди них есть в регионе 3p12-3p26 (ITGA9, GORASP1, IQSEC1, CGGBP1, NBEAL2, VHL), в пределах 3q13-3q28 региона (PPP2R3A, FGF12, ALDH1L1, GATA2, PLCL2). Двадцать два гена из 74 имеют изменения только в одной локализации рака. Преобладающее число из них (13 генов / локусов) обнаружено для рака предстательной железы. Это может указывать на конкретные механизмы канцерогенеза предстательной железы, которые отличаются от других локализаций. Выводы. Анализ и обобщение данных NotI-микропанели хромосомы человека 3 показало, что несколько распространенных изменений рака среди семи локализаций рака, как несколько изменений в опухоли, которые могут характеризовать его особые канцерогенные признаки.Ключевые слова: NotI-микропанели, рак толстой кишки, рак яичников, рак почки, рак легких, рак шейки матки, рак молочной железы, рак предстательной железы, гены-супрессоры роста опухолей, метилирование, делеция, хромосома 3 человека.
|