PPM1M and PRICKLE2 are potential tumor suppressor genes in human clear-cell renal cell carcinoma
Aim. To investigate the expression levels of PPM1M and PRICKLE2 in clear-cell renal cell carcinomas (ccRCC) and propose a mechanism leading to the expression changes in tumor. Methods. Analysis of GEO data, quantitative PCR (Q-PCR), bisulfite sequencing, methylation-specific PCR, deletion search. Re...
Gespeichert in:
| Veröffentlicht in: | Вiopolymers and Cell |
|---|---|
| Datum: | 2014 |
| Hauptverfasser: | , , , , , |
| Format: | Artikel |
| Sprache: | Englisch |
| Veröffentlicht: |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
2014
|
| Schlagworte: | |
| Online Zugang: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/154299 |
| Tags: |
Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
|
| Назва журналу: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Zitieren: | PPM1M and PRICKLE2 are potential tumor suppressor genes in human clear-cell renal cell carcinoma / E.E. Rudenko, G.V. Gerashchenko, Y.V. Lapska, S.O. Vozianov, Y.M. Zgonnyk, V.I. Kashuba // Вiopolymers and Cell. — 2014. — Т. 30, № 3. — С. 229-233. — Бібліогр.: 11 назв. — англ. |
Institution
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| _version_ | 1862544286523850752 |
|---|---|
| author | Rudenko, E.E. Gerashchenko, G.V. Lapska, Y.V. Vozianov, S.O. Zgonnyk, Y.M. Kashuba, V.I. |
| author_facet | Rudenko, E.E. Gerashchenko, G.V. Lapska, Y.V. Vozianov, S.O. Zgonnyk, Y.M. Kashuba, V.I. |
| citation_txt | PPM1M and PRICKLE2 are potential tumor suppressor genes in human clear-cell renal cell carcinoma / E.E. Rudenko, G.V. Gerashchenko, Y.V. Lapska, S.O. Vozianov, Y.M. Zgonnyk, V.I. Kashuba // Вiopolymers and Cell. — 2014. — Т. 30, № 3. — С. 229-233. — Бібліогр.: 11 назв. — англ. |
| collection | DSpace DC |
| container_title | Вiopolymers and Cell |
| description | Aim. To investigate the expression levels of PPM1M and PRICKLE2 in clear-cell renal cell carcinomas (ccRCC) and propose a mechanism leading to the expression changes in tumor. Methods. Analysis of GEO data, quantitative PCR (Q-PCR), bisulfite sequencing, methylation-specific PCR, deletion search. Results. We found that the PRICKLE2 expression was down-regulated in 83 % of samples. Decreased expression of PPM1M was shown in 33.3 % of ccRCC samples. The promoters of PPM1M and PRICKLE2 were not methylated, and no deletions were found in their sequences. Conclusions. Our data suggest that PRICKLE2 and PPM1M might be candidates for the tumor suppressor genes in ccRCC.
Мета. Дослідити рівень експресії PPM1M і PRICKLE2 у світло- клітинних карциномах нирки (ccRCC) і запропонувати механізм, що призводить до змін експресії генів у пухлинах. Методи. Аналіз баз даних GEO, кількісна ПЛР (Q-ПЛР), бісульфітне секвенування, метил-специфічна ПЛР, пошук делецій. Результати. Ми виявили, що експресія гена PPM1M знижена у 33,3 % зразків ccRCC, у той час як гена PRICKLE2 – у 83 % зразків ccRCC. Метилювання промоторної зони і делеції в генах PPM1M і PRICKLE2 не виявлено. Висновки. Наші дані вказують на те, що PRICKLE2 і PPM1M можуть бути кандидатами в гени-супресори для ccRCC.
Цель. Исследовать уровень экспрессии PPM1M и PRICKLE2 в светлоклеточных карциномах почки (ccRCC) и предложить механизм, ведущий к изменениям экспрессии генов в опухолях. Методы. Анализ баз данных GEO, количественная ПЦР (Q-ПЦР), бисульфитное секвенирование, метил-специфическая ПЦР, поиск делеций. Результаты. Мы выявили, что экспрессия гена PPM1M снижена в 33,3 % образцов ccRCC, тогда как гена PRICKLE2 – в 83 % образцов ccRCC. Метилирование промоторной зоны и делеции в генах PPM1M и PRICKLE2 не обнаружены. Выводы. Наши данные показывают, что PRICKLE2 и PPM1M могут быть кандидатами в гены-супрессоры для ccRCC.
|
| first_indexed | 2025-11-24T23:56:56Z |
| format | Article |
| fulltext | |
| id | nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-154299 |
| institution | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| issn | 0233-7657 |
| language | English |
| last_indexed | 2025-11-24T23:56:56Z |
| publishDate | 2014 |
| publisher | Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
| record_format | dspace |
| spelling | Rudenko, E.E. Gerashchenko, G.V. Lapska, Y.V. Vozianov, S.O. Zgonnyk, Y.M. Kashuba, V.I. 2019-06-15T12:30:58Z 2019-06-15T12:30:58Z 2014 PPM1M and PRICKLE2 are potential tumor suppressor genes in human clear-cell renal cell carcinoma / E.E. Rudenko, G.V. Gerashchenko, Y.V. Lapska, S.O. Vozianov, Y.M. Zgonnyk, V.I. Kashuba // Вiopolymers and Cell. — 2014. — Т. 30, № 3. — С. 229-233. — Бібліогр.: 11 назв. — англ. 0233-7657 DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.00089A https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/154299 577.218; 616.006.6 Aim. To investigate the expression levels of PPM1M and PRICKLE2 in clear-cell renal cell carcinomas (ccRCC) and propose a mechanism leading to the expression changes in tumor. Methods. Analysis of GEO data, quantitative PCR (Q-PCR), bisulfite sequencing, methylation-specific PCR, deletion search. Results. We found that the PRICKLE2 expression was down-regulated in 83 % of samples. Decreased expression of PPM1M was shown in 33.3 % of ccRCC samples. The promoters of PPM1M and PRICKLE2 were not methylated, and no deletions were found in their sequences. Conclusions. Our data suggest that PRICKLE2 and PPM1M might be candidates for the tumor suppressor genes in ccRCC. Мета. Дослідити рівень експресії PPM1M і PRICKLE2 у світло- клітинних карциномах нирки (ccRCC) і запропонувати механізм, що призводить до змін експресії генів у пухлинах. Методи. Аналіз баз даних GEO, кількісна ПЛР (Q-ПЛР), бісульфітне секвенування, метил-специфічна ПЛР, пошук делецій. Результати. Ми виявили, що експресія гена PPM1M знижена у 33,3 % зразків ccRCC, у той час як гена PRICKLE2 – у 83 % зразків ccRCC. Метилювання промоторної зони і делеції в генах PPM1M і PRICKLE2 не виявлено. Висновки. Наші дані вказують на те, що PRICKLE2 і PPM1M можуть бути кандидатами в гени-супресори для ccRCC. Цель. Исследовать уровень экспрессии PPM1M и PRICKLE2 в светлоклеточных карциномах почки (ccRCC) и предложить механизм, ведущий к изменениям экспрессии генов в опухолях. Методы. Анализ баз данных GEO, количественная ПЦР (Q-ПЦР), бисульфитное секвенирование, метил-специфическая ПЦР, поиск делеций. Результаты. Мы выявили, что экспрессия гена PPM1M снижена в 33,3 % образцов ccRCC, тогда как гена PRICKLE2 – в 83 % образцов ccRCC. Метилирование промоторной зоны и делеции в генах PPM1M и PRICKLE2 не обнаружены. Выводы. Наши данные показывают, что PRICKLE2 и PPM1M могут быть кандидатами в гены-супрессоры для ccRCC. en Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Вiopolymers and Cell Biomedicine PPM1M and PRICKLE2 are potential tumor suppressor genes in human clear-cell renal cell carcinoma PPM1M і PRICKLE2 як потенційні гени – супресори пухлин у світлоклітинній карциномі нирки людини PPM1M и PRICKLE2 как потенциальные гены – супрессоры опухолей в светлоклеточной карциноме почки человека Article published earlier |
| spellingShingle | PPM1M and PRICKLE2 are potential tumor suppressor genes in human clear-cell renal cell carcinoma Rudenko, E.E. Gerashchenko, G.V. Lapska, Y.V. Vozianov, S.O. Zgonnyk, Y.M. Kashuba, V.I. Biomedicine |
| title | PPM1M and PRICKLE2 are potential tumor suppressor genes in human clear-cell renal cell carcinoma |
| title_alt | PPM1M і PRICKLE2 як потенційні гени – супресори пухлин у світлоклітинній карциномі нирки людини PPM1M и PRICKLE2 как потенциальные гены – супрессоры опухолей в светлоклеточной карциноме почки человека |
| title_full | PPM1M and PRICKLE2 are potential tumor suppressor genes in human clear-cell renal cell carcinoma |
| title_fullStr | PPM1M and PRICKLE2 are potential tumor suppressor genes in human clear-cell renal cell carcinoma |
| title_full_unstemmed | PPM1M and PRICKLE2 are potential tumor suppressor genes in human clear-cell renal cell carcinoma |
| title_short | PPM1M and PRICKLE2 are potential tumor suppressor genes in human clear-cell renal cell carcinoma |
| title_sort | ppm1m and prickle2 are potential tumor suppressor genes in human clear-cell renal cell carcinoma |
| topic | Biomedicine |
| topic_facet | Biomedicine |
| url | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/154299 |
| work_keys_str_mv | AT rudenkoee ppm1mandprickle2arepotentialtumorsuppressorgenesinhumanclearcellrenalcellcarcinoma AT gerashchenkogv ppm1mandprickle2arepotentialtumorsuppressorgenesinhumanclearcellrenalcellcarcinoma AT lapskayv ppm1mandprickle2arepotentialtumorsuppressorgenesinhumanclearcellrenalcellcarcinoma AT vozianovso ppm1mandprickle2arepotentialtumorsuppressorgenesinhumanclearcellrenalcellcarcinoma AT zgonnykym ppm1mandprickle2arepotentialtumorsuppressorgenesinhumanclearcellrenalcellcarcinoma AT kashubavi ppm1mandprickle2arepotentialtumorsuppressorgenesinhumanclearcellrenalcellcarcinoma AT rudenkoee ppm1míprickle2âkpotencíinígeniampndashsupresoripuhlinusvítloklítinníikarcinomínirkilûdini AT gerashchenkogv ppm1míprickle2âkpotencíinígeniampndashsupresoripuhlinusvítloklítinníikarcinomínirkilûdini AT lapskayv ppm1míprickle2âkpotencíinígeniampndashsupresoripuhlinusvítloklítinníikarcinomínirkilûdini AT vozianovso ppm1míprickle2âkpotencíinígeniampndashsupresoripuhlinusvítloklítinníikarcinomínirkilûdini AT zgonnykym ppm1míprickle2âkpotencíinígeniampndashsupresoripuhlinusvítloklítinníikarcinomínirkilûdini AT kashubavi ppm1míprickle2âkpotencíinígeniampndashsupresoripuhlinusvítloklítinníikarcinomínirkilûdini AT rudenkoee ppm1miprickle2kakpotencialʹnyegenyampndashsupressoryopuholeivsvetlokletočnoikarcinomepočkičeloveka AT gerashchenkogv ppm1miprickle2kakpotencialʹnyegenyampndashsupressoryopuholeivsvetlokletočnoikarcinomepočkičeloveka AT lapskayv ppm1miprickle2kakpotencialʹnyegenyampndashsupressoryopuholeivsvetlokletočnoikarcinomepočkičeloveka AT vozianovso ppm1miprickle2kakpotencialʹnyegenyampndashsupressoryopuholeivsvetlokletočnoikarcinomepočkičeloveka AT zgonnykym ppm1miprickle2kakpotencialʹnyegenyampndashsupressoryopuholeivsvetlokletočnoikarcinomepočkičeloveka AT kashubavi ppm1miprickle2kakpotencialʹnyegenyampndashsupressoryopuholeivsvetlokletočnoikarcinomepočkičeloveka |