Model DNA for investigation of mechanism of nucleotide excision repair
The living cell DNA is under permanent attack of a variety of exogenous and endogenous damaging factors. Nucleotide excision repair (NER) is main pathway which removes a wide variety of bulky DNA adducts formed by UV light, electrophilic environmental mutagens, and chemotherapeutic agents. NER proce...
Saved in:
| Published in: | Вiopolymers and Cell |
|---|---|
| Date: | 2014 |
| Main Authors: | , , |
| Format: | Article |
| Language: | English |
| Published: |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
2014
|
| Subjects: | |
| Online Access: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/154301 |
| Tags: |
Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
|
| Journal Title: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Cite this: | Model DNA for investigation of mechanism of nucleotide excision repair / A.N. Evdokimov, O.I. Lavrik, I.O. Petruseva // Вiopolymers and Cell. — 2014. — Т. 30, № 3. — С. 167-183. — Бібліогр.: 107 назв. — англ. |
Institution
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| id |
nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-154301 |
|---|---|
| record_format |
dspace |
| spelling |
Evdokimov, A.N. Lavrik, O.I. Petruseva, I.O. 2019-06-15T12:31:58Z 2019-06-15T12:31:58Z 2014 Model DNA for investigation of mechanism of nucleotide excision repair / A.N. Evdokimov, O.I. Lavrik, I.O. Petruseva // Вiopolymers and Cell. — 2014. — Т. 30, № 3. — С. 167-183. — Бібліогр.: 107 назв. — англ. 0233-7657 DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.000893 https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/154301 577.21 The living cell DNA is under permanent attack of a variety of exogenous and endogenous damaging factors. Nucleotide excision repair (NER) is main pathway which removes a wide variety of bulky DNA adducts formed by UV light, electrophilic environmental mutagens, and chemotherapeutic agents. NER process in mammalian cells consistently leads to the very specific excision of damaged DNA fragments 24–32 nucleotides in length. The following DNA repair synthesis and DNA ligation restore intact DNA helix. The main set of the genes inactivated in NER-deficient higher eukaryotic cells was identified; about 30 proteins are involved in the specific multi-subunit complexes responsible for NER process. The specific NER feature is wide substrate specificity and great difference of damages elimination efficiencies. A key limiting step in NER is damage recognition and verification. One of the advanced and upcoming approaches to NER process investigation is based on the application of model DNAs – artificial DNA structures, which are analogs of substrate or intermediates of the repair process. This article reviews our current knowledge concerning the model DNA design, synthesis and application as a tool for the NER process comprehensive study. ДНК живих клітин перебуває під постійним впливом різноманітних пошкоджуючих факторів екзо- і ендогенного походження. Нуклеотидна ексцизійна репарація (NER) видаляє з ДНК широкий набір об’ємних адуктів, які утворилися в результаті дії УФ опромінення, а також електрофільних речовин – забруднювачів довкілля, що чинять мутагенний вплив, та хіміопрепаратів. У процесі репарації, яку виконує система NER ссавців, відбувається специфічне вищеплювання з ДНК фрагментів розміром 24––32 нуклеотиди, що містять пошкодження. Подальший репаративний синтез і лігування ДНК відновлюють інтактність спіралі ДНК. Ідентифіковано гени, інактивовані в NER-дефіцитних клітинах вищих евкаріотів. В репарації беруть участь приблизно 30 білків, які формують специфічні мультисубодиничні комплекси. Система NER характеризується широкою субстратною специфичністю і при цьому великими розбіжностями в ефективності видалення пошкоджень. Ключовою лімітуючою стадією процесу є упізнавання та верифікація пошкоджен. До ефективних і таких, що розвиваються, підходів до вивчення процесу NER належить метод, заснований на використанні модельних ДНК – синтетичних структур, які є аналогами субстрата або інтермедіатів цього процесу. Розглянуто існуючі дані щодо способів конструювання модельних ДНК та застосування їх як інструмента для всебічного дослідження процесу NER. ДНК живых клеток находится под постоянным воздействием различных повреждающих факторов экзо- и эндогенного происхождения. Нуклеотидная эксцизионная репарация (NER) удаляет из ДНК широкий набор объемных аддуктов, образовавшихся в результате воздействия УФ облучения, а также электрофильных веществ – загрязнителей окружающей среды, оказывающих мутагенное действие, и химиопрепаратов. В процессе репарации, проводимой системой NER млекопитающих, происходит специфическое выщепление из ДНК фрагментов размером 24–32 нуклеотида, содержащих повреждения. Последующий репаративный синтез и лигирование ДНК восстанавливают интактность спирали ДНК. Идентифицированы гены, инактивированные в NER- дефицитных клетках высших эукариотов. В репарации участвуют примерно 30 белков, формирующих специфические многосубъединичные комплексы. Система NER характеризуется широкой субстратной специфичностью и при этом большими различиями в эффективности удаления повреждений. Ключевой лимитирующей стадией процесса является узнавание и верификация повреждения. К эффективным и развивающимся подходам к исследованию процесса NER принадлежит метод, основанный на использовании модельных ДНК –синтетических структур, являющихся аналогами субстрата или интермедиатов этого процесса. Рассмотрены существующие данные о способах конструирования модельных ДНК и применении их в качестве инструмента для всестороннего изучения процесса NER. en Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Вiopolymers and Cell Reviews Model DNA for investigation of mechanism of nucleotide excision repair Модельні ДНК для дослідження механизму нуклеотидної ексцизійної репарації Модельные ДНК для исследования механизма нуклеотидной эксцизионной репарации Article published earlier |
| institution |
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| collection |
DSpace DC |
| title |
Model DNA for investigation of mechanism of nucleotide excision repair |
| spellingShingle |
Model DNA for investigation of mechanism of nucleotide excision repair Evdokimov, A.N. Lavrik, O.I. Petruseva, I.O. Reviews |
| title_short |
Model DNA for investigation of mechanism of nucleotide excision repair |
| title_full |
Model DNA for investigation of mechanism of nucleotide excision repair |
| title_fullStr |
Model DNA for investigation of mechanism of nucleotide excision repair |
| title_full_unstemmed |
Model DNA for investigation of mechanism of nucleotide excision repair |
| title_sort |
model dna for investigation of mechanism of nucleotide excision repair |
| author |
Evdokimov, A.N. Lavrik, O.I. Petruseva, I.O. |
| author_facet |
Evdokimov, A.N. Lavrik, O.I. Petruseva, I.O. |
| topic |
Reviews |
| topic_facet |
Reviews |
| publishDate |
2014 |
| language |
English |
| container_title |
Вiopolymers and Cell |
| publisher |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
| format |
Article |
| title_alt |
Модельні ДНК для дослідження механизму нуклеотидної ексцизійної репарації Модельные ДНК для исследования механизма нуклеотидной эксцизионной репарации |
| description |
The living cell DNA is under permanent attack of a variety of exogenous and endogenous damaging factors. Nucleotide excision repair (NER) is main pathway which removes a wide variety of bulky DNA adducts formed by UV light, electrophilic environmental mutagens, and chemotherapeutic agents. NER process in mammalian cells consistently leads to the very specific excision of damaged DNA fragments 24–32 nucleotides in length. The following DNA repair synthesis and DNA ligation restore intact DNA helix. The main set of the genes inactivated in NER-deficient higher eukaryotic cells was identified; about 30 proteins are involved in the specific multi-subunit complexes responsible for NER process. The specific NER feature is wide substrate specificity and great difference of damages elimination efficiencies. A key limiting step in NER is damage recognition and verification. One of the advanced and upcoming approaches to NER process investigation is based on the application of model DNAs – artificial DNA structures, which are analogs of substrate or intermediates of the repair process. This article reviews our current knowledge concerning the model DNA design, synthesis and application as a tool for the NER process comprehensive study.
ДНК живих клітин перебуває під постійним впливом різноманітних пошкоджуючих факторів екзо- і ендогенного походження. Нуклеотидна ексцизійна репарація (NER) видаляє з ДНК широкий набір об’ємних адуктів, які утворилися в результаті дії УФ опромінення, а також електрофільних речовин – забруднювачів довкілля, що чинять мутагенний вплив, та хіміопрепаратів. У процесі репарації, яку виконує система NER ссавців, відбувається специфічне вищеплювання з ДНК фрагментів розміром 24––32 нуклеотиди, що містять пошкодження. Подальший репаративний синтез і лігування ДНК відновлюють інтактність спіралі ДНК. Ідентифіковано гени, інактивовані в NER-дефіцитних клітинах вищих евкаріотів. В репарації беруть участь приблизно 30 білків, які формують специфічні мультисубодиничні комплекси. Система NER характеризується широкою субстратною специфичністю і при цьому великими розбіжностями в ефективності видалення пошкоджень. Ключовою лімітуючою стадією процесу є упізнавання та верифікація пошкоджен. До ефективних і таких, що розвиваються, підходів до вивчення процесу NER належить метод, заснований на використанні модельних ДНК – синтетичних структур, які є аналогами субстрата або інтермедіатів цього процесу. Розглянуто існуючі дані щодо способів конструювання модельних ДНК та застосування їх як інструмента для всебічного дослідження процесу NER.
ДНК живых клеток находится под постоянным воздействием различных повреждающих факторов экзо- и эндогенного происхождения. Нуклеотидная эксцизионная репарация (NER) удаляет из ДНК широкий набор объемных аддуктов, образовавшихся в результате воздействия УФ облучения, а также электрофильных веществ – загрязнителей окружающей среды, оказывающих мутагенное действие, и химиопрепаратов. В процессе репарации, проводимой системой NER млекопитающих, происходит специфическое выщепление из ДНК фрагментов размером 24–32 нуклеотида, содержащих повреждения. Последующий репаративный синтез и лигирование ДНК восстанавливают интактность спирали ДНК. Идентифицированы гены, инактивированные в NER- дефицитных клетках высших эукариотов. В репарации участвуют примерно 30 белков, формирующих специфические многосубъединичные комплексы. Система NER характеризуется широкой субстратной специфичностью и при этом большими различиями в эффективности удаления повреждений. Ключевой лимитирующей стадией процесса является узнавание и верификация повреждения. К эффективным и развивающимся подходам к исследованию процесса NER принадлежит метод, основанный на использовании модельных ДНК –синтетических структур, являющихся аналогами субстрата или интермедиатов этого процесса. Рассмотрены существующие данные о способах конструирования модельных ДНК и применении их в качестве инструмента для всестороннего изучения процесса NER.
|
| issn |
0233-7657 |
| url |
https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/154301 |
| fulltext |
root.skip-to-content
Розділи і Колекції
Весь DSpace
English
Yкраїнська
Головна
Користувач
Увійдіть у бібліотеку
Увійти
Програмне забезпечення DSpace copyright © 2002-2025 LYRASIS
Налаштування куків
Політика приватності
Угода користувача
|
| citation_txt |
Model DNA for investigation of mechanism of nucleotide excision repair / A.N. Evdokimov, O.I. Lavrik, I.O. Petruseva // Вiopolymers and Cell. — 2014. — Т. 30, № 3. — С. 167-183. — Бібліогр.: 107 назв. — англ. |
| work_keys_str_mv |
AT evdokimovan modeldnaforinvestigationofmechanismofnucleotideexcisionrepair AT lavrikoi modeldnaforinvestigationofmechanismofnucleotideexcisionrepair AT petrusevaio modeldnaforinvestigationofmechanismofnucleotideexcisionrepair AT evdokimovan modelʹnídnkdlâdoslídžennâmehanizmunukleotidnoíekscizíinoíreparacíí AT lavrikoi modelʹnídnkdlâdoslídžennâmehanizmunukleotidnoíekscizíinoíreparacíí AT petrusevaio modelʹnídnkdlâdoslídžennâmehanizmunukleotidnoíekscizíinoíreparacíí AT evdokimovan modelʹnyednkdlâissledovaniâmehanizmanukleotidnoiékscizionnoireparacii AT lavrikoi modelʹnyednkdlâissledovaniâmehanizmanukleotidnoiékscizionnoireparacii AT petrusevaio modelʹnyednkdlâissledovaniâmehanizmanukleotidnoiékscizionnoireparacii |
| first_indexed |
2025-11-24T04:42:36Z |
| last_indexed |
2025-11-24T04:42:36Z |
| _version_ |
1850842267536850944 |