Зображення обкладинки

Computational approaches for parameterization of aminoacyl-tRNA synthetase substrates

Aim. To parameterize a modified chained residue and use a newborn topology for molecular dynamics simulation. Methods. To deal with the problem, a series of ab initio and semi-empirical methods were combined. The RESP (Restrained ElectroStatic Potential) program, which fits molecular electrostatic p...

Повний опис

Збережено в:

Бібліографічні деталі
Опубліковано в: :	Вiopolymers and Cell
Дата:	2018
Автори:	Rayevsky, O.V., Tukalo, M.A.
Формат:	Стаття
Мова:	Англійська
Опубліковано:	Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 2018
Теми:	Bioinformatics
Онлайн доступ:	https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/154343
Теги:	Додати тег Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
Назва журналу:	Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
Цитувати:	Computational approaches for parameterization of aminoacyl-tRNA synthetase substrates / O.V. Rayevsky, M.A. Tukalo // Вiopolymers and Cell. — 2018. — Т. 34, № 3. — С. 239-248. — Бібліогр.: 19 назв. — англ.

Репозитарії

Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine

Схожі ресурси

The mechanisms of substrates interaction with the active site of Mycobacterium tuberculosis tyrosyl-tRNA synthetase studied by molecular dynamics simulations
за авторством: Mykuliak, V.V., та інші
Опубліковано: (2014)

Prolyl-tRNA synthetase from Thermus thermophilus is eukaryotic-like but aminoacylates prokaryotic tRNA Pro
за авторством: A. D. Yaremchuk, та інші
Опубліковано: (2012)

Recognition of tRNAs with a long variable arm by aminoacyl-tRNA synthetases
за авторством: Tukalo, M.A., та інші
Опубліковано: (2013)

Flexible 3D structure of Bos taurus tyrosyl-tRNA synthetase suggests the existence of the hinge mechanism provided by conservative Gly353 at interdomain linker
за авторством: Pydiura, N.A., та інші
Опубліковано: (2012)

Prolyl-tRNA synthetase from Thermus thermophilus is eukaryotic-like but aminoacylates prokaryotic tRNAPro
за авторством: Yaremchuk, A.D., та інші
Опубліковано: (2012)

Recognition of tRNAs with a long variable arm by aminoacyl-tRNA synthetases
за авторством: M. A. Tukalo, та інші
Опубліковано: (2013)

Molecular docking and molecular dynamics simulation studies on Thermus thermophilus leucyl-tRNA synthetase complexed with different amino acids and pre-transfer editing substrates
за авторством: A. V. Rayevsky, та інші
Опубліковано: (2016)

Molecular cloning, sequencing and sequence analysis of Thermus thermophilus tyrosyl-tRNA synthetase
за авторством: Yaremchuk, A.D., та інші
Опубліковано: (2004)

Leucyl-tRNA synthetase from Thermus thermophilus. Purification and some properties of the crystallizing enzyme
за авторством: Yaremchuk, A.D., та інші
Опубліковано: (2001)

Computational analysis of microarray gene expression profiles of lung cancer
за авторством: Babichev, S.A., та інші
Опубліковано: (2016)

The mechanisms of substrates interaction with the active site of Mycobacterium tuberculosis tyrosyl-tRNA synthetase studied by molecular dynamics simulations
за авторством: V. V. Mykuliak, та інші
Опубліковано: (2014)

Autoantibodies against tyrosyl-tRNA synthetase and its separated domains at essential hypertension
за авторством: Grom, M.Yu., та інші
Опубліковано: (2015)

Autoantibodies against tyrosyl-tRNA synthetase and its separated domains at essential hypertension
за авторством: Yu. Grom, та інші
Опубліковано: (2015)

Structure and dynamics of Mycobacterium tuberculosis tyrosyl-tRNA synthetase in complex with SB-219383 inhibitor
за авторством: V. V. Mykuliak, та інші
Опубліковано: (2014)

Cytokine activity of the non-catalytic EMAP-2-like domain of mammalian tyrosyl-tRNA synthetase
за авторством: Kornelyuk, A., та інші
Опубліковано: (1999)

Homology modeling of structure of NH₂-terminal module of mammalian (Bos taurus) tyrosyl-tRNA synthetase
за авторством: Odynets, K.A., та інші
Опубліковано: (2002)

Conformational flexibility of interdomain linker in bovine tyrosyl-tRNA synthetase studied by molecular dynamics simulation
за авторством: Pydiura, N.A., та інші
Опубліковано: (2006)

MD simulations of Mycobacterium tuberculosis tyrosyl-tRNA synthetase in complex with SB-219383 inhibitor using QM/MM approach
за авторством: V. V. Mykuliak, та інші
Опубліковано: (2016)

Creation of gene expression database on preeclampsia-affected human placenta
за авторством: Lykhenko, O., та інші
Опубліковано: (2017)

Geometric filters for protein–ligand complexes based on phenomenological molecular models
за авторством: Sudakov, O.O., та інші
Опубліковано: (2013)

Design of potentially active ligands for SH2 domains by molecular modeling methods
за авторством: Hurmach, V.V., та інші
Опубліковано: (2014)

Comparative analysis of nuclear localization signal (NLS) prediction methods
за авторством: Lisitsyna, O.M., та інші
Опубліковано: (2017)

New technique of identifying the hierarchy of dynamic domains in proteins using a method of molecular dynamics simulations
за авторством: Yesylevskyy, S.O.
Опубліковано: (2010)

Objective clustering inductive technology of gene expression profiles based on sota clustering algorithm
за авторством: Babichev, S.A., та інші
Опубліковано: (2017)

Bioinformatics analysis of cis-regulatory elements in Mbl1 and Mbl2 genes in Rattus norvegicus
за авторством: Bondarenko, V.S., та інші
Опубліковано: (2015)

Similarity and dissimilarity of primary structures of some Streptomyces spp. genomes and the Streptomyces globisporus 1912-2 chromosomal DNA
за авторством: Polishchuk, L.V.
Опубліковано: (2017)

Cobaltand nickel-containing enzyme constructs from the sequences of methanogens
за авторством: Chellapandi P., та інші
Опубліковано: (2012)

Критерії оцінки результатів мікромасив-експерименту з дослідження транскриптому гепатоцитів щура під впливом інтерферону альфа
за авторством: Куклін, А.В., та інші
Опубліковано: (2013)

Computational modeling of molecular dynamics of G41R mutant form of human tyrosyl-tRNA synthetase, assosiated with Charcot-Marie-Tooth neuropathy
за авторством: O. V. Savytskyi, та інші
Опубліковано: (2015)

Cloning, expression and purification of D-Tyr-tRNA Tyr -deacylase from Thermus thermophilus
за авторством: Yu. Rybak, та інші
Опубліковано: (2015)

Flexible 3D structure of Bos taurus tyrosyl-tRNA synthetase suggests the existence of hinge mechanism provided by conservative Gly353 at interdomain linker
за авторством: N. A. Pydiura, та інші
Опубліковано: (2012)

Nucleotide sequences of tRNA-methionine genes of streptomyces globisporus 1912-2, identified in silico
за авторством: L. V. Polishchuk
Опубліковано: (2016)

Problem-oriented computer simulators for solving theoretical and applied tasks of human physiology
за авторством: Grygoryan, R.D.
Опубліковано: (2018)

On the solvability of one class of parameterized operator inclusions
за авторством: Kapustyan, V. O., та інші
Опубліковано: (2008)

Parameterized operator for construction of Archimedian triangular norms
за авторством: R. A. Vorobel
Опубліковано: (2019)

Parameterization of economic damage from deterioration/destruction of ecosystem services
за авторством: O. O. Veklych
Опубліковано: (2019)

Parameterization of elastic wave propagation in a media with ensembles of disc inclusions
за авторством: V. V. Mykhaskiv, та інші
Опубліковано: (2018)

Parameterizing the Simplest Grassmann-Gaussian Relations for Pachner Move 3-3
за авторством: Korepanov, I.G., та інші
Опубліковано: (2013)

Analysis of speech MEL scale and its classification as big data by parameterized KNN
за авторством: R. Skuratovskii, та інші
Опубліковано: (2021)

Specific silencing of leukemic oncogenes using RNA-interference approach
за авторством: T. D. Lebedev, та інші
Опубліковано: (2013)