The molecular-genetic and phylogenetic analysis of the hemaglutinin gene from influenza viruses

The molecular-genetic and phylogenetic analysis of the hemaglutinin gene from influenza viruses

Aim. To perform a phylogenetic and molecular-genetic analysis of the HA genes of influenza viruses that circulated in Ukraine during the 2016–2017 epidemic season, and to compare them with those that circulated in the world. Methods. Samples (nasopharyngeal swabs from patients) were analyzed using t...

Повний опис

Збережено в:
Бібліографічні деталі
Опубліковано в: :Вiopolymers and Cell
Дата:2018
Автори: Smutko, O.Yu., Radchenko, L.V., Fesenko, A.Yu., Holubka, O.S., Budzanivska, I.G., Mironenko, A.P.
Формат: Стаття
Мова:English
Опубліковано: Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 2018
Теми:
Viruses and Cell
Онлайн доступ:https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/154344
Теги: Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
Назва журналу:Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
Цитувати:The molecular-genetic and phylogenetic analysis of the hemaglutinin gene from influenza viruses / O.Yu. Smutko, L.V. Radchenko, A.Yu. Fesenko, O.S. Holubka, I.G. Budzanivska, A.P. Mironenko // Вiopolymers and Cell. — 2018. — Т. 34, № 5. — С. 400-408. — Бібліогр.: 11 назв. — англ.

Репозитарії

Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
id nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-154344
record_format dspace
spelling Smutko, O.Yu.
Radchenko, L.V.
Fesenko, A.Yu.
Holubka, O.S.
Budzanivska, I.G.
Mironenko, A.P.
2019-06-15T14:16:07Z
2019-06-15T14:16:07Z
2018
The molecular-genetic and phylogenetic analysis of the hemaglutinin gene from influenza viruses / O.Yu. Smutko, L.V. Radchenko, A.Yu. Fesenko, O.S. Holubka, I.G. Budzanivska, A.P. Mironenko // Вiopolymers and Cell. — 2018. — Т. 34, № 5. — С. 400-408. — Бібліогр.: 11 назв. — англ.
0233-7657
DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.000986
https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/154344
578.53 + 578.832.1
Aim. To perform a phylogenetic and molecular-genetic analysis of the HA genes of influenza viruses that circulated in Ukraine during the 2016–2017 epidemic season, and to compare them with those that circulated in the world. Methods. Samples (nasopharyngeal swabs from patients) were analyzed using the real-time polymerase chain reaction (RT-PCR). Phylogenetic trees were constructed using MEGA 7 software. 3D structures were constructed in Chimera 1.11.2rc software. Results. Ukrainian isolates from the 2016–2017 season have substitutions in the antigenic sites which were not detected earlier; they and can influence the antigenic properties of viruses. Otherwise the A(H3N2) and B/Victoria viruses retained the similarity to the vaccine strains. For the A(H1N1)pdm09, a higher similarity to the vaccine strain recommended for the 2017–2018 epidemic season was observed. Conclusions. In the 2016–2017 epidemic season, all influenza viruses –A(H3N2), A(H1N1)pdm09 and B/Victoria acquired a number of unique amino-acid substitutions in the HA gene. The results of this study reaffirm the continuous genetic variability of circulating seasonal influenza viruses and the need for continued systematic antigenic and molecular surveillance.
Мета. провести філогенетичний та молекулярно-генетичний аналіз генів НА вірусів грипу, що циркулювали на території України протягом епідемічного сезону 2016–2017 років та порівняти їх з тими, що циркулювали в світі. Методи. Зразки (назофаригіальні змиви від паціентів) були проаналізовані методом полімеразної ланцюгової реакції в реальному часі (ЗТ-ПЛР). Філогенетичні дерева будували в програмі MEGA7. 3D структури будували в програмі Chimera 1.11.2rc. Результати. Українські ізоляти мали заміни в антигенних сайтах, що виникли в попердніх сезонах та епідемічному сезоні 2016–2017 років і не виявлялись раніше, які можуть мати вплив на антигенні властивості вірусу. Не дивлячись на це, віруси грипу A(H3N2) та B/Victoria зберегли подібність до вакцинних штамів. Для вірусів грипу A(H1N1)pdm09 була показана вища подібність до вакцинного штаму, рекомендованого на епідемічний сезон 2017–2018 років. Висновки. В епідемічному сезоні 2016-2017 років всі віруси грипу – A(H3N2), A(H1N1)pdm09 та B/Victoria набули значну кількість унікальних амінокислотних заміщень в гені гемаглютиніну. Результати цього дослідження підтверджують постійну генетичну мінливість циркулюючих вірусів сезонного грипу та необхідність постійного систематичного антигенного та молекулярного нагляду.
Цель. Провести филогенетический и молекулярно-генетический анализ генов НА вирусов грипа, которые циркулировали на территории Украины в эпидемическом сезоне 2016–2017 годов и сравнить их с теми, что циркулировали в мире. Методы. Образцы (назофаригиальные смывы от пациентов) были проанализированы методом полимеразной цепной реакции в реальном времени (ОТ-ПЦР). Филогенетические деревья строили в программе MEGA7. 3D структуры строили в программе Chimera 1.11.2rc. Результаты. Украинские изоляты имели замены в антигенных сайтах, возникшие в предыдущих сезонах и эпидемическом сезоне 2016–2017 годов и не выявлялись ранее, которые могут повлиять на антигенные свойства вируса. Несмотря на это, вирусы гриппа A (H3N2) и B / Victoria сохранили сходство с вакцинными штаммами. Для вирусов гриппа A (H1N1) pdm09 было показано сходство с вакцинным штаммом, рекомендованным на эпидемический сезон 2017–2018 годов. Выводы. В эпидемическом сезоне 2016–2017 годов все вирусы гриппа –A(H3N2), A(H1N1)pdm09 и B/Victoria приобрели значительное количество уникальных аминокислотных замещений в гене гемагглютинина. Результаты этого исследования подтверждают постоянную генетическую изменчивость циркулирующих вирусов сезонного гриппа и необходимость постоянного систематического антигенного и молекулярного надзора.
en
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
Вiopolymers and Cell
Viruses and Cell
The molecular-genetic and phylogenetic analysis of the hemaglutinin gene from influenza viruses
Молекулярно-генетичний та філогенетичний аналіз гену гемаглютиніну вірусів грипу
Молекулярно-генетический и филогенетический анализ гена гемагглютинина вирусов гриппа
Article
published earlier
institution Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
collection DSpace DC
title The molecular-genetic and phylogenetic analysis of the hemaglutinin gene from influenza viruses
spellingShingle The molecular-genetic and phylogenetic analysis of the hemaglutinin gene from influenza viruses
Smutko, O.Yu.
Radchenko, L.V.
Fesenko, A.Yu.
Holubka, O.S.
Budzanivska, I.G.
Mironenko, A.P.
Viruses and Cell
title_short The molecular-genetic and phylogenetic analysis of the hemaglutinin gene from influenza viruses
title_full The molecular-genetic and phylogenetic analysis of the hemaglutinin gene from influenza viruses
title_fullStr The molecular-genetic and phylogenetic analysis of the hemaglutinin gene from influenza viruses
title_full_unstemmed The molecular-genetic and phylogenetic analysis of the hemaglutinin gene from influenza viruses
title_sort molecular-genetic and phylogenetic analysis of the hemaglutinin gene from influenza viruses
author Smutko, O.Yu.
Radchenko, L.V.
Fesenko, A.Yu.
Holubka, O.S.
Budzanivska, I.G.
Mironenko, A.P.
author_facet Smutko, O.Yu.
Radchenko, L.V.
Fesenko, A.Yu.
Holubka, O.S.
Budzanivska, I.G.
Mironenko, A.P.
topic Viruses and Cell
topic_facet Viruses and Cell
publishDate 2018
language English
container_title Вiopolymers and Cell
publisher Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
format Article
title_alt Молекулярно-генетичний та філогенетичний аналіз гену гемаглютиніну вірусів грипу
Молекулярно-генетический и филогенетический анализ гена гемагглютинина вирусов гриппа
description Aim. To perform a phylogenetic and molecular-genetic analysis of the HA genes of influenza viruses that circulated in Ukraine during the 2016–2017 epidemic season, and to compare them with those that circulated in the world. Methods. Samples (nasopharyngeal swabs from patients) were analyzed using the real-time polymerase chain reaction (RT-PCR). Phylogenetic trees were constructed using MEGA 7 software. 3D structures were constructed in Chimera 1.11.2rc software. Results. Ukrainian isolates from the 2016–2017 season have substitutions in the antigenic sites which were not detected earlier; they and can influence the antigenic properties of viruses. Otherwise the A(H3N2) and B/Victoria viruses retained the similarity to the vaccine strains. For the A(H1N1)pdm09, a higher similarity to the vaccine strain recommended for the 2017–2018 epidemic season was observed. Conclusions. In the 2016–2017 epidemic season, all influenza viruses –A(H3N2), A(H1N1)pdm09 and B/Victoria acquired a number of unique amino-acid substitutions in the HA gene. The results of this study reaffirm the continuous genetic variability of circulating seasonal influenza viruses and the need for continued systematic antigenic and molecular surveillance. Мета. провести філогенетичний та молекулярно-генетичний аналіз генів НА вірусів грипу, що циркулювали на території України протягом епідемічного сезону 2016–2017 років та порівняти їх з тими, що циркулювали в світі. Методи. Зразки (назофаригіальні змиви від паціентів) були проаналізовані методом полімеразної ланцюгової реакції в реальному часі (ЗТ-ПЛР). Філогенетичні дерева будували в програмі MEGA7. 3D структури будували в програмі Chimera 1.11.2rc. Результати. Українські ізоляти мали заміни в антигенних сайтах, що виникли в попердніх сезонах та епідемічному сезоні 2016–2017 років і не виявлялись раніше, які можуть мати вплив на антигенні властивості вірусу. Не дивлячись на це, віруси грипу A(H3N2) та B/Victoria зберегли подібність до вакцинних штамів. Для вірусів грипу A(H1N1)pdm09 була показана вища подібність до вакцинного штаму, рекомендованого на епідемічний сезон 2017–2018 років. Висновки. В епідемічному сезоні 2016-2017 років всі віруси грипу – A(H3N2), A(H1N1)pdm09 та B/Victoria набули значну кількість унікальних амінокислотних заміщень в гені гемаглютиніну. Результати цього дослідження підтверджують постійну генетичну мінливість циркулюючих вірусів сезонного грипу та необхідність постійного систематичного антигенного та молекулярного нагляду. Цель. Провести филогенетический и молекулярно-генетический анализ генов НА вирусов грипа, которые циркулировали на территории Украины в эпидемическом сезоне 2016–2017 годов и сравнить их с теми, что циркулировали в мире. Методы. Образцы (назофаригиальные смывы от пациентов) были проанализированы методом полимеразной цепной реакции в реальном времени (ОТ-ПЦР). Филогенетические деревья строили в программе MEGA7. 3D структуры строили в программе Chimera 1.11.2rc. Результаты. Украинские изоляты имели замены в антигенных сайтах, возникшие в предыдущих сезонах и эпидемическом сезоне 2016–2017 годов и не выявлялись ранее, которые могут повлиять на антигенные свойства вируса. Несмотря на это, вирусы гриппа A (H3N2) и B / Victoria сохранили сходство с вакцинными штаммами. Для вирусов гриппа A (H1N1) pdm09 было показано сходство с вакцинным штаммом, рекомендованным на эпидемический сезон 2017–2018 годов. Выводы. В эпидемическом сезоне 2016–2017 годов все вирусы гриппа –A(H3N2), A(H1N1)pdm09 и B/Victoria приобрели значительное количество уникальных аминокислотных замещений в гене гемагглютинина. Результаты этого исследования подтверждают постоянную генетическую изменчивость циркулирующих вирусов сезонного гриппа и необходимость постоянного систематического антигенного и молекулярного надзора.
issn 0233-7657
url https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/154344
citation_txt The molecular-genetic and phylogenetic analysis of the hemaglutinin gene from influenza viruses / O.Yu. Smutko, L.V. Radchenko, A.Yu. Fesenko, O.S. Holubka, I.G. Budzanivska, A.P. Mironenko // Вiopolymers and Cell. — 2018. — Т. 34, № 5. — С. 400-408. — Бібліогр.: 11 назв. — англ.
work_keys_str_mv AT smutkooyu themoleculargeneticandphylogeneticanalysisofthehemaglutiningenefrominfluenzaviruses
AT radchenkolv themoleculargeneticandphylogeneticanalysisofthehemaglutiningenefrominfluenzaviruses
AT fesenkoayu themoleculargeneticandphylogeneticanalysisofthehemaglutiningenefrominfluenzaviruses
AT holubkaos themoleculargeneticandphylogeneticanalysisofthehemaglutiningenefrominfluenzaviruses
AT budzanivskaig themoleculargeneticandphylogeneticanalysisofthehemaglutiningenefrominfluenzaviruses
AT mironenkoap themoleculargeneticandphylogeneticanalysisofthehemaglutiningenefrominfluenzaviruses
AT smutkooyu molekulârnogenetičniitafílogenetičniianalízgenugemaglûtinínuvírusívgripu
AT radchenkolv molekulârnogenetičniitafílogenetičniianalízgenugemaglûtinínuvírusívgripu
AT fesenkoayu molekulârnogenetičniitafílogenetičniianalízgenugemaglûtinínuvírusívgripu
AT holubkaos molekulârnogenetičniitafílogenetičniianalízgenugemaglûtinínuvírusívgripu
AT budzanivskaig molekulârnogenetičniitafílogenetičniianalízgenugemaglûtinínuvírusívgripu
AT mironenkoap molekulârnogenetičniitafílogenetičniianalízgenugemaglûtinínuvírusívgripu
AT smutkooyu molekulârnogenetičeskiiifilogenetičeskiianalizgenagemagglûtininavirusovgrippa
AT radchenkolv molekulârnogenetičeskiiifilogenetičeskiianalizgenagemagglûtininavirusovgrippa
AT fesenkoayu molekulârnogenetičeskiiifilogenetičeskiianalizgenagemagglûtininavirusovgrippa
AT holubkaos molekulârnogenetičeskiiifilogenetičeskiianalizgenagemagglûtininavirusovgrippa
AT budzanivskaig molekulârnogenetičeskiiifilogenetičeskiianalizgenagemagglûtininavirusovgrippa
AT mironenkoap molekulârnogenetičeskiiifilogenetičeskiianalizgenagemagglûtininavirusovgrippa
AT smutkooyu moleculargeneticandphylogeneticanalysisofthehemaglutiningenefrominfluenzaviruses
AT radchenkolv moleculargeneticandphylogeneticanalysisofthehemaglutiningenefrominfluenzaviruses
AT fesenkoayu moleculargeneticandphylogeneticanalysisofthehemaglutiningenefrominfluenzaviruses
AT holubkaos moleculargeneticandphylogeneticanalysisofthehemaglutiningenefrominfluenzaviruses
AT budzanivskaig moleculargeneticandphylogeneticanalysisofthehemaglutiningenefrominfluenzaviruses
AT mironenkoap moleculargeneticandphylogeneticanalysisofthehemaglutiningenefrominfluenzaviruses
first_indexed 2025-12-07T20:51:04Z
last_indexed 2025-12-07T20:51:04Z
_version_ 1850884137742761984

Схожі ресурси