DNA loop organization in glioblastoma T98G cells at their different functional states
The loop domain organization of chromatin, which plays an important role in transcription regulation, may depend on the cell functional state. Aim. To investigate DNA loop reorganization upon functional transitions in the glioblastoma T98G cells. Methods. Single cell gel electrophoresis (a comet ass...
Saved in:
| Published in: | Вiopolymers and Cell |
|---|---|
| Date: | 2018 |
| Main Authors: | , , , |
| Format: | Article |
| Language: | English |
| Published: |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
2018
|
| Subjects: | |
| Online Access: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/154372 |
| Tags: |
Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
|
| Journal Title: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Cite this: | DNA loop organization in glioblastoma T98G cells at their different functional states / K.S. Afanasieva, A.Y. Semenova, L.L. Lukash, A.V. Sivolob // Вiopolymers and Cell. — 2018. — Т. 34, № 6. — С. 426-434. — Бібліогр.: 22 назв. — англ. |
Institution
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| id |
nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-154372 |
|---|---|
| record_format |
dspace |
| spelling |
Afanasieva, K.S. Semenova, A.Y. Lukash, L.L. Sivolob, A.V. 2019-06-15T14:39:20Z 2019-06-15T14:39:20Z 2018 DNA loop organization in glioblastoma T98G cells at their different functional states / K.S. Afanasieva, A.Y. Semenova, L.L. Lukash, A.V. Sivolob // Вiopolymers and Cell. — 2018. — Т. 34, № 6. — С. 426-434. — Бібліогр.: 22 назв. — англ. 0233-7657 DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.00098D https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/154372 577.323:576.08 The loop domain organization of chromatin, which plays an important role in transcription regulation, may depend on the cell functional state. Aim. To investigate DNA loop reorganization upon functional transitions in the glioblastoma T98G cells. Methods. Single cell gel electrophoresis (a comet assay) was used to analyze the kinetics of the DNA loop migration from the nucleoids obtained from the lysed cells. Results. The cells arrested in the G1 phase of the cell cycle were characterized by a relatively low amount of DNA in the comet tails due to a low content of DNA in the loops which may be resolved by the comet assay (up to ~300 kb). After cell reactivation, the contour length of the loops essentially increased in parallel with a decrease in the linear loop density along the genome. Conclusions. An increase in the loop size and a respective decrease in the loop density may be a general feature of activated cells as we earlier observed similar effects upon activation of human lymphocytes. Організація петельних доменів хроматину, яка відіграє важливу роль у регуляції транскрипції, напевно може залежати від функціонального стану клітини. Мета. Дослідити можливу реорганізацію петель ДНК при функціональних переходах у гліобластомних клітинах T98G. Методи. Ми застосовували метод електрофорезу ДНК ізольованих клітин (кометний електрофорез) для аналізу кінетики міграції петель ДНК з нуклеоїдів, отриманих з лізованих клітин. Результати. Клітини, заарештовані на фазі G1 клітинного циклу, характеризуються порівняно низьким вмістом ДНК у хвостах комет внаслідок низького вмісту ДНК у складі петель, що знаходяться у межах роздільної здатності кометного електрофорезу (до ~300 кб). Після реактивації клітин контурна довжина петель суттєво зростає, паралельно зі зниженням лінійної щільності петель уздовж геному. Висновки. Оскільки подібні ефекти спостерігались нами раніше для активованих лімфоцитів, ми робимо висновок, що зростання розміру петель та відповідне зниження їхньої лінійної щільності може бути загальною характеристикою активованих клітин. Организация петельных доменов хроматина, играющая важную роль в регуляции транскрипции, предположительно может зависеть от функционального состояния клетки. Цель. Исследовать возможной реорганизации петель ДНК при функциональных переходах в глиобластомных клетках T98G. Методы. Мы использовали электрофорез ДНК изолированных клеток (кометный электрофорез) для анализа кинетики миграции петель ДНК из нуклеоидов, полученных из лизированных клеток. Результаты. Клетки, арестованные на фазе G1 клеточного цикла, характеризуются сравнительно низким содержанием ДНК в хвостах комет из-за низкого содержания ДНК в составе петель, которые находятся в пределах разрешающей способности кометного электрофореза (до ~300 кб). После реактивации клеток контурная длина петель существенно возрастает, параллельно со снижением линейной плотности петель вдоль генома. Выводы. Поскольку аналогичные эффекты наблюдались нами ранее для активированных лимфоцитов, мы заключили, что возрастание размера петель и соответствующее снижение их линейной плотности может быть общей характеристикой активированных клеток. en Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Вiopolymers and Cell Structure and Function of Biopolymers DNA loop organization in glioblastoma T98G cells at their different functional states Організація петельних доменів ДНК в гліобластомних клітинах T98G за їх різних функціональних станів Организация петельных доменов ДНК в глиобластомных клетках T98G при их разных функциональных состояниях Article published earlier |
| institution |
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| collection |
DSpace DC |
| title |
DNA loop organization in glioblastoma T98G cells at their different functional states |
| spellingShingle |
DNA loop organization in glioblastoma T98G cells at their different functional states Afanasieva, K.S. Semenova, A.Y. Lukash, L.L. Sivolob, A.V. Structure and Function of Biopolymers |
| title_short |
DNA loop organization in glioblastoma T98G cells at their different functional states |
| title_full |
DNA loop organization in glioblastoma T98G cells at their different functional states |
| title_fullStr |
DNA loop organization in glioblastoma T98G cells at their different functional states |
| title_full_unstemmed |
DNA loop organization in glioblastoma T98G cells at their different functional states |
| title_sort |
dna loop organization in glioblastoma t98g cells at their different functional states |
| author |
Afanasieva, K.S. Semenova, A.Y. Lukash, L.L. Sivolob, A.V. |
| author_facet |
Afanasieva, K.S. Semenova, A.Y. Lukash, L.L. Sivolob, A.V. |
| topic |
Structure and Function of Biopolymers |
| topic_facet |
Structure and Function of Biopolymers |
| publishDate |
2018 |
| language |
English |
| container_title |
Вiopolymers and Cell |
| publisher |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
| format |
Article |
| title_alt |
Організація петельних доменів ДНК в гліобластомних клітинах T98G за їх різних функціональних станів Организация петельных доменов ДНК в глиобластомных клетках T98G при их разных функциональных состояниях |
| description |
The loop domain organization of chromatin, which plays an important role in transcription regulation, may depend on the cell functional state. Aim. To investigate DNA loop reorganization upon functional transitions in the glioblastoma T98G cells. Methods. Single cell gel electrophoresis (a comet assay) was used to analyze the kinetics of the DNA loop migration from the nucleoids obtained from the lysed cells. Results. The cells arrested in the G1 phase of the cell cycle were characterized by a relatively low amount of DNA in the comet tails due to a low content of DNA in the loops which may be resolved by the comet assay (up to ~300 kb). After cell reactivation, the contour length of the loops essentially increased in parallel with a decrease in the linear loop density along the genome. Conclusions. An increase in the loop size and a respective decrease in the loop density may be a general feature of activated cells as we earlier observed similar effects upon activation of human lymphocytes.
Організація петельних доменів хроматину, яка відіграє важливу роль у регуляції транскрипції, напевно може залежати від функціонального стану клітини. Мета. Дослідити можливу реорганізацію петель ДНК при функціональних переходах у гліобластомних клітинах T98G. Методи. Ми застосовували метод електрофорезу ДНК ізольованих клітин (кометний електрофорез) для аналізу кінетики міграції петель ДНК з нуклеоїдів, отриманих з лізованих клітин. Результати. Клітини, заарештовані на фазі G1 клітинного циклу, характеризуються порівняно низьким вмістом ДНК у хвостах комет внаслідок низького вмісту ДНК у складі петель, що знаходяться у межах роздільної здатності кометного електрофорезу (до ~300 кб). Після реактивації клітин контурна довжина петель суттєво зростає, паралельно зі зниженням лінійної щільності петель уздовж геному. Висновки. Оскільки подібні ефекти спостерігались нами раніше для активованих лімфоцитів, ми робимо висновок, що зростання розміру петель та відповідне зниження їхньої лінійної щільності може бути загальною характеристикою активованих клітин.
Организация петельных доменов хроматина, играющая важную роль в регуляции транскрипции, предположительно может зависеть от функционального состояния клетки. Цель. Исследовать возможной реорганизации петель ДНК при функциональных переходах в глиобластомных клетках T98G. Методы. Мы использовали электрофорез ДНК изолированных клеток (кометный электрофорез) для анализа кинетики миграции петель ДНК из нуклеоидов, полученных из лизированных клеток. Результаты. Клетки, арестованные на фазе G1 клеточного цикла, характеризуются сравнительно низким содержанием ДНК в хвостах комет из-за низкого содержания ДНК в составе петель, которые находятся в пределах разрешающей способности кометного электрофореза (до ~300 кб). После реактивации клеток контурная длина петель существенно возрастает, параллельно со снижением линейной плотности петель вдоль генома. Выводы. Поскольку аналогичные эффекты наблюдались нами ранее для активированных лимфоцитов, мы заключили, что возрастание размера петель и соответствующее снижение их линейной плотности может быть общей характеристикой активированных клеток.
|
| issn |
0233-7657 |
| url |
https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/154372 |
| citation_txt |
DNA loop organization in glioblastoma T98G cells at their different functional states / K.S. Afanasieva, A.Y. Semenova, L.L. Lukash, A.V. Sivolob // Вiopolymers and Cell. — 2018. — Т. 34, № 6. — С. 426-434. — Бібліогр.: 22 назв. — англ. |
| work_keys_str_mv |
AT afanasievaks dnalooporganizationinglioblastomat98gcellsattheirdifferentfunctionalstates AT semenovaay dnalooporganizationinglioblastomat98gcellsattheirdifferentfunctionalstates AT lukashll dnalooporganizationinglioblastomat98gcellsattheirdifferentfunctionalstates AT sivolobav dnalooporganizationinglioblastomat98gcellsattheirdifferentfunctionalstates AT afanasievaks organízacíâpetelʹnihdomenívdnkvglíoblastomnihklítinaht98gzaíhríznihfunkcíonalʹnihstanív AT semenovaay organízacíâpetelʹnihdomenívdnkvglíoblastomnihklítinaht98gzaíhríznihfunkcíonalʹnihstanív AT lukashll organízacíâpetelʹnihdomenívdnkvglíoblastomnihklítinaht98gzaíhríznihfunkcíonalʹnihstanív AT sivolobav organízacíâpetelʹnihdomenívdnkvglíoblastomnihklítinaht98gzaíhríznihfunkcíonalʹnihstanív AT afanasievaks organizaciâpetelʹnyhdomenovdnkvglioblastomnyhkletkaht98gpriihraznyhfunkcionalʹnyhsostoâniâh AT semenovaay organizaciâpetelʹnyhdomenovdnkvglioblastomnyhkletkaht98gpriihraznyhfunkcionalʹnyhsostoâniâh AT lukashll organizaciâpetelʹnyhdomenovdnkvglioblastomnyhkletkaht98gpriihraznyhfunkcionalʹnyhsostoâniâh AT sivolobav organizaciâpetelʹnyhdomenovdnkvglioblastomnyhkletkaht98gpriihraznyhfunkcionalʹnyhsostoâniâh |
| first_indexed |
2025-11-28T03:50:04Z |
| last_indexed |
2025-11-28T03:50:04Z |
| _version_ |
1850853307418935296 |