Distribution and expression of chicken endogenous retroviruses in the host genome

Distribution and expression of chicken endogenous retroviruses in the host genome

The distribution of seven groups of endogenous retroviruses (ALV-related ev loci, HERV-I-related proviruses, EAV-HP, EAV-0, E-33, E-51, ART-CH) in the genome of domestic chicken (Gallus gallus) was studied according to the composition (long-range variation of GC-content) of the host genome. GC-rich...

Повний опис

Збережено в:
Бібліографічні деталі
Опубліковано в: :Біополімери і клітина
Дата:2004
Автори: Borisenko, L.G., Rynditch, A.V., Bernardi, G.
Формат: Стаття
Мова:English
Опубліковано: Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 2004
Теми:
Ювілеї
Онлайн доступ:https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/154912
Теги: Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
Назва журналу:Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
Цитувати:Distribution and expression of chicken endogenous retroviruses in the host genome / L.G. Borisenko, A.V. Rynditch, G. Bernardi // Біополімери і клітина. — 2004. — Т. 20, № 1-2. — С. 51-60. — Бібліогр.: 36 назв. — англ.

Репозитарії

Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
id nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-154912
record_format dspace
spelling Borisenko, L.G.
Rynditch, A.V.
Bernardi, G.
2019-06-16T06:21:58Z
2019-06-16T06:21:58Z
2004
Distribution and expression of chicken endogenous retroviruses in the host genome / L.G. Borisenko, A.V. Rynditch, G. Bernardi // Біополімери і клітина. — 2004. — Т. 20, № 1-2. — С. 51-60. — Бібліогр.: 36 назв. — англ.
0233-7657
DOI:http://dx.doi.org/10.7124/bc.000690
https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/154912
577.21:578.26
The distribution of seven groups of endogenous retroviruses (ALV-related ev loci, HERV-I-related proviruses, EAV-HP, EAV-0, E-33, E-51, ART-CH) in the genome of domestic chicken (Gallus gallus) was studied according to the composition (long-range variation of GC-content) of the host genome. GC-rich proviruses (ev loci, ART-CH and EAV-0) have been localized mainly in GC-richest isochore families H2, H3 and H4, GC-poor HERV-I-related proviruses, E-51 and E-33 localized in GC-poor isochore families L1, L2 and also in H1 (isopycnicity). GC-rich EAV-HP, except expected distribution GC-rich isochores, present also in GC-poor compartments. Investigation of expression by RT-PCR and analysis of EST databases provided a tissue-specific patterns that could change the picture of proviral distribution due to reintegration. Reasons of endogenous retrovirus isopycnicity are likely to be the compositional match between the integrant and the chromosomal region of the host, that led to the stability of integration.
Розподіл семи груп ендогенних ретровірусів (ALV-родинні, HERV-I-родинні, EAV-HP, EAV-0, E-33, E-51, ART-CH) у геномі курки досліджували у зв'язку з композиційним складом (варіюванням GC-вмісту) геному хазяїна, GC-багаті pempoвіруси (ALV-родинні, ART-CH ma EAV-0) локалізовані, голо­вним чином, в GC-найбагатших родинах ізохор Н2, НЗ і Н4, GC-бідні HERV-1-родинні провіруси, Е-51 та Е-33 локалізовані в GC-бідних родинах ізохор LJ, L2, а також в НІ (ізопікнічність). GC-багатий ретровірус EAV-HP, окрім очікуваної наявності в GC-багатих ізохорах, присутній також в GC-бідних ком пар тментах. Дослідження експресії шляхом RTPCR, а також аналіз баз даних EST свідчать, що експресія ендогенних ретровірусів курки може бути тканиноспецифічною. Це, в свою чергу, може впливати на картину провірусної локалізації внаслідок реінтеграції. Причиною ізопікнічної ло­калізації ендогенних ретровірусів є композиційна відповідність між інтегрованою послідовністю та хромосомною ділянкою хазяїна, що забезпечує стабільність інтеграції.
Распределение семи групп эндогенных ретровирусов (ALV-родственные, HERV-I-родственные, EAV-HP, EAV-0, E-33, E-51, ART-CH) в геноме курицы исследовали в связи с компо­зиционным составом (варьированием GC-содержания) генома хозяина. GC-богатые ретровирусы (ALV-родственные, ARTCH и EAV-0) локализованы, главным образом, в наиболее GC-богатых семействах изохор Н2, НЗ и Н4, GC-бедные HERV-I-родственные провирусы, Е-51 и Е-33 локализованы в GC-бедных семействах изохор LI, L2, а также в НІ (изопикничность). GC-богатый ретровирус EAV-HP, кроме ожидаемо­го наличия в GC-богатых изохорах, присутствует также в GC-бедных компартментах. Исследование экспрессии с по­мощью RT-PCR, а также анализ баз данных EST свидетельст­вуют о том, что экспрессия эндогенных ретровирусув курицы может быть тканеспецифичной. Это, в свою очередь, может влиять на картину провирусной локализации вследствие реин­теграции. Причиной изопикничной локализации эндогенных ретровирусов является композиционное соответствие между интегрированной последовательностью и хромосомным уча­стком хозяина, что обеспечивает стабильность интеграции.
This research was supported by a NATO grant (LST.CLG9/6685). We thank M. Costantini, G. Bucciarelli, G. Wronka and L. Tsyba for assistance with the preparation of gradients, Dr J. Heinar and V. Stepanets for providing RNA and DNA.
en
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
Біополімери і клітина
Ювілеї
Distribution and expression of chicken endogenous retroviruses in the host genome
Розподіл та експресія ендогенних ретровірусів курки у геномі хазяїна
Распределение и экспрессия эндогенных ретровирусов курицы в геноме хозяина
Article
published earlier
institution Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
collection DSpace DC
title Distribution and expression of chicken endogenous retroviruses in the host genome
spellingShingle Distribution and expression of chicken endogenous retroviruses in the host genome
Borisenko, L.G.
Rynditch, A.V.
Bernardi, G.
Ювілеї
title_short Distribution and expression of chicken endogenous retroviruses in the host genome
title_full Distribution and expression of chicken endogenous retroviruses in the host genome
title_fullStr Distribution and expression of chicken endogenous retroviruses in the host genome
title_full_unstemmed Distribution and expression of chicken endogenous retroviruses in the host genome
title_sort distribution and expression of chicken endogenous retroviruses in the host genome
author Borisenko, L.G.
Rynditch, A.V.
Bernardi, G.
author_facet Borisenko, L.G.
Rynditch, A.V.
Bernardi, G.
topic Ювілеї
topic_facet Ювілеї
publishDate 2004
language English
container_title Біополімери і клітина
publisher Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
format Article
title_alt Розподіл та експресія ендогенних ретровірусів курки у геномі хазяїна
Распределение и экспрессия эндогенных ретровирусов курицы в геноме хозяина
description The distribution of seven groups of endogenous retroviruses (ALV-related ev loci, HERV-I-related proviruses, EAV-HP, EAV-0, E-33, E-51, ART-CH) in the genome of domestic chicken (Gallus gallus) was studied according to the composition (long-range variation of GC-content) of the host genome. GC-rich proviruses (ev loci, ART-CH and EAV-0) have been localized mainly in GC-richest isochore families H2, H3 and H4, GC-poor HERV-I-related proviruses, E-51 and E-33 localized in GC-poor isochore families L1, L2 and also in H1 (isopycnicity). GC-rich EAV-HP, except expected distribution GC-rich isochores, present also in GC-poor compartments. Investigation of expression by RT-PCR and analysis of EST databases provided a tissue-specific patterns that could change the picture of proviral distribution due to reintegration. Reasons of endogenous retrovirus isopycnicity are likely to be the compositional match between the integrant and the chromosomal region of the host, that led to the stability of integration. Розподіл семи груп ендогенних ретровірусів (ALV-родинні, HERV-I-родинні, EAV-HP, EAV-0, E-33, E-51, ART-CH) у геномі курки досліджували у зв'язку з композиційним складом (варіюванням GC-вмісту) геному хазяїна, GC-багаті pempoвіруси (ALV-родинні, ART-CH ma EAV-0) локалізовані, голо­вним чином, в GC-найбагатших родинах ізохор Н2, НЗ і Н4, GC-бідні HERV-1-родинні провіруси, Е-51 та Е-33 локалізовані в GC-бідних родинах ізохор LJ, L2, а також в НІ (ізопікнічність). GC-багатий ретровірус EAV-HP, окрім очікуваної наявності в GC-багатих ізохорах, присутній також в GC-бідних ком пар тментах. Дослідження експресії шляхом RTPCR, а також аналіз баз даних EST свідчать, що експресія ендогенних ретровірусів курки може бути тканиноспецифічною. Це, в свою чергу, може впливати на картину провірусної локалізації внаслідок реінтеграції. Причиною ізопікнічної ло­калізації ендогенних ретровірусів є композиційна відповідність між інтегрованою послідовністю та хромосомною ділянкою хазяїна, що забезпечує стабільність інтеграції. Распределение семи групп эндогенных ретровирусов (ALV-родственные, HERV-I-родственные, EAV-HP, EAV-0, E-33, E-51, ART-CH) в геноме курицы исследовали в связи с компо­зиционным составом (варьированием GC-содержания) генома хозяина. GC-богатые ретровирусы (ALV-родственные, ARTCH и EAV-0) локализованы, главным образом, в наиболее GC-богатых семействах изохор Н2, НЗ и Н4, GC-бедные HERV-I-родственные провирусы, Е-51 и Е-33 локализованы в GC-бедных семействах изохор LI, L2, а также в НІ (изопикничность). GC-богатый ретровирус EAV-HP, кроме ожидаемо­го наличия в GC-богатых изохорах, присутствует также в GC-бедных компартментах. Исследование экспрессии с по­мощью RT-PCR, а также анализ баз данных EST свидетельст­вуют о том, что экспрессия эндогенных ретровирусув курицы может быть тканеспецифичной. Это, в свою очередь, может влиять на картину провирусной локализации вследствие реин­теграции. Причиной изопикничной локализации эндогенных ретровирусов является композиционное соответствие между интегрированной последовательностью и хромосомным уча­стком хозяина, что обеспечивает стабильность интеграции.
issn 0233-7657
url https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/154912
citation_txt Distribution and expression of chicken endogenous retroviruses in the host genome / L.G. Borisenko, A.V. Rynditch, G. Bernardi // Біополімери і клітина. — 2004. — Т. 20, № 1-2. — С. 51-60. — Бібліогр.: 36 назв. — англ.
work_keys_str_mv AT borisenkolg distributionandexpressionofchickenendogenousretrovirusesinthehostgenome
AT rynditchav distributionandexpressionofchickenendogenousretrovirusesinthehostgenome
AT bernardig distributionandexpressionofchickenendogenousretrovirusesinthehostgenome
AT borisenkolg rozpodíltaekspresíâendogennihretrovírusívkurkiugenomíhazâína
AT rynditchav rozpodíltaekspresíâendogennihretrovírusívkurkiugenomíhazâína
AT bernardig rozpodíltaekspresíâendogennihretrovírusívkurkiugenomíhazâína
AT borisenkolg raspredelenieiékspressiâéndogennyhretrovirusovkuricyvgenomehozâina
AT rynditchav raspredelenieiékspressiâéndogennyhretrovirusovkuricyvgenomehozâina
AT bernardig raspredelenieiékspressiâéndogennyhretrovirusovkuricyvgenomehozâina
first_indexed 2025-12-07T17:51:54Z
last_indexed 2025-12-07T17:51:54Z
_version_ 1850872865592705024

Схожі ресурси