Статистическая значимость встречаемости некоторых сложных сочетаний нуклеотидов: сравнение моделей ДНК

• Published in: Биополимеры и клетка
• Date: 1989
• Main Authors: Субоч, Г.М., Сприжицкий, Ю. А.
• Format: Article
• Language: Russian
• Published: Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 1989
• Subjects: Структура и функции биополимеров
• Online Access: https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/154974
• Journal Title: Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
• Cite this: Статистическая значимость встречаемости некоторых сложных сочетаний нуклеотидов: сравнение моделей ДНК / Γ.Μ. Субоч, Ю.А. Сприжицкий // Биополимеры и клетка. — 1989. — Т. 5, № 4. — С. 30-37. — Бібліогр.: 8 назв. — рос.

Предложена схема моделирования цепочки ДНК как последовательности блоков нуклеотидов. Показано, что такая модель более адекватно описывает наблюдаемые частоты встречаемости локальных зеркальных гомопурин-гомопиримидиновых повторов, нежели марковская однородная модель второго порядка. Описывается методика оценки статистической значимости встречаемости в ДНК некоторых сложных сочетаний нуклеотидов. Запропоновано схему моделювання ланцюжка ДНК як послідовності блоків нуклеотидів. Показано, що така модель адекватніше описує спостережувані частоти зустрічальності локальних дзеркальних гомопурин- гомопіримідинових повторів, ніж марковська однорідна модель другого порядку. Описано методику оцінки статистичної значущості зустрічальності в ДНК деяких складних поєднань нуклеотидів. A scheme for modeling of the DNA chain as a sequence of the nucleotide runs of different length is presented. The advantages of such a method and range of its application are discussed. A procedure is suggested to estimate statistical significance of occurrence of some complex sequence structures in DNA by the Monte-Carlo method. It uses a bootstrap algorithm and necessitates comparatively small number of calculations. Three different models, used to derive such estimations of the frequencies of homopurine-homopyrimidine mirror repeats in the DNA of phage K and rodentia noncoding regions are compared.