Дезоксирибоаналог антикодоновой ветви дрожжевой тPHKPhe не способен к кодон-зависимому связыванию с малыми субчастицами рибосом Escherichia coli и печени кролика
Для изучения влияния модификаций сахарофосфатного остова антикодоновой области тРНК на ее взаимодействие с рибосомами использован олигонуклеотид d (CCAGACTGAAGATCTGG), соответствующий по нуклеотидной последовательности немодифицированной антикодоновой ветви дрожжевой tPHKPhe Показано, что данный оли...
Saved in:
| Published in: | Биополимеры и клетка |
|---|---|
| Date: | 1989 |
| Main Authors: | , , , , , , |
| Format: | Article |
| Language: | Russian |
| Published: |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
1989
|
| Subjects: | |
| Online Access: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/155014 |
| Tags: |
Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
|
| Journal Title: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Cite this: | Дезоксирибоаналог антикодоновой ветви дрожжевой тPHKPhe не способен к кодон-зависимому связыванию с малыми субчастицами рибосом Escherichia coli и печени кролика / К.Д. Солдаткин, О.В. Ковальчук, А.П. Потапов, А.В. Ельская, Н.Ф. Крынецкая, Н.Г. Долинная, З.А. Шабарова // Биополимеры и клетка. — 1989. — Т. 5, № 4. — С. 62-66. — Бібліогр.: 21 назв. — рос. |
Institution
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| _version_ | 1860128561417945088 |
|---|---|
| author | Солдаткин, К.А. Ковальчук, О.В. Потапов, А.П. Ельская, А.В. Крынецкая, Н.Ф. Долинная, Н.Г. Шабарова, З.А. |
| author_facet | Солдаткин, К.А. Ковальчук, О.В. Потапов, А.П. Ельская, А.В. Крынецкая, Н.Ф. Долинная, Н.Г. Шабарова, З.А. |
| citation_txt | Дезоксирибоаналог антикодоновой ветви дрожжевой тPHKPhe не способен к кодон-зависимому связыванию с малыми субчастицами рибосом Escherichia coli и печени кролика / К.Д. Солдаткин, О.В. Ковальчук, А.П. Потапов, А.В. Ельская, Н.Ф. Крынецкая, Н.Г. Долинная, З.А. Шабарова // Биополимеры и клетка. — 1989. — Т. 5, № 4. — С. 62-66. — Бібліогр.: 21 назв. — рос. |
| collection | DSpace DC |
| container_title | Биополимеры и клетка |
| description | Для изучения влияния модификаций сахарофосфатного остова антикодоновой области тРНК на ее взаимодействие с рибосомами использован олигонуклеотид d (CCAGACTGAAGATCTGG), соответствующий по нуклеотидной последовательности немодифицированной антикодоновой ветви дрожжевой tPHKPhe Показано, что данный олигонуклеотид в растворе образует внутримолекулярную «шпильку», однако не способен связываться с 30S и 40S субчастицами рибосом Е. coli и печени кролика соответственно в присутствии рибо-(поли (U)) и дезоксирибо-(поли (dT)) матриц. Добавление антибиотика неомицина В не меняло ситуации.
Для вивчення впливу модифікацій сахарофосфатного остова антикодонової області тРНК на її взаємодію з рибосомами використано олігонуклеотид d(CCAGACTGAAGATCTGG), який за нуклеотидною послідовністю відповідає немодифікованій антикодоновій гілці дріжджової тPHKPhe. Показано, що даний олігонуклеотид у розчині утворює внутрішньомолекулярну «шпильку», проте не здатний зв’язуватися з 30S і 40S субчастинками рибосом Е. coli і печінки кроля відповідно за присутності рибо-(полі (U)) і дезоксирибо-(полі (dT)) матриць. Додавання антибіотика неоміцину В не змінювало ситуації.
Oligonucleotide d(CCAGACTGAAGATCTGG) has been used to study influence of sugar-phosphate backbone modifications on the interaction of tRNA anticodon region with ribosomes. Its sequence corresponds to nonmodified tRNAPheyeast anticodon arm. The oligonucleotide is shown to form an intramolecular «loop», but nevertheless it is not able to be bound to 305 and 40S ribosomes of E. coli and rabbit liver in the presence of ribo-(poly(U)) or deoxyribo-(poly(dT)) messenger. The addition of neomycin B promotes no changes in the situation.
|
| first_indexed | 2025-12-07T17:43:31Z |
| format | Article |
| fulltext |
14. Lawrcnce G. J., Appels R. M a p p i n g the nucleolus o rgan ize r region, seed proiein loci
and isozyme loci on chromosome IR in r y e / / T h e o r . and Appl. Genet .— 1986.—71,
N 5,— P. 742—749.
Отдел биохимии Получено 23.05.88
и цитохимии Башкир, фил. АН СССР, Уфа
N U C L E O T I D E S E Q U E N C E O F LARGE 5S DNA R E P E A T
IN D I P L O I D W H E A T T R I T I C U M M O N O C O C C U M L.
V. A. Vakhitοv, Yu. M. Nikonorov
Depar tmen t of Biochemis t ry and Cytochemist ry ,
Bashki r Branch of the Academy of Sciences of the U S S R , Ufa
S u m m a г у
Nucleotide sequence of l a rge 5S DNA repeated uni t 485 base pai rs long, w a s determined
in diploid wheat Triticum monococcum. The d i f ferences in length in two famil ies of 5S
D N S repeats in this wheat species are shown to be related to 154 b. p. deletion in cent-
ral region of in tergenic spacer. A high homology of 5S rRNA coding regions, t e r m i n a t i n g
sequences, З ' -ends in in tergenic spacers in both famil ies of 5S DNA repea ts and also in
repea ts of s imilar length in two samples of T. monococcum is shown. Con t ra ry to dico-
tyledon p lan t s ATATATATTA sequence in cereal species unde r inves t iga t ion is found
to be located nearer to 5 '-end of the in tergenic spacer.
УДК 577.217;577.18.02
К. Д. Солдаткин, О. В. Ковальчук, А. П. Потапов, А. В. Ельская.
II. Ф. Крынецкая, Н. Г. Долинная, З. А. Шабарова
ДЕЗОКСИРИБОАНАЛОГ АНТИКОДОНОВОЙ ВЕТВИ
ДРОЖЖЕВОЙ TPHKPhe НЕ СПОСОБЕН К КОДОН-ЗАВИСИМОМУ
СВЯЗЫВАНИЮ С МАЛЫМИ СУБЧАСТИЦАМИ
РИБОСОМ ESCHERICHIA COLI И ПЕЧЕНИ КРОЛИКА
Для изучения влияния модификаций сахарофосфатного остова антикодоновой области
тРНК на ее взаимодействие с рибосомами использован олигонуклеотид
d (CCAGACTGAAGATCTGG) , соответствующий по нуклеотидной последовательности не-
модифицир о ванной антикодоновой ветви дрожжевой TPHKvhПоказано, что данный
олигонуклеотид в растворе образует внутримолекулярную «шпильку», однако не спо-
собен связываться с 30S и 40S субчастицами рибосом Е. coli и печени кролика соот-
ветственно в присутствии риб о-(поли (V)) и дезоксирибо-(поли (dT)) матриц. Добавле-
ние антибиотика неомицина В не меняло ситуации.
Введение. Для объяснения механизма отбора аминоацил-тРНК па ри-
босомах и транслокации предложена гипотеза стереоспецифической
стабилизации кодон-антикодоновых комплексов, постулирующая пря-
мое взаимодействие декодирующего центра рибосом с сахарофосфат-
пым остовом кодон-антикодоновых дуплексов [1—4]. Согласно гипоте-
зе, модификации сахарофосфатного остова кодона или антикодона
должны оказывать существенное влияние на взаимодействие тРНК с про-
граммированной рибосомой. Природным вариантом полинуклеотида с
«модифицированным» рибозофосфатпым остовом является ДНК. В нор-
ме однотяжевая Д Н К не может быть транслирована в бесклеточной
белоксинтезирующей системе из Е. Coli1 но в присутствии некоторых
аминогликозидных антибиотиков, в первую очередь неомицина В, такая
трансляция становится возможной [5—7] .
В этой связи большой интерес представляет изучение влияния мо-
дификаций сахарофосфатного остова антикодоновой области тРНК на
62 ISSN 0233-7657. Б И О П О Л И М Е Р Ы И КЛЕТКА 1989. Т. 5. ЛЪ 4
ее взаимодействие с рибосомами. В качестве модели тРНК мы исполь-
зовали ее антикодоиовую ветвь. Этот подход был предложен в 1969 г.
Дьюбом [18]. Оказалось, что параметры связывания антикодоновой
ветви дрожжевой TPHKp h e с поли (U)-программированными 30S суб-
частицами рибосом из Е. coli близки к параметрам целой
тРНК [9, 10]. Было показано, что синтетический олигонуклеотид
г (GGCCAAAAAAAGGCC), не имеющий в своем составе модифициро-
ванных нуклеотидов, также способен связываться с поли(U)-програм-
мированными рибосомами [11].
В данной работе изучена возможность связывания дезоксирибогеп-
тадекануклеотида (в дальнейшем d (N) 17) —аналога антикодоновой
ветви TPHKphe из дрожжей-—с 30S и 40S субчастицами рибосом, про-
граммированными поли(U) или поли(сГГ), в присутствии и отсутствие
пеомиципа В.
Материалы и методы. 30S субчастицы рибосом Е. coli MRE 600 любезно предо-
ставлены В. И. М а х н о ( Л И Я Ф им. Б. П. Константинова А Н С С С Р , Г а т ч и н а ) . 40S
субчастицы из печени кролика получены по [12]. Т4-полипуклеотидкиназа — Н П О
«Фермент» Вильнюс. П о л и ( U ) фирмы «Reana l» ( В Н Р ) , поли (dT) производства
Н И К Т И Б А В ( Б е р д с к ) , неомицина сульфат фирмы «Boehr inge r M a n n h e i m » ( Ф Р Г ) ,
[ 1 4 С ] ф е н и л а л а н и н (13,3 Г Б к / м м о л ь ) производства Ч С С Р , [ γ - 3 2 Ρ ] Λ Τ Φ (37 Т Б к / м м о л ь )
— « Р а д и о п р е п а р а т » А Н У з С С Р .
П о л у ч е н и е и х а р а к т е р и с т и к а d (N) 17. Г е п т а д е к а н у к л е о т и д
( C C A G A C T G A A G A T C T G G ) синтезирован автоматическим ф о с ф н т а м и д н ы м методом на
синтезаторе «Виктория-4М» [13] . К р и в ы е температурной зависимости УФ-поглощения
регистрировали при 260 им в 0,02 M трис-HCl , р Н 7,5, 0,02 M M g ( C H 3 C O O ) 2 , 0,1 M
XH 4Cl па спектрофотометре «Сагу 215» ( С Ш А ) , снабженном термостатируемым кюве-
т о д е р ж а т е л е м и блоком д л я измерения температуры. К р и в ы е плавления снимали при
непрерывном повышении температуры со скоростью 1 °С/мин. Концентрация олигопук-
леотнда , в ы р а ж е н н а я через концентрацию нуклеотидного звена, составляла 0,5· Ю - 2 ,
0,3· Ю - 3 , 0,3· IO- 4 М. Коэффициент молярной экстинкции нуклеотидного звена опре-
деляли как среднее арифметическое коэффициентов молярной экстинкции составляю-
щих нуклеотидных звеньев, E2GO= 11240 M - 1 с м - 1 . Б ' -Фосфорилирование Cl(N)17 вы-
полнено с помощью [ γ - 3 2 Ρ ] Α Τ Φ и Т4-полинуклеотидкиназы по [14] с последующей
очисткой электрофорезом в 20 %-ном полиакриламидном геле. Удельная активност і
меченого олигонуклеотида составляла 1 I iI—370 Г Б к / м м о л ь . П р е п а р а т использовали
сразу после мечепия.
П о л у ч е н и е [ 1 4 C] P h e - T P H K p h e . С у м м а р н а я т Р Н К была выделена фенольной
экстракцией из пекарских д р о ж ж е й [15] . Очищенная [ 1 4 C ] P h e - T P H K p h e (1600 пмолей
[ 1 4 C] фенилаланина на 1 о. е. Ao.so) получена двойной х р о м а т о г р а ф и е й на Б Д - ц е л л ю л о з -
ной колонке (в деацилированной и аминоацилированной ф о р м а х ) по методу Гиллама
и Тснера [16] . П р е п а р а т хранили в растворе при —50 °С.
С в я з ы в а н и е d (N) и и P h e - T P H K p h e с рибосомами проводили в буфере:
0,02 M трис-HCl , р Н 7,6, 0,02 или 0,03 M MgCl 2 , 0,1 M NH 4 Cl . П р о б ы (50 мкл) содер-
ж а л и поли (U) (5 мкг) или поли (dT) (3 мкг) . В пробах, с о д е р ж а щ и х иеомицин, кон-
центрация его составляла 100 мкМ. Условия инкубации с 30S субчастицами рибосом
(27 пмолей) : 100 мин, 2 °С, d ( N ) 1 7 - 7 пмолей (111 Г Б к / м м о л ь ) , P h e - T P H K p h e —
18 пмолей (13,3 Г Б к / м м о л ь ) . Условия инкубации с 40S субчастицами рибосом (12 пмо-
лей) : 30 мин, 20 °С, ( I ( N ) 1 7 - 0 , 7 пмоля (370 Г Б к / м м о л ь ) , P h e - T P H K p h e - H пмолей
(13,3 Г Б к / м м о л ь ) . Количество связанного с рибосомами м а т е р и а л а определяли с по-
мощью фильтрования через нитроцеллюлозные фильтры по методу Ниренберга и Jle-
дера [17] .
Результаты и обсуждение. Исследуемый олигонуклеотид имеет на
концах комплементарные последовательности и потенциально способен
образовывать как внутримолекулярные шпилечные структуры, так и
меж молекулярные димеры с внутренними петлями и агрегаты более вы-
сокого порядка. В общем случае возможно сосуществование обеих форм,
причем соотношение между ними зависит от концентрации, длины ком-
плементарной области, ее GC-состава, а также от длины и нуклеотид-
ного состава петли [18, 19].
ISSN 01\·)3-7ί>57. Б И О П О Л И М Е Р Ы И КЛЕТКА 1989. Т. 5. № 4 63
На рисунке приведена кривая плавления изучаемого 17-членного
дезоксирибоолигонуклеотида. Однофазный профиль кривой свидетель-
ствует о том, что в растворе образуется лишь один из возможных типов
структур [19]. Кривые плавления d(N)n практически совпадают в диа-
пазоне концентраций от 0,5· IO-2 до 0,ЗХ
X10 - 4 M нуклеотидных звеньев. Усред-
ненная Тпл — 5 0 ± 1 °С, гиперхромный
эффект в интервале п л а в л е н и я — 1 6 +
± 2 %. Отсутствие концентрационной за-
висимости Тпл олигомеров однозначно
свидетельствует об образовании внутри-
молекулярной «шпильки».
Н о р м а л и з о в а н н а я к р и в а я плавления d (N) 17 при
различных концентрациях олигомера : 1—0,5· 1 0 - 2 ;
0 , 3 - 1 0 - 3 ; 3 — 0 , 3 · 1 0 - 4 M
Norma l i zed m e l t i n g curve of d (N) η wi th d i f f e ren t
o l igonuc leo t ide concen t r a t i ons : 1—0,5· I O - 2 M;
2 — 0 . 3 - 1 0 - 3 M; 3—0.3-10-4 M
Результаты по связыванию d(N) 17 и Phe-TPHKphe с рибосомами
представлены в таблице. В то время как Phe-TPHKphe хорошо связы-
вается с рибосомами, дезоксирибоаналог ее антикодоновой ветви не об-
ладает этим свойством. Предварительная инкубация d(N) 17 в течение
5 мин при IOO0C с последующим резким охлаждением (условия, стиму-
лирующие образование исключительно внутримолекулярных «шпилек»)
пе изменяла ситуации. Следует подчеркнуть, что исходя из данных,
приведенных в [9], концентрации субстратов и время инкубации явля-
ются достаточными для образования регистрируемого комплекса при-
родной антикодоновой ветви тРНК с рибосомами.
Таким образом, малые субчастицы прокариотических (E . coli)
и эукариотических (печень кролика) рибосом не способны к заметному
кодон-зависимому связыванию дезоксирибоаналога антикодоновой вет-
ви TPHKp h e в присутствии как рибо-(поли (U)) , так и дезоксирибонук-
леотидной (поли(dТ)) матрицы. Связывание не усилилось под влия-
нием антибиотика неомицина. Как ранее показано [20], Phe-TPHKphe
связывается с поли(U)- и поли(dT)-программированными 30S субчасти-
цами как в отсутствие, так и в присутствии неомицина.
Несмотря на принципиальную возможность комплементарного ко-
дон-антикодонового взаимодействия синтетического аналога с поли (U)
или поли(сПГ), образования тройного комплекса с рибосомой не проис-
ходит. Это еще раз свидетельствует о том, что комплементарность ко-
Связывание d(N) η и Phe-TPHKphe с малыми субчастицами рибосом Е. coli и печени
кролика (пмоль связанного материала / 50 мкл пробы)
Binding of d(N)n and Phe-tRNAPhe to Escherichia coli and rabbit liver small ribosomal
subunits (pmoles of bound material per 50 μΐ assay)
Лиганд
Без
матрицы ' Поли (и ) Поли(сПГ)
Поли ( и ) ,
неомицин
Поли(сІТ),
неомицин
30S субчастицы
Cl(N)17
P h e - T P H K p h e
< 0 , 0 0 5
< 0 , 0 0 5
< 0 , 0 0 5
11
< 0 , 0 0 5
2
< 0 , 0 0 5 < 0 , 0 0 5
40S субчастицы
Ci(N)17
P h e - T P H K p h c
< 0 , 0 0 5
< 0 , 0 0 5
< 0 , 0 0 5
8,3
< 0 , 0 0 5
< 0 , 0 0 5
< 0 , 0 0 5 < 0 , 0 0 5
64 I S S N 0233-7657. Б И О П О Л И М Е Р Ы И К Л Е Т К А 1989. Т. 5. № 4
дона и аитикодона является необходимым но, не достаточным условием
связывания субстрата рибосомой.
Полученный отрицательный результат лишь отчасти может быть
объяснен отсутствием модифицированных оснований в аналоге анти-
кодоновой ветви TPHKphe- По нашим предварительным данным, синте-
тический рибогептадекануклеотид, имеющий такой же нуклеотидный
состав, что и изучаемый дезоксирибоолигонуклеотид, связывался с по-
ли (U)-программированными рибосомами. Правда, уровень такого свя-
зывания был примерно в 5—7 раз ниже, чем для Phe-TPHKp h e .
Основные причины отсутствия связывания дезоксирибоаналога ан-
тикодоновой ветви TPHKphe могут состоять в следующем: а) необходи-
мости прямого участия 2 /-гидроксильных групп во взаимодействии с ри-
босомиым комплексом; б) опосредованном влиянии 2 /-гидроксилов на
взаимодействие ветви с рибосомой за счет предопределения такой кон-
формации антикодона, в которой он не способен образовывать стабиль-
ные кодон-антикодоновые комплексы на рибосоме. В последнем случае
большую роль может сыграть то обстоятельство, что в стебле олиго-
пуклеотидная спираль, видимо, находится в В-конформации, характер-
ной для ДНК, влияя тем самым на пространственное расположение нук-
леотидов в петле. Геометрия же антикодоновой петли существенна для
комплементарного спаривания с кодоном [21].
Исходя из вышеизложенного, с большой вероятностью можно ожи-
дать, что и дезоксирибоаналог полной молекулы TPHKp h e также не бу-
дет способен кодон-зависимо связываться с рибосомами.
Полученные данные согласуются с гипотезой о стереоспецифической
стабилизации кодон-антикодоновых комплексов на рибосоме. Выясне-
ние конкретной причины отсутствия кодон-зависимого связывания дез-
оксирибоаналога антикодоновой ветви TPHKphe с малыми субчас-
тицами про- и эукариотических рибосом требует дополнительного ис-
следования.
Авторы благодарят В. В. Махно за предоставленный препарат суб-
частиц рибосом.
С П И С О К Л И Т Е Р А Т У Р Ы
1. Potapov А. P. A stereospecific mechan ism for the aminoacy l - tRNA selection at the
r ibosome / / F E B S Lett .— 1982.—146, N 1 . — P . 5—8.
2. Потапов А. П. Механизм стереоспецифической стабилизации кодон-антикодоновых
комплексов на рибосомах в ходе трансляции / / Ж у р н . общ. биологии.— 1985.— 46,
№ 1.—С. 63—77.
3. Потапов А. П. Стереоспецифический механизм отбора а м и н о а ц и л - т Р Н К рибосо-
м о й / / Д о к л . АН УССР. Сер. Б.— 1982 .—№ 6 . — С . 100—102.
4. Потапов А. П. Механизм транслокации пептидил-тРНК и м Р Н К в рибосоме / / Там
же.— С. 73—75.
Б. McCarthy В. /., Holland J. J. Dena tu ra t ed DNA as a direct t empla t e for in vitro pro-
tein s y n t h e s i s / / P r o c . Nat . Acad. Sci. USA.— 1965.—54, N 3 . — P . 880—886.
6. Morgan A. R., Wells R. D., Khorana H. G. S tud ies on polynucleot ides . 74. Direct
t r ans l a t ion in vitro of s ing le - s t randed DNA-Iike po lymers with repea t ing nucleot ide
sequences in the presence of neomycyn B / / J . Мої. Biol.— 1967.—26, N 3.— P. 477—
497.
7. Сравнительное изучение матричной активности поли (U) и п о л и ^ Т ) в бесклеточных
белоксинтезирующих системах из Escherichia coli и зародышей пшеницы / А. П. По-
тапов, К. А. Солдаткин, А. П. Солдаткин, А. В. Ельская / / Биополимеры и клетка.—
1988.—4, № 3 . — С . 133—138.
8. A structural r equi rements for codon-ant icodon interact ion on the r ibosomes / S. K. Du-
be, P. S. Rud land , B. F. C. Clark, K. A. Marcker / / Cold S p r i n g H a r b o r Symp. Quan t .
Biol.— 1969.—34.— P. 161—166.
9. Rose III S. /., Lowary P. TUhlenbeck О. C. B ind ing of yeas t t R N A P h e an t icodon
arm to Escherichia coli 30S r i b o s o m e s / / J . MoL Biol.— 1983.—167, N 1 . — P . 103—
117.
10. Нехай С. Α., Саминский Ε. Μ. Связывание фрагмента фенилаланиновой т Р Н К из
д р о ж ж е й , содержащего антикодоновую петлю, с 30S субчастицами и 70S рибосо-
мами Escherichia coli / / Биополимеры и клетка.— 1989.—5, № 2.— С. 62—69.
11. Enzymatic synthes is and some proper t ies of a model pr imit iv t R N A / M . Kinjo, T. Ha-
segawa, K. N a g a n o et a l . / / J . Мої. Evol.— 1986.—23, N 4 . — P . 320—327.
ISSN 0233-7057. Б И О П О Л И М Е Р Ы И КЛЕТКА 1989. Τ. 5. № 4 5 — 9-252 65
12. Falveij А. К., Siaechelin Т. Structure and function of mammal ian ribosomes 1. Iso-
lation and character izat ion of active liver ribosomal s u b u n i t s / / J . Мої. Biol.— 1970.—
53, N 1.—P. 1—9.
13. Автоматический синтез олигодезоксирибонуклеотидов фосфитампдным метолом на
установке «Виктория-4М» / С. М. Грязнов, В. К. Потапов, А. А. Елов и д?·. / / Био-
орг. химия.— 1986.—12, №> 7.—С. 988—991.
14. Maxam A. M., Gilbert W. A new method for sequencing D N A / / P r o c . Nai. Acad. Sci.
USA.— 1977.—74, N 2 , — P . 560—564.
15. Ziibaij C. The isolation and fract ionat ion or soluble ribonucleic a c i d / / J . .Mi . i>ioi.·· -
1962.—4, N 3 . — P . 347—356.
16 Gillam I. C., Tcner С. M. The use BD-cellulose in separat ion of transit·:- hNA ' s /'
Meth. Enzymol.— 1971.—20, pt C . — P . 55—70.
17. Nirenberg M., Leder P. RNA codewords and protein syn thes i s / / 'Sc ience .— НКя,-
145, N 3639 .—P. 1399—1407.
18. Duplex-hairpin t rans i t ions in DNA: NMR studies on CGCGTATACGCG / D. z.. Wein-
iner, S. H. Chou, D. R. Hare, B. R. R e i d / / N u c L Acids Res.— 1985 —13. N K),
P. 3755—3765.
19. Hairpin format ion in synthetic oligonucleotides / C. W. Hilbers, C. A. G. HaasnooL
S. H. de Bruin ct al. / /B ioch imie .— 1985,—67, N 7 , — P . 685—695 ;
20. Изучение поли (U) и поли (dT)-зависимого связывания P h e - T P H K r h e с 30S суОчасги-
цами рибосом Escherichia coli/ К. А. Солдаткин, А. П. Потапов, А. П. Солд.аткпи,
А. В. Е л ь с к а я / / Б и о п о л и м е р ы и клетка,— 1988,—4, № 4.—С. 193—196.
21. Grosjeati H., Houssier С., Cedergren R. Anticodon-anlicodon interactions ;nui ; R \ А
sequence comparison: approaches to codon recognition / / Nato adv. res. w :·>]:···'>.
Rcnesse, 1985,—P. 1—15.
Ин-т молекуляр. биологии и генетики АН УССР, Киев Получе:·: ".· 23.·''·'..^Я
МГУ им. М. В. Ломоносова
D E OX YRIВОANALОG OF THE ANTICODON ARM OF YEAST і RNAPhe
IS NOT ABLE TO C O D O N - D E P E N D E N T BINDING TO SMALL RIBOSOMAL
S U B U N I T S OF E S C H E R I C H I A COLI AND THE RABBIT LIVER
K. A. Soldatkin, O. N. Kovalchuk, A. P. Potapov, Α. V. Elskaya,
N. F. Krynetskaya, N. G. Dolinnaya, Z. A. Shabarova
Inst i tute of Molecular Biology and Genetics,
Academy of Sciences of the Ukrainian SSR, Kiev
S u m m a r y
Oligonucleotide d(CCAGACTGAAGATCTGG) has been used to s tudy influence oi su-
gar-phosphate backbone modif icat ions on the interaction of tRNA anticodon region with
ribosomes. Its sequence corresponds to nonmodified tRNAP
e
h
a
e
s t anticodon arm. The oli-
gonucleotide is shown to form an intramolecular «loop», but nevertheless it is not able
to be bound to 30S and 40S ribosomes of E. coli and rabbit liver in the presence of ribo-
(po ly (U) ) or deoxyribo-(poly (dT)) messenger . The addition of neomycin B promotes no-
changes in the situation.
УДК 547.963.3
Д. Б. Беглов, А. А. Липанов, В. П. Чуприна
СТЕРИЧЕСКАЯ ДОСТУПНОСТЬ ДНК ДЛЯ МОЛЕКУЛ ВОДЫ
И ИОНОВ ПРИ В — D-ПЕРЕХОДЕ *
Методом JIu и Ричардса рассчитана стерическая доступность атомов ДНК в В- и
Ό-формах для молекул воды. Показано, что уменьшение доступности нуклеотидов а
Ό-форме, отражающее более экономную гидратацию Ό-конформации по сравнению с
В-конформацией ДНК, происходит главным образом за счет сужения гликозидного
желобка двойной спирали. Оценена также доступность D-формы для ионов натрия.
По результатам расчетов обсужден механизм В — D-перехода в AT-богатых ДНК.
* Представлена членом редколлегии М. Д. Франк-Каменецким.
6 6 ISSN 0233-7657. Б И О П О Л И М Е Р Ы И КЛЕТКА 1989. Т. 5. Λ.
|
| id | nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-155014 |
| institution | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| issn | 0233-7657 |
| language | Russian |
| last_indexed | 2025-12-07T17:43:31Z |
| publishDate | 1989 |
| publisher | Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
| record_format | dspace |
| spelling | Солдаткин, К.А. Ковальчук, О.В. Потапов, А.П. Ельская, А.В. Крынецкая, Н.Ф. Долинная, Н.Г. Шабарова, З.А. 2019-06-16T08:35:12Z 2019-06-16T08:35:12Z 1989 Дезоксирибоаналог антикодоновой ветви дрожжевой тPHKPhe не способен к кодон-зависимому связыванию с малыми субчастицами рибосом Escherichia coli и печени кролика / К.Д. Солдаткин, О.В. Ковальчук, А.П. Потапов, А.В. Ельская, Н.Ф. Крынецкая, Н.Г. Долинная, З.А. Шабарова // Биополимеры и клетка. — 1989. — Т. 5, № 4. — С. 62-66. — Бібліогр.: 21 назв. — рос. 0233-7657 DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.0000D5 https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/155014 577.217;577.18.02 Для изучения влияния модификаций сахарофосфатного остова антикодоновой области тРНК на ее взаимодействие с рибосомами использован олигонуклеотид d (CCAGACTGAAGATCTGG), соответствующий по нуклеотидной последовательности немодифицированной антикодоновой ветви дрожжевой tPHKPhe Показано, что данный олигонуклеотид в растворе образует внутримолекулярную «шпильку», однако не способен связываться с 30S и 40S субчастицами рибосом Е. coli и печени кролика соответственно в присутствии рибо-(поли (U)) и дезоксирибо-(поли (dT)) матриц. Добавление антибиотика неомицина В не меняло ситуации. Для вивчення впливу модифікацій сахарофосфатного остова антикодонової області тРНК на її взаємодію з рибосомами використано олігонуклеотид d(CCAGACTGAAGATCTGG), який за нуклеотидною послідовністю відповідає немодифікованій антикодоновій гілці дріжджової тPHKPhe. Показано, що даний олігонуклеотид у розчині утворює внутрішньомолекулярну «шпильку», проте не здатний зв’язуватися з 30S і 40S субчастинками рибосом Е. coli і печінки кроля відповідно за присутності рибо-(полі (U)) і дезоксирибо-(полі (dT)) матриць. Додавання антибіотика неоміцину В не змінювало ситуації. Oligonucleotide d(CCAGACTGAAGATCTGG) has been used to study influence of sugar-phosphate backbone modifications on the interaction of tRNA anticodon region with ribosomes. Its sequence corresponds to nonmodified tRNAPheyeast anticodon arm. The oligonucleotide is shown to form an intramolecular «loop», but nevertheless it is not able to be bound to 305 and 40S ribosomes of E. coli and rabbit liver in the presence of ribo-(poly(U)) or deoxyribo-(poly(dT)) messenger. The addition of neomycin B promotes no changes in the situation. Авторы благодарят В.В. Махно за предоставленный препарат субчастиц рибосом. ru Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Биополимеры и клетка Структура и функции биополимеров Дезоксирибоаналог антикодоновой ветви дрожжевой тPHKPhe не способен к кодон-зависимому связыванию с малыми субчастицами рибосом Escherichia coli и печени кролика Дезоксирибоаналог антикодонової гілки дріжджової тPHKPhe не здатен до кодон-залежного зв’язування з малими субчастинками рибосом Escherichia coli і печінки кроля Deoxyriboanalog of the anticodon arm of yeast tRNAPhe is not able to codon-dependent binding to small ribosomal subunits of E. coli and the rabbit liver Article published earlier |
| spellingShingle | Дезоксирибоаналог антикодоновой ветви дрожжевой тPHKPhe не способен к кодон-зависимому связыванию с малыми субчастицами рибосом Escherichia coli и печени кролика Солдаткин, К.А. Ковальчук, О.В. Потапов, А.П. Ельская, А.В. Крынецкая, Н.Ф. Долинная, Н.Г. Шабарова, З.А. Структура и функции биополимеров |
| title | Дезоксирибоаналог антикодоновой ветви дрожжевой тPHKPhe не способен к кодон-зависимому связыванию с малыми субчастицами рибосом Escherichia coli и печени кролика |
| title_alt | Дезоксирибоаналог антикодонової гілки дріжджової тPHKPhe не здатен до кодон-залежного зв’язування з малими субчастинками рибосом Escherichia coli і печінки кроля Deoxyriboanalog of the anticodon arm of yeast tRNAPhe is not able to codon-dependent binding to small ribosomal subunits of E. coli and the rabbit liver |
| title_full | Дезоксирибоаналог антикодоновой ветви дрожжевой тPHKPhe не способен к кодон-зависимому связыванию с малыми субчастицами рибосом Escherichia coli и печени кролика |
| title_fullStr | Дезоксирибоаналог антикодоновой ветви дрожжевой тPHKPhe не способен к кодон-зависимому связыванию с малыми субчастицами рибосом Escherichia coli и печени кролика |
| title_full_unstemmed | Дезоксирибоаналог антикодоновой ветви дрожжевой тPHKPhe не способен к кодон-зависимому связыванию с малыми субчастицами рибосом Escherichia coli и печени кролика |
| title_short | Дезоксирибоаналог антикодоновой ветви дрожжевой тPHKPhe не способен к кодон-зависимому связыванию с малыми субчастицами рибосом Escherichia coli и печени кролика |
| title_sort | дезоксирибоаналог антикодоновой ветви дрожжевой тphkphe не способен к кодон-зависимому связыванию с малыми субчастицами рибосом escherichia coli и печени кролика |
| topic | Структура и функции биополимеров |
| topic_facet | Структура и функции биополимеров |
| url | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/155014 |
| work_keys_str_mv | AT soldatkinka dezoksiriboanalogantikodonovoivetvidrožževoitphkphenesposobenkkodonzavisimomusvâzyvaniûsmalymisubčasticamiribosomescherichiacoliipečenikrolika AT kovalʹčukov dezoksiriboanalogantikodonovoivetvidrožževoitphkphenesposobenkkodonzavisimomusvâzyvaniûsmalymisubčasticamiribosomescherichiacoliipečenikrolika AT potapovap dezoksiriboanalogantikodonovoivetvidrožževoitphkphenesposobenkkodonzavisimomusvâzyvaniûsmalymisubčasticamiribosomescherichiacoliipečenikrolika AT elʹskaâav dezoksiriboanalogantikodonovoivetvidrožževoitphkphenesposobenkkodonzavisimomusvâzyvaniûsmalymisubčasticamiribosomescherichiacoliipečenikrolika AT kryneckaânf dezoksiriboanalogantikodonovoivetvidrožževoitphkphenesposobenkkodonzavisimomusvâzyvaniûsmalymisubčasticamiribosomescherichiacoliipečenikrolika AT dolinnaâng dezoksiriboanalogantikodonovoivetvidrožževoitphkphenesposobenkkodonzavisimomusvâzyvaniûsmalymisubčasticamiribosomescherichiacoliipečenikrolika AT šabarovaza dezoksiriboanalogantikodonovoivetvidrožževoitphkphenesposobenkkodonzavisimomusvâzyvaniûsmalymisubčasticamiribosomescherichiacoliipečenikrolika AT soldatkinka dezoksiriboanalogantikodonovoígílkidríždžovoítphkphenezdatendokodonzaležnogozvâzuvannâzmalimisubčastinkamiribosomescherichiacoliípečínkikrolâ AT kovalʹčukov dezoksiriboanalogantikodonovoígílkidríždžovoítphkphenezdatendokodonzaležnogozvâzuvannâzmalimisubčastinkamiribosomescherichiacoliípečínkikrolâ AT potapovap dezoksiriboanalogantikodonovoígílkidríždžovoítphkphenezdatendokodonzaležnogozvâzuvannâzmalimisubčastinkamiribosomescherichiacoliípečínkikrolâ AT elʹskaâav dezoksiriboanalogantikodonovoígílkidríždžovoítphkphenezdatendokodonzaležnogozvâzuvannâzmalimisubčastinkamiribosomescherichiacoliípečínkikrolâ AT kryneckaânf dezoksiriboanalogantikodonovoígílkidríždžovoítphkphenezdatendokodonzaležnogozvâzuvannâzmalimisubčastinkamiribosomescherichiacoliípečínkikrolâ AT dolinnaâng dezoksiriboanalogantikodonovoígílkidríždžovoítphkphenezdatendokodonzaležnogozvâzuvannâzmalimisubčastinkamiribosomescherichiacoliípečínkikrolâ AT šabarovaza dezoksiriboanalogantikodonovoígílkidríždžovoítphkphenezdatendokodonzaležnogozvâzuvannâzmalimisubčastinkamiribosomescherichiacoliípečínkikrolâ AT soldatkinka deoxyriboanalogoftheanticodonarmofyeasttrnapheisnotabletocodondependentbindingtosmallribosomalsubunitsofecoliandtherabbitliver AT kovalʹčukov deoxyriboanalogoftheanticodonarmofyeasttrnapheisnotabletocodondependentbindingtosmallribosomalsubunitsofecoliandtherabbitliver AT potapovap deoxyriboanalogoftheanticodonarmofyeasttrnapheisnotabletocodondependentbindingtosmallribosomalsubunitsofecoliandtherabbitliver AT elʹskaâav deoxyriboanalogoftheanticodonarmofyeasttrnapheisnotabletocodondependentbindingtosmallribosomalsubunitsofecoliandtherabbitliver AT kryneckaânf deoxyriboanalogoftheanticodonarmofyeasttrnapheisnotabletocodondependentbindingtosmallribosomalsubunitsofecoliandtherabbitliver AT dolinnaâng deoxyriboanalogoftheanticodonarmofyeasttrnapheisnotabletocodondependentbindingtosmallribosomalsubunitsofecoliandtherabbitliver AT šabarovaza deoxyriboanalogoftheanticodonarmofyeasttrnapheisnotabletocodondependentbindingtosmallribosomalsubunitsofecoliandtherabbitliver |