Компьютерное моделирование иммунореактивной конформации иммунодоминантного эпитопа HIV-RF
С помощью предложенного ранее расчетно-теоретического метода построена модель пространственной структуры иммунодоминантного эпитопа (ИДЭ) HIV-RF, согласующаяся с данными спектроскопии ЯМР. Установлено, что главный иммуногенный участок вируса образует в водном растворе доминирующую структуру, в кото...
Gespeichert in:
| Veröffentlicht in: | Біополімери і клітина |
|---|---|
| Datum: | 2005 |
| Hauptverfasser: | , |
| Format: | Artikel |
| Sprache: | Russisch |
| Veröffentlicht: |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
2005
|
| Schlagworte: | |
| Online Zugang: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/155235 |
| Tags: |
Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
|
| Назва журналу: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Zitieren: | Компьютерное моделирование иммунореактивной конформации иммунодоминантного эпитопа HIV-RF / А.М. Андрианов, Ю.А. Соколов // Біополімери і клітина. — 2005. — Т. 21, № 2. — С. 165-173. — Бібліогр.: 37 назв. — рос. |
Institution
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| _version_ | 1862691439445540864 |
|---|---|
| author | Андрианов, А.М. Соколов, Ю.А. |
| author_facet | Андрианов, А.М. Соколов, Ю.А. |
| citation_txt | Компьютерное моделирование иммунореактивной конформации иммунодоминантного эпитопа HIV-RF / А.М. Андрианов, Ю.А. Соколов // Біополімери і клітина. — 2005. — Т. 21, № 2. — С. 165-173. — Бібліогр.: 37 назв. — рос. |
| collection | DSpace DC |
| container_title | Біополімери і клітина |
| description | С помощью предложенного ранее расчетно-теоретического метода построена модель пространственной структуры иммунодоминантного эпитопа (ИДЭ) HIV-RF, согласующаяся с данными спектроскопии ЯМР. Установлено, что главный иммуногенный участок вируса образует в водном растворе доминирующую структуру, в которой инверсный γ-изгиб на участке Gly-Pro-Gly преобразуется в нестандартный β-поворот IV (Gly-Arg-Val-Ile). Показано, что лучшая по энергии конформация ИДЭ HIV-RF подобна структуре, обнаруженной в кристалле в комплексе пептидного антигена с Fab-фрагментом антитела 58.2. На основе сравнительного анализа трехмерных структур ИДЭ в вирионах HIV-RF, HIV-Thailand и HIV-MN сделан вывод о том, что исследуемый участок белка gp120 формирует в трех субтипах вируса подобные пространственные формы основной цепи, реализующиеся из разных локальных минимумов входящих в его состав аминокислотных остатков.
За допомогою запропонованого раніше розрахунково-теоретичного методу побудовано модель просторової структури імунодомінантного епітопа (ІДЕ) HIV-RF, яка узгоджується з даними спектроскопії ЯМР. Виявлено, що головна імуногенна ділянка вірусу утворює у водному розчині домінуючу структуру, в якій інверсний γ-згин на ділянці Gly-Pro-Gly перетворюється в нестандартний β-поворот IV (Gly-Arg-Val-Ile). Показано, що краща за енергією конформація ІДЕ HIV-RF подібна до структури, знайденої в кристалі у комплексі пептидного антигену з Fab-фрагментом антитіла 58.2. На основі порівняльного анализу тривимірних структур ІДЕ у віріонах HIV-RF, HIV-Thailand і HIV-MN зроблено висновок стосовно того, що досліджувана ділянка білка gpl20 формує у трьох субтипах вирусу подібні просторові форми основного ланцюга, які реалізуються з різних локальних мінімумів амінокислотних залишків, що входять до його складу.
3D structure for the HIV-RF immunodominant epitope was computed in terms of NMR spectroscopy data using the theoretical procedure including a probabilistic approach in conjunction with the molecular mechanics algorithms and quantum chemical methods. The immunogenic crown of the virus protein gp120 was shown to form in water solution the prevalent conformation in which the inverse γ-turn at the stretch Gly-Pro-Gly is transformed into the non-standard β-turn IV (Gly-Arg-Val-Ile). The best energy conformation of the HIV-RF immunogenic tip was found to be similar to that revealed in crystal for peptide antigen complex with the Fab fragment of antibody 58.2. The following conclusion was drawn from the comparative analysis of simulated structures with the ones computed previously for the HIV-Thailand and HIV-MN isolates: the immunogenic tip of gp120 gives rise to the similar spatial backbone forms in different HIV-1 strains but has some inherent conformational flexibility of its individual amino acid residues.
|
| first_indexed | 2025-12-07T16:16:11Z |
| format | Article |
| fulltext | |
| id | nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-155235 |
| institution | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| issn | 0233-7657 |
| language | Russian |
| last_indexed | 2025-12-07T16:16:11Z |
| publishDate | 2005 |
| publisher | Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
| record_format | dspace |
| spelling | Андрианов, А.М. Соколов, Ю.А. 2019-06-16T12:59:53Z 2019-06-16T12:59:53Z 2005 Компьютерное моделирование иммунореактивной конформации иммунодоминантного эпитопа HIV-RF / А.М. Андрианов, Ю.А. Соколов // Біополімери і клітина. — 2005. — Т. 21, № 2. — С. 165-173. — Бібліогр.: 37 назв. — рос. 0233-7657 DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.0006E8 https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/155235 577.322.5:543.25 С помощью предложенного ранее расчетно-теоретического метода построена модель пространственной структуры иммунодоминантного эпитопа (ИДЭ) HIV-RF, согласующаяся с данными спектроскопии ЯМР. Установлено, что главный иммуногенный участок вируса образует в водном растворе доминирующую структуру, в которой инверсный γ-изгиб на участке Gly-Pro-Gly преобразуется в нестандартный β-поворот IV (Gly-Arg-Val-Ile). Показано, что лучшая по энергии конформация ИДЭ HIV-RF подобна структуре, обнаруженной в кристалле в комплексе пептидного антигена с Fab-фрагментом антитела 58.2. На основе сравнительного анализа трехмерных структур ИДЭ в вирионах HIV-RF, HIV-Thailand и HIV-MN сделан вывод о том, что исследуемый участок белка gp120 формирует в трех субтипах вируса подобные пространственные формы основной цепи, реализующиеся из разных локальных минимумов входящих в его состав аминокислотных остатков. За допомогою запропонованого раніше розрахунково-теоретичного методу побудовано модель просторової структури імунодомінантного епітопа (ІДЕ) HIV-RF, яка узгоджується з даними спектроскопії ЯМР. Виявлено, що головна імуногенна ділянка вірусу утворює у водному розчині домінуючу структуру, в якій інверсний γ-згин на ділянці Gly-Pro-Gly перетворюється в нестандартний β-поворот IV (Gly-Arg-Val-Ile). Показано, що краща за енергією конформація ІДЕ HIV-RF подібна до структури, знайденої в кристалі у комплексі пептидного антигену з Fab-фрагментом антитіла 58.2. На основі порівняльного анализу тривимірних структур ІДЕ у віріонах HIV-RF, HIV-Thailand і HIV-MN зроблено висновок стосовно того, що досліджувана ділянка білка gpl20 формує у трьох субтипах вирусу подібні просторові форми основного ланцюга, які реалізуються з різних локальних мінімумів амінокислотних залишків, що входять до його складу. 3D structure for the HIV-RF immunodominant epitope was computed in terms of NMR spectroscopy data using the theoretical procedure including a probabilistic approach in conjunction with the molecular mechanics algorithms and quantum chemical methods. The immunogenic crown of the virus protein gp120 was shown to form in water solution the prevalent conformation in which the inverse γ-turn at the stretch Gly-Pro-Gly is transformed into the non-standard β-turn IV (Gly-Arg-Val-Ile). The best energy conformation of the HIV-RF immunogenic tip was found to be similar to that revealed in crystal for peptide antigen complex with the Fab fragment of antibody 58.2. The following conclusion was drawn from the comparative analysis of simulated structures with the ones computed previously for the HIV-Thailand and HIV-MN isolates: the immunogenic tip of gp120 gives rise to the similar spatial backbone forms in different HIV-1 strains but has some inherent conformational flexibility of its individual amino acid residues. Работа поддержана Белорусским республиканским фондом фундаментальных исследований (Х04-058). ru Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Біополімери і клітина Біоорганічна хімія Компьютерное моделирование иммунореактивной конформации иммунодоминантного эпитопа HIV-RF Комп'ютерне моделювання імунореактивної конформації імунодомінантного епітопа HIV-RF Computer modelling of the immunoreactive conformation of the HIV-RF immunodominant epitope Article published earlier |
| spellingShingle | Компьютерное моделирование иммунореактивной конформации иммунодоминантного эпитопа HIV-RF Андрианов, А.М. Соколов, Ю.А. Біоорганічна хімія |
| title | Компьютерное моделирование иммунореактивной конформации иммунодоминантного эпитопа HIV-RF |
| title_alt | Комп'ютерне моделювання імунореактивної конформації імунодомінантного епітопа HIV-RF Computer modelling of the immunoreactive conformation of the HIV-RF immunodominant epitope |
| title_full | Компьютерное моделирование иммунореактивной конформации иммунодоминантного эпитопа HIV-RF |
| title_fullStr | Компьютерное моделирование иммунореактивной конформации иммунодоминантного эпитопа HIV-RF |
| title_full_unstemmed | Компьютерное моделирование иммунореактивной конформации иммунодоминантного эпитопа HIV-RF |
| title_short | Компьютерное моделирование иммунореактивной конформации иммунодоминантного эпитопа HIV-RF |
| title_sort | компьютерное моделирование иммунореактивной конформации иммунодоминантного эпитопа hiv-rf |
| topic | Біоорганічна хімія |
| topic_facet | Біоорганічна хімія |
| url | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/155235 |
| work_keys_str_mv | AT andrianovam kompʹûternoemodelirovanieimmunoreaktivnoikonformaciiimmunodominantnogoépitopahivrf AT sokolovûa kompʹûternoemodelirovanieimmunoreaktivnoikonformaciiimmunodominantnogoépitopahivrf AT andrianovam kompûternemodelûvannâímunoreaktivnoíkonformacííímunodomínantnogoepítopahivrf AT sokolovûa kompûternemodelûvannâímunoreaktivnoíkonformacííímunodomínantnogoepítopahivrf AT andrianovam computermodellingoftheimmunoreactiveconformationofthehivrfimmunodominantepitope AT sokolovûa computermodellingoftheimmunoreactiveconformationofthehivrfimmunodominantepitope |