Взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. 23. Комп'ютерне моделювання «напівінтеркаляцшної» взаємодії монометинових ціанінових барвників з GCTA.TAGC-фрагментом ДНК
Для шести пирилиевых и пиридиновых монометиновых цианиновых красителей осуществлено компьютерное моделирование ДНК-комплексов с использованием методов ММ+, AMBER, РМЗ и CNDO/2 пакета программ Hyperchem 5.0. Оптимизирована геометрия комплексов, для красителей в свободном состоянии и в комплексах ра...
Gespeichert in:
| Veröffentlicht in: | Біополімери і клітина |
|---|---|
| Datum: | 2001 |
| Hauptverfasser: | , , , |
| Format: | Artikel |
| Sprache: | Ukrainisch |
| Veröffentlicht: |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
2001
|
| Schlagworte: | |
| Online Zugang: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/155715 |
| Tags: |
Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
|
| Назва журналу: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Zitieren: | Взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. 23. Комп'ютерне моделювання «напівінтеркаляцшної» взаємодії монометинових ціанінових барвників з GCTA.TAGC-фрагментом ДНК / С.С. Лукашов, Г.О. Качковський, С.М. Ярмолюк, Г.Х. Мацука // Біополімери і клітина. — 2001. — Т. 17, № 4. — С. 331-336. — Бібліогр.: 8 назв. — укр. |
Institution
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| _version_ | 1862716739926622208 |
|---|---|
| author | Лукашов, С.С. Качковський, Г.О. Ярмолюк, С.М. Мацука, Г.Х. |
| author_facet | Лукашов, С.С. Качковський, Г.О. Ярмолюк, С.М. Мацука, Г.Х. |
| citation_txt | Взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. 23. Комп'ютерне моделювання «напівінтеркаляцшної» взаємодії монометинових ціанінових барвників з GCTA.TAGC-фрагментом ДНК / С.С. Лукашов, Г.О. Качковський, С.М. Ярмолюк, Г.Х. Мацука // Біополімери і клітина. — 2001. — Т. 17, № 4. — С. 331-336. — Бібліогр.: 8 назв. — укр. |
| collection | DSpace DC |
| container_title | Біополімери і клітина |
| description | Для шести пирилиевых и пиридиновых монометиновых цианиновых красителей осуществлено компьютерное моделирование ДНК-комплексов с использованием методов ММ+, AMBER, РМЗ и CNDO/2 пакета программ Hyperchem 5.0. Оптимизирована геометрия комплексов, для красителей в свободном состоянии и в комплексах рассчитано распределение заряда для основного (S0) и возбужденного (St) состояний, а также потенциальные энергии вращения гетероостатков вокруг связей метановой группы. Полученная величина энергии образования комплексов коррелирует со значениями интенсивностей флюоресценции красителей в присутствии ДНК Рассчитанные изменения распределения электронной плотности в молекулах красителей при образовании комплексов с ДНК расходятся с наблюдаемыми изменениями стоксовых сдвигов. Значения потенциальных энергий вращения указывают на то, что при образовании ДНК-комплекса жесткость фиксации молекулы красителя значительно возрастает.
Проведено комп'ютерне моделювання ДНК-комплексів шести пірилієвих і піридинових мономети нових ціанінових барвників з використанням методів ММ+, AMBER, РМЗ і CNDO/2 з пакету програм Hyperchem 5.0. Комплекси у відповідності з раніше отриманими нами експериментальними даними побудовано згідно з моделлю «напівінтеркаляції» так, що інтеркалювало лише бензотіазолове ядро. Після оптимізації геометрії така структура комплексів зберігається. Для барвників у вільному стані і в комплексах розраховано розподіл заряду для основного (So) і збудженого (Si) станів та визначено потенціальні енергії повертання гетерозалишклів навколо зв'язків метинової групи. Величина енергії комплексів корелює із значеннями інтенсивностей флюоресценції барвників у присутності ДНК. Електронна густина на інтеркалюючому ядрі при утворенні комплексів зростає для всіх барвників, окрім Cyan 40. Це протирічить її реальному перерозподілу, який проявляється, зокрема, в змінах стоксових зсувів. Значення потенціальних енергій обертання вказують на те, що при утворенні ДНК-комплексів жорсткість фіксації планарної конформації молекули барвника значно збільшується.
Computer simulation of interaction with DNA of six monomethyne cyanine dyes was carried out using MM+, AMBER, PM3 and CNDO/2 methods from Hyperchem 5.0 program packet. Geometry optimization of complexes was carried out, charge density for ground S0 and exited 5] states and potential energies of heterocyeles' rotation around the bonds of methyne group for unbound dyes and dyes in complexes with DNA were calculated. Obtained energies of complexes are in agreement with observed fluorescent intensities of dyes in presence of DNA, Calculated electron density distribution changes in dyes' molecules upon DNA binding diverge with observed Stocks' shift values changes. Rotation potential energy values show that rigidity of fixation of dye's molecule planar conformation increases strongly upon binding to DNA.
|
| first_indexed | 2025-12-07T18:07:16Z |
| format | Article |
| fulltext | |
| id | nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-155715 |
| institution | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| issn | 0233-7657 |
| language | Ukrainian |
| last_indexed | 2025-12-07T18:07:16Z |
| publishDate | 2001 |
| publisher | Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
| record_format | dspace |
| spelling | Лукашов, С.С. Качковський, Г.О. Ярмолюк, С.М. Мацука, Г.Х. 2019-06-17T11:12:05Z 2019-06-17T11:12:05Z 2001 Взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. 23. Комп'ютерне моделювання «напівінтеркаляцшної» взаємодії монометинових ціанінових барвників з GCTA.TAGC-фрагментом ДНК / С.С. Лукашов, Г.О. Качковський, С.М. Ярмолюк, Г.Х. Мацука // Біополімери і клітина. — 2001. — Т. 17, № 4. — С. 331-336. — Бібліогр.: 8 назв. — укр. 0233-7657 DOI:http://dx.doi.org/10.7124/bc.0005C1 https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/155715 535.372 Для шести пирилиевых и пиридиновых монометиновых цианиновых красителей осуществлено компьютерное моделирование ДНК-комплексов с использованием методов ММ+, AMBER, РМЗ и CNDO/2 пакета программ Hyperchem 5.0. Оптимизирована геометрия комплексов, для красителей в свободном состоянии и в комплексах рассчитано распределение заряда для основного (S0) и возбужденного (St) состояний, а также потенциальные энергии вращения гетероостатков вокруг связей метановой группы. Полученная величина энергии образования комплексов коррелирует со значениями интенсивностей флюоресценции красителей в присутствии ДНК Рассчитанные изменения распределения электронной плотности в молекулах красителей при образовании комплексов с ДНК расходятся с наблюдаемыми изменениями стоксовых сдвигов. Значения потенциальных энергий вращения указывают на то, что при образовании ДНК-комплекса жесткость фиксации молекулы красителя значительно возрастает. Проведено комп'ютерне моделювання ДНК-комплексів шести пірилієвих і піридинових мономети нових ціанінових барвників з використанням методів ММ+, AMBER, РМЗ і CNDO/2 з пакету програм Hyperchem 5.0. Комплекси у відповідності з раніше отриманими нами експериментальними даними побудовано згідно з моделлю «напівінтеркаляції» так, що інтеркалювало лише бензотіазолове ядро. Після оптимізації геометрії така структура комплексів зберігається. Для барвників у вільному стані і в комплексах розраховано розподіл заряду для основного (So) і збудженого (Si) станів та визначено потенціальні енергії повертання гетерозалишклів навколо зв'язків метинової групи. Величина енергії комплексів корелює із значеннями інтенсивностей флюоресценції барвників у присутності ДНК. Електронна густина на інтеркалюючому ядрі при утворенні комплексів зростає для всіх барвників, окрім Cyan 40. Це протирічить її реальному перерозподілу, який проявляється, зокрема, в змінах стоксових зсувів. Значення потенціальних енергій обертання вказують на те, що при утворенні ДНК-комплексів жорсткість фіксації планарної конформації молекули барвника значно збільшується. Computer simulation of interaction with DNA of six monomethyne cyanine dyes was carried out using MM+, AMBER, PM3 and CNDO/2 methods from Hyperchem 5.0 program packet. Geometry optimization of complexes was carried out, charge density for ground S0 and exited 5] states and potential energies of heterocyeles' rotation around the bonds of methyne group for unbound dyes and dyes in complexes with DNA were calculated. Obtained energies of complexes are in agreement with observed fluorescent intensities of dyes in presence of DNA, Calculated electron density distribution changes in dyes' molecules upon DNA binding diverge with observed Stocks' shift values changes. Rotation potential energy values show that rigidity of fixation of dye's molecule planar conformation increases strongly upon binding to DNA. uk Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Біополімери і клітина Біоорганічна хімія Взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. 23. Комп'ютерне моделювання «напівінтеркаляцшної» взаємодії монометинових ціанінових барвників з GCTA.TAGC-фрагментом ДНК Interacion of cyanine dyes with nucleic acids. 23. Computer simulation of «half-intercalative» interaction of monomethyne cyanine dyes with DNA Взаимодействие цианиновых красителей с нуклеиновыми кислотами. 23. Компьютерное моделирование «полуинтеркаляционного» взаимодействия монометиновых цианиновых красителей с ДНК Article published earlier |
| spellingShingle | Взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. 23. Комп'ютерне моделювання «напівінтеркаляцшної» взаємодії монометинових ціанінових барвників з GCTA.TAGC-фрагментом ДНК Лукашов, С.С. Качковський, Г.О. Ярмолюк, С.М. Мацука, Г.Х. Біоорганічна хімія |
| title | Взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. 23. Комп'ютерне моделювання «напівінтеркаляцшної» взаємодії монометинових ціанінових барвників з GCTA.TAGC-фрагментом ДНК |
| title_alt | Interacion of cyanine dyes with nucleic acids. 23. Computer simulation of «half-intercalative» interaction of monomethyne cyanine dyes with DNA Взаимодействие цианиновых красителей с нуклеиновыми кислотами. 23. Компьютерное моделирование «полуинтеркаляционного» взаимодействия монометиновых цианиновых красителей с ДНК |
| title_full | Взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. 23. Комп'ютерне моделювання «напівінтеркаляцшної» взаємодії монометинових ціанінових барвників з GCTA.TAGC-фрагментом ДНК |
| title_fullStr | Взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. 23. Комп'ютерне моделювання «напівінтеркаляцшної» взаємодії монометинових ціанінових барвників з GCTA.TAGC-фрагментом ДНК |
| title_full_unstemmed | Взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. 23. Комп'ютерне моделювання «напівінтеркаляцшної» взаємодії монометинових ціанінових барвників з GCTA.TAGC-фрагментом ДНК |
| title_short | Взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. 23. Комп'ютерне моделювання «напівінтеркаляцшної» взаємодії монометинових ціанінових барвників з GCTA.TAGC-фрагментом ДНК |
| title_sort | взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. 23. комп'ютерне моделювання «напівінтеркаляцшної» взаємодії монометинових ціанінових барвників з gcta.tagc-фрагментом днк |
| topic | Біоорганічна хімія |
| topic_facet | Біоорганічна хімія |
| url | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/155715 |
| work_keys_str_mv | AT lukašovss vzaêmodíâcíanínovihbarvnikívznukleínovimikislotami23kompûternemodelûvannânapívínterkalâcšnoívzaêmodíímonometinovihcíanínovihbarvnikívzgctatagcfragmentomdnk AT kačkovsʹkiigo vzaêmodíâcíanínovihbarvnikívznukleínovimikislotami23kompûternemodelûvannânapívínterkalâcšnoívzaêmodíímonometinovihcíanínovihbarvnikívzgctatagcfragmentomdnk AT ârmolûksm vzaêmodíâcíanínovihbarvnikívznukleínovimikislotami23kompûternemodelûvannânapívínterkalâcšnoívzaêmodíímonometinovihcíanínovihbarvnikívzgctatagcfragmentomdnk AT macukagh vzaêmodíâcíanínovihbarvnikívznukleínovimikislotami23kompûternemodelûvannânapívínterkalâcšnoívzaêmodíímonometinovihcíanínovihbarvnikívzgctatagcfragmentomdnk AT lukašovss interacionofcyaninedyeswithnucleicacids23computersimulationofhalfintercalativeinteractionofmonomethynecyaninedyeswithdna AT kačkovsʹkiigo interacionofcyaninedyeswithnucleicacids23computersimulationofhalfintercalativeinteractionofmonomethynecyaninedyeswithdna AT ârmolûksm interacionofcyaninedyeswithnucleicacids23computersimulationofhalfintercalativeinteractionofmonomethynecyaninedyeswithdna AT macukagh interacionofcyaninedyeswithnucleicacids23computersimulationofhalfintercalativeinteractionofmonomethynecyaninedyeswithdna AT lukašovss vzaimodeistviecianinovyhkrasiteleisnukleinovymikislotami23kompʹûternoemodelirovaniepoluinterkalâcionnogovzaimodeistviâmonometinovyhcianinovyhkrasiteleisdnk AT kačkovsʹkiigo vzaimodeistviecianinovyhkrasiteleisnukleinovymikislotami23kompʹûternoemodelirovaniepoluinterkalâcionnogovzaimodeistviâmonometinovyhcianinovyhkrasiteleisdnk AT ârmolûksm vzaimodeistviecianinovyhkrasiteleisnukleinovymikislotami23kompʹûternoemodelirovaniepoluinterkalâcionnogovzaimodeistviâmonometinovyhcianinovyhkrasiteleisdnk AT macukagh vzaimodeistviecianinovyhkrasiteleisnukleinovymikislotami23kompʹûternoemodelirovaniepoluinterkalâcionnogovzaimodeistviâmonometinovyhcianinovyhkrasiteleisdnk |