Взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. 23. Комп'ютерне моделювання «напівінтеркаляцшної» взаємодії монометинових ціанінових барвників з GCTA.TAGC-фрагментом ДНК

Взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. 23. Комп'ютерне моделювання «напівінтеркаляцшної» взаємодії монометинових ціанінових барвників з GCTA.TAGC-фрагментом ДНК

Для шести пирилиевых и пиридиновых монометиновых циани­новых красителей осуществлено компьютерное моделирование ДНК-комплексов с использованием методов ММ+, AMBER, РМЗ и CNDO/2 пакета программ Hyperchem 5.0. Оптимизи­рована геометрия комплексов, для красителей в свободном состоянии и в комплексах ра...

Ausführliche Beschreibung

Gespeichert in:
Bibliographische Detailangaben
Veröffentlicht in:Біополімери і клітина
Datum:2001
Hauptverfasser: Лукашов, С.С., Качковський, Г.О., Ярмолюк, С.М., Мацука, Г.Х.
Format: Artikel
Sprache:Ukrainian
Veröffentlicht: Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 2001
Schlagworte:
Біоорганічна хімія
Online Zugang:https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/155715
Tags: Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
Назва журналу:Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
Zitieren:Взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. 23. Комп'ютерне моделювання «напівінтеркаляцшної» взаємодії монометинових ціанінових барвників з GCTA.TAGC-фрагментом ДНК / С.С. Лукашов, Г.О. Качковський, С.М. Ярмолюк, Г.Х. Мацука // Біополімери і клітина. — 2001. — Т. 17, № 4. — С. 331-336. — Бібліогр.: 8 назв. — укр.

Institution

Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
id nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-155715
record_format dspace
spelling Лукашов, С.С.
Качковський, Г.О.
Ярмолюк, С.М.
Мацука, Г.Х.
2019-06-17T11:12:05Z
2019-06-17T11:12:05Z
2001
Взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. 23. Комп'ютерне моделювання «напівінтеркаляцшної» взаємодії монометинових ціанінових барвників з GCTA.TAGC-фрагментом ДНК / С.С. Лукашов, Г.О. Качковський, С.М. Ярмолюк, Г.Х. Мацука // Біополімери і клітина. — 2001. — Т. 17, № 4. — С. 331-336. — Бібліогр.: 8 назв. — укр.
0233-7657
DOI:http://dx.doi.org/10.7124/bc.0005C1
https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/155715
535.372
Для шести пирилиевых и пиридиновых монометиновых циани­новых красителей осуществлено компьютерное моделирование ДНК-комплексов с использованием методов ММ+, AMBER, РМЗ и CNDO/2 пакета программ Hyperchem 5.0. Оптимизи­рована геометрия комплексов, для красителей в свободном состоянии и в комплексах рассчитано распределение заряда для основного (S0) и возбужденного (St) состояний, а также потенциальные энергии вращения гетероостатков вокруг свя­зей метановой группы. Полученная величина энергии образова­ния комплексов коррелирует со значениями интенсивностей флюоресценции красителей в присутствии ДНК Рассчитан­ные изменения распределения электронной плотности в моле­кулах красителей при образовании комплексов с ДНК расхо­дятся с наблюдаемыми изменениями стоксовых сдвигов. Зна­чения потенциальных энергий вращения указывают на то, что при образовании ДНК-комплекса жесткость фиксации молеку­лы красителя значительно возрастает.
Проведено комп'ютерне моделювання ДНК-комплексів шести пірилієвих і піридинових мономети­ нових ціанінових барвників з використанням методів ММ+, AMBER, РМЗ і CNDO/2 з пакету програм Hyperchem 5.0. Комплекси у відповідності з раніше отриманими нами експериментальни­ми даними побудовано згідно з моделлю «напівінтеркаляції» так, що інтеркалювало лише бензотіазолове ядро. Після оптимізації геометрії така структура комплексів зберігається. Для барвників у вільному стані і в комплексах розраховано розподіл заряду для основного (So) і збудженого (Si) станів та визначено потенціальні енергії повертання гетерозалишклів навколо зв'язків метинової групи. Величина енергії комплексів корелює із значеннями інтенсивностей флюоресценції барвників у присутності ДНК. Електронна густина на інтеркалюючому ядрі при утворенні комплексів зростає для всіх барвників, окрім Cyan 40. Це протирічить її реальному перерозподілу, який проявляється, зокрема, в змінах стоксових зсувів. Значення потенціальних енергій обертання вказують на те, що при утворенні ДНК-комплексів жорсткість фіксації планарної конформації молекули барвника значно збільшується.
Computer simulation of interaction with DNA of six monomethyne cyanine dyes was carried out using MM+, AMBER, PM3 and CNDO/2 methods from Hyperchem 5.0 program packet. Geometry optimization of complexes was carried out, charge density for ground S0 and exited 5] states and potential energies of heterocyeles' rotation around the bonds of methyne group for unbound dyes and dyes in complexes with DNA were calculated. Obtained energies of complexes are in agreement with observed fluorescent intensities of dyes in presence of DNA, Calculated electron density distribution changes in dyes' molecules upon DNA binding diverge with observed Stocks' shift values changes. Rotation potential energy values show that rigidity of fixation of dye's molecule planar conformation increases strongly upon binding to DNA.
uk
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
Біополімери і клітина
Біоорганічна хімія
Взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. 23. Комп'ютерне моделювання «напівінтеркаляцшної» взаємодії монометинових ціанінових барвників з GCTA.TAGC-фрагментом ДНК
Interacion of cyanine dyes with nucleic acids. 23. Computer simulation of «half-intercalative» interaction of monomethyne cyanine dyes with DNA
Взаимодействие цианиновых красителей с нуклеиновыми кислотами. 23. Компьютерное моделирование «полуинтеркаляционного» взаимодействия монометиновых цианиновых красителей с ДНК
Article
published earlier
institution Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
collection DSpace DC
title Взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. 23. Комп'ютерне моделювання «напівінтеркаляцшної» взаємодії монометинових ціанінових барвників з GCTA.TAGC-фрагментом ДНК
spellingShingle Взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. 23. Комп'ютерне моделювання «напівінтеркаляцшної» взаємодії монометинових ціанінових барвників з GCTA.TAGC-фрагментом ДНК
Лукашов, С.С.
Качковський, Г.О.
Ярмолюк, С.М.
Мацука, Г.Х.
Біоорганічна хімія
title_short Взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. 23. Комп'ютерне моделювання «напівінтеркаляцшної» взаємодії монометинових ціанінових барвників з GCTA.TAGC-фрагментом ДНК
title_full Взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. 23. Комп'ютерне моделювання «напівінтеркаляцшної» взаємодії монометинових ціанінових барвників з GCTA.TAGC-фрагментом ДНК
title_fullStr Взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. 23. Комп'ютерне моделювання «напівінтеркаляцшної» взаємодії монометинових ціанінових барвників з GCTA.TAGC-фрагментом ДНК
title_full_unstemmed Взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. 23. Комп'ютерне моделювання «напівінтеркаляцшної» взаємодії монометинових ціанінових барвників з GCTA.TAGC-фрагментом ДНК
title_sort взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. 23. комп'ютерне моделювання «напівінтеркаляцшної» взаємодії монометинових ціанінових барвників з gcta.tagc-фрагментом днк
author Лукашов, С.С.
Качковський, Г.О.
Ярмолюк, С.М.
Мацука, Г.Х.
author_facet Лукашов, С.С.
Качковський, Г.О.
Ярмолюк, С.М.
Мацука, Г.Х.
topic Біоорганічна хімія
topic_facet Біоорганічна хімія
publishDate 2001
language Ukrainian
container_title Біополімери і клітина
publisher Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
format Article
title_alt Interacion of cyanine dyes with nucleic acids. 23. Computer simulation of «half-intercalative» interaction of monomethyne cyanine dyes with DNA
Взаимодействие цианиновых красителей с нуклеиновыми кислотами. 23. Компьютерное моделирование «полуинтеркаляционного» взаимодействия монометиновых цианиновых красителей с ДНК
description Для шести пирилиевых и пиридиновых монометиновых циани­новых красителей осуществлено компьютерное моделирование ДНК-комплексов с использованием методов ММ+, AMBER, РМЗ и CNDO/2 пакета программ Hyperchem 5.0. Оптимизи­рована геометрия комплексов, для красителей в свободном состоянии и в комплексах рассчитано распределение заряда для основного (S0) и возбужденного (St) состояний, а также потенциальные энергии вращения гетероостатков вокруг свя­зей метановой группы. Полученная величина энергии образова­ния комплексов коррелирует со значениями интенсивностей флюоресценции красителей в присутствии ДНК Рассчитан­ные изменения распределения электронной плотности в моле­кулах красителей при образовании комплексов с ДНК расхо­дятся с наблюдаемыми изменениями стоксовых сдвигов. Зна­чения потенциальных энергий вращения указывают на то, что при образовании ДНК-комплекса жесткость фиксации молеку­лы красителя значительно возрастает. Проведено комп'ютерне моделювання ДНК-комплексів шести пірилієвих і піридинових мономети­ нових ціанінових барвників з використанням методів ММ+, AMBER, РМЗ і CNDO/2 з пакету програм Hyperchem 5.0. Комплекси у відповідності з раніше отриманими нами експериментальни­ми даними побудовано згідно з моделлю «напівінтеркаляції» так, що інтеркалювало лише бензотіазолове ядро. Після оптимізації геометрії така структура комплексів зберігається. Для барвників у вільному стані і в комплексах розраховано розподіл заряду для основного (So) і збудженого (Si) станів та визначено потенціальні енергії повертання гетерозалишклів навколо зв'язків метинової групи. Величина енергії комплексів корелює із значеннями інтенсивностей флюоресценції барвників у присутності ДНК. Електронна густина на інтеркалюючому ядрі при утворенні комплексів зростає для всіх барвників, окрім Cyan 40. Це протирічить її реальному перерозподілу, який проявляється, зокрема, в змінах стоксових зсувів. Значення потенціальних енергій обертання вказують на те, що при утворенні ДНК-комплексів жорсткість фіксації планарної конформації молекули барвника значно збільшується. Computer simulation of interaction with DNA of six monomethyne cyanine dyes was carried out using MM+, AMBER, PM3 and CNDO/2 methods from Hyperchem 5.0 program packet. Geometry optimization of complexes was carried out, charge density for ground S0 and exited 5] states and potential energies of heterocyeles' rotation around the bonds of methyne group for unbound dyes and dyes in complexes with DNA were calculated. Obtained energies of complexes are in agreement with observed fluorescent intensities of dyes in presence of DNA, Calculated electron density distribution changes in dyes' molecules upon DNA binding diverge with observed Stocks' shift values changes. Rotation potential energy values show that rigidity of fixation of dye's molecule planar conformation increases strongly upon binding to DNA.
issn 0233-7657
url https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/155715
citation_txt Взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. 23. Комп'ютерне моделювання «напівінтеркаляцшної» взаємодії монометинових ціанінових барвників з GCTA.TAGC-фрагментом ДНК / С.С. Лукашов, Г.О. Качковський, С.М. Ярмолюк, Г.Х. Мацука // Біополімери і клітина. — 2001. — Т. 17, № 4. — С. 331-336. — Бібліогр.: 8 назв. — укр.
work_keys_str_mv AT lukašovss vzaêmodíâcíanínovihbarvnikívznukleínovimikislotami23kompûternemodelûvannânapívínterkalâcšnoívzaêmodíímonometinovihcíanínovihbarvnikívzgctatagcfragmentomdnk
AT kačkovsʹkiigo vzaêmodíâcíanínovihbarvnikívznukleínovimikislotami23kompûternemodelûvannânapívínterkalâcšnoívzaêmodíímonometinovihcíanínovihbarvnikívzgctatagcfragmentomdnk
AT ârmolûksm vzaêmodíâcíanínovihbarvnikívznukleínovimikislotami23kompûternemodelûvannânapívínterkalâcšnoívzaêmodíímonometinovihcíanínovihbarvnikívzgctatagcfragmentomdnk
AT macukagh vzaêmodíâcíanínovihbarvnikívznukleínovimikislotami23kompûternemodelûvannânapívínterkalâcšnoívzaêmodíímonometinovihcíanínovihbarvnikívzgctatagcfragmentomdnk
AT lukašovss interacionofcyaninedyeswithnucleicacids23computersimulationofhalfintercalativeinteractionofmonomethynecyaninedyeswithdna
AT kačkovsʹkiigo interacionofcyaninedyeswithnucleicacids23computersimulationofhalfintercalativeinteractionofmonomethynecyaninedyeswithdna
AT ârmolûksm interacionofcyaninedyeswithnucleicacids23computersimulationofhalfintercalativeinteractionofmonomethynecyaninedyeswithdna
AT macukagh interacionofcyaninedyeswithnucleicacids23computersimulationofhalfintercalativeinteractionofmonomethynecyaninedyeswithdna
AT lukašovss vzaimodeistviecianinovyhkrasiteleisnukleinovymikislotami23kompʹûternoemodelirovaniepoluinterkalâcionnogovzaimodeistviâmonometinovyhcianinovyhkrasiteleisdnk
AT kačkovsʹkiigo vzaimodeistviecianinovyhkrasiteleisnukleinovymikislotami23kompʹûternoemodelirovaniepoluinterkalâcionnogovzaimodeistviâmonometinovyhcianinovyhkrasiteleisdnk
AT ârmolûksm vzaimodeistviecianinovyhkrasiteleisnukleinovymikislotami23kompʹûternoemodelirovaniepoluinterkalâcionnogovzaimodeistviâmonometinovyhcianinovyhkrasiteleisdnk
AT macukagh vzaimodeistviecianinovyhkrasiteleisnukleinovymikislotami23kompʹûternoemodelirovaniepoluinterkalâcionnogovzaimodeistviâmonometinovyhcianinovyhkrasiteleisdnk
first_indexed 2025-12-07T18:07:16Z
last_indexed 2025-12-07T18:07:16Z
_version_ 1850873832320008192

Ähnliche Einträge