Исследование взаимодействия бромистого этидия с самокомплементарным дезокситетрануклеотидом 5-d(A)СpGpT) в водном растворе методом ¹Н-ЯМР спектроскопии
Изучено комплексообразование красителя бромистого этидия (3,8-диамино-6-фенил-5-этил-фенантридин) с самокомплементарным дезокситетрарибонуклсозидтрифосфатом 5'-d(ApCpGpT) в водно-солевом растворе методом одномерной (500 МГц) и двухмерной (600 МГц) ¹Н-ЯМР спектроскопии. Двухмерная гомоядерная ПМ...
Збережено в:
| Опубліковано в: : | Биополимеры и клетка |
|---|---|
| Дата: | 1995 |
| Автори: | , , , , , , |
| Формат: | Стаття |
| Мова: | Russian |
| Опубліковано: |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
1995
|
| Онлайн доступ: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/155752 |
| Теги: |
Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
|
| Назва журналу: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Цитувати: | Исследование взаимодействия бромистого этидия с самокомплементарным дезокситетрануклеотидом 5-d(A)СpGpT) в водном растворе методом ¹Н-ЯМР спектроскопии / А.Н. Веселков, Л.Н. Дымант, П.А. Болотин, С.Ф. Барановский, Д.А. Веселков, Д. Шипп, Д. Дэвис // Биополимеры и клетка. — 1995. — Т. 11, № 3-4. — С. 42-54. — Бібліогр.: 23 назв. — рос. |
Репозитарії
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| id |
nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-155752 |
|---|---|
| record_format |
dspace |
| spelling |
Веселков, А.Н. Дымант, Л.Н. Болотин, П.А. Барановский, С.Ф. Веселков, Д.А. Шипп, Д. Дэвис, Д. 2019-06-17T11:48:11Z 2019-06-17T11:48:11Z 1995 Исследование взаимодействия бромистого этидия с самокомплементарным дезокситетрануклеотидом 5-d(A)СpGpT) в водном растворе методом ¹Н-ЯМР спектроскопии / А.Н. Веселков, Л.Н. Дымант, П.А. Болотин, С.Ф. Барановский, Д.А. Веселков, Д. Шипп, Д. Дэвис // Биополимеры и клетка. — 1995. — Т. 11, № 3-4. — С. 42-54. — Бібліогр.: 23 назв. — рос. 0233-7657 DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.0003EC https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/155752 577.113 Изучено комплексообразование красителя бромистого этидия (3,8-диамино-6-фенил-5-этил-фенантридин) с самокомплементарным дезокситетрарибонуклсозидтрифосфатом 5'-d(ApCpGpT) в водно-солевом растворе методом одномерной (500 МГц) и двухмерной (600 МГц) ¹Н-ЯМР спектроскопии. Двухмерная гомоядерная ПМР спектроскопия (2М-NOESY) использована для качествен, о го анализа характера взаимодействия бромистого этидия с тетрануклеотидом. Измерены концентрационные зависимости протонных химических сдвигов молекул при фиксированной температуре (Т=298 К). Рассмотрены различные схемы комплексообразования молекул красителя с тетрануклеотидом, учитывающие разные молекулярные ассоциаты в растворе. Определены равновесные константы реакций и предельные значения химических сдвигов протонов бромистого этидия в составе комплексов. Проанализировано относительное содержание комплексов различного типа в растворе и выявлены особенности динамического равновсия в зависимости от соотношения концентраций красителя и тетрануклеотида. На основе полученных данных сделано заключение о преимущественной интеркаляции бромистого этидия в пиримидин-пуриновый участок тетрануклеотидной последовательности (CG-сайт) в дуплексной форме подобно изученному ранее акридиновому красителю профлавину. Встраивание бромистого этидия происходит со стороны малой канавки дуплекса, в отличие от профлавина, интеркалирующсго из большого желобка двойной спирали. Построена наиболее вероятная структура 1 : 2 красителя с тетрануклеотидом в растворе по расчетным значениям индуцированного химического сдвига протонов бромистого этидия и данным 2M-NOE-cпектpe. Вивчено комплексоутворення барвника бромистого етидію (3,8-Дтміно-6-феніл-5-етил-фенантридин) з самокомплементарним дезокситетрарибонуклеозидтрифосфатом 5'-d (ApCpGpT) у водно-солевому розчині методом одномірної (500 МГц) і двомірної (600 МГц) *Н-ЯМР спектроскопії. Двомірну гомоядерну ПМР спектроскопію (2M-NOESY) викоріистано для якісного аналізу характера взаємодії бромистого етидію з тетрануклеотидом. Виміряно концентраційні залежності протонних хімічних зсувів молекул при фіксованій температурі (Т = 298 К). Розглянуто різноманітні схеми комплексоутворення молекул барвника з тетрануклеотидом, які враховують різні молекулярні асоціати у розчині. Визначено рівноважні константи реакцій і граничні зна чення хімічних зсувів протонів бромистого етидію у складі комплексів. Проаналізовано відносний вміст комплексі© різного типу у розчині і выявлено особливості динамічної рівноваги в залежності від співвідношення концентрацій барвника і тетрануклеотиду. На основі отриманих даних зроблено висновок щодо переважної інтеркаляції бромистого етидію у піримідин-пуринову ділянку тетрануклеотидної послідовності (CG-сайт) у дуплексній формі подібно до вивченого раніше акридинового барвника профлавіна. Вбудовування бромистого етидію відбувається з боку малої канавки дуплексу на відміну від профлавіна, інтеркалюючого з великого жолобка подвійної спіралі. Побудовано найвірогіднішу структуру 1:2 барвника з тетрануклеотидом у розчині виходячи з розрахованих значень індукованого хімічного зсуву протонів бромистого етидію і даних 2M-NOE-cneKTpiB. Complex formation between dye ethidium bromide (3,8-diamino-6-phenyl-5-etliyl-phenan-thridinium) and self-complementary deoxytetraribonucleoside triphosphate 5'd-(ApCpGpT) in aqueous salt solution has been studied by method of one-dimensional (500 MHz) and two-dimensional ¹H NMR spectroscopy (600 MHz). Two-dimensional homonuctear ¹H NMR spectroscopy was used for qualitative analysis of the nature of interactions of ethidium bromide with tetranucleotide. Concentration dependences of proton chemical shifts of the molecules have been measured at fixed temperature (T=298K). Different schemes of complex formation between dye molecules and tetranucleotide have been examined taking into account various molecular associations in solution. Analysis of the relative content of different types of complexes has been made and special features of dynamic equilibrium have been revealed as a function of both the dye and tetranuclee-tide concentrations. The present analysis leads to the conclusion that ethidium bromide binds preferentially to pyrimidine-purine sequence (CG-site) of the tetranucleotide duplex similar to the observed proflavine-(ApCpGpT) binding studied earlier. Ethidium bromide intercalates from the minor groove of the double helix in contrast to proflavine which binds from the major groove. The most favourable structure of the 1:2 complex of dye with the tetranucleotide has been constructed using calculated values of induced chemical shifts of ethidium bromide protons in conjunction with intermolecular NOEa. ru Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Биополимеры и клетка Исследование взаимодействия бромистого этидия с самокомплементарным дезокситетрануклеотидом 5-d(A)СpGpT) в водном растворе методом ¹Н-ЯМР спектроскопии Дослідження взаємодії бромистого етидію з самокомплементарним дезок'ситетрануклеотидом 5'-d (ApCpGpT) у водному розчині методом ¹Н-ЯМР спектроскопії Investigation of the interaction of ethidium bromide with self complementary deoxytetranucleotide 5'-d (ApCpGpT) in aqueous solution by the method of ¹H NMR spectroscopy Article published earlier |
| institution |
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| collection |
DSpace DC |
| title |
Исследование взаимодействия бромистого этидия с самокомплементарным дезокситетрануклеотидом 5-d(A)СpGpT) в водном растворе методом ¹Н-ЯМР спектроскопии |
| spellingShingle |
Исследование взаимодействия бромистого этидия с самокомплементарным дезокситетрануклеотидом 5-d(A)СpGpT) в водном растворе методом ¹Н-ЯМР спектроскопии Веселков, А.Н. Дымант, Л.Н. Болотин, П.А. Барановский, С.Ф. Веселков, Д.А. Шипп, Д. Дэвис, Д. |
| title_short |
Исследование взаимодействия бромистого этидия с самокомплементарным дезокситетрануклеотидом 5-d(A)СpGpT) в водном растворе методом ¹Н-ЯМР спектроскопии |
| title_full |
Исследование взаимодействия бромистого этидия с самокомплементарным дезокситетрануклеотидом 5-d(A)СpGpT) в водном растворе методом ¹Н-ЯМР спектроскопии |
| title_fullStr |
Исследование взаимодействия бромистого этидия с самокомплементарным дезокситетрануклеотидом 5-d(A)СpGpT) в водном растворе методом ¹Н-ЯМР спектроскопии |
| title_full_unstemmed |
Исследование взаимодействия бромистого этидия с самокомплементарным дезокситетрануклеотидом 5-d(A)СpGpT) в водном растворе методом ¹Н-ЯМР спектроскопии |
| title_sort |
исследование взаимодействия бромистого этидия с самокомплементарным дезокситетрануклеотидом 5-d(a)сpgpt) в водном растворе методом ¹н-ямр спектроскопии |
| author |
Веселков, А.Н. Дымант, Л.Н. Болотин, П.А. Барановский, С.Ф. Веселков, Д.А. Шипп, Д. Дэвис, Д. |
| author_facet |
Веселков, А.Н. Дымант, Л.Н. Болотин, П.А. Барановский, С.Ф. Веселков, Д.А. Шипп, Д. Дэвис, Д. |
| publishDate |
1995 |
| language |
Russian |
| container_title |
Биополимеры и клетка |
| publisher |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
| format |
Article |
| title_alt |
Дослідження взаємодії бромистого етидію з самокомплементарним дезок'ситетрануклеотидом 5'-d (ApCpGpT) у водному розчині методом ¹Н-ЯМР спектроскопії Investigation of the interaction of ethidium bromide with self complementary deoxytetranucleotide 5'-d (ApCpGpT) in aqueous solution by the method of ¹H NMR spectroscopy |
| issn |
0233-7657 |
| url |
https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/155752 |
| citation_txt |
Исследование взаимодействия бромистого этидия с самокомплементарным дезокситетрануклеотидом 5-d(A)СpGpT) в водном растворе методом ¹Н-ЯМР спектроскопии / А.Н. Веселков, Л.Н. Дымант, П.А. Болотин, С.Ф. Барановский, Д.А. Веселков, Д. Шипп, Д. Дэвис // Биополимеры и клетка. — 1995. — Т. 11, № 3-4. — С. 42-54. — Бібліогр.: 23 назв. — рос. |
| work_keys_str_mv |
AT veselkovan issledovanievzaimodeistviâbromistogoétidiâssamokomplementarnymdezoksitetranukleotidom5daspgptvvodnomrastvoremetodom1nâmrspektroskopii AT dymantln issledovanievzaimodeistviâbromistogoétidiâssamokomplementarnymdezoksitetranukleotidom5daspgptvvodnomrastvoremetodom1nâmrspektroskopii AT bolotinpa issledovanievzaimodeistviâbromistogoétidiâssamokomplementarnymdezoksitetranukleotidom5daspgptvvodnomrastvoremetodom1nâmrspektroskopii AT baranovskiisf issledovanievzaimodeistviâbromistogoétidiâssamokomplementarnymdezoksitetranukleotidom5daspgptvvodnomrastvoremetodom1nâmrspektroskopii AT veselkovda issledovanievzaimodeistviâbromistogoétidiâssamokomplementarnymdezoksitetranukleotidom5daspgptvvodnomrastvoremetodom1nâmrspektroskopii AT šippd issledovanievzaimodeistviâbromistogoétidiâssamokomplementarnymdezoksitetranukleotidom5daspgptvvodnomrastvoremetodom1nâmrspektroskopii AT dévisd issledovanievzaimodeistviâbromistogoétidiâssamokomplementarnymdezoksitetranukleotidom5daspgptvvodnomrastvoremetodom1nâmrspektroskopii AT veselkovan doslídžennâvzaêmodííbromistogoetidíûzsamokomplementarnimdezoksitetranukleotidom5dapcpgptuvodnomurozčinímetodom1nâmrspektroskopíí AT dymantln doslídžennâvzaêmodííbromistogoetidíûzsamokomplementarnimdezoksitetranukleotidom5dapcpgptuvodnomurozčinímetodom1nâmrspektroskopíí AT bolotinpa doslídžennâvzaêmodííbromistogoetidíûzsamokomplementarnimdezoksitetranukleotidom5dapcpgptuvodnomurozčinímetodom1nâmrspektroskopíí AT baranovskiisf doslídžennâvzaêmodííbromistogoetidíûzsamokomplementarnimdezoksitetranukleotidom5dapcpgptuvodnomurozčinímetodom1nâmrspektroskopíí AT veselkovda doslídžennâvzaêmodííbromistogoetidíûzsamokomplementarnimdezoksitetranukleotidom5dapcpgptuvodnomurozčinímetodom1nâmrspektroskopíí AT šippd doslídžennâvzaêmodííbromistogoetidíûzsamokomplementarnimdezoksitetranukleotidom5dapcpgptuvodnomurozčinímetodom1nâmrspektroskopíí AT dévisd doslídžennâvzaêmodííbromistogoetidíûzsamokomplementarnimdezoksitetranukleotidom5dapcpgptuvodnomurozčinímetodom1nâmrspektroskopíí AT veselkovan investigationoftheinteractionofethidiumbromidewithselfcomplementarydeoxytetranucleotide5dapcpgptinaqueoussolutionbythemethodof1hnmrspectroscopy AT dymantln investigationoftheinteractionofethidiumbromidewithselfcomplementarydeoxytetranucleotide5dapcpgptinaqueoussolutionbythemethodof1hnmrspectroscopy AT bolotinpa investigationoftheinteractionofethidiumbromidewithselfcomplementarydeoxytetranucleotide5dapcpgptinaqueoussolutionbythemethodof1hnmrspectroscopy AT baranovskiisf investigationoftheinteractionofethidiumbromidewithselfcomplementarydeoxytetranucleotide5dapcpgptinaqueoussolutionbythemethodof1hnmrspectroscopy AT veselkovda investigationoftheinteractionofethidiumbromidewithselfcomplementarydeoxytetranucleotide5dapcpgptinaqueoussolutionbythemethodof1hnmrspectroscopy AT šippd investigationoftheinteractionofethidiumbromidewithselfcomplementarydeoxytetranucleotide5dapcpgptinaqueoussolutionbythemethodof1hnmrspectroscopy AT dévisd investigationoftheinteractionofethidiumbromidewithselfcomplementarydeoxytetranucleotide5dapcpgptinaqueoussolutionbythemethodof1hnmrspectroscopy |
| first_indexed |
2025-12-07T21:13:01Z |
| last_indexed |
2025-12-07T21:13:01Z |
| _version_ |
1850885518735179776 |
| description |
Изучено комплексообразование красителя бромистого этидия (3,8-диамино-6-фенил-5-этил-фенантридин) с самокомплементарным дезокситетрарибонуклсозидтрифосфатом 5'-d(ApCpGpT) в водно-солевом растворе методом одномерной (500 МГц) и двухмерной (600 МГц) ¹Н-ЯМР спектроскопии. Двухмерная гомоядерная ПМР спектроскопия (2М-NOESY) использована для качествен, о го анализа характера взаимодействия бромистого этидия с тетрануклеотидом. Измерены концентрационные зависимости протонных химических сдвигов молекул при фиксированной температуре (Т=298 К). Рассмотрены различные схемы комплексообразования молекул красителя с тетрануклеотидом, учитывающие разные молекулярные ассоциаты в растворе. Определены равновесные константы реакций и предельные значения химических сдвигов протонов бромистого этидия в составе комплексов. Проанализировано относительное содержание комплексов различного типа в растворе и выявлены особенности динамического равновсия в зависимости от соотношения концентраций красителя и тетрануклеотида. На основе полученных данных сделано заключение о преимущественной интеркаляции бромистого этидия в пиримидин-пуриновый участок тетрануклеотидной последовательности (CG-сайт) в дуплексной форме подобно изученному ранее акридиновому красителю профлавину. Встраивание бромистого этидия происходит со стороны малой канавки дуплекса, в отличие от профлавина, интеркалирующсго из большого желобка двойной спирали. Построена наиболее вероятная структура 1 : 2 красителя с тетрануклеотидом в растворе по расчетным значениям индуцированного химического сдвига протонов бромистого этидия и данным 2M-NOE-cпектpe.
Вивчено комплексоутворення барвника бромистого етидію (3,8-Дтміно-6-феніл-5-етил-фенантридин) з самокомплементарним дезокситетрарибонуклеозидтрифосфатом 5'-d (ApCpGpT) у водно-солевому розчині методом одномірної (500 МГц) і двомірної (600 МГц) *Н-ЯМР спектроскопії. Двомірну гомоядерну ПМР спектроскопію (2M-NOESY) викоріистано для якісного аналізу характера взаємодії бромистого етидію з тетрануклеотидом. Виміряно концентраційні залежності протонних хімічних зсувів молекул при фіксованій температурі (Т = 298 К). Розглянуто різноманітні схеми комплексоутворення молекул барвника з тетрануклеотидом, які враховують різні молекулярні асоціати у розчині. Визначено рівноважні константи реакцій і граничні зна чення хімічних зсувів протонів бромистого етидію у складі комплексів. Проаналізовано відносний вміст комплексі© різного типу у розчині і выявлено особливості динамічної рівноваги в залежності від співвідношення концентрацій барвника і тетрануклеотиду. На основі отриманих даних зроблено висновок щодо переважної інтеркаляції бромистого етидію у піримідин-пуринову ділянку тетрануклеотидної послідовності (CG-сайт) у дуплексній формі подібно до вивченого раніше акридинового барвника профлавіна. Вбудовування бромистого етидію відбувається з боку малої канавки дуплексу на відміну від профлавіна, інтеркалюючого з великого жолобка подвійної спіралі. Побудовано найвірогіднішу структуру 1:2 барвника з тетрануклеотидом у розчині виходячи з розрахованих значень індукованого хімічного зсуву протонів бромистого етидію і даних 2M-NOE-cneKTpiB.
Complex formation between dye ethidium bromide (3,8-diamino-6-phenyl-5-etliyl-phenan-thridinium) and self-complementary deoxytetraribonucleoside triphosphate 5'd-(ApCpGpT) in aqueous salt solution has been studied by method of one-dimensional (500 MHz) and two-dimensional ¹H NMR spectroscopy (600 MHz). Two-dimensional homonuctear ¹H NMR spectroscopy was used for qualitative analysis of the nature of interactions of ethidium bromide with tetranucleotide. Concentration dependences of proton chemical shifts of the molecules have been measured at fixed temperature (T=298K). Different schemes of complex formation between dye molecules and tetranucleotide have been examined taking into account various molecular associations in solution. Analysis of the relative content of different types of complexes has been made and special features of dynamic equilibrium have been revealed as a function of both the dye and tetranuclee-tide concentrations. The present analysis leads to the conclusion that ethidium bromide binds preferentially to pyrimidine-purine sequence (CG-site) of the tetranucleotide duplex similar to the observed proflavine-(ApCpGpT) binding studied earlier. Ethidium bromide intercalates from the minor groove of the double helix in contrast to proflavine which binds from the major groove. The most favourable structure of the 1:2 complex of dye with the tetranucleotide has been constructed using calculated values of induced chemical shifts of ethidium bromide protons in conjunction with intermolecular NOEa.
|