Структурный и термодинамический анализ комплексообразования йодистого пропидия с дезокситетрануклеотидом 5-d(TpGpCpA) в водном растворе методом ¹Н-ЯМР спектроскопии
В работе исследовано взаимодействие красителя фенантридинового ряда йодистого пропидия с самокомплементарным дезокситетрарибонуклеозидтрифосфатом 5'-d(TpGpCpA) в водно-солевом растворе методом одномерной и двухмерной ¹Н-ЯМР спектроскопии (500 МГц). Измерены концентрационные и температурные зав...
Saved in:
| Published in: | Біополімери і клітина |
|---|---|
| Date: | 2001 |
| Main Authors: | , , , , , |
| Format: | Article |
| Language: | Russian |
| Published: |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
2001
|
| Subjects: | |
| Online Access: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/155765 |
| Tags: |
Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
|
| Journal Title: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Cite this: | Структурный и термодинамический анализ комплексообразования йодистого пропидия с дезокситетрануклеотидом 5-d(TpGpCpA) в водном растворе методом ¹Н-ЯМР спектроскопии / Д.А. Веселков, П.А. Болотин, В.А. Сигаев, Л.Н. Дымант, Д.Б. Дэвис, А.Н. Веселков // Біополімери і клітина. — 2001. — Т. 17, № 5. — С. 363-373. — Бібліогр.: 28 назв. — рос. |
Institution
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| _version_ | 1862731313757290496 |
|---|---|
| author | Веселков, Д.А. Болотин, П.А. Сигаев, В.А. Дымант, Л.Н. Дэвис, Л.Н. Веселков, А.Н. |
| author_facet | Веселков, Д.А. Болотин, П.А. Сигаев, В.А. Дымант, Л.Н. Дэвис, Л.Н. Веселков, А.Н. |
| citation_txt | Структурный и термодинамический анализ комплексообразования йодистого пропидия с дезокситетрануклеотидом 5-d(TpGpCpA) в водном растворе методом ¹Н-ЯМР спектроскопии / Д.А. Веселков, П.А. Болотин, В.А. Сигаев, Л.Н. Дымант, Д.Б. Дэвис, А.Н. Веселков // Біополімери і клітина. — 2001. — Т. 17, № 5. — С. 363-373. — Бібліогр.: 28 назв. — рос. |
| collection | DSpace DC |
| container_title | Біополімери і клітина |
| description | В работе исследовано взаимодействие красителя фенантридинового ряда йодистого пропидия с самокомплементарным дезокситетрарибонуклеозидтрифосфатом 5'-d(TpGpCpA) в водно-солевом растворе методом одномерной и двухмерной ¹Н-ЯМР спектроскопии (500 МГц). Измерены концентрационные и температурные зависимости протонных химических сдвигов взаимодействующих молекул. Рассмотрены различные модели образования комплексов молекул красителя с тетрануклеотидом, рассчитаны равновесные константы, свободные энергии AG, энтальпии АН и энтропии AS реакций образования комплексов состава 1:1, 2:1, 1:2 и 2:2. Выявлены особенности динамического равновесия комплексов различного типа в зависимости от соотношения концентраций красителя и тетрануклеотида и температуры. Сделано заключение о преимущественной интеркаляции пропидия в пиримидин-пуриновые d(T-G)- и (1(С-А)-сайты тетрануклеотида. На основании рассчитанных значений индуцированных химических сдвигов для протонов красителя и данных 2M-NOESY определены наиболее вероятные пространственные структуры 1:2 и 2:2 комплексов пропидия с тетрануклеотидом. Проведен сравнительный анализ гигрометров комплексообразования фенантридиновых красителей йодистого пропидия и бромистого этидия, а также акридинового красителя профлавина с дезокситетрануклеотидом d(TGCA) в идентичных условиях растворителя
У роботі досліджено взаємодію барвника фенантридинового ряду йодистого пропідію з самокомплементарним дезокси- тетрарибонуклеозидтрифосфатом 5'-d(TpGpCpA) у водно-сольовому розчині методом одномірної і двовимірної ¹Н-ЯМР спектроскопії (500 МГц). Виміряно концентраційні і температурні залежності протонних хімічних зсувів взаємодіючих молекул. Розглянуто різні моделі утворення комплексів молекул барвника з тетрануклеотидом, розраховано рівноважні константи, вільної енергії AG, энтальпй АН і энтропй AS реакцій утворення комплексів складу 1:1, 2:1, 1:2 и 2:2. Виявлено особливості динамічної рівноваги комплексів різного типу в залежності від співвідношення концентрацій барвника і тетрануклеотиду та температури. Зроблено висновок стосовно переважаючої інтеркаляції пропідію в піримідин-пуринові d(T-G)- и d(C-A)-caumu тетрануклеотиду. На основі розрахованих значень індукованих хімічних зсувів для протонів барвника і даних 2M-NOESY визначено найвірогідніші просторові структури 1:2 и 2:2 комплексів пропідію з тетрануклеотидом. Проведено порівняльний аналіз параметрів комплексоутворення фенантридиновых барвників йодистого пропідію і бромистого зтидію, а також акридинового барвника профлавіну з дезокситетрануклеотидом d(TGCA) за ідентичних умов розчинника.
The interaction of phenantridine dye propidium iodide with self-complementary deoxytetraribonucleoside triphosphate 5'-d(TpGp-CpA) in aqueous salt solu.tj.on has been studied by one- and two-dimensional 500 MHz ¹H NMR spectroscopy. The concentration and temperature dependences of proton chemical shifts of the interacting molecules have been measured. Different schemes of complexation of propidium with the tetranucleotide have been analysed and the equilibrium constants, free energy AG, enthalpies A//, entropies AS of different reactions leading to the formation of 1:1, 1:2, 2:1, 2:2 complexes have been determined. The specific features of the dynamic equilibrium of different complexes as a function of the drug-tetranucleotide ratio and temperature have been examined. It is concluded that propidium intercalates preferentially to pyrimidine-purine d(T-G)- and d(C-A)-sites of the tetranucleotide sequence. The most favourable structures of 1:2 and 2:2 propidium-tetranucleotide complexes have been constructed using the calculated values of induced chemical shift of dye protons and 2D-NOE spectra. A comparative analysis of the complexation of phenantridine dyes, propidium iodide, ethidium bromide, and acridine dye proflavine with deoxytetranucleotide d(TGCA) under the same experimental conditions, has been made.
|
| first_indexed | 2025-12-07T19:25:32Z |
| format | Article |
| fulltext | |
| id | nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-155765 |
| institution | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| issn | 0233-7657 |
| language | Russian |
| last_indexed | 2025-12-07T19:25:32Z |
| publishDate | 2001 |
| publisher | Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
| record_format | dspace |
| spelling | Веселков, Д.А. Болотин, П.А. Сигаев, В.А. Дымант, Л.Н. Дэвис, Л.Н. Веселков, А.Н. 2019-06-17T12:02:00Z 2019-06-17T12:02:00Z 2001 Структурный и термодинамический анализ комплексообразования йодистого пропидия с дезокситетрануклеотидом 5-d(TpGpCpA) в водном растворе методом ¹Н-ЯМР спектроскопии / Д.А. Веселков, П.А. Болотин, В.А. Сигаев, Л.Н. Дымант, Д.Б. Дэвис, А.Н. Веселков // Біополімери і клітина. — 2001. — Т. 17, № 5. — С. 363-373. — Бібліогр.: 28 назв. — рос. 0233-7657 DOI:http://dx.doi.org/10.7124/bc.0005C6 https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/155765 577.113 В работе исследовано взаимодействие красителя фенантридинового ряда йодистого пропидия с самокомплементарным дезокситетрарибонуклеозидтрифосфатом 5'-d(TpGpCpA) в водно-солевом растворе методом одномерной и двухмерной ¹Н-ЯМР спектроскопии (500 МГц). Измерены концентрационные и температурные зависимости протонных химических сдвигов взаимодействующих молекул. Рассмотрены различные модели образования комплексов молекул красителя с тетрануклеотидом, рассчитаны равновесные константы, свободные энергии AG, энтальпии АН и энтропии AS реакций образования комплексов состава 1:1, 2:1, 1:2 и 2:2. Выявлены особенности динамического равновесия комплексов различного типа в зависимости от соотношения концентраций красителя и тетрануклеотида и температуры. Сделано заключение о преимущественной интеркаляции пропидия в пиримидин-пуриновые d(T-G)- и (1(С-А)-сайты тетрануклеотида. На основании рассчитанных значений индуцированных химических сдвигов для протонов красителя и данных 2M-NOESY определены наиболее вероятные пространственные структуры 1:2 и 2:2 комплексов пропидия с тетрануклеотидом. Проведен сравнительный анализ гигрометров комплексообразования фенантридиновых красителей йодистого пропидия и бромистого этидия, а также акридинового красителя профлавина с дезокситетрануклеотидом d(TGCA) в идентичных условиях растворителя У роботі досліджено взаємодію барвника фенантридинового ряду йодистого пропідію з самокомплементарним дезокси- тетрарибонуклеозидтрифосфатом 5'-d(TpGpCpA) у водно-сольовому розчині методом одномірної і двовимірної ¹Н-ЯМР спектроскопії (500 МГц). Виміряно концентраційні і температурні залежності протонних хімічних зсувів взаємодіючих молекул. Розглянуто різні моделі утворення комплексів молекул барвника з тетрануклеотидом, розраховано рівноважні константи, вільної енергії AG, энтальпй АН і энтропй AS реакцій утворення комплексів складу 1:1, 2:1, 1:2 и 2:2. Виявлено особливості динамічної рівноваги комплексів різного типу в залежності від співвідношення концентрацій барвника і тетрануклеотиду та температури. Зроблено висновок стосовно переважаючої інтеркаляції пропідію в піримідин-пуринові d(T-G)- и d(C-A)-caumu тетрануклеотиду. На основі розрахованих значень індукованих хімічних зсувів для протонів барвника і даних 2M-NOESY визначено найвірогідніші просторові структури 1:2 и 2:2 комплексів пропідію з тетрануклеотидом. Проведено порівняльний аналіз параметрів комплексоутворення фенантридиновых барвників йодистого пропідію і бромистого зтидію, а також акридинового барвника профлавіну з дезокситетрануклеотидом d(TGCA) за ідентичних умов розчинника. The interaction of phenantridine dye propidium iodide with self-complementary deoxytetraribonucleoside triphosphate 5'-d(TpGp-CpA) in aqueous salt solu.tj.on has been studied by one- and two-dimensional 500 MHz ¹H NMR spectroscopy. The concentration and temperature dependences of proton chemical shifts of the interacting molecules have been measured. Different schemes of complexation of propidium with the tetranucleotide have been analysed and the equilibrium constants, free energy AG, enthalpies A//, entropies AS of different reactions leading to the formation of 1:1, 1:2, 2:1, 2:2 complexes have been determined. The specific features of the dynamic equilibrium of different complexes as a function of the drug-tetranucleotide ratio and temperature have been examined. It is concluded that propidium intercalates preferentially to pyrimidine-purine d(T-G)- and d(C-A)-sites of the tetranucleotide sequence. The most favourable structures of 1:2 and 2:2 propidium-tetranucleotide complexes have been constructed using the calculated values of induced chemical shift of dye protons and 2D-NOE spectra. A comparative analysis of the complexation of phenantridine dyes, propidium iodide, ethidium bromide, and acridine dye proflavine with deoxytetranucleotide d(TGCA) under the same experimental conditions, has been made. ru Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Біополімери і клітина Структура та функції біополімерів Структурный и термодинамический анализ комплексообразования йодистого пропидия с дезокситетрануклеотидом 5-d(TpGpCpA) в водном растворе методом ¹Н-ЯМР спектроскопии Структурний і термодинамічний аналіз комплексоутворення йодистого пропідію з дезокситетрануклеотидом 5'-d(TpGpCpA) у водному розчині методом ¹Н-ЯМР спектроскопії ¹H NMR structural and thermodynamical analysis of complexation of propidium iodide with deoxytetranucleotide 5'-d(TpGpCpA) in aqueous solution Article published earlier |
| spellingShingle | Структурный и термодинамический анализ комплексообразования йодистого пропидия с дезокситетрануклеотидом 5-d(TpGpCpA) в водном растворе методом ¹Н-ЯМР спектроскопии Веселков, Д.А. Болотин, П.А. Сигаев, В.А. Дымант, Л.Н. Дэвис, Л.Н. Веселков, А.Н. Структура та функції біополімерів |
| title | Структурный и термодинамический анализ комплексообразования йодистого пропидия с дезокситетрануклеотидом 5-d(TpGpCpA) в водном растворе методом ¹Н-ЯМР спектроскопии |
| title_alt | Структурний і термодинамічний аналіз комплексоутворення йодистого пропідію з дезокситетрануклеотидом 5'-d(TpGpCpA) у водному розчині методом ¹Н-ЯМР спектроскопії ¹H NMR structural and thermodynamical analysis of complexation of propidium iodide with deoxytetranucleotide 5'-d(TpGpCpA) in aqueous solution |
| title_full | Структурный и термодинамический анализ комплексообразования йодистого пропидия с дезокситетрануклеотидом 5-d(TpGpCpA) в водном растворе методом ¹Н-ЯМР спектроскопии |
| title_fullStr | Структурный и термодинамический анализ комплексообразования йодистого пропидия с дезокситетрануклеотидом 5-d(TpGpCpA) в водном растворе методом ¹Н-ЯМР спектроскопии |
| title_full_unstemmed | Структурный и термодинамический анализ комплексообразования йодистого пропидия с дезокситетрануклеотидом 5-d(TpGpCpA) в водном растворе методом ¹Н-ЯМР спектроскопии |
| title_short | Структурный и термодинамический анализ комплексообразования йодистого пропидия с дезокситетрануклеотидом 5-d(TpGpCpA) в водном растворе методом ¹Н-ЯМР спектроскопии |
| title_sort | структурный и термодинамический анализ комплексообразования йодистого пропидия с дезокситетрануклеотидом 5-d(tpgpcpa) в водном растворе методом ¹н-ямр спектроскопии |
| topic | Структура та функції біополімерів |
| topic_facet | Структура та функції біополімерів |
| url | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/155765 |
| work_keys_str_mv | AT veselkovda strukturnyiitermodinamičeskiianalizkompleksoobrazovaniâiodistogopropidiâsdezoksitetranukleotidom5dtpgpcpavvodnomrastvoremetodom1nâmrspektroskopii AT bolotinpa strukturnyiitermodinamičeskiianalizkompleksoobrazovaniâiodistogopropidiâsdezoksitetranukleotidom5dtpgpcpavvodnomrastvoremetodom1nâmrspektroskopii AT sigaevva strukturnyiitermodinamičeskiianalizkompleksoobrazovaniâiodistogopropidiâsdezoksitetranukleotidom5dtpgpcpavvodnomrastvoremetodom1nâmrspektroskopii AT dymantln strukturnyiitermodinamičeskiianalizkompleksoobrazovaniâiodistogopropidiâsdezoksitetranukleotidom5dtpgpcpavvodnomrastvoremetodom1nâmrspektroskopii AT dévisln strukturnyiitermodinamičeskiianalizkompleksoobrazovaniâiodistogopropidiâsdezoksitetranukleotidom5dtpgpcpavvodnomrastvoremetodom1nâmrspektroskopii AT veselkovan strukturnyiitermodinamičeskiianalizkompleksoobrazovaniâiodistogopropidiâsdezoksitetranukleotidom5dtpgpcpavvodnomrastvoremetodom1nâmrspektroskopii AT veselkovda strukturniiítermodinamíčniianalízkompleksoutvorennâiodistogopropídíûzdezoksitetranukleotidom5dtpgpcpauvodnomurozčinímetodom1nâmrspektroskopíí AT bolotinpa strukturniiítermodinamíčniianalízkompleksoutvorennâiodistogopropídíûzdezoksitetranukleotidom5dtpgpcpauvodnomurozčinímetodom1nâmrspektroskopíí AT sigaevva strukturniiítermodinamíčniianalízkompleksoutvorennâiodistogopropídíûzdezoksitetranukleotidom5dtpgpcpauvodnomurozčinímetodom1nâmrspektroskopíí AT dymantln strukturniiítermodinamíčniianalízkompleksoutvorennâiodistogopropídíûzdezoksitetranukleotidom5dtpgpcpauvodnomurozčinímetodom1nâmrspektroskopíí AT dévisln strukturniiítermodinamíčniianalízkompleksoutvorennâiodistogopropídíûzdezoksitetranukleotidom5dtpgpcpauvodnomurozčinímetodom1nâmrspektroskopíí AT veselkovan strukturniiítermodinamíčniianalízkompleksoutvorennâiodistogopropídíûzdezoksitetranukleotidom5dtpgpcpauvodnomurozčinímetodom1nâmrspektroskopíí AT veselkovda 1hnmrstructuralandthermodynamicalanalysisofcomplexationofpropidiumiodidewithdeoxytetranucleotide5dtpgpcpainaqueoussolution AT bolotinpa 1hnmrstructuralandthermodynamicalanalysisofcomplexationofpropidiumiodidewithdeoxytetranucleotide5dtpgpcpainaqueoussolution AT sigaevva 1hnmrstructuralandthermodynamicalanalysisofcomplexationofpropidiumiodidewithdeoxytetranucleotide5dtpgpcpainaqueoussolution AT dymantln 1hnmrstructuralandthermodynamicalanalysisofcomplexationofpropidiumiodidewithdeoxytetranucleotide5dtpgpcpainaqueoussolution AT dévisln 1hnmrstructuralandthermodynamicalanalysisofcomplexationofpropidiumiodidewithdeoxytetranucleotide5dtpgpcpainaqueoussolution AT veselkovan 1hnmrstructuralandthermodynamicalanalysisofcomplexationofpropidiumiodidewithdeoxytetranucleotide5dtpgpcpainaqueoussolution |