Fluid of fused spheres as a model for protein solution
In this work we examine thermodynamics of fluid with "molecules" represented by two fused hard spheres, decorated by the attractive square-well sites. Interactions between these sites are of short-range and cause association between the fused-sphere particles. The model can be used to stud...
Saved in:
| Published in: | Condensed Matter Physics |
|---|---|
| Date: | 2016 |
| Main Authors: | , , |
| Format: | Article |
| Language: | English |
| Published: |
Інститут фізики конденсованих систем НАН України
2016
|
| Online Access: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/155811 |
| Tags: |
Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
|
| Journal Title: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Cite this: | Fluid of fused spheres as a model for protein solution / M. Kastelic, Yu.V. Kalyuzhnyi, V. Vlachy // Condensed Matter Physics. — 2016. — Т. 19, № 2. — С. 23801: 1–12. — Бібліогр.: 41 назв. — англ. |
Institution
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| _version_ | 1862547570853675008 |
|---|---|
| author | Kastelic, M. Kalyuzhnyi, Yu.V. Vlachy, V. |
| author_facet | Kastelic, M. Kalyuzhnyi, Yu.V. Vlachy, V. |
| citation_txt | Fluid of fused spheres as a model for protein solution / M. Kastelic, Yu.V. Kalyuzhnyi, V. Vlachy // Condensed Matter Physics. — 2016. — Т. 19, № 2. — С. 23801: 1–12. — Бібліогр.: 41 назв. — англ. |
| collection | DSpace DC |
| container_title | Condensed Matter Physics |
| description | In this work we examine thermodynamics of fluid with "molecules" represented by two fused hard spheres, decorated by the attractive square-well sites. Interactions between these sites are of short-range and cause association between the fused-sphere particles. The model can be used to study the non-spherical (or dimerized) proteins in solution. Thermodynamic quantities of the system are calculated using a modification of Wertheim's thermodynamic perturbation theory and the results compared with new Monte Carlo simulations under isobaric-isothermal conditions. In particular, we are interested in the liquid-liquid phase separation in such systems. The model fluid serves to evaluate the effect of the shape of the molecules, changing from spherical to more elongated (two fused spheres) ones. The results indicate that the effect of the non-spherical shape is to reduce the critical density and temperature. This finding is consistent with experimental observations for the antibodies of non-spherical shape.
В цiй роботi ми дослiджуємо термодинамiку плину з “молекулами”, представленими двома спаяними
твердими сферами, якi декорованi вузлами з притягувальними потенцiалами типу квадратної ями. Взаємодiя мiж цими вузлами є короткодiюча i спричиняє асоцiацiю мiж частинками спаяних сфер. Модель
може бути використана для дослiдження несферичних (чи димеризованих) протеїнiв у розчинi. Термодинамiчнi величини системи розраховуються за допомогою модифiкацiї термодинамiчної теорiї збурень
Вертгайма, i результати порiвнюються з новими симуляцiями методом Монте Карло при iзобаричноiзотермiчних умовах. Зокрема, нас цiкавить фазове розшарування рiдина-рiдина в таких системах. Модельний плин використовується для оцiнки ефекту форми молекул, що змiнюється вiд сферичної до
бiльш видовженої (двi спаянi сфери). Результати вказують, що ефект несферичної форми має зменшувати критичну густину i температуру. Це узгоджується з експериментальними спостереженнями для антитiл
iз несферичною формою.
|
| first_indexed | 2025-11-25T16:07:28Z |
| format | Article |
| fulltext | |
| id | nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-155811 |
| institution | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| issn | 1607-324X |
| language | English |
| last_indexed | 2025-11-25T16:07:28Z |
| publishDate | 2016 |
| publisher | Інститут фізики конденсованих систем НАН України |
| record_format | dspace |
| spelling | Kastelic, M. Kalyuzhnyi, Yu.V. Vlachy, V. 2019-06-17T12:57:56Z 2019-06-17T12:57:56Z 2016 Fluid of fused spheres as a model for protein solution / M. Kastelic, Yu.V. Kalyuzhnyi, V. Vlachy // Condensed Matter Physics. — 2016. — Т. 19, № 2. — С. 23801: 1–12. — Бібліогр.: 41 назв. — англ. 1607-324X DOI:10.5488/CMP.19.23801 arXiv:1603.07149 PACS: 87.15.A-, 87.15.ad, 87.15.km, 87.15.nr, 82.60.Lf, 64.70.Ja https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/155811 In this work we examine thermodynamics of fluid with "molecules" represented by two fused hard spheres, decorated by the attractive square-well sites. Interactions between these sites are of short-range and cause association between the fused-sphere particles. The model can be used to study the non-spherical (or dimerized) proteins in solution. Thermodynamic quantities of the system are calculated using a modification of Wertheim's thermodynamic perturbation theory and the results compared with new Monte Carlo simulations under isobaric-isothermal conditions. In particular, we are interested in the liquid-liquid phase separation in such systems. The model fluid serves to evaluate the effect of the shape of the molecules, changing from spherical to more elongated (two fused spheres) ones. The results indicate that the effect of the non-spherical shape is to reduce the critical density and temperature. This finding is consistent with experimental observations for the antibodies of non-spherical shape. В цiй роботi ми дослiджуємо термодинамiку плину з “молекулами”, представленими двома спаяними
 твердими сферами, якi декорованi вузлами з притягувальними потенцiалами типу квадратної ями. Взаємодiя мiж цими вузлами є короткодiюча i спричиняє асоцiацiю мiж частинками спаяних сфер. Модель
 може бути використана для дослiдження несферичних (чи димеризованих) протеїнiв у розчинi. Термодинамiчнi величини системи розраховуються за допомогою модифiкацiї термодинамiчної теорiї збурень
 Вертгайма, i результати порiвнюються з новими симуляцiями методом Монте Карло при iзобаричноiзотермiчних умовах. Зокрема, нас цiкавить фазове розшарування рiдина-рiдина в таких системах. Модельний плин використовується для оцiнки ефекту форми молекул, що змiнюється вiд сферичної до
 бiльш видовженої (двi спаянi сфери). Результати вказують, що ефект несферичної форми має зменшувати критичну густину i температуру. Це узгоджується з експериментальними спостереженнями для антитiл
 iз несферичною формою. We dedicate this contribution to our friend and coworker Professor A.D.J. Haymet on occasion of his 60th birthday.
 This study was supported by the Slovenian Research Agency fund (P1-0201), NIH research grant
 (GM063592), and by the Young Researchers Program (M.K.) of the Republic of Slovenia. en Інститут фізики конденсованих систем НАН України Condensed Matter Physics Fluid of fused spheres as a model for protein solution Плин зi спаяних сфер як модель розчину протеїнiв Article published earlier |
| spellingShingle | Fluid of fused spheres as a model for protein solution Kastelic, M. Kalyuzhnyi, Yu.V. Vlachy, V. |
| title | Fluid of fused spheres as a model for protein solution |
| title_alt | Плин зi спаяних сфер як модель розчину протеїнiв |
| title_full | Fluid of fused spheres as a model for protein solution |
| title_fullStr | Fluid of fused spheres as a model for protein solution |
| title_full_unstemmed | Fluid of fused spheres as a model for protein solution |
| title_short | Fluid of fused spheres as a model for protein solution |
| title_sort | fluid of fused spheres as a model for protein solution |
| url | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/155811 |
| work_keys_str_mv | AT kastelicm fluidoffusedspheresasamodelforproteinsolution AT kalyuzhnyiyuv fluidoffusedspheresasamodelforproteinsolution AT vlachyv fluidoffusedspheresasamodelforproteinsolution AT kastelicm plinzispaânihsferâkmodelʹrozčinuproteíniv AT kalyuzhnyiyuv plinzispaânihsferâkmodelʹrozčinuproteíniv AT vlachyv plinzispaânihsferâkmodelʹrozčinuproteíniv |