Аналіз неструктурованих ділянок цитоплазматичної тирозил-тРНК синтетази людини методами біоінформатики
Передбачено неструктуровані ділянки цитоплазматичної тирозил-тРНК синтетази ссавців методами біоінформатики з використанням 15 веб-серверів. Показано високу імовірність неструктурованого стану для рухливої «KMSKS»-петлі каталітичного центра (залишки Рго216–Lys231), яка набуває визначеної конформації...
Saved in:
| Published in: | Біополімери і клітина |
|---|---|
| Date: | 2005 |
| Main Authors: | , |
| Format: | Article |
| Language: | Ukrainian |
| Published: |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
2005
|
| Subjects: | |
| Online Access: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/155852 |
| Tags: |
Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
|
| Journal Title: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Cite this: | Аналіз неструктурованих ділянок цитоплазматичної тирозил-тРНК синтетази людини методами біоінформатики / К.О. Одинець, О.І. Корнелюк // Біополімери і клітина. — 2005. — Т. 21, № 5. — С. 446-453. — Бібліогр.: 27 назв. — укр. |
Institution
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| _version_ | 1862714275796090880 |
|---|---|
| author | Одинець, К.О. Корнелюк, О.І. |
| author_facet | Одинець, К.О. Корнелюк, О.І. |
| citation_txt | Аналіз неструктурованих ділянок цитоплазматичної тирозил-тРНК синтетази людини методами біоінформатики / К.О. Одинець, О.І. Корнелюк // Біополімери і клітина. — 2005. — Т. 21, № 5. — С. 446-453. — Бібліогр.: 27 назв. — укр. |
| collection | DSpace DC |
| container_title | Біополімери і клітина |
| description | Передбачено неструктуровані ділянки цитоплазматичної тирозил-тРНК синтетази ссавців методами біоінформатики з використанням 15 веб-серверів. Показано високу імовірність неструктурованого стану для рухливої «KMSKS»-петлі каталітичного центра (залишки Рго216–Lys231), яка набуває визначеної конформації під час каталітичного акта. Для ділянки межмодульного лінкера (залишки Asp343–Glu359) показано найбільшу імовірність перебування у неструктурованому стані. Порівняння цих даних з величинами В-факторів Cα-атомів кристалографічних структур N- і С-кінцевих модулів виявило чітку кореляцію даних біоінформатики і рентгеноструктурного аналізу. Наявність гнучкого міжмодульного лінкера є характерною ознакою білків, які містять EMAP ІІ-подібний С-кінцевий модуль. Висловлено гіпотезу стосовно того, що конформаційні перебудови у лінкерній ділянці можуть відігравати суттєву роль при форму- ванні комплексів цих білків з тРНК.
Проведено предсказание неструктурированных участков тирозил-тРНК синтетазы млекопитающих методами биоинформатики с использованием 15 веб-серверов. Показана высокая вероятность неструктурированного состояния для подвижной «KMSKS»-петли каталитического центра (остатки Pro216–Lys231), приобретающей определенную конформацию во время каталитического акта. Для участка межмодульного линкера (остатки Asp343–Glu359) определена наибольшая возможность его неструктурированного состояния. Сравнение этих данных с величинами В-факторов Сα-атомов кристаллографических структур N- и С-концевых модулей демонстрирует удовлетворительную корреляцию с результатами кристалло- графического анализа. Наличие гибкого межмодульного линкера является характерной особенностью белков, содержащих EMAP II-подобный С-концевой модуль. Предложена гипотеза о том, что конформационные перестройки в линкерной области могут играть существенную роль при формировании комплек- сов этих белков с тРНК.
The prediction of unstructured regions of mammalian cytoplasmic tyrosyl-tRNA synthetase is carried out by bioinformatics methods using 15 web-servers. High probability of unfolded state for flexible “KMSKS» loop of catalytic centre (residue Pro216-Lys231), which getting certain conformation during catalytic act is shown. For the region of intermodule linker (residues Asp343-Glu359) the highest probability of its unstructured state is shown. The comparison of these data with B-factor values for Ca-atoms of crystallographic structures of N- and C-terminal modules shows a strong correlation between the bioinformatics and X-ray analyses data. The presence of flexible intermodular linker is a characteristic feature of proteins which contain the EMAP II-like-terminal module. The hypothesis is proposed about a possible conformational rearrangement of this linker region which may be essential upon the complex formation between these proteins and tRNAs.
|
| first_indexed | 2025-12-07T17:49:49Z |
| format | Article |
| fulltext | |
| id | nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-155852 |
| institution | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| issn | 0233-7657 |
| language | Ukrainian |
| last_indexed | 2025-12-07T17:49:49Z |
| publishDate | 2005 |
| publisher | Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
| record_format | dspace |
| spelling | Одинець, К.О. Корнелюк, О.І. 2019-06-17T14:28:29Z 2019-06-17T14:28:29Z 2005 Аналіз неструктурованих ділянок цитоплазматичної тирозил-тРНК синтетази людини методами біоінформатики / К.О. Одинець, О.І. Корнелюк // Біополімери і клітина. — 2005. — Т. 21, № 5. — С. 446-453. — Бібліогр.: 27 назв. — укр. 0233-7657 DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.000709 https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/155852 577.152.6 Передбачено неструктуровані ділянки цитоплазматичної тирозил-тРНК синтетази ссавців методами біоінформатики з використанням 15 веб-серверів. Показано високу імовірність неструктурованого стану для рухливої «KMSKS»-петлі каталітичного центра (залишки Рго216–Lys231), яка набуває визначеної конформації під час каталітичного акта. Для ділянки межмодульного лінкера (залишки Asp343–Glu359) показано найбільшу імовірність перебування у неструктурованому стані. Порівняння цих даних з величинами В-факторів Cα-атомів кристалографічних структур N- і С-кінцевих модулів виявило чітку кореляцію даних біоінформатики і рентгеноструктурного аналізу. Наявність гнучкого міжмодульного лінкера є характерною ознакою білків, які містять EMAP ІІ-подібний С-кінцевий модуль. Висловлено гіпотезу стосовно того, що конформаційні перебудови у лінкерній ділянці можуть відігравати суттєву роль при форму- ванні комплексів цих білків з тРНК. Проведено предсказание неструктурированных участков тирозил-тРНК синтетазы млекопитающих методами биоинформатики с использованием 15 веб-серверов. Показана высокая вероятность неструктурированного состояния для подвижной «KMSKS»-петли каталитического центра (остатки Pro216–Lys231), приобретающей определенную конформацию во время каталитического акта. Для участка межмодульного линкера (остатки Asp343–Glu359) определена наибольшая возможность его неструктурированного состояния. Сравнение этих данных с величинами В-факторов Сα-атомов кристаллографических структур N- и С-концевых модулей демонстрирует удовлетворительную корреляцию с результатами кристалло- графического анализа. Наличие гибкого межмодульного линкера является характерной особенностью белков, содержащих EMAP II-подобный С-концевой модуль. Предложена гипотеза о том, что конформационные перестройки в линкерной области могут играть существенную роль при формировании комплек- сов этих белков с тРНК. The prediction of unstructured regions of mammalian cytoplasmic tyrosyl-tRNA synthetase is carried out by bioinformatics methods using 15 web-servers. High probability of unfolded state for flexible “KMSKS» loop of catalytic centre (residue Pro216-Lys231), which getting certain conformation during catalytic act is shown. For the region of intermodule linker (residues Asp343-Glu359) the highest probability of its unstructured state is shown. The comparison of these data with B-factor values for Ca-atoms of crystallographic structures of N- and C-terminal modules shows a strong correlation between the bioinformatics and X-ray analyses data. The presence of flexible intermodular linker is a characteristic feature of proteins which contain the EMAP II-like-terminal module. The hypothesis is proposed about a possible conformational rearrangement of this linker region which may be essential upon the complex formation between these proteins and tRNAs. uk Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Біополімери і клітина Біоінформатика Аналіз неструктурованих ділянок цитоплазматичної тирозил-тРНК синтетази людини методами біоінформатики Анализ неструктурированных участков цитоплазматической тирозил-тРНК синтетазы человека методами биоинформатики Analysis of unstructured regions of human cytoplasmic tyrosyl-tRNA synthetase by methods of bioinformatics Article published earlier |
| spellingShingle | Аналіз неструктурованих ділянок цитоплазматичної тирозил-тРНК синтетази людини методами біоінформатики Одинець, К.О. Корнелюк, О.І. Біоінформатика |
| title | Аналіз неструктурованих ділянок цитоплазматичної тирозил-тРНК синтетази людини методами біоінформатики |
| title_alt | Анализ неструктурированных участков цитоплазматической тирозил-тРНК синтетазы человека методами биоинформатики Analysis of unstructured regions of human cytoplasmic tyrosyl-tRNA synthetase by methods of bioinformatics |
| title_full | Аналіз неструктурованих ділянок цитоплазматичної тирозил-тРНК синтетази людини методами біоінформатики |
| title_fullStr | Аналіз неструктурованих ділянок цитоплазматичної тирозил-тРНК синтетази людини методами біоінформатики |
| title_full_unstemmed | Аналіз неструктурованих ділянок цитоплазматичної тирозил-тРНК синтетази людини методами біоінформатики |
| title_short | Аналіз неструктурованих ділянок цитоплазматичної тирозил-тРНК синтетази людини методами біоінформатики |
| title_sort | аналіз неструктурованих ділянок цитоплазматичної тирозил-трнк синтетази людини методами біоінформатики |
| topic | Біоінформатика |
| topic_facet | Біоінформатика |
| url | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/155852 |
| work_keys_str_mv | AT odinecʹko analíznestrukturovanihdílânokcitoplazmatičnoítiroziltrnksintetazilûdinimetodamibíoínformatiki AT kornelûkoí analíznestrukturovanihdílânokcitoplazmatičnoítiroziltrnksintetazilûdinimetodamibíoínformatiki AT odinecʹko analiznestrukturirovannyhučastkovcitoplazmatičeskoitiroziltrnksintetazyčelovekametodamibioinformatiki AT kornelûkoí analiznestrukturirovannyhučastkovcitoplazmatičeskoitiroziltrnksintetazyčelovekametodamibioinformatiki AT odinecʹko analysisofunstructuredregionsofhumancytoplasmictyrosyltrnasynthetasebymethodsofbioinformatics AT kornelûkoí analysisofunstructuredregionsofhumancytoplasmictyrosyltrnasynthetasebymethodsofbioinformatics |