Специфічна взаємодія модельної форми депротонованої карбоксильної групи амінокислот з пурином переводить основу в рідкісний таутомер N7H: результати ab initio розрахунків у вакуумі

За даними ab initio розрахунків (МР2/6-ЗЮ**/1HF/6-31G**) у вакуумі, що є прийнятною імітацією гідрофобного оточення у місцях білково-нуклеїнових контактів, специфічна взаємодія ацетат-іона – моделі депротонованої карбоксильної групи аспарагінової та глутамінової кислот – з пурином переводить нуклео...

Повний опис

Збережено в:

Бібліографічні деталі
Дата:	2001
Автори:	Самійленко, С.П., Богдан, Т.В., Тригубенко, С.А., Говорун, Д.М.
Формат:	Стаття
Мова:	Ukrainian
Опубліковано:	Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 2001
Назва видання:	Біополімери і клітина
Теми:	Структура та функції біополімерів
Онлайн доступ:	https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/155890
Теги:	Додати тег Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
Назва журналу:	Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
Цитувати:	Специфічна взаємодія модельної форми депротонованої карбоксильної групи амінокислот з пурином переводить основу в рідкісний таутомер N7H: результати ab initio розрахунків у вакуумі / С.П. Самійленко, Т.В. Богдан, С.А. Тригубенко, Д.М. Говорун // Біополімери і клітина. — 2001. — Т. 17, № 6. — С. 540-545. — Бібліогр.: 33 назв. — укр.

Репозитарії

Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine

id	nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-155890
record_format	dspace
fulltext
spelling	nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-1558902025-02-09T11:46:15Z Специфічна взаємодія модельної форми депротонованої карбоксильної групи амінокислот з пурином переводить основу в рідкісний таутомер N7H: результати ab initio розрахунків у вакуумі Специфическое взаимодействие модельной формы депротонированной группы аминокислот с пурином переводит основание в редкий таутомер N7H: результаты ab initio расчетов в вакууме Specific interaction of the amino acid model carboxylic group with purine transforms it into its N7H rare tautomeric form: results of vacuum ab initio calculations Самійленко, С.П. Богдан, Т.В. Тригубенко, С.А. Говорун, Д.М. Структура та функції біополімерів За даними ab initio розрахунків (МР2/6-ЗЮ/1HF/6-31G) у вакуумі, що є прийнятною імітацією гідрофобного оточення у місцях білково-нуклеїнових контактів, специфічна взаємодія ацетат-іона – моделі депротонованої карбоксильної групи аспарагінової та глутамінової кислот – з пурином переводить нуклеотидну основу з основної таутомерної форми N9H у високоенергетичну N7H з енергетичним виграшем 0,46 ккал/моль. Ефект досягається за рахунок вищої комплексотвірної здатності таутомеру N7H у порівняння з таутомером N9H, яка з надлишком компенсує підвищення внутрішньої енергії при переході N9HN7H( близько 3,90 ккал/моль). Обговорюється можлива біологічна роль отриманих результатів для перебігу елементарних актів білково-нуклеїнового впізнавання, зокрема, ферментативного каталізу. По данным ab initio расчетов (MP2l6-31G//HFl6-31G) в вакууме, являющемся приемлемой имитацией гидрофобного окружения в местах белково-нуклеиновых контактов, специфическое взаимодействие ацетат-иона – модели депротонированной карбоксильной группы аспарагиновой и глутаминовой кислот – с пурином переводит основание из основной таутомер ной формы N9H в высокоэнергетическую N7H с энергетическим выигрышем 0,46 ккал/моль. Эффект достигается за счет большей комплексообразующей способности таутомера N7H в сравнении с таутомером N9H, которая с избытком компенсирует повышение внутренней энергии при переходе N9H → N7H (около 3,90 ккал/моль). Обсуждается возможная биологическая роль полученных результатов для элементарных актов белково-нуклеинового узнавания, в частности, ферментативного катализа. According to ab initio calculations (MP2/6-31G//HF/6-31G) In vacuum (which is an acceptable imitation of the hydrophobic medium at the sites of protein-nucleic acid contacts), specific interaction of the acetate onion (model of deprotonated residues of aspartic and glutamic acids) with the purine transforms this base from the N9H ground-state tautomeric form into the N7H high-energy tautomer (hE-EN7H-EN9H is about 4 kcul/mol) with the energy advantage of 0.46 kcal/moL The effect is achieved due to the higher complexation energy of the N7H tautomer as compared to the N9H one, which overcompensates the energy excess (about 3.90 kcal/mol) of the rare tautomer. A possible biological significance of the data obtained for more profound understanding of elementary acts of protein-nucleic acid recognition, in particular, the enzyme catalysis, is discussed. 2001 Article Специфічна взаємодія модельної форми депротонованої карбоксильної групи амінокислот з пурином переводить основу в рідкісний таутомер N7H: результати ab initio розрахунків у вакуумі / С.П. Самійленко, Т.В. Богдан, С.А. Тригубенко, Д.М. Говорун // Біополімери і клітина. — 2001. — Т. 17, № 6. — С. 540-545. — Бібліогр.: 33 назв. — укр. 0233-7657 DOI:http://dx.doi.org/10.7124/bc.0005DD https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/155890 573.3 uk Біополімери і клітина application/pdf Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
institution	Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
collection	DSpace DC
language	Ukrainian
topic	Структура та функції біополімерів Структура та функції біополімерів
spellingShingle	Структура та функції біополімерів Структура та функції біополімерів Самійленко, С.П. Богдан, Т.В. Тригубенко, С.А. Говорун, Д.М. Специфічна взаємодія модельної форми депротонованої карбоксильної групи амінокислот з пурином переводить основу в рідкісний таутомер N7H: результати ab initio розрахунків у вакуумі Біополімери і клітина
description	За даними ab initio розрахунків (МР2/6-ЗЮ/1HF/6-31G) у вакуумі, що є прийнятною імітацією гідрофобного оточення у місцях білково-нуклеїнових контактів, специфічна взаємодія ацетат-іона – моделі депротонованої карбоксильної групи аспарагінової та глутамінової кислот – з пурином переводить нуклеотидну основу з основної таутомерної форми N9H у високоенергетичну N7H з енергетичним виграшем 0,46 ккал/моль. Ефект досягається за рахунок вищої комплексотвірної здатності таутомеру N7H у порівняння з таутомером N9H, яка з надлишком компенсує підвищення внутрішньої енергії при переході N9HN7H( близько 3,90 ккал/моль). Обговорюється можлива біологічна роль отриманих результатів для перебігу елементарних актів білково-нуклеїнового впізнавання, зокрема, ферментативного каталізу.
format	Article
author	Самійленко, С.П. Богдан, Т.В. Тригубенко, С.А. Говорун, Д.М.
author_facet	Самійленко, С.П. Богдан, Т.В. Тригубенко, С.А. Говорун, Д.М.
author_sort	Самійленко, С.П.
title	Специфічна взаємодія модельної форми депротонованої карбоксильної групи амінокислот з пурином переводить основу в рідкісний таутомер N7H: результати ab initio розрахунків у вакуумі
title_short	Специфічна взаємодія модельної форми депротонованої карбоксильної групи амінокислот з пурином переводить основу в рідкісний таутомер N7H: результати ab initio розрахунків у вакуумі
title_full	Специфічна взаємодія модельної форми депротонованої карбоксильної групи амінокислот з пурином переводить основу в рідкісний таутомер N7H: результати ab initio розрахунків у вакуумі
title_fullStr	Специфічна взаємодія модельної форми депротонованої карбоксильної групи амінокислот з пурином переводить основу в рідкісний таутомер N7H: результати ab initio розрахунків у вакуумі
title_full_unstemmed	Специфічна взаємодія модельної форми депротонованої карбоксильної групи амінокислот з пурином переводить основу в рідкісний таутомер N7H: результати ab initio розрахунків у вакуумі
title_sort	специфічна взаємодія модельної форми депротонованої карбоксильної групи амінокислот з пурином переводить основу в рідкісний таутомер n7h: результати ab initio розрахунків у вакуумі
publisher	Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
publishDate	2001
topic_facet	Структура та функції біополімерів
url	https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/155890
citation_txt	Специфічна взаємодія модельної форми депротонованої карбоксильної групи амінокислот з пурином переводить основу в рідкісний таутомер N7H: результати ab initio розрахунків у вакуумі / С.П. Самійленко, Т.В. Богдан, С.А. Тригубенко, Д.М. Говорун // Біополімери і клітина. — 2001. — Т. 17, № 6. — С. 540-545. — Бібліогр.: 33 назв. — укр.
series	Біополімери і клітина
work_keys_str_mv	AT samíjlenkosp specifíčnavzaêmodíâmodelʹnoíformideprotonovanoíkarboksilʹnoígrupiamínokislotzpurinomperevoditʹosnovuvrídkísnijtautomern7hrezulʹtatiabinitiorozrahunkívuvakuumí AT bogdantv specifíčnavzaêmodíâmodelʹnoíformideprotonovanoíkarboksilʹnoígrupiamínokislotzpurinomperevoditʹosnovuvrídkísnijtautomern7hrezulʹtatiabinitiorozrahunkívuvakuumí AT trigubenkosa specifíčnavzaêmodíâmodelʹnoíformideprotonovanoíkarboksilʹnoígrupiamínokislotzpurinomperevoditʹosnovuvrídkísnijtautomern7hrezulʹtatiabinitiorozrahunkívuvakuumí AT govorundm specifíčnavzaêmodíâmodelʹnoíformideprotonovanoíkarboksilʹnoígrupiamínokislotzpurinomperevoditʹosnovuvrídkísnijtautomern7hrezulʹtatiabinitiorozrahunkívuvakuumí AT samíjlenkosp specifičeskoevzaimodejstviemodelʹnojformydeprotonirovannojgruppyaminokislotspurinomperevoditosnovanievredkijtautomern7hrezulʹtatyabinitiorasčetovvvakuume AT bogdantv specifičeskoevzaimodejstviemodelʹnojformydeprotonirovannojgruppyaminokislotspurinomperevoditosnovanievredkijtautomern7hrezulʹtatyabinitiorasčetovvvakuume AT trigubenkosa specifičeskoevzaimodejstviemodelʹnojformydeprotonirovannojgruppyaminokislotspurinomperevoditosnovanievredkijtautomern7hrezulʹtatyabinitiorasčetovvvakuume AT govorundm specifičeskoevzaimodejstviemodelʹnojformydeprotonirovannojgruppyaminokislotspurinomperevoditosnovanievredkijtautomern7hrezulʹtatyabinitiorasčetovvvakuume AT samíjlenkosp specificinteractionoftheaminoacidmodelcarboxylicgroupwithpurinetransformsitintoitsn7hraretautomericformresultsofvacuumabinitiocalculations AT bogdantv specificinteractionoftheaminoacidmodelcarboxylicgroupwithpurinetransformsitintoitsn7hraretautomericformresultsofvacuumabinitiocalculations AT trigubenkosa specificinteractionoftheaminoacidmodelcarboxylicgroupwithpurinetransformsitintoitsn7hraretautomericformresultsofvacuumabinitiocalculations AT govorundm specificinteractionoftheaminoacidmodelcarboxylicgroupwithpurinetransformsitintoitsn7hraretautomericformresultsofvacuumabinitiocalculations
first_indexed	2025-11-25T22:33:40Z
last_indexed	2025-11-25T22:33:40Z
_version_	1849803428832739328

Репозитарії

Схожі ресурси