Нуклеотидні основи як СН-кислоти
Напівемпіричним квантовохімічним методом AMI в режимі оптимізації всіх структурних параметрів досліджено газофазну СН-кислотність ряду пуринових (Ade, Gua, Хап, Hyp і Pur), піримідинових (Ura, Thy, Cyt і Руг) нуклеотидних основ та імідазолу (Im). Порівняння енергії депротонування зв'язків СН,...
Saved in:
| Published in: | Биополимеры и клетка |
|---|---|
| Date: | 1995 |
| Main Authors: | , , |
| Format: | Article |
| Language: | Ukrainian |
| Published: |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
1995
|
| Online Access: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/156182 |
| Tags: |
Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
|
| Journal Title: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Cite this: | Нуклеотидні основи як СН-кислоти / Д.М. Говорун, I.В. Кондратюк, М.В. Желтовський // Биополимеры и клетка. — 1995. — Т. 11, № 5. — С. 15-20. — Бібліогр.: 20 назв. — укр. |
Institution
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| _version_ | 1862545780228751360 |
|---|---|
| author | Говорун, Д.М. Кондратюк, І.В. Желтовський, М.В. |
| author_facet | Говорун, Д.М. Кондратюк, І.В. Желтовський, М.В. |
| citation_txt | Нуклеотидні основи як СН-кислоти / Д.М. Говорун, I.В. Кондратюк, М.В. Желтовський // Биополимеры и клетка. — 1995. — Т. 11, № 5. — С. 15-20. — Бібліогр.: 20 назв. — укр. |
| collection | DSpace DC |
| container_title | Биополимеры и клетка |
| description | Напівемпіричним квантовохімічним методом AMI в режимі оптимізації всіх структурних параметрів досліджено газофазну СН-кислотність ряду пуринових (Ade, Gua, Хап, Hyp і Pur), піримідинових (Ura, Thy, Cyt і Руг) нуклеотидних основ та імідазолу (Im). Порівняння енергії депротонування зв'язків СН, яка визначає протонодонорні властивості останніх (чим менша енергія депротонування зв'язку, тим сильніша його протонодонорна функція) і лежить в діапазоні 350,8 ккал/моль (Hyp) – 403,4 ккал/моль (Im), з зарядами на атомах водню груп СН, їхніми рівноважними довжинами і частотами валентних СН-коливань свідчить про те, що на відміну від «нормальних» органічних СН-кислот, для нуклеотидних основ не вдається зафіксувати простих кореляційних співвідношень між СН-кислотністю і фізико-хімічними параметрами, що її визначають. Це пояснюється тим, що в стабілізацію карбаніонів нуклеотидних основ істотний, якщо не вирішальний, внесок на фоні Індуктивного механізму дають ефекти електронного спряження – про це свідчить значна делокалізація надлишкового негативного заряду при де протону ванні зв'язків СН. Отримана в роботі кількісна інформація щодо газофазної СН-кислотності нуклеотидних основ може бути використана, зокрема, для прогнозування внеску водневих зв'язків за участю груп СН азотистих основ у високо специфічні білково-нуклеїнові контакти.
Полуэмпирическим квантовохимическим методом AMl в режиме оптимизации всех структурных параметров исследована газофазная СН-кислотность ряда пуриновых (Ade, Gua, Xan, Hyp и Pur), пиримидиновых (Ura, Thy, Cyt и Руг) нуклеотидных оснований и имидазола (Im). Сравнение энергии депротонирования связей CH, определяющей протонодонорные свойства последних (чем ниже энергия депротонирования связи, тем сильнее ее протонодонорная функция) и лежащей в диапазоне 350,8 ккал/моль (С2Н2 Hyp)–403,4 ккал/моль (С4Н4 Im), с зарядами на атомах водорода групп CH, их равновесными длинами и частотами валентных СН-колебаний, свидетельствует о том, что в отличие от «нормальных» органических СН-кислот для нуклеотидных оснований не удается зафиксировать простых корреляционных соотношений между CH-кислотностью и физико-химическими параметрами, которые ее определяют. Это объясняется тем ,что в стабилизацию карбанионов нуклеотидных оснований существенный, если не основной вклад, на фоне индуктивного механизма дают эффекты электронного сопряжения – об этом свидетельствует значительная делокализация избыточного заряда, охватывающая все без исключения атомы, при депротонировании связей CH. Полученная в работе количественная информация о газофазной СН-кислотности может быть использована, в частности, для прогнозирования вклада водородных связей с участием групп CH азотистых оснований в высокоспецифические белково-нуклеиновые контакты.
The CH-acidity of some purine (Ade, Gua, Xan, Hyp and Pur) and pyrimidine (Ura, Thy, Cyt and Pyr) nucleotide bases and of imidazole was investigated in vacuum by means of semiempirical quantum mechanical AMI method with full optimization of all parameters. The consideration of CH bond deprotonation energies which determine the:r ability to donate protons and are situated in the 350,8 kcal/mol (Hyp C2H2) – 403,4 kcal/mol (Im C4H4) interval and correlation with the charges of CH group hydrogen atoms, equilibrium CH bond length and frequencies of strething -v (CH) vibration bring as about the conclusion that unlike «usual» organic CH-acids and physico-chemical parameters, which caused it. This may be explained by considerable (if main) contribution of conjugation effects (on the background of inductive mechanism) to the stabilization of carbanion of nucleotide bases, which is confirmed by significant change delocalization involving all the atoms under deprotonation of CH group. The obtained quantitative information on the vacuum CH-acidity of nucleotide bases may be useful to predict contributions of H-bond involving C–H groups of nucleotide bases to high specific protein-nucleic acid contacts.
|
| first_indexed | 2025-11-25T07:19:44Z |
| format | Article |
| fulltext | |
| id | nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-156182 |
| institution | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| issn | 0233-7657 |
| language | Ukrainian |
| last_indexed | 2025-11-25T07:19:44Z |
| publishDate | 1995 |
| publisher | Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
| record_format | dspace |
| spelling | Говорун, Д.М. Кондратюк, І.В. Желтовський, М.В. 2019-06-18T09:42:28Z 2019-06-18T09:42:28Z 1995 Нуклеотидні основи як СН-кислоти / Д.М. Говорун, I.В. Кондратюк, М.В. Желтовський // Биополимеры и клетка. — 1995. — Т. 11, № 5. — С. 15-20. — Бібліогр.: 20 назв. — укр. 0233-7657 DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.0003F5 https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/156182 547.541./124 Напівемпіричним квантовохімічним методом AMI в режимі оптимізації всіх структурних параметрів досліджено газофазну СН-кислотність ряду пуринових (Ade, Gua, Хап, Hyp і Pur), піримідинових (Ura, Thy, Cyt і Руг) нуклеотидних основ та імідазолу (Im). Порівняння енергії депротонування зв'язків СН, яка визначає протонодонорні властивості останніх (чим менша енергія депротонування зв'язку, тим сильніша його протонодонорна функція) і лежить в діапазоні 350,8 ккал/моль (Hyp) – 403,4 ккал/моль (Im), з зарядами на атомах водню груп СН, їхніми рівноважними довжинами і частотами валентних СН-коливань свідчить про те, що на відміну від «нормальних» органічних СН-кислот, для нуклеотидних основ не вдається зафіксувати простих кореляційних співвідношень між СН-кислотністю і фізико-хімічними параметрами, що її визначають. Це пояснюється тим, що в стабілізацію карбаніонів нуклеотидних основ істотний, якщо не вирішальний, внесок на фоні Індуктивного механізму дають ефекти електронного спряження – про це свідчить значна делокалізація надлишкового негативного заряду при де протону ванні зв'язків СН. Отримана в роботі кількісна інформація щодо газофазної СН-кислотності нуклеотидних основ може бути використана, зокрема, для прогнозування внеску водневих зв'язків за участю груп СН азотистих основ у високо специфічні білково-нуклеїнові контакти. Полуэмпирическим квантовохимическим методом AMl в режиме оптимизации всех структурных параметров исследована газофазная СН-кислотность ряда пуриновых (Ade, Gua, Xan, Hyp и Pur), пиримидиновых (Ura, Thy, Cyt и Руг) нуклеотидных оснований и имидазола (Im). Сравнение энергии депротонирования связей CH, определяющей протонодонорные свойства последних (чем ниже энергия депротонирования связи, тем сильнее ее протонодонорная функция) и лежащей в диапазоне 350,8 ккал/моль (С2Н2 Hyp)–403,4 ккал/моль (С4Н4 Im), с зарядами на атомах водорода групп CH, их равновесными длинами и частотами валентных СН-колебаний, свидетельствует о том, что в отличие от «нормальных» органических СН-кислот для нуклеотидных оснований не удается зафиксировать простых корреляционных соотношений между CH-кислотностью и физико-химическими параметрами, которые ее определяют. Это объясняется тем ,что в стабилизацию карбанионов нуклеотидных оснований существенный, если не основной вклад, на фоне индуктивного механизма дают эффекты электронного сопряжения – об этом свидетельствует значительная делокализация избыточного заряда, охватывающая все без исключения атомы, при депротонировании связей CH. Полученная в работе количественная информация о газофазной СН-кислотности может быть использована, в частности, для прогнозирования вклада водородных связей с участием групп CH азотистых оснований в высокоспецифические белково-нуклеиновые контакты. The CH-acidity of some purine (Ade, Gua, Xan, Hyp and Pur) and pyrimidine (Ura, Thy, Cyt and Pyr) nucleotide bases and of imidazole was investigated in vacuum by means of semiempirical quantum mechanical AMI method with full optimization of all parameters. The consideration of CH bond deprotonation energies which determine the:r ability to donate protons and are situated in the 350,8 kcal/mol (Hyp C2H2) – 403,4 kcal/mol (Im C4H4) interval and correlation with the charges of CH group hydrogen atoms, equilibrium CH bond length and frequencies of strething -v (CH) vibration bring as about the conclusion that unlike «usual» organic CH-acids and physico-chemical parameters, which caused it. This may be explained by considerable (if main) contribution of conjugation effects (on the background of inductive mechanism) to the stabilization of carbanion of nucleotide bases, which is confirmed by significant change delocalization involving all the atoms under deprotonation of CH group. The obtained quantitative information on the vacuum CH-acidity of nucleotide bases may be useful to predict contributions of H-bond involving C–H groups of nucleotide bases to high specific protein-nucleic acid contacts. uk Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Биополимеры и клетка Нуклеотидні основи як СН-кислоти Нуклеотидные основания как СН-кислоты Nucleotide bases as CH-Acids Article published earlier |
| spellingShingle | Нуклеотидні основи як СН-кислоти Говорун, Д.М. Кондратюк, І.В. Желтовський, М.В. |
| title | Нуклеотидні основи як СН-кислоти |
| title_alt | Нуклеотидные основания как СН-кислоты Nucleotide bases as CH-Acids |
| title_full | Нуклеотидні основи як СН-кислоти |
| title_fullStr | Нуклеотидні основи як СН-кислоти |
| title_full_unstemmed | Нуклеотидні основи як СН-кислоти |
| title_short | Нуклеотидні основи як СН-кислоти |
| title_sort | нуклеотидні основи як сн-кислоти |
| url | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/156182 |
| work_keys_str_mv | AT govorundm nukleotidníosnoviâksnkisloti AT kondratûkív nukleotidníosnoviâksnkisloti AT želtovsʹkiimv nukleotidníosnoviâksnkisloti AT govorundm nukleotidnyeosnovaniâkaksnkisloty AT kondratûkív nukleotidnyeosnovaniâkaksnkisloty AT želtovsʹkiimv nukleotidnyeosnovaniâkaksnkisloty AT govorundm nucleotidebasesaschacids AT kondratûkív nucleotidebasesaschacids AT želtovsʹkiimv nucleotidebasesaschacids |